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斑翅草螽线粒体基因组序列测定与分析 被引量：6
1
作者 周志军 尚娜 +2 位作者 黄原 石福明 韦仕珍 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期548-554,共7页
已经测定的昆虫线粒体基因组中,直翅目草螽亚科的疑钩额螽Ruspolia dubia线粒体控制区长度最短,仅70bp。为此,本研究采用L-PCR结合二次PCR扩增策略对另一种草螽亚科昆虫斑翅草螽Conocephalus maculates线粒体基因组序列进行了测定。序... 已经测定的昆虫线粒体基因组中,直翅目草螽亚科的疑钩额螽Ruspolia dubia线粒体控制区长度最短,仅70bp。为此,本研究采用L-PCR结合二次PCR扩增策略对另一种草螽亚科昆虫斑翅草螽Conocephalus maculates线粒体基因组序列进行了测定。序列注释发现:斑翅草螽线粒体基因组序列全长15 898 bp,A+T含量为72.05%,基因排列与典型的节肢动物线粒体基因组一致。全部蛋白质编码基因以典型的ATN作为起始密码子,9个蛋白质编码基因具有完整的终止密码子,其余4个以不完整的T作为终止信号。除trnSAGN外,其余21个tRNAs均可折叠形成典型的三叶草结构,依照Steinberg等(1997)线粒体特殊tRNA结构类型-9,trnSAGN的DHU臂形成一个7 nt环,反密码子臂则长达9 bp,含1个突起碱基,而不是正常的5 bp。斑翅草螽与其他直翅目昆虫线粒体基因组的主要区别在于,在trnSUCN和nad1,nad1和trnLCUN基因间各存在一段罕见的、大段的基因间隔序列,长度分别为78 bp和360 bp。其中,位于nad1和trnLCUN之间的基因间隔序列N链可形成一个包含完整起始、终止密码子(ATT/TAA)、编码103个氨基酸的未知开放阅读框。同义密码子使用偏好与线粒体基因组编码的tRNA反密码子匹配情况无关,但与密码子第3位点的碱基组成紧密相关;相对密码子使用频率(relative synonymous codon usage,RSCU)大于1的密码子,其第3位点全部是A或T。在已经测定的直翅目昆虫线粒体基因组tRNAs中,均存在一定数量的碱基错配,且以G-U弱配对为主,表明G-U配对在线粒体基因组中可能是一种正常的碱基配对形式。本研究测定的斑翅草螽线粒体基因组序列,和先前已经测定的直翅目线粒体基因组序列一起,可以为重建直翅目的进化历史提供数据资源。 展开更多
关键词 斑翅草螽 线粒体基因组 序列分析 基因间隔序列 相对密码子使用频率
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拟密码子适应指数方法的设计及应用 被引量：2
2
作者 马冲 祖颖 朱平 《生命科学研究》 CAS CSCD 2018年第2期122-128,共7页
密码子适应指数(codon adaptation index,CAI)测量的是生物体内某个基因所用密码子与高表达基因所用密码子的相符合程度,是反映密码子偏好性的一个重要指标。文章根据拟氨基酸编码方法首次提出拟密码子适应指数(quasi-codon adaptation ... 密码子适应指数(codon adaptation index,CAI)测量的是生物体内某个基因所用密码子与高表达基因所用密码子的相符合程度,是反映密码子偏好性的一个重要指标。文章根据拟氨基酸编码方法首次提出拟密码子适应指数(quasi-codon adaptation index,Q-CAI)。首先,通过氨基酸编码方法,得到密码子使用具有偏好性,并运用MATLAB分析其碱基组成,发现醋酸菌、大肠杆菌和双歧杆菌的密码子偏好使用c/g结尾,GC整体含量也比较高。随后,利用CAI模型方法进一步证明密码子具有偏好性。最后,利用文中提出的Q-CAI方法,得到醋酸菌、大肠杆菌和酵母菌所有序列的Q-CAI运算结果,发现它们都比CAI运算结果数值更高、更明显,而且双歧杆菌、枯草杆菌和链球菌的Q-CAI运算结果也普遍比CAI运算结果数值高,说明Q-CAI方法能更有效地评价密码子偏好性。文中所使用的6个单细胞物种的90条序列是从NCBI中下载,分析结果说明了Q-CAI方法比CAI方法更具有优越性,是衡量密码子偏好性的有效方法,对研究物种的基因突变有重要参考意义。 展开更多
关键词 密码子适应指数(CAI) 拟氨基酸编码方法 拟密码子适应指数(Q-CAI) 密码子偏好性 同义密码子相对使用度(rscu)
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广谱中和活性样本HIV-1 Env基因的氨基酸及密码子使用特点研究
3
作者 孙莎莎 胡园园 +5 位作者 刘颖 任莉 阮玉华 马丽英 邵一鸣 洪坤学 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期338-344,共7页
目的:分析具有高广谱中和活性的HIV-1感染者包膜蛋白(Env)基因的氨基酸及密码子使用特点。方法:根据中和宽度是否高于90%将样本分为高广谱中和活性组(hBCN+组)和非高广谱中和活性组(hBCN-组),采用单拷贝基因组扩增法(SGA)分离全长Env基... 目的:分析具有高广谱中和活性的HIV-1感染者包膜蛋白(Env)基因的氨基酸及密码子使用特点。方法:根据中和宽度是否高于90%将样本分为高广谱中和活性组(hBCN+组)和非高广谱中和活性组(hBCN-组),采用单拷贝基因组扩增法(SGA)分离全长Env基因,通过两组样本Env基因的相对氨基酸使用度(RAAU)的对应性分析(COA),并基于相似性指数D(A,B)计算及与宿主相对密码子使用度(RSCU)的比对探讨两组毒株的氨基酸及密码子使用特点。结果:对应性分析结果显示hBCN+组和hBCN-组毒株RAAU数据沿两个主轴分布形成两个相对独立的簇,表明两组毒株Env基因具有相对独特的氨基酸使用模式;相似性指数分析结果显示hBCN+组(0.097)低于hBCN-组(0.102),且两组毒株相比较,hBCN+组Env基因与人具有相似使用模式的密码子少于hBCN-组,提示hBCN+组毒株在感染者体内的适应性较hBCN-组毒株低。结论:hBCN+和hBCN-两组毒株的Env基因具有相对独特的氨基酸使用模式,hBCN+组毒株对宿主的适应性较hBCN-组毒株低。 展开更多
关键词 HIV-1 膜蛋白 高广谱中和活性 相对氨基酸使用度(RAAU) 相对密码子使用度(rscu)
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伪狂犬病病毒基因编码区碱基组成与密码子使用偏差(英文) 被引量：4
4
作者 马相如 肖少波 +1 位作者 方六荣 陈焕春 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第6期616-624,共9页
由于伪狂犬病病毒(PRV)中G+C含量高达74%,至今尚没有一个毒株完成全基因组测序。对已知的68 个PRV基因编码区序列碱基组成及密码子使用现象进行了统计分析,结果发现PRV基因中存在非常强的密码子使用偏差。所有68个PRV基因编码区密码子... 由于伪狂犬病病毒(PRV)中G+C含量高达74%,至今尚没有一个毒株完成全基因组测序。对已知的68 个PRV基因编码区序列碱基组成及密码子使用现象进行了统计分析,结果发现PRV基因中存在非常强的密码子使用偏差。所有68个PRV基因编码区密码子第三位总的G+C含量为96.24%,其中UL48基因高达99.52%。PRV基因偏向于使用富含GC的密码子,特别是以C或G结尾的密码子。此外,还发现PRV中G+C含量变化较大的UL48、UL40、UL14和IE180等基因附近正好与已知的PRV基因组复制起始区相对应。根据基因功能将PRV基因分为6类进行分析发现,基因功能相同或相近的基因其密码子使用模式相似,其中调节基因的同义密码子相对使用度(RSCU)与其他基因有显著差异,在调节基因中以C结尾的密码子的RSCU值远大于其他同义密码子。最后,对PRV基因氨基酸组成差异进行多元分析,发现不同功能的PRV基因在对应分析图上分布不同,表明PRV基因密码子使用模式可能与基因功能相关。 展开更多
关键词 伪狂犬病病毒 G+C含量 同义密码子相对使用度(rscu) 偏差 调节基因
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