兰州大尾羊mtDNA D-loop和Cytb区序列分析与多态性研究 被引量：11

1

作者 李栋元 李景云 +4 位作者 杨具田 臧荣鑫 李贞子 严建鹏 武春丽 《中兽医医药杂志》 2011年第5期14-17,共4页

利用mtDNA序列分析技术对20只兰州大尾羊遗传多态性进行分析,兰州大尾羊mtDNA D-loop区序列长度为1 210 bp,碱基组成分析发现,A、T、G、C碱基含量分别为29.0%、32.3%、23.5%、15.2%,其中A+T为61.3%,G+C为38.7%,G+C含量明显低于A+T。通... 利用mtDNA序列分析技术对20只兰州大尾羊遗传多态性进行分析,兰州大尾羊mtDNA D-loop区序列长度为1 210 bp,碱基组成分析发现,A、T、G、C碱基含量分别为29.0%、32.3%、23.5%、15.2%,其中A+T为61.3%,G+C为38.7%,G+C含量明显低于A+T。通过对兰州大尾羊线粒体DNA D-loop区的碱基突变和同源性比较分析得出兰州大尾羊D-loop区核苷酸多样度(Nucleotide diversity)Pi为0.037 85,7只兰州大尾羊来自3个不同母本。兰州大尾羊mtDNA Cytb区序列长度为1 580 bp,其中A、T、G、C碱基含量分别为27.2%、33.7%、26.7%、12.4%;A+T为60.9%,G+C为39.1%,G+C含量明显低于A+T。应用计算机软件DNAsp4.10进行单倍型分析,17个兰州大尾羊个体mtDNA Cytb区序列共发现了12个单倍型(Haplotype),其中第1号和第10号、第2号和第5号共用一种单倍型,单倍型比例在兰州大尾羊群体中较高,遗传多态性较低。 展开更多

关键词 兰州大尾羊 线粒体DNA D-LOOP 线粒体DNA cytb 多态性

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深县猪mtDNA CytB基因的遗传多样性与母系起源研究 被引量：5

2

作者 刘津 贾青 +2 位作者 胡慧艳 侯胜奎 张婧 《家畜生态学报》 北大核心 2020年第1期14-18,共5页

为探讨深县猪群体内的遗传多样性及母系起源分化,采用PCR直接测序法测定了40头深县猪的mtDNA CytB基因长1 140 bp片段的全序列,并结合GenBank已公布的15个猪种mtDNA CytB基因全序列,采用邻接法构建深县猪、部分其他地方猪种和引进猪种... 为探讨深县猪群体内的遗传多样性及母系起源分化,采用PCR直接测序法测定了40头深县猪的mtDNA CytB基因长1 140 bp片段的全序列,并结合GenBank已公布的15个猪种mtDNA CytB基因全序列,采用邻接法构建深县猪、部分其他地方猪种和引进猪种的系统发育树。结果显示,在1 140 bp长的序列中A、T、G、C的含量分别为25.93%、31.72%、28.90%及13.45%,其中A+T的含量(57.65%)高于G+C的含量(42.35%);共发现2个变异位点,无插入和缺失突变,全部为转换位点,其中简约信息位点2个,未发现单一信息位点。40条序列共定义了3种单倍型,单倍型多样性(HD)为0.312,核苷酸多样性(Pi)为0.00026,平均核苷酸差异数(K)为0.327。在深县猪mtDNA CytB基因全序列NJ进化树中,三种单倍型聚为同一分支,母系来源单一,与莱芜猪、大蒲莲猪等山东品种遗传距离较近。结果表明,深县猪群体内遗传多样性比较贫乏,与山东地区的华北型黑猪种群有更近的亲缘关系。 展开更多

关键词 深县猪 mtdna cytb 遗传多样性

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喀喇昆仑-帕米尔地区牦牛mtDNA Cytb遗传多样性及系统发育分析 被引量：3

3

作者 李静 王莉 +4 位作者 道敏 胡平 肖逸 韩建林 王玉涛 《生物技术进展》 2019年第5期509-517,共9页

牦牛是喀喇昆仑-帕米尔地区重要的畜种资源,而关于该区域牦牛遗传多样性和系统进化的研究鲜有报道。对喀喇昆仑-帕米尔地区牦牛mtDNA Cytb基因进行遗传多样性分析,结果表明:mtDNA Cytb基因全长为1 140 bp,其中T、C、A和G碱基的平均含量... 牦牛是喀喇昆仑-帕米尔地区重要的畜种资源,而关于该区域牦牛遗传多样性和系统进化的研究鲜有报道。对喀喇昆仑-帕米尔地区牦牛mtDNA Cytb基因进行遗传多样性分析,结果表明:mtDNA Cytb基因全长为1 140 bp,其中T、C、A和G碱基的平均含量分别为26.2%、29.0%、31.7%、13.1%,其中A+T碱基含量(57.9%)大于C+G碱基的含量(42.1%),存在碱基的偏倚性;共检测出10个多态位点,5个单倍型,变异类型仅有转换;检测的平均单倍型多样性0.599±0.00123,平均核苷酸差异性3.363,平均核苷酸多样性0.002 59。基于国内牦牛群体构建系统发育树表明:喀喇昆仑-帕米尔地区牦牛与野牦牛亲缘关系较近,与巴州牦牛亲缘关系较远;利用GenBank已提交的牦牛和牛亚科代表物种序列,选用最大似然法构建系统发育树,结果表明牦牛与美洲野牛亲缘关系较近,与普通牛亲缘关系较远。 展开更多

关键词 喀喇昆仑-帕米尔地区 牦牛 mtdna cytb 遗传多样性 系统进化

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3个罗非鱼品系的线粒体DNA遗传多态性研究 被引量：2

4

作者 苏小华 张永德 +2 位作者 谭乃琮 李莉萍 林勇 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期123-125,共3页

应用mtDNA标记技术对3个罗非鱼品种(系)(吉富品系尼罗罗非鱼、美国品系尼罗罗非鱼、埃及品系尼罗罗非鱼)的DNA多态性进行研究,研究结果如下:(1)测定3个品种的罗非鱼mtDNA Cytb基因的一段长为435 bp的序列,发现2个碱基发生转换,1个氨基... 应用mtDNA标记技术对3个罗非鱼品种(系)(吉富品系尼罗罗非鱼、美国品系尼罗罗非鱼、埃及品系尼罗罗非鱼)的DNA多态性进行研究,研究结果如下:(1)测定3个品种的罗非鱼mtDNA Cytb基因的一段长为435 bp的序列,发现2个碱基发生转换,1个氨基酸被替换;(2)将3个品种的罗非鱼mtDNA Cytb基因部分序列与马氏蛰丽鱼、迪氏康尼丽鱼、洛氏帚齿非鲫、加利略帚齿非鲫、彩虹鲷、莫桑比克共9个个体的mtDNA Cytb基因进行同源序列分析,系统关系可表示为:﹝(尼罗罗非鱼,莫桑比克罗非鱼),马氏蛰丽鱼﹞,这与传统的分类学结果一致。 展开更多

关键词 罗非鱼 mtdnacytb 遗传多样性

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三大不同品种马mtDNA Cytb基因PCR-RFLP分析 被引量：16

5

作者 李金莲 石有斐 +1 位作者 布仁其其格 芒来 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第8期933-938,共6页

用BamHⅠ、TaqⅠ、HaeⅢ、RsaⅠ和HincⅡ5种限制性内切酶通过PCR-RFLP技术检测了包括引入品种、培育品种和地方品种的6个类型(纯血马、三河马、乌珠穆沁马、锡尼河马、乌审马和矮马)共256匹马的mtDNACytb基因部分序列多态性。用8%非变... 用BamHⅠ、TaqⅠ、HaeⅢ、RsaⅠ和HincⅡ5种限制性内切酶通过PCR-RFLP技术检测了包括引入品种、培育品种和地方品种的6个类型(纯血马、三河马、乌珠穆沁马、锡尼河马、乌审马和矮马)共256匹马的mtDNACytb基因部分序列多态性。用8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳将酶切产物分离,并用银染法显色。结果BamHⅠ和TaqⅠ表现出多态,5种酶共检测到7种态型,归纳为3种单倍型,以单倍型Ⅰ和Ⅲ为主体单倍型,但通过一个特殊的酶型BamHⅠ-B分析推测所研究的马可能起源于一个母系祖先。 展开更多

关键词 限制性内切酶 PCR-RFLP 马mtdna cytb基因 多态性

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多重位点特异性PCR快速检测牛肉中常见掺假动物源性成分 被引量：13

6

作者 李盈诺 王艳双 +5 位作者 苑广信 孙丽媛 艾金霞 冯源 李明成 张丽华 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2019年第24期82-87,共6页

目的:基于动物线粒体cytb基因的多态性位点,建立一种特异性多重PCR体系检测牛肉、猪肉和鸡肉的方法。方法:提取肉类的基因组DNA,利用不同物种mtDNA cytb基因序列的SNP位点的差异,设计特异性引物。进行多重PCR扩增,利用扩增产物片段大小... 目的:基于动物线粒体cytb基因的多态性位点,建立一种特异性多重PCR体系检测牛肉、猪肉和鸡肉的方法。方法:提取肉类的基因组DNA,利用不同物种mtDNA cytb基因序列的SNP位点的差异,设计特异性引物。进行多重PCR扩增,利用扩增产物片段大小不同,检测牛肉中常见的掺假动物源性成分。通过灵敏性试验,确定最低检测量。结果:实验设计的引物特异性良好,在同一反应体系中,在同一退火温度52℃条件下,牛肉DNA扩增后产生149 bp的特异性条带,猪肉DNA扩增片段为261 bp,鸡肉DNA扩增片段为554 bp,未发生非特异性扩增。且检测的最低浓度达到100 pg/μL,具有高度的灵敏性和适用性。结论:根据动物线粒体cytb基因的差异性位点,开发的多重PCR体系,可一次性地同时检测牛肉、猪肉和鸡肉,可快速、灵敏、高通量地分析食品中掺假动物成分的来源。 展开更多

关键词 mtdna cytb基因 SNP位点 牛肉 多重PCR 肉类掺假 动物源性成分

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中国5个家驴品种mtDNA Cytb基因遗传多样性及起源 被引量：6

7

作者 张云生 王小斌 +2 位作者 雷初朝 邓婵娟 陈宏 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期9-11,38,共4页

对中国5个家驴品种89个个体mtDNA Cytb基因的全序列进行分析,共检测到26种单倍型30个多态位点,其单倍型多样度为0.722-0.826,核苷酸多样度为0.0042-0.0050,表明中国家驴的遗传多态性丰富。构建的NJ系统发育树表明,中国家驴有2个母系起... 对中国5个家驴品种89个个体mtDNA Cytb基因的全序列进行分析,共检测到26种单倍型30个多态位点,其单倍型多样度为0.722-0.826,核苷酸多样度为0.0042-0.0050,表明中国家驴的遗传多态性丰富。构建的NJ系统发育树表明,中国家驴有2个母系起源即索马里和努比亚支系。 展开更多

关键词 中国家驴 mtdna cytb基因 遗传多样性 起源

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基于mtDNA Cytb基因的马可·波罗盘羊遗传多样性与起源进化分析 被引量：6

8

作者 肖逸 王孟文 +3 位作者 张秀英 古丽扎尔·阿不都克力木 韩建林 王玉涛 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2021年第5期1681-1690,共10页

为进一步明确马可·波罗盘羊(Ovis ammon polii)与家养绵羊的遗传进化关系,本试验提取20只马可·波罗盘羊的基因组DNA,并对其线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(Cytb)基因进行PCR扩增,下载GenBank中野生绵羊和家养绵羊的mtDNA Cytb基... 为进一步明确马可·波罗盘羊(Ovis ammon polii)与家养绵羊的遗传进化关系,本试验提取20只马可·波罗盘羊的基因组DNA,并对其线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(Cytb)基因进行PCR扩增,下载GenBank中野生绵羊和家养绵羊的mtDNA Cytb基因序列,利用邻接法(Neighbor-Joining,NJ)构建系统发育树,以阐明野生绵羊和家养绵羊遗传多样水平与起源进化关系。结果显示,马可·波罗盘羊mtDNA Cytb基因全长1140 bp,富含A、T碱基,含量为58.3%,存在10个单倍型,平均单倍型多样性(Hd)为0.884;存在122个SNPs位点,占核苷酸总数的2.35%,其中单一多态位点2个,简约信息位点120个,均为两碱基突变,转换发生的频率远远高于颠换;平均核苷酸多样性(pi)为0.02090;平均核苷酸差异性(K)为23.826,表明马可·波罗盘羊mtDNA Cytb区单倍型和核苷酸遗传多样性丰富。系统发育分析显示,野生绵羊分为明显的三支,其中马可·波罗盘羊单独形成一支,且与盘羊西藏亚种遗传距离最近,与天山盘羊、蒙古盘羊遗传距离最远,而家养绵羊与摩弗仑羊亲缘关系较近,与盘羊亲缘关系较远。以上结果表明盘羊对家养绵羊起源进化贡献较低,支持摩弗仑羊可能是家养绵羊野生祖先的观点。 展开更多

关键词 马可·波罗盘羊 mtdna cytb基因 遗传多样性 系统进化

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角雉属分类地位的探讨 被引量：5

9

作者 文陇英 阮禄章 刘迺发 《动物分类学报》 CSCD 北大核心 2006年第3期467-474,共8页

角雉属Tragopan两性羽色不同,雄性具有艳丽的装饰性羽毛,这与一般雉族Phasianini相似;而尾较翅为短,尾羽的换羽从中央到外侧,这些特征又与鹑族Perdicini各属相同,形态特征上角雉属被划为鹑族。通过PCR扩增鸡形目Galliformes黄腹角雉Trag... 角雉属Tragopan两性羽色不同,雄性具有艳丽的装饰性羽毛,这与一般雉族Phasianini相似;而尾较翅为短,尾羽的换羽从中央到外侧,这些特征又与鹑族Perdicini各属相同,形态特征上角雉属被划为鹑族。通过PCR扩增鸡形目Galliformes黄腹角雉Tragopancaboti等10个属19个个体的线粒体DNA细胞色素b的部分基因,获取片段长度为828bp,以及从GenBank获取22种样本的相应序列,以角叫鸭Anhimacornuta和海龟Kachugadhongoka为外群,分别用邻接法(Neighbor-joining,NJ)和最小进化法(Minimum-evolution,ME),对鸡形目和将雉科的15个属分为5个属及雉族和鹑族构建分子系统树,NJ和ME系统树中,都是角雉与雉类相聚。角雉出现形态解剖与基因分析分类地位的不一致,说明雉和鹑可能不是单系群。同时我们认为雌雄的色泽区别比尾羽的长短和换羽方式在对雉和鹑形态特征分类时更为重要。从分子水平分析的结果都是角雉属与雉聚类。因此角雉归为雉族更合理。 展开更多

关键词 雉科 角雉 细胞色素B 雉族 分类地位

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四纹豆象不同地理种群的遗传分化 被引量：8

10

作者 顾杰 毛雅琴 +3 位作者 王莉萍 许佳君 张愚 杜予州 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第12期1349-1355,共7页

【目的】通过对四纹豆象Callosobruchus maculatus Fabricius不同地理种群mtDNA-Cytb和COⅠ基因部分序列进行比较,分析其不同地理种群间的遗传分化情况,为揭示其与生物入侵的关系及入侵过程中种群系统发育地理格局与演变机制提供依据。... 【目的】通过对四纹豆象Callosobruchus maculatus Fabricius不同地理种群mtDNA-Cytb和COⅠ基因部分序列进行比较,分析其不同地理种群间的遗传分化情况,为揭示其与生物入侵的关系及入侵过程中种群系统发育地理格局与演变机制提供依据。【方法】用PCR产物直接测序法对分别来自中国海南、喀麦隆、韩国和泰国的四纹豆象4个地理种群的mtDNA-Cytb和COⅠ序列进行测序,运用软件MEGA3.1对四纹豆象不同地理种群mtDNA-Cytb和COⅠ序列进行序列分析,以绿豆象C.chinensis为外群构建了不同单倍型的分子系统树。【结果】34条420bpCytb序列中共检测到14个多态位点和5种单倍型,33条822bpCOⅠ序列中检测到28个多态位点和9种单倍型,其中4种单倍型为独享单倍型,其余为全部或部分种群的共享单倍型。AMOVA分析结果显示,四纹豆象4个地理种群间的遗传结构差异并不明显,遗传差异主要发生在地理种群内。对4个地理种群进行了Fst值和基因流动统计,结果表明4个地理种群间既存在着一定数量的基因交流,也存在一定程度的遗传分化。【结论】根据单倍型分布格局初步推测,中国不可能是四纹豆象的原产地,而喀麦隆有可能是原产地之一,并且喀麦隆种群与泰国种群之间的基因交流比较充分,而中国种群与其他种群之间的遗传分化相对较大。 展开更多

关键词 四纹豆象 mtdna-cytb mtdna-COⅠ 单倍型 地理种群 遗传分化

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伪威氏按蚊mtDNA-Cytb基因群体遗传学研究 被引量：2

11

作者 刘茜 武松 +6 位作者 汤林华 周水森 黄芳 潘嘉云 王学忠 杨曼尼 卓玛央金 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第12期1071-1074,共4页

目的探讨不同地理区域伪威氏按蚊的群体遗传结构与差异,发现伪威氏按蚊的群体遗传与进化规律。方法对云南、西藏和缅甸伪威氏按蚊,采用mtDNA-Cytb基因进行群体遗传分析;测序结果以Chromas(Version 2.13)进行核对,序列比对采用ClustalX进... 目的探讨不同地理区域伪威氏按蚊的群体遗传结构与差异,发现伪威氏按蚊的群体遗传与进化规律。方法对云南、西藏和缅甸伪威氏按蚊,采用mtDNA-Cytb基因进行群体遗传分析;测序结果以Chromas(Version 2.13)进行核对,序列比对采用ClustalX进行,MEGA软件包统计序列特征,运用ARLEQUIN(Version 3.0)统计和计算各群体的基因序列碱基分化参数;群体遗传结构由ARLEQUIN的AMOVA模块计算群体间的分化参数Fst(F-statistics)、基因流水平Nm(Nm=1-Fst/4Fst)等指标;TCS 1.21计算群体中的单倍型并构建单倍型间的家系网络图;MEGA软件构建单倍型之间的系统聚类树。结果伪威氏按蚊mtDNA-Cytb基因均各扩增出单一清晰的目的条带;mtDNA-Cytb基因分子标志的TCS单倍型家系网络图显示高水平平行演化;单倍型NJ聚类未显示出聚类关系与地理距离之间的相关性;AMOVA分析发现群体内差异远远大于群体间差异,伪威氏按蚊不同群体2分子标志的Fst和Nm值分别为0.01696,4.168。结论 mtDNA-Cytb基因可以作为研究按蚊群体遗传结构的理想分子标志;伪威氏按蚊群体间交流频繁,目前尚未发生群体分化。 展开更多

关键词 伪威氏按蚊 群体遗传 mtdna-cytb

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