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中药材DNA条形码鉴定研究进展 被引量：70
1
作者 辛天怡 雷美艳 宋经元 《中国现代中药》 CAS 2015年第2期170-176,184,共8页
DNA条形码技术给中药鉴定学发展带来新的机遇,中药材DNA条形码鉴定数据库及中草药DNA条形码生物鉴定体系的创建有利于推进中药鉴定标准化和国际化。中药材DNA条形码分子鉴定法指导原则已纳入《中华人民共和国药典》2010版第三增补本,为... DNA条形码技术给中药鉴定学发展带来新的机遇,中药材DNA条形码鉴定数据库及中草药DNA条形码生物鉴定体系的创建有利于推进中药鉴定标准化和国际化。中药材DNA条形码分子鉴定法指导原则已纳入《中华人民共和国药典》2010版第三增补本,为中药材基原物种鉴定提供强有力的科技支撑,将在中药材及中成药流通监管、道地药材鉴别、保健食品和食品质量安全控制等领域发挥重要作用。将中药材DNA条形码分子鉴定法与中国药典规定的其他鉴别方法相结合,能够对药品质量进行综合评价与有效监控。 展开更多
关键词 中药材 DNA条形码 鉴定 ITS2 psba-trnh COI
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不同基原甘草的分子鉴定及市售甘草药材的质量评价 被引量：43
2
作者 杨瑞 李文东 +4 位作者 马永生 周姗 薛宇涛 林瑞超 刘颖 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期318-326,共9页
甘草是我国最常用的大宗中药材之一,在《神农本草经》中被列为上品。2015版《中华人民共和国药典》规定,乌拉尔甘草Glycyrrhiza uralensis Fisch.、光果甘草Glycyrrhiza glabra L.及胀果甘草Glycyrrhiza inflata Bat.的干燥根及根茎可... 甘草是我国最常用的大宗中药材之一,在《神农本草经》中被列为上品。2015版《中华人民共和国药典》规定,乌拉尔甘草Glycyrrhiza uralensis Fisch.、光果甘草Glycyrrhiza glabra L.及胀果甘草Glycyrrhiza inflata Bat.的干燥根及根茎可作为甘草入药。然而不同基原甘草药效差异显著,而通过传统方法对其进行鉴别十分困难。为了快速、准确地对不同基原甘草进行鉴定,本文从全国7省份21居群采集了240株甘草。利用PCR扩增获得了长度为616 bp的ITS序列以及389 bp的psb A-trn H序列;通过DNAMAN比对分析,在ITS序列中找到4个变异位点,并确定了2种ITS单倍型,在psb A-trn H序列中找到3个变异位点,并确定了4种psb A-trn H单倍型;结合ITS及psb A-trn H序列分析,确定了3种基原甘草的分子鉴定方案。利用该方案对来自全国4个主要中药材市场的40份甘草药材进行了准确鉴定,并进一步利用HPLC法测定各药材中2种三萜类有效成分(甘草酸及异甘草酸)及4种黄酮类有效成分(甘草素、异甘草素、甘草苷、异甘草苷)的含量,应用SPSS 21.0对HPLC结果进行统计学分析,从而对市售甘草药材的质量进行评价。本文为不同基原甘草的准确鉴定提供了分子鉴定方案,并且对甘草药材的流通现状及质量评价具有指导意义。 展开更多
关键词 乌拉尔甘草 光果甘草 胀果甘草 ITS psba-trnh 分子鉴定 HPLC 质量评价
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枫斗类石斛cpDNA psbA-trnH的序列分析与鉴别 被引量：37
3
作者 邵世光 韩丽 +3 位作者 马艳红 沈洁 张伟超 丁小余 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第10期1173-1178,共6页
本研究对常见枫斗类石斛cpDNA的psbA-trnH区进行了测序,利用MEGA4.0对该区序列进行了比较分析。结果显示:15种常见的枫斗类石斛的psbA-trnH序列长度为721～767bp,变异位点42个,简约信息位点11个。以Kimura-2参数计算遗传距离,常见枫斗... 本研究对常见枫斗类石斛cpDNA的psbA-trnH区进行了测序,利用MEGA4.0对该区序列进行了比较分析。结果显示:15种常见的枫斗类石斛的psbA-trnH序列长度为721～767bp,变异位点42个,简约信息位点11个。以Kimura-2参数计算遗传距离,常见枫斗类石斛的种间遗传距离为0.0013～0.0183,平均遗传距离为0.0148。不同石斛种间均存在序列差异,全序列中共出现6处indels,导致种间片段长度差异较大;暂未发现所检测的枫斗类石斛居群间在psbA-trnH区的序列存在差异。利用枫斗类石斛psbA-trnH序列数据库及遗传分析软件,通过对待检种的psbA-trnH序列的测定,成功鉴别了待检种。cpDNA的psbA-trnH区可作为枫斗类石斛分子鉴别的候选标记。 展开更多
关键词 石斛属 枫斗类石斛 psba-trnh 分子鉴别
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忍冬科药用植物DNA条形码通用序列的筛选 被引量：31
4
作者 刘震 陈科力 +2 位作者 罗焜 潘宏林 陈士林 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第19期2527-2532,共6页
目的:从4条DNA片段(psbA-trnH,matK,rbcL,和ITS2)中筛选可用于忍冬科药用植物鉴定的DNA条形码通用序列。方法:通过比较各序列的PCR扩增成功率、测序效率、种内和种间变异、barcoding gap和鉴定成功率等指标评价不同序列在忍冬科植物中... 目的:从4条DNA片段(psbA-trnH,matK,rbcL,和ITS2)中筛选可用于忍冬科药用植物鉴定的DNA条形码通用序列。方法:通过比较各序列的PCR扩增成功率、测序效率、种内和种间变异、barcoding gap和鉴定成功率等指标评价不同序列在忍冬科植物中的鉴定能力。结果:对忍冬科13个属,33个物种,58个样本进行分析,ITS2序列在属水平上的鉴定成功率为100.0%,物种水平上的鉴定成功率为96.6%。结论:ITS2序列可以作为忍冬科植物的DNA条形码候选序列,同时推荐psbA-trnH序列作为ITS2序列的补充序列。 展开更多
关键词 DNA条形码 忍冬科 ITS2 psba-trnh MATK RBCL
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葫芦科植物通用DNA条形码的筛选 被引量：26
5
作者 李妮 陈士林 +1 位作者 刘义梅 陈科力 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2011年第7期1396-1401,共6页
目的评价几个热点DNA条形码候选序列对葫芦科植物的鉴别能力。方法使用ITS2、rbcL、matK和psbA-trnH序列的通用引物对葫芦科植物进行PCR扩增和测序,通过比较各序列的扩增和测序成功率、种内和种间的变异、barcodinggap,并采取相似性探索... 目的评价几个热点DNA条形码候选序列对葫芦科植物的鉴别能力。方法使用ITS2、rbcL、matK和psbA-trnH序列的通用引物对葫芦科植物进行PCR扩增和测序,通过比较各序列的扩增和测序成功率、种内和种间的变异、barcodinggap,并采取相似性探索BLAST 1和最近距离Nearest Distance方法评价不同序列的鉴别能力。结果 ITS2序列对葫芦科33个属、90个物种、182个样本进行分析,其鉴定成功率较高,在属水平为100.0%,在物种水平为88.5%;psbA-trnH序列对201个样本进行分析,其鉴定成功率在属水平为93.0%,在物种水平为73.1%,但其可以补充部分ITS2不能分析的物种区域。结论 ITS2和psbA-trnH是适合葫芦科植物鉴别的一个较好的DNA条形码序列组合。 展开更多
关键词 DNA条形码 葫芦科 psba-trnh MATK RBCL ITS2
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连翘败毒丸中原料药材的分子鉴别 被引量：25
6
作者 崔占虎 蒋超 +3 位作者 李旻辉 陈敏 周立社 袁媛 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期590-596,共7页
为研究分子标记技术在成药鉴定方面的应用,本文选用连翘败毒丸为研究对象,采用改良CTAB法提取其总DNA,通过聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)分别对psbA-trnH和rbcL两个叶绿体序列进行梯度扩增,将扩增产物与pEASYTM-T5 vec... 为研究分子标记技术在成药鉴定方面的应用,本文选用连翘败毒丸为研究对象,采用改良CTAB法提取其总DNA,通过聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)分别对psbA-trnH和rbcL两个叶绿体序列进行梯度扩增,将扩增产物与pEASYTM-T5 vector连接后,转化到大肠杆菌Trans1-T1感受态细胞中,挑取单克隆,并选择阳性克隆进行测序。所得序列校正、比对后,进行BlastN比对分析,同时采用MEGA 4.0软件构建系统聚类树。结果表明,通过psbA-trnH序列分析可以鉴定出9种原料药材,rbcL序列分析可以鉴定出6种原料药材。本研究结果说明采用分子标记技术鉴定中成药原料具有一定的可行性。 展开更多
关键词 中成药 分子鉴别 psba trnh RBCL
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黄芩及其同属近缘种的DNA条形码鉴定研究 被引量：25
7
作者 夏至 冯翠元 +2 位作者 高致明 李贺敏 张红瑞 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期107-112,共6页
目的利用DNA条形码鉴定技术，快速、准确地鉴别黄芩及其同属近缘种（易混品）。方法提取黄芩及其同属近缘种的DNA，对ITS和psbA．trnH序列扩增和测序，计算物种种内种间Kimura2-parameter（K2P）遗传距离。采用相似性搜索法、最近距离... 目的利用DNA条形码鉴定技术，快速、准确地鉴别黄芩及其同属近缘种（易混品）。方法提取黄芩及其同属近缘种的DNA，对ITS和psbA．trnH序列扩增和测序，计算物种种内种间Kimura2-parameter（K2P）遗传距离。采用相似性搜索法、最近距离法、构建Neighbor-joining（NJ）系统聚类树等方法进行鉴定分析。结果黄芩及其同属近缘种种间的ITS和psbA-trnH’序列的遗传距离为0．06797～0．08880和0．05061～0．05737，明显大于黄芩种内的遗传距离0～0．00640和0～0．00311。ITS和psbA．trnH分子系统树显示，黄芩8个居群个体均聚为一单系分支，支持率均为100％，与其5个同属近缘种很好地区分开。3种鉴定方法表明，ITS和psbA．trnH序列适合鉴别黄芩及其同属近缘种。结论ITS和psbA．trnH序列可以有效准确鉴别中药材黄芩及其近缘种。 展开更多
关键词 DNA条形码 ITS psba-trnh 黄芩 同属近缘种 鉴定.
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紫苏及其变种的分子鉴定和亲缘关系研究 被引量：24
8
作者 夏至 李贺敏 +2 位作者 张红瑞 李家美 高致明 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期1027-1032,共6页
目的构建紫苏属种、变种之间系统发育关系,准确鉴别紫苏Perilla frutescens var.arguta、白苏P.frutescens与其他变种。方法提取紫苏、白苏及其他变种的DNA,对ITS和psbA-trnH序列扩增和测序,计算物种种内(变种内)种间(变种间)Kimura 2-p... 目的构建紫苏属种、变种之间系统发育关系,准确鉴别紫苏Perilla frutescens var.arguta、白苏P.frutescens与其他变种。方法提取紫苏、白苏及其他变种的DNA,对ITS和psbA-trnH序列扩增和测序,计算物种种内(变种内)种间(变种间)Kimura 2-parameter(K2P)遗传距离。采用最简约法(MP)和邻接法(NJ)构建分子系统树,进行系统发育和鉴定分析。结果 ITS和psbA-trnH MP系统树显示白苏和紫苏的不同地域的样本聚为一单系分支(支持率为100%和93%),紫苏与回回苏构成姐妹群分支(支持率为95%和90%),野生紫苏和耳齿紫苏构成一单系分支(支持率为100%和90%);白苏、紫苏与其他变种间的ITS和psbA-trnH序列遗传距离0.008 21～0.018 18和0.002 38～0.029 31,明显大于白苏与紫苏间遗传距离0～0.001 65和0,大于各变种内遗传距离。结论白苏和紫苏合并为一个种紫苏;紫苏与回回苏亲缘关系最近,野生紫苏与耳齿紫苏亲缘关系最近;ITS和psbA-trnH序列可以准确鉴别紫苏与其他变种。 展开更多
关键词 紫苏属 紫苏 ITS psba-trnh 鉴定
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锦葵科植物DNA条形码通用序列的筛选 被引量：23
9
作者 王柯 陈科力 +1 位作者 刘震 陈士林 《植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期276-284,共9页
对锦葵科植物样品的ITS、ITS2、rbcL、matK和psbA-trnH序列进行PCR扩增和测序,比较各序列的扩增效率、测序成功率、种内和种间变异的差异以及barcoding gap图,使用BLAST1和Nearest Distance方法评价不同序列的鉴定能力,进而从这些候选... 对锦葵科植物样品的ITS、ITS2、rbcL、matK和psbA-trnH序列进行PCR扩增和测序,比较各序列的扩增效率、测序成功率、种内和种间变异的差异以及barcoding gap图,使用BLAST1和Nearest Distance方法评价不同序列的鉴定能力,进而从这些候选序列中筛选出较适合锦葵科植物鉴别的DNA条形码序列。结果表明,ITS序列在采集的锦葵科植物11个种26个样品中的扩增成功率较高,其种内、种间变异差异和barcoding gap较ITS2、psbA-trnH及rbcL序列具有更明显的优势,且纳入60个属316个种共1228个样品的网上数据后,其鉴定成功率可达89.9%。psbA-trnH序列的扩增和测序成功率最高,其鉴定成功率为63.2%,并能鉴别一些ITS序列无法鉴别的种。实验结果表明,ITS和psbA-trnH是较适合鉴别锦葵科植物的DNA条形码序列组合。 展开更多
关键词 DNA条形码 鉴定 ITS ITS2 锦葵科 psba-trnh
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基于ITS2和psbA-trnH序列对细小种子类药材车前子的鉴定比较 被引量：22
10
作者 宋明 张雅琴 +6 位作者 林韵涵 凃媛 马孝熙 孙伟 向丽 焦文静 刘霞 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期2227-2232,共6页
为考察ITS2序列和psbA-trnH序列对车前子药材及其常见混伪品的鉴定能力,该研究对车前子2个基原物种及7种混伪品共71份样本进行了研究。采用MEGA 5.1对获得的ITS2和psbA-trnH进行序列比对,计算种内和种间kimura2-parameter(K2P)遗传距离... 为考察ITS2序列和psbA-trnH序列对车前子药材及其常见混伪品的鉴定能力,该研究对车前子2个基原物种及7种混伪品共71份样本进行了研究。采用MEGA 5.1对获得的ITS2和psbA-trnH进行序列比对,计算种内和种间kimura2-parameter(K2P)遗传距离,并构建系统发育树。结果显示,车前和平车前的ITS2序列长度分别为199,200 bp;两者的ITS2序列种内最大K2P遗传距离均小于与混伪品的最小种间K2P遗传距离;基于ITS2序列构建的NJ树中,车前、平车前及其混伪品都表现出良好单系性,都能相互明显区分。表明ITS2序列能将车前子药材与混伪品进行很好的区分。车前和平车前的psbA-trnH序列长度均为340 bp,两者的psbA-trnH序列种内最大K2P遗传距离小于与混伪品的最小种间K2P遗传距离;基于psbA-trnH序列构建的NJ树结果显示,除大车前外,车前子药材与其余混伪品可以明显区分。因此,ITS2序列作为DNA条形码,车前子及其混伪品具有良好的鉴别能力,对保障车前子用药安全具有重要意义。 展开更多
关键词 车前子 混伪品 DNA条形码 ITS2 psba—trnh
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中国扁桃亚属植物亲缘关系及其演化途径研究 被引量：19
11
作者 邱蓉 程中平 王章利 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期205-214,共10页
对中国分布的扁桃亚属7个种的植物学性状、核ITS序列以及叶绿体psbA-trnH序列进行了比对分析,以期了解其亲缘关系及演化途径。结果表明,扁桃和矮扁桃,长柄扁桃和榆叶梅,西康扁桃和蒙古扁桃的亲缘关系分别相近。结合其起源及地理分布初... 对中国分布的扁桃亚属7个种的植物学性状、核ITS序列以及叶绿体psbA-trnH序列进行了比对分析,以期了解其亲缘关系及演化途径。结果表明,扁桃和矮扁桃,长柄扁桃和榆叶梅,西康扁桃和蒙古扁桃的亲缘关系分别相近。结合其起源及地理分布初步推测:矮扁桃为原始种;3条进化路径分别为:(1)由矮扁桃进化为扁桃,(2)由矮扁桃先进化为西康扁桃再至蒙古扁桃,(3)由矮扁桃先进化为榆叶梅再至长柄扁桃。 展开更多
关键词 扁桃亚属 植物学性状 ITS psba-trnh 亲缘关系 进化途径
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千斤拔属药用植物DNA条形码鉴定研究 被引量：20
12
作者 张忠廉 宋美芳 +4 位作者 李海涛 管燕红 牛迎凤 马小军 张丽霞 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期118-122,共5页
目的筛选一种可准确、高效鉴别千斤拔属Flemingia Roxb.ex Ait.et Ait.f.药用植物的DNA条形码序列。方法对4种14份千斤拔属药用植物的ITS2、rbc L、psb A-trn H序列进行扩增和测序,同时查找NCBI数据库中千斤拔属植物的相应序列,共计7种2... 目的筛选一种可准确、高效鉴别千斤拔属Flemingia Roxb.ex Ait.et Ait.f.药用植物的DNA条形码序列。方法对4种14份千斤拔属药用植物的ITS2、rbc L、psb A-trn H序列进行扩增和测序,同时查找NCBI数据库中千斤拔属植物的相应序列,共计7种20份,比较不同序列的扩增效率及测序成功率,并对其进行种内、种间变异分析,barcoding gap检验及NJ聚类图分析,以评估不同序列对千斤拔属植物的物种鉴别能力。结果测序成功率方面,ITS2与rbc L序列对所分析样品的测序成功率为100%,psb A-trn H的测序成功率为85.71%;3条序列中,只有ITS2在barcoding gap检验中具有显著gap;从NJ聚类图来看,ITS2可明显区分千斤拔属植物的不同物种(除F.philippinensis与F.stricta外)。结论 ITS2序列能准确鉴别千斤拔属药用植物,可作为千斤拔药材基原植物鉴定的条形码序列。 展开更多
关键词 千斤拔属 DNA条形码 ITS2 RBCL psba-trnh
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基于ITS2和psbA-trnH序列的金钗石斛DNA条形码鉴定研究 被引量：18
13
作者 李园园 蔡莉 +3 位作者 杨继勇 李金玲 刘红昌 赵致 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第8期3516-3524,共9页
石斛药材品种繁多,外观鉴定较困难,为保证药材临床疗效,药材品种溯源是关键。本研究以60份贵州赤水产金钗石斛（包括鱼肚兰,竹叶兰和圆茎兰三种种质,各20份）为研究对象,提取其基因组DNA并作为PCR扩增模板,扩增核糖体ITS2和叶绿体psb A-... 石斛药材品种繁多,外观鉴定较困难,为保证药材临床疗效,药材品种溯源是关键。本研究以60份贵州赤水产金钗石斛（包括鱼肚兰,竹叶兰和圆茎兰三种种质,各20份）为研究对象,提取其基因组DNA并作为PCR扩增模板,扩增核糖体ITS2和叶绿体psb A-trn H基因片段,并进行测序和相关分析。结果显示,金钗石斛三种种质核糖体ITS2共有序列相似度达96.69%,两两比较,相似度均为100.0%,长度分别为圆茎兰491 bp、竹叶兰492 bp、鱼肚兰493 pb;3种种质叶绿体psb A-trn H共有序列相似度达87.32%,两两比较,相似度均达99.0%以上,长度分别为圆茎兰465 bp、竹叶兰534 bp、鱼肚兰469 bp。两条基因在种内遗传变异较小,均不能区分金钗石斛三种种质。在中药材DNA条形码鉴定系统中,ITS2可将金钗石斛与其他物种区分开,但psb A-trn H不能,可将二者组合作为贵州赤水产金钗石斛的DNA条形码。 展开更多
关键词 金钗石斛 DNA条形码 ITS2 psba-trnh
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中药材威灵仙及其伪品DNA条形码鉴别研究 被引量：18
14
作者 冯杉杉 郑司浩 +1 位作者 李亚康 黄林芳 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期260-266,共7页
利用DNA条形码技术对中药威灵仙及其伪品进行鉴别,为威灵仙分子鉴定提供更多依据与参考。本实验利用psbA-trnH序列对来自3个属10个物种的72份威灵仙及其伪品样本进行扩增测序,结合GenBank数据库中7个属21个物种的284条序列,分析ITS、ITS... 利用DNA条形码技术对中药威灵仙及其伪品进行鉴别,为威灵仙分子鉴定提供更多依据与参考。本实验利用psbA-trnH序列对来自3个属10个物种的72份威灵仙及其伪品样本进行扩增测序,结合GenBank数据库中7个属21个物种的284条序列,分析ITS、ITS2、psbA-trnH、rbcL、matK各序列种内与种间变异、遗传距离、barcoding gap,并采用最近距离法(nearest distance)和相似性搜索算法(BLAST1)评价5条序列的鉴定成功率。结果显示psbA-trnH序列在两种DNA序列鉴别评价方法中的效率均较高,且该序列种间变异较大,在barcoding gap检验中,其序列重叠区较少,种间与种内变异分布呈两边分开的趋势,NJ树分析可将各物种分开,差异显著。综合鉴别效率和扩增成功率,推荐使用psbA-trnH序列作为威灵仙药材及其伪品的鉴别序列。 展开更多
关键词 威灵仙 伪品 DNA条形码 分子鉴别 psba-trnh
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基于DNA条形码的川贝母及其近缘种的分子鉴定与亲缘关系研究 被引量：18
15
作者 郑辉 邓楷煜 +7 位作者 陈安琪 付绍兵 周德 王威威 倪典墨 任瑶瑶 周嘉裕 廖海 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期2326-2334,共9页
基于ITS2与psbA-trnH条形码序列,对川贝母及其近缘种开展分子生物学鉴定与亲缘关系研究。本文在采用《中国药典》规定的PCR-RFLP鉴定方法对川贝母及其近缘种的鉴定基础上,扩增所有样品的ITS2及psbA-trnH条形码序列,对其遗传距离进行分析... 基于ITS2与psbA-trnH条形码序列,对川贝母及其近缘种开展分子生物学鉴定与亲缘关系研究。本文在采用《中国药典》规定的PCR-RFLP鉴定方法对川贝母及其近缘种的鉴定基础上,扩增所有样品的ITS2及psbA-trnH条形码序列,对其遗传距离进行分析,构建进化树,评价ITS2及psbA-trnH条形码的鉴定效果,探讨样品的亲缘关系。结果显示,PCR-RFLP方法仅能将样品分为非酶切组(包括平贝母、浙贝母及伊犁贝母)与酶切组(包括浓蜜贝母、中华贝母、康定贝母、长腺贝母与川贝母)。进一步获得川贝母与其近缘种的ITS2与psbA-trnH序列,发现ITS2序列长度为235~239 bp,种内和种间平均遗传距离为0.001和0.022,NJ树能够将样品分为“北方贝母群”(包括平贝母与伊犁贝母)与“南方贝母群”(包括浙贝母、浓蜜贝母、中华贝母、康定贝母、长腺贝母和川贝母)。后者又可细分为浙贝母与“川贝母复合群”,其中“川贝母复合群”中的贝母品种具有相近的亲缘关系。psbA-trnH序列长度为337~373 bp,种内及种间的遗传距离为0.263和0.329,NJ树未能有效聚类。说明ITS2条形码序列不仅能够对川贝母及其部分近缘种进行快速、准确地鉴定,还能够清晰不同贝母种之间的亲缘关系,这为川贝母分子标记的开发、药用植物资源的有效保护和合理开发利用提供了重要的理论依据。 展开更多
关键词 川贝母 ITS2 psba-trnh DNA条形码 PCR-RFLP
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鸡血藤及其混伪品的DNA条形码分子鉴定研究 被引量：16
16
作者 熊瑶 金晨 +4 位作者 王晓云 曹岚 杜小浪 李彤 张凌 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2020年第12期3274-3283,共10页
目的采用分子生物学鉴定技术,筛选合适的DNA条形码序列,建立快速、准确鉴定鸡血藤的方法。方法采集72份鸡血藤及其混伪品的样本,分别提取样品DNA,对ITS2、matK、psbA-trnH、ITS和rbcL序列扩增、测序;计算各序列扩增成功率和测序成功率,... 目的采用分子生物学鉴定技术,筛选合适的DNA条形码序列,建立快速、准确鉴定鸡血藤的方法。方法采集72份鸡血藤及其混伪品的样本,分别提取样品DNA,对ITS2、matK、psbA-trnH、ITS和rbcL序列扩增、测序;计算各序列扩增成功率和测序成功率,利用MEGA 7.0分析比对序列特征;基于Kimura-2-Parameter(K2P)双参数模型计算种内、种间的遗传距离评估Barcoding gap;利用Phylosuite软件构建ITS2、matK和psbA-trnH和多基因(I-M-P)联合系统发育树。结果ITS2的扩增成功率和测序成功率最高,均为100%,matK和psbA-trnH的测序成功率亦有94.4%、91.7%,而rbcL和ITS仅为69.4%和61.1%;ITS2较其他条形码序列具有明显的Barcoding gap,且种内、种间重叠少;系统发育树显示,ITS2和psbA-trnH可将鸡血藤及其混伪品明显聚为不同分支,matK不能把滇鸡血藤和南五味子分开;I-M-P系统发育树同ITS2和psbA-trnH结果相同。结论以ITS2为主、psbA-trnH序列为辅的鉴定方法能够对鸡血藤及其混伪品进行快速、准确的鉴定,为鸡血藤临床用药的安全性和合理使用的准确性提供依据。 展开更多
关键词 鸡血藤 DNA条形码 ITS2 MATK psba-trnh Phylosuite软件
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ITS2和psbA-trnH序列鉴别马鞭草科药用植物 被引量：16
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作者 陈倩 刘义梅 +2 位作者 刘震 陈士林 陈科力 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第8期1107-1113,共7页
目的:评价几条热点DNA条形码候选序列对马鞭草科药用植物的鉴别能力。方法:选择psbA-trnH,rbcL,matK,ITS2和ITS序列进行评价,使用各序列的通用引物进行扩增和测序,用扩增及测序成功率,种内种间差异,barcod-ing gap,基于BLAST 1和Nearest... 目的:评价几条热点DNA条形码候选序列对马鞭草科药用植物的鉴别能力。方法:选择psbA-trnH,rbcL,matK,ITS2和ITS序列进行评价,使用各序列的通用引物进行扩增和测序,用扩增及测序成功率,种内种间差异,barcod-ing gap,基于BLAST 1和Nearest Distance方法的鉴定成功率等指标来评价各序列的鉴定能力。结果:对马鞭草科32个种55个样本的序列分析发现,matK的扩增成功率太低,未纳入后续分析;ITS,ITS2,psbA-trnH以及rbcL的扩增及测序成功率分别为83.6%,83.6%,96.4%,98.2%,其鉴定成功率除rbcL为77.8%,75.9%外都为100%,但ITS2序列的种间,种内差异,barcoding gap较psbA-trnH,ITS有明显优势。ITS2序列进一步纳入网上163个样品的数据后其鉴定成功率依然可以达到89.5%,87.6%。结论:考虑到psbA-trnH较高的测序成功率,ITS2和psbA-trnH是适合马鞭草科植物鉴别的一个较好DNA条形码序列组合。 展开更多
关键词 DNA条形码 ITS2 ITS RBCL psba-trnh 马鞭草科
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基于DNA条形码技术的知母种子基原鉴定 被引量：16
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作者 石林春 金钺 +3 位作者 赵春颖 王秋玲 谢利德 刘金欣 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第12期21-27,共7页
目的：建立基于中药材DNA条形码技术的知母种子基原鉴定方法,保障知母种子基原的真实性。方法：收集知母的30份基原植物样品和9份生药材样品,获取其参考DNA条形码序列,采用克隆测序方法验证参考序列的准确性。收集51份待检测知母种子样... 目的：建立基于中药材DNA条形码技术的知母种子基原鉴定方法,保障知母种子基原的真实性。方法：收集知母的30份基原植物样品和9份生药材样品,获取其参考DNA条形码序列,采用克隆测序方法验证参考序列的准确性。收集51份待检测知母种子样品,获取其DNA条形码序列,基于BLAST法、遗传距离法和邻接（NJ）系统发育树法进行物种鉴定。结果：对于基原植物和生药材样品,由于基因组内存在异质性,核糖体DNA第2内部转录间隔区（ITS2）序列无法稳定获得,但可成功获得psbA-trnH序列。知母psbA-trnH序列分为6个单倍型,有3个变异位点,2处插入/缺失,种内变异最大值0.003 5,种间变异最小值0.1,在NJ系统发育树上聚为独立的支。共获得153条知母种子的psbA-trnH序列,经BLAST法、遗传距离法和NJ系统发育树法鉴定均为百合科植物知母Anemarrhena asphodeloides。结论：psbA-trnH是知母种子鉴定的适合条形码序列,可用于知母种子的真实性鉴定。所收集51份知母种子样品的基原均符合2015年版《中国药典》（一部）相关项下规定,未发现伪品。 展开更多
关键词 知母 种子 DNA条形码 psba-trnh 鉴定 基原植物
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ITS和psbA-trnH序列鉴别绿绒蒿属藏药植物 被引量：16
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作者 倪梁红 赵志礼 +2 位作者 孟千万 嘎务 米玛 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期541-545,共5页
目的应用核基因ITS和叶绿体psbA-trnH序列对绿绒蒿属Meconopsis Vig.藏药进行鉴别。方法采集欧贝()3种基原植物罂粟科绿绒蒿属毛瓣绿绒蒿Meconopsis torquata、红花绿绒蒿Meconopsis punicea、全缘叶绿绒蒿Meconopsis integrifolia,才温... 目的应用核基因ITS和叶绿体psbA-trnH序列对绿绒蒿属Meconopsis Vig.藏药进行鉴别。方法采集欧贝()3种基原植物罂粟科绿绒蒿属毛瓣绿绒蒿Meconopsis torquata、红花绿绒蒿Meconopsis punicea、全缘叶绿绒蒿Meconopsis integrifolia,才温()2种基原植物罂粟科绿绒蒿属总状绿绒蒿Meconopsis racemosa、多刺绿绒蒿Meconopsis horridula,对植物核糖体DNA内转录间隔区、叶绿体psbA-trnH非编码区序列进行测定与分析。结果 ITS序列分析显示,总状绿绒蒿与多刺绿绒蒿序列一致,其余任意两种间具有变异位点;psbA-trnH序列分析显示,任意两种间均有变异位点;两者结合可有效对所有5种植物进行区分鉴定。结论 ITS和psbA-trnH序列相结合可用于绿绒蒿属藏药欧贝和才温的分子鉴定。 展开更多
关键词 ITS psba-trnh 藏药 绿绒蒿属 欧贝 才温 毛瓣绿绒蒿 红花绿绒蒿 全缘叶绿绒蒿 总状绿绒蒿 多刺绿绒蒿
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青海栽培黄管秦艽的叶绿体DNA psbA-trnH核苷酸变异和遗传分析 被引量：15
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作者 张得钧 高庆波 +1 位作者 李福安 李永平 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2011年第25期15215-15217,共3页
[目的]研究青海栽培黄管秦艽（Gentiana officinalis H.Smith）的遗传多样性,对黄管秦艽遗传分化进行分析,为其品种选育提供建议。[方法]应用叶绿体DNApsbA-trnH序列对青海地区栽培黄管秦艽6个居群进行遗传多样性分析。[结果]共发现10... [目的]研究青海栽培黄管秦艽（Gentiana officinalis H.Smith）的遗传多样性,对黄管秦艽遗传分化进行分析,为其品种选育提供建议。[方法]应用叶绿体DNApsbA-trnH序列对青海地区栽培黄管秦艽6个居群进行遗传多样性分析。[结果]共发现10种不同的单倍型,通过单倍型序列间比对,发现了7个变异位点,黄管秦艽具有较高的遗传多样性（h=0.771）,单倍型多态性水平（h）为0.563~0.857,核苷酸多态性水平（π）为0.002 43~0.006 31。居群遗传分化系数Gst为0.196 0,基因流Nm值为2.05,80.40%遗传变异主要存在于居群内。[结论]青海栽培黄管秦艽的种质遗传多样性较高,有利于培育高品质的药材。 展开更多
关键词 黄管秦艽 叶绿体DNA psba-trnh 遗传变异
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