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基于三类特征融合的O-糖基化位点预测 被引量:1
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作者 向妍 陈渊 +1 位作者 谭泗桥 袁哲明 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2016年第7期691-698,共8页
糖基化是蛋白质翻译后的主要修饰,O-糖基化的固定模式未知,高精度识别O-糖基化位点是机器学习面临的挑战性问题.以迄今最大的人O-糖基化位点Steentoft数据集为基础,本文首次提出了基于位置的卡方差表特征χ^2pos,融合伪氨基酸序列进化信... 糖基化是蛋白质翻译后的主要修饰,O-糖基化的固定模式未知,高精度识别O-糖基化位点是机器学习面临的挑战性问题.以迄今最大的人O-糖基化位点Steentoft数据集为基础,本文首次提出了基于位置的卡方差表特征χ^2pos,融合伪氨基酸序列进化信息Pse PSSM以及无方向的k间隔氨基酸对组分Undirected-CKSAAP表征序列,构建5个正负样本均衡的支持向量机分类器,经加权投票,独立测试准确率、Matthew相关系数及ROC曲线下面积,分别达到了89.62%、0.79、0.96,明显优于文献报道结果.χ^2pos、Pse PSSM与Undirected-CKSAAP三种特征的融合在蛋白质糖基化、磷酸化等位点预测中有广泛应用前景. 展开更多
关键词 O-糖基化位点预测 卡方差表特征 伪氨基酸序列进化信息 无方向的k间隔氨基酸对组分 加权投票
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基于多视角特征融合与随机森林的蛋白质结晶预测 被引量:2
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作者 李强 郑宇杰 《现代电子技术》 北大核心 2015年第8期50-53,共4页
X射线晶体结构分析是测定蛋白质结构的重要方法之一,国际蛋白质数据库(PDB)中已知晶体结构的蛋白质80%~90%均是使用该方法得到的。然而,并不是所有的蛋白质都能良好结晶,使用晶体结构分析方法对不能结晶的蛋白质进行结构测定将浪费... X射线晶体结构分析是测定蛋白质结构的重要方法之一,国际蛋白质数据库(PDB)中已知晶体结构的蛋白质80%~90%均是使用该方法得到的。然而,并不是所有的蛋白质都能良好结晶,使用晶体结构分析方法对不能结晶的蛋白质进行结构测定将浪费大量的资源。因此,研发准确高效的算法来对蛋白质能否结晶进行预测就具有重要意义。在此提出了一种组合蛋白质物理化学特性、序列信息与进化信息的蛋白质结晶预测方法。该方法从不同视角抽取分别抽取蛋白质的物理化学特征、伪氨基酸组成特征(Pse AAC)和伪位置特异性得分矩阵特征(Pse PSSM),使用随机森林对组合的特征进行蛋白质结晶预测。在标准数据集上的独立测试验证的结果表明,这里所述的蛋白质结晶预测方法具有良好的性能。 展开更多
关键词 蛋白质结晶 伪氨基酸组成 位置特异性得分矩阵 随机森林
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