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MLVA和Spoligotyping用于西藏地区216株结核分枝杆菌临床分离株的基因分型研究 被引量:19
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作者 石荔 杨敏 +9 位作者 Christine Pourcel 董海燕 尼玛彭多 张嫒媛 朗珍 吕冰 蒋毅 魏淑贞 范昕建 万康林 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第8期711-718,共8页
目的评价间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及多位点可变数量串联重复序列分析(MLVA)两种分型方法在西藏地区结核病分子流行病学中的应用。方法收集西藏地区结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)临床分离株,应用Spoligotyping及M... 目的评价间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及多位点可变数量串联重复序列分析(MLVA)两种分型方法在西藏地区结核病分子流行病学中的应用。方法收集西藏地区结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)临床分离株,应用Spoligotyping及MLVA两种分型方法进行比较分析。结果共在西藏地区收集到216株结核分枝杆菌临床分离株,采用Spoligotyping分型方法,216株菌可分为3个基因群13种基因型,其中最大的1个基因群即北京家族(Beijing family)含有195株菌,占90.28%。北京家族菌株中,有BCG接种史者占45.64%(89/195),无BCG接种史者占54.36%(106/ 1195),两者间的差异无统计学意义(x^2=0.059,P>0.05)。采用MLVA分型方法,216株菌可分成19个基因群108种基因型,其中80种基因型只有1株菌,占37.03%(80/216),另有136株菌表现出28种基因型,成簇数为28,占62.96%(136/216)。在20个VNTR位点的等位基因多态性发现Miru31位点的多态性最高,多态性指数(h)达到0.77,而Mtub29、Mtub12位点的多态性较差,都低于0.05。其中Mtub02位点可鉴别北京家族和非北京家族,它鉴别的北京家族与Spoligotyping鉴别的北京家族符合率达到100%。结论西藏地区结核分枝杆菌具有明显的接引多态性,其主要流行型为北京家族。北京家族菌株与BCG接种无相关性。应用Spoligotyping和MLVA两种分型方法进行结核病流行病学研究,将提高结核病的流行病学调查和病原学监测效果。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 间隔区寡核苷酸分型 多位点可变数量串联重复序列分析 基因分型
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220株结核分枝杆菌北京临床分离株的基因分型研究 被引量:15
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作者 曹晓慧 刘志广 +3 位作者 赵秀芹 吕冰 张媛媛 万康林 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期412-417,共6页
目的了解结核分枝杆菌北京临床分离株的基因分型种类和特征,为结核病防治研究提供基础科学依据。评价两种分型方法在北京地区结核病分子流行病学中的应用。方法收集北京市结核分枝杆菌临床分离株,应用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping... 目的了解结核分枝杆菌北京临床分离株的基因分型种类和特征,为结核病防治研究提供基础科学依据。评价两种分型方法在北京地区结核病分子流行病学中的应用。方法收集北京市结核分枝杆菌临床分离株,应用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)二种分型方法进行基因分型,结果聚类分析采用BioNu-merics(Version5.0)软件。结果共在北京地区收集到220株结核分枝杆菌临床分离株。采用Spoligotyping分型方法,220株菌可分为2个基因群,即北京家族(Beijing family)和非北京家族(non-Beijing family),20种基因型。其中北京家族含有202株菌,占91.82%。北京家族菌株中,典型北京家族菌株占95.05%(192/202),非典型北京家族占4.95%(10/202)。北京家族菌株的耐药率为22.55%(22/98),非北京家族菌株的耐药率为16.67%(1/6),两者间的差异无统计学意义(fisher analysis,P=0.5835>0.05)。采用MLVA分型方法,202株菌可分成5个基因群59种基因型,主要为Beijing family、China2和China3,分别占91.37%、2.73%和4.55%。结论北京地区结核分枝杆菌具有明显的基因多态性,其主要流行型为北京家族。北京家族菌株与耐药性无明显相关性。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 间隔区寡核苷酸分型 多位点可变数量串联重复序列分析 基因分型
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127株结核分枝杆菌基因分型及耐药相关研究 被引量:1
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作者 刘益萍 庞慧 +4 位作者 万康林 弓艳娥 郭旭霞 王艳霞 刘海灿 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第12期1119-1125,共7页
目的研究山西省长治及周边地区结核分枝杆菌的基因多态性及基因型与耐药的相关性。方法收集结核分枝杆菌临床分离株,运用MLVA方法进行基因分型,对8种抗结核药物分别采用比例法进行药敏试验,应用BioNumerics 5.0软件进行聚类分析。结果 1... 目的研究山西省长治及周边地区结核分枝杆菌的基因多态性及基因型与耐药的相关性。方法收集结核分枝杆菌临床分离株,运用MLVA方法进行基因分型,对8种抗结核药物分别采用比例法进行药敏试验,应用BioNumerics 5.0软件进行聚类分析。结果 15个位点中Mtub21、MIRU26和ETRE多态性较高(HGI>0.6),MIRU40、ETRB、MIRU16、ETRD、MIRU23和ETRC位点多态性较低(HGI<0.3)。127株结核分枝杆菌共分为11个基因群102种基因型,90株为独特型,基因群中Ⅰ群所占比例最大(80.31%)。127株菌株对一线和二线抗结核药物的总耐药率分别为47.24%和23.62%。一线药物中链霉素(40.94%)的耐药率最高,乙胺丁醇(6.30%)最低。二线药物中左氧氟沙星(14.17%)的耐药率最高,丙硫异烟胺(3.15%)最低。链霉素的单耐药率最高(11.81%);耐多药率为21.26%(27/127);广泛耐多药率为3.15%。Ⅰ群菌株的耐药率与其它菌株的差别无统计学意义。结论初步证实山西长治及周边地区的结核分枝杆菌具有明显的多态性,Ⅰ群为主要流行群。结核分枝杆菌对二线药物的敏感性高于一线药物。主要流行菌株Ⅰ群菌株与耐药无明显的相关性。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 基因分型 MLVA 药敏试验
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猕猴桃溃疡病病原菌MLVA分型引物的筛选及验证
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作者 姚令 王海 +5 位作者 黄露 安星宇 陈文 王莉爽 薛原 吴石平 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1188-1198,共11页
【目的】筛选出一组可精准快速地对丁香假单胞菌猕猴桃致病变种(Pseudomonas syringae pv.actinidiae,Psa)进行分型的引物组合。【方法】针对前期文献已报道的34对引物,采用PCR技术验证该34对引物对中国Psa菌株的扩增效率及准确性;利用... 【目的】筛选出一组可精准快速地对丁香假单胞菌猕猴桃致病变种(Pseudomonas syringae pv.actinidiae,Psa)进行分型的引物组合。【方法】针对前期文献已报道的34对引物,采用PCR技术验证该34对引物对中国Psa菌株的扩增效率及准确性;利用模拟PCR获取菌株串联重复(TR)数;以辛普森指数(Simpson’s index,SI)作为筛选引物组合的标准,基于R软件平台,筛选最优引物组合。【结果】34对引物对中国Psa扩增效果均良好,其中TR14与TR11II、TR19与Psa-01引物序列相同;TR8与Psa-08、TR39II与Psa-10、GM-1834与TR10I、GM-1553与TR64II、TR19Psa-01与TR19II扩增同一TR;Psa-09扩增产物串联重复单元长度不唯一,TR2II扩增产物侧翼变异较大,不能通过电泳确定串联重复数;最终确定SI值与全部引物组合相同的最低引物数量为9对,使用该9对引物的组合可将Psa已知的5种生物型准确分开。【结论】TR23/Psa-04、Psa-03、Psa-05、Psa-06、TR10IGM-1834、TR30I、TR1II、Psa-10TR39II、TR64IIGM-1553等9对引物可代表当前文献报道的34对引物,进行Psa分型研究,探索猕猴桃溃疡病的传播和流行规律,为病害防控策略的制定提供科学依据。 展开更多
关键词 丁香假单胞菌猕猴桃致病变种 多位点串联重复序列分析 群体遗传结构 引物 筛选
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北京市某中学结核病聚集性疫情的实验室鉴定结果分析 被引量:1
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作者 余琴 刘海灿 +6 位作者 赵爱兰 李马超 俞南 张爱洁 徐伟 万康林 魏云芳 《疾病监测》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期206-209,共4页
目的 采用实验室检测技术,分析2018年10月至2019年1月在北京市某中学结核病聚集性疫情中分离获得的菌株,为疫情的溯源和学校结核病防控提供一定的科学依据。方法 依据首发患者线索,对其及203名密切接触者实施实验室检测,包括结核抗体检... 目的 采用实验室检测技术,分析2018年10月至2019年1月在北京市某中学结核病聚集性疫情中分离获得的菌株,为疫情的溯源和学校结核病防控提供一定的科学依据。方法 依据首发患者线索,对其及203名密切接触者实施实验室检测,包括结核抗体检测、γ-干扰素检测、痰涂片和痰培养,以及阳性菌株菌种鉴定、分子分型和成簇性分析等实验室研究工作。结果 以结核分枝杆菌实验室培养阳性为金标准,确定包括首发患者在内的共6例结核病确诊病例。在培养阳性组中,免疫学检查显示结核抗体阳性率为50.0%,γ-干扰素阳性率为66.7%。6株阳性菌株提取DNA后,采用多位点PCR菌种鉴定均为结核分枝杆菌,同时经12位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)及间隔区寡核苷酸分型检测分析,结果显示5株为北京基因型,1株无结果。MLVA结果为4株12位点拷贝数完全一致,1株仅在Qub11a位点上相差1.6个拷贝,另外1株在ETR-A位点和MIRU27位点各相差1个拷贝数,其余位点拷贝数均相同。结论 本次实验室鉴定出的6株阳性菌株,均为结核分枝杆菌,其中5株为北京基因型。4株样品菌株间存在较大同源性,存在近期传播可能,但需进一步的测序分析。 展开更多
关键词 结核病 疾病暴发 学生 可变数目串联重复序列分析 间隔区寡核苷酸分型
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中国部分地区159株结核分枝杆菌临床分离株MLVA-19分型分析 被引量:1
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作者 吕冰 刘梅 +3 位作者 李兆娜 刘志广 赵秀芹 万康林 《疾病监测》 CAS 2009年第5期359-362,共4页
目的初步了解中国部分地区结核分枝杆菌临床分离菌株数目可变串联重复序列(variable number of tandem repeats,VNTRs)基因多态性特征。方法采用多位点VNTRs分析(multiple loci VNTRS analysis,MLVA)技术,随机选取159株中国部分地区结... 目的初步了解中国部分地区结核分枝杆菌临床分离菌株数目可变串联重复序列(variable number of tandem repeats,VNTRs)基因多态性特征。方法采用多位点VNTRs分析(multiple loci VNTRS analysis,MLVA)技术,随机选取159株中国部分地区结核分枝杆菌临床分离菌株,PCR和琼脂糖凝胶电泳技术,对结核分枝杆菌的19个VNTRs位点进行检测,用BioNumerics(Version 5.0)软件进行结果分析,数据结果与国际MLVA数据库(http://minisatellites.u-psud.fr)比对,初步分析结核分枝杆菌DNA多态性特征。结果159株菌株大致被分成4个主要的簇,其中73.8%的菌株为北京家族菌株,其次为H37Rv相似菌株及在数据库中没有比对结果的一簇,这一簇的MLVA特点是ETRD>3,MIRU10、MIRU27、MIRU39、MIRU40及Mtub21位点结果为22221,与其他簇的菌株结果有比较明显的区别。可能是中国特有的菌株。另外发现与BCG相似的一簇。结论本次研究中的中国结核分枝杆菌具有明显的VNTR基因多态性,主要流行菌株为北京家族菌株,可能存在中国特异的VNTR基因型。BCG临床分离株的发现,提示BCG疫苗相关病例可能成为值得关注的卫生问题。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 多位点数目可变串联重复序列分析 基因分型 卡介苗
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