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人类基因组单核苷酸多态性和单体型的分析及应用 被引量:31
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作者 李婧 潘玉春 +1 位作者 李亦学 石铁流 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第8期879-889,共11页
单核苷酸多态性是人类基因组中最丰富的遗传变异。单体型是指位于一条染色体上或某一区域的一组相关联的SNP等位位点,单体型已经成为近年来人类遗传研究的组成部分。人类基因组单体型图(HapMap)计划的目标就是构建人类DNA序列中多态位... 单核苷酸多态性是人类基因组中最丰富的遗传变异。单体型是指位于一条染色体上或某一区域的一组相关联的SNP等位位点,单体型已经成为近年来人类遗传研究的组成部分。人类基因组单体型图(HapMap)计划的目标就是构建人类DNA序列中多态位点的常见模式,找出代表整个人类基因图谱之中的SNP集合的标签SNP。在复杂性疾病研究中,由多个变异位点组合构成的单体型分析优于单个SNP的分析。文章论述了SNPs、基因型、表现型的定义与HapMap计划的一些情况,综述了单体型的3种推断算法和单体域的不同定义与构建方法,同时介绍了标签SNP的选择及单体型与复杂疾病关联分析的方法,可利用公共SNP数据库的情况以及SNPs与单体型在复杂疾病与药物反应方面的应用。 展开更多
关键词 snps 单体型 单体域 标签snps 复杂性疾病
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利用随机扰动特性的集合覆盖蚁群算法识别tag SNPs 被引量:1
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作者 王丽美 王龙香 郑程友 《宜宾学院学报》 2015年第6期81-85,共5页
序列中的标签SNPs-tag SNPs携带了SNPs数据集的绝大部分遗传信息,因此寻找tag SNPs意义重大.但从SNPs数据集中找出tag SNPs需要耗费巨大的计算量,传统的方法效率低且费用昂贵,对于复杂的集合覆盖问题,现有算法难以得到优化解.鉴于蚁群... 序列中的标签SNPs-tag SNPs携带了SNPs数据集的绝大部分遗传信息,因此寻找tag SNPs意义重大.但从SNPs数据集中找出tag SNPs需要耗费巨大的计算量,传统的方法效率低且费用昂贵,对于复杂的集合覆盖问题,现有算法难以得到优化解.鉴于蚁群算法有较强的近优解搜索能力,提出具有随机扰动特性的集合覆盖蚁群算法(RCACO)用于tag SNPs搜索.模拟数据集上进行的算法实验结果表明,与近两年的PSO、GA两类算法相比,所提出的算法运行时间较短,搜索结果精确度更高. 展开更多
关键词 tag snps 集合覆盖 蚁群算法 随机扰动
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云南汉族ATP2B1基因标签SNPs与原发性高血压的关系 被引量:2
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作者 吴艳瑞 杨红菊 +4 位作者 李茜 苏航 夏涵 王丽琼 肖春杰 《基础医学与临床》 CSCD 2015年第12期1617-1621,共5页
目的探讨I型细胞膜钙离子转运酶(ATP281)基因标签单核苷酸多态(SNPs)与云南汉族原发性高血压(EH)的相关性。方法用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性方法,检测1020例云南汉族人(EH组和对照组各510例)A凇B1基因12个标签SNPs... 目的探讨I型细胞膜钙离子转运酶(ATP281)基因标签单核苷酸多态(SNPs)与云南汉族原发性高血压(EH)的相关性。方法用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性方法,检测1020例云南汉族人(EH组和对照组各510例)A凇B1基因12个标签SNPs(rs10506974、m10506975、rs2854371、rs957525、rs3741895、rs2681472、rs2070759、rs12423192、rs1050395、rs11105357、rs11105358和m7975689)和ATP2B1基因附近区域的rs17249754位点的多态性。结果rs17249754位点基因型和等位基因频率在EH组和对照组间的分布均具有显著性差异(P〈0.01),Logistic回归分析发现,rs17249754位点AA基因型和A等位基因使EH患病风险显著性降低(OR=0.60,95%C10.40~0.89,校正P〈0.05;OR:0.73,95%C10.60~0.88,校正P〈0.01)。结论ATP281基因附近区域rs17249754位点与云南汉族人群EH相关,rs17249754A等位基因可能是降低云南汉族EH风险的保护因子。 展开更多
关键词 ATP2B1 原发性高血压 标签snps 汉族
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细胞间黏附因子-1基因与云南彝族原发性高血压及血压水平的关联研究 被引量:1
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作者 吴艳瑞 李茜 +3 位作者 范彪 苏航 夏涵 肖春杰 《中国卫生检验杂志》 CAS 2015年第22期3903-3908,共6页
目的探讨细胞间黏附因子-1基因(intercellular adhesion molecules-1,ICAM-1)标签SNPs与云南彝族原发性高血压及血压水平的相关性。方法采用病例-对照关联研究策略,运用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态方法,对615例彝族人(高血压... 目的探讨细胞间黏附因子-1基因(intercellular adhesion molecules-1,ICAM-1)标签SNPs与云南彝族原发性高血压及血压水平的相关性。方法采用病例-对照关联研究策略,运用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态方法,对615例彝族人(高血压患者303例、对照个体312例)进行ICAM-1基因7个标签SNPs(rs5491、rs281428、rs5498、rs3093032、rs5496、rs281437、rs309303)的多态性进行检测。结果彝族女性人群中,rs281437位点基因型和等位基因频率分布在高血压组和对照组间,差异均有统计学意义(P〈0.01)。Logistic回归分析结果提示CT/TT基因型和T等位基因使患病风险升高(OR=3.50,95%CI:1.61~7.62,P=0.002;OR=3.73,95%CI:1.78~7.80,P=0.000 5)。经Bonfferoni校正,这种相关性差异均有统计学意义(P=0.012,P=0.003)。在未接受降压治疗的彝族女性人群中,发现随着rs281437 T风险性等位基因数目的增加,血压水平呈现上升趋势,进一步验证了单位点分析所得结果的准确性。结论本研究结果提示ICAM-1基因rs281437位点可能是云南彝族女性高血压发生的易感标记,该位点与高血压和血压水平均相关,在云南彝族女性人群中值得关注。 展开更多
关键词 原发性高血压 细胞间黏附因子-1基因 标签snps 云南彝族
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一种基于连锁不平衡的tagSNPs选择算法 被引量:1
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作者 王钧峰 王新赠 《泰山学院学报》 2016年第3期49-54,共6页
进行全基因组关联研究(genome-wide association studies,简记为GWAS)时,我们需要获得一个足够密集的单核苷酸多态性(single-nucleotide polymorphism,简记为SNP)标记集来解释常见疾病遗传风险的一部分.候选基因中SNP的数量是有限的,但... 进行全基因组关联研究(genome-wide association studies,简记为GWAS)时,我们需要获得一个足够密集的单核苷酸多态性(single-nucleotide polymorphism,简记为SNP)标记集来解释常见疾病遗传风险的一部分.候选基因中SNP的数量是有限的,但是直接分析所有现存的SNPs是无效的,因为在这些位点上的基因型有很强的关联性,会导致大量的冗余信息,并且会造成基因分型成本的增加,消耗大量的时间.所以我们在进行关联检验时,没有必要对所有的SNPs进行基因分型,只需要选择出具有代表性,并且数量很少的SNPs进行分型,并对这些SNPs进行关联检验.这里选择出的SNPs称为标签SNPs(记为tag SNPs),它为SNPs的一个小的子集,在每个单体型区域中足以捕获单体型的信息.选择tag SNPs的方法有很多,本文我们提出了一种新的tag SNPs选择方法,通过使用基于连锁不平衡(linkage disequilibrium,简记为LD)的两两r2准则对单体型分组,分成不相交的组,并在每个组中选择标签SNPs.与基于原始SNPs集的检验方法比较,我们的方法产生了更少的tag SNPs,在最大化所选标记提供信息含量的同时,降低了基因分型成本,提高了效率. 展开更多
关键词 全基因关联研究 SNP 标签SNP 连锁不平衡
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云南哈尼族糜蛋白酶基因标签SNPs与原发性高血压的相关性研究
6
作者 吴艳瑞 罗胜军 +1 位作者 李茜 肖春杰 《云南大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期606-613,共8页
采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性方法,对692例哈尼族人(高血压患者346例,正常对照个体346例)糜蛋白酶基因(chymase,CMA1)4个tag SNPs(rs1956921、rs1800876、rs5244和rs1885108)的多态性进行检测,并运用遗传模型研究CMA1基因ta... 采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性方法,对692例哈尼族人(高血压患者346例,正常对照个体346例)糜蛋白酶基因(chymase,CMA1)4个tag SNPs(rs1956921、rs1800876、rs5244和rs1885108)的多态性进行检测,并运用遗传模型研究CMA1基因tag SNPs与原发性高血压发生的相关性.结果显示,CMA1基因4个tag SNPs位点在混合人群和女性人群中均未显示出与原发性高血压的相关性;男性人群中,rs1800876位点基因型频率在对照组和高血压间的分布具有统计学意义(P=0.015),Logistic回归分析发现rs1800876位点TC和CC基因型携带者的患病风险显著降低(OR=0.59,95%CI为0.38~0.92,P=0.021),提示CMA1基因rs1800876位点与云南哈尼族男性原发性高血压发生相关. 展开更多
关键词 CMA1基因 标签snps 原发性高血压 哈尼族
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SH2B3基因标签单核苷酸多态性与汉族原发性高血压的关系
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作者 吴艳瑞 罗兰 +1 位作者 杨本官 肖春杰 《基础医学与临床》 CSCD 2017年第1期67-70,共4页
目的探讨SH2B衔接蛋白3(SH2B3)基因标签单核苷酸多态(SNPs)与汉族原发性高血压(EH)的关系。方法用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性方法(PCR-RFLP),对1 020例汉族人(EH患者和对照者各510例)SH2B3基因6个标签SNPs(rs7309325、rs11065... 目的探讨SH2B衔接蛋白3(SH2B3)基因标签单核苷酸多态(SNPs)与汉族原发性高血压(EH)的关系。方法用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性方法(PCR-RFLP),对1 020例汉族人(EH患者和对照者各510例)SH2B3基因6个标签SNPs(rs7309325、rs11065898、rs10849947、rs2239196、rs2238154和rs739496)的多态性进行检测,运用遗传模型分析该基因与汉族EH的相关性。结果 rs2239196位点基因型和等位基因在EH组和对照组间的频率分布均具有显著性差异(Bonfferoni校正P<0.05),Logistic回归分析结果显示T等位基因携带者的患病风险显著升高(OR=2.59,95%CI 1.36~4.96,Bonfferoni校正P<0.05)。结论 SH2B3基因rs2239196位点T等位基因可能是汉族EH发生的危险因子。 展开更多
关键词 原发性高血压 SH2B3基因 标签snps 汉族
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基于蚁群算法的候选标签子集构造方法研究
8
作者 贺永恒 王斌 《中国科技信息》 2014年第6期51-53,共3页
为了使构造候选标签SNP子集既包含最多SNP位点,又保证包含的冗余信息尽可能少,本文结合单体型数据及标签SNP选择的特点,依据连锁不平衡度量这一重要遗传现象,以多位点连锁不平衡度量值为优化目标,提出了一种改进的蚁群组合优化算法,提... 为了使构造候选标签SNP子集既包含最多SNP位点,又保证包含的冗余信息尽可能少,本文结合单体型数据及标签SNP选择的特点,依据连锁不平衡度量这一重要遗传现象,以多位点连锁不平衡度量值为优化目标,提出了一种改进的蚁群组合优化算法,提高了搜索组合空间的效率。 展开更多
关键词 单核苷酸多态性 标签SNP 蚁群算法
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中国汉族人群BSG基因SNPs发掘与连锁不平衡分析 被引量:1
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作者 郑杰 李慕鹏 +3 位作者 孙涛 呼晓雷 李元建 陈小平 《中南大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2013年第12期1208-1216,共9页
目的:探讨健康中国汉族人群中basigin(BSG)基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)发生情况。方法:随机收集48例健康、无亲缘关系的中国汉族人外周血液并提取基因组DNA,设计引物对所有个体BSG基因的启动子区、外... 目的:探讨健康中国汉族人群中basigin(BSG)基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)发生情况。方法:随机收集48例健康、无亲缘关系的中国汉族人外周血液并提取基因组DNA,设计引物对所有个体BSG基因的启动子区、外显子区和外显子内含子交界区的序列进行PCR扩增和正反向测序,通过判读测序峰图,明确SNPs的发生情况及其频率;通过Hardy-Weinberg平衡分析、单倍型推测和连锁不平衡分析,确定BSG基因位点的单倍型标签SNPs(haplotype tag SNPs,htSNPs);中性理论检验查明该基因位点SNPs频率分布是否符合选择中性。结果:共发现19个SNPs,其中包括2个新发现的SNPs;所有SNPs位点基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡。该基因位点共推测出4种常见单倍型域,确定9个SNPs为htSNPs。中性理论检验结果提示健康中国汉族人群BSG基因的SNPs分布符合中性进化假说。结论:首次对中国健康汉族人群BSG基因的SNPs进行了发掘,确定了其9个单倍型标签SNPs,为在汉族人群中研究该基因的遗传多态性与疾病易感性或药物反应性个体差异奠定了基础。 展开更多
关键词 BSG CD147 单核苷酸多态性(snps) 单倍型标签snps(tagsnps) 连锁不平衡(LD) 中国汉族人群
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