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Smith-Waterman算法OpenMP并行化
被引量：
3
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作者
张瑜
王继东
《自动化技术与应用》
2010年第1期37-40,共4页
基因比对可以实现对海量生物信息的分析和处理,其中Smith-Waterman算法实现的比对信息精确度较高,但是处理速度慢。本文利用共享存储编程的工业标准OpenMP对Smith-Waterman算法进行了并行化实现。在一个拥有四个双核CPU的SMP节点上的测...
基因比对可以实现对海量生物信息的分析和处理,其中Smith-Waterman算法实现的比对信息精确度较高,但是处理速度慢。本文利用共享存储编程的工业标准OpenMP对Smith-Waterman算法进行了并行化实现。在一个拥有四个双核CPU的SMP节点上的测试表明,共享并行化使得该局部比对算法的速度提高了40%。
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关键词
OPENMP
SMITH-WATERMAN算法
并行编程
下载PDF
职称材料
题名
Smith-Waterman算法OpenMP并行化
被引量：
3
1
作者
张瑜
王继东
机构
西北师范大学计算机科学与技术系
出处
《自动化技术与应用》
2010年第1期37-40,共4页
文摘
基因比对可以实现对海量生物信息的分析和处理,其中Smith-Waterman算法实现的比对信息精确度较高,但是处理速度慢。本文利用共享存储编程的工业标准OpenMP对Smith-Waterman算法进行了并行化实现。在一个拥有四个双核CPU的SMP节点上的测试表明,共享并行化使得该局部比对算法的速度提高了40%。
关键词
OPENMP
SMITH-WATERMAN算法
并行编程
Keywords
OpenMP
Smith-Waterman
algorithm
parallel
progamming
分类号
TP312 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
Smith-Waterman算法OpenMP并行化
张瑜
王继东
《自动化技术与应用》
2010
3
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