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低拷贝核基因在异源多倍体植物中的进化与表达 被引量：7
1
作者 刘志鹏 王能飞 +3 位作者 赵爱云 沈继红 刘小丽 刘公社 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期163-171,共9页
异源多倍体植物在自然界中广泛分布。在这类植物谱系中,低拷贝核基因具有特殊的进化特点和丰富的植物系统发生信息,在转录水平存在基因沉默、基因激活和不均等表达等特点。以低拷贝核基因为主线,概述了其在多倍体植物系统发生中的应用... 异源多倍体植物在自然界中广泛分布。在这类植物谱系中,低拷贝核基因具有特殊的进化特点和丰富的植物系统发生信息,在转录水平存在基因沉默、基因激活和不均等表达等特点。以低拷贝核基因为主线,概述了其在多倍体植物系统发生中的应用和相关注意事项,并对其在多倍体植物中的表达变化及其分子机制进行了探讨,系统地介绍了国际上相关领域的研究成果和最新动向。 展开更多
关键词 低拷贝核基因 异源多倍体 植物系统重建 基因表达
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利用低拷贝核基因重建菊科紫菀亚科族间系统发育关系 被引量：8
2
作者 刘勉 张彩飞 +1 位作者 黄建勋 马红 《植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期549-564,共16页
紫菀亚科(Asteroideae)是菊科最大的一个亚科,包含的种数多于被子植物的绝大多数科。目前,紫菀亚科族间的系统发育关系主要依赖于叶绿体基因信息,但是叶绿体基因为单亲遗传,并不能完整反映进化历史。鉴于杂交现象在菊科普遍存在,故利用... 紫菀亚科(Asteroideae)是菊科最大的一个亚科,包含的种数多于被子植物的绝大多数科。目前,紫菀亚科族间的系统发育关系主要依赖于叶绿体基因信息,但是叶绿体基因为单亲遗传,并不能完整反映进化历史。鉴于杂交现象在菊科普遍存在,故利用核基因可以反映更完整的紫菀亚科进化历史。该研究首次使用从转录组数据(20个新测+11个从NCBI数据库下载)中筛选出的47个直系同源低拷贝核基因来研究紫菀亚科的系统发育关系,共选取了29个物种,代表了紫菀亚科20个族中的13个族。用超矩阵分析方法和溯祖推测分析方法各获得了1个稳定的紫菀亚科系统树,每个树上绝大多数分支都得到了高度支持,且2个树之间没有明显的冲突。新的紫菀亚科族间系统发育关系揭示了千里光超族应并入紫菀超族,春黄菊族可能是千里光族与紫菀族杂交起源的,金鸡菊族很可能也是杂交起源的。该研究结果显示低拷贝核基因可以更好地解决科以下分类阶元的系统发育关系,对菊科乃至被子植物其它科的系统发育研究具有重要的借鉴意义。 展开更多
关键词 菊科 紫菀亚科 低拷贝核基因 系统发育 转录组测序
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初探低拷贝核基因在低等分类阶元系统发育重建中的适用性———以十字花科为例 被引量：8
3
作者 丁铭 曾丽萍 +1 位作者 马红 张宁 《植物分类与资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期211-221,共11页
分子系统学已被广泛用于解决物种之间的亲缘关系。迄今为止,被子植物分子系统学大都采用叶绿体和线粒体基因。但叶绿体和线粒体多数采用单亲遗传方式,不能完全记录物种的进化历史。而且叶绿体和线粒体基因相对保守,可用于系统发育重建... 分子系统学已被广泛用于解决物种之间的亲缘关系。迄今为止,被子植物分子系统学大都采用叶绿体和线粒体基因。但叶绿体和线粒体多数采用单亲遗传方式,不能完全记录物种的进化历史。而且叶绿体和线粒体基因相对保守,可用于系统发育重建的信息有限,很难用来解决科以下类群之间的亲缘关系。相反,核基因遵守双亲遗传方式并能提供大量信息位点,但却没有得到广泛运用。本文以十字花科为例,从17种十字花科植物中得到了5个编码蛋白的单拷贝核基因序列,采用最大简约法、最大似然法和贝叶斯法重建它们之间的亲缘关系。结果表明,和目前常用的基因相比,这些基因能提供更多的信息位点,由此得到的系统发育树具有很高的支持,利用最大简约法得到的5个核基因的系统树中各分支均得到了100%的自展支持率。结果表明,我们选取的核基因可以用来进行科、属及种间的系统发育重建。因此,这5个基因可以用来解决被子植物其它科内的亲缘关系,而且也可以作为DNA条形码研究的有效分子标记。 展开更多
关键词 分子系统学 十字花科 低拷贝核基因 MCM5 MLH1 AT3G54630 AT3G26730 AT2G47990
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DNA序列在悬钩子属植物分子系统学研究中的应用进展 被引量：6
4
作者 张丽 王小蓉 +2 位作者 王燕 陈清 何文 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期423-430,共8页
悬钩子属植物种类繁多,类群复杂,而且多为多倍体和杂种。该文就近年来国内外有关DNA序列在悬钩子属植物分子系统学研究中的应用现状和进展进行了综述,并对中国悬钩子属植物系统发育研究进行了展望。研究认为:叶绿体DNA序列多应用非编码... 悬钩子属植物种类繁多,类群复杂,而且多为多倍体和杂种。该文就近年来国内外有关DNA序列在悬钩子属植物分子系统学研究中的应用现状和进展进行了综述,并对中国悬钩子属植物系统发育研究进行了展望。研究认为:叶绿体DNA序列多应用非编码区,且多与ITS序列联合分析;核基因组中ITS序列应用最为广泛,主要用于研究悬钩子属空心莓组与木莓组的进化关系、栽培品种间亲缘关系及部分杂种和多倍体的起源等;在该属植物中发现了ITS个体内多态性,但未进行ITS假基因检测,其系统学应用价值需重新评价;低拷贝核基因只有GBSSI和LEAFY有相关应用。同时认为,悬钩子属植物系统学研究中应用的DNA序列及研究类群均较少,缺乏对整个悬钩子属全面而系统的研究。指出应进一步选择具有代表性的样本、筛选合适的DNA片段,并结合形态学、孢粉学和细胞学等手段对中国悬钩子属植物系统关系进行深入研究。 展开更多
关键词 悬钩子属 DNA序列 系统发育 ITS序列 叶绿体DNA 低拷贝核基因
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一种来自长柄扁桃、桃和梅的包含AP2结构域基因的生物信息学分析
5
作者 赵欢蕊 段义忠 +1 位作者 相微微 王建武 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2017年第8期2986-2996,共11页
通过分析长柄扁桃幼苗叶片转录组测序,从中找到一个包含AP2结构域的Unigene,该Unigene包含完整的开放读码框,全长3182bp,编码767个氨基酸,将其命名为ApAP2dc1。以ApAP2dc1的DNA序列作为信息探针,在桃和梅的基因组序列中进行查询比较,发... 通过分析长柄扁桃幼苗叶片转录组测序,从中找到一个包含AP2结构域的Unigene,该Unigene包含完整的开放读码框,全长3182bp,编码767个氨基酸,将其命名为ApAP2dc1。以ApAP2dc1的DNA序列作为信息探针,在桃和梅的基因组序列中进行查询比较,发现桃和梅的基因组中均存在ApAP2dc1的直系同源基因,分别命名为PpAP2dc1和PmAP2dc1。在桃和梅的基因组中还各发现一个串联重复的旁系同源基因,分别命名为PpRYdc1和PmRINGdc1。保守结构域分析表明,ApAP2dc1、PpAP2dc1和PmAP2dc1都含有AP2结构域,而PpRYdc1和PmRINGdc1不含AP2结构域;基因结构分析表明,PpAP2dc1和PmAP2dc1、PpRYdc1和PmRINGdc1虽然互为直系同源基因,但其基因结构有明显差异;旁系同源基因的启动子序列也有较大差异。该研究结果表明长柄扁桃、桃和梅基因组上的上述区域在进化上不保守,该区域的基因在结构和表达上正在进行快速趋异进化。 展开更多
关键词 长柄扁桃 AP2 转录组 低拷贝核基因
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