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人类miR-22靶基因生物信息学预测及功能分析 被引量:5
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作者 刘曙光 韩京军 +5 位作者 马红梅 王新根 李静 郭东 周有俭 徐胜美 《广西医学》 CAS 2015年第7期891-894,共4页
目的应用生物信息学技术分析预测人类miR-22(hsa-miR-22)的靶基因并分析其功能,为深入研究hsa-miR-22的生物学功能和调控机制提供理论指导。方法利用Pub Med检索miR-22相关文章,明确其部分已知功能及已证实的靶基因,通过miRBase获得miR... 目的应用生物信息学技术分析预测人类miR-22(hsa-miR-22)的靶基因并分析其功能,为深入研究hsa-miR-22的生物学功能和调控机制提供理论指导。方法利用Pub Med检索miR-22相关文章,明确其部分已知功能及已证实的靶基因,通过miRBase获得miR-22序列和基因组特征。应用miRWalk综合数据库中4种工具对hsa-miR-22靶基因进行预测并取交集,对预测的靶基因集合结合已证实的靶基因进行功能富集分析(GO分析)以及KEGG生物通路富集分析。结果 miR-22序列在多物种间具有一定的保守性。通过Pub Med检索获得已证实靶基因20个,miRWalk综合数据库预测的靶基因集合共194个。GO分析结果显示hsa-miR-22靶基因功能主要富集于转录调控、蛋白修饰、生物合成和形态发生等过程(P<0.01);KEGG生物通路主要富集于细胞外基质受体相互作用、黏着斑、肌动蛋白细胞骨架调节、Erb B信号通路、m TOR信号通路以及前列腺癌、子宫内膜癌、急性髓系白血病、胶质瘤和黑色素瘤疾病信号通路(P<0.05)。结论 hsa-miR-22的靶基因集合富集于多个生物学过程及疾病信号通路,与多种肿瘤密切相关。 展开更多
关键词 人类miR-22 微小RNA 靶基因 功能富集分析 生物通路富集分析 生物信息学
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miRNA-204与肿瘤关系的研究进展 被引量:5
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作者 江海波 葛瑞祥 +1 位作者 钱冬喜 毛捷 《沈阳医学院学报》 2016年第6期479-482,共4页
miRNA-204在人体中广泛表达,并在很多肿瘤中表达异常。miRNA-204在人体内通过对靶基因的调节,在肿瘤的发生发展过程中起重要作用。miRNA-204常作为肿瘤的抑癌基因,且通过相关分子机制可以抑制肿瘤的侵袭、转移,也可以作为潜在的分子标... miRNA-204在人体中广泛表达,并在很多肿瘤中表达异常。miRNA-204在人体内通过对靶基因的调节,在肿瘤的发生发展过程中起重要作用。miRNA-204常作为肿瘤的抑癌基因,且通过相关分子机制可以抑制肿瘤的侵袭、转移,也可以作为潜在的分子标记物用于肿瘤的治疗。对miRNA-204的深入研究,可对肿瘤的预防及治疗提供新思路。 展开更多
关键词 miRNA-204 肿瘤 靶基因
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基于生物信息学分析的hsa-miR-206靶基因预测 被引量:3
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作者 康治理 武振方 +1 位作者 刘晓伟 许斌 《东南国防医药》 2020年第2期118-123,共6页
目的应用生物信息学方法分析hsa-miR-206序列,并进行靶基因功能富集分析、信号通路富集分析,靶基因编码蛋白相互作用分析,为后续研究其功能提供理论基础。方法通过miRbase、Target Scan、DIANA-microT、MiRDB据库、VENN在线工具、DAVID... 目的应用生物信息学方法分析hsa-miR-206序列,并进行靶基因功能富集分析、信号通路富集分析,靶基因编码蛋白相互作用分析,为后续研究其功能提供理论基础。方法通过miRbase、Target Scan、DIANA-microT、MiRDB据库、VENN在线工具、DAVID在线数据库、STRING数据库及Cytoscape软件等在线工具分析hsa-miR-206序列及保守性,预测其靶基因,对预测的靶基因进行功能富集分析(GO分析)、KEGG通路富集分析,并筛选出关键基因。结果 hsa-miR-206序列在各物种间高度保守,GO分析发现hsa-miR-206靶基因功能主要富集在生物合成调节、有机物代谢过程调节、转录调节等生物学过程,KEGG分析表明主要参与Wnt信号通路、T细胞受体信号通路、癌症通路等。蛋白互作显示编码蛋白间存在复杂的相互作用,与hsa-miR-206关系最密切的蛋白有27个,如天冬氨酸-谷氨酸-丙氨酸-天冬氨酸盒解螺旋酶5(DDX5)、人远端上游原件结合蛋白(FUBP1)、天冬氨酸-谷氨酸-丙氨酸-组氨酸盒解螺旋酶15(DHX15)等。结论 hsa-miR-206可能参与肿瘤发生发展中重要的生物学过程及调控机制,为进一步实验验证提供了线索。 展开更多
关键词 hsa-miR-206 生物信息学 靶基因 信号通路
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Sonic hedgehog elevates N-myc gene expression in neural stem cells
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作者 Dongsheng Liu Shouyu Wang +5 位作者 Yan Cui Lun Shen Yanping Du Guilin Li Bo Zhang Renzhi Wang 《Neural Regeneration Research》 SCIE CAS CSCD 2012年第22期1703-1708,共6页
Proliferation of neural stem cells is regulated by the secreted signaling molecule sonic hedgehog. In this study, neural stem cells were infected with recombinant adeno-associated virus expressing sonic hedgehog-N-enh... Proliferation of neural stem cells is regulated by the secreted signaling molecule sonic hedgehog. In this study, neural stem cells were infected with recombinant adeno-associated virus expressing sonic hedgehog-N-enhanced green fluorescent protein. The results showed that overexpression of sonic hedgehog in neural stem cells induced the increased expression of Gill and N-myc, a target gene of sonic hedgehog. These findings suggest that N-myc is a direct downstream target of the sonic hedgehog signal pathway in neural stem cells. Sonic hedgehog and N-myc are important mediators of sonic hedgehog-induced proliferation of neural stem cells. 展开更多
关键词 stem cells neural stem cells sonic hedgehog signal pathway N-myc gene PROLIFERATION targetgene neural regeneration
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人牙髓干细胞与根尖牙乳头干细胞miRNAs表达谱的差异分析 被引量:4
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作者 林诗晗 胡雪刚 吕红兵 《实用口腔医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期239-243,共5页
目的:比较人牙髓干细胞(Dental pulp stem cells,DPSCs)与根尖牙乳头干细胞(Stem cells from the apical papilla,SCAPs)中mi RNAs的差异表达情况。方法:分离培养人DPSCs和SCAPs,标记STRO-1特异性抗体,利用免疫磁珠分选获得DPSCs和SCAP... 目的:比较人牙髓干细胞(Dental pulp stem cells,DPSCs)与根尖牙乳头干细胞(Stem cells from the apical papilla,SCAPs)中mi RNAs的差异表达情况。方法:分离培养人DPSCs和SCAPs,标记STRO-1特异性抗体,利用免疫磁珠分选获得DPSCs和SCAPs。进行成骨样和成脂样细胞诱导分化,用碱性磷酸酶(ALP)、茜素红染色和油红O染色的方法鉴定其分化能力。采用二代测序技术,检测DPSCs和SCAPs中mi RNAs的表达,筛选差异表达的mi RNAs,运用生物信息学方法对差异表达mi RNAs进行靶基因预测和功能分析。结果:与DPSCs相比,SCAPs中表达下调超过1.5倍的mi RNAs有7个(hsa-mi R-224-5p、hsa-mi R-1247-5p、hsa-mi R-3065-3p、hsa-mi R-452-5p、hsa-mi R-767-5p、hsa-mi R-4284、hsa-mi R-146a-5p),无表达上调mi RNAs。这些表达下调的mi RNAs所调控的下游靶基因主要有27个,这些靶基因主要参与了细胞的迁移、分化和凋亡。结论:特定mi RNAs表达的下调以及其所调控的下游靶基因可能与SCAPs的干性维持相关。 展开更多
关键词 牙髓干细胞(DPSCs) 根尖牙乳头干细胞(SCAPs) MIRNAS 靶基因 干性
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