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三角帆蚌微卫星位点筛选及多态性分析 被引量：6
1
作者 罗明 白志毅 +1 位作者 李应森 李家乐 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2012年第1期80-84,共5页
采用磁珠富集法,以生物素标记的(CA)10寡核苷酸为探针,构建了三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)基因组微卫星富集文库。根据微卫星位点的侧翼序列设计引物,随机挑选扩增出与预期大小相符的32对引物,引物荧光标记后对24个三角帆蚌个体分别进... 采用磁珠富集法,以生物素标记的(CA)10寡核苷酸为探针,构建了三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)基因组微卫星富集文库。根据微卫星位点的侧翼序列设计引物,随机挑选扩增出与预期大小相符的32对引物,引物荧光标记后对24个三角帆蚌个体分别进行PCR扩增,共筛选出20对多态性较好的引物。结果表明,20个微卫星位点的等位基因数为5～20,有效等位基因数2.321 3～13.260 3。观察杂合度和期望杂合度分别为0.318 2～1.000 0和0.582 5～0.946 1;PIC值0.547 2～0.919 9;其中14个位点符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。本研究筛选的20个微卫星标记可作为三角帆蚌遗传多样性、种群遗传结构等研究的理想分子标记。 展开更多
关键词 三角帆蚌(Hyriopsis cumingii) 微卫星 磁珠富集法
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利用生物信息学数据及工具合成表达链霉亲和素基因 被引量：1
2
作者 谢月辉 余睿 +2 位作者 班韶 赵冲 孟照辉 《暨南大学学报（自然科学与医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期171-175,共5页
目的:人工合成表达链霉亲和素基因,制备链霉亲和素磁珠复合物用于核酸分离。方法:利用NCB I、BCM等提供的生物信息及软件工具,将链霉亲和素蛋白的基因进行密码子优化,并分割成互为重叠的小片段寡聚核苷酸链,采用化学和酶促合成相结合的... 目的:人工合成表达链霉亲和素基因,制备链霉亲和素磁珠复合物用于核酸分离。方法:利用NCB I、BCM等提供的生物信息及软件工具,将链霉亲和素蛋白的基因进行密码子优化,并分割成互为重叠的小片段寡聚核苷酸链,采用化学和酶促合成相结合的方法合成编码链霉亲和素蛋白基因。将纯化的链霉亲和素通过偶联剂与带羧基的磁粒共价结合,用于快速纯化生物素化的DNA。结果:用化学与酶促相结合一步法合成链霉亲和素全基因序列,用较短寡聚核苷酸链及较低的引物浓度合成该基因突变率很低,链霉亲和素在大肠杆菌中得到高效表达。用硅酸包衣的磁性微球对磁场反应良好且无磁记忆性,用碳二亚胺可实现活性羧基磁性微球与链霉亲和素两者的交联,反应条件温和。结论:制备的链霉亲和素磁珠复合物可用于生物素化的PCR产物纯化。 展开更多
关键词 生物信息学 基因合成 链霉亲和素 链霉亲和素磁珠
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用生物素标记探针和链亲和素磁珠分离HLA-A、-B、-C位点单体型
3
作者 陶苏丹 和艳敏 +4 位作者 章伟 王炜 何吉 朱发明 吕杭军 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期383-387,共5页
目的建立生物素标记探针和链亲和素磁珠分离人类白细胞抗原（humanleukocyteantigen，HLA）-A、-B、-C单体型的技术，以解决HLA分型过程中部分模棱两可的结果。方法根据IMGT／HLA数据库中HLA等位基因的序列信息，设计5’端生物素标记探... 目的建立生物素标记探针和链亲和素磁珠分离人类白细胞抗原（humanleukocyteantigen，HLA）-A、-B、-C单体型的技术，以解决HLA分型过程中部分模棱两可的结果。方法根据IMGT／HLA数据库中HLA等位基因的序列信息，设计5’端生物素标记探针。将探针与104份标本基因组DNA混合杂交，然后加入链亲和素磁珠孵育，形成链亲和素磁珠一生物素探针一单链DNA复合物，通过洗涤和解析从而实施有效的分离。对分离出的单体型基因组DNA进行HLA-A、-B或-C位点扩增和测序分析。结果设计的12个HLA-A、19个HLA-B、13个HLA-C位点探针中，经测序证实分别有9个、9个、5个探针成功分离了单链DNA标本。结论建立的探针和磁珠分离HLAA、-B、-C单体型技术具有可行性，可以解决HLA测序分型中部分模棱两可结果，提高分型的准确性。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 生物素探针 链亲和素磁珠 单体型分离
原文传递
用SSR分子标记分析无融合生殖龙须草的遗传多样性 被引量：1
4
作者 黎蓉 姚家玲 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期1-7,共7页
采用磁珠富集法构建龙须草微卫星文库,并开发出27对具有多态性的SSR引物,利用其中具有扩增差异的8对稳定的SSR引物,对龙须草11个居群和71个单株进行聚类分析。结果表明：居群间共检测到123个等位基因,每对引物可以稳定检测到6~34个多态... 采用磁珠富集法构建龙须草微卫星文库,并开发出27对具有多态性的SSR引物,利用其中具有扩增差异的8对稳定的SSR引物,对龙须草11个居群和71个单株进行聚类分析。结果表明：居群间共检测到123个等位基因,每对引物可以稳定检测到6~34个多态性片段。居群间的遗传相似系数为0.70~0.97,聚类分析将11个居群划分为4个类群,表明龙须草大多数居群之间的分化程度较低,与无融合生殖的特性相吻合。采用UPGMA法将分散在龙须草11个居群的71个单株分为3个群,与以居群为单位的研究结果相近;但是,星子居群内的3个单株、洋县居群的1个单株分别与本居群亲缘关系较远并与其他居群亲缘关系较近,显示在这2个居群内不同单株间存在较大的遗传差异,这种差异可能是居群内单株间无融合生殖程度不同所致。因此,在这2个居群内可能存在有性生殖频度较高的单株。 展开更多
关键词 无融合生殖 龙须草 SSR 遗传多样性 磁珠富集法 聚类分析
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巴氏蘑菇微卫星序列的分离及其对Co^60辐射诱变菌株的鉴别 被引量：1
5
作者 陈坚 翁伯琦 +5 位作者 陈彬 雷锦桂 朱炳耀 王义祥 杨志敏 江枝和 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期701-709,共9页
根据链霉素磁珠和生物素特异结合的特性,用生物素标记的二聚核苷酸重复序列探针从巴氏蘑菇的基因组中分离微卫星序列。将结合于链霉素磁珠上的标记探针同两端连接已知序列人工接头的巴氏蘑菇DNA酶切片段杂交。洗脱未杂交DNA片段后,用磁... 根据链霉素磁珠和生物素特异结合的特性,用生物素标记的二聚核苷酸重复序列探针从巴氏蘑菇的基因组中分离微卫星序列。将结合于链霉素磁珠上的标记探针同两端连接已知序列人工接头的巴氏蘑菇DNA酶切片段杂交。洗脱未杂交DNA片段后,用磁珠富集的片段建立微卫星文库。挑取522个菌落用对应重复序列为引物进行PCR筛选,得到48个阳性克隆,经测序有32个菌落含微卫星序列。微卫星富集效率为阳性克隆数的67%,总克隆数的6%。除去重复或无效的微卫星序列,在设计出的12对用于鉴别85个巴氏蘑菇的Co60辐射变异株微卫星引物中,有4对引物总共扩增出明显的变异菌株17个。证明有些微卫星位点可用于巴氏蘑菇辐射变异品种的指纹筛选与鉴别。 展开更多
关键词 简单序列重复 链霉素磁珠 生物素标记探针 担子菌门 分子标记
原文传递
ISSR-PCR和链亲和素磁珠吸附法开发白菜SSR引物 被引量：4
6
作者 崔秀敏 侯喜林 董玉秀 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期155-157,共3页
分别利用ISSR-PCR和链亲和素磁珠吸附法分离白菜基因组微卫星,共得到41对SSR引物。ISSR-PCR法运用巢式PCR,分别设计微卫星两侧引物IP2和IP3,SSR引物得率为12%。磁珠吸附法首先利用生物素标记的SSR探针与文库杂交,链亲和素磁珠吸附富集含... 分别利用ISSR-PCR和链亲和素磁珠吸附法分离白菜基因组微卫星,共得到41对SSR引物。ISSR-PCR法运用巢式PCR,分别设计微卫星两侧引物IP2和IP3,SSR引物得率为12%。磁珠吸附法首先利用生物素标记的SSR探针与文库杂交,链亲和素磁珠吸附富集含SSR的片段。然后用接头引物扩增,克隆。根据测序结果,设计SSR两侧引物PL和PR,引物得率为9.6%。 展开更多
关键词 白菜 微卫星 ISSR-PCR 链亲和素磁珠吸附 SSR引物
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玉叶金花(Mussaenda pubescens)SSR引物的快速开发 被引量：2
7
作者 王小兰 庾文根 +2 位作者 周玉萍 程惠贞 田长恩 《广州大学学报（自然科学版）》 CAS 2007年第1期50-52,共3页
利用链亲和素磁珠吸附法捕捉能与生物素标记的探针(AC)15退火结合的玉叶金花(Mussaenda pu-bescens)微卫星序列的单链限制性酶切片段.获得的单链目的片段,经PCR扩增形成双链,然后克隆到pGEMT载体上,转化至DH5α中,得到一个微卫星序列文... 利用链亲和素磁珠吸附法捕捉能与生物素标记的探针(AC)15退火结合的玉叶金花(Mussaenda pu-bescens)微卫星序列的单链限制性酶切片段.获得的单链目的片段,经PCR扩增形成双链,然后克隆到pGEMT载体上,转化至DH5α中,得到一个微卫星序列文库.经测序统计,引物得率为12.5%;根据序列设计的SSR两侧引物PL和PR,共得到5对有多态性的SSR引物.玉叶金花微卫星引物的筛选将为下一步进行玉叶金花基因组结构的分析、分子进化和系统发育研究提供重要的微卫星标记. 展开更多
关键词 玉叶金花 微卫星 链亲和素磁珠吸附
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