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四川省常用玉米自交系SSR遗传多样性分析 被引量：30
1
作者 聂永心 张丽 +1 位作者 潘光堂 荣廷昭 《分子植物育种》 CAS CSCD 2005年第1期43-51,共9页
利用SSR标记研究了33个玉米自交系的遗传变异,初步进行了杂种优势群划分,从85对SSR引物中筛选出72对扩增产物具有稳定多态性的引物.72对引物在供试材料中共检测出289个等位基因变异,每对引物检测等位基因2～7个,平均4.01个,每个位点的... 利用SSR标记研究了33个玉米自交系的遗传变异,初步进行了杂种优势群划分,从85对SSR引物中筛选出72对扩增产物具有稳定多态性的引物.72对引物在供试材料中共检测出289个等位基因变异,每对引物检测等位基因2～7个,平均4.01个,每个位点的多态性信息量(PIC)变化于0.277～0.792之间,平均为0.599.33个自交系之间的遗传相似系数变化范围为0.5866～0.9247,平均为0.7056.UPGMA聚类分析结果表明,33个供试自交系划分为4大类,其中第Ⅰ类又分为6个亚类,分类结果与系谱来源基本一致,而且类间平均遗传相似系数均小于类内平均遗传相似系数,表明分类是合理的;同时生产上主要推广杂交种的亲本大多来自不同的大类或亚类;研究表明SSR标记可以进行玉米自交系遗传多样性分析,并用于杂种优势群的划分.本研究还筛选出14对不仅带型稳定、重复性好,而且PIC值较高的引物组成核心引物,可以对供试材料进行初步分析,并认为选用大约50对以上扩增产物稳定、多态性高的引物,对供试材料进行分析就可获得较可靠的划类结果. 展开更多
关键词 玉米自交系 遗传多样性分析 引物 杂种优势群 SSR标记 扩增产物 遗传相似系数 多态性 亚类 等位基因
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辽宁省主要玉米自交系的SSR遗传多样性分析 被引量：34
2
作者 肖木辑 李明顺 +2 位作者 孙有位 李新海 张世煌 《玉米科学》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期33-36,共4页
利用SSR标记研究了37份玉米自交系的遗传多样性,从85对SSR引物中筛选出70对扩增产物具有稳定多态性的引物。这70对引物在供试材料中检测出260个等位基因变异,每对引物检测等位基因2～7个,平均3.71个,每个位点的多态性信息量(PIC)变化为0... 利用SSR标记研究了37份玉米自交系的遗传多样性,从85对SSR引物中筛选出70对扩增产物具有稳定多态性的引物。这70对引物在供试材料中检测出260个等位基因变异,每对引物检测等位基因2～7个,平均3.71个,每个位点的多态性信息量(PIC)变化为0.157～0.813,平均为0.564。37份自交系之间的遗传相似系数变化范围为0.69～0.89。UPGMA聚类分析结果表明,37份供试自交系划分为6个类群,分类结果与系谱来源基本一致。生产上主要推广杂交种的亲本大多来自不同的类群。 展开更多
关键词 SSR 玉米 自交系 多态性信息量 聚类分析 辽宁省
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鱼腥草转录组SSR位点信息分析及其多态性研究 被引量：26
3
作者 黎晓英 刘胜贵 +5 位作者 王丹 黄豪兰 龙强 蒋玉红 郭文博 魏麟 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期1762-1767,共6页
目的分析鱼腥草Houttuynia cordata转录组中的SSR位点信息,并设计简单重复序列(SSR)引物,以期为鱼腥草分子标记辅助育种提供有力工具。方法利用MISA工具筛选了鱼腥草转录组测序获得的63 954条unigenes,对其SSR位点信息进行了分析;在此... 目的分析鱼腥草Houttuynia cordata转录组中的SSR位点信息,并设计简单重复序列(SSR)引物,以期为鱼腥草分子标记辅助育种提供有力工具。方法利用MISA工具筛选了鱼腥草转录组测序获得的63 954条unigenes,对其SSR位点信息进行了分析;在此基础上利用Primer 3设计SSR引物,并随机选择50对SSR引物对16株不同来源的鱼腥草进行多态性扩增分析。结果在鱼腥草的转录组中,共搜索到4 800个SSRs,分布于4 413条unigenes,SSR位点出现频率为7.51%。SSRs位点中三核苷酸重复是主要类型,占总SSRs的41.54%;其次是单核苷酸重复基序(占27.35%)。SSRs所包含的重复基元中,单核苷酸重复基元A/T是优势重复基元类型,占总SSRs的27.0%。利用Primer3共设计出3 068对SSR引物。随机选择50对引物进行PCR扩增,其中43对(86.0%)扩增出清晰、可重复的条带,且表现出多态性。利用UPGMA作图,将16个样品分为2类。结论鱼腥草转录组中SSR位点出现频率高,类型丰富;大量的SSR为其遗传多样性分析和遗传图谱构建奠定基础。 展开更多
关键词 鱼腥草 转录组 SSR信息 多态性 引物
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东北地区主要玉米自交系的SSR遗传多样性分析 被引量：16
4
作者 肖木辑 李明顺 +1 位作者 李新海 张世煌 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2006年第B10期23-27,共5页
利用70对扩增产物具有稳定多态性的SSR标记研究了66份玉米自交系的遗传多态性。70对引物在供试材料中共检测出273个等位基因变异，每对引物检测等位基因2—7个，平均3．9个，每个位点的多态性信息量（HC）变化于0．121—0．814之间，平... 利用70对扩增产物具有稳定多态性的SSR标记研究了66份玉米自交系的遗传多态性。70对引物在供试材料中共检测出273个等位基因变异，每对引物检测等位基因2—7个，平均3．9个，每个位点的多态性信息量（HC）变化于0．121—0．814之间，平均0．584。66份自交系之间的遗传相似系数变化范围0．70-0．93。UPGMA聚类分析结果表明，66份供试自交系划分为5个类群，分类结果与系谱来源基本一致，东北地区生产上主要推广杂交种的亲本大多来自不同的类群。 展开更多
关键词 SSR 玉米自交系 多态性信息量 遗传多样性
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山西省主推玉米品种自交系的SSR遗传多样性分析 被引量：8
5
作者 赵文博 白建荣 +2 位作者 王陆军 王艳梅 王燕 《山西农业科学》 2008年第10期19-22,共4页
利用SSR标记研究了山西省主推玉米品种亲本自交系的遗传多样性。从96对SSR引物中筛选出42对扩增产物具有稳定多态性的引物。42对引物在35份供试材料中共检测出185个等位变异,每对引物检测等位变异3～8个,平均4.4个;每个位点的多态性信息... 利用SSR标记研究了山西省主推玉米品种亲本自交系的遗传多样性。从96对SSR引物中筛选出42对扩增产物具有稳定多态性的引物。42对引物在35份供试材料中共检测出185个等位变异,每对引物检测等位变异3～8个,平均4.4个;每个位点的多态性信息量(PIC)变化为0.307～0.881,平均0.634。UPGMA聚类分析结果表明,35份供试自交系划分为4个类群,生产上主要推广杂交种的亲本大多来自不同的类群。研究结果为山西省玉米进一步育种提供参考。 展开更多
关键词 SSR 玉米 自交系 多态性信息量 聚类分析 山西省
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SSR分子标记在玉米杂种优势群划分中的应用 被引量：18
6
作者 聂永心 张丽 +1 位作者 潘光堂 荣廷昭 《玉米科学》 CAS CSCD 2004年第3期26-29,共4页
利用SSR标记研究了20个玉米自交系的遗传变异,初步进行了杂种优势群划分,从85对SSR引物中筛选出70对扩增产物具有稳定多态性的引物。70对引物在供试材料中共检测出270个等位基因变异,每对引物检测到等位基因2～6个,平均3.86个,多态性信... 利用SSR标记研究了20个玉米自交系的遗传变异,初步进行了杂种优势群划分,从85对SSR引物中筛选出70对扩增产物具有稳定多态性的引物。70对引物在供试材料中共检测出270个等位基因变异,每对引物检测到等位基因2～6个,平均3.86个,多态性信息含量变化范围为0.26～0.80,平均多态性信息量为0.59。20个自交系之间的遗传相似系数变化范围为0.5946～0.7711,平均为0.6601。UPGMA聚类分析结果表明,供试自交系可分为5群,分类结果与系谱基本一致,划群后群间平均距离大于群内平均距离,群间平均产量大于群内平均产量。SSR标记可以进行玉米自交系遗传变异分析,并用于杂种优势群的划分。 展开更多
关键词 玉米自交系 SSR分子标记 多态性信息量 聚类分析 杂种优势群
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利用SSR标记分析45份爆裂玉米自交系遗传多样性 被引量：3
7
作者 包和平 李春成 +2 位作者 杨明 勾玉璠 艾亚芹 《吉林农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期252-256,共5页
利用SSR分子标记分析了45份爆裂玉米自交系的遗传多样性。结果表明：所选取SSR引物的扩增带型均清晰稳定。利用80对SSR引物在45份爆裂玉米自交系间共检测出334个等位基因变异,多态性信息量（PIC）变化为0.10~0.83,平均为0.53。其PIC为0.... 利用SSR分子标记分析了45份爆裂玉米自交系的遗传多样性。结果表明：所选取SSR引物的扩增带型均清晰稳定。利用80对SSR引物在45份爆裂玉米自交系间共检测出334个等位基因变异,多态性信息量（PIC）变化为0.10~0.83,平均为0.53。其PIC为0.4~0.8,以0.6~0.7的标记数为最多,占标记总数的20.96%。本试验结果说明爆裂玉米种质具有较高遗传多样性。根据SSR数据,计算分子标记遗传距离,供试自交系遗传距离（GD）为0.095~0.931,平均为0.512。通过聚类分析,以遗传距离0.55为标准,供试自交系可划分为5个类群。群间遗传距离均大于群内遗传距离,分类合理。 展开更多
关键词 分子标记 遗传距离 聚类分析 多态性信息量
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甜菜全基因组SSR引物的筛选与评价 被引量：2
8
作者 李乔乔 王宇晴 +3 位作者 刘蕊 刘乃新 邳植 吴则东 《中国农学通报》 2022年第12期95-99,共5页
旨在筛选出适合于甜菜分子生物学实验的SSR核心引物,为后续构建甜菜指纹图谱及遗传多样性分析奠定重要基础。本文利用4种不同的甜菜种质资源和4个不同的甜菜品种,对基于甜菜全基因组编码区序列设计的247对SSR引物进行了初步筛选。结果表... 旨在筛选出适合于甜菜分子生物学实验的SSR核心引物,为后续构建甜菜指纹图谱及遗传多样性分析奠定重要基础。本文利用4种不同的甜菜种质资源和4个不同的甜菜品种,对基于甜菜全基因组编码区序列设计的247对SSR引物进行了初步筛选。结果表明,247对引物中绝大多数引物没有多态性或者多态性不好,只有27对引物具有较高的多态性,这27对引物总共扩增出103条带,其中多态性条带95条,多态性比率为90.43%。这些引物多态性信息量(PIC)范围为0.549~0.983,平均每一对引物的PIC值为0.841。试验结果表明虽然经过了电子PCR的筛选,想要找到合适的甜菜SSR引物依然比较困难,说明甜菜的遗传基础比较狭窄。这27对SSR引物适用于甜菜分子标记,为甜菜品种标准化鉴定体系的大规模构建和应用奠定了重要基础。 展开更多
关键词 甜菜 分子标记 简单序列重复 引物筛选 多态性信息含量
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四十八份青花菜品种SSR指纹图谱构建 被引量：3
9
作者 林朦婕 温慧萍 +1 位作者 肖建中 郑强 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2021年第12期2304-2312,共9页
为筛选一套适用于青花菜品种DNA指纹鉴定的核心简单重复序列标记(simple sequence repeat,SSR)引物,给青花菜品种的特异性、真实性、准确性鉴定提供依据,以12份性状差异较大的青花菜品种为材料,结合聚丙烯酰胺凝胶电泳与荧光毛细管电泳... 为筛选一套适用于青花菜品种DNA指纹鉴定的核心简单重复序列标记(simple sequence repeat,SSR)引物,给青花菜品种的特异性、真实性、准确性鉴定提供依据,以12份性状差异较大的青花菜品种为材料,结合聚丙烯酰胺凝胶电泳与荧光毛细管电泳检测技术,从945对芸薹属SSR引物中筛选出20对引物作为青花菜品种的核心SSR引物。利用该套核心SSR引物在48份青花菜主要栽培品种中共扩增出等位基因位点79个,平均每对引物扩增得到等位基因与基因型数量为3.95、5.55个;引物多态性信息含量(PIC)介于0.302~0.750,平均为0.547;20对核心SSR引物的杂合度介于0.3500~0.7849,均值为0.6082。用该套核心SSR引物构建的48份青花菜品种的指纹图谱,每一条指纹都具有唯一性,可表征一个品种,该指纹图谱为青花菜品种鉴定与资源保护提供了科学依据。 展开更多
关键词 青花菜 简单重复序列标记 指纹图谱 等位基因 多态性信息含量
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