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全细胞SELEX法筛选单增李斯特菌的ssDNA适配体 被引量:1
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作者 孙程 徐宝霞 +2 位作者 徐珍霞 陈福生 吴仁蔚 《现代食品科技》 EI CAS 北大核心 2018年第8期110-115,共6页
以单增李斯特菌活细胞为靶标,采用指数富集配基的系统进化技术(Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment,SELEX)从含40个随机碱基序列的单链DNA(single-stranded DNA,ss DNA)文库中筛选与之特异性结合的适配体。酶... 以单增李斯特菌活细胞为靶标,采用指数富集配基的系统进化技术(Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment,SELEX)从含40个随机碱基序列的单链DNA(single-stranded DNA,ss DNA)文库中筛选与之特异性结合的适配体。酶联配体吸附法(ELASA)测定筛选过程中次级文库与单增李斯特菌结合力的变化。对筛选得到的适配体进行序列测定,RNA structure软件预测二级结构,ELASA测定适配体与靶标的结合能力和特异性。结果显示,每轮筛选后次级文库与靶标的亲和力增强,特异性适配体逐步得到富集。测序获得23条适配体,其序列同源性不高,但预测的二级结构有些相似,根据二级结构将其分为3个群,分析结果表明二级结构与适配体的亲和力有关。挑选亲和力较强的21号(Lma-21)和35号(Lma-35)适配体能特异性地识别单增李斯特菌。本研究为开发食源性病原菌单增李斯特菌的新型检测试剂提供了基础材料。 展开更多
关键词 单增李斯特菌 ssdna适配体 全细胞SELEX 二级结构
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慢性粒细胞白血病ssDNA适配子PCR扩增条件的优化
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作者 习静 郭鹏 +2 位作者 韩跃武 刘文伟 张雪燕 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 2013年第3期422-424,429,共4页
目的优化慢性粒细胞白血病(Chronic myelogenous leukemia,CML)ssDNA适配子的PCR扩增条件。方法以合成的核苷酸适配子为模板并设计引物,根据引物解链温度(Tm值)设置不同的退火温度(38.0、39.2、41.2、44.2、48.3、51.5、53.6、55.0℃)... 目的优化慢性粒细胞白血病(Chronic myelogenous leukemia,CML)ssDNA适配子的PCR扩增条件。方法以合成的核苷酸适配子为模板并设计引物,根据引物解链温度(Tm值)设置不同的退火温度(38.0、39.2、41.2、44.2、48.3、51.5、53.6、55.0℃)、循环次数(12、16、20、24、28、30、35、38、40)及非限制性与限制性引物比例(1∶1、30∶1、50∶1、70∶1、80∶1、100∶1),进行PCR扩增,优化CML ssDNA适配子对称PCR及间接不对称PCR扩增条件,并验证优化的PCR条件的重复性。结果对称PCR扩增的最佳退火温度为44.2℃,最佳循环次数为30次;间接不对称PCR的最佳循环次数为38次,非限制性引物与限制性引物浓度比例为50∶1时,可获得理想的ssDNA和较少的dsDNA;优化的PCR条件重复性较好。结论优化了CML ssDNA适配子的PCR扩增条件,为筛选到特异性的ssDNA适配子提供了参考,也为后续试验奠定了基础。 展开更多
关键词 慢性粒细胞白血病 ssdna适配子 聚合酶链反应 优化
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慢性粒细胞白血病ssDNA适配子检测方法的评价
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作者 习静 徐攀 +7 位作者 郭鹏 韩跃武 陈雪丽 张萍 王瑞玲 袁琳 陈丹 马驰 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 2013年第9期1342-1346,共5页
目的评价慢性粒细胞白血病(chronic myeloid leukemia,CML)ssDNA适配子检测方法的临床诊断应用价值。方法基于前期构建的方法,用ssDNA适配子与K562细胞及临床CML标本结合进行检测,在优化的检测条件下,以美国临床实验室标准化组织(Clinic... 目的评价慢性粒细胞白血病(chronic myeloid leukemia,CML)ssDNA适配子检测方法的临床诊断应用价值。方法基于前期构建的方法,用ssDNA适配子与K562细胞及临床CML标本结合进行检测,在优化的检测条件下,以美国临床实验室标准化组织(Clinical and Laboratory Standard Institude,CLSL)的相关标准为依据,对该方法进行方法学评价,并对方法进行临床诊断性能的评价。结果建立的方法回归方程为:y=1 476.4+495.31 x,r2=0.976 6,拟合度较高;该方法敏感性较高,特异性较强,检测高、中、低浓度的K562细胞的批内变异系数均小于5%,日间变异系数均大于5%;该方法测得的不同浓度CML标本的总平均回收率为78.7%;测得的溶血、黄疸及血脂标本的平均干扰率均>10.0%;ROC曲线下面积为0.867,ssDNA适配子检测CML组、非慢粒类型白血病组、健康对照组标本的敏感度为75%,特异度为77%,阳性似然比为3.26,阴性似然比为0.32,漏诊率为25%,可靠度为0.306,可用度为0.52。结论 CML ssDNA适配子检测方法本身灵敏度高,检测阈值低,特异性强;在临床诊断性能研究中,该方法特异性高,但敏感性较低,具有一定的临床诊断价值。但该方法抗干扰能力弱,重复性较差,且可靠度<0.5,其临床应用还有一定的局限性。 展开更多
关键词 慢性粒细胞白血病 ssdna适配子 方法学评价 诊断价值
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ssDNA适配体阻断FcγR介导巨噬细胞吞噬作用的研究 被引量:1
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作者 李桢 徐华 +1 位作者 周华友 张印则 《中国输血杂志》 北大核心 2017年第9期981-983,共3页
目的验证ssDNA适配体阻断RhD抗原-抗体的结合,进而阻断FcγR介导巨噬细胞吞噬作用的能力。方法0.2%红细胞悬液分为三组:实验组(加入经ssDNA处理过的RhD IgG单克隆抗体)、空白对照(未处理的红细胞悬液)、阳性对照(加入未经ssDNA处理的RhD... 目的验证ssDNA适配体阻断RhD抗原-抗体的结合,进而阻断FcγR介导巨噬细胞吞噬作用的能力。方法0.2%红细胞悬液分为三组:实验组(加入经ssDNA处理过的RhD IgG单克隆抗体)、空白对照(未处理的红细胞悬液)、阳性对照(加入未经ssDNA处理的RhD IgG单克隆抗体)。37℃孵育30 min。洗涤后加入1∶500的羊抗人IgG Alexa Fluor 488荧光抗体,37℃,30 min。洗涤后流式细胞仪检测。单核细胞单层试验收集6人份外周血单核细胞于37℃混合培养1h,洗去未贴壁细胞。以2∶1体积加入不含荧光抗体的三组红细胞,培养1.5 h后进行瑞氏-姬姆萨染色。镜下观察500个单核细胞,计算平均吞噬指数。结果流式结果显示,阳性对照荧光强度为3 166.33±172.55,而实验组荧光强度仅为307.00±45.18,与空白对照组(287.33±30.50)无显著性差异。MMA实验结果显示,阳性对照组单核细胞平均吞噬指数(7.20±1.48)Cut-off值(0.35),结果为阳性;试验组的吞噬指数(0.07±0.12)低于Cut-off值,结果为阴性。结论 ssDNA与RhD抗体结合后可使RhD抗体丧失与RhD抗原特异性结合的能力,以至于红细胞不会被致敏,为新生儿溶血病的治疗提供了新的思路。 展开更多
关键词 核酸适配体 RhD抗体 单核细胞单层试验 流式细胞术
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大鼠成骨细胞特异单链DNA适配体的筛选与鉴定
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作者 李慧 丁红梅 +7 位作者 李洁 黄皑雪 苏雪婷 梁超 张令强 赵强 李少华 邵宁生 《生物技术通讯》 CAS 2015年第1期81-84,共4页
目的:筛选能特异识别大鼠成骨细胞的单链DNA(ssDNA)适配体并对其进行鉴定。方法:利用完整细胞为靶标的消减细胞SELEX技术筛选大鼠成骨细胞特异ssDNA适配体,通过荧光显微镜、流式细胞术、基因克隆测序、MEME在线软件和RNA structure分析... 目的:筛选能特异识别大鼠成骨细胞的单链DNA(ssDNA)适配体并对其进行鉴定。方法:利用完整细胞为靶标的消减细胞SELEX技术筛选大鼠成骨细胞特异ssDNA适配体,通过荧光显微镜、流式细胞术、基因克隆测序、MEME在线软件和RNA structure分析软件,分析适配体的一、二级结构,并对筛选得到的适配体进行鉴定。结果:经过6轮消减细胞SELEX筛选,荧光显微镜鉴定文库已富集;通过流式细胞术检测及测序分析,得到2条适配体L54和L66与大鼠成骨细胞特异结合,其平衡解离常数分别为494.4±133.3和511.4±160.7 nmol/L。结论:筛选获得特异识别大鼠成骨细胞的ssDNA适配体。 展开更多
关键词 大鼠成骨细胞 DNA文库 适配体 SELEX筛选 鉴定
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Vasorin蛋白特异单链DNA适配体的筛选与鉴定 被引量:4
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作者 李慧 王玮 +7 位作者 丁红梅 董洁 黄皑雪 罗昭锋 李洁 白琛俊 李少华 邵宁生 《生物技术通讯》 CAS 2018年第4期459-464,共6页
目的:筛选能特异识别vasorin(VASN)蛋白的单链DNA(ss DNA)适配体并对其进行鉴定。方法:利用SPRSELEX技术筛选VASN蛋白特异ss DNA适配体,通过基因克隆测序、MEME在线软件和RNA structure软件分析富集文库序列并挑选出候选适配体序列,利用... 目的:筛选能特异识别vasorin(VASN)蛋白的单链DNA(ss DNA)适配体并对其进行鉴定。方法:利用SPRSELEX技术筛选VASN蛋白特异ss DNA适配体,通过基因克隆测序、MEME在线软件和RNA structure软件分析富集文库序列并挑选出候选适配体序列,利用EMSA、ELISA、流式细胞术对候选适配体进行特异性与亲和力鉴定。结果:经过5轮SELEX筛选,获得了与VASN蛋白特异结合的ss DNA适配体富集文库,合成候选适配体,经EMSA和ELISA检测分析,证实适配体V4-2能与VASN蛋白特异结合,而不与无关对照牛血清白蛋白结合,其平衡解离常数为281.3±103.7 nmol/L;流式细胞术证实V4-2能够特异识别高表达VASN蛋白的Hep G2细胞。结论:筛选获得特异识别VASN蛋白的ss DNA适配体V4-2。 展开更多
关键词 vasorin 指数富集的配基系统进化(SELEX) 适配体 单链DNA
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