期刊导航
期刊开放获取
cqvip
退出
期刊文献
+
任意字段
题名或关键词
题名
关键词
文摘
作者
第一作者
机构
刊名
分类号
参考文献
作者简介
基金资助
栏目信息
任意字段
题名或关键词
题名
关键词
文摘
作者
第一作者
机构
刊名
分类号
参考文献
作者简介
基金资助
栏目信息
检索
高级检索
期刊导航
共找到
2
篇文章
<
1
>
每页显示
20
50
100
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
检索结果
已选文献
显示方式:
文摘
详细
列表
相关度排序
被引量排序
时效性排序
基于三类特征融合的O-糖基化位点预测
被引量:
1
1
作者
向妍
陈渊
+1 位作者
谭泗桥
袁哲明
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2016年第7期691-698,共8页
糖基化是蛋白质翻译后的主要修饰,O-糖基化的固定模式未知,高精度识别O-糖基化位点是机器学习面临的挑战性问题.以迄今最大的人O-糖基化位点Steentoft数据集为基础,本文首次提出了基于位置的卡方差表特征χ^2pos,融合伪氨基酸序列进化信...
糖基化是蛋白质翻译后的主要修饰,O-糖基化的固定模式未知,高精度识别O-糖基化位点是机器学习面临的挑战性问题.以迄今最大的人O-糖基化位点Steentoft数据集为基础,本文首次提出了基于位置的卡方差表特征χ^2pos,融合伪氨基酸序列进化信息Pse PSSM以及无方向的k间隔氨基酸对组分Undirected-CKSAAP表征序列,构建5个正负样本均衡的支持向量机分类器,经加权投票,独立测试准确率、Matthew相关系数及ROC曲线下面积,分别达到了89.62%、0.79、0.96,明显优于文献报道结果.χ^2pos、Pse PSSM与Undirected-CKSAAP三种特征的融合在蛋白质糖基化、磷酸化等位点预测中有广泛应用前景.
展开更多
关键词
O-糖基化位点预测
卡方差表特征
伪氨基酸序列进化信息
无方向的k间隔氨基酸对组分
加权投票
下载PDF
职称材料
基于多视角特征融合与随机森林的蛋白质结晶预测
被引量:
2
2
作者
李强
郑宇杰
《现代电子技术》
北大核心
2015年第8期50-53,共4页
X射线晶体结构分析是测定蛋白质结构的重要方法之一,国际蛋白质数据库(PDB)中已知晶体结构的蛋白质80%~90%均是使用该方法得到的。然而,并不是所有的蛋白质都能良好结晶,使用晶体结构分析方法对不能结晶的蛋白质进行结构测定将浪费...
X射线晶体结构分析是测定蛋白质结构的重要方法之一,国际蛋白质数据库(PDB)中已知晶体结构的蛋白质80%~90%均是使用该方法得到的。然而,并不是所有的蛋白质都能良好结晶,使用晶体结构分析方法对不能结晶的蛋白质进行结构测定将浪费大量的资源。因此,研发准确高效的算法来对蛋白质能否结晶进行预测就具有重要意义。在此提出了一种组合蛋白质物理化学特性、序列信息与进化信息的蛋白质结晶预测方法。该方法从不同视角抽取分别抽取蛋白质的物理化学特征、伪氨基酸组成特征(Pse AAC)和伪位置特异性得分矩阵特征(Pse PSSM),使用随机森林对组合的特征进行蛋白质结晶预测。在标准数据集上的独立测试验证的结果表明,这里所述的蛋白质结晶预测方法具有良好的性能。
展开更多
关键词
蛋白质结晶
伪氨基酸组成
位置特异性得分矩阵
随机森林
下载PDF
职称材料
题名
基于三类特征融合的O-糖基化位点预测
被引量:
1
1
作者
向妍
陈渊
谭泗桥
袁哲明
机构
湖南农业大学植物病虫害生物学与防控湖南省重点实验室
湖南农业大学信息科学技术学院
湖南农业大学
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2016年第7期691-698,共8页
基金
高等学校博士学科点专项科研基金(20124320110002)
湖南省自然科学基金(14JJ2082)
长沙市科技计划项目(K1406018-21)资助
文摘
糖基化是蛋白质翻译后的主要修饰,O-糖基化的固定模式未知,高精度识别O-糖基化位点是机器学习面临的挑战性问题.以迄今最大的人O-糖基化位点Steentoft数据集为基础,本文首次提出了基于位置的卡方差表特征χ^2pos,融合伪氨基酸序列进化信息Pse PSSM以及无方向的k间隔氨基酸对组分Undirected-CKSAAP表征序列,构建5个正负样本均衡的支持向量机分类器,经加权投票,独立测试准确率、Matthew相关系数及ROC曲线下面积,分别达到了89.62%、0.79、0.96,明显优于文献报道结果.χ^2pos、Pse PSSM与Undirected-CKSAAP三种特征的融合在蛋白质糖基化、磷酸化等位点预测中有广泛应用前景.
关键词
O-糖基化位点预测
卡方差表特征
伪氨基酸序列进化信息
无方向的k间隔氨基酸对组分
加权投票
Keywords
O-glycosylation
prediction
chi-square
score
difference
table
pseudo
position
-
specific
scoring
matrix
undirected
com
position
of
k-spaced
amino
acid
pairs
weighted
voting
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
Q61
下载PDF
职称材料
题名
基于多视角特征融合与随机森林的蛋白质结晶预测
被引量:
2
2
作者
李强
郑宇杰
机构
南京理工大学计算机科学与工程学院
中国电子科技集团公司第
出处
《现代电子技术》
北大核心
2015年第8期50-53,共4页
基金
中央高校基本科研业务费专项资金(30920130111010)
文摘
X射线晶体结构分析是测定蛋白质结构的重要方法之一,国际蛋白质数据库(PDB)中已知晶体结构的蛋白质80%~90%均是使用该方法得到的。然而,并不是所有的蛋白质都能良好结晶,使用晶体结构分析方法对不能结晶的蛋白质进行结构测定将浪费大量的资源。因此,研发准确高效的算法来对蛋白质能否结晶进行预测就具有重要意义。在此提出了一种组合蛋白质物理化学特性、序列信息与进化信息的蛋白质结晶预测方法。该方法从不同视角抽取分别抽取蛋白质的物理化学特征、伪氨基酸组成特征(Pse AAC)和伪位置特异性得分矩阵特征(Pse PSSM),使用随机森林对组合的特征进行蛋白质结晶预测。在标准数据集上的独立测试验证的结果表明,这里所述的蛋白质结晶预测方法具有良好的性能。
关键词
蛋白质结晶
伪氨基酸组成
位置特异性得分矩阵
随机森林
Keywords
protein
crystallization
pseudo
amino
acids
com
position
position
specific
scoring
matrix
random
forest
分类号
TN911.34 [电子电信—通信与信息系统]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于三类特征融合的O-糖基化位点预测
向妍
陈渊
谭泗桥
袁哲明
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2016
1
下载PDF
职称材料
2
基于多视角特征融合与随机森林的蛋白质结晶预测
李强
郑宇杰
《现代电子技术》
北大核心
2015
2
下载PDF
职称材料
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
检索结果
已选文献
上一页
1
下一页
到第
页
确定
用户登录
登录
IP登录
使用帮助
返回顶部