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数量性状遗传基础研究的回顾与思考——后基因组时代数量遗传领域的挑战 被引量：10
1
作者 莫惠栋 《扬州大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 2003年第2期24-31,共8页
回顾了100多年来数量性状遗传研究的发展。数量性状的遗传研究长期落后于质量性状的研究,主要是对其遗传基础缺乏必要的了解。20世纪80年代开始,DNA分子标记的大量开发,提供了遍布于基因组的位置参照点,促进了数量性状遗传基础研究的迅... 回顾了100多年来数量性状遗传研究的发展。数量性状的遗传研究长期落后于质量性状的研究,主要是对其遗传基础缺乏必要的了解。20世纪80年代开始,DNA分子标记的大量开发,提供了遍布于基因组的位置参照点,促进了数量性状遗传基础研究的迅速发展。迄今至少已对68个生物种的很多数量性状(包括动、植物的重要经济性状和人类疾病)作过全基因组的数量性状座位(QTL)扫描,建立了QTL图谱。但是一般地说,QTL仍然是一个相当大的DNA片断,往往含有多个基因。遗传基础的进一步研究应当从QTL到数量性状基因(QTG),再从QTG到相应于等位基因的数量性状核苷酸(QTN),逐步深入下去。这是后基因组时代数量遗传领域的主要挑战。基因组上数以万计的DNA序列变异(例如SNP)以及模式生物全基因组测序的完成,已为这种准确的遗传剖分提供了必要的条件。 展开更多
关键词 数量性状 遗传基础或结构 数量性状座位 数量性状基因 数量性状核苷酸 准确作图
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动态复杂性状遗传结构研究的统计模型(英文) 被引量：1
2
作者 邬荣领 林敏 +5 位作者 赵伟 侯伟 张博 诸葛强 黄敏仁 徐立安 《南京林业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期1-12,共12页
许多重要的农艺性状、生物学和生物医学性状都是数量性状,这些性状在不同的发育阶段发生变化,并表现出复杂的动态特征。针对这些动态性状,传统的遗传作图方法是通过在不同的年龄或发育阶段利用遗传标记与表型性状进行关联分析,并比较这... 许多重要的农艺性状、生物学和生物医学性状都是数量性状,这些性状在不同的发育阶段发生变化,并表现出复杂的动态特征。针对这些动态性状,传统的遗传作图方法是通过在不同的年龄或发育阶段利用遗传标记与表型性状进行关联分析,并比较这些性状在不同发育阶段的差异,或者通过进行不同阶段的多位点作图进行分析。然而,这些方法并不能确切地反映整个发育过程和动态特点,这使得对性状遗传结构的推测受到限制。要克服这一困难,函数作图将为动态性状的遗传学研究提供一条有效的途径。函数作图综合了生物学机制的数学特性和性状遗传作图的统计学特点,结合统计模型、遗传学和发育生物学的函数作图策略,力求解决诸如发育的遗传控制模式、QTL的持续效应以及引起发育过程中启动和终止的遗传机制等问题。笔者提出的函数作图策略将提供一个研究基因作用及互作与发育模式之间有效的量化检测平台。 展开更多
关键词 发育轨迹 动态性状 统计模型 函数作图 数量性状位点 数量性状核苷酸
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吸烟和性别对身体质量指数遗传结构的影响(英文) 被引量：2
3
作者 张斌 朱军 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期421-430,共10页
采用基于混合线性模型的关联分析方法,检测了身体质量指数(BMI)的相关基因及其相互作用,分析了吸烟和性别对身体质量指数的影响.研究的基因型和表型数据取自慢性阻塞性肺病研究数据库.结果检测到与身体质量指数有关的20个基因以及2对上... 采用基于混合线性模型的关联分析方法,检测了身体质量指数(BMI)的相关基因及其相互作用,分析了吸烟和性别对身体质量指数的影响.研究的基因型和表型数据取自慢性阻塞性肺病研究数据库.结果检测到与身体质量指数有关的20个基因以及2对上位性基因,并发现了受吸烟影响及与性别有关的特定基因及其作用方式.检测到与吸烟无关的9个基因,对BMI有较大影响(遗传率为31.23%),并且影响肥胖、糖尿病等7种疾病.吸烟导致的5个基因都能增加BMI,但并不导致肥胖、糖尿病等疾病.生物信息学分析揭示了与身体质量指数相关的基因存在复杂的遗传网络.研究结果表明,吸烟等生活行为的个性化检测对肥胖等复杂疾病的预防及治疗至关重要. 展开更多
关键词 慢性阻塞性肺病 全基因组关联分析 混合线性模型 条件分析 数量性状单岳苷酸多态性 身体质量指教
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高粱千粒重全基因组关联分析和候选基因预测 被引量：1
4
作者 邹桂花 丁延庆 +5 位作者 徐建霞 曹宁 陈合云 刘合芹 郑学强 张立异 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第11期2124-2136,共13页
千粒重是作物产量构成的三要素之一。增加粒重是提高作物产量的重要途径。为阐明高梁千粒重的遗传机理,本试验以主要来自于我国16个高粱种植省份的242份高粱品种(系)组成的关联群体为研究材料,借助覆盖全基因组的2015850个高质量SNPs标... 千粒重是作物产量构成的三要素之一。增加粒重是提高作物产量的重要途径。为阐明高梁千粒重的遗传机理,本试验以主要来自于我国16个高粱种植省份的242份高粱品种(系)组成的关联群体为研究材料,借助覆盖全基因组的2015850个高质量SNPs标记,采用多位点分析软件mrMLM 4.0 R软件包中的mrMLM、FASTmrMLM、FASTmrEMMA、ISIS EM-BLASSO、pLARmEB、pKWmEB 6种模型,对2018—2020年贵州贵阳、浙江杭州、海南乐东、海南陵水3年4点7个环境的高梁千粒重进行全基因组关联分析。结果表明,7个环境的高梁千粒重均表现连续正态分布,呈现明显的数量性状遗传特性,变异范围于10~50 g之间。利用6个模型共检测到323个与千粒重显著关联的数量性状核苷酸位点(QTNs),这些位点不均匀地分布在10条染色体上。单个QTN可解释0.4%~26.6%的表型变异。不同模型检测到的位点数目不同,FASTmrMLM模型最多,然后依次是pKWmEB模型、pLARmEB模型、mrMLM模型、ISIS EM-BLASSO模型和FASTmrEMMA模型。合并共同QTNs后得到96个显著影响千粒重的QTNs,其中4个QTNs与前人报道的高粱基因位点重叠,另有4个QTNs包含与水稻中克隆的粒重相关基因qGW7/GL7、BG2、OsARF4、RSR1、TGW6等同源的基因。本研究结果为探究高粱千粒重性状分子遗传机理和高粱分子设计育种提供了科学依据。 展开更多
关键词 高粱 千粒重 多位点全基因组关联分析 数量性状核苷酸(QTNs) 候选基因
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全基因组关联分析SGRQ遗传变异与吸烟的关系(英文) 被引量：1
5
作者 郝心颖 朱军 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期431-439,共9页
慢性阻塞性肺病作为人类第四大疾病,它的遗传倾向和性别影响一直是热门话题,而吸烟被认为是肺疾病的主要危险因素.本文基于从dbGaP下载的数据,运用我们提出的混合线性模型方法和关联分析软件QTLNetwork,分析了慢性阻塞性肺病复杂性状的... 慢性阻塞性肺病作为人类第四大疾病,它的遗传倾向和性别影响一直是热门话题,而吸烟被认为是肺疾病的主要危险因素.本文基于从dbGaP下载的数据,运用我们提出的混合线性模型方法和关联分析软件QTLNetwork,分析了慢性阻塞性肺病复杂性状的遗传变异.运用全基因组关联条件定位的方法,检测到与吸烟无关的8个基因(CSMD1,CAPN8,TNS1,LOC643037,LRFN2,DGKH,FOXL1,DNAH11)、被吸烟诱导的6个基因(CSMD1,CNTNAP5,DGKH,MACROD2,CNIH3,DNAH11)和被吸烟抑制的5个基因(GSDMC,DGKH,LINC00426,METTL4,BMP2)及1对上位基因(CSMD1,LOC643037).其中,具有显著的高遗传性的基因有TNS1,DGKH,MACROD2,CNIH3,LINC00426,METTL4和GSDMC.讨论了吸烟及性别对SGRQ疾病基因表达的影响. 展开更多
关键词 慢性阻塞性肺病 全基因组关联分析 混合线性模型 条件基因定位 数量性状单核苷酸多态性
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