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桦褐孔菌实时荧光定量PCR内参基因的筛选 被引量:8
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作者 安丹丹 李健 +3 位作者 隋飞飞 曲柏宏 陈艳秋 张宇婷 《食用菌学报》 CSCD 北大核心 2016年第3期15-19,共5页
笔者采用软件GeNorm分析7个内参基因在桦褐孔菌(Inonotus obliquus)中表达的稳定性。结果表明,在不同pH培养基处理下,最适内参基因数为2,act和gapdh为最适内参基因;高温刺激下,最适内参基因数为2,act和gapdh为适宜内参基因;在菌核发育阶... 笔者采用软件GeNorm分析7个内参基因在桦褐孔菌(Inonotus obliquus)中表达的稳定性。结果表明,在不同pH培养基处理下,最适内参基因数为2,act和gapdh为最适内参基因;高温刺激下,最适内参基因数为2,act和gapdh为适宜内参基因;在菌核发育阶段,最适内参基因数为2,gapdh和cyp为最适内参基因;在菌丝体发育阶段,最适内参基因数为3,act,tub和ubq为适宜内参基因;在整体试验样本中,最适内参基因数为2,act和gapdh为最稳定的内参基因。 展开更多
关键词 实时荧光定量PCR 内参基因 桦褐孔菌 GENORM
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水稻黑条矮缩病毒和水稻条纹叶枯病毒侵染下水稻qRT-PCR内参基因的筛选 被引量:5
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作者 沈江锋 李俊敏 +1 位作者 孙丽英 陈剑平 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期276-286,共11页
病毒侵染通常会干扰寄主细胞的生理代谢过程,分析病毒侵染后寄主基因的表达差异,将为病毒与寄主之间的互作研究提供重要的分子基础。实时荧光定量PCR(qRT-PCR)是目前基因表达分析中应用最广泛的方法之一,选择合适的内参基因对实验进行... 病毒侵染通常会干扰寄主细胞的生理代谢过程,分析病毒侵染后寄主基因的表达差异,将为病毒与寄主之间的互作研究提供重要的分子基础。实时荧光定量PCR(qRT-PCR)是目前基因表达分析中应用最广泛的方法之一,选择合适的内参基因对实验进行校正和标准化至关重要。但是,一些常用作内参的看家基因会受到病毒侵染的影响。本研究中,以感染水稻黑条矮缩病毒(Rice black-streaked dwarf virus,RBSDV)和水稻条纹叶枯病毒(Rice stripe virus,RSV)的水稻总RNA为材料,利用qRT-PCR技术和3个统计学软件探讨了10个常用内参基因在病毒侵染下的稳定性。结果显示,感染RBSDV和RSV水稻中表达最稳定的都是UBC和β-TUB。因此,可选用UBC和β-TUB组合作为分析RBSDV和RSV侵染过程的水稻内参基因。 展开更多
关键词 水稻 RBSDV RSV qrt—PCR 内参基因
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Molecular Characterization and Expression Profiles of Myrosinase Gene(RsMyr2) in Radish(Raphanus sativus L.) 被引量:1
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作者 PAN Yan XU Yuan-yuan +5 位作者 ZHU Xian-wen LIU Zhe GONG Yi-qin XU Liang GONG Mao-yong LIU Li-wang 《Journal of Integrative Agriculture》 SCIE CAS CSCD 2014年第9期1877-1888,共12页
Myrosinase is a defense-related enzyme and is capable of hydrolyzing glucosinolates into a variety of compounds, some of which are toxic to pathogens and herbivores. Many studies revealed that a number of important ve... Myrosinase is a defense-related enzyme and is capable of hydrolyzing glucosinolates into a variety of compounds, some of which are toxic to pathogens and herbivores. Many studies revealed that a number of important vegetables or oil crops contain the myrosinase-glucosinolate system. However, the related promoter and genomic DNA sequences as well as expression profiles of myrosinase gene remain largely unexplored in radish(Raphanus sativus). In this study, the 2 798 bp genomic DNA sequence, designated as RsMyr2, was isolated and analyzed in radish. The RsMyr2 consisting of 12 exons and 11 introns reflected the common gene structure of myrosinases. Using the genomic DNA walking approach, the 5′-flanking region upstream of RsMyr2 with length of 1 711 bp was successfully isolated. PLACE and PlantCARE analyses revealed that this upstream region could be the promoter of RsMyr2, which contained several basic cis-regulatory elements including TATA-box, CAAT-box and regulatory motifs responsive to defense and stresses. Furthermore, recombinant pET-RsMyr2 protein separated by SDS-PAGE was identified as myrosinase with mass spectrometry. Real-time PCR analysis showed differential expression profiles of RsMyr2 in leaf, stem and root at different developmental stages(e.g., higher expression in leaf at cotyledon stage and lower in flesh root at mature stage). Additionally, the RsMyr2 gene exhibited up-regulated expression when treated with abscisic acid(ABA), methyl jasmonate(MeJA) and hydrogen peroxide(H2O2), whereas it was down-regulated by wounding(WO) treatment. The findings indicated that the expression of RsMyr2 gene was differentially regulated by these stress treatments. These results could provide new insight into elucidating the molecular characterization and biological function of myrosinase in radish. 展开更多
关键词 RADISH RsMyr2 PROMOTER heterologous expression qrt-rcr
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玉米大斑病菌SC35同源基因表达规律与互作分析 被引量:1
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作者 李天聪 朱行 +6 位作者 魏宁 龙凤 武建颖 张燕 董金皋 申珅 郝志敏 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期733-743,共11页
【目的】获得玉米大斑病菌(Setosphaeria turcica)SC35类剪接因子的基因,并分析该基因家族之间的相互作用及在病菌不同生长发育时期与侵染过程中的表达规律,为明确剪接因子SC35家族与真菌生长发育的关系打下基础。【方法】以拟南芥(Arab... 【目的】获得玉米大斑病菌(Setosphaeria turcica)SC35类剪接因子的基因,并分析该基因家族之间的相互作用及在病菌不同生长发育时期与侵染过程中的表达规律,为明确剪接因子SC35家族与真菌生长发育的关系打下基础。【方法】以拟南芥(Arabidopsis thaliana)SC35编码的氨基酸序列为探针序列,在玉米大斑病菌全基因组数据库进行同源比对,获得玉米大斑病菌中潜在的SC35蛋白;利用生物信息学方法对其保守结构域、系统进化关系进行分析;分别收集接种在感病玉米叶片表面不同时间及玉米大斑病菌菌丝、分生孢子、芽管、附着胞及侵入丝等不同发育时期的材料,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术分析在对玉米叶片侵染不同时间及不同发育时期可变剪接因子的转录水平;利用酵母双杂交技术明确玉米大斑病菌可变剪接因子之间的相互作用。【结果】在玉米大斑病菌中获得了8个潜在的SC35类蛋白基因,其编码的氨基酸具有典型的SR蛋白(Ser-Arg rich protein)结构域,而StSC1 C端具有2个RRM基序。8个基因位于染色体组的不同物理位置,不具有连锁关系。系统进化分析表明8个剪接因子分布于不同进化支,同源性较低。在病菌侵染寄主叶片过程中,StSC1、StSC2、StSC3、StSC4、StSC5、StSC6、StSC8在侵染18 h时表现为表达上调趋势,StSC7呈下调趋势,StSC4在6—18 h表现出较高表达活性;不同生长时期中,StSC1在病菌附着胞及侵染丝形成时期表达水平极显著上调(P<0.001),是分生孢子时期的24.44、8.25倍,其余7个可变剪接因子在病菌的生长过程中表达水平均呈下调趋势。酵母双杂交结果表明StSC4与StSC6、StSC3与StSC8、StSC3与StSC4、StSC8与StSC4有体外互作关系。【结论】在玉米大斑病菌侵染过程中及不同发育时期可变剪接因子的表达模式不同,StSC4在病菌整个侵染过程均活跃表达;StSC1、StSC4和StSC6对病菌附着胞和侵� 展开更多
关键词 玉米大斑病菌 可变剪接因子 实时荧光定量PCR 酵母双杂交
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广州管圆线虫Asp-1基因的克隆表达及各虫期转录水平研究 被引量:1
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作者 王琳 杨潇 +6 位作者 曲振宇 刘静 刘茜 何蔼 陈婧 李卓雅 詹希美 《热带医学杂志》 CAS 2011年第5期512-515,共4页
目的构建广州管圆线虫天冬氨酰蛋白酶(Asp-1)基因的原核表达系统,研究该基因在各虫期的转录水平。方法构建重组质粒pET-30a(+)-Asp-1,并转化至大肠杆菌BL21(DE3)表达载体,经IPTG诱导表达后,Ni-IDA亲和层析纯化表达产物。通过以β-肌动... 目的构建广州管圆线虫天冬氨酰蛋白酶(Asp-1)基因的原核表达系统,研究该基因在各虫期的转录水平。方法构建重组质粒pET-30a(+)-Asp-1,并转化至大肠杆菌BL21(DE3)表达载体,经IPTG诱导表达后,Ni-IDA亲和层析纯化表达产物。通过以β-肌动蛋白为内参、以各期虫cDNA为模板的实时荧光定量PCR,研究该基因在各虫期的表达水平。结果获得纯化的重组蛋白,相对分子质量约为43000,与生物信息学分析预测结果一致。qRT-PCR显示该基因在三期幼虫中表达丰度最高,四/五期幼虫、成虫雄虫、雌虫依次降低。结论 Asp-1基因的表达丰度在三期幼虫中最高的实验数据与三期幼虫感染性最强的事实相符,提示天冬氨酰蛋白酶有可能是幼虫入侵宿主的关键酶,为后续广州管圆线虫虫体侵入宿主的机制以及宿主保护机制研究打下基础。 展开更多
关键词 广州管圆线虫 天冬氨酰蛋白酶 原核表达 实时荧光定量PCR
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‘无籽’瓯柑小孢子母细胞减数分裂特性基因RAD51和MS1的表达差异分析 被引量:1
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作者 朱咪咪 张迟 +5 位作者 常爱玲 党婉誉 周彩红 俞狄虎 吴莹莹 张敏 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期921-927,共7页
‘无籽’瓯柑Citrus suavissima‘Seedless’是野生型瓯柑Citrus suavissima的芽变,其花粉完全败育,败育起始于小孢子母细胞减数分裂形成四分体时期。研究‘无籽’瓯柑小孢子母细胞减数分裂异常的分子机制,有利于深入认识果树芽变的发... ‘无籽’瓯柑Citrus suavissima‘Seedless’是野生型瓯柑Citrus suavissima的芽变,其花粉完全败育,败育起始于小孢子母细胞减数分裂形成四分体时期。研究‘无籽’瓯柑小孢子母细胞减数分裂异常的分子机制,有利于深入认识果树芽变的发生机制。随机选择"无籽"瓯柑和瓯柑各3株,根据花蕾直径采集花粉母细胞时期(Ⅰ),四分体时期(Ⅱ),单核花粉粒时期(Ⅲ),双核花粉粒时期(Ⅳ)及花粉粒成熟期(Ⅴ)共5个时期的花蕾并分离花药,利用实时荧光定量聚合酶链式反应(q RT-PCR)分析减数分裂特性基因RAD51和MS1的相对表达量,3次重复。通过SPSS 16.0的最小显著差法(LSD)在0.01水平上进行各样品间的相对表达量差异分析。结果表明:RAD51和MS1基因的表达高峰均集中在第Ⅰ时期和第Ⅱ时期,且此时花药中的相对表达量均极显著(P<0.01)高于花蕾。第Ⅰ时期花药中,‘无籽’瓯柑RAD51的相对表达量为瓯柑的3.7倍,MS1可达300倍;但同时期花蕾中,RAD51的相对表达量仅1.1倍,MS1为140.0倍。‘无籽’瓯柑RAD51基因在第Ⅰ时期和第Ⅱ时期的相对表达量极显著(P<0.01)高于瓯柑,说明‘无籽’瓯柑小孢子母细胞和四分体时期的细胞内均存在DNA受损现象;‘无籽’瓯柑MS1基因在第Ⅰ时期的相对表达量极显著(P<0.01)高于瓯柑,但第Ⅱ时期极显著(P<0.01)低于瓯柑,推测‘无籽’瓯柑败育花粉的形成与MS1基因表达紊乱引起油脂分泌、转运异常密切相关。 展开更多
关键词 园艺学 '无籽’瓯柑 减数分裂 花蕾 花药 67851 MS1 实时荧光定量聚合酶链式反应
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棉花纤维发育和体细胞胚发生过程中实时定量PCR内对照基因的筛选 被引量:32
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作者 涂礼莉 张献龙 +6 位作者 刘迪秋 金双侠 曹景林 朱龙付 邓锋林 谭家福 张存斌 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第20期2379-2385,共7页
实时定量PCR技术(qRT-PCR)能够快速地对多个样品进行基因表达分析,因此已成为芯片和微点阵数据验证的常用手段.为了得到更精确的数据,通常需要一个和多个内对照基因来平衡化qRT-PCR数据.目前一般选择持家基因(housekeeping gene)作为内... 实时定量PCR技术(qRT-PCR)能够快速地对多个样品进行基因表达分析,因此已成为芯片和微点阵数据验证的常用手段.为了得到更精确的数据,通常需要一个和多个内对照基因来平衡化qRT-PCR数据.目前一般选择持家基因(housekeeping gene)作为内对照,但很多持家基因的表达水平随着环境的改变而改变.在棉花纤维发育和体细胞胚发生机制研究过程中已经产生大量芯片和微点阵数据,但目前在采用实时定量PCR验证这些数据时都只用了一个持家基因来平衡化数据.为了验证其可靠性,本研究根据常用的持家基因(18S rRNA,Histone3,UBQ7,Actin,Cyclophilin,Gbpolyubiquitin-1和Gbpolyubi-quitin-2)设计了7对引物,用相对的绝对定量法验证了在棉花不同组织和不同发育阶段(21个样品)表达水平的稳定性,发现在纤维发育的后期(17 DPA(day post anthesis)以后),这些基因的表达都下调,而纤维发育后期特异表达基因AGP的表达从15DPA开始到27DPA一直都呈上升趋势.因此对于纤维系列特别是纤维发育后期基因的qRT-PCR更好的选择是相对的绝对定量.而对于非纤维系列,这些持家基因的表达水平相对纤维系列变化幅度较小,但为了得到更精确的表达数据,应该同时用Histone3,UBQ7和Gbpolyubiquitin-1一起来平衡化qRT-PCR数据. 展开更多
关键词 棉花 纤维发育 持家基因 内对照 实时定量PCR(qrt-rcr) 体细胞胚胎发生
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