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题名丹参柯巴基焦磷酸合酶的生物信息学分析
被引量：17
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作者
李卿
邸鹏
陆文铨
张磊
陈万生
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机构
中国人民解放军第二军医大学附属长征医院药学部
中国人民解放军第二军医大学药学院药用植物学教研室
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出处
《中草药》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第6期887-894,共8页
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基金
国家自然科学基金资助项目(81325024
81303160)
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文摘
目的分析丹参柯巴基焦磷酸合酶(CPS)的氨基酸序列特征,并与其他植物进行比较,为丹参CPS蛋白的后续研究提供有利参考。方法利用生物信息学方法,以丹参为主,对13科16种植物的18条CPS蛋白序列进行了序列组成、生化特性、导肽、信号肽、跨膜结构域、疏水性/亲水性、蛋白质二级、三级结构及功能域等预测分析,并进行了丹参CPS蛋白序列与其他植物的同源比对以及系统进化树构建。结果 CPS蛋白氨基酸残基数集中在730以上;相对分子质量91 610左右;平均理论等电点5.87,提示CPS为酸性蛋白。序列结构预测结果显示,CPS蛋白具有明显的疏水区和亲水区,不存在信号肽,不具有跨膜结构域,可能有叶绿体转运肽。蛋白质二级结构中最主要的结构元件是α-螺旋和无规则卷曲。蛋白同源性比对结果显示,丹参CPS与同科植物迷迭香和玄参科植物野甘草的同源性最高。结论对丹参等植物的CPS蛋白进行了详细的生物信息学分析,可为今后深入研究该酶的结构特征和功能提供参考。
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关键词
丹参
柯巴基焦磷酸合酶(CPS)
生物信息学
一级结构
二级结构
三级结构
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Keywords
Salviae Miltiorrhizae Radix et Rhizoma
copalyl diphosphate synthase
bioinformatics
primary structure
secondary strucmre
tertiary structure
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分类号
R282.12
[医药卫生—中药学]
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