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玉米AFLP指纹图谱的引物选择研究 被引量:15
1
作者 张春庆 贾继增 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第2期221-226,共6页
AFL P分子标记技术将对玉米品种指纹文库的构建发挥巨大作用 ,因此对玉米 AFL P指纹图谱的引物选择研究具有重要意义。通过研究发现 :1用 Mse 和 Eco R 酶切后 ,酶切位点后第一个碱基 T占的比例高达 30 %左右 ,其次 A占 2 7%左右 ,G、C... AFL P分子标记技术将对玉米品种指纹文库的构建发挥巨大作用 ,因此对玉米 AFL P指纹图谱的引物选择研究具有重要意义。通过研究发现 :1用 Mse 和 Eco R 酶切后 ,酶切位点后第一个碱基 T占的比例高达 30 %左右 ,其次 A占 2 7%左右 ,G、C占的比例较少 ,为 2 1%左右。第二个碱基 T占 2 7%左右 ,A、G、C分别占 2 4 %左右较均匀。因此以 TT选择引物时扩增的谱带较多。 2不同引物扩增的谱带的多态性不同 ,多态性强的引物组合可分为两类。其一为多态性主要由一端引物产生的 ;其二为多态性由两端共同决定的。对多态性贡献较大的两个引物组合可能产生更高的多态性。 3随引物选择碱基的增加 ,扩增的谱带数有所降低。同时增加一个选择碱基 ,在 M端增加一个选择碱基较在 E端增加一个选择碱基 ,谱带数目降低较多。 4在多态性较高的 2 +2引物组合中 ,增加第 3个选择碱基 ,可选出多态性更强的引物组合。 5选择多态性强的引物组合可按如下程序 :第一步选择 2~ 4组亲缘关系相近的材料 6~ 12个。第二步 ,将两端碱基相同的 2 +2引物组合 (16对 )全部选择扩增 ,以筛选有多态性的 2 +2引物组合。第三步 ,重组有多态的 2+2引物 ,以筛选多态性较强的 2 +2引物。第四步 ,将多态性较强的 2 +2引物一端分别增加第 3个选择碱基 ,? 展开更多
关键词 玉米 引物选择 AFLP指纹图谱
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风信子ISSR-PCR体系的优化及引物筛选 被引量:19
2
作者 胡凤荣 王斐 +2 位作者 王志强 任翠 鲍仁蕾 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期139-144,共6页
以风信子基因组DNA为ISSR-PCR扩增模板,采用单因素试验方法,对影响PCR扩增体系中Mg2+浓度、dNTPs、模板DNA及引物浓度、Taq酶的用量5个因素进行研究,建立了风信子ISSR-PCR扩增最佳反应体系,即:20μL反应体系中分别加入2μL10×Buffe... 以风信子基因组DNA为ISSR-PCR扩增模板,采用单因素试验方法,对影响PCR扩增体系中Mg2+浓度、dNTPs、模板DNA及引物浓度、Taq酶的用量5个因素进行研究,建立了风信子ISSR-PCR扩增最佳反应体系,即:20μL反应体系中分别加入2μL10×Buffer、1.4μL Mg2+(25mmol/L)、1.5μL dNTPs(2.5mmol/L)、1.5μL引物(10pmol/μL),0.2μLTaq酶(5U/μL),1.2μL模板(30ng/μL),ddH2O补足体积。并以此体系对110条引物进行筛选,最终获得了多态性高,重复性好的引物12条。 展开更多
关键词 风信子 ISSR-PCR 引物筛选
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苦荞SSR-PCR反应体系的优化及引物筛选 被引量:10
3
作者 王耀文 夏楠 +3 位作者 韩瑞霞 李艳琴 王安虎 蔡光泽 《贵州农业科学》 CAS 北大核心 2011年第4期4-8,共5页
为了保证SSR-PCR的重复性,快速找到最优的水平组合,采用交互正交设计L27(313)对苦荞SSR-PCR反应体系进行了5因素(Mg2+、dNTP、Taq酶、模板DNA和引物)3水平优化试验,并对148对SSR引物进行了筛选。结果表明:5个单因素和2个交互作用(Mg2+&#... 为了保证SSR-PCR的重复性,快速找到最优的水平组合,采用交互正交设计L27(313)对苦荞SSR-PCR反应体系进行了5因素(Mg2+、dNTP、Taq酶、模板DNA和引物)3水平优化试验,并对148对SSR引物进行了筛选。结果表明:5个单因素和2个交互作用(Mg2+×dNTP、Mg2+×Taq酶)对苦荞SSR-PCR均有极显著影响;最佳反应体系为:20μL总体积,Mg2+1 mmol/L,dNTP 0.3 mmol/L,Taq酶1.5 U,模板DNA30 ng,引物0.25μmol/L,10×buffer 2μL。运用该体系对7份苦荞材料进行扩增,电泳结果显示,扩增条带清晰,重复性好。利用148对SSR引物对滇宁一号、九江苦荞、野苦荞进行扩增,选出具有多态性的引物26对,可用于苦荞遗传多样性分析及遗传图谱构建。 展开更多
关键词 苦荞 SSR-PCR 交互正交设计 引物筛选
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油橄榄ISSR-PCR反应体系优化与引物筛选 被引量:10
4
作者 李瑞 陈少瑜 +2 位作者 宁德鲁 李勇杰 毛云玲 《安徽农业科学》 CAS 2012年第10期5797-5799,共3页
[目的]对油橄榄ISSR-PCR反应体系进行优化,并筛选出多态性ISSR引物。[方法]以油橄榄嫩叶片提取的基因组DNA为模板,通过单因子试验针对反应体系主要因子Mg2+、dNTPs、引物浓度及模板用量进行油橄榄ISSR-PCR反应体系优化。[结果]优化的油... [目的]对油橄榄ISSR-PCR反应体系进行优化,并筛选出多态性ISSR引物。[方法]以油橄榄嫩叶片提取的基因组DNA为模板,通过单因子试验针对反应体系主要因子Mg2+、dNTPs、引物浓度及模板用量进行油橄榄ISSR-PCR反应体系优化。[结果]优化的油橄榄ISSR-PCR反应体系为:总体系20μl中含1×Taq Buffer,3.5 mmol/L Mg2+,0.4 mmol/L dNTPs,1.0μmol/L引物,1.0 U Taq DNA聚合酶,20 ng DNA模板。反应程序为:94℃预变性5 min;94℃变性30 s,52~55℃退火30 s,72℃延伸2 min,40个循环;72℃延伸10 min,4℃保存。同时利用上述反应体系和反应程序筛选出了扩增稳定、多态性高、扩增条带清晰的ISSR引物11条。[结论]为进一步油橄榄种质资源的多样性研究和品种鉴定奠定了基础。 展开更多
关键词 油橄榄 基因组DNA 体系优化 引物筛选
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泡桐AFLP反应体系的建立及引物筛选 被引量:8
5
作者 曹喜兵 何佳 +1 位作者 翟晓巧 范国强 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期145-150,共6页
以豫杂一号泡桐为材料,通过对影响AFLP技术体系的各主要因素的研究,建立了适于泡桐AFLP分析的技术体系.结果表明最佳酶切体系(20μL)为500 ng模板DNA,3 U的PstI和M seI,在37℃下双酶切3 h;20μL最佳连接体系中为酶切产物15μL,0.25μmol... 以豫杂一号泡桐为材料,通过对影响AFLP技术体系的各主要因素的研究,建立了适于泡桐AFLP分析的技术体系.结果表明最佳酶切体系(20μL)为500 ng模板DNA,3 U的PstI和M seI,在37℃下双酶切3 h;20μL最佳连接体系中为酶切产物15μL,0.25μmol.L-1PstI接头,2.5μmol.L-1M seI接头,1μL 10×T4 Buff-er,2 U T4连接酶,22℃连接18 h;20μL最佳预扩反应体系中5μL稀释10倍的连接产物,100μmol.L-1dNTP,2 U Taq酶,250μmol.L-1PstI和M seI引物(P+AGT/M+AGT),2μL 10×PCR Buffer.20μL最佳选择性扩增反应体系中5μL稀释20倍预扩增产物,100μmol.L-1dNTP,2 U Taq酶,350μmol.L-1PstI和M seI引物(P+AGT/M+AGT),2μL 10×PCR Buffer.最后,筛选出了97对适宜于泡桐AFLP分析的引物. 展开更多
关键词 泡桐 AFLP 反应体系 引物筛选
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云生毛茛ISSR-PCR体系优化与引物筛选 被引量:8
6
作者 石琳 胡延萍 +4 位作者 王建科 王钧 许小宁 李毅 王莉 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第9期65-71,共7页
旨在建立稳定可靠的云生毛茛ISSR-PCR反应体系。采用正交试验设计方法,对影响云生毛茛ISSR-PCR扩增结果的Mg2+、d NTP、Taq DNA聚合酶、引物、模板DNA五个因素进行优化筛选,对反应程序进行优化,建立适用于云生毛茛的最佳反应体系和扩增... 旨在建立稳定可靠的云生毛茛ISSR-PCR反应体系。采用正交试验设计方法,对影响云生毛茛ISSR-PCR扩增结果的Mg2+、d NTP、Taq DNA聚合酶、引物、模板DNA五个因素进行优化筛选,对反应程序进行优化,建立适用于云生毛茛的最佳反应体系和扩增程序,并对反应体系和扩增程序进行验证;在此基础上筛选多态性好的ISSR引物,采用梯度法筛选各个引物的最适退火温度。结果表明,云生毛茛20μL ISSR-PCR的最佳反应体系为:模板DNA 30 ng,Mg2+1.95 mmol/L,Taq DNA聚合酶0.04U/μL,d NTP 0.150 mmol/L,引物0.5μmol/L;最佳反应程序为:94℃预变性5 min;94℃变性20 s,49.6-60.6℃复性1 min,72℃延伸100 s,38个循环;72℃下延伸6 min。在优化的反应体系和反应程序条件下,从100条ISSR引物中筛选获得16条ISSR扩增引物,并确定了引物各自的最适退火温度。经过不同居群云生毛茛的验证,证明优化后体系扩增条带清晰且重复性好,可用于后续云生毛茛遗传多样性的研究。 展开更多
关键词 云生毛茛 ISSR-PCR 正交实验设计 体系优化 引物筛选
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塔里木河流域5个地理种群的叶尔羌高原鳅遗传多样性分析 被引量:6
7
作者 王锦秀 任道全 +2 位作者 王新月 陈生熬 宋勇 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2021年第4期46-54,共9页
为研究塔里木河流域叶尔羌高原鳅(Triplophysa yarkandensis)群体的遗传多样性,基于高通量测序平台,对叶尔羌高原鳅基因组进行测序,并筛选出符合条件的微卫星位点,设计100对用于PCR扩增的引物,最终筛选出39对具有多态性的引物,挑选多态... 为研究塔里木河流域叶尔羌高原鳅(Triplophysa yarkandensis)群体的遗传多样性,基于高通量测序平台,对叶尔羌高原鳅基因组进行测序,并筛选出符合条件的微卫星位点,设计100对用于PCR扩增的引物,最终筛选出39对具有多态性的引物,挑选多态性较高的15对在5个河段叶尔羌高原鳅种群中进行扩增,分析不同种群的遗传多样性和种群分化情况。结果显示,5个叶尔羌高原鳅群体的平均等位基因数(Na)和有效等位基因数(N_(e))分别为48.467和15.181,平均观测杂合度(Ho)和期望杂合度(H_(e))分别为0.578和0.929,多态性信息含量(PIC)为0.893,种群间遗传分化系数(Fst)为0.102。其中,车尔臣河群体等位基因数最多(18.143),阿克苏河群体等位基因数最少(10.429);阿克苏河群体的观测杂合度最高(0.706),台特玛湖群体的观测杂合度最低(0.517);阿尔干群体的多态信息含量最高(0.877),阿克苏河群体的多态信息含量最低(0.760);阿克苏河与台南河群体的遗传距离最小(0.606),阿尔干与台南河群体遗传距离最大(1.901);阿尔干群体与台南河群体遗传相似度最低(0.149),阿克苏河与台南河群体的遗传相似度最高(0.545)。群体遗传结构显示,车尔臣河与台特玛湖、阿克苏河与台南河、阿尔干群体分别聚为独立分支。研究表明,塔里木河各个河段叶尔羌高原鳅之间虽然有一定的差异,但仍然有基因交流现象。 展开更多
关键词 叶尔羌高原鳅 微卫星 引物筛选 遗传多样性 遗传分化
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二月兰SSR-PCR反应体系的优化及引物筛选 被引量:6
8
作者 贾新平 孙晓波 +2 位作者 梁丽建 苏家乐 邓衍明 《中国农学通报》 2017年第5期40-46,共7页
为建立适合二月兰的SSR-PCR反应体系,采用正交试验设计方法对影响二月兰SSR反应体系的5个因素(DNA模板、Mg^(2+)、d NTPs、引物和Taq聚合酶)进行优化试验,筛选出每个因素的最佳水平。结果表明,10μL反应体系中,Mg^(2+)浓度2.0 mmol/L,d ... 为建立适合二月兰的SSR-PCR反应体系,采用正交试验设计方法对影响二月兰SSR反应体系的5个因素(DNA模板、Mg^(2+)、d NTPs、引物和Taq聚合酶)进行优化试验,筛选出每个因素的最佳水平。结果表明,10μL反应体系中,Mg^(2+)浓度2.0 mmol/L,d NTPs浓度0.4 mmol/L,引物浓度0.6μmol/L,DNA模板量20 ng,Taq聚合酶量0.6 U。以3份二月兰基因组DNA为模板,利用优化后的SSR-PCR反应体系进行引物筛选,从50对SSR引物中成功筛选出扩增条带清晰、具有多态性的引物有12对,证明该反应体系具有较好的稳定性和通用性。研究建立和优化的二月兰SSR-PCR反应体系,为进一步利用SSR标记技术开展二月兰分子生物学研究提供了理论依据和技术参考。 展开更多
关键词 二月兰 SSR-PCR 反应体系 引物筛选
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皂荚ISSR-PCR反应体系的建立与优化
9
作者 张蕊 齐钦辉 +2 位作者 朱文瑛 李保会 张芹 《林业与生态科学》 2024年第3期264-272,共9页
建立皂荚ISSR-PCR反应体系,为皂荚遗传多样性分析、种质资源鉴定提供技术支持,以皂荚DNA为模板,对影响PCR扩增反应的4个因素(模板DNA浓度、引物浓度、Master Mix用量、PCR反应循环数)设置6个梯度并从3个水平上进行单因素优化,后采用L 9(... 建立皂荚ISSR-PCR反应体系,为皂荚遗传多样性分析、种质资源鉴定提供技术支持,以皂荚DNA为模板,对影响PCR扩增反应的4个因素(模板DNA浓度、引物浓度、Master Mix用量、PCR反应循环数)设置6个梯度并从3个水平上进行单因素优化,后采用L 9(34)正交设计,对各处理组合进行电泳检测后进行评分,对评分结果进行极差分析和方差分析,从而筛选出皂荚最佳的ISSR-PCR反应体系和扩增程序以及得出各因素对反应体系的影响程度。通过设置不同的退火温度,利用优化后的皂荚ISSR-PCR反应体系及扩增程序对已公布的100条ISSR通用引物进行筛选。研究结果表明,皂荚ISSR-PCR最佳反应体系为:在25μL的反应体系中,DNA模板浓度35 ng,引物浓度5μmol/L,Master Mix用量12μL,30个循环;各因素影响大小依次是:DNA模板浓度>Master Mix用量>引物浓度>PCR反应循环数。最后在该体系下共筛选出了22条条带清晰、多态性好的引物。 展开更多
关键词 皂荚 ISSR-PCR 单因素优化 正交优化 引物筛选
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叶蝉EST资源的微卫星信息分析 被引量:5
10
作者 胡德辉 焦晓真 +2 位作者 桑洪玉 邱永福 李容柏 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期558-561,共4页
【目的】分析叶蝉EST序列信息,为其分子标记体系建立、遗传图谱构建及相关致害基因挖掘奠定基础。【方法】利用生物信息学技术对NCBI数据库中的4种叶蝉亚种EST序列进行SSR基序分析与统计,并对筛选出的SSR基序区段进行引物设计,开发出... 【目的】分析叶蝉EST序列信息,为其分子标记体系建立、遗传图谱构建及相关致害基因挖掘奠定基础。【方法】利用生物信息学技术对NCBI数据库中的4种叶蝉亚种EST序列进行SSR基序分析与统计,并对筛选出的SSR基序区段进行引物设计,开发出SSR标记。【结果】11044条叶蝉EST序列的总长为5866kb。按照引物筛选设定的参数,筛选获得1946条含有SSR基序的EST序列,占总EST序列的17.6%;其中包含2230个SSR基序并全部获得相应的SSR引物,平均间距为2.63kb。在2~5个核苷酸重复中,3个核苷酸重复为优势基序,占总基序的77.3%,尤以AAT类最丰富,占3个核苷酸重复总数的40.7%;双核苷酸重复中,AG类所占的比例最大,为39.1%。【结论】从叶蝉EST序列中筛选获得2230个SSR引物,以3个核苷酸重复基序所占比重最大。 展开更多
关键词 叶蝉 EST SSR EST—SSR 引物筛选
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云南栘[木衣]SRAP-PCR反应体系的建立及引物筛选 被引量:5
11
作者 陈璨 石辰 +2 位作者 王大玮 彭劲谕 段安安 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期1037-1043,共7页
【目的】建立云南栘[木衣]SRAP-PCR最佳反应体系并筛选SRAP-PCR多态性引物组合。【方法】以木里、澜沧和盈江3个天然群体的云南栘[木衣]嫩叶为试验材料,采用改进后的CTAB法提取云南栘[木衣]基因组DNA。利用L16(45)的正交设计对Taq DNA... 【目的】建立云南栘[木衣]SRAP-PCR最佳反应体系并筛选SRAP-PCR多态性引物组合。【方法】以木里、澜沧和盈江3个天然群体的云南栘[木衣]嫩叶为试验材料,采用改进后的CTAB法提取云南栘[木衣]基因组DNA。利用L16(45)的正交设计对Taq DNA聚合酶、Mg^(2+)、dNTPs、模板DNA及引物5种因素进行优化,建立云南栘[木衣]SRAP-PCR最佳反应体系,并从100对引物组合中筛选SRAP-PCR多态性较高的引物组合。【结果】云南栘[木衣]SRAP-PCR最佳反应体系(25μL):Taq DNA聚合酶0.5 U,Mg^(2+)2.5 mmol/L,dNTPs 0.25 mmol/L,模板DNA 80 ng,引物0.8μmol/L。各因素对云南栘[木衣]SRAP-PCR反应体系的影响由小到大排列为:dNTPs<模板DNA<Taq DNA聚合酶<Mg^(2+)<引物。利用木里、澜沧和盈江3个天然群体的云南栘[木衣]基因组DNA对建立的体系进行验证,筛选出的20对引物组合共扩增出212个位点,其中多态性位点187个,占比为88.21%。【结论】建立了稳定可靠的云南栘[木衣]SRAP-PCR体系,为后续云南栘[木衣]遗传多样性的研究提供支持。 展开更多
关键词 云南栘[木衣] SRAP标记 引物筛选
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大青叶SRAP-PCR反应体系的建立与优化研究 被引量:5
12
作者 武正前 李雪虎 +3 位作者 梁剑平 陆锡宏 辛志君 周翔 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期310-314,共5页
为了建立并优化大青叶SRAP-PCR扩增体系。以大青叶基因组DNA为模板,通过正交试验设计,从Mg2+、d NTP、引物、Taq DNA聚合酶和模板DNA 5种因素5个水平对大青叶SRAP-PCR反应体系进行优化。建立的大青叶SRAP-PCR最佳反应体系为25μL反应体... 为了建立并优化大青叶SRAP-PCR扩增体系。以大青叶基因组DNA为模板,通过正交试验设计,从Mg2+、d NTP、引物、Taq DNA聚合酶和模板DNA 5种因素5个水平对大青叶SRAP-PCR反应体系进行优化。建立的大青叶SRAP-PCR最佳反应体系为25μL反应体系中含1.5 mmol·L-1Mg2+、0.15 mmol·L-1d NTPs、0.60μmol·L-1引物、2.0 U Taq DNA聚合酶和26 ng DNA模板。在这一体系下对不同大青叶材料的PCR扩增和在不同引物组合下扩增都证明该体系稳定可靠适合于大青叶SRAP分子标记。这一体系的建立为今后利用SRAPPCR分子标记技术开展大青叶分子遗传学研究奠定了基础。 展开更多
关键词 大青叶 SRAP 体系优化 引物筛选
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适于甜菜遗传多样性分析的SSR引物筛选 被引量:5
13
作者 赵尚敏 白晨 +5 位作者 张惠忠 牛素清 李晓东 付增娟 轩继雨 李树生 《中国糖料》 2009年第4期6-8,共3页
采用CTAB法提取甜菜基因组DNA,对不同作物(甜菜、苜蓿、玉米)的SSR引物进行了筛选。每对引物都有其最适宜的退火温度(Tm),Tm的高低对扩增结果有较大影响。该实验主要通过改变PCR扩增的退火温度(当退火温度比较低时,SSR-PCR扩增的效果条... 采用CTAB法提取甜菜基因组DNA,对不同作物(甜菜、苜蓿、玉米)的SSR引物进行了筛选。每对引物都有其最适宜的退火温度(Tm),Tm的高低对扩增结果有较大影响。该实验主要通过改变PCR扩增的退火温度(当退火温度比较低时,SSR-PCR扩增的效果条带较多,特异性不好;当退火温度比较高时扩增的条带较少,而且条带也较弱,扩增效率不高)选择合适的引物。从不同作物查阅的91对SSR引物中共筛选出带纹清晰的引物7对,作为甜菜遗传多样性的SSR分析引物,为进一步进行甜菜的分子育种提供理论依据。 展开更多
关键词 甜菜 SSR 引物筛选 遗传多样性
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广西产拳卷地钱DNA的SCoT-PCR引物筛选及反应体系优化 被引量:5
14
作者 谢凤凤 李鹏 +3 位作者 黎理 朱华 尚小红 李平凤 《中国药房》 CAS 北大核心 2018年第10期1309-1312,共4页
目的:通过筛选引物并优化反应条件,建立以目标起始密码子多态性(SCoT)技术进行标记的广西产拳卷地钱DNA的聚合酶链式反应(PCR)体系。方法:采用改进的十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法提取广西产拳卷地钱药材样品DNA,以凝胶电泳法与紫外分... 目的:通过筛选引物并优化反应条件,建立以目标起始密码子多态性(SCoT)技术进行标记的广西产拳卷地钱DNA的聚合酶链式反应(PCR)体系。方法:采用改进的十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法提取广西产拳卷地钱药材样品DNA,以凝胶电泳法与紫外分光光度法考察样品DNA的纯度和浓度;以样品DNA为模板,对36条SCoT引物进行PCR扩增反应,并对产物进行电泳、染色、成像以筛选合适引物;以DNA浓度、Mg^(2+)浓度、dNTP浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶浓度等5个主要因素进行5因素4水平的正交试验,对SCoT-PCR反应体系条件进行优化。结果:所提取的样品DNA条带整齐,无RNA污染、无降解、无弥散荧光,加样孔清晰;260、280 nm紫外波长处吸光度比值在1.8~2.0范围内,样品DNA纯度和浓度均适合后续试验;36条引物PCR结果显示,4号引物所得产物条带整齐、无弥散荧光且亮度最高,故以其为引物进行PCR反应;最佳SCoT-PCR反应体系为30.00μg/mL DNA、2.00mmol/L Mg^(2+)、0.20 mmol/L dNTP、0.40μmol/L引物、0.50 U/mL Taq DNA聚合酶(总反应体积20μL)。结论:筛选得到合适的样品DNA的SCoT-PCR引物并优化了反应体系,可为广西产拳卷地钱的品种鉴定、遗传多样性评价及亲缘关系分析提供技术基础。 展开更多
关键词 拳卷地钱 SCoT PCR 引物筛选 体系优化
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枫香ISSR-PCR反应体系的优化及引物筛选 被引量:1
15
作者 黄敏 黄旭萍 +3 位作者 李斌奇 张毅智 林龙 陈发兴 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2023年第9期2991-2998,共8页
为探索最适的枫香叶片DNA提取方法、最优ISSR引物和最佳ISSR-PCR扩增反应体系,本试验采用改良十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法、十二烷基硫酸钠(SDS)法、高盐低pH法和试剂盒法提取枫香叶片DNA;采用三因素五水平(DNA模板用量,2×Taq Ma... 为探索最适的枫香叶片DNA提取方法、最优ISSR引物和最佳ISSR-PCR扩增反应体系,本试验采用改良十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法、十二烷基硫酸钠(SDS)法、高盐低pH法和试剂盒法提取枫香叶片DNA;采用三因素五水平(DNA模板用量,2×Taq Master Mix用量引物浓度)正交试验构建并优化枫香的ISSR-PCR反应体系;对100条ISSR引物进行筛选及其退火温度优化。结果表明:改良CTAB方法提取的DNA浓度高,且电泳条带清晰无污染;SDS和试剂盒方法提取DNA的浓度低,电泳条带亮度低;高盐低pH值法提取的DNA的电泳条带模糊且降解拖尾现象严重。DNA模板浓度为20 ng、Taq Master Mix用量为10μL、引物浓度为0.6μmol/L、ddH2O为7.8μL时扩增程序的条带最清晰、多态性最好。筛选出17条重复性强、条带清晰明亮、多态性高的ISSR引物及其最适退火温度,其中扩增位点数最多的为引物UBC-834、UBC-836和UBC-853,扩增位点均为13个,以UBC-878为ISSR引物时的扩增反应中,当退火温度在46.9℃的时候能够扩增出较多明亮且清晰的条带。枫香叶片DNA最适提取方法为改良CTAB法;ISSR-PCR扩增程序的最优反应体系为20μL:模板DNA浓度为20 ng、Taq Master Mix用量为10μL、引物浓度为0.6μmol/L、ddH2O 7.8μL;筛选出17条最适枫香的ISSR候选引物及其最适退火温度。该枫香ISSR-PCR优化体系和候选引物适用于分子标记为枫香遗传多样性与亲缘关系作分析。 展开更多
关键词 枫香 改良CTAB法 DNA提取 ISSR-PCR 引物筛选
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八角ISSR-PCR反应体系的建立及引物筛选研究 被引量:5
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作者 吴涛 陈海云 +4 位作者 陈少瑜 宁德鲁 冯丹 李勇杰 张艳丽 《西部林业科学》 CAS 北大核心 2013年第2期8-13,共6页
以文山、广西2个居群6个单株的八角嫩叶为研究材料,以八角叶片基因组DNA为模板,在分析归纳相关树种ISSR-PCR体系的基础上,确定一个反应体系并对ISSR引物库进行筛选,同时结合正交设计针对具体引物进行体系优化。结果表明,八角的ISSR-PCR... 以文山、广西2个居群6个单株的八角嫩叶为研究材料,以八角叶片基因组DNA为模板,在分析归纳相关树种ISSR-PCR体系的基础上,确定一个反应体系并对ISSR引物库进行筛选,同时结合正交设计针对具体引物进行体系优化。结果表明,八角的ISSR-PCR反应体系(25μL)为DNA模板0.003~0.016 ng,Taq DNA聚合酶0.5~1.0 U,dNTPs 0.2 mmol.L-1,Mg2+浓度2.5~3.0 mmol.L-1,引物浓度0.6~0.8μmol.L-1。扩增程序为,94℃预变性5 min;94℃变性30 s,引物特异温度退火45 s,72℃延伸1 min,40个循环;72℃最后延伸7min;4℃保存。获得效果稳定并具有多态性的ISSR引物13条。研究结果可为八角遗传多样性分析和种质资源鉴定等研究奠定基础。 展开更多
关键词 八角 ISSR—PCR 反应体系 DNA模板 扩增程序 引物筛选
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珙桐cpDNA非编码序列引物反应条件优化与筛选 被引量:4
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作者 张玉梅 徐刚标 +1 位作者 谷振军 安静 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期183-186,共4页
实验采用改良CTAB方法提取总DNA,以珙桐及其近缘种基因组DNA为材料,优化cpDNA非编码序列PCR扩增条件,优据优化的PCR扩增条件,首次筛选出适合于珙桐分子谱系地理学研究的cpDNA非编码序列和引物。结果表明:25μL PCR反应体系中含有50 ng D... 实验采用改良CTAB方法提取总DNA,以珙桐及其近缘种基因组DNA为材料,优化cpDNA非编码序列PCR扩增条件,优据优化的PCR扩增条件,首次筛选出适合于珙桐分子谱系地理学研究的cpDNA非编码序列和引物。结果表明:25μL PCR反应体系中含有50 ng DNA,10×Buffer,2.5 mmol MgCl2,0.4 mmol dNTPs,0.2μmolpri mer1,0.2μmol pri mer2,1.25 U Pfu DNA Polymerase。适宜的PCR反应程序为94℃5 min,94℃1 min,退火时间45 s,退火温度和72℃延伸时间依不同的引物和产物而不同,35个循环,72℃总延伸7 min。稳定性好的、扩增条带清晰且单一的trnSGCU和trnGUUC、F71和R1516、rps16—F和rps16—R、atpB—49和rbcL—188四对引物可作为进一步珙桐分子谱系地理学研究的引物。 展开更多
关键词 珙桐 CPDNA 非编码序列 引物筛选
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藜麦SSR-PCR反应体系的优化及引物筛选 被引量:4
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作者 左皓南 张书苗 +3 位作者 高森 陈翠萍 闫殿海 刘洋 《青海农林科技》 2020年第1期1-6,共6页
藜麦原产南美洲,因其全营养性被誉为"超级谷物"而广受重视,国内对藜麦的研究也逐步开展。本文通过研究SSR-PCR反应体系的五个主要成分对扩增结果的影响,建立了藜麦SSR-PCR反应的优化体系,即总体积10μL:DNA模板75ng,10×P... 藜麦原产南美洲,因其全营养性被誉为"超级谷物"而广受重视,国内对藜麦的研究也逐步开展。本文通过研究SSR-PCR反应体系的五个主要成分对扩增结果的影响,建立了藜麦SSR-PCR反应的优化体系,即总体积10μL:DNA模板75ng,10×PCR buffer(Mg2+plus)1.2μmol/L、dNTP 0.8μmol/L、Taq酶0.2μmol/L,引物1.2μmol/L,余下部分由dd H2O补足。利用优化后的SSR-PCR反应体系对引物进行筛选,从221对引物中成功筛选出条带清晰、特异性好的引物18对。优化后的SSR反应体系和筛选出的引物可为藜麦种质资源的遗传多样性研究、指纹图谱的建立等提供科学依据。 展开更多
关键词 藜麦 正交设计 体系优化 引物筛选
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糯玉米SSR-PCR反应体系优化及多态性引物筛选 被引量:4
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作者 王薪淇 姜龙 +3 位作者 宋轶群 邢政 储航 赵仁贵 《吉林农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期398-404,共7页
用L25(56)正交设计建立和优化糯玉米SSR-PCR反应体系;利用370对SSR引物对糯玉米两亲本及F1进行扩增,筛选抗丝黑穗病的相关引物。结果表明:20μL糯玉米SSR-PCR最优反应体系为1.5 U DNA聚合酶,1.0 nmol/μL镁离子,80 ng模板DNA,0.1 pmol/... 用L25(56)正交设计建立和优化糯玉米SSR-PCR反应体系;利用370对SSR引物对糯玉米两亲本及F1进行扩增,筛选抗丝黑穗病的相关引物。结果表明:20μL糯玉米SSR-PCR最优反应体系为1.5 U DNA聚合酶,1.0 nmol/μL镁离子,80 ng模板DNA,0.1 pmol/μL引物,0.15μmol/μL d NTPs,1倍扩增缓冲液;370对SSR引物对两亲本及F1进行扩增的条带显示,有差异且条带清晰的引物为87对。确立了糯玉米SSR-PCR最优反应体系,筛选并得到了87对多态性引物。 展开更多
关键词 糯玉米 SSR—PCR 正交设计 引物筛选
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适于蓖麻遗传多样性分析的RAPD引物筛选 被引量:4
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作者 郝卫国 陈永胜 +3 位作者 朱国立 李国瑞 萨日娜 姚远 《内蒙古民族大学学报(自然科学版)》 2008年第2期168-171,共4页
采用CTAB法提取蓖麻基因组DNA,对RAPD随机引物进行了筛选,从120条引物中筛选出多态性好、稳定性高的引物48条作为蓖麻RAPD分析引物,为进一步进行蓖麻分子遗传育种提供依据.
关键词 蓖麻 RAPD 引物筛选
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