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基于MFCC方法计算表皮生长因子受体与4-苯胺基喹唑啉结合的量子力学机制
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作者 刘金峰 王雅倩 +1 位作者 张增辉 何晓 《中国科技论文》 CAS 北大核心 2016年第18期2050-2056,共7页
基于最近发展的分子碎片共轭帽(molecular fractionation with conjugate caps,MFCC)方法,表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)与其抑制剂的相互作用能得以用完整的量子力学来计算,主要包括上市的Iressa[第一代美... 基于最近发展的分子碎片共轭帽(molecular fractionation with conjugate caps,MFCC)方法,表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)与其抑制剂的相互作用能得以用完整的量子力学来计算,主要包括上市的Iressa[第一代美国食品及药物管理局(Food and Drug Administration,FDA)通过的药物]和4-苯胺基喹唑啉类抑制剂Tarceva(已上市)、CI-1033与EKI-785。对EGFR的完整体系(超过5 000个原子)与4-苯胺基喹唑啉类抑制剂之间的结合作用采用了量子力学计算方法。结合体系的量子能量计算,用Hartree-Fock与密度泛函理论(density functional theory,DFT)2种方法,EGFR与Tarceva之间的相互作用能基于它们两者复合物的晶体结构得到,而其他抑制剂与EGFR的相互作用能则通过分子对接软件预测的构型进行计算。利用MFCC方法,获得了量子相互作用能谱,清楚地给出了EGFR每个氨基酸片段与4-苯胺基喹唑啉类抑制剂之间的单个相互作用能。量子研究发现,4-苯胺基喹唑啉类抑制剂与EGFR的结合通过1个氢键和静电相互作用。Iressa、Tarceva、CI-1033、EKI-785与EGFR的结合能计算值分别为-40.23、-53.09、-33.92、-31.47kcal/mol(1cal=4.184J)。研究表明,Tarceva比第一代FDA通过的药物Iressa有更强的结合能力,而CI-1033、EKI-785则表现出一般的结合作用,另外,与MFCC计算的相互作用能谱相比,有一些相互作用在力场作用能谱中被明显高估。 展开更多
关键词 物理化学 理论与计算化学 分子碎片共轭帽 4-苯胺基喹唑啉类抑制剂 表皮生长因子受体 量子相互作用能
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蛋白质静电势的量子化学计算
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作者 时术华 《山东建筑大学学报》 2010年第2期154-157,共4页
运用分子碎片共轭帽基团II方法进行了多肿瘤抑制基因P16的静电势和电荷密度的全量子力学计算。计算使用了Gaussian03程序包,在B3LYP/6-31G*水平上进行,计算提供了P16基因106个格点上的静电势和电荷密度的量子力学结果。计算的成功对与P1... 运用分子碎片共轭帽基团II方法进行了多肿瘤抑制基因P16的静电势和电荷密度的全量子力学计算。计算使用了Gaussian03程序包,在B3LYP/6-31G*水平上进行,计算提供了P16基因106个格点上的静电势和电荷密度的量子力学结果。计算的成功对与P16有关的癌症的抑制提供非常有用的指导。 展开更多
关键词 物理化学 多肿瘤抑制基因 分子碎片共轭帽基团Ⅱ方法 静电势 电荷密度
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