小单孢菌40027菌株质粒pJTU112复制区的克隆与序列特性 被引量：2

1

作者 耿旭梅 陈鑫 +3 位作者 杨晓潼 郭佳 翟贵发 李晓华 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期623-627,共5页

福堤霉素A产生菌——小单孢菌40027菌株含有两个质粒pJTU101和pJTU112。【目的】对质粒pJTU112复制区进行克隆,并对质粒pJTU112复制区序列进行测定和分析。【方法】克隆质粒pJTU112的不同DNA片段导入消除质粒的小单孢菌40027菌株,通过... 福堤霉素A产生菌——小单孢菌40027菌株含有两个质粒pJTU101和pJTU112。【目的】对质粒pJTU112复制区进行克隆,并对质粒pJTU112复制区序列进行测定和分析。【方法】克隆质粒pJTU112的不同DNA片段导入消除质粒的小单孢菌40027菌株,通过复制功能的测定,确定质粒pJTU112的复制区,并进行测序和生物信息学分析。【结果】质粒pJTU112的复制区定位在约4.7 kb的SacI-KpnI DNA片段上,测序和生物信息学分析表明:4.7 kb的SacI-KpnI DNA片段包含5个ORFs(open reading frames),其中pJTU112.1和pJTU112.2与质粒接合转移有关,pJTU112.3、pJTU112.4和pJTU112.5与质粒复制有关。【结论】质粒pJTU112的复制区定位在约4.7 kb的SacI-KpnI DNA片段上。 展开更多

关键词 小单孢菌40027菌株 质粒pJTU112 复制区 克隆

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移动环境下一种基于日志的数据复制方法 被引量：1

2

作者 马隆 林怀忠 《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2006年第24期58-59,74,共3页

乐观复制方法被广泛应用于移动环境中,提出了一种新的基于日志的数据复制方法,该方法使用相对较小的通信和存储开销,能更有效地记录数据更新以及进行数据同步,和传统的方法比,该方法更适用于小型的数据记录。

关键词 乐观复制 数据集 日志域 状态向量

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海洋鱼类致病菌鳗弧菌MVM425毒力质粒pEIB1复制区域的最小化分析 被引量：1

3

作者 吴海珍 张惠展 +3 位作者 李刚 叶江 马悦 张元兴 《食品与药品》 CAS 2007年第04A期1-4,共4页

目的研究pEIB1复制区域的最小化。方法分析已获得的pEIB1复制区域,设计了7种亚克隆方案。结果在7种亚克隆方案中仅pEIB8,pEIB9和pEIB73获得成功,并且3者的复制特性有差别。结论分析pEIB8, pEIB9和pEIB73携带的复制片段的差别,发现pEIB1... 目的研究pEIB1复制区域的最小化。方法分析已获得的pEIB1复制区域,设计了7种亚克隆方案。结果在7种亚克隆方案中仅pEIB8,pEIB9和pEIB73获得成功,并且3者的复制特性有差别。结论分析pEIB8, pEIB9和pEIB73携带的复制片段的差别,发现pEIB1复制区域1～360 bp存在的4个质粒复制蛋白结合位点(iteron)与质粒复制拷贝数的控制关系密切。 展开更多

关键词 鳗弧菌 毒力质粒 复制区 亚克隆 质粒复制蛋白结合位点

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溶藻弧菌质粒pVAE259全序列测定与分子生物学特征分析 被引量：1

4

作者 苏婷 罗鹏 +1 位作者 任春华 胡超群 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期162-168,共7页

【目的】获得溶藻弧菌环状质粒pVAE259全序列,分析其分子生物学特征并探索该质粒可能具备的功能。【方法】使用酶切、克隆测序的方法获得pVAE259的全序列,利用软件分析DNA序列和可能的编码蛋白,推测质粒的生物学信息。【结果】pVAE259... 【目的】获得溶藻弧菌环状质粒pVAE259全序列,分析其分子生物学特征并探索该质粒可能具备的功能。【方法】使用酶切、克隆测序的方法获得pVAE259的全序列,利用软件分析DNA序列和可能的编码蛋白,推测质粒的生物学信息。【结果】pVAE259为闭合环状质粒,全长6,075 bp,GC含量为42.16%。在NCBI中比对发现pVAE259与Vibriosp.41隐蔽性质粒pPS41具有较高的相似性。我们在序列中找到一个oriT位点,另外全序列的4118-5494 bp推测为质粒复制区域。pVAE259中存在7个氨基酸序列长度大于100的开放式阅读框(ORF):ORF1-ORF7。其中ORF1编码蛋白属于释放酶超级家族(Relaxase Super-family)蛋白,在NCBI数据库中它与大肠杆菌(Escherichia coli)的MobA-like蛋白最相似;ORF2编码蛋白属于复制酶超级家族(Replicase Super-family),它与嗜麦芽寡养单胞菌(Stenotrophomonas maltophilia)的复制蛋白RepA最相似;ORF5与伸长盐单胞菌(Halomonas elongata)质粒pHE1的转移蛋白MobC相似。【结论】根据上述结果及相关文献分析,pVAE259可能是具有转移能力的质粒,该质粒是否影响宿主菌的表型性状还不清楚。 展开更多

关键词 溶藻弧菌 质粒 复制区域 开放性阅读框

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弧菌科质粒pJV的全序列测定、基因预测及其复制区的鉴定

5

作者 姜娜 邢薇 +4 位作者 李铁梁 罗琳 闫兵兵 刘彩霞 马志宏 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2016年第12期18-21,296,共5页

为了从条件致病菌鳗弧菌中提取到天然质粒,获得该质粒的全序列,并得到在弧菌中起复制作用的区域,试验采用向上引物和向下引物共9条,双向测通该质粒,经拼接得到质粒p JV的全序列,利用Glimmer3基因预测软件对该质粒可能包含基因模型进行... 为了从条件致病菌鳗弧菌中提取到天然质粒,获得该质粒的全序列,并得到在弧菌中起复制作用的区域,试验采用向上引物和向下引物共9条,双向测通该质粒,经拼接得到质粒p JV的全序列,利用Glimmer3基因预测软件对该质粒可能包含基因模型进行预测和基因注释,通过在线工具OriFinder预测分析该质粒的复制区域,并将该区域克隆到T载体中,验证重组质粒在弧菌科菌种中的复制效果。结果表明:该质粒p JV全长5 982 bp(Gen Bank登录号为JQ782192),有4个含有核糖体结合位点的基因(UQY-2、UQY-3、UQY-4、UQY-6);质粒p JV的复制元件是一段长313 bp的序列(含Dna A boxes)。说明经过试验验证,该片段使T载体具有在维氏气单胞菌中复制的能力,即证明该片段为鳗弧菌质粒p JV的复制区,可用于新弧菌科载体的构建和疫苗研制等。 展开更多

关键词 鳗弧菌 质粒 测序 基因预测 复制区

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新城疫病毒毒力分子机制研究进展 被引量：8

6

作者 于洋 封振 +2 位作者 何孔旺 仇旭升 丁铲 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2013年第2期435-439,共5页

新城疫是由新城疫病毒引起的一种能够感染多种鸟类的烈性传染病,尤其对鸡、鹅等常见家禽具有高度的传染性和致死性。NDV属于副黏病毒科副黏病毒亚科禽腮腺炎病毒属,为囊膜包裹的、不分节段的、单股负链RNA病毒。NDV只有一个血清型,根据... 新城疫是由新城疫病毒引起的一种能够感染多种鸟类的烈性传染病,尤其对鸡、鹅等常见家禽具有高度的传染性和致死性。NDV属于副黏病毒科副黏病毒亚科禽腮腺炎病毒属,为囊膜包裹的、不分节段的、单股负链RNA病毒。NDV只有一个血清型,根据其长度分为Class I和ClassⅡ2大系谱。NDV基因组含有6个开放式阅读框,分别编码核衣壳蛋白、磷蛋白、基质蛋白、融合蛋白、血凝素-神经氨酸蛋白和大蛋白。此外,在P基因转录过程中,NDV通过RNA编辑机制编码额外的2种非结构蛋白质,即V和W。鉴于新城疫病毒的广泛传播性和高度的致死性,本文着重从NDV毒力的评价指标、NDV的侵入机制与毒力、NDV的复制与毒力、NDV免疫逃避机制与毒力、NDV非编码区基序与毒力5个方面来阐述,以期为深入研究不同毒株间的致病性差异以及进一步防控新城疫病毒奠定基础。 展开更多

关键词 新城疫病毒 毒力 侵入 复制 免疫逃避 非编码区

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多副本分布式事务处理关键技术及典型数据库系统综述 被引量：1

7

作者 黄纯悦 彭起 +4 位作者 张拂晓 王声溢 罗成 张岩峰 于戈 《软件学报》 EI CSCD 北大核心 2024年第1期455-480,共26页

数据复制是分布式数据库提高可用性的重要手段,通过在不同区域放置数据库的部分副本,还可以提高本地读写操作的响应速度,增加副本数量也会提升读负载的线性扩展能力.考虑到这些优良特性,近年来国内外都出现了众多多副本分布式数据库系统... 数据复制是分布式数据库提高可用性的重要手段,通过在不同区域放置数据库的部分副本,还可以提高本地读写操作的响应速度,增加副本数量也会提升读负载的线性扩展能力.考虑到这些优良特性,近年来国内外都出现了众多多副本分布式数据库系统,包括Google Spanner、CockroachDB、TiDB、OceanBase等一系列主流的工业界系统,也出现了包括Calvin、Aria、Berkeley Anna等一系列优秀的学术界系统.然而,多副本数据库带来诸多收益的同时,也带来了一致性维护、跨节点事务、事务隔离等一系列挑战.总结分析现有的复制架构、一致性维护策略、跨节点事务并发控制等技术,对比几个代表性多副本数据库系统之间在分布式事务处理方面上的差异与共同点,并在阿里云环境下搭建跨区域的分布式集群环境,对几个代表性系统的分布式事务处理能力进行了实验测试分析. 展开更多

关键词 分布式事务处理 分布式数据库 数据复制 确定性数据库 跨区域复制数据库

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球孢链霉菌质粒pSGL1的性质研究 被引量：3

8

作者 洪斌 李元 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 1998年第4期256-260,共5页

链霉菌质粒pSGL1是本实验室在球孢链霉菌（Streptomycelglobisporus）中发现的新的质粒，它可以在变铅青链霉菌中复制。用缺失分析确定了pSGL1的基本复制区位于一个2．0kb的片段上。pSGL1能够与pIJ101相容。pSGL1是一个高拷贝质粒，拷... 链霉菌质粒pSGL1是本实验室在球孢链霉菌（Streptomycelglobisporus）中发现的新的质粒，它可以在变铅青链霉菌中复制。用缺失分析确定了pSGL1的基本复制区位于一个2．0kb的片段上。pSGL1能够与pIJ101相容。pSGL1是一个高拷贝质粒，拷贝数约为70～250。在对质粒进行分析的过程中得到的一些衍生质粒如pSGLN和pSGLS3等可以作为新的链霉菌基因克隆载体，并可用于构建新的高效分泌表达的链霉菌载体。 展开更多

关键词 链霉菌 pSGL1 复制区 相容性 拷贝数

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禽腺病毒江苏株(JS)复制非必需片段的确定 被引量：2

9

作者 何秀苗 秦爱建 +1 位作者 刘岳龙 金文杰 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期291-294,共4页

利用PCR方法从一株Ⅰ群禽腺病毒的分离物 (FAVI JS)中扩增出其基因组的两个末端L片段和r片段、ITR片段 ,并分别克隆进pGEM Teasy载体 ,然后将L片段、r片段和ITR片段同时克隆进pHC粘粒载体中 ,获得质粒pHC FAVI r ITR L ,再在该克隆片段... 利用PCR方法从一株Ⅰ群禽腺病毒的分离物 (FAVI JS)中扩增出其基因组的两个末端L片段和r片段、ITR片段 ,并分别克隆进pGEM Teasy载体 ,然后将L片段、r片段和ITR片段同时克隆进pHC粘粒载体中 ,获得质粒pHC FAVI r ITR L ,再在该克隆片段中插入增强型绿色荧光蛋白 (eGFP)基因 ,获得转移质粒载体pFAVI eGFP。将pFAVI eGFP转染已被该野生型Ⅰ群禽腺病毒分离物感染了的鸡胚肾细胞进行同源重组 ,通过无限稀释法筛选重组病毒 ,结果获得了表达增强型绿色荧光蛋白的重组Ⅰ群禽腺病毒rFAVI eGFP ,证明位于基因组右末端r片段和ITR片段之间的位点为病毒复制非必需区 。 展开更多

关键词 Ⅰ群禽腺病毒 复制非必需片段 确定

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中华大蟾蜍和花背蟾蜍染色体同源性研究 被引量：3

10

作者 王亚军 王晓飞 +3 位作者 王喜忠 李娟 王子淑 陈文元 《Zoological Research》 CAS CSCD 1997年第4期415-419,共5页

本文以培养的中华大蟾蜍（Ｂｕｆｏｂｕｆｏｇａｒｇａｒｉｚａｎｓ）、花背蟾蜍（Ｂｕｆｏｒａｄｄｅｉ）的外周血淋巴细胞为实验材料，采用ＢｒｄＵ标记法和胸苷标记的方法，获得了中华大蟾蜍与花背蟾蜍清晰的高分辨晚复制带，确定了... 本文以培养的中华大蟾蜍（Ｂｕｆｏｂｕｆｏｇａｒｇａｒｉｚａｎｓ）、花背蟾蜍（Ｂｕｆｏｒａｄｄｅｉ）的外周血淋巴细胞为实验材料，采用ＢｒｄＵ标记法和胸苷标记的方法，获得了中华大蟾蜍与花背蟾蜍清晰的高分辨晚复制带，确定了中华大蟾蜍每一染色体的特征性晚复制区；并就中华大蟾蜍与花背蟾蜍的晚复制带纹进行了精确比较，发现中华大蟾蜍与花背蟾蜍的染色体之间具极高同源性。该结果说明：在相同的培养条件下，只要ＢｒｄＵ掺入Ｓ期的时间较为统一，显示复制带的条件基本一致的情况下。 展开更多

关键词 中华大蟾蜍 花背蟾蜍 染色体 同源性

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PCV2复制起始区DNA互作蛋白的筛选及PARP1蛋白对病毒复制的调控 被引量：1

11

作者 贾含笑 袁红根 +3 位作者 李振 关帅印 张金花 宋云峰 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第10期3511-3521,共11页

旨在筛选PK-15细胞中与猪圆环病毒2型(porcinecircovirustype2,PCV2)复制起始区(originofreplication,Ori)互作的细胞蛋白谱,并初步探究PARP1蛋白对PCV2复制的调控。利用DNA-proteinpulldown结合LC-MS/MS方法筛选PCV2复制起始区DNA互作... 旨在筛选PK-15细胞中与猪圆环病毒2型(porcinecircovirustype2,PCV2)复制起始区(originofreplication,Ori)互作的细胞蛋白谱,并初步探究PARP1蛋白对PCV2复制的调控。利用DNA-proteinpulldown结合LC-MS/MS方法筛选PCV2复制起始区DNA互作蛋白;对互作蛋白进行GO分析以及KEGG通路富集分析,并绘制蛋白互作网络图。在对互作蛋白进行分析的基础上,选择聚(ADP-核糖)聚合酶1(PARP1)蛋白,开展了深入研究。构建了PARP1蛋白以及PCV2复制蛋白Rep真核表达质粒,并利用DNA-proteinpulldown及DNAIP试验验证PARP1蛋白与PCV2Ori的互作;通过Co-IP试验,研究了PARP1蛋白与PCV2Rep蛋白的互作;在细胞中过表达或沉默PARP1蛋白,通过qPCR方法检测对PCV2复制的影响。本研究共鉴定到130种可能与Ori互作的宿主蛋白,其中,与DNA功能相关的蛋白共有45种,主要涉及宿主DNA损伤修复及DNA复制功能;验证了PARP1蛋白与PCV2基因组Ori以及Rep蛋白互作。用siRNA沉默PARP1蛋白表达后,PCV2基因组复制效率显著下降,瞬时过表达PARP1蛋白,PCV2基因组复制效率显著提高。综上所述,本研究筛选到130种可能与PCV2Ori互作的细胞蛋白,发现PARP1蛋白可结合PCV2基因组Ori及Rep蛋白并促进PCV2的复制,为PCV2药物靶点选择及PCV2复制起始过程研究奠定了基础。 展开更多

关键词 PCV2 复制起始区 细胞互作蛋白 PARP1 DNA损伤修复

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斜纹夜蛾核型多角体病毒Ⅱ型DNA复制原点的功能分析

12

作者 刘惠芬 刘文光 +3 位作者 衣葵花 张志芳 李云芝 郭光 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期686-690,共5页

斜纹夜蛾核型多角体病毒Ⅱ型(SpltNPVⅡ)基因组DNA含有7个同源重复区(hr)。采用脂质体介导转染法和实时荧光定量PCR对7个hr在异源病毒感染的BmN和Sf21细胞中的复制原点功能进行分析。结果表明,SpltNPVⅡhr在BmN和Sf21细胞中均具有复制... 斜纹夜蛾核型多角体病毒Ⅱ型(SpltNPVⅡ)基因组DNA含有7个同源重复区(hr)。采用脂质体介导转染法和实时荧光定量PCR对7个hr在异源病毒感染的BmN和Sf21细胞中的复制原点功能进行分析。结果表明,SpltNPVⅡhr在BmN和Sf21细胞中均具有复制原点功能,但其复制起始能力不同。BmNPV感染的BmN细胞中,hr4复制起始能力最强,每微克DNA中的拷贝数达405×10^5个,hr5复制起始能力最弱,仅为221×10^4个拷贝/μg;AcMNPV感染的Sf21细胞中hr1复制起始能力最强,可达592×10^6个拷贝/μg,hr5复制起始能力最弱,仅为191×10^4个拷贝/μg。另外,SpltNPVⅡhr在异源细胞中的复制起始能力与其所含回文序列及复制相关的基序等特征结构的数目存在显著的正相关。 展开更多

关键词 复制原点 同源重复区 斜纹夜蛾核型多角体病毒

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