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富营养化城市湖泊武汉东湖沉积物微生物群体结构及空间变化研究(英文) 被引量:6
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作者 杨江科 程占冰 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期943-955,共13页
【目的】城市湖泊沉积物中的微生物群体是富营养环境生物修复的重要因素。本研究拟对中型富营养化湖泊——武汉东湖沉积物细菌群体结构及空间变化规律进行研究。加深对富营养湖泊微生物群体结构的理解,并为城市湖泊的保护和污染控制提... 【目的】城市湖泊沉积物中的微生物群体是富营养环境生物修复的重要因素。本研究拟对中型富营养化湖泊——武汉东湖沉积物细菌群体结构及空间变化规律进行研究。加深对富营养湖泊微生物群体结构的理解,并为城市湖泊的保护和污染控制提供参考。【方法】采用16S r RNA基因RFLP分析和序列分析技术获得细菌群体系统发育信息。采用PCoA法分析武汉东湖沉积物细菌群体内以及与其它湖泊沉积物细菌群体间的相似性。采用CCA法分析环境因素对细菌群体的影响。【结果】武汉东湖沉积物细菌群体包含13个门和2个未知种群。PCoA分析进一步表明来自东湖3个子湖的细菌群体与其它地域富营养化湖泊的微生物种群结构相似,并区别于重度富营养化子湖庙湖的细菌群体。在庙湖中,我们发现了Thermogymnomonas类古菌的含量显著偏高。CCA分析表明细菌的分布与沉积物中碳、氮和磷元素的含量显著相关。【结论】本研究进一步确证了环境因素对细菌群体组成和分布的调节作用,加深了对富营养水体微生物群体结构的理解,并为城市湖泊的保护和污染控制提供了参考。 展开更多
关键词 富营养湖泊 群体结构 空间变化 pcoa CCA
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BAF中不同高度海绵铁填料表面物种多样性分析 被引量:5
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作者 万琼 吴仪 +4 位作者 王信 吴英海 魏东洋 贺涛 姜琦 《环境工程技术学报》 CAS 2018年第2期161-168,共8页
主要通过目的片段的聚合酶链式反应(polymeraes chain reaction,PCR)扩增、Illumina高通量测序以及生物信息分析对曝气生物滤池(BAF)反应器中不同高度的海绵铁填料表面微生物丰度和多样性进行分析和研究。结果表明:Ctrl(原水样)以及反... 主要通过目的片段的聚合酶链式反应(polymeraes chain reaction,PCR)扩增、Illumina高通量测序以及生物信息分析对曝气生物滤池(BAF)反应器中不同高度的海绵铁填料表面微生物丰度和多样性进行分析和研究。结果表明:Ctrl(原水样)以及反应器中优势种群均以变形菌门(Proteobacteria)为主,拟杆菌(Bacteroidetes)次之;等级丰度分布(Rank-Abundance)曲线中Ctrl物种数量为1 193,DO1(BAF上部水样)为2 389,DO2(BAF中部水样)为2 211,DO3(BAF下部水样)为1 890,DO1的丰度和生物多样性最高,随着DO浓度的降低(或填料空间位置的下降),微生物群落丰度和多样性均逐渐下降;Chao1指数比观察到的物种(observed species)指数对物种的丰度更加敏感,测得的OTUs(operational taxonomic units)数均高出400;DO1和DO2的物种均匀度较高,DO3和Ctrl的优势菌群所占比例很高,均匀度较低。通过PCo A(principal co-ordinates analysis)可以观察到DO1和DO2的物种组成最为相似。 展开更多
关键词 海绵铁 物种多样性 高通量测序 OTUs聚类 Chao1指数 Shannon指数 等级丰度分布 pcoa
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样本量不一致时的β多样性计算 被引量:1
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作者 邹怡 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期790-797,共8页
度量样方间物种组成的差异,即β多样性,是生态学研究中的常用手段。在开展生态学研究的过程中,不同样方获取的样本量通常不同。使用物种稀疏曲线可以计算不同样本量的α多样性,但常用的β多样性指数的计算却没有考虑样本量的差异。本文... 度量样方间物种组成的差异,即β多样性,是生态学研究中的常用手段。在开展生态学研究的过程中,不同样方获取的样本量通常不同。使用物种稀疏曲线可以计算不同样本量的α多样性,但常用的β多样性指数的计算却没有考虑样本量的差异。本文主要介绍了从稀疏曲线演化而来的可以计算不同样本量的β多样性指数——预期共享物种数(expected species shared,ESS)及其标准化后的指数,其中详细介绍了弦标准化的预期共享物种数(chord-normalized expected species shared,CNESS)。利用真实采集的数据集,本文演示了在不同样本参数m下,CNESS经过主坐标分析(principalcoordinatesanalysis,PCo A)的二维排序结果,并比较了样本量变化后,CNESS与基于多度的Chao-Jaccard相异性指数之间的差异。模拟结果表明,CNESS指数与Chao-Jaccard指数的PCoA结果具有相关性,该相关性不随m值的变化而变化。CNESS指数较Chao-Jaccard指数具有更多优势,通过调节样本参数m,CNESS的结果可以分析优势种或者稀有种的物种组成差异,同时CNESS指数对样本量不敏感。ESS系列相异指数是基于物种多度的计算,适用于样本量不一致时的β多样性研究,建议在开展昆虫等无脊椎动物的生态学研究中使用此指数。为了更加准确地获得样方之间的物种组成差异,在数据分析的过程中应选取不同大小的m值计算CNESS。然而,由于样本量小于特定m值的样方会在计算中被剔除,因此,在实际的取样工作中,每个样方都应该尽量采集到足够多的个体,才能保证在m值足够大的时候也不丢失样方信息。 展开更多
关键词 beta多样性 CNESS 主坐标分析(pcoa) 相异矩阵 昆虫 群落生态学
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嘉兴南湖不同湖区浮游动植物群落结构特征与环境因子关系 被引量:13
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作者 王雅雯 李迎鹤 +3 位作者 张博 郭云艳 陈俊伊 韩松 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第6期3106-3117,共12页
为了解不同区域生态修复后环境因子对浮游动植物群落分布的影响,于2021年1月(竣工后)对南湖A、B、C、D和S区的环境因子及浮游动植物开展调查.结果表明,生态修复区较未修复区水体总氮(TN)、溶解性总氮(DTN)、氨氮(NH_(4)^(+)-N)、硝氮(NO... 为了解不同区域生态修复后环境因子对浮游动植物群落分布的影响,于2021年1月(竣工后)对南湖A、B、C、D和S区的环境因子及浮游动植物开展调查.结果表明,生态修复区较未修复区水体总氮(TN)、溶解性总氮(DTN)、氨氮(NH_(4)^(+)-N)、硝氮(NO_(3)^(-)-N)、总磷(TP)和溶解性总磷(DTP)浓度显著降低,溶解氧(DO)显著增高(P<0.05).研究区浮游植物种类以绿藻和硅藻为主,浮游动物种类以原生动物和轮虫为主.修复区浮游植物生物量较未修复区低,浮游植物与浮游动物物种数升高.聚类与主坐标分析显示修复区浮游动植物群落差异显著(P<0.05),其中A区和B区游动植物结构较为相似.冗余分析(RDA)结果显示,DO、NO_(3)^(-)-N、pH和水温(WT)是影响浮游植物群落分布的主要环境因子;DO、NO_(3)^(-)-N、NH_(4)^(+)-N和TP是驱动浮游动物群落分布的主要环境因子.研究结果明确了南湖不同湖区浮游动植物群落特征及环境相关性,可为水生态修复提供数据支撑和参考. 展开更多
关键词 嘉兴南湖 浮游动植物 冗余分析(RDA) 环境因子 沉水植物 生物多样性指数 主坐标分析(pcoa)
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黄河三角洲湿地草本植被的双变量主坐标排序 被引量:9
5
作者 熊雄 贺强 崔保山 《生态学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第9期1631-1638,共8页
利用双向指示种(TWINSPAN)分类技术将黄河三角洲湿地草本植被划分为7个群落类型,然后应用双变量主坐标分析(double principal coordinate analysis,DPCoA)法对其进行排序,结果表明:在物种组成上,芦苇+盐地碱蓬群落为芦苇群落和盐地碱蓬... 利用双向指示种(TWINSPAN)分类技术将黄河三角洲湿地草本植被划分为7个群落类型,然后应用双变量主坐标分析(double principal coordinate analysis,DPCoA)法对其进行排序,结果表明:在物种组成上,芦苇+盐地碱蓬群落为芦苇群落和盐地碱蓬+芦苇群落、盐地碱蓬群落、盐地碱蓬+补血草+碱蓬群落、补血草群落的过渡类型,而芦苇+穗状狐尾藻群落与其他群落类型差异较大;黄河三角洲湿地草本植被的分布主要与土壤因子中的土壤盐分、土壤pH等紧密相关,而与土壤全磷、全氮、有机质等养分无显著相关关系。将DPCoA和其他一些常用的植被排序方法进行了比较,相对于主分量分析(PCA)和除趋势对应分析(DCA)而言,DPCoA信息保留量更高,能够将物种组成和类别上较为接近的植物群落聚集在一起,而将差异较大的植物群落在排序图中分散开来,在揭示群落间相互关系以及植被与环境之间关系上可能更为有效。 展开更多
关键词 主坐标分析 植被排序 二次熵 湿地 黄河三角洲
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基于SSR标记的荷花品种遗传多样性及群体结构分析 被引量:7
6
作者 杜凤凤 刘晓静 +3 位作者 常雅军 李乃伟 李丕睿 姚东瑞 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期9-16,共8页
采用SSR标记技术对42个荷花品种(Nelumbo spp.)的基因组DNA进行扩增,在此基础上,对供试品种进行UPGMA聚类分析、群体结构分析和主坐标分析(PCo A)。结果表明:采用17对SSR引物从42个荷花品种的基因组DNA中扩增出77个位点,多态性位... 采用SSR标记技术对42个荷花品种(Nelumbo spp.)的基因组DNA进行扩增,在此基础上,对供试品种进行UPGMA聚类分析、群体结构分析和主坐标分析(PCo A)。结果表明:采用17对SSR引物从42个荷花品种的基因组DNA中扩增出77个位点,多态性位点百分率为88.31%;每对引物可扩增出1~9个多态性位点。根据Nei’s遗传距离,供试的42个荷花品种可被分成Ⅰ和Ⅱ两组,分别包含3和39个品种;在Nei’s遗传距离0.150处,Ⅱ组被进一步分成Ⅱa、Ⅱb和Ⅱc 3个亚组,分别包含3、16和20个品种。群体结构分析结果表明:组分概率高于等于0.80时,供试的42个荷花品种被分成Pop1、Pop2和混合群3个亚群,分别包含17、16和9个品种。PCo A分析结果表明:在F1水平上,供试的42个荷花品种被分成2个部分;其中,Pop1亚群的品种均分布在第二和第三象限,而Pop2亚群的品种则分布在第一和第四象限。总体来看,聚类分析、群体结构分析和PCo A分析的结果基本一致。综合分析结果表明:Ⅰ组包含美洲黄莲(N.lutea Pers.)品种‘艾江南’,且与传统中国莲(N.nucifera Gaertn.)品种的亲缘关系最远,故认为该组为美洲黄莲;Ⅱ组为中国莲,其中,Ⅱc亚组以传统中国莲品种为主,而Ⅱb亚组则偏重于美洲黄莲。总体上看,供试的42个荷花品种主要被分为中国莲和美洲黄莲两组,而中美杂交莲并没有独立成组,其成因有待进一步研究。 展开更多
关键词 荷花品种 SSR标记 遗传多样性 UPGMA聚类分析 群体结构分析 主坐标分析(PCo A)
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基于高通量测序技术的不同产地腐乳微生物多样性分析 被引量:3
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作者 付瑞敏 刘春雷 +3 位作者 徐良 张红 夏铁骑 陈五岭 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2023年第2期134-142,共9页
为了解我国不同产地及风味腐乳中微生物的多样性。本研究基于高通量测序(high throughput sequencing,HTS)技术,对16种不同产地的腐乳样品中的微生物群落的多样性和差异性展开分析研究。细菌多样性结果显示,在属水平上,腐乳中含量最丰... 为了解我国不同产地及风味腐乳中微生物的多样性。本研究基于高通量测序(high throughput sequencing,HTS)技术,对16种不同产地的腐乳样品中的微生物群落的多样性和差异性展开分析研究。细菌多样性结果显示,在属水平上,腐乳中含量最丰富的是芽孢杆菌属(Bacillus)和乳酸菌属(Lactobacillus),这两个属也分别代表了腐乳发酵后期的优势菌群;真菌多样性结果显示,腐乳中含有大量曲霉属(Aspergillus)和放射毛霉属(Actinmucor sp.)等水解酶产生菌;化学成分测定结果显示,不同产地对于腐乳中的化学成分具有一定的影响,腐乳中可溶性蛋白含量以及氨基氮含量与样品中的芽孢杆菌分布呈现正相关;主坐标分析结果显示,16种产地的腐乳样品中的真菌菌群结构与地区存在一定的聚类关系,具体表现为中国东部地区的真菌(ZJ2、ZJ4、ZJ5、ZJ6、SH9、AH11和JX12)可以归为一组,说明腐乳的真菌群落可能受地理因素的影响。本研究加深了对腐乳中微生物群落多样性的了解,为提高传统发酵调味品的品质提供理论支持。 展开更多
关键词 高通量测序 腐乳 主坐标分析 微生物多样性 不同产地 细菌 真菌
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石竹科繁缕属与孩儿参属的数量分类 被引量:3
8
作者 陈旭波 孟世勇 +2 位作者 张小飞 韩远彬 刘全儒 《植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期432-439,共8页
石竹科繁缕属(Stellaria L.)和孩儿参属(Pseudostellaria Pax)的关系一直备受关注。为了弄清它们之间的关系及属下分类等问题,选择繁缕属22种和孩儿参属8种,共30种植物51个形态特征,利用NTSYS-pc 2.10e软件中的UPGMA聚类分析方法和主坐... 石竹科繁缕属(Stellaria L.)和孩儿参属(Pseudostellaria Pax)的关系一直备受关注。为了弄清它们之间的关系及属下分类等问题,选择繁缕属22种和孩儿参属8种,共30种植物51个形态特征,利用NTSYS-pc 2.10e软件中的UPGMA聚类分析方法和主坐标分析方法,对这2个属进行数值分类学研究。结果表明,繁缕属与孩儿参属是2个自然类群,除繁缕属的繁缕(S.media(L.)Cyr.)和鸡肠繁缕(S.neglecta Weihe ex Bluff et Fingerh)在聚类中不能分开外,其它物种都能很好地分开。两属有较近的关系,其中巫山繁缕(S.wushanensis Williams)是过渡种。此外,数量分类结果建议将细叶孩儿参(P.sylvatica(Maxim.)Pax)作为一个独立组处理。对性状的主坐标排序分析显示,根的形状、叶缘质地、花的形态(是否具花瓣、花瓣长度、花瓣裂数、深裂还是浅裂)和种子表面纹饰(是否具齿轮状、疣状突起)等在繁缕属与孩儿参属的分类中具有重要作用。 展开更多
关键词 繁缕属 孩儿参属 聚类分析 主坐标分析
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卫矛科沟瓣属与卫矛属的数量分类学研究 被引量:1
9
作者 刘慧圆 孟世勇 刘全儒 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期92-102,共11页
卫矛属(Euonymus L.)和沟瓣属(Glyptopetalum Thw.)的系统关系长期以来备受争议,为理清它们之间的关系,该研究选择沟瓣属12种、卫矛属17种和假卫矛属(Microtropis Wall.ex Meisn.)2种,共计31个分类单元(OTUs),测量并统计了56个形态性状... 卫矛属(Euonymus L.)和沟瓣属(Glyptopetalum Thw.)的系统关系长期以来备受争议,为理清它们之间的关系,该研究选择沟瓣属12种、卫矛属17种和假卫矛属(Microtropis Wall.ex Meisn.)2种,共计31个分类单元(OTUs),测量并统计了56个形态性状,同时利用聚类分析(UPGMA)和主坐标分析(PCoA)的方法进行了数量分类学研究。结果表明:沟瓣属与卫矛属具有较高的表征相似性,二者之间存在的过渡类群有缙云卫矛(Euonymus chloranthoides Yang)和淡绿叶卫矛(E.pallidifolium Hayata)以及海南沟瓣[Glyptopetalum fengii(Chun&F.C.How)Ding Hou]、白树沟瓣[G.geloniifolium(Chun&F.C.How)C.Y.Cheng]。该研究认为将沟瓣属作为卫矛属的一个组,即沟瓣组(Sect.Glyptopetalum),放在冬青卫矛组(Sect.Ilicifolia)附近更为合理。对性状的主坐标排序分析显示,叶片长度、叶片宽度、叶侧脉数目、花瓣数目、心室数目、每室胚珠数、花序分枝数、是否具有假种皮、蒴果是否开裂、花期与果序梗长度在卫矛属分类中具有重要的价值。 展开更多
关键词 卫矛属 沟瓣属 形态性状 数量分类学 聚类分析 主坐标分析
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