隐Markov模型的基本原理及其在基因识别中的应用 被引量：2

1

作者 张梅 《陕西科技大学学报（自然科学版）》 2003年第4期102-105,共4页

隐Markov模型(Hidden Markov model,HMM)用于基因识别研究是生物信息学研究的新领域,剪接位点的识别是基因识别中的一个重要环节。本文中作者主要介绍了隐Markov模型的基本原理,讨论了HMM在生物信息学中的应用以及HMM用于识别基因的模型... 隐Markov模型(Hidden Markov model,HMM)用于基因识别研究是生物信息学研究的新领域,剪接位点的识别是基因识别中的一个重要环节。本文中作者主要介绍了隐Markov模型的基本原理,讨论了HMM在生物信息学中的应用以及HMM用于识别基因的模型。HMM用于识别剪接位点的实验结果表明,该方法可以很好的提取剪接位点附近保守序列的统计特征,对剪接位点的识别率达到90％以上。 展开更多

关键词 隐MARKOV模型 基因识别 生物信息学 基本原理 剪接位点 基因结构 HMM

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核小体定位与RNA剪接 被引量：6

2

作者 陈伟 罗辽复 +1 位作者 张利绒 邢永强 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第8期1035-1040,共6页

根据核小体定位序列和缺失序列的碱基分布特征,应用多样性增量二次判别方法(IDQD)构建模型对这两类序列进行了区分,受试者操作特性曲线下的面积达到了0.958.应用这一模型研究了核小体在人类基因组剪接位点(GT/AG)邻近序列中的分布方式,... 根据核小体定位序列和缺失序列的碱基分布特征,应用多样性增量二次判别方法(IDQD)构建模型对这两类序列进行了区分,受试者操作特性曲线下的面积达到了0.958.应用这一模型研究了核小体在人类基因组剪接位点(GT/AG)邻近序列中的分布方式,发现外显子所对应的DNA序列通常倾向参与核小体的形成,并且由它所转录的RNA统计上具有较强的刚性,而剪接位点及其邻近的内含子对应的DNA序列则避免参与核小体的形成,所转录的RNA统计上具有较强的柔性.进一步还发现,DNA序列的核小体定位/缺失和RNA的刚性/柔性具有统计相关性,为从机制上解释为何前体RNA剪接事件与DNA序列中的核小体定位信息有关提供了依据. 展开更多

关键词 多样性增量二次判别方法 核小体定位 剪接位点 RNA柔性

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kit基因c.2472＋1G＞A突变在一个中国家系导致斑驳病 被引量：6

3

作者 全意 廖希 +1 位作者 梁德生 邬玲仟 《中华皮肤科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期399-401,共3页

目的 对一斑驳病家系行分子遗传学分析,明确该家系的致病突变.方法 运用PCR、逆转录PCR和DNA测序对家系成员kit基因进行基因检测.结果 先证者的kit基因存在c.2472＋1G〉A的杂合突变,该突变使第17号外显子3＇端剪接位点丢失,导致kit基因... 目的 对一斑驳病家系行分子遗传学分析,明确该家系的致病突变.方法 运用PCR、逆转录PCR和DNA测序对家系成员kit基因进行基因检测.结果 先证者的kit基因存在c.2472＋1G〉A的杂合突变,该突变使第17号外显子3＇端剪接位点丢失,导致kit基因所编码的mRNA第17号外显子缺失,家系中其他患者均存在相同突变,家系中正常个体中没有此突变.结论 kit基因的c.2472＋1G〉A杂合突变是导致家系成员发生斑驳病的致病突变. 展开更多

关键词 斑驳病 基因 kit 突变 剪接位点

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基于稳健判别方法的基因剪切位点识别 被引量：2

4

作者 师玥 金蛟 《数学的实践与认识》 北大核心 2016年第22期202-208,共7页

基因识别是生物信息学研究的一个分支.多元统计中的判别分析方法模型简单、便于解释,处理剪切位点的识别问题效果良好,但极易受到异常值的影响.对于传统判别分析方法,使用稳健统计量进行优化,得到较好的效果,并通过加权方法进一步提高... 基因识别是生物信息学研究的一个分支.多元统计中的判别分析方法模型简单、便于解释,处理剪切位点的识别问题效果良好,但极易受到异常值的影响.对于传统判别分析方法,使用稳健统计量进行优化,得到较好的效果,并通过加权方法进一步提高了判别分析方法的稳健性,取得了更好的识别效果.加权稳健判别分析方法稳健性高、受离群值影响小,对其他分类判别问题具有很好的实际意义和参考价值. 展开更多

关键词 基因识别 剪切位点 异常值 加权稳健判别分析

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应用序列特征分析基因剪接信号 被引量：2

5

作者 马猛 汪洋 《计算机工程与应用》 CSCD 2012年第27期180-185,共6页

在基因选择性剪接调控过程中,有各种剪接信号参与其中,如剪接位点、剪接调控元件等。如何识别这些剪接信号、研究其在基因组中的分布规律是一个有趣的问题。设计了一个基于序列特征的剪接信号打分算法,该算法可赋予每个信号一个分值,表... 在基因选择性剪接调控过程中,有各种剪接信号参与其中,如剪接位点、剪接调控元件等。如何识别这些剪接信号、研究其在基因组中的分布规律是一个有趣的问题。设计了一个基于序列特征的剪接信号打分算法,该算法可赋予每个信号一个分值,表示其信号强度。基于该打分算法所构建的分类器可用于预测识别新的剪接信号。应用该打分算法研究剪接位点和剪接调控元件在基因组中的分布,发现这两类信号具有互补特性。该研究提供了一种可用于分析生物序列数据的新方法,给出了一个从生物信息学角度来研究基因调控问题的新途径。 展开更多

关键词 序列特征 基因剪接 剪接位点 剪接调控元件

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Takagi-Sugeno模型在剪接位点识别中的应用 被引量：1

6

作者 郭烁 朱义胜 《大连海事大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第4期60-64,共5页

为降低基因剪接位点识别算法复杂度和计算量,根据剪接位点上下游序列的保守特性及碱基组成随位点邻近序列GC含量变化等统计特征,建立Takagi-Sugeno模糊模型.通过模型输出值和阈值比较,判断真实的剪接位点.基于模糊似然函数的模糊聚类算... 为降低基因剪接位点识别算法复杂度和计算量,根据剪接位点上下游序列的保守特性及碱基组成随位点邻近序列GC含量变化等统计特征,建立Takagi-Sugeno模糊模型.通过模型输出值和阈值比较,判断真实的剪接位点.基于模糊似然函数的模糊聚类算法确定模型结构和前件参数,并结合最小二乘法完成该模型后件参数的识别.仿真结果表明,该算法简单,可使模糊模型的结构辨识和参数辨识同时完成,从而实现模糊模型的快速识别;能够很好地提取剪接位点附近保守序列的统计特征,为剪接位点的识别提供一种新的方法. 展开更多

关键词 Takagi—Sugeno模型 剪接位点 识别 模糊似然函数 最小二乘法 阈值 GC含量

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多尺度组分特征和位点关联特征相融合的剪接位点识别 被引量：1

7

作者 周雄 《计算机工程与应用》 CSCD 2014年第10期120-123,187,共5页

为了提高剪接位点的识别精度,提出一种多尺度组分和位点关联特征相融合的剪接位点识别模型(MSC-APR)。确定剪接位点序列保守性的窗口长度,分别提取序列的多尺度组分和位点关联特征,然后将两类特征组合输入最小二乘支持向量机构建剪接位... 为了提高剪接位点的识别精度,提出一种多尺度组分和位点关联特征相融合的剪接位点识别模型(MSC-APR)。确定剪接位点序列保守性的窗口长度,分别提取序列的多尺度组分和位点关联特征,然后将两类特征组合输入最小二乘支持向量机构建剪接位点分类器,采用数据集HS3D和NN269进行仿真实验。结果表明,MSC-APR的剪接位点识别精度明显优于对比模型的识别精度。 展开更多

关键词 剪接位点 最小二乘支持向机 位点关联特征 多尺度组分特征

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基于序列模式挖掘的基因剪接位点 被引量：1

8

作者 孙永山 赵海峰 +3 位作者 汤振宇 李旦 马猛 陈荣 《数据采集与处理》 CSCD 北大核心 2016年第5期1010-1019,共10页

剪接是基因表达过程中连接转录和翻译的中枢步骤,是一个高度调控的过程。剪接位点是基因剪接过程中的核心调控元件。本文通过挖掘剪接位点序列中蕴含的序列特征,提出了一个基于序列模式挖掘的基因剪接位点序列打分模型。通过该模型,实... 剪接是基因表达过程中连接转录和翻译的中枢步骤,是一个高度调控的过程。剪接位点是基因剪接过程中的核心调控元件。本文通过挖掘剪接位点序列中蕴含的序列特征,提出了一个基于序列模式挖掘的基因剪接位点序列打分模型。通过该模型,实现对剪接位点序列信号强度的定量度量。实验结果表明,该模型可有效分类真假剪接位点序列,分类效果优于最大信息熵模型,模型具有良好的鲁棒性,并且可有效识别致病剪接位点序列突变。 展开更多

关键词 剪接位点 序列模式 最大信息熵模型 致病突变

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基于改进的自组织神经网络的基因剪切位点的识别

9

作者 苏洪全 朱义胜 《大连海事大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期61-64,共4页

为提高基因序列中剪切位点的识别率,将无先导卡尔曼滤波器(UKF)和自组织神经网络(SOFM)相结合,给出一种非线性高维数据的聚类算法。利用无先导变换(UT)参数化SOFM邻域宽度函数的均值和方差,并采用UKF进行预测,完成SOFM参数的自适应过程... 为提高基因序列中剪切位点的识别率,将无先导卡尔曼滤波器(UKF)和自组织神经网络(SOFM)相结合,给出一种非线性高维数据的聚类算法。利用无先导变换(UT)参数化SOFM邻域宽度函数的均值和方差,并采用UKF进行预测,完成SOFM参数的自适应过程。该算法用于基因剪切位点的识别结果表明:较SOFM与EKF参数自适应方法,该算法识别精度较高,验证了其有效性和可行性。 展开更多

关键词 自组织神经网络(SOFM) 剪切位点 卡尔曼滤波器 (KF) 扩展卡尔曼滤波器(EKF) 无先导卡尔曼滤 波器(UKF)

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不依赖于剪接位点信号的高精度转录组序列比对算法

10

作者 张勇 徐云 《计算机系统应用》 2016年第12期138-142,共5页

高通量转录组测序技术已经发展成为分析不同细胞中选择性剪接事件的最有效方法,其测序数据处理的第一步是将数以百万的测序片段准确地比对到参考序列上,称之为转录组序列比对.现有的比对工具基本上都是依赖于经典的剪接位点信号,一定程... 高通量转录组测序技术已经发展成为分析不同细胞中选择性剪接事件的最有效方法,其测序数据处理的第一步是将数以百万的测序片段准确地比对到参考序列上,称之为转录组序列比对.现有的比对工具基本上都是依赖于经典的剪接位点信号,一定程度上限制了转录组测序技术发现全新剪接位点的能力.为此,我们设计了一种不依赖于剪接位点信号的转录组序列比对方法 RNAMap,该方法按照重叠种子方式划分测序片段,使用带有左右锚点的窗口扫描参考序列,找出种子中含有的剪接位点.计算实验表明,RNAMap精确度高达95%,召回率也明显优于其他算法. 展开更多

关键词 选择性剪接 高通量转录组测序 滑动窗口 剪接位点

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下一代测序技术数据中的选择性剪切计算识别方法研究

11

作者 邹权 李旭斌 +2 位作者 林子雨 江弋 林琛 《电子学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第2期350-357,共8页

随着测序技术的发展,下一代测序技术(Nex-t Generation Sequencing)给生物信息学领域研究带来了新的机遇和挑战.由于选择性剪切(alternative splicing,AS)在真核生物基因表达和蛋白质多样性方面的重要性,识别选择性剪切位点一直都是研... 随着测序技术的发展,下一代测序技术(Nex-t Generation Sequencing)给生物信息学领域研究带来了新的机遇和挑战.由于选择性剪切(alternative splicing,AS)在真核生物基因表达和蛋白质多样性方面的重要性,识别选择性剪切位点一直都是研究的重点.下一代测序技术的出现,使得选择性剪切研究的计算方法不断地变化.介绍了选择性剪切过去和目前研究的状况,然后总结了基于RNA-seq数据的选择性剪切研究方法、软件以及数据库,并利用了RNA-seq数据比较了相关软件,最后讨论了选择性剪切中计算方法的发展方向和前景. 展开更多

关键词 下一代测序技术 RNA-SEQ 选择性剪切 剪切位点 读段定位 生物信息学

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RS-GA-KNN算法识别灵长类动物DNA序列剪接位点

12

作者 张运陶 丁保淼 黎云祥 《华中师范大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 2006年第1期90-94,共5页

以灵长类动物DNA序列的剪接位点识别资料为研究对象,将选定样本序列中各碱基编码作为原始变量数据,用粗糙集方法和遗传算法对原始变量数据进行变量筛选,即以粗糙集方法选取的变量为基础,用遗传算法进行变量的二次搜索,从样本序列各碱基... 以灵长类动物DNA序列的剪接位点识别资料为研究对象,将选定样本序列中各碱基编码作为原始变量数据,用粗糙集方法和遗传算法对原始变量数据进行变量筛选,即以粗糙集方法选取的变量为基础,用遗传算法进行变量的二次搜索,从样本序列各碱基中挑选出保守性强的碱基对应的变量构成变量集,采用最近邻聚类识别灵长类动物DNA序列剪接位点类型,总识别准确率达90.66%,明显高于直接使用原始变量数据或将粗糙集理论方法和遗传算法单独用于变量选取的识别结果. 展开更多

关键词 粗糙集理论 遗传算法 最近邻聚类 剪接位点 识别

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利用条件随机场实现DNA剪接位点的预测

13

作者 杨王黎 许少华 《重庆大学学报（自然科学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2010年第10期129-132,共4页

为解决传统的基因识别算法主要关注编码区的整体特性,而并不着重考虑个别位点的信息,因此难以准确地识别出剪接位点的缺点,提出了基于条件随机场的剪接位点预测方法,条件随机场能够更好的处理标记数据之间的依赖关系,并且能够避免数据... 为解决传统的基因识别算法主要关注编码区的整体特性,而并不着重考虑个别位点的信息,因此难以准确地识别出剪接位点的缺点,提出了基于条件随机场的剪接位点预测方法,条件随机场能够更好的处理标记数据之间的依赖关系,并且能够避免数据标记偏置的问题。实验结果表明基于条件随机场的剪接位点预测方法是一种合适的方法,能够取得更好的效果。 展开更多

关键词 剪接位点 条件随机场 基因编码区域

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基于支持向量机(SVM)的剪接位点识别 被引量：19

14

作者 闻芳 卢欣 +1 位作者 孙之荣 李衍达 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 1999年第4期733-739,共7页

剪接位点的识别作为基因识别中的一个重要环节， 一直受到研究人员的关注。考虑到剪接位点附近存在的序列保守性，已有一些基于统计特性的方法被用于剪接位点的识别中，但效果仍有待进一步改进。支持向量机（Ｓｕｐｐｏｒｔ Ｖｅｃｔｏ... 剪接位点的识别作为基因识别中的一个重要环节， 一直受到研究人员的关注。考虑到剪接位点附近存在的序列保守性，已有一些基于统计特性的方法被用于剪接位点的识别中，但效果仍有待进一步改进。支持向量机（Ｓｕｐｐｏｒｔ Ｖｅｃｔｏｒ Ｍａｃｈｉｎｅｓ） 作为一种新的基于统计学习理论的学习机，近几年有了很大的发展，已被应用在模式识别的许多问题中。文中将其用于剪接位点的识别中，并针对满足ＧＴ－ ＡＧ 规则的序列样本中虚假剪接位点的样本数远大于真实位点这一特性， 提出了一种基于ＳＶＭ 的平衡取小法以获得更好的识别效果。实验结果表明，应用支持向量机进行剪接位点的识别能更好地提取位点附近保守序列的统计特征，对测试集具有更好的推广能力，并且使用上更加简单。这一结果为剪接位点的识别提供了一种新的方法，同时也为生物大分子研究中结构和位点的识别问题的解决提供了新的线索。 展开更多

关键词 基因识别 支持向量机 剪接位点 识别

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基于支持向量机的人类5'非翻译区剪接位点识别 被引量：6

15

作者 晏春 杜耀华 +1 位作者 高青斌 王正志 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期284-288,共5页

基因非编码区域剪接位点的识别是基因识别中一个非常具有挑战性的问题,尤其是5'非翻译区中剪接位点的识别。与一般剪接位点不同,5'非翻译区剪接位点的两侧不存在由编码到非编码的状态转移,所以通常的剪接位点识别算法在非翻译... 基因非编码区域剪接位点的识别是基因识别中一个非常具有挑战性的问题,尤其是5'非翻译区中剪接位点的识别。与一般剪接位点不同,5'非翻译区剪接位点的两侧不存在由编码到非编码的状态转移,所以通常的剪接位点识别算法在非翻译区的性能不太理想。文章采用了基于支持向量机的方法对5'非翻译区中的剪接位点进行识别。为了提高识别精度,采用了基于矩阵相似性度量的核函数参数选取方法,它能够简单快速地确定合适的核函数参数,进而提高核函数的识别性能。通过实验验证,经过参数选择后的支持向量机能够较好地识别5'非翻译区剪接位点。 展开更多

关键词 5’非翻译区剪接位点 识别 支持向量机 核函数 参数选择

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一种基于综合信息的剪接位点识别方法 被引量：2

16

作者 王科俊 吕俊杰 +1 位作者 冯伟兴 王鑫 《华中科技大学学报（自然科学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第3期111-114,共4页

为提高剪接位点识别的精度,提出一种基于综合信息的剪接位点识别方法.通过分析供体位点与受体位点的剪接信号、剪接序列、位点附近序列的二级结构,以及剪接因子作用过程等特征,分别为供体位点与受体位点建立信号模型和序列模型;应用Vie... 为提高剪接位点识别的精度,提出一种基于综合信息的剪接位点识别方法.通过分析供体位点与受体位点的剪接信号、剪接序列、位点附近序列的二级结构,以及剪接因子作用过程等特征,分别为供体位点与受体位点建立信号模型和序列模型;应用Vienna软件中的Mfold包预测每个剪接位点附近序列最稳定的二级结构,将传统的四字符核酸表转化为八字符核酸表,每个序列用八字符进行描述,用结合了结构信息的序列对信号模型和序列模型进行训练学习;最后用训练好的模型进行剪接位点的识别.实验结果证明:该方法对剪接位点的识别取得了很好的效果,其识别精度可达95%以上. 展开更多

关键词 生物信息学 剪接位点 剪接信号 可变剪接 二级结构

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遗传性多发性骨软骨瘤EXT1基因一个新的剪接突变及致病机制分析 被引量：3

17

作者 郭小艳 严伟 +2 位作者 陈嵘 李茜茜 洪国粦 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第10期672-676,共5页

目的对遗传性多发性骨软骨瘤致病基因EXT1一个新的剪接突变进行分析，并研究其致病机制。方法2013年4月厦门大学附属福州第二医院骨肿瘤科收治的多发性骨软骨瘤患者即先证者因全身多处关节畸形20余年于门诊收入院，采集先证者及父母外... 目的对遗传性多发性骨软骨瘤致病基因EXT1一个新的剪接突变进行分析，并研究其致病机制。方法2013年4月厦门大学附属福州第二医院骨肿瘤科收治的多发性骨软骨瘤患者即先证者因全身多处关节畸形20余年于门诊收入院，采集先证者及父母外周血并提取基因组DNA，PCR扩增EXT1／EXT2基因编码区及邻近内含子序列并测序；生物信息学分析所得突变；以先证者、母亲及正常人血组织cDNA为模板，扩增EXT1基因编码区并将产物做TA克隆测序，用卡方检验统计分析各组异常转录本数以研究该突变的致病机制。结果基因测序发现先证者及母亲EXT1基因第4内含子5’剪接位点存在杂合性缺失突变（c．1284＋2del）；生物信息学预测该突变可导致外显子4跳跃或异常剪接；TA克隆测序及统计分析表明先证者及母亲含外显子4跳跃的转录本其比例均明显高于正常人（P=0．000，P〈0．01）。结论EXT1基因突变c．1284＋2del导致较大数量的EXT1基因转录本外显子4跳跃，而影响其正常转录翻译。 展开更多

关键词 外生骨疣 多发性遗传性 N-乙酰氨基葡糖转移酶类 RNA剪接位点 突变

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膀胱癌细胞Bcl-x前体mRNA剪接模式调控的研究 被引量：2

18

作者 朱朝辉 邢诗安 +2 位作者 程平 曾甫清 鲁功成 《中华泌尿外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第10期665-668,共4页

目的　探讨Bcl x前体mRNA在膀胱癌细胞BIU 87中的剪接模式并比较不同剪接模式的作用与凋亡效应。　方法　利用反义寡核苷酸靶击Bcl x基因下游选择性 5′端剪接点 ,将其剪接模式从Bcl xL移至Bcl xS。应用细胞增殖活性分析、逆转录聚合酶... 目的　探讨Bcl x前体mRNA在膀胱癌细胞BIU 87中的剪接模式并比较不同剪接模式的作用与凋亡效应。　方法　利用反义寡核苷酸靶击Bcl x基因下游选择性 5′端剪接点 ,将其剪接模式从Bcl xL移至Bcl xS。应用细胞增殖活性分析、逆转录聚合酶链反应、细胞周期时相分析、Westernblot和克隆形成等方法检测Bcl x前体mRNA剪接模式调控对肿瘤细胞的抑制效应。　结果　当反义寡核苷酸 (AS)浓度为 1.6 μmol/L时 ,转染后 72h细胞生长抑制率分别为 5 8.2 % ( 5′ Bcl xAS)和 32 .5 % ( 3′ Bcl xAS) ,其抑制效应呈浓度和时间依赖性 ,抑制效应在治疗后 12h开始出现 ,72h达到高峰 ;S期细胞比例显著下降 ,G1期细胞比例上升 ;克隆形成率降低。 5′ Bcl xAS组Bcl xLmRNA和蛋白质表达降低 ,Bcl xSmRNA和蛋白质表达增高。剪接模式Bcl xS( 5′ Bcl xAS)调控诱导的凋亡效应大约 2倍于Bcl xL( 3′ Bcl xAS)调控模式。　结论　膀胱癌细胞BIU 87中Bcl x前体mRNA剪接模式对肿瘤细胞的抑制作用优于Bcl 展开更多

关键词 BCL-XL 膀胱癌细胞 抑制效应 反义寡核苷酸 凋亡 蛋白质表达 调控 剪接 前体MRNA 克隆

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利用多样性增量位置得分函数预测人类5'非翻译区剪接位点 被引量：1

19

作者 陈丽萍 吕军 《内蒙古工业大学学报（自然科学版）》 2009年第4期274-278,共5页

5’非翻译区中的剪接位点两侧不存在由编码区到非编码区的状态转换,所以通常的识别剪接位点的算法在非翻译区的性能不太理想.本文把多样性增量的位置得分函数应用到5’非翻译区剪接位点的识别中.对于供体端,正负集样本数之比为1∶17,识... 5’非翻译区中的剪接位点两侧不存在由编码区到非编码区的状态转换,所以通常的识别剪接位点的算法在非翻译区的性能不太理想.本文把多样性增量的位置得分函数应用到5’非翻译区剪接位点的识别中.对于供体端,正负集样本数之比为1∶17,识别敏感性为66.91%,阳性预报值为68.54%,总精度为96.45%,ROC曲线下面积为97.23%;对于受体端,正负集样本数之比为1:24,识别敏感性为77.19%,阳性预报值为29.37%,总精度为91.78%,ROC曲线下面积为93.91%.这一结果要好于已有相似算法. 展开更多

关键词 5’非翻译区 剪接位点识别 多样性增量位置得分函数

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甘油磷酸二酯酶家族蛋白的分子进化 被引量：1

20

作者 孙兰茜 常平安 +5 位作者 曾鑫 韩丽萍 冉凤 王超颖 王玲 黄飞飞 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期172-178,共7页

甘油磷酸二酯酶(glycerophosphodiesterrase,GDE)是原核和真核生物中高度保守的一类酶,然而不同物种存在不同数量的蛋白成员。本文以8种模式生物的甘油磷酸二酯酶家族蛋白为基础,通过邻接法构建该家族的进化树,以了解GDE家族成员的进化... 甘油磷酸二酯酶(glycerophosphodiesterrase,GDE)是原核和真核生物中高度保守的一类酶,然而不同物种存在不同数量的蛋白成员。本文以8种模式生物的甘油磷酸二酯酶家族蛋白为基础,通过邻接法构建该家族的进化树,以了解GDE家族成员的进化关系。采用多序列比对、RNA剪接位点(外显子/内含子)分析以及跨膜结构域预测对所建树进行信息挖掘。通过上述方法,提出并初步验证了GDE家族分为3个亚族的观点,即第一亚族为GDE5,第二亚族包括GDE4和GDE7,第三亚族含有GDE1、GDE2、GDE3、GDE6四个成员。 展开更多

关键词 甘油磷酸二酯酶 分子进化 序列比对 RNA剪接位点 跨膜结构域

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