牛和绵羊全基因组微卫星序列的搜索及其生物信息学分析 被引量：42

1

作者 戚文华 蒋雪梅 +2 位作者 肖国生 黄小云 杜联明 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第11期1724-1733,共10页

本研究利用MSDB v2.4搜索牛和绵羊全基因组中完整型微卫星序列,并对其进行生物信息学分析。牛基因组共统计了806 272个微卫星位点,其微卫星数量最多的是第1条染色体,其次是第2、3、4、5、6条染色体,数量较少的是第25和28条染色体。绵羊... 本研究利用MSDB v2.4搜索牛和绵羊全基因组中完整型微卫星序列,并对其进行生物信息学分析。牛基因组共统计了806 272个微卫星位点,其微卫星数量最多的是第1条染色体,其次是第2、3、4、5、6条染色体,数量较少的是第25和28条染色体。绵羊基因组共统计了682 891个位点,其微卫星数量最多的也是第1条染色体,其次是第2、3条染色体和X性染色体,数量较少的是第24、25、26条染色体。通过检验表明,牛和绵羊染色体长度与其所含微卫星数量具有高度正相关性(r>0.80,P=0.000)。牛和绵羊基因组中单碱基重复类型微卫星数量最多(45.33%vs 44.42%),其次依次是二碱基>三碱基>五碱基>四碱基>六碱基重复类型。牛和绵羊基因组中微卫星重复拷贝类别数量较多的是A、AC、AT、AGC、ACG、AAC、AAT、AAAT、AAAC和AAAG,而其数量较少的是C、CG、AGT、CCG、ACT、AACG、AAGC、AACC、AACT、ACCG、AGCT、AGCG、CCGG和CCCG。 展开更多

关键词 牛 绵羊 基因组 微卫星序列 生物信息学

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猪全基因组中微卫星分布规律 被引量：23

2

作者 戚文华 蒋雪梅 +1 位作者 肖国生 黄小云 《畜牧与兽医》 北大核心 2014年第8期9-13,共5页

利用生物信息学方法搜索猪全基因组中完整型微卫星序列,并对其基因组中微卫星数量、频率以及分布规律进行了研究。搜索到猪全基因组中1-6个碱基重复类型微卫星位点数为1 149 884个,占其全基因组长度的比率为0.85%,出现频率为1/2.22 kb... 利用生物信息学方法搜索猪全基因组中完整型微卫星序列,并对其基因组中微卫星数量、频率以及分布规律进行了研究。搜索到猪全基因组中1-6个碱基重复类型微卫星位点数为1 149 884个,占其全基因组长度的比率为0.85%,出现频率为1/2.22 kb。猪第1条染色体（143 330个）中微卫星数量最多,其次是第2、6和13条染色体,而较少的是第12、18条染色体和Y染色体。猪性染色体X和Y序列长度差异极显著,X染色体序列长度是Y染色体的88.10倍,其微卫星数量也存在明显差异（58 437 vs 814）。通过检验表明,猪染色体长度与其所含微卫星数量具有高度正相关性（r=0.913,P〈0.01）。猪全基因组中完整型微卫星各重复类型中,单碱基重复类型数量最多,占其微卫星总数量的比率为62.95%;其次依次是二碱基、四碱基、三碱基、五碱基、六碱基重复类型。猪全基因组中微卫星重复拷贝类别数量较多的是A、AC、AT、AAC、AAT、AAAT AAAC、AAAG、AAGG,而数量较少的是C、CG、AGC、AGT、ACT、AGCG、AGTC、ACTG和CCGG。 展开更多

关键词 猪 基因组 微卫星序列 生物信息学

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大鼠全基因组微卫星分布特征研究 被引量：16

3

作者 涂飞云 刘晓华 +2 位作者 杜联明 严超超 黄晓凤 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期708-711,共4页

大鼠（Rattus norvegicus）一直是医学和药学研究中良好的模式生物,其全基因组是继人和小鼠之后第3个被测定的哺乳动物。利用生物信息学软件对大鼠全基因组1~6 bp不同类型重复微卫星进行搜索及统计,表明大鼠全基因组微卫星序列共1 483 ... 大鼠（Rattus norvegicus）一直是医学和药学研究中良好的模式生物,其全基因组是继人和小鼠之后第3个被测定的哺乳动物。利用生物信息学软件对大鼠全基因组1~6 bp不同类型重复微卫星进行搜索及统计,表明大鼠全基因组微卫星序列共1 483 525个,其序列长度占全基因组的1.41%。大鼠全基因组微卫星分布频率以12号染色体最高,其次是10号染色体,最低的是X性染色体。大鼠微卫星数量与染色体DNA序列长度具有相关性（r=0.978,P〈0.000 1）,微卫星分布具有随机性。大鼠全基因组不同重复类型微卫星表现为二碱基（46.9%）〉单碱基（22.6%）〉四碱基（17.7%）〉三碱基（8.4%）〉五碱基（2.4%）〉六碱基（2.0%）,单碱基、二碱基、三碱基、四碱基、五碱基、六碱基优势微卫星类型分别是A、AC、AGG、AAAC、AAACA、ACAGAG。本研究为大鼠全基因组微卫星筛选及进一步的研究提供数据支持。 展开更多

关键词 大鼠 基因组 微卫星序列

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杨树全基因组微卫星序列的统计及其生物信息学分析 被引量：14

4

作者 蒋雪梅 胡廷章 +1 位作者 向兴胜 戚文华 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2015年第2期527-533,共7页

本文利用生物信息学方法搜索毛果杨全基因组中完整型SSRs序列,并对其进行生物信息学分析。结果表明,毛果杨全基因组共统计了143 810个SSRs序列,占其全基因组长度的比率为0.63%,其全基因组SSRs序列出现频率为331.26个/Mb。毛果杨基因组中... 本文利用生物信息学方法搜索毛果杨全基因组中完整型SSRs序列,并对其进行生物信息学分析。结果表明,毛果杨全基因组共统计了143 810个SSRs序列,占其全基因组长度的比率为0.63%,其全基因组SSRs序列出现频率为331.26个/Mb。毛果杨基因组中SSRs数量最多的是第1条染色体,其次是第2、5、6条染色体,数量较少的是第9条染色体。毛果杨各条染色体上SSRs序列出现频率在310-360个/Mb,无明显差异。通过检验表明,毛果杨染色体长度与其所含SSRs频率和密度无相关性（Kendall＇s tau-b,P〉0.05;Spearman＇s rho,P〉0.05）,而其染色体长度与其所含SSRs数量具有高度正相关性（r〉0.85,P〈0.01）。毛果杨全基因组中单核苷酸SSRs序列数量最多（42.79%）,其次依次是二核苷酸〉三核苷酸〉四核苷酸〉五核苷酸〉六核苷酸重复类型。毛果杨全基因组SSRs各重复类型拷贝数分布范围为4-111次,主要集中在4-30次。 展开更多

关键词 杨树 全基因组 微卫星标记 生物信息学

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牦牛和水牛全基因组微卫星分布规律及其比较分析 被引量：13

5

作者 戚文华 蒋雪梅 +1 位作者 杜联明 肖国生 《基因组学与应用生物学》 CSCD 北大核心 2015年第7期1406-1412,共7页

微卫星(simple sequence repeats,SSRs)广泛分布于原核生物和真核生物基因组中,包括编码区和非编码区,是最常用的分子标记。本文利用生物信息学方法搜索和统计了牦牛和水牛全基因组中完整型SSRs序列,并对其生物信息学特征进行比较分析... 微卫星(simple sequence repeats,SSRs)广泛分布于原核生物和真核生物基因组中,包括编码区和非编码区,是最常用的分子标记。本文利用生物信息学方法搜索和统计了牦牛和水牛全基因组中完整型SSRs序列,并对其生物信息学特征进行比较分析。牦牛和水牛全基因组中SSRs总数量分别为968 134个和1 052 443个,占其全基因组长度的比例分别为5.80‰和5.69‰。牦牛和水牛全基因组SSRs总丰度(366.01 vs 371.07个/Mb)和总密度(5 686.00 vs 5 799.34 bp/Mb)基本接近。牦牛和水牛全基因组SSRs丰富度分布模式如下:单核苷酸SSRs>二核苷酸SSRs>三核苷酸SSRs>五核苷酸SSRs>四核苷酸SSRs>六核苷酸SSRs,这6种重复类型SSRs特征相互比较有显著差异,而相同重复类型SSRs特征基本一致。水牛第1条染色体上SSRs数量最多(72 934个),其次依次是第2、3、4条染色体,而较少的是第23、24条染色体,其所有染色体上SSRs丰度不存在显著差异(p>0.05)。牦牛和水牛SSRs序列随着重复单元中核苷酸数量的增加,而其重复拷贝数逐渐下降。牦牛全基因组和水牛各染色体上各重复类型优势SSRs序列基本一致,并与普通牛、绵羊全基因组中不同重复类型SSRs优势序列相一致。 展开更多

关键词 牦牛 水牛 基因组 微卫星序列 生物信息学

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家蚕全基因组微卫星分布规律及其生物信息学分析 被引量：9

6

作者 甘丽萍 谭爽 +1 位作者 戚文华 石汝杰 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第10期4278-4288,共11页

本研究利用MSDB v2.4软件以及生物信息学方法获取了家蚕全基因组的完整型SSRs序列,并对其分布规律进行比较分析。家蚕全基因组中SSRs总数量为141 311个,相对丰度为209.01 No/Mb,总长度为2.41 Mb,全基因组SSRs六种碱基重复类型的数量和... 本研究利用MSDB v2.4软件以及生物信息学方法获取了家蚕全基因组的完整型SSRs序列,并对其分布规律进行比较分析。家蚕全基因组中SSRs总数量为141 311个,相对丰度为209.01 No/Mb,总长度为2.41 Mb,全基因组SSRs六种碱基重复类型的数量和密度分布模式为：单碱基〉四碱基〉三碱基〉二碱基〉五碱基〉六碱基,说明全基因以单碱基为主要碱基类型,六种碱基类型中五碱基SSRs G-C含量最高。对全基因组3＇非翻译区（3＇UTR）、5＇非翻译区（5＇UTR）、编码区（CDs）、内含子区（Introns）和基因间隔区（Intergenics）等不同区域SSRs分析表明,Introns区SSRs数量最高,为125 178个,最小的是5＇UTR,为278个,其数量大小顺序为Introns〉Intergenics〉3＇UTR〉CDs〉5＇UTR。5个不同区域的SSRs的碱基的总计数差异较大,编码区总计数最大的是三碱基,而其他4个区域最多的是单碱基。分别对5个区域SSRs中六种重复拷贝类别进行统计分析,碱基总计数（或频率）最多的分别是A;AC、AG、AT;AAT、CCG;AAAT、AAAC;AAATC、AAACT和TAAGTT、GAATTT、AATTAA,Introns和Intergenics区的重复类型总计数显著高于3＇UTR、CDs和5＇UTR。各重复类型拷贝数分布范围为4～100,主要集中在4～30之间。这为进一步系统分析家蚕SSRs分子标记筛选和遗传分析打下基础。 展开更多

关键词 家蚕 基因组 微卫星 生物信息学

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山羊和藏羚羊全基因组微卫星分布规律及其生物信息学分析 被引量：8

7

作者 戚文华 严超超 +2 位作者 肖国生 张婉清 岳碧松 《四川大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期937-944,共8页

本文利用生物信息学方法搜索和统计了山羊和藏羚羊全基因组中完整型SSRs序列,并对其生物信息学特征进行比较分析.山羊和藏羚羊全基因组中SSRs总数量分别为920 300个和913 059个,占其全基因组长度的比例分别为5.56‰和5.39‰.山羊和藏羚... 本文利用生物信息学方法搜索和统计了山羊和藏羚羊全基因组中完整型SSRs序列,并对其生物信息学特征进行比较分析.山羊和藏羚羊全基因组中SSRs总数量分别为920 300个和913 059个,占其全基因组长度的比例分别为5.56‰和5.39‰.山羊和藏羚羊全基因组SSRs六种重复类型的数量、比例、丰度和密度分布模式如下:单核苷酸SSRs>二核苷酸SSRs>三核苷酸SSRs>五核苷酸SSRs>四核苷酸SSRs>六核苷酸SSRs,这六种重复类型SSRs特征相互比较有显著差异,而相同重复类型SSRs特征基本一致.山羊基因5′端非翻译区和外显子区均是三核苷酸SSR丰最丰富,其次依次是单核苷酸、二核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸;而其3′端非翻译区和内含子区均是单核苷酸SSR最丰富,其次依次是二核苷酸、四核苷酸、三核苷酸、五核苷酸和六核苷酸.山羊第1条染色体上SSRs数量最多,其次依次是第2条、X染色体、第6条、第4条和第8条染色体,而较少的是第25、28条染色体,所有染色体上SSRs丰度不存在显著差异.山羊和藏羚羊全基因组各重复类型优势SSRs序列基本一致,并与牛、绵羊全基因组中不同重复类型SSRs优势序列相一致. 展开更多

关键词 山羊 藏羚羊 基因组 微卫星序列 生物信息学

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中华绒螯蟹基因组研究概述 被引量：4

8

作者 赵金良 李思发 《集美大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2003年第4期311-316,共6页

概述了近年来中华绒螯蟹基因组研究的进展情况,现已对13种基因的核苷酸序列进行了分析,并通过概念性翻译获得了8种蛋白质(或其亚基)的氨基酸序列,还对中华绒螯蟹的微卫星序列和序列表达标签开展了初步研究.总体上,中华绒螯蟹基因组研究... 概述了近年来中华绒螯蟹基因组研究的进展情况,现已对13种基因的核苷酸序列进行了分析,并通过概念性翻译获得了8种蛋白质(或其亚基)的氨基酸序列,还对中华绒螯蟹的微卫星序列和序列表达标签开展了初步研究.总体上,中华绒螯蟹基因组研究较薄弱,处于起步阶段.今后应加强中华绒螯蟹基因组的广泛深入研究,重点突破一些重要功能基因的结构与功能的分析,为中华绒螯蟹的遗传改良提供理论基础. 展开更多

关键词 中华绒螯蟹 基因组研究 基因序列 微卫星序列 序列表达标签 养殖业

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广西莪术EST-SSR标记开发及其在遗传多样性分析中的应用 被引量：6

9

作者 杨妮 郭嗣斌 +5 位作者 王建 刘平武 李孝琼 谢巍 苏伟敏 靳雅慧 《药物分析杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第12期2291-2300,共10页

目的:分析姜黄表达序列标签(EST)中简单重复序列(SSR)位点的分布特点,开发近缘种广西莪术EST-SSR引物,探讨EST-SSR用于进行广西莪术遗传多样性分析及分子育种的可行性。方法:下载NCBI中公布的姜黄EST 12 678条,利用SSR-FINDER搜索SSR位... 目的:分析姜黄表达序列标签(EST)中简单重复序列(SSR)位点的分布特点,开发近缘种广西莪术EST-SSR引物,探讨EST-SSR用于进行广西莪术遗传多样性分析及分子育种的可行性。方法:下载NCBI中公布的姜黄EST 12 678条,利用SSR-FINDER搜索SSR位点,筛选符合条件的序列,采用Primer 5.0设计SSR引物,挑选30个表现型差异较大的广西莪术种质进行引物有效性及多态性检测,对50份广西莪术种质进行遗传多样性分析。结果:12 678条EST序列含有SSR位点1 243个,其中二核苷酸出现频率为50.36%,三核苷酸31.54%,四核苷酸10.30%,以AT/TA和CT/GA出现频率最高。利用Primer 5.0设计引物共325对,聚合酶链式反应(PCR)检测表明,104对引物可以扩增出理想PCR产物,在至少30份不同种质广西莪术中检测到48对SSR引物具有多态性,占设计引物的38.09%。遗传多样性分析研究,聚类分析结果表明50份广西莪术种质在相关系数0.7处,聚类为2类,遗传相似性系数变化范围较窄。结论:姜黄EST资源中含有高频率的SSR位点,且EST-SSR标记开发效率较高。本研究开发了48对广西莪术EST-SSR标记,并筛选出富含SSR位点的候选序列,用聚类图验证了植物之间的亲缘关系,为广西莪术遗传多样性分析和分子育种研究提供参考。 展开更多

关键词 广西莪术 姜黄 表达序列标签-简单重复序列 引物开发 特异引物标记技术 分子标记体系 微卫星序列 遗传多样性分析

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坛紫菜EST-SSR筛选及其在遗传多样性分析中的实用性 被引量：5

10

作者 杨惠 茅云翔 +2 位作者 孔凡娜 王莉 严兴洪 《中国海洋大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期265-270,共6页

微卫星标记作为1种重要的分子标记,在分子标记辅助育种及遗传图谱构建中都起到重要的作用。EST文库搜索法是获得微卫星标记的途径之一,本研究对坛紫菜EST数据库中6035条序列进行搜索,发现340条EST包含SSR序列,其中三碱基重复最多,占总数... 微卫星标记作为1种重要的分子标记,在分子标记辅助育种及遗传图谱构建中都起到重要的作用。EST文库搜索法是获得微卫星标记的途径之一,本研究对坛紫菜EST数据库中6035条序列进行搜索,发现340条EST包含SSR序列,其中三碱基重复最多,占总数45.95%;其次是两碱基重复,占总数的45.38%;再次是六碱基和五碱基,分别占总数的5.78%和2.02%;四碱基最少,仅占总数的0.87%。在两碱基中AG,GA,TC,CT类型数量最多,占所有两碱基SSR的82.8%;在三碱基中CCG,CGC,GCC,GGC,GCG,CGG类型数量最多,占所有三碱基SSR的52.83%;其它重复次数中,各种类型所占比例相差不大。进一步比较坛紫菜与条斑紫菜EST-SSR序列,发现2种紫菜SSR类型及比例存在明显差异。根据EST-SSR序列设计合成了10对引物,其中4个位点在8个不同来源坛紫菜叶状体间存在多态性,说明从坛紫菜EST中筛选的SSR标记可以用于进行坛紫菜遗传多样性分析。 展开更多

关键词 坛紫菜 微卫星序列 EST-SSR 多样性分析

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外源性微卫星序列转染RER^+细胞株观察肿瘤细胞遗传不稳定性的研究 被引量：3

11

作者 汪承亚 丁小键 +2 位作者 倪黎 盛瑞兰 王兰华 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 1998年第4期246-249,共4页

目的利用ＲＥＲ（ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎｅｒｒｏｒ）表型的人肿瘤细胞株，在体外观察肿瘤细胞微卫星序列（ＭＳ）频发突变，研究人类肿瘤细胞基因组ＤＮＡ的遗传不稳定性。方法把含有人工合成的简单重复序列（ＣＡ）１４和ＬａｃＺ标... 目的利用ＲＥＲ（ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎｅｒｒｏｒ）表型的人肿瘤细胞株，在体外观察肿瘤细胞微卫星序列（ＭＳ）频发突变，研究人类肿瘤细胞基因组ＤＮＡ的遗传不稳定性。方法把含有人工合成的简单重复序列（ＣＡ）１４和ＬａｃＺ标志基因的重组质粒ｐＣＭＶ－ＣＡＲ经Ｌｉｐｏｆｅｃｔｉｏｎ方法转染ＲＥＲ＋或ＲＥＲ－人结肠癌细胞株。（ＣＡ）１４插入ＬａｃＺ编码序列之中，干扰了ＬａｃＺ基因的正确读码。当（ＣＡ）１４序列发生碱基缺失或插入突变，碱基数变为３的倍数时ＬａｃＺ基因读码框恢复，表达产生有生物活性的β－半乳糖苷酶。后者通过Ｘ－ｇａｌ染色检出。结果转染ｐＣＭＶ－ＣＡＲ的细胞克隆经Ｈｙｇｒｏｍｉｃｉｎ筛选并建株培养，观察到部份ＲＥＲ＋的质粒转染克隆，ＬａｃＺ能正确读码表达，经Ｘ－ｇａｌ染色试验，细胞变蓝。蓝细胞在建株培养后的传代过程中持续存在。而ＲＥＲ－细胞株，ｐＣＭＶ－ＣＡＲ转染克隆用Ｘ－ｇａｌ染色未见任何蓝色细胞。结论外源性（ＣＡ）１４序列在ＲＥＲ＋细胞转染克隆中可以发生碱基丢失或插入突变。直接反映了肿瘤细胞ＤＮＡ的不稳定性和复杂的突变状态。 展开更多

关键词 微卫星序列 穿梭质粒 肿瘤细胞 遗传不稳定性

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4个与柑橘cs8g01810基因紧密连锁的SSR分子标记开发

12

作者 胡亚平 王紫莹 +2 位作者 郑卓 郭雁君 吉前华 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2023年第12期3940-3945,共6页

柑橘几丁质酶基因cs8g01810位于第8染色体上,它可能在柑橘抗真菌病的过程中起重要作用,为了在柑橘的抗病育种中快速鉴定该基因,需要开发与该基因紧密连锁的分子标记。本研究通过在柑橘基因组测序数据库中检索,获得该基因上游50 kb和下游... 柑橘几丁质酶基因cs8g01810位于第8染色体上,它可能在柑橘抗真菌病的过程中起重要作用,为了在柑橘的抗病育种中快速鉴定该基因,需要开发与该基因紧密连锁的分子标记。本研究通过在柑橘基因组测序数据库中检索,获得该基因上游50 kb和下游50 kb的基因组DNA序列,再使用SSRIT软件寻找这段序列中的短串联重复序列,从而设计引物扩增,筛选获得基因连锁的SSR分子标记。以甜橙、砂糖橘、贡柑、沃柑4个品种的基因组DNA作为模板进行PCR扩增,将产物进行电泳比较和测序验证后,开发出4个与柑橘cs8g01810基因紧密连锁的SSR分子标记,它们与cs8g01810基因的物理距离在11~47 kb,扩增产物长度在70~212 bp,在不同柑橘品种中长度变异在2~9 bp,通过PCR扩增和3%琼脂糖凝胶电泳得到有效区分。开发的SSR分子标记将在分子辅助育种、基因图位克隆和种质资源鉴定等过程中发挥重要作用。 展开更多

关键词 SSR分子标记 几丁质酶 短串联重复序列 PCR扩增

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马口鱼全基因组简单重复序列特征分析与多态性标记开发

13

作者 葛健辉 关文志 +7 位作者 任晋东 牛宝龙 胡金春 王伟 翁旭东 楼宝 于瑾 许晓军 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第11期2584-2593,共10页

为开发马口鱼(Opsariichthys bidens)多态性简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)标记,利用微卫星识别工具(microsatellite identification tool,MISA)搜索统计马口鱼全基因组SSR,采用生物信息学方法对其分布特征进行比较分析;选... 为开发马口鱼(Opsariichthys bidens)多态性简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)标记,利用微卫星识别工具(microsatellite identification tool,MISA)搜索统计马口鱼全基因组SSR,采用生物信息学方法对其分布特征进行比较分析;选取39个三核苷酸SSR位点设计引物进行多态性检测。结果显示:马口鱼全基因组中SSR总数量为304870个,占全基因组长度的0.10%;二核苷酸SSR为马口鱼基因组中的主要重复类型。5种重复类型SSR数量为二核苷酸SSR>四核苷酸SSR>三核苷酸SSR>六核苷酸SSR>五核苷酸SSR。内含子区SSR数量最多,为93380个;5′非翻译区SSR数量最少,为622个。各区域SSR数量分布情况为内含子区>基因间隔区>启动子区>3′非翻译区>编码区>5′非翻译区。编码区数量最多的是三核苷酸SSR,而其他5个区域最多的是二核苷酸SSR。各重复类型拷贝数分布范围为5~350,主要集中在5~30。通过筛选得到15对多态性引物,在野生群体马口鱼中共检测到106个等位基因,观测杂合度为0.125~0.813,期望杂合度为0.359~0.862,多态信息含量(PIC)为0.339~0.830,其中12对引物具有高度多态性(PIC>0.5)。这些微卫星标记为马口鱼的种群遗传多样性分析、亲缘关系鉴定等研究提供了基础数据。 展开更多

关键词 马口鱼 全基因组 简单重复序列 多态性

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原麝基因区和基因间隔区微卫星分布规律及其功能分析

14

作者 张琪 刘凤燕 +3 位作者 赵琪 罗雷 赵贵军 戚文华 《四川动物》 北大核心 2023年第3期311-318,共8页

原麝Moschus moschiferus为国家一级重点野生保护动物,本文利用R脚本和TBtools提取原麝基因组中不同区域,包括5’端非翻译区(5’UTR)、3’端非翻译区(3’UTR)、外显子区、内含子区和基因间隔区的序列,统计和分析了微卫星(SSR)的分布规... 原麝Moschus moschiferus为国家一级重点野生保护动物,本文利用R脚本和TBtools提取原麝基因组中不同区域,包括5’端非翻译区(5’UTR)、3’端非翻译区(3’UTR)、外显子区、内含子区和基因间隔区的序列,统计和分析了微卫星(SSR)的分布规律、特征和功能。原麝基因组中SSR重复拷贝类别数量较多的是A、AC、AT、ACC、ACG、AGG、AAAC和AACTG。5’UTR中的三碱基丰度最高,3’UTR、基因间隔区、外显子区和内含子区均是单碱基最丰富。5’UTR含SSR的编码基因参与多生物体细胞膜组织、细胞骨架的结构成分、有丝分裂纺锤体的形成等功能;3’UTR含SSR的编码基因主要参与跨膜反应、转移酶复合物、基因结合等功能。本研究旨在探索原麝全基因组基因间隔区和编码区SSR分布规律及其生物学功能,为原麝分子标记及其遗传多样性研究提供科学依据。 展开更多

关键词 原麝 微卫星序列 生物信息学 功能分析

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细粒棘球绦虫基因型的微卫星分析 被引量：3

15

作者 马秀敏 刘春燕 +5 位作者 岳进巧 曹春宝 丁剑冰 吾拉木.马木提 伊藤亮 温浩 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第9期846-849,共4页

目的利用细粒棘球绦虫微卫星序列为分型标记,建立高效、快速、简便的鉴定细粒棘球绦虫基因型技术。方法采用FAM和HEX两种不同荧光染料分别标记细粒棘球绦虫的Sca、Emsk、C106微卫星序列引物,利用荧光PCR-基因扫描技术鉴定新疆不同地区C... 目的利用细粒棘球绦虫微卫星序列为分型标记,建立高效、快速、简便的鉴定细粒棘球绦虫基因型技术。方法采用FAM和HEX两种不同荧光染料分别标记细粒棘球绦虫的Sca、Emsk、C106微卫星序列引物,利用荧光PCR-基因扫描技术鉴定新疆不同地区CE病人细粒棘球绦虫分离株的基因型。结果44例CE病人的66个分离株标本经PCR及微卫星标记鉴定均为细粒棘球绦虫,其中43例病人的65个细粒棘球绦虫分离株标本为G1基因型;1例病人的1个细粒棘球绦虫分离株标本为G6基因型。结论微卫星标记能够从基因水平快速、精确地鉴定新疆细粒棘球绦虫分离株的基因型,对细粒棘球绦虫的流行病学和致病性研究有重要价值。 展开更多

关键词 细粒棘球绦虫 基因型 微卫星序列

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中国人散发性大肠癌中微卫星DNA不稳定的研究 被引量：1

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作者 苏占海 何友吉 +3 位作者 武景阳 郭金虎 李明发 单祥年 《南京铁道医学院学报》 CAS 1999年第3期152-154,共3页

目的：探讨中国人散发性大肠癌中微卫星 Ｄ Ｎ Ａ 不稳定及复制差错与大肠癌生物学行为的关系。方法：选择１０ 个微卫星位点， 应用 Ｐ Ｃ Ｒ－ 变性聚丙烯酰胺凝胶电泳对３９ 例散发性大肠癌组织进行检测。结果：在多个位点上发现了... 目的：探讨中国人散发性大肠癌中微卫星 Ｄ Ｎ Ａ 不稳定及复制差错与大肠癌生物学行为的关系。方法：选择１０ 个微卫星位点， 应用 Ｐ Ｃ Ｒ－ 变性聚丙烯酰胺凝胶电泳对３９ 例散发性大肠癌组织进行检测。结果：在多个位点上发现了较高的微卫星 Ｄ Ｎ Ａ 不稳定（ Ｍ Ｉ） ，其中 Ｄ３ Ｓ１３１７ 位点上 Ｍ Ｉ为４４ ％ ， Ｄ３ Ｓ９６６ 上 Ｍ Ｉ为２６ ．６ ％ ， Ｄ２ Ｓ１２３ 和 Ｄ２ Ｓ１１９ 上 Ｍ Ｉ分别为３６ ％ 和２５ ．７ ％ 。结论： Ｍ Ｉ阳性率和肿瘤组织学分类无明显相关性，而与肿瘤组织的分化程度、浸润程度等有显著的相关关系，因而微卫星 Ｄ Ｎ Ａ 可以为肿瘤的早期诊断及患者预后判断提供帮助。同时，在散发性结肠癌中也存在较高的微卫星 Ｄ Ｎ Ａ 不稳定，这可能与某种 Ｄ Ｎ Ａ 错配修复基因发生突变有关。 展开更多

关键词 微卫星标记 微卫星DNA 大肠癌 病理

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微卫星分子标记在大豆中的应用 被引量：1

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作者 吴俊江 《农业系统科学与综合研究》 CSCD 2005年第1期16-19,共4页

微卫星分子标记具有重复性好、多态性高、共显性等特点而在大豆中广泛应用。对微卫星分子标记在大豆分子遗传图谱构建、分子标记辅助选择、遗传多样性及遗传距离分析、品种鉴别等方面进行介绍,为该标记在大豆中的更好应用提供理论参考... 微卫星分子标记具有重复性好、多态性高、共显性等特点而在大豆中广泛应用。对微卫星分子标记在大豆分子遗传图谱构建、分子标记辅助选择、遗传多样性及遗传距离分析、品种鉴别等方面进行介绍,为该标记在大豆中的更好应用提供理论参考依据。参27。 展开更多

关键词 大豆 微卫星分子标记 分子遗传图谱 分子标记辅助选择 遗传多样性 遗传距离 品种鉴别

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基于SSR标记技术对3种国产绵羊肉的品种鉴别分析

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作者 宋亚倩 杨波 +1 位作者 罗瑞明 马小梅 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第4期346-354,共9页

提取纯种宁夏滩羊、纯种新疆细毛羊和纯种藏绵羊的肝脏DNA,并进行文库构建、扩增、纯化和质控。检测序列中的简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)位点,设计合成并筛选50对引物进行聚合酶链式反应扩增并使用毛细管电泳检测SSR分型... 提取纯种宁夏滩羊、纯种新疆细毛羊和纯种藏绵羊的肝脏DNA,并进行文库构建、扩增、纯化和质控。检测序列中的简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)位点,设计合成并筛选50对引物进行聚合酶链式反应扩增并使用毛细管电泳检测SSR分型后,挑选多态性引物对宁夏滩羊、新疆细毛羊和藏绵羊样本进行遗传多态性检测。结果显示:有10对SSR引物成功扩增出稳定条带,分析10对多态性SSR引物的遗传多样性得出,宁夏滩羊、新疆细毛羊和藏绵羊的平均等位基因数分别为4.100、3.100和3.600;平均有效等位基因数分别为3.782、2.747和3.193;平均观测杂合度分别为1.007、1.009和0.953;平均期望杂合度分别为0.704、0.615和0.660;平均多态信息含量分别为0.432、0.414和0.425,说明宁夏滩羊的遗传多态程度高于藏绵羊和新疆细毛羊。毛细管荧光电泳检测峰图结果表明:scaffold632:150-463荧光引物对宁夏滩羊源性肉特异性良好;scaffold31384:146-461荧光引物对新疆细毛羊源性肉特异性良好;scaffold7676:103-270荧光引物对藏绵羊肉特异性良好,这3对引物能够实现对宁夏滩羊、新疆细毛羊和藏绵羊的有效区分。建立的我国西北地区3个绵羊品种基因库,可以用于科学准确判断3个纯种绵羊肉品种。 展开更多

关键词 基因组DNA 微卫星序列 特异性检测 绵羊肉品种鉴别

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SSR标记在桉树树种精准鉴定中的应用分析 被引量：1

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作者 刘果 谢耀坚 +1 位作者 吴志华 陈鸿鹏 《热带亚热带植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期116-124,共9页

为精准鉴定桉树种质,利用4个在种内完全保守的SSR位点对28种桉树(Eucalyptus)进行鉴定。根据这4个SSR位点的微卫星重复次数和侧翼序列特异核苷酸组合,构建了28种桉树种间种质资源的鉴定条码,能够精准鉴定9种桉树。这为桉树杂交育种工作... 为精准鉴定桉树种质,利用4个在种内完全保守的SSR位点对28种桉树(Eucalyptus)进行鉴定。根据这4个SSR位点的微卫星重复次数和侧翼序列特异核苷酸组合,构建了28种桉树种间种质资源的鉴定条码,能够精准鉴定9种桉树。这为桉树杂交育种工作提供了生物学依据。 展开更多

关键词 桉树 SSR标记 微卫星序列 种质鉴定

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基于甘蔗AP85-441和R570基因组参考序列的微卫星位点鉴定和SSR标记开发 被引量：1

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作者 徐志军 赵胜 +3 位作者 胡小文 孔冉 苏俊波 刘洋 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2020年第4期722-729,共8页

分子标记缺乏是制约甘蔗分子标记技术发展的重要因素。本研究利用甘蔗AP85-441和R570基因组参考序列,使用MISA软件分别鉴定出512835和97839个微卫星位点,分别占割手密基因组(AP85-441)和甘蔗基因组(R570)高质量参考序列的0.32%和0.35%。... 分子标记缺乏是制约甘蔗分子标记技术发展的重要因素。本研究利用甘蔗AP85-441和R570基因组参考序列,使用MISA软件分别鉴定出512835和97839个微卫星位点,分别占割手密基因组(AP85-441)和甘蔗基因组(R570)高质量参考序列的0.32%和0.35%。在2个基因组序列中,优势重复单元均为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,各重复单元均以AT富集的基元为主。割手密和甘蔗基因组序列中分别有472117和89748个位点可以开发SSR标记。对割手密、甘蔗与高粱基因进行同源性分析,分别鉴定出16691个和13271个对应到高粱1~10号染色体上的同源基因,利用基因序列中的SSR位点,开发出13224和7624对SSR引物。对开发的引物分别以割手密和甘蔗基因组为模板进行e-PCR检测,这些引物在割手密基因组中以多位点扩增为主,在2个基因组中的有效标记比例分别为79.35%和36.13%、79.01%和93.36%。部分SSR引物在基因组中表现出特异性扩增,有1368对仅在AP85-441中单扩增,有1420对仅在R570序列中单扩增,共有752对SSR引物可在2个基因组中单扩增,且这些SSR的扩增位点和来源基因均分布于所在基因组的全部染色体上。在禾本科作物基因组中e-PCR检测表明,开发的单扩增SSR标记具有较好的特异性。本研究鉴定的SSR位点,有助于进一步丰富甘蔗的分子标记;开发的3540对SSR引物对于栽培种甘蔗遗传图谱构建中遗传来源区分和同源连锁群确定具有重要的参考意义。 展开更多

关键词 甘蔗 微卫星序列 同源基因 SSR标记 特异扩增

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