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免耕水稻土固定CO2自养微生物多样性
被引量：
15
1
作者
钱明媚
肖永良
+1 位作者
彭文涛
曹慧
《中国环境科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2015年第12期3754-3761,共8页
使用^(13)CO_2为标记物,采用稳定性同位素核酸探针(DNA-SIP)技术和微宇宙模拟的方法,对两种南方免耕水稻土中的固定CO_2自养微生物群落结构和多样性进行了研究.实验结果表明,经80d的培养后,从^(13)CO_2标记处理的士样提取的DNA经氯化铯...
使用^(13)CO_2为标记物,采用稳定性同位素核酸探针(DNA-SIP)技术和微宇宙模拟的方法,对两种南方免耕水稻土中的固定CO_2自养微生物群落结构和多样性进行了研究.实验结果表明,经80d的培养后,从^(13)CO_2标记处理的士样提取的DNA经氯化铯密度梯度离心后其浮力密度显著区分于^(12)CO_2对照组表明土壤样品中的固定CO_2自养微生物对CO_2具有同化利用.RT-PCR结果表明两种标记土样DNA密度梯度离心分层的cbbLR基因的拷贝数最高分别为1.36×10~5拷贝/g干土和2.21×10~5拷贝/g干土.克隆文库分析和系统发育分析表明两种土壤中的固定CO_2自养微生物群落结构具有一定差异Bradyrhizobium和Rubriviv二是为FG土壤中的主要类群,占全部克隆数的60.40%和13.86%.而TF土壤的主要类群是Rhodopseudomonas,Rhodospirillum,Methylibium和Variovorax,分别占全部克隆数的20.90%、11.94%,16.42%和10.45%.两种^(13)CO_2标记土样的cbbLR基因文库OTU类型、多样性指数均高于^(12)CO_2对照文库,其群落结构也有明显的变化.因此,免耕水稻土存在高度多样性的二氧化碳固定自养微生物,在农田土壤碳素循环方面具有重要作用.
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关键词
固碳微生物
免耕水稻土
CBB
LR基因
DNA-SIP
PCR-RFLP分析
下载PDF
职称材料
紫色水稻土水稳性团聚体土壤微生物基因组DNA提取方法探讨
被引量：
1
2
作者
罗红燕
谢德体
蒋先军
《水土保持学报》
CSCD
北大核心
2009年第5期223-227,共5页
为了找到提取土壤微生物总DNA的最佳方法,通过OD值检验、凝胶电泳、PCR和DGGE分析,比较了Reddy法、基于DNAout kit试剂盒改进的实验方法、以及Kuske修订法、Edgcomb改进法、SDS高盐提取法、Eichner调整法等常用的不同土壤微生物基因组的...
为了找到提取土壤微生物总DNA的最佳方法,通过OD值检验、凝胶电泳、PCR和DGGE分析,比较了Reddy法、基于DNAout kit试剂盒改进的实验方法、以及Kuske修订法、Edgcomb改进法、SDS高盐提取法、Eichner调整法等常用的不同土壤微生物基因组的DNA提取方法在亚热带地区长期免耕紫色水稻土水稳性团聚体0.25-2.0 mm粒径上的提取效果。结果表明,6种方法都可以从团聚体中提取到长度大于23.1 kb的DNA片段,但不同方法提取的DNA的产量存在明显差异,土壤总DNA均不需纯化就可以用于PCR扩增,使用细菌16S rDNA基因V3区的通用引物可扩增得到相应的片段。研究表明,改进的DNAout kit试剂盒法是长期免耕紫色水稻土水稳性团聚体中微生物基因组DNA的最佳提取方法。
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关键词
免耕紫色土水稻田土壤
微生物DNA提取
方法比较
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职称材料
题名
免耕水稻土固定CO2自养微生物多样性
被引量：
15
1
作者
钱明媚
肖永良
彭文涛
曹慧
机构
南京农业大学生命科学学院
出处
《中国环境科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2015年第12期3754-3761,共8页
基金
国家自然科学基金项目(41371262,40871125)
文摘
使用^(13)CO_2为标记物,采用稳定性同位素核酸探针(DNA-SIP)技术和微宇宙模拟的方法,对两种南方免耕水稻土中的固定CO_2自养微生物群落结构和多样性进行了研究.实验结果表明,经80d的培养后,从^(13)CO_2标记处理的士样提取的DNA经氯化铯密度梯度离心后其浮力密度显著区分于^(12)CO_2对照组表明土壤样品中的固定CO_2自养微生物对CO_2具有同化利用.RT-PCR结果表明两种标记土样DNA密度梯度离心分层的cbbLR基因的拷贝数最高分别为1.36×10~5拷贝/g干土和2.21×10~5拷贝/g干土.克隆文库分析和系统发育分析表明两种土壤中的固定CO_2自养微生物群落结构具有一定差异Bradyrhizobium和Rubriviv二是为FG土壤中的主要类群,占全部克隆数的60.40%和13.86%.而TF土壤的主要类群是Rhodopseudomonas,Rhodospirillum,Methylibium和Variovorax,分别占全部克隆数的20.90%、11.94%,16.42%和10.45%.两种^(13)CO_2标记土样的cbbLR基因文库OTU类型、多样性指数均高于^(12)CO_2对照文库,其群落结构也有明显的变化.因此,免耕水稻土存在高度多样性的二氧化碳固定自养微生物,在农田土壤碳素循环方面具有重要作用.
关键词
固碳微生物
免耕水稻土
CBB
LR基因
DNA-SIP
PCR-RFLP分析
Keywords
carbon
dioxide-fixing
microbes
no
-
tillage
paddy
soil
cbb
LR
gene
DNA-SIP
PCR-RFLP
analysis
分类号
X172 [环境科学与工程—环境科学]
Q938 [生物学—微生物学]
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职称材料
题名
紫色水稻土水稳性团聚体土壤微生物基因组DNA提取方法探讨
被引量：
1
2
作者
罗红燕
谢德体
蒋先军
机构
西南大学资源环境学院
出处
《水土保持学报》
CSCD
北大核心
2009年第5期223-227,共5页
基金
国家自然科学基金项目(40501033)
国家"十一.五"科技支撑计划(2007BAD87B10)
文摘
为了找到提取土壤微生物总DNA的最佳方法,通过OD值检验、凝胶电泳、PCR和DGGE分析,比较了Reddy法、基于DNAout kit试剂盒改进的实验方法、以及Kuske修订法、Edgcomb改进法、SDS高盐提取法、Eichner调整法等常用的不同土壤微生物基因组的DNA提取方法在亚热带地区长期免耕紫色水稻土水稳性团聚体0.25-2.0 mm粒径上的提取效果。结果表明,6种方法都可以从团聚体中提取到长度大于23.1 kb的DNA片段,但不同方法提取的DNA的产量存在明显差异,土壤总DNA均不需纯化就可以用于PCR扩增,使用细菌16S rDNA基因V3区的通用引物可扩增得到相应的片段。研究表明,改进的DNAout kit试剂盒法是长期免耕紫色水稻土水稳性团聚体中微生物基因组DNA的最佳提取方法。
关键词
免耕紫色土水稻田土壤
微生物DNA提取
方法比较
Keywords
no
-
tillage
purple
paddy
soil
Microbial
DNA
extraction
comparison
of
methods
分类号
Q939.96 [生物学—微生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
免耕水稻土固定CO2自养微生物多样性
钱明媚
肖永良
彭文涛
曹慧
《中国环境科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2015
15
下载PDF
职称材料
2
紫色水稻土水稳性团聚体土壤微生物基因组DNA提取方法探讨
罗红燕
谢德体
蒋先军
《水土保持学报》
CSCD
北大核心
2009
1
下载PDF
职称材料
已选择
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