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基于不同DNA序列对四数獐牙菜系统位置分析
被引量：
5
1
作者
杨路存
陈桂琛
周国英
《西北植物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第9期1773-1779,共7页
以扁蕾属植物为外类群,基于trnL-trnF序列、rpl16序列以及ITS序列,采用最大简约法对四数獐牙菜的系统位置进行了分析。结果显示:尽管在ITS系统发育树t、rnL-trnF系统发育树和rpl16系统发育树中所用的种和数量有所不同,所得到的3种系统...
以扁蕾属植物为外类群,基于trnL-trnF序列、rpl16序列以及ITS序列,采用最大简约法对四数獐牙菜的系统位置进行了分析。结果显示:尽管在ITS系统发育树t、rnL-trnF系统发育树和rpl16系统发育树中所用的种和数量有所不同,所得到的3种系统发育树的拓扑结构也不一致,但四数獐牙菜的系统位置在3种系统发育树中的结果基本一致。在trnL-trnF系统发育树中,四数獐牙菜与花锚属的H.elliptica、H.brevicornis和H.weddelli-ana形成了一个单系群;而在ITS和rpl16系统发育树中,四数獐牙菜与歧散獐牙菜先聚在一起,再与花锚属的植物聚为一支支持率较高的单系支。研究表明,四数獐牙菜与Anagalidium属的歧散獐牙菜的亲缘关系最近,其次是与花锚属的植物,而与獐牙菜属植物的亲缘关系较远。本实验系统发育的结果支持将四数獐牙菜从獐牙菜属中分出而归入Anagalidium属的观点。
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关键词
四数獐牙菜
trnL-trnF序列
ITS序列
rpl
16
序列
异花组
Anagallidium
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职称材料
基于rpl16序列的中国野牡丹属植物分子系统关系初探
被引量：
1
2
作者
白岳峰
李淑娴
+3 位作者
江鸣涛
吴沙沙
翟俊文
彭东辉
《广东农业科学》
CAS
2015年第13期135-139,共5页
针对目前中国原产野牡丹属植物系统关系存在的争议,采用叶绿体基因上的rpl16序列,以野牡丹科野牡丹属之外的3个属4种植物为外类群,对中国野牡丹属植物进行了分子系统关系研究。结果表明,rpl16序列在野牡丹属植物中没有足够的变异位点,...
针对目前中国原产野牡丹属植物系统关系存在的争议,采用叶绿体基因上的rpl16序列,以野牡丹科野牡丹属之外的3个属4种植物为外类群,对中国野牡丹属植物进行了分子系统关系研究。结果表明,rpl16序列在野牡丹属植物中没有足够的变异位点,最大简约法(Maximum parsimony,MP)构建的分子系统树中,地菍(Melastoma dodecandrum)形成单独的一支,贝叶斯分析(Bayesian Inference,BI)构建的分子系统树中,整个野牡丹属植物形成一支;两种方法构建的分子系统树中,野牡丹科同一个属的植物都可以形成单独的分支。因此,rpl16序列并不适合野牡丹属植物的分子系统关系研究,可能比较适合野牡丹科植物属间的分子系统关系研究。
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关键词
野牡丹属植物
rpl
16
序列
分子系统关系
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职称材料
长江中下游及云贵高原芦苇居群的遗传变异特征
被引量：
5
3
作者
胡思文
何汝嘉
+6 位作者
周淇
王树人
黄睿
曹新益
丁浩
曾巾
赵大勇
《生态环境学报》
CSCD
北大核心
2019年第7期1379-1387,共9页
芦苇(Phragmites australis)为全球广泛分布的多型种,在水生生态系统,尤其是湿地生态系统中承担重要的生态功能,准确划分其生态型可为种质资源保护与利用提供理论依据,同时也为修复受损生态系统异地引种提供参考。利用叶绿体DNA rpl16...
芦苇(Phragmites australis)为全球广泛分布的多型种,在水生生态系统,尤其是湿地生态系统中承担重要的生态功能,准确划分其生态型可为种质资源保护与利用提供理论依据,同时也为修复受损生态系统异地引种提供参考。利用叶绿体DNA rpl16基因序列,选取淡水湖泊较为集中且地理跨度较大的长江中下游和云贵高原,以地理位置为划分指标,探讨19个湖滨带芦苇居群的亲缘关系、遗传多样性和遗传结构,并分析了不同湖泊芦苇形态差异与遗传差异的异同,旨在分子水平为不同地理区域芦苇生态型的划分提供遗传分化方面的证据。结果表明:(1)rpl16基因序列分析显示:长江中下游芦苇居群基因水平上的变异程度较云贵高原的低;(2)基于rpl16基因序列重建的最简约系统发育树显示:以地理区域为划分指标,可将长江中下游和云贵高原的芦苇居群分为两个单系;(3)云贵高原芦苇居群的核苷酸多样性A=0.00047,单倍型多态性Hd=0.466,其遗传多样性显著高于长江中下游(Pi=0,Hd=0);(4)居群水平上的遗传分化系数Fst=0.535 37,其中53.54%的遗传变异来自于不同地理区域居群间,长江中下游芦苇居群的遗传差异指数Fst=0.537 24,基因流Nm=0.215 34,云贵高原芦苇居群的遗传差异指数Fst=0.532 78,基因流Nm=0.21923,居群间的遗传分化较强烈。分析结果证明了两种地理生态型芦苇具有遗传上的差异,且地理隔离可能是引起差异的主要原因。
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关键词
芦苇
rpl
16
基因序列
系统发育
遗传多样性
遗传距离
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职称材料
题名
基于不同DNA序列对四数獐牙菜系统位置分析
被引量：
5
1
作者
杨路存
陈桂琛
周国英
机构
中国科学院西北高原生物研究所。西宁
中国科学院研究生院
出处
《西北植物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第9期1773-1779,共7页
基金
国家中西部专项(2001BA901A47)
文摘
以扁蕾属植物为外类群,基于trnL-trnF序列、rpl16序列以及ITS序列,采用最大简约法对四数獐牙菜的系统位置进行了分析。结果显示:尽管在ITS系统发育树t、rnL-trnF系统发育树和rpl16系统发育树中所用的种和数量有所不同,所得到的3种系统发育树的拓扑结构也不一致,但四数獐牙菜的系统位置在3种系统发育树中的结果基本一致。在trnL-trnF系统发育树中,四数獐牙菜与花锚属的H.elliptica、H.brevicornis和H.weddelli-ana形成了一个单系群;而在ITS和rpl16系统发育树中,四数獐牙菜与歧散獐牙菜先聚在一起,再与花锚属的植物聚为一支支持率较高的单系支。研究表明,四数獐牙菜与Anagalidium属的歧散獐牙菜的亲缘关系最近,其次是与花锚属的植物,而与獐牙菜属植物的亲缘关系较远。本实验系统发育的结果支持将四数獐牙菜从獐牙菜属中分出而归入Anagalidium属的观点。
关键词
四数獐牙菜
trnL-trnF序列
ITS序列
rpl
16
序列
异花组
Anagallidium
Keywords
Swertia
tetraptera
trnL-trnF
sequence
ITS
sequence
rpl
16
sequence
Sect.Heteranthos
Anagallidium
分类号
Q789 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
基于rpl16序列的中国野牡丹属植物分子系统关系初探
被引量：
1
2
作者
白岳峰
李淑娴
江鸣涛
吴沙沙
翟俊文
彭东辉
机构
福建农林大学园林学院
出处
《广东农业科学》
CAS
2015年第13期135-139,共5页
基金
福建省自然科学基金(2015J01085)
文摘
针对目前中国原产野牡丹属植物系统关系存在的争议,采用叶绿体基因上的rpl16序列,以野牡丹科野牡丹属之外的3个属4种植物为外类群,对中国野牡丹属植物进行了分子系统关系研究。结果表明,rpl16序列在野牡丹属植物中没有足够的变异位点,最大简约法(Maximum parsimony,MP)构建的分子系统树中,地菍(Melastoma dodecandrum)形成单独的一支,贝叶斯分析(Bayesian Inference,BI)构建的分子系统树中,整个野牡丹属植物形成一支;两种方法构建的分子系统树中,野牡丹科同一个属的植物都可以形成单独的分支。因此,rpl16序列并不适合野牡丹属植物的分子系统关系研究,可能比较适合野牡丹科植物属间的分子系统关系研究。
关键词
野牡丹属植物
rpl
16
序列
分子系统关系
Keywords
Melastoma
rpl
16
sequence
molecular
phylogenetic
relationship
分类号
Q349.13 [生物学—遗传学]
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职称材料
题名
长江中下游及云贵高原芦苇居群的遗传变异特征
被引量：
5
3
作者
胡思文
何汝嘉
周淇
王树人
黄睿
曹新益
丁浩
曾巾
赵大勇
机构
河海大学/水文水资源与水利工程科学国家重点实验室/河海大学全球变化与水循环国际联合实验室
湖泊与环境国家重点实验室/中国科学院南京地理与湖泊研究所
河海大学水利学科专业实验教学中心
出处
《生态环境学报》
CSCD
北大核心
2019年第7期1379-1387,共9页
基金
国家重点研发计划项目(2016YFC0402710)
国家自然科学基金项目(41871096)
+3 种基金
江苏省自然科学基金项目(BK20181311)
中国博士后科学基金项目(2018M642147)
中央高校基本科研业务费专项资金项目(2019B17814)
河海大学水文水资源与水利工程科学国家重点实验室“一带一路”水与可持续发展科技基金项目(2018490211)
文摘
芦苇(Phragmites australis)为全球广泛分布的多型种,在水生生态系统,尤其是湿地生态系统中承担重要的生态功能,准确划分其生态型可为种质资源保护与利用提供理论依据,同时也为修复受损生态系统异地引种提供参考。利用叶绿体DNA rpl16基因序列,选取淡水湖泊较为集中且地理跨度较大的长江中下游和云贵高原,以地理位置为划分指标,探讨19个湖滨带芦苇居群的亲缘关系、遗传多样性和遗传结构,并分析了不同湖泊芦苇形态差异与遗传差异的异同,旨在分子水平为不同地理区域芦苇生态型的划分提供遗传分化方面的证据。结果表明:(1)rpl16基因序列分析显示:长江中下游芦苇居群基因水平上的变异程度较云贵高原的低;(2)基于rpl16基因序列重建的最简约系统发育树显示:以地理区域为划分指标,可将长江中下游和云贵高原的芦苇居群分为两个单系;(3)云贵高原芦苇居群的核苷酸多样性A=0.00047,单倍型多态性Hd=0.466,其遗传多样性显著高于长江中下游(Pi=0,Hd=0);(4)居群水平上的遗传分化系数Fst=0.535 37,其中53.54%的遗传变异来自于不同地理区域居群间,长江中下游芦苇居群的遗传差异指数Fst=0.537 24,基因流Nm=0.215 34,云贵高原芦苇居群的遗传差异指数Fst=0.532 78,基因流Nm=0.21923,居群间的遗传分化较强烈。分析结果证明了两种地理生态型芦苇具有遗传上的差异,且地理隔离可能是引起差异的主要原因。
关键词
芦苇
rpl
16
基因序列
系统发育
遗传多样性
遗传距离
Keywords
Phragmites
australis
rpl
16
gene
sequence
genetic
relationship
genetic
diversity
genetic
distance
分类号
Q945.79 [生物学—植物学]
X17 [环境科学与工程—环境科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于不同DNA序列对四数獐牙菜系统位置分析
杨路存
陈桂琛
周国英
《西北植物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2010
5
下载PDF
职称材料
2
基于rpl16序列的中国野牡丹属植物分子系统关系初探
白岳峰
李淑娴
江鸣涛
吴沙沙
翟俊文
彭东辉
《广东农业科学》
CAS
2015
1
下载PDF
职称材料
3
长江中下游及云贵高原芦苇居群的遗传变异特征
胡思文
何汝嘉
周淇
王树人
黄睿
曹新益
丁浩
曾巾
赵大勇
《生态环境学报》
CSCD
北大核心
2019
5
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