利用微卫星标记分析家鸡的群体遗传变异 被引量：30

1

作者 杨勇 朱庆 胡刚安 《四川大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2000年第S1期148-152,共5页

作者选用 10对微卫星引物分析了 8个家鸡品种 (系 )及两个杂交群体的遗传变异、群体内杂合度 ,并用计算出的遗传距离对 10个家鸡群体进行了UPGMA聚类分析 .试验结果表明 ,微卫星标记具有丰富的多态性 ,所有微卫星的PCR扩增结果全部能重... 作者选用 10对微卫星引物分析了 8个家鸡品种 (系 )及两个杂交群体的遗传变异、群体内杂合度 ,并用计算出的遗传距离对 10个家鸡群体进行了UPGMA聚类分析 .试验结果表明 ,微卫星标记具有丰富的多态性 ,所有微卫星的PCR扩增结果全部能重复 .所用 10个微卫星标记平均每对引物可检测 5.4个等位基因 ;微卫星标记可以准确反映 10个试验家鸡群体的真实杂合度 . 展开更多

关键词 鸡 微卫星 分子标记 群体遗传变异 杂种优势

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叉尾斗鱼种群遗传变异与亲缘地理 被引量：6

2

作者 王培欣 白俊杰 +6 位作者 胡隐昌 牟希东 汪学杰 李小慧 宋红梅 杨叶欣 罗建仁 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期441-448,共8页

通过分析采自珠江、鉴江、漠阳江、赣江、韩江、黄冈河、九龙江和闽江8个流域23个采样点121尾叉尾斗鱼m tDNA控制区3′端和临近序列共400bp,研究其种群遗传变异和亲缘地理格局。所分析序列只有13个变异位点,共有11个单倍型,碱基序列总... 通过分析采自珠江、鉴江、漠阳江、赣江、韩江、黄冈河、九龙江和闽江8个流域23个采样点121尾叉尾斗鱼m tDNA控制区3′端和临近序列共400bp,研究其种群遗传变异和亲缘地理格局。所分析序列只有13个变异位点,共有11个单倍型,碱基序列总的单倍型多样性为0.576,核苷酸多样性为0.00818,均较低。珠江流域存在群体内独有单倍型,有两个广布单倍型H1和H2,分别占所有样品的19%和62%。最小进化网络图显示单倍型没有明显的亲缘地理格局,呈星状发散,H1和H2处于中心。AMOVA分析显示变异主要来自地理区内群体间,歧点分布和中性检测显示叉尾斗鱼并未经历种群扩张。结果表明叉尾斗鱼种群遗传多样性很低且存在地理差异;各流域个体呈混杂分布格局,现有群体可能在珠江流域有东西两个起源;推测种群最近经历严重瓶颈效应。 展开更多

关键词 叉尾斗鱼 MTDNA控制区 种群遗传变异 亲缘地理

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RAPD标记在分析家鸡遗传变异中的应用 被引量：3

3

作者 朱庆 杨勇 胡刚安 《四川大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2000年第S1期139-143,共5页

作者选用 2 0个RAPD引物 ,分析了 8个家鸡品种 (系 )及两个杂交群体的遗传差异、群体内杂合度 ,并用计算出的遗传距离对 10个家鸡群体进行了UPGMA聚类分析 .试验结果表明 ,筛选出的 2 0个引物有 15个可以重复并具有多态性 ,共检测了鸡... 作者选用 2 0个RAPD引物 ,分析了 8个家鸡品种 (系 )及两个杂交群体的遗传差异、群体内杂合度 ,并用计算出的遗传距离对 10个家鸡群体进行了UPGMA聚类分析 .试验结果表明 ,筛选出的 2 0个引物有 15个可以重复并具有多态性 ,共检测了鸡基因组 84个位点的遗传变异 ,平均每个引物产生的多态性条带平均为 4 .1条 .由RAPD试验得到的群体间遗传相似系数和遗传距离与实际情况接近 ,聚类分析表明 ,RAPD标记可以揭示群体间的亲缘关系及遗传变异 . 展开更多

关键词 鸡 RAPD 分子标记 群体遗传变异

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牛CAPN1基因遗传变异及其对胴体性状的效应分析 被引量：2

4

作者 武秀香 杨章平 +3 位作者 毛永江 施雪奎 黄必志 王安奎 《安徽农业科学》 CAS 2015年第29期54-56,共3页

[目的]探讨钙蛋白酶1(CAPN1)基因在中国黄牛不同群体中的变异以及CAPN1基因作为影响牛肉质性状候选基因的可能性,寻找与牛肉质性状相关的分子标记。[方法]采用PCR-SSCP对雷琼牛、云南高峰牛、BMY牛与中国西门塔尔牛共367个个体CAPN1基因... [目的]探讨钙蛋白酶1(CAPN1)基因在中国黄牛不同群体中的变异以及CAPN1基因作为影响牛肉质性状候选基因的可能性,寻找与牛肉质性状相关的分子标记。[方法]采用PCR-SSCP对雷琼牛、云南高峰牛、BMY牛与中国西门塔尔牛共367个个体CAPN1基因Exon11-Exon16与Intron21遗传变异检测,运用GLM模型分析检测到的遗传变异与中国西门塔尔牛部分肉质性状的关联性。[结果]发现CAPN1基因DNA序列中的2个突变位点A4558G和C4684T,分别检测到AA/AG/GG和CC/CT/TT 3种基因型,优势基因分别为A和G。效应分析结果表明,A4558G多态对骨重、胴体产肉率及肉骨比性状效应显著(P<0.05),C4684T多态对宰前活重、净肉重、胴体重、头重、骨重、前蹄重、网膜油重及肠系膜油重性状效应显著(P<0.05)。[结论]CAPN1基因可以作为肉牛胴体性状的主效基因或与主效基因相连锁的一个标记。 展开更多

关键词 钙蛋白酶1基因 群体遗传分析 胴体性状 SNP

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CAPN1基因遗传变异及其对牛肉质性状的效应分析 被引量：7

5

作者 武秀香 施雪奎 +4 位作者 吴海涛 毛永江 杨章平 李俊雅 高会江 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第7期1466-1473,共8页

【目的】探索钙蛋白酶1(CAPN1)基因在中国黄牛不同群体中的变异,以及CAPN1基因作为影响牛肉质性状候选基因的可能性,寻找与牛肉质性状相关的分子标记。【方法】采用PCR-SSCP技术对雷琼牛、云南高峰牛、BMY牛与中国西门塔尔牛共367个个体... 【目的】探索钙蛋白酶1(CAPN1)基因在中国黄牛不同群体中的变异,以及CAPN1基因作为影响牛肉质性状候选基因的可能性,寻找与牛肉质性状相关的分子标记。【方法】采用PCR-SSCP技术对雷琼牛、云南高峰牛、BMY牛与中国西门塔尔牛共367个个体CAPN1基因Exon11-Exon16与Intron21遗传变异检测,运用SPSS17.0软件中的GLM模型分析检测到的遗传变异与中国西门塔尔牛部分肉质性状的关联性。【结果】发现了CAPN1基因DNA序列中的两个突变位点A4558G和C4684T,分别检测到AA/AG/GG和CC/CT/TT 3种基因型。相关分析表明,A4558G位点GG基因型个体剪切力和大理石花纹评分显著低于AG和AA型个体(P<0.05);C4684T位点TT基因型个体剪切力显著低于CT型个体(P<0.05)。组合基因型分析表明,GGTT组合剪切力显著低于CCAA、CTAG和CTAA(P<0.05),大理石花纹评分显著低于其它基因型组合(P<0.05),脂肪颜色评分显著高于AGTT(P<0.05),其余指标间无显著差异(P<0.05)。【结论】初步推测CAPN1基因A4558G和C4684T的位点,可以作为牛肉嫩度和大理石花纹评分的遗传标记。 展开更多

关键词 钙蛋白酶1基因 群体遗传分析 肉质性状 SNP

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部分肉牛类群CAPN1基因第9外显子多态性及其与肉质性状的相关性 被引量：4

6

作者 张彩霞 吴建平 +4 位作者 赵生国 蔡原 李天科 张娟 雷赵民 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期14-19,共6页

通过研究部分肉牛类群CAPN1基因第9外显子多态性及其与肉质性状的相关性,发现与肉牛生产性状相关的分子标记,为加快肉牛选育进程,提高肉牛生产性能提供参考。采用PCR-SSCP技术对早胜牛(庆阳类群、平凉类群)、南杂牛(南德温牛×早胜... 通过研究部分肉牛类群CAPN1基因第9外显子多态性及其与肉质性状的相关性,发现与肉牛生产性状相关的分子标记,为加快肉牛选育进程,提高肉牛生产性能提供参考。采用PCR-SSCP技术对早胜牛(庆阳类群、平凉类群)、南杂牛(南德温牛×早胜牛庆阳类群)、秦杂牛(秦川牛×早胜牛平凉类群)、西杂牛(西门塔尔牛×早胜牛平凉类群)、荷斯坦奶公牛和澳洲黑牛共391头个体的CAPN1基因外显子9进行遗传变异检测,运用SPSS17.0软件分析早胜牛平凉类群遗传变异与肉质性状的关联性。结果表明,CAPN1基因第9外显子存在突变位点G458C,并检测到GG、GC和CC 3种基因型。相关性分析表明,CAPN1的G458C位点与pH、剪切力和滴水损失差异显著相关(P<0.05),CC基因型剪切力和滴水损失显著低于GG和GC型(P<0.05),其他性状在各基因型间差异不显著。因此,推测CAPN1基因的突变位点G458C可以作为牛肉嫩度的遗传标记。 展开更多

关键词 肉牛 CAPN1基因 SNP 群体遗传分析 肉质性状

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GHR基因遗传变异及其对中国西门塔尔牛胴体性状的效应分析 被引量：2

7

作者 武秀香 杨章平 +4 位作者 毛永江 施雪奎 黄必志 王安奎 亏开兴 《扬州大学学报（农业与生命科学版）》 CAS 北大核心 2015年第4期31-34,共4页

为探索生长激素受体(GHR)基因在中国黄牛不同群体中的变异以及GHR基因作为影响牛肉质性状候选基因的可能性,采用PCR-SSCP技术对雷琼牛、云南高峰牛、BMY牛及中国西门塔尔牛共367头个体GHR基因部分外显子遗传变异进行检测,分析群体遗传特... 为探索生长激素受体(GHR)基因在中国黄牛不同群体中的变异以及GHR基因作为影响牛肉质性状候选基因的可能性,采用PCR-SSCP技术对雷琼牛、云南高峰牛、BMY牛及中国西门塔尔牛共367头个体GHR基因部分外显子遗传变异进行检测,分析群体遗传特征,并运用SPSS17.0软件中GLM模型分析所检测的遗传变异与中国西门塔尔牛部分肉质性状的关联性。结果表明:在GHR基因DNA序列中发现T229C多态位点,雷琼牛群体处于Hardy-Weinberg平衡状态,其他群体偏离平衡。对GHR基因T229C位点与胴体性状关系分析表明:该位点对肌肉生长性状效应显著,对宰前活重、胴体重、屠宰率、胴体产肉率、净肉率、肉骨比、头与蹄重、脂肪覆盖率也有显著影响。结果提示GHR基因可作为牛屠宰及肉质性状的候选基因。 展开更多

关键词 中国黄牛 GHR基因 遗传变异 胴体性状

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CALCA基因遗传变异及其与肉质性状关联分析 被引量：1

8

作者 张彩霞 赵生国 +1 位作者 李天科 雷赵民 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2014年第5期114-118,共5页

旨在分析早胜牛及其杂交牛CALCA基因第4外显子的多态性及其与肉质性状的相关性,发现与肉质性状相关的分子标记,为加快肉牛选育进程提供参考。利用PCR-SSCP技术对早胜牛、南杂牛、秦杂牛和西杂牛共362个个体的CALCA基因第4外显子进行了... 旨在分析早胜牛及其杂交牛CALCA基因第4外显子的多态性及其与肉质性状的相关性,发现与肉质性状相关的分子标记,为加快肉牛选育进程提供参考。利用PCR-SSCP技术对早胜牛、南杂牛、秦杂牛和西杂牛共362个个体的CALCA基因第4外显子进行了遗传变异检测,并运用SPSS 17.0软件对早胜牛(平凉类群)遗传变异与经济性状关联性进行了分析。结果表明,CALCA基因第4外显子存在2个突变位点T3237A和G3289A,并检测到AA和AB2种基因型。相关性分析表明,CALCA基因突变位点与剪切力、眼肌面积、热胴体重和熟肉率显著相关(P<0.05),AA基因型个体剪切力、热胴体重和熟肉率显著高于AB基因型个体(P<0.05),而AB基因型个体眼肌面积显著高于AA基因型个体(P<0.05),其他性状在各基因型间差异不显著。因此,初步推测CALCA基因的突变位点可以作为评定早胜牛肉质性状的遗传标记。 展开更多

关键词 肉牛 CALCA基因 SNP 群体遗传分析 肉质性状

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两种泥鳅不同群体遗传变异的RAPD分析 被引量：30

9

作者 常重杰 周荣家 余其兴 《动物学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第1期89-93,共5页

应用RAPD技术 ,分析了采自于我国黄河、长江和珠江三大水系中游的大鳞副泥鳅和泥鳅不同群体间的遗传变异。结果表明 :种内不同群体间带纹相似度在 0 730～ 0 938之间 ;遗传距离为 0 0 89～ 0 2 45 ;种间不同群体间的带纹相似度为 0 ... 应用RAPD技术 ,分析了采自于我国黄河、长江和珠江三大水系中游的大鳞副泥鳅和泥鳅不同群体间的遗传变异。结果表明 :种内不同群体间带纹相似度在 0 730～ 0 938之间 ;遗传距离为 0 0 89～ 0 2 45 ;种间不同群体间的带纹相似度为 0 392～ 0 5 0 5 ,遗传距离为 0 6 2 0～ 0 80 0。两种泥鳅采自武汉的群体 ,其不同个体间的相似度较之其它群体为低 ,表明其群体内遗传变异程度较高。 展开更多

关键词 泥鳅 大鳞副泥鳅 群体遗传变异 RAPD

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广东地区宽鳍鱲种群遗传变异和亲缘地理 被引量：15

10

作者 梁晓旭 庆宁 +3 位作者 杨柯林 万彩霞 赵俊 陈湘粦 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期806-814,共9页

通过分析88尾采自广东境内9条水系的宽鳍鱲(Zacco platypus)线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(Cytb)基因全序列,初步研究其种群遗传变异和地理格局。所测定的Cytb基因全序列长1140bp,其中变异位点98个,简约信息位点75个。共检测到33个单倍型,... 通过分析88尾采自广东境内9条水系的宽鳍鱲(Zacco platypus)线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(Cytb)基因全序列,初步研究其种群遗传变异和地理格局。所测定的Cytb基因全序列长1140bp,其中变异位点98个,简约信息位点75个。共检测到33个单倍型,除鉴江种群只有1个单倍型外,其余8条水系均有多个单倍型。北江、流溪河、鉴江、北流河和罗定江等5个种群有共享单倍型Hap11,罗定江和北流河之间共享了单倍型Hap4,东江与流溪河共享Hap6,而韩江和榕江共享单倍型Hap29。种群单倍型多样性的平均值(h)为0.908,核苷酸多样性的平均值(π)为0.01961,表现出较高的遗传多样性。系统发育分析(NJ树)显示,宽鳍鱲种群33个单倍型可分为2个分支,其中来自珠江水系(北江、东江、流溪河、罗定江和北流河)和广东西部独立入海水系(鉴江和漠阳江)的宽鳍鱲种群聚为一支(分支A),广东东部独立入海水系(韩江和榕江)种群聚为另外一支(分支B)。2分支间的遗传距离和碱基差异率均较高(0.0517—0.0549,5.35%—6.49%),明显大于分支A内(0.0012—0.0099,0.26%—2.11%)和分支B内的值(0.0027,1.58%),但远小于宽鳍鱲与外类群间的遗传距离和碱基差异率(0.0945—0.1912,8.77%—17.11%)。这表明分支A与B之间已有明显的遗传分化,但分化程度未达到物种级水平。韩江和榕江的种群相对独立,推测可能与莲花山脉的阻隔有关。根据单倍型网络图推测,流溪河可能是广东中西部地区宽鳍鱲的扩散中心,分别向珠江水系的西江、北江和东江扩散,再向鉴江和漠阳江扩散;另外由扩散中心经东江到榕江再向韩江扩散。分子变异分析(AMOVA)表明,种群间的遗传变异占38.50%,种群内的遗传变异占66.24%。中性检验和歧点分布分析皆表明广东境内9条水系的宽鳍鱲在整个种群上保持相对稳定,没有发生明显的种群扩张。 展开更多

关键词 宽鳍鱲 CYTB 种群变异 亲缘地理

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利用线粒体COI和微卫星标记分析文蛤7个地理群体的遗传变异 被引量：15

11

作者 李宏俊 张晶晶 +4 位作者 袁秀堂 张安国 柳圭泽 邵魁双 王立俊 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期499-507,共9页

利用线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)和微卫星标记分析了文蛤7个地理群体(朝鲜新义州,辽宁丹东、蛤蜊岗和盘山,山东东营,江苏如东和启东)的遗传多样性和群体分化。PCR扩增获得142条602 bp的COI核苷酸片段,比对到13个变异位点,包括11个... 利用线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)和微卫星标记分析了文蛤7个地理群体(朝鲜新义州,辽宁丹东、蛤蜊岗和盘山,山东东营,江苏如东和启东)的遗传多样性和群体分化。PCR扩增获得142条602 bp的COI核苷酸片段,比对到13个变异位点,包括11个转换和2个颠换,定义了22个单倍型,共享单倍型12个,新义州、丹东和启东群体分别拥有特有单倍型。单倍型多样性最高的是如东群体(h=0.900),最低的是东营群体(h=0.600);核苷酸多样性最高的是丹东群体(π=0.00350),最低的是蛤蜊岗群体(π=0.00115)。基于COI数据的Fu's Fs中性检验和核苷酸不配对分析揭示文蛤种群历史上曾经历过群体扩张事件。分子变异分析(AMOVA)表明,群体内遗传变异占71.64%,群体间遗传变异占28.36%,群体间发生显著的遗传分化(P<0.05)。7个微卫星标记扩增280个个体共获得54个等位基因,平均等位基因数为7.7个,平均观测杂合度和期望杂合度分别为0.3878和0.7996。江苏群体具有较高的遗传多样性,但7个群体间遗传多样性不存在显著差异(Kruskal-Wallis检验,P>0.05)。Hardy-Weinberg平衡检验结果显示49个群体-位点组合中有18个偏离平衡(P<0.05),表现为杂合子缺失。单倍型邻接(NJ)树显示聚类未展示地域性特色,但某几个同一或者相近地理群体的单倍型具有聚类现象(如东和启东部分单倍型出现地理聚类)。依据群体间遗传距离以Kimura 2-parameter为模型建立UPGMA系统发育树,显示丹东群体和江苏的如东和启东群体聚为一支,暗示江苏苗种的异地养殖已经污染丹东文蛤的遗传背景。 展开更多

关键词 文蛤 群体遗传变异 细胞色素氧化酶亚基I 微卫星 增殖放流

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林木群体遗传资源可持续经营探讨Ⅰ.有关群体遗传变异信息理论分析 被引量：2

12

作者 胡新生 邬荣领 韩一凡 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2000年第3期301-307,共7页

森林可持续经营问题逐渐成为人们关注的焦点 ,而林木群体遗传资源的可持续经营则是其中的重要内容。群体遗传变异信息对群体遗传资源可持续经营具有至关重要的指导作用 ,有关的信息涉及到交配系统、起源与形成历史、群体空间分布形成方... 森林可持续经营问题逐渐成为人们关注的焦点 ,而林木群体遗传资源的可持续经营则是其中的重要内容。群体遗传变异信息对群体遗传资源可持续经营具有至关重要的指导作用 ,有关的信息涉及到交配系统、起源与形成历史、群体空间分布形成方式、遗传结构变异分布、地理变异、遗传与环境互作等。这些信息可以用分子标记和适应性数量性状变异来检测。依据这些综合信息可以制定出科学的群体遗传资源保护决策。 展开更多

关键词 可持续经营 群体遗传变异 分子标记

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我国近岸多室草苔虫(Bugula neritina)的群体遗传分化研究 被引量：1

13

作者 李海 刘巧红 +2 位作者 唐雪颖 陈武个 丁少雄 《海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第10期90-100,共11页

基于线粒体控制区序列和SLAF-seq,对重要药源生物多室草苔虫的群体遗传分化水平开展了研究。控制区序列中检测到8个单倍型,单倍型多样性(h)和核苷酸多样性(π)分别为0.130 7和0.000 7,单倍型网络图和NJ系统进化树的结构都较简单,无明显... 基于线粒体控制区序列和SLAF-seq,对重要药源生物多室草苔虫的群体遗传分化水平开展了研究。控制区序列中检测到8个单倍型,单倍型多样性(h)和核苷酸多样性(π)分别为0.130 7和0.000 7,单倍型网络图和NJ系统进化树的结构都较简单,无明显拓扑结构。中性检验和核苷酸不配对分析结果均表明多室草苔虫未经历过大规模群体扩张。Fst和AMOVA分析显示遗传变异主要来自于群体内。SLAF建库共开发得到214 409个SLAF标签,其中多态性SLAF标签23 437个,共开发出99 432个SNP位点。群体间的遗传距离较小,且低于群体内的遗传距离。基于SNP所做的系统发育树和群体遗传结构分析表明,各群体之间没有显著的遗传结构。综上所述,我国沿海多室草苔虫的遗传多样性水平较低,不同地理群体之间不存在显著的遗传结构。多室草苔虫较强的扩散能力是造成上述结果的主要原因。另外,本研究还验证和讨论了SLAF-seq应用在海洋生物群体遗传分化研究中的可行性和优势。 展开更多

关键词 多室草苔虫 群体遗传分化 线粒体DNA SLAF-seq 简化基因组

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中国西南区野生芒居群表型变异研究 被引量：16

14

作者 聂刚 张新全 +2 位作者 黄琳凯 许文志 马迎梅 《草业学报》 CSCD 北大核心 2013年第5期52-61,共10页

生物能源被认为是21世纪最有希望在解决能源危机方面有所作为的能源。芒植株普遍高大、生物质产量高、燃烧品质好,加之其分布广泛、抗逆性强、适宜在广袤的边际土地上种植,成为一种极为理想的生物能源植物。为探明中国西南区野生芒居群... 生物能源被认为是21世纪最有希望在解决能源危机方面有所作为的能源。芒植株普遍高大、生物质产量高、燃烧品质好,加之其分布广泛、抗逆性强、适宜在广袤的边际土地上种植,成为一种极为理想的生物能源植物。为探明中国西南区野生芒居群的表型多态性及表型变异规律,对37个野生居群材料的9个植物学形态特征及产量性状进行了研究。结果表明,11个表型性状在居群间的差异均达到极显著(P<0.01)水平,各性状特征在居群间存在广泛的变异,变异系数由大到小依次为单株产量干重、单株产量鲜重、分蘖数、旗叶长、旗叶宽、叶宽、茎节数、茎节长度、茎粗、株高和叶长。11个性状特征间存在显著的相关性,叶片长而且宽的芒,旗叶长而宽,植株高大,茎秆粗壮,分蘖较少,反之亦然。此外发现分蘖数、株高、叶长3项指标对芒单株产量存在显著正相关(P<0.01),是评价芒单株产量的3项主要指标。9个植物学形态特征可归成为4个主成分因子,累计贡献率达到82.551%,最大程度上反映了所有材料测定的表型特征。采用欧氏距离系统聚类法将37个芒野生居群依据9个植物学形态特征分为3类:植株高大叶片窄长型、植株高大叶片宽长型和植株低矮叶片窄短型。 展开更多

关键词 芒 野生居群 表型特征 变异 生物能源

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