圆二色光谱分析蛋白质构象的方法及研究进展 被引量：102

1

作者 沈星灿 梁宏 +1 位作者 何锡文 王新省 《分析化学》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2004年第3期388-394,共7页

介绍了远紫外圆二色光谱数据计算蛋白质二级结构 ,辨认蛋白质三级结构类型的原理、拟合方法、实验技术。对近紫外圆二色作为光谱探针 ,研究蛋白质中芳香氨基酸残基、二硫键微环境的变化作了简单介绍。

关键词 蛋白质 构象分析 圆二色光谱 二级结构 三级结构 拟合方法 实验技术 光谱探针 芳香氨基酸残基 二硫键

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不同结构的蛋白编码基因的密码子偏性研究 被引量：40

2

作者 顾万君 马建民 +2 位作者 周童 孙啸 陆祖宏 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第1期81-86,共6页

利用聚类分析方法 ,对两类具有不同三级结构的75个蛋白的编码基因的密码子使用偏性进行了分析。75个基因样本序列按照对应蛋白的三级结构被很清晰的分成了两类 ,从而发现密码子的使用与蛋白质的三级结构有很大的相关性。

关键词 蛋白编码基因 偏性 密码子 蛋白质三级结构 聚类分析 MRNA

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毒蕈碱样乙酰胆碱受体及其信号转导 被引量：8

3

作者 王昊 郭政东 李智 《生理科学进展》 CAS CSCD 北大核心 2002年第3期230-234,共5页

毒蕈碱样乙酰胆碱受体 (MAChRs)是G蛋白偶联受体 (GPCRs)超家族中的一员 ,具有该家族特征性的结构和信号转导方式。GTP结合蛋白 (G proteins)是一类具有GTP酶活性的蛋白质 ,由α、β、γ三个亚基构成。其中α亚基结合GDP或GTP ,分别代表... 毒蕈碱样乙酰胆碱受体 (MAChRs)是G蛋白偶联受体 (GPCRs)超家族中的一员 ,具有该家族特征性的结构和信号转导方式。GTP结合蛋白 (G proteins)是一类具有GTP酶活性的蛋白质 ,由α、β、γ三个亚基构成。其中α亚基结合GDP或GTP ,分别代表G蛋白的非活化和活化状态。M受体与Gi/Go或Gq/ 11间的作用机制仍在探讨中 ,但基本过程与Gs介导的信号转导模式相似。激动剂持续作用后 。 展开更多

关键词 M受体 GTP结合蛋白 蛋白质三级结构 毒蕈碱样乙酰胆碱受体 信号转导

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山茶属三个F3H基因的分子特性、系统进化及蛋白结构差异分析 被引量：13

4

作者 范晶 黄明远 +2 位作者 吴苗苗 叶红 张西玉 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期1195-1205,共11页

黄烷酮3-羟化酶基因(flavanone 3-hydroxylase,F3H)在植物花青素合成途径中发挥重要作用,可作为山茶花色遗传育种的候选基因。本研究在前期从Gen Bank数据库中筛选得到白花茶树CsF3H、黄花金花茶CnF3H和红花浙江红山茶CcF3H三个基因。然... 黄烷酮3-羟化酶基因(flavanone 3-hydroxylase,F3H)在植物花青素合成途径中发挥重要作用,可作为山茶花色遗传育种的候选基因。本研究在前期从Gen Bank数据库中筛选得到白花茶树CsF3H、黄花金花茶CnF3H和红花浙江红山茶CcF3H三个基因。然而,它们的分子遗传与变异信息仍然缺乏,不利于最大正向效应基因的选择利用。本研究系统探讨了CsF3H、CnF3H和CcF3H基因的分子特征、系统进化和蛋白三维结构。结果发现CsF3H、CnF3H和CcF3H三者之间存在高度序列多样性,共含37个核苷酸和9个氨基酸差异,且与CsF3H和CnF3H相比,CcF3H序列发生了更多的变异。系统进化结果表明CsF3H、CnF3H和CcF3H蛋白与猕猴桃AcF3H具有共同祖先,但在后期进化过程中,CcF3H率先与CsF3H和CnF3H二者发生分化。序列比对和保守结构域分析发现CsF3H、CnF3H和CcF3H蛋白均含有一个保守的依赖2-酮戊二酸和二价铁离子的双加氧酶超家族特征区域,该区域内的组氨酸H^(218)和H^(276)以及天冬氨酸D220是Fe^(2+)结合位点,精氨酸R^(286)和丝氨酸S^(288)是2-酮戊二酸的重要结合位点。本研究还发现了3个茶属F3H蛋白的保守结构域中存在一个差异位点,与CsF3H和CnF3H第200位异亮氨酸I200相比,CcF3H对应氨基酸变异为缬氨酸V^(200),Web logo3.4分析揭示V200在植物F3H蛋白中更为保守。空间结构分析显示CcF3H中氨基酸V~(200的替换导致它和赖氨酸K197的分子作用力增强。本研究结果表明CcF3H是更为保守的植物F3H蛋白,缬氨酸V200可能是一个重要的功能位点。上述研究也为山茶属F3H基因提供了新的信息,为今后选择CcF3H基因作为山茶花色育种最适候选基因提供了理论支撑。 展开更多

关键词 山茶属 F3H基因 系统进化 蛋白三维结构 2-酮戊二酸和二价铁离子双加氧酶超家族

原文传递

草苷膦抗性新基因的克隆、序列分析及其蛋白高级结构预测 被引量：6

5

作者 刘光全 刘柱 +6 位作者 陆伟 徐玉泉 梁爱敏 平淑珍 张维 陈明 林敏 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期197-203,共7页

利用错误倾向PCR(error-prone PCR)突变技术,以可变盐单胞菌(Halomonas variabilis)HTG7的5-烯醇丙酮莽草酸-3-磷酸(EPSP)合酶基因为模板进行随机PCR扩增,得到目的基因片段(约1·35kb).将该基因片段与pACYC184载体连接后转化EPSP合... 利用错误倾向PCR(error-prone PCR)突变技术,以可变盐单胞菌(Halomonas variabilis)HTG7的5-烯醇丙酮莽草酸-3-磷酸(EPSP)合酶基因为模板进行随机PCR扩增,得到目的基因片段(约1·35kb).将该基因片段与pACYC184载体连接后转化EPSP合酶缺陷型菌株大肠杆菌ER2799.利用功能互补筛选法得到了2株不具有草苷膦抗性的EPSP合酶阳性克隆突变株,记为Pmu1和Pmu2.序列分析表明,突变体Pum1的EPSP合酶编码区与突变前基因相比,核苷酸有2处发生突变,导致氨基酸残基1处发生了改变;突变体Pmu2的EPSP合酶编码区与突变前基因相比,核苷酸有5处发生突变,导致氨基酸残基2处发生了改变.对突变前后EPSP合酶进行比较预测发现,其三级结构及蛋白中心骨架是大致相同的,但突变前后氨基酸位点肽平面和Cα相连的N键之间形成的扭转角度存在一定的差别.这些结果表明,酶的功能主要由蛋白的构象决定,二肽链形成后肽平面和N键之间角度的变化,造成高级结构构象细微的差别,致使草苷膦抗性功能丢失. 展开更多

关键词 EPSP合酶新基因 错误倾向PCR 草苷膦抗性 蛋白高级结构预测 扭转角 蛋白中心骨架 比较预测

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番木瓜赖氨酸基序类受体激酶LysM-RLK基因家族鉴定及生物信息学分析 被引量：1

6

作者 郭盼 孔华 +6 位作者 王雨 戴云素 贾瑞宗 周瑶 郭安平 纪长绵 马春花 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2023年第5期867-879,共13页

本研究采用生物信息学方法在番木瓜全基因组范围系统鉴定了7个LysM-RLK家族基因,并解析了其染色体分布特征、基因结构特征、蛋白理化性质和亚细胞定位信息。基因家族进化分析表明番木瓜的7个LysM-RLK基因可划分为3个亚组(Lym-II,Lym-III... 本研究采用生物信息学方法在番木瓜全基因组范围系统鉴定了7个LysM-RLK家族基因,并解析了其染色体分布特征、基因结构特征、蛋白理化性质和亚细胞定位信息。基因家族进化分析表明番木瓜的7个LysM-RLK基因可划分为3个亚组(Lym-II,Lym-III,Lym-IV),并分布于4条染色体上。基因复制是番木瓜LysM-RLK家族进化的主要驱动力,基因复制分析鉴定得到7对复制基因。启动子序列调控元件分析发现其包含多个光响应元件及参与低温应答和逆境相关激素信号应答的元件。大规模比较转录组分析系统地解析了LysM-RLK在番木瓜生物胁迫、非生物胁迫条件下及不同组织中的基因表达模式,揭示其特异性的表达模式及潜在的生物学功能。复制基因对的表达分化、结构域组成差异和蛋白质三级结构的变化,暗示其在进化过程中的亚功能化现象。生物和非生物胁迫条件下的核心共表达网络分析鉴定了27个与LysM-RLK3强关联的核心基因,揭示了LysM-RLK3潜在的转录调控模式。相关结果为番木瓜LysM-RLK家族起源演化、功能分化及其在逆境响应和生长发育过程中的角色提供重要依据。 展开更多

关键词 番木瓜 LysM-RLK家族 生物信息分析 基因表达 蛋白三维结构

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中国人PGC-1α基因全外显子cSNPs分析及其MEF2C结构域生物学信息预测 被引量：4

7

作者 路文盛 颜晓东 +7 位作者 刘红燕 黄忠 谭小燕 黄勤 杨川 李焱 严励 程桦 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期409-416,共8页

目的了解中国人PGC-1α基因全外显子编码区单核苷酸多态性（cochng single nucleotide polymowhis,cSNPs）分布特征，探讨相关cSNPs与2型糖尿病的关系，并对PGC-1α蛋白肌肉增强因子2C（muscle enhance factor2C，MEF2C）结构域的生物... 目的了解中国人PGC-1α基因全外显子编码区单核苷酸多态性（cochng single nucleotide polymowhis,cSNPs）分布特征，探讨相关cSNPs与2型糖尿病的关系，并对PGC-1α蛋白肌肉增强因子2C（muscle enhance factor2C，MEF2C）结构域的生物学信息进行预测。方法应用聚合酶链反应．单链构象多态性、聚合酶链反应-限制性片段长度多态性和DNA直接测序技术检测263例2型糖尿病患者和282名正常糖耐量者PGC-1α基因全外显子cSNPs，应用病例一对照方法探讨相关cSNPs及其单倍型与2型糖尿病发病风险的相关性，并经软件预测PGC-1α基因包含有482位点的MEF2C结构域的3级X-ray衍射晶体结构，分析其可能的生物学信息。结果中国汉族2型糖尿病人群PGC-1α基因全外显子区至少存在4个单核苷酸多态性位点，分别是394G／A、482G／A、528A／G和612C／T。482G／A变异与2型糖尿病显著相关（X^2=14．2025，P=0．0002）。单倍型分析提示394A-482A-528A单倍型在2型糖尿病组与正常糖耐量组分布差异有统计学意义（X^2=59．9，P〈0．01），且与2型糖尿病呈连锁不平衡（t=2．361，P〈0．05）。分子模拟了人PGC-1α蛋白MEF2C结构域的3级X-ray衍射晶体结构，当482位变异成丝氨酸时，该结构域疏水性下降，并伴有氢键断裂，空间结构趋向松散。结论482G／A变异可能减弱了PGC-1α与MEF2C结合力，进而减弱了PGC-1α对下游基因GLUT-4表达的调控，从而经PGC—1α-MEF2C—GLUT-4通路增加了中国汉族人患2型糖尿病的风险。 展开更多

关键词 PGC-1Α基因 单核苷酸多态性扫描 2型糖尿病 蛋白质3级结构 分子模拟

原文传递

异育银鲫Toll样受体3的cDNA序列分析与蛋白质高级结构预测 被引量：3

8

作者 钱曦 黄旭雄 +2 位作者 华雪铭 冷向军 周洪琪 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期190-199,共10页

利用RT-PCR、RACE及克隆等方法获得了异育银鲫Toll样受体3(cagTLR3)基因全长cDNA序列。该cDNA全长3170bp,5′端非编码区181bp;3′端非编码区283bp;开放阅读框(ORF)2706bp,编码901个氨基酸。经序列同源性分析显示,其编码的氨基酸序列与... 利用RT-PCR、RACE及克隆等方法获得了异育银鲫Toll样受体3(cagTLR3)基因全长cDNA序列。该cDNA全长3170bp,5′端非编码区181bp;3′端非编码区283bp;开放阅读框(ORF)2706bp,编码901个氨基酸。经序列同源性分析显示,其编码的氨基酸序列与金鱼、斑马鱼、斑点叉尾、虹鳟和红鳍东方有较高的相似性,其相似性分别为92%、88%、79%、75%和72%,说明TLR3在长期的进化中具有较高保守性。TLR3全长序列起始21个氨基酸残基为信号肽;50至695个氨基酸残基间包含15个富含亮氨酸的重复序列(LRR);704至726个氨基酸残基为跨膜区(TM);754至897个氨基酸残基为与白介素-1受体高度同源的区域(TIR)。将异育银鲫TLR3与人和斑马鱼胞内TIR结构的氨基酸比对后发现,Phe728、Leu738、Tyr756与Arg736在TLR3的信号转导及胞内定位过程中起到关键作用。异育银鲫TLR3胞外配体结合域的三维结构呈U型,与人TLR3的相应结构十分相似,在N端具有1个二硫键,C端有2个。因LRRs上的插入序列和14个糖基化位点,异育银鲫TLR3胞外配体结合域内表面的大量β-折叠结构呈平坦的平面。 展开更多

关键词 异育银鲫 TOLL样受体3 CDNA末端快速扩增 序列分析 蛋白结构预测 生物信息学

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异育银鲫c型溶菌酶全长cDNA序列的生物信息学分析及其组织表达分析 被引量：17

9

作者 钱曦 华雪铭 +2 位作者 黄旭雄 冷向军 周洪琪 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期337-347,共11页

利用RACE及克隆等方法获得了异育银鲫(Carassius auratus gibelio)c型溶菌酶基因全长cDNA序列.序列分析表明,所克隆的异育银鲫溶菌酶的cDNA全长751bp,包括溶菌酶基因开放阅读框(ORF)438bp,5′非编码区(UTR)为109bp和3′UTR为204bp.438bp... 利用RACE及克隆等方法获得了异育银鲫(Carassius auratus gibelio)c型溶菌酶基因全长cDNA序列.序列分析表明,所克隆的异育银鲫溶菌酶的cDNA全长751bp,包括溶菌酶基因开放阅读框(ORF)438bp,5′非编码区(UTR)为109bp和3′UTR为204bp.438bp ORF共编码146个氨基酸,其成熟肽的分子量预测值为14543·6,理论等电点为8·86.通过Clustal W软件,将异育银鲫和其它多个物种c型溶菌酶的氨基酸序列进行多序列比对发现,所克隆的异育银鲫溶菌酶编码的氨基酸序列中存在c型溶菌酶的活性中心(Glu53和Asp69),且与活性位点相邻的氨基酸序列高度保守.同时,8个保守的半胱氨酸残基也与其它物种的c型溶菌酶相一致.结合BLASTN分析的结果,可以确认所获得的异育银鲫溶菌酶cDNA序列属于c型溶菌酶.异育银鲫c型溶菌酶和人c型溶菌酶(pdb1at6-)在蛋白质序列上有50%相似性,其三维(3-D)结构非常类似.通过氨基酸空间位置比较发现,两者具有类似的酶活中心,异育银鲫c型溶菌酶只能形成3个二硫键,比人少1个.荧光定量RT-PCR检测和溶菌酶活性测定显示,异育银鲫头肾和脾脏c型溶菌酶mRNA的表达量约为肝胰脏的2·9倍和1·7倍,异育银鲫头肾和脾脏的溶菌酶活性约为肝胰脏的6·2倍和4倍. 展开更多

关键词 异育银鲫 c型溶菌酶 序列分析 蛋白结构预测 MRNA表达 溶菌酶活性

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牙鲆碱性磷酸酶cDNA序列分析与蛋白质高级结构预测 被引量：7

10

作者 陈晓武 施志仪 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期442-449,共8页

为研究碱性磷酸酶(EC3.1.3.1;alkaline phosphatase,ALP)在牙鲆(Paralichthys Olivaceus)发育和变态中的作用,采用RACE的方法克隆了牙鲆ALP基因cDNA全长,通过生物信息学分析了核苷酸序列并进行蛋白结构预测.结果表明,牙鲆ALPcDNA全长为1... 为研究碱性磷酸酶(EC3.1.3.1;alkaline phosphatase,ALP)在牙鲆(Paralichthys Olivaceus)发育和变态中的作用,采用RACE的方法克隆了牙鲆ALP基因cDNA全长,通过生物信息学分析了核苷酸序列并进行蛋白结构预测.结果表明,牙鲆ALPcDNA全长为1811bp,能编码476个氨基酸的蛋白质,分子量为52293.1,等电点为7.67.编码区核苷酸GC含量在ALP同源基因中差异比较大,脊椎动物明显高于非脊椎动物和细菌.分子系统分析显示,牙鲆ALP和青黑斑河豚(Tetraodonnigroviridis)、斑马鱼(Danio rerio)的组织非特异性ALP有较高的同源性,分子进化树和物种进化树是一致的.在蛋白序列中的一些重要的功能位点,包括金属离子结合位点、N糖基化位点和丝氨酸磷酸化位点等表现了较高的保守性.牙鲆ALP和人胎盘ALP(PALP)在蛋白序列上有43%的相似性,其3D结构非常接近.通过氨基酸空间位置比较发现,牙鲆ALP中141和203位半胱氨酸对应于人PALP的121和183位半胱氨酸,推测能形成一个二硫键.在两者酶活性中心,3个金属离子结合的氨基酸残基非常保守,Zn离子周围的9个氨基酸中有2个不同;Mg离子周围的7个氨基酸也只有2个不同,包括一对类似的丝氨酸155和苏氨酸175. 展开更多

关键词 牙鲆 碱性磷酸酶 序列分析 蛋白质结构预测 生物信息学

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蛋白质中残基远程相互作用预测算法研究综述 被引量：6

11

作者 张海仓 高玉娟 +2 位作者 邓明华 郑伟谋 卜东波 《计算机研究与发展》 EI CSCD 北大核心 2017年第1期1-19,共19页

蛋白质是由多个氨基酸残基顺序连接而成的长链.在天然状态下,蛋白质并不是无规则的自由状态,而是自发形成特定的空间结构,以执行其特定的生物学功能.驱动蛋白质形成特定空间结构的主要因素是残基间的非共价相互作用,包括疏水作用、静电... 蛋白质是由多个氨基酸残基顺序连接而成的长链.在天然状态下,蛋白质并不是无规则的自由状态,而是自发形成特定的空间结构,以执行其特定的生物学功能.驱动蛋白质形成特定空间结构的主要因素是残基间的非共价相互作用,包括疏水作用、静电相互作用、范德华力等.因此,对残基之间远程相互作用的准确预测将有助于对蛋白质空间结构的预测,进而有助于对蛋白质生物学功能的了解.在蛋白质进化过程,有相互作用残基对之间存在一种"共进化"模式,即当一个残基发生变异时,与其有相互作用的残基也要发生相应的变异,以维持相互作用,进而维持整体空间结构以及生物学功能.基于上述生物学观察,研究者开发了多个统计模型和算法以预测残基对之间的相互作用:1)概述残基之间远程相互作用的两大类基本预测算法,包括无监督学习方法和监督学习方法;2)使用蛋白质结构预测CASP比赛结果来客观比较上述各类算法的性能,分析各个算法的特点和优势;3)从生物学观察和统计模型2个角度分析总结了未来的发展趋势. 展开更多

关键词 残基远程相互作用预测 蛋白质三级结构预测 图模型 共进化 机器学习

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肾小管间质性肾病基因-表型关联性分析

12

作者 杨雨蒙 张颖 +3 位作者 魏敏 周雅丽 杨单植 邢国兰 《郑州大学学报（医学版）》 CAS 北大核心 2023年第3期320-326,共7页

目的:筛选肾小管间质性肾病遗传变异枢纽基因。方法:对经肾活检证实且无明确病因的24例肾小管间质性肾病患者进行全外显子组测序,应用Phenolyzer数据库进行基因-表型关联评分,筛选其共有的罕见遗传变异,利用DAVID 6.8数据库进行基因功... 目的:筛选肾小管间质性肾病遗传变异枢纽基因。方法:对经肾活检证实且无明确病因的24例肾小管间质性肾病患者进行全外显子组测序,应用Phenolyzer数据库进行基因-表型关联评分,筛选其共有的罕见遗传变异,利用DAVID 6.8数据库进行基因功能通路富集分析。应用String数据库构建PPI网络图,并使用Cytoscape中的插件cytoHubba进行可视化分析,寻找枢纽基因。应用SWISS-Pdb Viewer软件分析枢纽基因突变前后表达蛋白三级结构的变化。结果:24例中女9例,男15例,年龄18~40(26.17±8.82)岁。全外显子组测序检测出19例患者携带致病或可能致病的基因突变位点,共发现35个肾小管间质性肾病易感基因,其在TGF-β信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用信号通路中富集。PPI网络和Cytoscape分析筛选出4个枢纽基因,即VCP、PRKDC、RBPJ、MYH11,且VCP基因突变造成蛋白质空间结构和功能的改变。结论:肾小管间质性肾病易感基因主要富集在离子跨膜转运的调节、蛋白质转运的调控、蛋白质磷酸化等生物过程,TGF-β信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用信号通路中。VCP基因可能与肾小管间质性肾病有关。 展开更多

关键词 肾小管间质性肾病 全外显子组测序 基因-表型关联 通路富集分析 蛋白质三级结构模型

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棉铃虫多核型多角体病毒38k基因的克隆、序列分析及其蛋白高级结构的预测 被引量：1

13

作者 唐平 李轶女 +2 位作者 秦启联 王春艳 沈桂芳 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第12期65-67,83,共4页

采用半补齐方法建立棉铃虫多核衣壳型多角体病毒基因组文库,通过对插入片段进行克隆鉴定和序列分析,获得了38k基因。该基因上游具有晚期调控保守序列TTAAG,是一个晚期表达基因,基因阅读框为903bp,共编码300个氨基酸,氨基酸序列同源性分... 采用半补齐方法建立棉铃虫多核衣壳型多角体病毒基因组文库,通过对插入片段进行克隆鉴定和序列分析,获得了38k基因。该基因上游具有晚期调控保守序列TTAAG,是一个晚期表达基因,基因阅读框为903bp,共编码300个氨基酸,氨基酸序列同源性分析结果表明其与α类杆状病毒的同源性较高,有较近的亲缘关系。氨基酸高级结构的分析表明其与与磷酸酶结构相似性达到95%,与病毒核衣壳的组装有关。 展开更多

关键词 棉铃虫多核衣壳型多角体病毒 38k基因 序列分析 蛋白高级结构

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非同源球蛋白三级结构预测

14

作者 李炜疆 罗辽复 《内蒙古大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 1996年第3期325-332,共8页

研究了主链二面角的统计分布，在Ｒａｍａｃｈａｎｄｒａｎ图上将二面角（　，ψ）分成６个区域．对于每一残基，考虑其前后残基的影响后，给出在这些区域中出现的相对几率．根据Ｂｏｌｔｚｍａｎｎ原理，由几率导出能量．再考虑非局域... 研究了主链二面角的统计分布，在Ｒａｍａｃｈａｎｄｒａｎ图上将二面角（　，ψ）分成６个区域．对于每一残基，考虑其前后残基的影响后，给出在这些区域中出现的相对几率．根据Ｂｏｌｔｚｍａｎｎ原理，由几率导出能量．再考虑非局域的蛋白质整体性质（结构含量、疏水作用等）对系统能量的贡献，由能量极小化定出结构．对（　，ψ）的预测成功率为５３．４％．若由结构含量实测值出发，可使预测成功率达５７．３％．亲疏水氨基酸在球蛋白中分布的符合率为５１％．讨论了由（　，ψ）分区值导出整体结构的问题． 展开更多

关键词 球蛋白 三级结构预测 疏水作用 蛋白质

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牦牛hnRNP K基因的克隆及序列分析

15

作者 方鸿滨 王永 +1 位作者 江明锋 陈达文 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第7期172-178,共7页

为研究hnRNP K基因的生物学功能及其在牦牛中的特异性,利用RT-PCR和粘性末端连接法,分两段克隆了牦牛hnRNP K基因cDNA序列。序列分析结果表明,牦牛hnRNP K基因cDNA序列长11706bp,开放阅读框(ORF)长1389bp,编码463个氨基酸。序列比对结... 为研究hnRNP K基因的生物学功能及其在牦牛中的特异性,利用RT-PCR和粘性末端连接法,分两段克隆了牦牛hnRNP K基因cDNA序列。序列分析结果表明,牦牛hnRNP K基因cDNA序列长11706bp,开放阅读框(ORF)长1389bp,编码463个氨基酸。序列比对结果表明,牦牛与黄牛hnRNP K cDNA序列的同源性达99.1%,编码的氨基酸同源性达到97.0%;在牦牛氨基酸序列中有15个突变。通过同源建模的方法成功构建了牦牛hnRNP K蛋白质三级结构,结果表明牦牛hnRNP K属于A型结构,而黄牛hnRNP K蛋白属于B型结构,其差异是由第459-463位氨基酸序列由"ADVEG"突变为"SGKFF"所致。乙酰化分析结果显示,牦牛hnRNP K对基因转录的影响水平跟黄牛是一致,表明不同物种hnRNP K功能的差异可能跟其氨基酸序列的差异有关。成功克隆的牦牛hnRNP K基因的cDNA序列为进一步分析该基因的功能提供参考。 展开更多

关键词 牦牛 HNRNP K RT—PCR 粘性末端连接法 基因克隆 蛋白质三级结构

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