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一种快速比对非编码RNA序列-结构的算法
1
作者 宋佳 许力 孙洪 《江苏大学学报（自然科学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2014年第1期69-74,共6页
针对目前基于共变模型的非编码RNA序列搜索软件计算效率低的缺点,对非编码RNA家族的成员序列与家族共变模型的比对结果进行了分析.在传统共变模型中加入了RNA二级结构中结构单元的长度分布信息,设计了一种结构单元的长度限制算法,并根... 针对目前基于共变模型的非编码RNA序列搜索软件计算效率低的缺点,对非编码RNA家族的成员序列与家族共变模型的比对结果进行了分析.在传统共变模型中加入了RNA二级结构中结构单元的长度分布信息,设计了一种结构单元的长度限制算法,并根据各个结构单元的长度分布对家族中的序列在进化过程中出现插入和删除的次数进行了限定,从而显著降低了序列结构比对的计算时间.应用C++编写程序实现该方法并对非编码RNA进行搜索.测试结果表明,与基于传统共变模型的搜索方法相比,本方法在不影响搜索精度的同时,能够显著减少序列结构比对所需的计算时间.特别是对于包含大量核苷酸的序列,计算速度的提高更加明显,在对Lin-4家族搜索时,可获得90.76倍的加速效果. 展开更多
关键词 非编码RNA 序列一结构比对 共变模型 结构单元 改进的共变模型
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蛋白质序列比对方法的研究进展
2
作者 邵明峰 雷凯 +1 位作者 陈俐娟 向明礼 《成都电子机械高等专科学校学报》 2012年第4期1-5,共5页
先导化物的发现是新药研发流程中首要环节。基于靶点结构的药物设计在先导化物的发现过程中具有十分重要的作用和地位。在靶点三维结构缺乏的情况下,用计算机模拟的方法来预测是获得其结构的一条重要渠道。同源建模是应用最为广泛的蛋... 先导化物的发现是新药研发流程中首要环节。基于靶点结构的药物设计在先导化物的发现过程中具有十分重要的作用和地位。在靶点三维结构缺乏的情况下,用计算机模拟的方法来预测是获得其结构的一条重要渠道。同源建模是应用最为广泛的蛋白质三维结构模拟方法,而蛋白质序列比对是同源建模中的关键一环。对蛋白质的序列比对、比对结果评价、比对结果优化等内容进行论述,并对相关方面的最新进展作介绍。 展开更多
关键词 序列比对 元数据方法 同源建模
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基于知识的蛋白质结构预测 被引量：6
3
作者 赵善荣 唐贇 陈凯先 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 1996年第5期422-426,共5页
介绍了近几年基于知识的蛋白质三维结构预测方法及其进展．目前，基于知识的结构预测方法主要有两类，一类是同源蛋白模建，这种技术比较成熟，模建的结果可靠性比较高，但只适用于同源性比较高的目标序列的模建；另一类方法即蛋白质逆... 介绍了近几年基于知识的蛋白质三维结构预测方法及其进展．目前，基于知识的结构预测方法主要有两类，一类是同源蛋白模建，这种技术比较成熟，模建的结果可靠性比较高，但只适用于同源性比较高的目标序列的模建；另一类方法即蛋白质逆折叠技术，主要包括３Ｄｐｒｏｆｉｌｅ方法和基于势函数的方法，给出的是目标蛋白质的空间走向，它主要可用于序列同源性比较低的蛋白质的结构预测． 展开更多
关键词 蛋白 结构 预测
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