大熊猫和北极熊基因组微卫星分布特征比较分析 被引量：24

1

作者 李午佼 李玉芝 +4 位作者 杜联明 黄杰 沈咏梅 张修月 岳碧松 《四川动物》 CSCD 北大核心 2014年第6期874-878,共5页

本研究比较分析了大熊猫和北极熊全基因组序列中的1~6碱基重复的完美型微卫星序列的分布特征,通过微卫星序列搜索和统计软件MSDB分析分别得到855 018和936 238个微卫星序列,其长度总和分别是14 919 240 bp和18 434 348 bp;分别占基因组... 本研究比较分析了大熊猫和北极熊全基因组序列中的1~6碱基重复的完美型微卫星序列的分布特征,通过微卫星序列搜索和统计软件MSDB分析分别得到855 018和936 238个微卫星序列,其长度总和分别是14 919 240 bp和18 434 348 bp;分别占基因组大小的0.64%和0.79%,大熊猫和北极熊基因组总丰度分别是371.8个/Mb和405.6个/Mb,二者基因组中微卫星都是单碱基重复的最多,其次是二碱基、四碱基、三碱基和五碱基,六碱基重复类型的数量最少。大熊猫和北极熊含量最丰富的重复拷贝类别主要有A、AC、AG、AAAT、AAAG、AT和C等。本研究为后续开发和筛选大量高质量的熊科物种微卫星标记提供了数据支持。 展开更多

关键词 大熊猫 北极熊 基因组 微卫星

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基于NCBI核酸数据库资源的黑曲霉微卫星序列的筛选

2

作者 李瑶瑶 刘云国 +3 位作者 张亮 高新玉 王敏强 刘凌霄 《鲁东大学学报（自然科学版）》 2017年第2期152-158,共7页

为了筛选黑曲霉微卫星序列,丰富黑曲霉的基因组资料,从而为开发黑曲霉多态性高的微卫星标记提供参考,本研究利用生物信息学方法在黑曲霉基因组中查询微卫星序列,并对其基因组中微卫星数量、丰度进行了研究.利用SSRHunter 1.3在长度为270... 为了筛选黑曲霉微卫星序列,丰富黑曲霉的基因组资料,从而为开发黑曲霉多态性高的微卫星标记提供参考,本研究利用生物信息学方法在黑曲霉基因组中查询微卫星序列,并对其基因组中微卫星数量、丰度进行了研究.利用SSRHunter 1.3在长度为2704975 bp的黑曲霉基因组中找到了171个微卫星序列.结果表明:在黑曲霉微卫星序列所有重复类型中,以两碱基重复数目最多,为92个,占重复序列总数目的 53.80%;其次是三碱基重复,为70个,占40.94%;再次是四碱基9个,占5.26%.在两碱基重复序列中,AG重复类型最多(24.56%),GC最少(1.17%).三碱基重复序列中,共发现10种重复类别,其中以ACC重复类型最多(7.01%),最少的是AAT,ATC和GCC,占1.75%.四碱基重复中,共发现8种重复类别,除GGAT重复序列为2个(1.17%)外,其他分别各有1个(0.58%).同时选取黑曲霉中二碱基的重复次数在七次以上的微卫星序列和三碱基的重复次数在六个以上的微卫星序列,利用Primer Premier5.0软件来设计引物,为后续微卫星标记的筛选奠定基础. 展开更多

关键词 黑曲霉 微卫星序列 生物信息学 基因组 引物

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微型月季抗逆性基因表达与微卫星序列连锁分析

3

作者 王建婷 刘广达 +2 位作者 吴归 安天琪 李娜 《安徽农业科学》 CAS 2021年第21期124-127,132,共5页

使用转录组学的方法研究水杨酸和茉莉酸甲酯处理微型月季的基因表达,发现2种处理的植物-病原菌相互关系通路均有数量较多的差异表达基因,并对该通路中差异表达基因连锁的微卫星序列进行了统计。该研究有助于进一步理解水杨酸和茉莉酸甲... 使用转录组学的方法研究水杨酸和茉莉酸甲酯处理微型月季的基因表达,发现2种处理的植物-病原菌相互关系通路均有数量较多的差异表达基因,并对该通路中差异表达基因连锁的微卫星序列进行了统计。该研究有助于进一步理解水杨酸和茉莉酸甲酯提升微型月季抗逆性的机理。筛选与抗逆基因连锁的微卫星序列可为今后的育种研究提供帮助。 展开更多

关键词 微型月季 微卫星序列 水杨酸 茉莉酸甲酯

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牛和绵羊全基因组微卫星序列的搜索及其生物信息学分析 被引量：42

4

作者 戚文华 蒋雪梅 +2 位作者 肖国生 黄小云 杜联明 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第11期1724-1733,共10页

本研究利用MSDB v2.4搜索牛和绵羊全基因组中完整型微卫星序列,并对其进行生物信息学分析。牛基因组共统计了806 272个微卫星位点,其微卫星数量最多的是第1条染色体,其次是第2、3、4、5、6条染色体,数量较少的是第25和28条染色体。绵羊... 本研究利用MSDB v2.4搜索牛和绵羊全基因组中完整型微卫星序列,并对其进行生物信息学分析。牛基因组共统计了806 272个微卫星位点,其微卫星数量最多的是第1条染色体,其次是第2、3、4、5、6条染色体,数量较少的是第25和28条染色体。绵羊基因组共统计了682 891个位点,其微卫星数量最多的也是第1条染色体,其次是第2、3条染色体和X性染色体,数量较少的是第24、25、26条染色体。通过检验表明,牛和绵羊染色体长度与其所含微卫星数量具有高度正相关性(r>0.80,P=0.000)。牛和绵羊基因组中单碱基重复类型微卫星数量最多(45.33%vs 44.42%),其次依次是二碱基>三碱基>五碱基>四碱基>六碱基重复类型。牛和绵羊基因组中微卫星重复拷贝类别数量较多的是A、AC、AT、AGC、ACG、AAC、AAT、AAAT、AAAC和AAAG,而其数量较少的是C、CG、AGT、CCG、ACT、AACG、AAGC、AACC、AACT、ACCG、AGCT、AGCG、CCGG和CCCG。 展开更多

关键词 牛 绵羊 基因组 微卫星序列 生物信息学

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猪全基因组中微卫星分布规律 被引量：23

5

作者 戚文华 蒋雪梅 +1 位作者 肖国生 黄小云 《畜牧与兽医》 北大核心 2014年第8期9-13,共5页

利用生物信息学方法搜索猪全基因组中完整型微卫星序列,并对其基因组中微卫星数量、频率以及分布规律进行了研究。搜索到猪全基因组中1-6个碱基重复类型微卫星位点数为1 149 884个,占其全基因组长度的比率为0.85%,出现频率为1/2.22 kb... 利用生物信息学方法搜索猪全基因组中完整型微卫星序列,并对其基因组中微卫星数量、频率以及分布规律进行了研究。搜索到猪全基因组中1-6个碱基重复类型微卫星位点数为1 149 884个,占其全基因组长度的比率为0.85%,出现频率为1/2.22 kb。猪第1条染色体（143 330个）中微卫星数量最多,其次是第2、6和13条染色体,而较少的是第12、18条染色体和Y染色体。猪性染色体X和Y序列长度差异极显著,X染色体序列长度是Y染色体的88.10倍,其微卫星数量也存在明显差异（58 437 vs 814）。通过检验表明,猪染色体长度与其所含微卫星数量具有高度正相关性（r=0.913,P〈0.01）。猪全基因组中完整型微卫星各重复类型中,单碱基重复类型数量最多,占其微卫星总数量的比率为62.95%;其次依次是二碱基、四碱基、三碱基、五碱基、六碱基重复类型。猪全基因组中微卫星重复拷贝类别数量较多的是A、AC、AT、AAC、AAT、AAAT AAAC、AAAG、AAGG,而数量较少的是C、CG、AGC、AGT、ACT、AGCG、AGTC、ACTG和CCGG。 展开更多

关键词 猪 基因组 微卫星序列 生物信息学

原文传递

大鼠全基因组微卫星分布特征研究 被引量：16

6

作者 涂飞云 刘晓华 +2 位作者 杜联明 严超超 黄晓凤 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期708-711,共4页

大鼠（Rattus norvegicus）一直是医学和药学研究中良好的模式生物,其全基因组是继人和小鼠之后第3个被测定的哺乳动物。利用生物信息学软件对大鼠全基因组1~6 bp不同类型重复微卫星进行搜索及统计,表明大鼠全基因组微卫星序列共1 483 ... 大鼠（Rattus norvegicus）一直是医学和药学研究中良好的模式生物,其全基因组是继人和小鼠之后第3个被测定的哺乳动物。利用生物信息学软件对大鼠全基因组1~6 bp不同类型重复微卫星进行搜索及统计,表明大鼠全基因组微卫星序列共1 483 525个,其序列长度占全基因组的1.41%。大鼠全基因组微卫星分布频率以12号染色体最高,其次是10号染色体,最低的是X性染色体。大鼠微卫星数量与染色体DNA序列长度具有相关性（r=0.978,P〈0.000 1）,微卫星分布具有随机性。大鼠全基因组不同重复类型微卫星表现为二碱基（46.9%）〉单碱基（22.6%）〉四碱基（17.7%）〉三碱基（8.4%）〉五碱基（2.4%）〉六碱基（2.0%）,单碱基、二碱基、三碱基、四碱基、五碱基、六碱基优势微卫星类型分别是A、AC、AGG、AAAC、AAACA、ACAGAG。本研究为大鼠全基因组微卫星筛选及进一步的研究提供数据支持。 展开更多

关键词 大鼠 基因组 微卫星序列

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牦牛和水牛全基因组微卫星分布规律及其比较分析 被引量：13

7

作者 戚文华 蒋雪梅 +1 位作者 杜联明 肖国生 《基因组学与应用生物学》 CSCD 北大核心 2015年第7期1406-1412,共7页

微卫星(simple sequence repeats,SSRs)广泛分布于原核生物和真核生物基因组中,包括编码区和非编码区,是最常用的分子标记。本文利用生物信息学方法搜索和统计了牦牛和水牛全基因组中完整型SSRs序列,并对其生物信息学特征进行比较分析... 微卫星(simple sequence repeats,SSRs)广泛分布于原核生物和真核生物基因组中,包括编码区和非编码区,是最常用的分子标记。本文利用生物信息学方法搜索和统计了牦牛和水牛全基因组中完整型SSRs序列,并对其生物信息学特征进行比较分析。牦牛和水牛全基因组中SSRs总数量分别为968 134个和1 052 443个,占其全基因组长度的比例分别为5.80‰和5.69‰。牦牛和水牛全基因组SSRs总丰度(366.01 vs 371.07个/Mb)和总密度(5 686.00 vs 5 799.34 bp/Mb)基本接近。牦牛和水牛全基因组SSRs丰富度分布模式如下:单核苷酸SSRs>二核苷酸SSRs>三核苷酸SSRs>五核苷酸SSRs>四核苷酸SSRs>六核苷酸SSRs,这6种重复类型SSRs特征相互比较有显著差异,而相同重复类型SSRs特征基本一致。水牛第1条染色体上SSRs数量最多(72 934个),其次依次是第2、3、4条染色体,而较少的是第23、24条染色体,其所有染色体上SSRs丰度不存在显著差异(p>0.05)。牦牛和水牛SSRs序列随着重复单元中核苷酸数量的增加,而其重复拷贝数逐渐下降。牦牛全基因组和水牛各染色体上各重复类型优势SSRs序列基本一致,并与普通牛、绵羊全基因组中不同重复类型SSRs优势序列相一致。 展开更多

关键词 牦牛 水牛 基因组 微卫星序列 生物信息学

原文传递

家蚕全基因组微卫星分布规律及其生物信息学分析 被引量：9

8

作者 甘丽萍 谭爽 +1 位作者 戚文华 石汝杰 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第10期4278-4288,共11页

本研究利用MSDB v2.4软件以及生物信息学方法获取了家蚕全基因组的完整型SSRs序列,并对其分布规律进行比较分析。家蚕全基因组中SSRs总数量为141 311个,相对丰度为209.01 No/Mb,总长度为2.41 Mb,全基因组SSRs六种碱基重复类型的数量和... 本研究利用MSDB v2.4软件以及生物信息学方法获取了家蚕全基因组的完整型SSRs序列,并对其分布规律进行比较分析。家蚕全基因组中SSRs总数量为141 311个,相对丰度为209.01 No/Mb,总长度为2.41 Mb,全基因组SSRs六种碱基重复类型的数量和密度分布模式为：单碱基〉四碱基〉三碱基〉二碱基〉五碱基〉六碱基,说明全基因以单碱基为主要碱基类型,六种碱基类型中五碱基SSRs G-C含量最高。对全基因组3＇非翻译区（3＇UTR）、5＇非翻译区（5＇UTR）、编码区（CDs）、内含子区（Introns）和基因间隔区（Intergenics）等不同区域SSRs分析表明,Introns区SSRs数量最高,为125 178个,最小的是5＇UTR,为278个,其数量大小顺序为Introns〉Intergenics〉3＇UTR〉CDs〉5＇UTR。5个不同区域的SSRs的碱基的总计数差异较大,编码区总计数最大的是三碱基,而其他4个区域最多的是单碱基。分别对5个区域SSRs中六种重复拷贝类别进行统计分析,碱基总计数（或频率）最多的分别是A;AC、AG、AT;AAT、CCG;AAAT、AAAC;AAATC、AAACT和TAAGTT、GAATTT、AATTAA,Introns和Intergenics区的重复类型总计数显著高于3＇UTR、CDs和5＇UTR。各重复类型拷贝数分布范围为4～100,主要集中在4～30之间。这为进一步系统分析家蚕SSRs分子标记筛选和遗传分析打下基础。 展开更多

关键词 家蚕 基因组 微卫星 生物信息学

原文传递

山羊和藏羚羊全基因组微卫星分布规律及其生物信息学分析 被引量：8

9

作者 戚文华 严超超 +2 位作者 肖国生 张婉清 岳碧松 《四川大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期937-944,共8页

本文利用生物信息学方法搜索和统计了山羊和藏羚羊全基因组中完整型SSRs序列,并对其生物信息学特征进行比较分析.山羊和藏羚羊全基因组中SSRs总数量分别为920 300个和913 059个,占其全基因组长度的比例分别为5.56‰和5.39‰.山羊和藏羚... 本文利用生物信息学方法搜索和统计了山羊和藏羚羊全基因组中完整型SSRs序列,并对其生物信息学特征进行比较分析.山羊和藏羚羊全基因组中SSRs总数量分别为920 300个和913 059个,占其全基因组长度的比例分别为5.56‰和5.39‰.山羊和藏羚羊全基因组SSRs六种重复类型的数量、比例、丰度和密度分布模式如下:单核苷酸SSRs>二核苷酸SSRs>三核苷酸SSRs>五核苷酸SSRs>四核苷酸SSRs>六核苷酸SSRs,这六种重复类型SSRs特征相互比较有显著差异,而相同重复类型SSRs特征基本一致.山羊基因5′端非翻译区和外显子区均是三核苷酸SSR丰最丰富,其次依次是单核苷酸、二核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸;而其3′端非翻译区和内含子区均是单核苷酸SSR最丰富,其次依次是二核苷酸、四核苷酸、三核苷酸、五核苷酸和六核苷酸.山羊第1条染色体上SSRs数量最多,其次依次是第2条、X染色体、第6条、第4条和第8条染色体,而较少的是第25、28条染色体,所有染色体上SSRs丰度不存在显著差异.山羊和藏羚羊全基因组各重复类型优势SSRs序列基本一致,并与牛、绵羊全基因组中不同重复类型SSRs优势序列相一致. 展开更多

关键词 山羊 藏羚羊 基因组 微卫星序列 生物信息学

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外源性微卫星序列转染RER^+细胞株观察肿瘤细胞遗传不稳定性的研究 被引量：3

10

作者 汪承亚 丁小键 +2 位作者 倪黎 盛瑞兰 王兰华 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 1998年第4期246-249,共4页

目的利用ＲＥＲ（ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎｅｒｒｏｒ）表型的人肿瘤细胞株，在体外观察肿瘤细胞微卫星序列（ＭＳ）频发突变，研究人类肿瘤细胞基因组ＤＮＡ的遗传不稳定性。方法把含有人工合成的简单重复序列（ＣＡ）１４和ＬａｃＺ标... 目的利用ＲＥＲ（ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎｅｒｒｏｒ）表型的人肿瘤细胞株，在体外观察肿瘤细胞微卫星序列（ＭＳ）频发突变，研究人类肿瘤细胞基因组ＤＮＡ的遗传不稳定性。方法把含有人工合成的简单重复序列（ＣＡ）１４和ＬａｃＺ标志基因的重组质粒ｐＣＭＶ－ＣＡＲ经Ｌｉｐｏｆｅｃｔｉｏｎ方法转染ＲＥＲ＋或ＲＥＲ－人结肠癌细胞株。（ＣＡ）１４插入ＬａｃＺ编码序列之中，干扰了ＬａｃＺ基因的正确读码。当（ＣＡ）１４序列发生碱基缺失或插入突变，碱基数变为３的倍数时ＬａｃＺ基因读码框恢复，表达产生有生物活性的β－半乳糖苷酶。后者通过Ｘ－ｇａｌ染色检出。结果转染ｐＣＭＶ－ＣＡＲ的细胞克隆经Ｈｙｇｒｏｍｉｃｉｎ筛选并建株培养，观察到部份ＲＥＲ＋的质粒转染克隆，ＬａｃＺ能正确读码表达，经Ｘ－ｇａｌ染色试验，细胞变蓝。蓝细胞在建株培养后的传代过程中持续存在。而ＲＥＲ－细胞株，ｐＣＭＶ－ＣＡＲ转染克隆用Ｘ－ｇａｌ染色未见任何蓝色细胞。结论外源性（ＣＡ）１４序列在ＲＥＲ＋细胞转染克隆中可以发生碱基丢失或插入突变。直接反映了肿瘤细胞ＤＮＡ的不稳定性和复杂的突变状态。 展开更多

关键词 微卫星序列 穿梭质粒 肿瘤细胞 遗传不稳定性

原文传递

马口鱼全基因组简单重复序列特征分析与多态性标记开发

11

作者 葛健辉 关文志 +7 位作者 任晋东 牛宝龙 胡金春 王伟 翁旭东 楼宝 于瑾 许晓军 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第11期2584-2593,共10页

为开发马口鱼(Opsariichthys bidens)多态性简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)标记,利用微卫星识别工具(microsatellite identification tool,MISA)搜索统计马口鱼全基因组SSR,采用生物信息学方法对其分布特征进行比较分析;选... 为开发马口鱼(Opsariichthys bidens)多态性简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)标记,利用微卫星识别工具(microsatellite identification tool,MISA)搜索统计马口鱼全基因组SSR,采用生物信息学方法对其分布特征进行比较分析;选取39个三核苷酸SSR位点设计引物进行多态性检测。结果显示:马口鱼全基因组中SSR总数量为304870个,占全基因组长度的0.10%;二核苷酸SSR为马口鱼基因组中的主要重复类型。5种重复类型SSR数量为二核苷酸SSR>四核苷酸SSR>三核苷酸SSR>六核苷酸SSR>五核苷酸SSR。内含子区SSR数量最多,为93380个;5′非翻译区SSR数量最少,为622个。各区域SSR数量分布情况为内含子区>基因间隔区>启动子区>3′非翻译区>编码区>5′非翻译区。编码区数量最多的是三核苷酸SSR,而其他5个区域最多的是二核苷酸SSR。各重复类型拷贝数分布范围为5~350,主要集中在5~30。通过筛选得到15对多态性引物,在野生群体马口鱼中共检测到106个等位基因,观测杂合度为0.125~0.813,期望杂合度为0.359~0.862,多态信息含量(PIC)为0.339~0.830,其中12对引物具有高度多态性(PIC>0.5)。这些微卫星标记为马口鱼的种群遗传多样性分析、亲缘关系鉴定等研究提供了基础数据。 展开更多

关键词 马口鱼 全基因组 简单重复序列 多态性

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中国人散发性大肠癌中微卫星DNA不稳定的研究 被引量：1

12

作者 苏占海 何友吉 +3 位作者 武景阳 郭金虎 李明发 单祥年 《南京铁道医学院学报》 CAS 1999年第3期152-154,共3页

目的：探讨中国人散发性大肠癌中微卫星 Ｄ Ｎ Ａ 不稳定及复制差错与大肠癌生物学行为的关系。方法：选择１０ 个微卫星位点， 应用 Ｐ Ｃ Ｒ－ 变性聚丙烯酰胺凝胶电泳对３９ 例散发性大肠癌组织进行检测。结果：在多个位点上发现了... 目的：探讨中国人散发性大肠癌中微卫星 Ｄ Ｎ Ａ 不稳定及复制差错与大肠癌生物学行为的关系。方法：选择１０ 个微卫星位点， 应用 Ｐ Ｃ Ｒ－ 变性聚丙烯酰胺凝胶电泳对３９ 例散发性大肠癌组织进行检测。结果：在多个位点上发现了较高的微卫星 Ｄ Ｎ Ａ 不稳定（ Ｍ Ｉ） ，其中 Ｄ３ Ｓ１３１７ 位点上 Ｍ Ｉ为４４ ％ ， Ｄ３ Ｓ９６６ 上 Ｍ Ｉ为２６ ．６ ％ ， Ｄ２ Ｓ１２３ 和 Ｄ２ Ｓ１１９ 上 Ｍ Ｉ分别为３６ ％ 和２５ ．７ ％ 。结论： Ｍ Ｉ阳性率和肿瘤组织学分类无明显相关性，而与肿瘤组织的分化程度、浸润程度等有显著的相关关系，因而微卫星 Ｄ Ｎ Ａ 可以为肿瘤的早期诊断及患者预后判断提供帮助。同时，在散发性结肠癌中也存在较高的微卫星 Ｄ Ｎ Ａ 不稳定，这可能与某种 Ｄ Ｎ Ａ 错配修复基因发生突变有关。 展开更多

关键词 微卫星标记 微卫星DNA 大肠癌 病理

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微卫星分子标记在大豆中的应用 被引量：1

13

作者 吴俊江 《农业系统科学与综合研究》 CSCD 2005年第1期16-19,共4页

微卫星分子标记具有重复性好、多态性高、共显性等特点而在大豆中广泛应用。对微卫星分子标记在大豆分子遗传图谱构建、分子标记辅助选择、遗传多样性及遗传距离分析、品种鉴别等方面进行介绍,为该标记在大豆中的更好应用提供理论参考... 微卫星分子标记具有重复性好、多态性高、共显性等特点而在大豆中广泛应用。对微卫星分子标记在大豆分子遗传图谱构建、分子标记辅助选择、遗传多样性及遗传距离分析、品种鉴别等方面进行介绍,为该标记在大豆中的更好应用提供理论参考依据。参27。 展开更多

关键词 大豆 微卫星分子标记 分子遗传图谱 分子标记辅助选择 遗传多样性 遗传距离 品种鉴别

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基于SSR标记技术对3种国产绵羊肉的品种鉴别分析

14

作者 宋亚倩 杨波 +1 位作者 罗瑞明 马小梅 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第4期346-354,共9页

提取纯种宁夏滩羊、纯种新疆细毛羊和纯种藏绵羊的肝脏DNA,并进行文库构建、扩增、纯化和质控。检测序列中的简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)位点,设计合成并筛选50对引物进行聚合酶链式反应扩增并使用毛细管电泳检测SSR分型... 提取纯种宁夏滩羊、纯种新疆细毛羊和纯种藏绵羊的肝脏DNA,并进行文库构建、扩增、纯化和质控。检测序列中的简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)位点,设计合成并筛选50对引物进行聚合酶链式反应扩增并使用毛细管电泳检测SSR分型后,挑选多态性引物对宁夏滩羊、新疆细毛羊和藏绵羊样本进行遗传多态性检测。结果显示:有10对SSR引物成功扩增出稳定条带,分析10对多态性SSR引物的遗传多样性得出,宁夏滩羊、新疆细毛羊和藏绵羊的平均等位基因数分别为4.100、3.100和3.600;平均有效等位基因数分别为3.782、2.747和3.193;平均观测杂合度分别为1.007、1.009和0.953;平均期望杂合度分别为0.704、0.615和0.660;平均多态信息含量分别为0.432、0.414和0.425,说明宁夏滩羊的遗传多态程度高于藏绵羊和新疆细毛羊。毛细管荧光电泳检测峰图结果表明:scaffold632:150-463荧光引物对宁夏滩羊源性肉特异性良好;scaffold31384:146-461荧光引物对新疆细毛羊源性肉特异性良好;scaffold7676:103-270荧光引物对藏绵羊肉特异性良好,这3对引物能够实现对宁夏滩羊、新疆细毛羊和藏绵羊的有效区分。建立的我国西北地区3个绵羊品种基因库,可以用于科学准确判断3个纯种绵羊肉品种。 展开更多

关键词 基因组DNA 微卫星序列 特异性检测 绵羊肉品种鉴别

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小麦蜡质基因座位上SSR的多态性及其与直链淀粉含量的关系 被引量：5

15

作者 王芳 王燕 +1 位作者 赵辉 王宪泽 《分子细胞生物学报》 CSCD 北大核心 2006年第2期97-102,共6页

分析了蜡质基因(Wx)3′端的一个简单重复序列(SSR)(AT(AT)n AT)在32份小麦中的多态性及其与直链淀粉含量(AC)的关系。这些材料包括了山东省内的不同小麦品种,其AC含量差别较大。在扩增的小麦品种中均出现两条带,一条204bp(Wx-Dla)位于7D... 分析了蜡质基因(Wx)3′端的一个简单重复序列(SSR)(AT(AT)n AT)在32份小麦中的多态性及其与直链淀粉含量(AC)的关系。这些材料包括了山东省内的不同小麦品种,其AC含量差别较大。在扩增的小麦品种中均出现两条带,一条204bp(Wx-Dla)位于7DS染色体上,另一条225—346bp(Wx-Ala)位于7AS染色体上。也就是说在扩增的小麦品种中均存在Wx-Ala和Wx- Dla基因,并且较长的片段显示了长度多态性。分析表明AC与7D上这个SSR序列基因的多态性呈正相关,高AC小麦品种扩增的片段较长,电泳迁移率较小；相反,低AC小麦品种扩增的片段较短,迁移率较大,不同长度SSR品种间AC差异显著。虽然目前还不能确定这个SSR序列在直链淀粉合成中的直接功能,但SSR变异与AC之间的相关性可作为分子标记直接用于小麦品种改良。 展开更多

关键词 WX基因 微卫星序列 直链淀粉含量 分子标记

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云南元江普通野生稻群体Wx基因(CT)_n重复序列和第1内含子G/T位碱基分析 被引量：3

16

作者 孙一丁 陆辉 许明辉 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期647-649,654,共4页

对云南元江普通野生稻90个个体Wx基因区段内的重复序列(CT)n和第1内含子供体+1位碱基G/T分别进行了比较分析。结果表明云南元江普通野生稻3个居群中的90个单株在重复序列(CT)n和G/T位点纯合一致,没有多态性;其G/T位点碱基均为G;其重复序... 对云南元江普通野生稻90个个体Wx基因区段内的重复序列(CT)n和第1内含子供体+1位碱基G/T分别进行了比较分析。结果表明云南元江普通野生稻3个居群中的90个单株在重复序列(CT)n和G/T位点纯合一致,没有多态性;其G/T位点碱基均为G;其重复序列(CT)n基因型与云南地方籼稻品种优势基因型相似但又有所区别。本研究结果为云南元江普通野生稻Wx基因利用和在稻种进化上的地位提供了信息。 展开更多

关键词 云南 普通野生稻 WX基因 微卫星重复序列 G/T碱基 遗传多样性

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四川光壳钉螺微卫星遗传变异的小尺度空间自相关分析 被引量：2

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作者 郭俊涛 周艺彪 +4 位作者 张志杰 刘刚明 依火伍力 王海银 赵根明 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期497-501,共5页

目的采用小尺度空间自相关分析方法对四川省普格县的湖北钉螺自然居群微卫星（SSR）遗传变异的空间结构进行分析，探讨湖北钉螺自然居群遗传变异的空间分布特征。方法选用5对SSR引物对湖北钉螺基因组DNA进行扩增，选择频率在15％-85％... 目的采用小尺度空间自相关分析方法对四川省普格县的湖北钉螺自然居群微卫星（SSR）遗传变异的空间结构进行分析，探讨湖北钉螺自然居群遗传变异的空间分布特征。方法选用5对SSR引物对湖北钉螺基因组DNA进行扩增，选择频率在15％-85％的72个SSR等位基因，运用等样本对频率方法划分14个距离等级分别计算空间自相关系数Moran’s I。结果5对SSR引物经PCR扩增共得到274个等位基因，SSR等位基因的平均多态信息量高达0．965，表现出很高的遗传多态性。钉螺种群中39个SSR等位基因的遗传变异存在一定程度的空间结构，表现为不同模式的正空间自相关。根据这39个等位基因在14个距离等级上的平均Moran’s I值，可以发现随着距离增大正空间自相关性逐渐减小，但未发现表现为负空间自相关的距离等级和等位基因。结论普格县湖北钉螺种群中SSR遗传变异的空间分布，表现为随着距离增加而减少的正空间自相关性。 展开更多

关键词 湖北钉螺 微卫星 空间自相关 Moran’s I

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柔嫩艾美尔球虫EST序列中SSR的获取及分析 被引量：1

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作者 聂奎 罗洪林 +1 位作者 程显顺 苟清碧 《生物信息学》 2009年第1期9-12,共4页

对柔嫩艾美尔球虫EST-SSR进行生物信息学分析,共获取Eimeria tenella EST序列34 074条,总长度为16.45Mb,小于12bp SSR的ESTs达7 651条,从中获得SSR序列19 576条、总长度为0.35Mb,EST-SSRs的频率是48.00%,平均相隔840bp出现一个长度不小... 对柔嫩艾美尔球虫EST-SSR进行生物信息学分析,共获取Eimeria tenella EST序列34 074条,总长度为16.45Mb,小于12bp SSR的ESTs达7 651条,从中获得SSR序列19 576条、总长度为0.35Mb,EST-SSRs的频率是48.00%,平均相隔840bp出现一个长度不小于12bp的SSR。在E.tenella的核苷酸重复基元中,2、3、4、56、和7 bp重复序列在基因组中出现的种类分别有11种472条、49种14 710条3、1种525条、13种25条、21种43条和15种400条,3碱基重复序列是最丰富的重复单元,占总数的75.14%。各种SSRs中富含G、C碱基的重复单元以GCA出现频率最多(28.63%),次为AGC(17.59%),GCT(8.76%),TGC(7.62%),CTG(7.15%)。 展开更多

关键词 柔嫩艾美尔球虫 表达序列标签 简单重复序列或微卫星

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