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中国家鸡的起源探讨 被引量：32
1
作者 傅衍 牛冬 +3 位作者 罗静 阮晖 何国庆 张亚平 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第5期411-417,共7页
测定了６个家鸡品种３０个个体的线粒体Ｄ－环区５３９ｂｐ的碱基序列，并与ＧｅｎＢａｎｋ中的红原鸡、灰原鸡、绿原鸡、黑尾原鸡及鹌鹑的相应序列作比较分析，构建了分子系统树。结果表明，原鸡属４个种间差异较大，其中家鸡与泰国及... 测定了６个家鸡品种３０个个体的线粒体Ｄ－环区５３９ｂｐ的碱基序列，并与ＧｅｎＢａｎｋ中的红原鸡、灰原鸡、绿原鸡、黑尾原鸡及鹌鹑的相应序列作比较分析，构建了分子系统树。结果表明，原鸡属４个种间差异较大，其中家鸡与泰国及邻近地区红原鸡关系最近，与印尼红原鸡、黑尾原鸡、灰原鸡、绿原鸡及鹌鹑的关系依次变远。提示中国家鸡可能起源于泰国及邻近地区的红原鸡。结果还显示，该地区红原鸡的两个亚种（Ｇ．ｇ．ｇａｌｌｕｓ和Ｇ．ｇ．ｓｐａｄｉｃｅｕｓ）间的遗传分化程度显著低于家鸡亚种内的分化程度，这两个亚种似乎可以归为同一亚种。 展开更多
关键词 家鸡 原鸡 线粒体D-环区序列 亲缘关系
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根据mtDNAD-loop序列分析东海银鲳群体遗传多样性 被引量：15
2
作者 彭士明 施兆鸿 +1 位作者 陈超 侯俊利 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期28-32,共5页
根据线粒体D-loop序列对舟山群岛附近海域的银鲳(Pampus argenteus)群体(n=24)的遗传多样性进行了研究。通过PCR技术对线粒体D-loop序列进行扩增,获得大小约为500bp的扩增产物。PCR产物经纯化并进行序列测定后,得到了357bp的核苷酸片段... 根据线粒体D-loop序列对舟山群岛附近海域的银鲳(Pampus argenteus)群体(n=24)的遗传多样性进行了研究。通过PCR技术对线粒体D-loop序列进行扩增,获得大小约为500bp的扩增产物。PCR产物经纯化并进行序列测定后,得到了357bp的核苷酸片段。在24个个体中,共检测到14个变异位点,其中8个转换位点,5个颠换位点,1个转换与颠换同时存在的位点。运用MEGA软件计算出不同个体间的遗传距离,并根据其遗传距离构建了UPGMA和NJ系统树。DNASP软件计算出的单倍型多样性(h)、核苷酸多样性(π)及平均核苷酸差异数(k)分别为0.89、0.007与2.57。此外,岐点分布及中性检验显示,东海银鲳群体在历史上可能经历过种群扩张。研究结果表明,线粒体D-loop基因可用于银鲳群体内及群体间遗传多样性的分析。 展开更多
关键词 银鲳(Pampus argenteus) 东海 线粒体DNA D-loop序列
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鳙长江中下游群体的D-loop序列遗传分析
3
作者 傅建军 朱文彬 +2 位作者 罗明坤 王兰梅 董在杰 《上海海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期521-532,共12页
为了探究长江中下游鳙的种质遗传现状,该研究收集了石首(SS)、长沙(CS)、瑞昌(RC)、扬州(YZ)和张家港(ZJG)的长江种群(YR,219尾),对其D-loop序列进行检测分析,并结合NCBI下载整理的珠江种群(PR,213尾)和北美种群(NA,33尾)开展比较研究... 为了探究长江中下游鳙的种质遗传现状,该研究收集了石首(SS)、长沙(CS)、瑞昌(RC)、扬州(YZ)和张家港(ZJG)的长江种群(YR,219尾),对其D-loop序列进行检测分析,并结合NCBI下载整理的珠江种群(PR,213尾)和北美种群(NA,33尾)开展比较研究。结果显示,在YR、PR和NA的D-loop序列中分别检测到35、96和11个变异位点,并分别界定37、62和3个单倍型。在长江中下游的5个鳙群体中,单倍型多样性(H_(d))为0.798~0.897,核苷酸多样性(π)为0.00338~0.00653。长江中下游5个鳙群体间,RC与ZJG(F_(ST)=0.012)和CS与YZ(F_(ST)=0.018)的遗传分化不显著,其余群体间均存在显著遗传分化(F_(ST)为0.031~0.125);群体间检测到不同程度的基因流(N_(m)为3.509~39.993)。基于单倍型网络分析,长江中下游的鳙D-loop序列单倍型存在多个分支,并在群体间存在明显的共享;YR和PR的中心单倍型存在广泛共享,PR的特有单倍型均为外围单倍型,并推测NA的形成存在不同的遗传来源。基于中性检验结果,推测PR在历史上经历过种群扩张。研究表明,长江和珠江的鳙种群维持了较高的遗传多样性,可为其种质资源保护和利用奠定物质基础。 展开更多
关键词 鳙 线粒体DNA D-loop序列 种群多样性 遗传分化
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基于线粒体D-loop区序列的4个黄尾鲴养殖群体遗传多样性分析
4
作者 刘士力 陈大伟 +5 位作者 郑建波 程顺 蒋文枰 迟美丽 夏冯博 李飞 《广东农业科学》 CAS 2023年第11期139-145,共7页
【目的】黄尾鲴(Xenocypris davidi)是以腐殖质、有机碎屑为饵料,兼食浮游生物和底栖动物的的淡水经济鱼类,是浙江省自然水域鱼类增殖放流的主要品种之一。了解人工繁育对黄尾鲴遗传多样性的影响,可为自然水域黄尾鲴的增殖放流策略设计... 【目的】黄尾鲴(Xenocypris davidi)是以腐殖质、有机碎屑为饵料,兼食浮游生物和底栖动物的的淡水经济鱼类,是浙江省自然水域鱼类增殖放流的主要品种之一。了解人工繁育对黄尾鲴遗传多样性的影响,可为自然水域黄尾鲴的增殖放流策略设计和实施提供参考。【方法】对浙江长兴、八里店、双浦和湖南醴陵4个黄尾鲴养殖群体的线粒体DNA(mtDNA)D-loop序列进行PCR扩增和测序,通过序列分析研究4个群体的遗传多样性。【结果】黄尾鲴线粒体D-loop序列长度为1038~1093 bp,碱基A+T含量(65.3%)显著高于C+G含量(34.7%),平均转换/颠换比值(TS/TV)为4.6。在128条黄尾鲴的D-loop序列中共检测到101个变异位点,包括97个简约信息位点;界定了19种单倍型,其中长兴、双浦、八里店和醴陵群体的单倍型数目分别为5、12、4和2;单倍型多样性(h)介于0.226~0.915之间,核苷酸多样性(π)介于0.00640~0.01433之间。4个黄尾鲴养殖群体的遗传多样性具有一定差异,不同养殖群体间遗传距离为0.03782~0.88756,遗传分化系数为0.78903(P<0.01),群体内变异占整个遗传变异的21.10%,其中长兴群体和八里店群体的遗传分化系数最低,双浦和醴陵群体的遗传分化系数最高,遗传变异主要发生在群体间。【结论】4个黄尾鲴养殖群体的遗传多样性具有一定差异。黄尾鲴遗传变异和种群结构的信息可为其遗传多样性变化的研究提供参考,有助于黄尾鲴的资源保护。 展开更多
关键词 黄尾鲴 线粒体DNA(mtDNA) D-loop序列 遗传多样性 遗传结构
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基于线粒体DNA控制区序列的极边扁咽齿鱼群体遗传研究
5
作者 杨濯羽 杜岩岩 +4 位作者 卡伟 焦文龙 王太 张艳萍 达虎 《水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期79-87,共9页
极边扁咽齿鱼是黄河上游特有的裂腹鱼类,由于人类活动的加剧,使其野生数量急剧下降,近年来通过增殖放流的方式为野生资源量进行补充。为评价增殖放流过程中人工繁育群体对野生群体的种质资源的影响,笔者利用线粒体DNA控制区(D-loop)序... 极边扁咽齿鱼是黄河上游特有的裂腹鱼类,由于人类活动的加剧,使其野生数量急剧下降,近年来通过增殖放流的方式为野生资源量进行补充。为评价增殖放流过程中人工繁育群体对野生群体的种质资源的影响,笔者利用线粒体DNA控制区(D-loop)序列来探究极边扁咽齿鱼野生和养殖的4个群体遗传多样性、遗传分化及遗传结构的差异。研究结果显示,4个群体均表现出了较高的单倍型多样性(0.950±0.011)和较低的核苷酸多样性(0.00987±0.00041),并且野生群体的单倍型数目、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数均高于人工繁育群体。遗传结构分析结果显示,野生群体与人工繁育群体之间已产生了一定的遗传分化。中性检验表明,2个野生群体可能经历过种群扩张事件。研究结果表明,极边扁咽齿鱼人工繁育群体可能受到亲本数量有限、人工选择等影响,遗传多样性略有降低,有必要定期开展增殖放流效果的评估,并采用科学的人工繁育方法,丰富极边扁咽齿鱼种群的遗传多样性。 展开更多
关键词 极边扁咽齿鱼 线粒体DNA控制区 野生群体 人工繁育群体 遗传多样性
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丝羽乌骨鸡与其它鸡种遗传关系的研究 被引量：16
6
作者 傅衍 牛冬 +2 位作者 阮晖 罗静 张亚平 《中国畜牧杂志》 CAS 北大核心 2002年第1期5-5,共1页
乌骨鸡是著名的药用品种 ,本文通过测定乌骨鸡和其它三种家鸡的线粒体DNAD -环区部分序列来研究其遗传结构与其它鸡种的异同。在所测的 2 0个DNA序列中共检测到 2 4个变异位点 ,变异率为 4.45 % ,说明乌骨鸡与其它鸡种的差异较小。研究... 乌骨鸡是著名的药用品种 ,本文通过测定乌骨鸡和其它三种家鸡的线粒体DNAD -环区部分序列来研究其遗传结构与其它鸡种的异同。在所测的 2 0个DNA序列中共检测到 2 4个变异位点 ,变异率为 4.45 % ,说明乌骨鸡与其它鸡种的差异较小。研究还显示 ,乌骨鸡与白银耳鸡关系最近、与萧山鸡关系次之 。 展开更多
关键词 线粒体D-环区序列 分子系统树 丝羽乌骨鸡 遗传关系
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线粒体DNA cytb和HVI的分析用于种属鉴定 被引量：7
7
作者 柳燕 李莉 《中国司法鉴定》 2006年第4期14-17,共4页
目的以线粒体DNA为目标序列,探讨生物检材的种属来源问题。方法复合扩增线粒体DNA细胞色素b基因(Cb)片段和D-环HVI上人源特异性DNA片段,2%琼脂糖凝胶电泳检测复合扩增产物谱带;用常规测序技术获得种属来源不明的检材Cytb基因序列,登陆... 目的以线粒体DNA为目标序列,探讨生物检材的种属来源问题。方法复合扩增线粒体DNA细胞色素b基因(Cb)片段和D-环HVI上人源特异性DNA片段,2%琼脂糖凝胶电泳检测复合扩增产物谱带;用常规测序技术获得种属来源不明的检材Cytb基因序列,登陆美国国家生物信息中心网站主页(http://www.ncbi.nlm.nih.gov),将Cytb序列的测序结果用BLAST2.2.9[2004.5.1]进行匹配查询,查询数据库中存在的与其相匹配的物种条目。结果检材经复合扩增后电泳检测可区分人源性检材和非人源性检材;用生物信息法可确定检材种属来源结论检测线粒体DNA细胞色素b基因和D-环HVI的有关序列可在DNA分子水平上鉴别人源性检材和非人源性检材,结合测序的分子生物信息学方法,可对检材进行种属鉴定。 展开更多
关键词 粒体DNA D-环HVI序列 细胞色素B基因 种属鉴定
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基于线粒体DNAD-loop全序列的麒麟鸡遗传多样性研究 被引量：1
8
作者 李威娜 郭美慧 +4 位作者 温锦添 翁茁先 陈洁波 杜炳旺 黄勋和 《广东农业科学》 CAS 2023年第4期100-107,共8页
【目的】从线粒体DNA(mtDNA)D-loop全序列角度评估麒麟鸡的遗传多样性水平,以期阐明麒麟鸡的品种形成。【方法】通过PCR产物直接测序法对麒麟鸡保种群的黄羽、白羽和黑羽3个资源群及8个地方鸡品种进行mtDNA D-loop全序列测定,分析遗传变... 【目的】从线粒体DNA(mtDNA)D-loop全序列角度评估麒麟鸡的遗传多样性水平,以期阐明麒麟鸡的品种形成。【方法】通过PCR产物直接测序法对麒麟鸡保种群的黄羽、白羽和黑羽3个资源群及8个地方鸡品种进行mtDNA D-loop全序列测定,分析遗传变异,并进行中性检测,构建单倍型中介网络图,探究麒麟鸡的群体历史。【结果】麒麟鸡mtDNAD-loop全序列为1231~1232bp,C+G含量(39.8%)低于T+A含量(60.2%),总体核苷酸多样性为0.00630±0.00054,明显高于其他8个地方鸡品种。3个资源群黄羽、白羽和黑羽麒麟鸡的单倍型多样性分别为0.777±0.076、0.816±0.060、0.710±0.057,核苷酸多样性分别为0.00699±0.00115、0.00662±0.00090、0.00546±0.00062,遗传多样性水平基本上与群体规模呈正相关。麒麟鸡与8个地方鸡的双参数遗传距离为0.008~0.009,净遗传距离为0.003~0.005,均大于其他地方鸡之间的遗传距离。90份麒麟鸡样本共检测到45个突变位点,定义了17个单倍型,其中独享型单倍型9个,单倍型多样性为0.773±0.039。黄羽、白羽和黑羽麒麟鸡的单倍型数量分别为12、7、5个。8个地方鸡品种定义了19个单倍型,其中河田鸡的单倍型数量最多(8个),宁都黄鸡的最少(3个),没有与麒麟鸡共享的单倍型。中性检测结果显示,除了黑羽麒麟鸡外,供试鸡种在品种水平上近期均未经历明显的种群扩张。麒麟鸡单倍型类群主要分布在进化枝A、B、C和E,优势单倍型类群是B(30.0%)和E(64.4%);8个地方鸡单倍型类群主要为A和B。【结论】独特的单倍型提示麒麟鸡具有独立的品种形成历史,相对较高的遗传多样性水平将有利于其保护和利用工作的开展。 展开更多
关键词 麒麟鸡 线粒体DNA(mtDNA) D-loop全序列 遗传多样性 系统进化
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分子标记在地下啮齿类动物扩散中的应用 被引量：1
9
作者 刘丽 纪维红 +2 位作者 花立民 楚彬 周延山 《草业科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期612-619,共8页
扩散是动物生活史中的重要行为之一,影响个体的存活、繁殖、生长以及种群数量动态、分布和遗传结构等。随着分子生物学的发展,分子标记技术为研究小型啮齿动物扩散提供了有力的工具。本文综述微卫星标记、DNA指纹技术、线粒体D-loop序... 扩散是动物生活史中的重要行为之一,影响个体的存活、繁殖、生长以及种群数量动态、分布和遗传结构等。随着分子生物学的发展,分子标记技术为研究小型啮齿动物扩散提供了有力的工具。本文综述微卫星标记、DNA指纹技术、线粒体D-loop序列在部分地下啮齿类动物扩散中的应用和研究成果,总结了不同分子标记技术的特点,同时对利用微卫星技术对我国独有的高原鼢鼠(Eospalax baileyi)开展扩散研究进行了展望。 展开更多
关键词 扩散 微卫星标记 DNA指纹技术 线粒体D-loop序列
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鲮原种群体的D-loop序列分析 被引量：3
10
作者 朱彩艳 江世贵 +2 位作者 张殿昌 夏军红 苏天凤 《南方水产》 2008年第1期32-35,共4页
设计了1对可从鲮总DNA中扩增出线粒体D-loop区的引物,获得了937bp的鲮D-loop全序列。应用该对引物对鲮原种群体(子群体h11个样本,子群体q10个样本)进行PCR扩增,测序获得了5′端750bp的有效序列。21个个体共检测到15种单倍型,29个变异位... 设计了1对可从鲮总DNA中扩增出线粒体D-loop区的引物,获得了937bp的鲮D-loop全序列。应用该对引物对鲮原种群体(子群体h11个样本,子群体q10个样本)进行PCR扩增,测序获得了5′端750bp的有效序列。21个个体共检测到15种单倍型,29个变异位点(4%)。遗传多样性分析发现,原种群体的序列差异为1.0%,子群体h与子群体q各自的序列差异为1.2%和0.9%。UPGMA分子系统树显示,用于研究的21个样本相互混杂,子群体h与子群体q并未出现独立的分支,表明该批鲮原种的子群体h和子群体q并非2个相互独立的母系来源。 展开更多
关键词 鲮 线粒体控制区 遗传多样性
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