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植物DNA条形码技术 被引量：155
1
作者 任保青 陈之端 《植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期1-12,共12页
DNA条形码技术是利用标准的、具有足够变异的、易扩增且相对较短的DNA片段在物种内的特异性和种间的多样性而创建的一种新的生物身份识别系统,从而实现对物种的快速自动鉴定。尽管这一技术在理论上和具体应用上仍存在很多争论,但DNA条... DNA条形码技术是利用标准的、具有足够变异的、易扩增且相对较短的DNA片段在物种内的特异性和种间的多样性而创建的一种新的生物身份识别系统,从而实现对物种的快速自动鉴定。尽管这一技术在理论上和具体应用上仍存在很多争论,但DNA条形码概念自2003年由加拿大分类学家Paul Hebert首次提出后就在世界范围内受到了广泛关注。在植物类群中条形码的研究和应用尚处于探索阶段,稍落后于对动物类群的研究,这主要表现在:(1)DNA条形码的选择及其评价仍没有统一的标准;(2)对类群较全面的形态分类学修订和植物DNA条形码研究的结合十分缺乏;(3)以往研究在取样上尺度较大,而对具体类群的研究较少,一个科或一个属只用有限的种类作为代表,同一种内的取样个体数量也不足,这样虽然表面上看来利用选定的DNA条形码可以较容易地把代表物种区分开,但实际上目前建议的植物DNA条形码(例如由生命条形码咨询委员会植物工作组最近提出的rbcL和matK)由于其分子进化速率较慢,在种级水平上,特别是对于那些经历了适应辐射或快速进化的属来说,分辨率较低。而DNA条形码的应用主要集中在属内物种水平的鉴别,因此只有针对具体类群进行探索研究,发现进化速率较快、分辨率高且通用性好的条形码,才可能为建立完整的条形码数据库起到积极有效的作用。 展开更多
关键词 ITS.matK 形态分类学 植物DNA条形码 RBCL TRNH-PSBA
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核糖体DNA的内转录间隔区序列标记在真菌分类鉴定中的应用 被引量：39
2
作者 林剑伟 阙友雄 +2 位作者 陈天生 许莉萍 张木清 《生物技术通讯》 CAS 2007年第2期292-294,共3页
传统的真菌分类主要根据真菌菌株的形态特征、生长特性与生理生化指标进行,而分子生物学技术的发展提升了真菌分类鉴定研究的手段。真菌核糖体DNA内转录间隔区(ITS)在进化上比编码区快,种内的不同菌株之间高度保守,但在种间变化极大,故... 传统的真菌分类主要根据真菌菌株的形态特征、生长特性与生理生化指标进行,而分子生物学技术的发展提升了真菌分类鉴定研究的手段。真菌核糖体DNA内转录间隔区(ITS)在进化上比编码区快,种内的不同菌株之间高度保守,但在种间变化极大,故可为真菌学的研究提供丰富的遗传信息。简要综述了ITS序列分析技术在真菌分类鉴定中的应用现状、相关问题及前景。 展开更多
关键词 核糖体DNA 内转录间隔区 分类 真菌
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中日当归属药用植物ITS序列分析 被引量：29
3
作者 赵国平 新关稔 +3 位作者 石川隆二 钱三旗 章群 敖杰男 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2006年第7期1072-1076,共5页
目的 建立当归属药用植物功效的分子系统学基础，为当归属药用植物功效的差异性提供分子依据。方法 采用PCR技术与克隆技术相结合，获得ITS基因，进行测序，经Phylip软件统计分析和分支分析，建立系统发育树，计算各类群间的遗传距离。... 目的 建立当归属药用植物功效的分子系统学基础，为当归属药用植物功效的差异性提供分子依据。方法 采用PCR技术与克隆技术相结合，获得ITS基因，进行测序，经Phylip软件统计分析和分支分析，建立系统发育树，计算各类群间的遗传距离。结果 当归属药用植物中ITS1-5．8S-ITS2序列长度为600～629bp，去除序列长度为165bp的5．8S，ITS1＋ITS2排序后的长度为468个位点。系统树将当归属药用植物分为两组，以独活、白芷为代表分别聚类，甘肃产岷当归Angelica sinensis不与上述任何一组聚类，却与欧当归Levisticum officinale遗传距离相对较小。结论 上述结果与当归属药用植物功效差异基本吻合，启示药用植物亲缘演化关系可能是研究药用植物功效规律的一条重要途径。 展开更多
关键词 当归属 基因转录间隔区 遗传距离 功效
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16S～23SrDNA内转录间隔区序列分析及其在分支杆菌鉴定中的应用价值 被引量：27
4
作者 李国利 庄玉辉 +4 位作者 赵铭 王国治 范以虎 陈保文 胡忠义 《中华结核和呼吸杂志》 CAS CSCD 北大核心 2002年第3期166-170,共5页
目的　研究 16S～ 2 3SrDNA内转录间隔区 (internaltranscribedspacer,ITS)序列在分支杆菌鉴定中的应用价值。方法　应用PCR 直接测序法对 2 2种 30株分支杆菌参考菌株和 16株分支杆菌临床分离菌株 16S～ 2 3SrDNAITS测序。对所测定序... 目的　研究 16S～ 2 3SrDNA内转录间隔区 (internaltranscribedspacer,ITS)序列在分支杆菌鉴定中的应用价值。方法　应用PCR 直接测序法对 2 2种 30株分支杆菌参考菌株和 16株分支杆菌临床分离菌株 16S～ 2 3SrDNAITS测序。对所测定序列以及GenBank所报道的有关序列用Clustal程序 (MegAlignPackage [WindowsVersion 4 0 1];DNASTAR ,Madson ,Wis)处理分析 ,计算种间相似性 ,用PHYLIPPackage构建分支杆菌菌种聚类分析树状谱。结果　除结核分支杆菌复合群 (MTC)菌种 (结核分支杆菌、牛分支杆菌、非洲分支杆菌和田鼠分支杆菌 ) 16S～ 2 3SrDNAITS序列完全一致外 ,其它分支杆菌菌种间核苷酸排列顺序及长度变异较大 ,种间相似性为 30 4 %～ 86 5 % ,聚类分析树状谱能将各分支杆菌菌种相分离。结果表明 16S～ 2 3SrDNAITS序列分析能将MTC与非结核分支杆菌 (NTM)相鉴别 ,能将NTM鉴定至种的水平。结论　 16S～ 2 3SrDNAITS可做为分支杆菌鉴定的靶基因。 展开更多
关键词 分支杆菌 鉴定 内转录间隔区 聚合酶链反应 序列分析 NTM 结核病
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16S rRNA/ITS基因序列分析与微生物分类鉴定及其在药品微生物质量控制中的应用 被引量：24
5
作者 张国林 苏远科 +2 位作者 沈海英 顾珉 邢以文 《中国现代应用药学》 CAS CSCD 2017年第10期1489-1495,共7页
经典的微生物鉴定有赖于微生物的纯培养,其在一些难培养、生长缓慢或需要特殊营养的微生物鉴定方面有明显的局限性。全自动细菌鉴定及药敏分析系统和基质辅助激光解离飞行时间质谱对微生物鉴定属表型鉴定,严重依赖仪器生产厂商提供的数... 经典的微生物鉴定有赖于微生物的纯培养,其在一些难培养、生长缓慢或需要特殊营养的微生物鉴定方面有明显的局限性。全自动细菌鉴定及药敏分析系统和基质辅助激光解离飞行时间质谱对微生物鉴定属表型鉴定,严重依赖仪器生产厂商提供的数据库,对类型多样的环境微生物的鉴定分型有明显缺陷。基于遗传物质的分子生物学鉴定技术为微生物的准确鉴定及分型提供了新的思路。16S rRNA/ITS遗传信息具有相对稳定性和易变异的双重特点,不依赖于微生物的营养及生长状态,在微生物的鉴定、分型中得到广泛应用。微生物是影响药品质量的重要因素,而药品微生物控制是药品质量控制的重要方面。本文对16S rRNA/ITS序列与微生物鉴定、分型及其在药品微生物质量控制领域中的应用进行综述,为相关工作提供参考。 展开更多
关键词 微生物鉴定 溯源分析 形态学鉴定 16S RRNA 16S-23S rRNA基因间隔区 分子生物学技术
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rDNA ITS序列在鉴定尖端赛多孢子菌中的应用 被引量：16
6
作者 彭慧 郑岳臣 《同济医科大学学报》 CSCD 2000年第1期26-28,共3页
为探明一例眼外伤摘除的眼球活组织中培养分离出的一株形态特异的尖端赛多孢子菌的分子生物学特征及其与波氏假阿利什菌、一般尖端赛多孢子菌标准株的亲缘关系，采用聚合酶链式反应（ＰＣＲ）扩增其ｒＤＮＡ中基因间转录区（ＩＴＳ），... 为探明一例眼外伤摘除的眼球活组织中培养分离出的一株形态特异的尖端赛多孢子菌的分子生物学特征及其与波氏假阿利什菌、一般尖端赛多孢子菌标准株的亲缘关系，采用聚合酶链式反应（ＰＣＲ）扩增其ｒＤＮＡ中基因间转录区（ＩＴＳ），并对ＰＣＲ产物进行限制性片段长度多态性分析（ＲＦＬＰ）。结果发现，形态特异的尖端赛多孢子菌株与标准株及其它同种菌株具有相同的酶切图谱，而与顶孢霉和烟曲霉则不一致，表明该菌株就是波氏假阿利什菌的无性期。该标准菌株的ＩＴＳ序列酶切图谱可供快速、准确地鉴定尖端赛多孢子菌及其有性期，以便于临床早期诊断和及时治疗。 展开更多
关键词 尖端赛多孢子菌 基因间转录区 聚合酶链反应
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弓形虫ITS及5.8S序列的PCR扩增、克隆及分析 被引量：16
7
作者 翁亚彪 谢德华 +4 位作者 林瑞庆 李华文 张德林 吴绍强 朱兴全 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期70-73,共4页
通过对国内来源于不同宿主的ZS人株、SH人株、CN猪株、QH绵羊株4个弓形虫虫株,以及国际标准强毒株RH株的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)及5 8SDNA序列进行PCR扩增、克隆、测序和序列分析,旨在对国内不同宿主间弓形虫虫株的遗传变异情况进... 通过对国内来源于不同宿主的ZS人株、SH人株、CN猪株、QH绵羊株4个弓形虫虫株,以及国际标准强毒株RH株的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)及5 8SDNA序列进行PCR扩增、克隆、测序和序列分析,旨在对国内不同宿主间弓形虫虫株的遗传变异情况进行分析和验证,为分子遗传学和分子诊断学研究提供资料。结果显示:QH绵羊株、ZS人株、SH人株、CN猪株的ITS及5 8S序列完全一致,且与GenBank上注册RH株的ITS及5 8S序列也一致;仅实验室传代保存的RH株的ITS2序列与其它4株的ITS2有2个碱基的差异。结果表明ITS可作为分子标记用于弓形虫与其它原虫的种间鉴定,但不适合用于弓形虫种内遗传变异的研究。 展开更多
关键词 弓形虫 SH 序列 RH 克隆 宿主 CN 绵羊 PCR扩增 强毒株
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黄芩ITS2条形码数据库构建及其种子的DNA条形码鉴定方法建立 被引量：22
8
作者 刘金欣 魏妙洁 +4 位作者 李耿 程硕涵 赵春颖 阿里穆斯 石林春 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第9期37-45,共9页
目的：通过构建黄芩核糖体DNA内转录间隔区2（ITS2）条形码数据库,建立黄芩种子DNA条形码鉴定新方法,保障黄芩种子基原准确。方法：收集黄芩对照药材、基原植物、生药材、公共数据库及其常见代用品的ITS2序列,构建黄芩DNA条形码数据库;... 目的：通过构建黄芩核糖体DNA内转录间隔区2（ITS2）条形码数据库,建立黄芩种子DNA条形码鉴定新方法,保障黄芩种子基原准确。方法：收集黄芩对照药材、基原植物、生药材、公共数据库及其常见代用品的ITS2序列,构建黄芩DNA条形码数据库;收集62份市售黄芩种子样品,每份种子获取3-4条ITS2序列,基于BLAST方法、遗传距离法和邻接（NJ）系统发育树法进行物种鉴定。结果：共获得101条黄芩及其代用品的ITS2序列。黄芩的种内序列变异小于种间序列变异,黄芩、甘肃黄芩和粘毛黄芩在NJ系统发育树上分别聚为独立的支,可相互区分。共获得195条黄芩种子的ITS2序列,DNA条形码鉴定结果表明193条为黄芩序列,2条为真菌序列。结论：黄芩ITS2条形码数据库稳定可靠,可满足黄芩种子DNA条形码鉴定的需求。DNA条形码技术可用于黄芩种子的物种鉴定。 展开更多
关键词 黄芩 种子 DNA条形码 内转录间隔区 鉴定 甘肃黄芩 基原植物
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四个红菇科菌株的rDNA ITS序列分析和系统发育研究 被引量：19
9
作者 付立忠 李海波 +3 位作者 魏海龙 吴庆其 吴大丰 吴学谦 《食用菌学报》 2007年第2期23-32,共10页
以采自浙江省丽水山区的4个红菇科菌株作为研究材料,进行rDNAITS(Internal Transcribed Spacer)区段克隆测序和序列特征比较分析,并对ITS序列进行核酸序列数据库GenBank同源性检索比对,将从GenBank检索获得的15个最相似物种的ITS序列连... 以采自浙江省丽水山区的4个红菇科菌株作为研究材料,进行rDNAITS(Internal Transcribed Spacer)区段克隆测序和序列特征比较分析,并对ITS序列进行核酸序列数据库GenBank同源性检索比对,将从GenBank检索获得的15个最相似物种的ITS序列连同4个红菇科菌株的ITS序列一起用于系统发育分析。序列比较结果表明,4个红菇科菌株的rDNAITS序列长度为673bp^766bp,GC含量为47.4%~49.48%,其中2个红菇属(Russula)菌株R32和R57间的ITS序列长度和GC含量差异极小,而与血红乳菇(Lactarius sanguifluus)菌株L37间的ITS序列长度和GC含量差异较大。系统发育分析表明,R57为花盖红菇(R.cyanoxantha)的一个菌株,红菇属的赭盖红菇(R.mustelina)、绿菇(R.virescens)和青灰红菇(R.parazurea)三者间的序列差异较小,亲缘关系较近;乳菇属(Lactarius)的血红乳菇同鲑色乳菇(L.salmonicolor)种间的序列差异较小,亲缘关系较近。 展开更多
关键词 红菇 rDNA内转录间隔区(ITS) 序列分析 系统发育 大型真菌
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珠母贝属的系统发育:核rDNA ITS序列证据 被引量：18
10
作者 喻达辉 朱嘉濠 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期315-323,共9页
珠母贝属(Pinctada)的一些种类是生产海水珍珠的重要母贝,个别种类已濒临灭绝。本文利用核糖体DNA内部转录间隔区1(ITS1)和2(ITS2)序列对珠母贝属常见种类的系统发育和分类地位进行了分析。结果表明:ITS1长410–482bp,其中Pinctadamaxim... 珠母贝属(Pinctada)的一些种类是生产海水珍珠的重要母贝,个别种类已濒临灭绝。本文利用核糖体DNA内部转录间隔区1(ITS1)和2(ITS2)序列对珠母贝属常见种类的系统发育和分类地位进行了分析。结果表明:ITS1长410–482bp,其中Pinctadamaxima最长,P.fucata,P.fucatamartensii,P.imbricata和P.nigra最短。ITS2长210–249bp,其中P.albina和P.nigra最长,P.maxima和P.margaritifera最短。碱基替换的同质性检测发现,P.maxima、P.margaritifera和P.chemnitzi的碱基替换格局存在显著性差异,前二者的GC含量显著高于其他种,在进化上可能比较原始;而P.chemnitzi可能发生过染色体重排事件,可能是新近形成的种。系统发育分析表明,所研究的种类可分成3个类群:类群I包含P.fucata、P.fucatamartensii和P.imbricata;类群II包含P.albina、P.nigra、P.chemnitzi和P.radiata;类群III包含P.maxima和P.margaritifera。在类群I中,我国的P.fucata、日本的P.fucatamartensii和澳大利亚的P.imbricata的种间遗传分化不明显,可能为同种,根据命名优先原则应以P.imbricata命名该种为宜。类群II中P.albina和P.nigra可能是两个亚种,而GenBank中的P.radiata(AY144603)可能是P.chemnitzi的误定。类群III(P.maxima和P.margaritifera)分化较早,与碱基替换格局的检测结果相符。 展开更多
关键词 内部转录间隔区 种类辨析 进化关系 碱基替换格局 歧异指数 系统发育分析 珠母贝 核RDNA ITS序列 GENBANK 证据 核糖体DNA 遗传分化 检测结果
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从分子系统学角度分析拟盘多毛孢属及其近缘属的界限 被引量：13
11
作者 韦继光 徐同 +3 位作者 郭良栋 赖传雅 潘秀湖 熊英 《广西农业生物科学》 CAS CSCD 2005年第3期200-204,共5页
拟盘多毛孢属和截盘多毛孢属的划分界限长期以来因分类学家的观点不一致而处于模糊状态,以核糖体DNA的内转录间区序列建立分子系统树的结果支持五细胞分生孢子类型应归入拟盘多毛孢属,四细胞分生孢子类型应归入截盘多毛孢属,分子系统树... 拟盘多毛孢属和截盘多毛孢属的划分界限长期以来因分类学家的观点不一致而处于模糊状态,以核糖体DNA的内转录间区序列建立分子系统树的结果支持五细胞分生孢子类型应归入拟盘多毛孢属,四细胞分生孢子类型应归入截盘多毛孢属,分子系统树同时可以反映无性阶段和有性阶段之间的联系,显示出分子系统学对形态分类学的客观性的评判作用。 展开更多
关键词 拟盘多毛孢属 截盘多毛孢属 内转录间区 形态分类学 分子系统学
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龙眼属rDNA的ITS序列分析 被引量：15
12
作者 姜帆 高慧颖 +1 位作者 陈秀萍 郑少泉 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期262-268,共7页
为了讨论龙眼属(Dimocarpus Lour.)的遗传多样性及鉴别技术,运用克隆测序法测定了主产区龙眼(Dimo-carpus longan Lour)品种及其近缘种龙荔[Dimocarpus confinis(Howet Ho)H.S.Lo.]的核糖体DNA中的内转录间隔区(ITS)序列(包括ITS1,5.8S... 为了讨论龙眼属(Dimocarpus Lour.)的遗传多样性及鉴别技术,运用克隆测序法测定了主产区龙眼(Dimo-carpus longan Lour)品种及其近缘种龙荔[Dimocarpus confinis(Howet Ho)H.S.Lo.]的核糖体DNA中的内转录间隔区(ITS)序列(包括ITS1,5.8S和ITS2)。结果表明,龙眼及其近缘种龙荔的ITS区序列的长度范围为618～646 bp,长度变异为28 bp;其中,ITS1和ITS2的长度范围分别为227～235 bp和227～247 bp。龙眼品种间ITS序列变异位点比较丰富,通过单个或组合变异位点可以作为特异位点用于品种之间的鉴别。龙荔的ITS序列变异较大,在609处插入一个19个碱基的片段;系统发育树也表明龙荔自为一单树系,为其是龙眼近缘种提供了新的分子证据。结果还表明龙眼果实香味、流汁程度和质地与基于ITS序列的系统发育树结果表现较多品种的吻合性。 展开更多
关键词 龙眼 ITS 分子鉴别
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烟草靶斑病菌菌丝融合群及ITS序列分析 被引量：14
13
作者 吴元华 伏颖 +2 位作者 赵秀香 穆凌霄 赵艳琴 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期215-218,共4页
烟草靶斑病是2006年我国新报道发生的一种叶部病害，其病原的无性世代为立枯丝核菌（Rhizoctonia solaniKfihn），有性世代为瓜亡革菌（Thanatephorus cucumeris（Frank）Donk）。该病菌主要危害叶部形成病斑，对烟草的产量和品质影响... 烟草靶斑病是2006年我国新报道发生的一种叶部病害，其病原的无性世代为立枯丝核菌（Rhizoctonia solaniKfihn），有性世代为瓜亡革菌（Thanatephorus cucumeris（Frank）Donk）。该病菌主要危害叶部形成病斑，对烟草的产量和品质影响显著，目前该病害主要分布在辽宁省丹东和铁岭地区，并呈现出迅速蔓延趋势。烟草靶斑病最早由巴西报道，此后，哥斯达黎加、美国、南非和津巴布韦也相继发生。 展开更多
关键词 靶斑病菌 ITS序列分析 菌丝融合群 烟草 叶部病害 立枯丝核菌 哥斯达黎加 无性世代
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DNA分析技术及其在植物研究中的应用 被引量：6
14
作者 邹春静 韩文卿 +1 位作者 盛晓峰 徐文铎 《生态学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第2期146-151,共6页
从DNA/DNA杂交、RFLP分析、DNA的限制酶图谱和核苷酸序列分析、PCR技术、DNA指纹技术、RAPD分析等六个方面详细描述DNA分析技术在植物学研究中的应用 ,并讨论了DNA分析技术与植物系统学的关系。
关键词 DNA系统学 植物系统学 多聚酶链式反应 限制酶图谱 内转录间隔区 杂交
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香蕉黑腐病菌(Botryodiplodia theobromae)的PCR检测 被引量：12
15
作者 郭立佳 黄俊生 +2 位作者 王国芬 邓国平 杨腊英 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第3期248-254,共7页
根据香蕉黑腐病菌可可球二孢菌(Botryodiplodia theobromae)与其它香蕉病原真菌核糖体基因转录间隔区(rDNA-ITS)ITS1和ITS2间序列差异,设计了特异引物Bth-S(5′-TCTCCCACCCTTTGTGAAC-3′)和Bth-A(5′-AAAAGT-TCAGAAGGTTCGTC-3′),利用... 根据香蕉黑腐病菌可可球二孢菌(Botryodiplodia theobromae)与其它香蕉病原真菌核糖体基因转录间隔区(rDNA-ITS)ITS1和ITS2间序列差异,设计了特异引物Bth-S(5′-TCTCCCACCCTTTGTGAAC-3′)和Bth-A(5′-AAAAGT-TCAGAAGGTTCGTC-3′),利用此引物对包括可可球二孢菌在内的21个菌株基因组DNA进行PCR扩增,结果只有4个可可球二孢菌菌株扩增到422bp特异带,其它17个菌株无扩增产物。灵敏度测试结果表明此特异引物能对1pg的可可球二孢菌基因组DNA进行扩增。对自然感染黑腐病的香蕉果实组织和接种可可球二孢菌或多种香蕉病原真菌混合接种的果实组织进行检测,Bth-S和Bth-A引物对不仅能够在自然感染黑腐病果实组织中特异检测到可可球二孢菌,而且能在未显症和发病的接菌香蕉果实组织中特异检测得到可可球二孢菌。这为香蕉可可球二孢菌潜伏侵染检测提供了技术支持。 展开更多
关键词 香蕉黑腐病 可可球二孢菌 基因转录间隔区 PCR检测
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帘蛤科贝类rDNA内转录间隔区序列的研究(英文) 被引量：14
16
作者 程汉良 夏德全 +3 位作者 吴婷婷 孟学平 吉红九 董志国 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第8期702-710,共9页
根据18SrDNA、5.8SrDNA和28SrDNA保守序列设计引物,应用聚合酶链式反应(PCR)扩增了文蛤(MeretrixmeretrixL.)、青蛤(CyclinasinensisG.)、硬壳蛤(MercenariamercenariaL.)和江户布目蛤(ProtothacajedoensisL.)4种帘蛤科贝类的第一内转... 根据18SrDNA、5.8SrDNA和28SrDNA保守序列设计引物,应用聚合酶链式反应(PCR)扩增了文蛤(MeretrixmeretrixL.)、青蛤(CyclinasinensisG.)、硬壳蛤(MercenariamercenariaL.)和江户布目蛤(ProtothacajedoensisL.)4种帘蛤科贝类的第一内转录间隔区(ITS1)和第二内转录间隔区(ITS2)序列,并进行了测序。结果表明,文蛤、青蛤、硬壳蛤和江户布目蛤的ITS1扩增产物大小分别为978bp、663bp、757bp和942bp,GC含量分别为61.55%、60.78%、62.48%和64.86%～64.97%,其中ITS1序列长度分别为900bp、585bp、679bp和864bp,是迄今已报道双壳贝类中变化范围最大的,GC含量分别为61.67%、61.03%、63.03%和65.51%～65.62%,江户布目蛤种内ITS1序列有个体差异;ITS2扩增产物大小分别为644bp、618～620bp、593bp和513～514bp,GC含量分别为61.18%、61.29%～61.81%、62.73%和61.48%～61.60%,其中ITS2序列长度分别为412bp、386～388bp、361bp和281～282bp,GC含量分别为65.29%、65.21%～66.06%、67.87%和67.38%～67.62%,青蛤和江户布目蛤种内ITS2序列有个体差异。4种蛤ITS1和ITS2序列种间差异很大,有明显的长度多态性,ITS2种间序列相似度73.0%～89.1%,与ITS1的种间序列相似度48.7%～81.5%相比略高。此外,在4种蛤ITS1和ITS2序列中各发现2个与rRNA加工有关的保守区。通过对ITS1和ITS2序列的组装获得了4种蛤5.8SrRNA基因完整序列,序列长度都是157bp,GC含量57.96%～58.60%,4种蛤5.8SrRNA基因相对保守,种间序列差异度0-6.0%,共有10个变异位点,其中转换4处,颠换6处,硬壳蛤和江户布目蛤5.8SrRNA基因序列完全相同。以ITS2序列(包含5.8SrRNA和28SrRNA基因部分序列)为标记,调用北极蛤科的Arcticaislandica相应序列数据作外群,构建了帘蛤科贝类的系统发育树,其拓扑结构显示江户布目蛤与硬壳蛤亲缘关系最近,青蛤与其他3物种的亲缘关系最远。 展开更多
关键词 帘蛤科 核糖体DNA 内转录间隔区 5.8S RRNA基因 系统发育分析 物种鉴定
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ISSR和ITS标记在白木香遗传变异研究中的应用 被引量：12
17
作者 申彦晶 严萍 +2 位作者 赵翾 庞启华 赵树进 《华南理工大学学报（自然科学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第12期128-132,共5页
采用简单序列重复区间（ISSR）扩增技术和核糖体RNA基因（rDNA）转录间隔区（ITS）序列分析技术,对不同地区白木香的遗传变异、亲缘关系及分子鉴定进行研究.ISSR分析显示,筛选出的7条ISSR引物可扩增出80条DNA条带,其中多态性条带的比例... 采用简单序列重复区间（ISSR）扩增技术和核糖体RNA基因（rDNA）转录间隔区（ITS）序列分析技术,对不同地区白木香的遗传变异、亲缘关系及分子鉴定进行研究.ISSR分析显示,筛选出的7条ISSR引物可扩增出80条DNA条带,其中多态性条带的比例是60.0%,白木香9个居群之间的遗传距离是0.0733-0.4213.ITS序列分析显示,白木香种内的9个居群中共有6个变异位点,种内遗传距离为0.0000-0.0110.两种标记得到的聚类图不一致,但大致趋势相同,都可以将白木香及其近缘种聚在不同的种群中,说明ISSR标记和ITS序列分析均可有效揭示白木香的遗传变异及亲缘关系. 展开更多
关键词 白木香 简单序列重复区间 转录间隔区 遗传变异
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两株马铃薯干腐病病原菌的分离和鉴定 被引量：13
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作者 李凤兰 蒋先锋 +6 位作者 史丽娟 韩锋 魏琪 冯艳忠 闵凡祥 郭梅 李学湛 《作物杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期125-128,I0003,共5页
确定马铃薯窖储主要真菌病害马铃薯干腐病的致病菌株,为科学防治提供依据。从黑龙江省哈尔滨地区具有典型马铃薯干腐病症状的薯块中分离获得了2个镰刀菌菌株,通过生物学特征、致病性测定和ITS序列分析进行鉴定。根据测定菌株的生长速度... 确定马铃薯窖储主要真菌病害马铃薯干腐病的致病菌株,为科学防治提供依据。从黑龙江省哈尔滨地区具有典型马铃薯干腐病症状的薯块中分离获得了2个镰刀菌菌株,通过生物学特征、致病性测定和ITS序列分析进行鉴定。根据测定菌株的生长速度、菌丝形状、菌落色泽、基物表面色泽等初步确定2个致病菌株为黄色镰刀菌(F.culmorum)和燕麦镰刀菌(F.avenaceum),两菌株对离体块茎的致病率分别为41.05%和72.20%。2个菌株的ITS序列与GeneBank中的黄色镰刀菌和燕麦镰刀菌的完全一致,相似度均达到100%,也验证了依据传统特征的鉴定结果。明确了黄色镰刀菌为我国马铃薯干腐病的致病菌。 展开更多
关键词 马铃薯干腐病 镰刀菌 ITS 分子鉴定
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我国代表地区须癣毛癣菌复合体的分子鉴定与分型研究 被引量：12
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作者 胡小平 万喆 +1 位作者 王晓红 李若瑜 《中国真菌学杂志》 2011年第2期70-76,共7页
目的对我国代表地区的须癣毛癣菌菌株进行分子再鉴定和分型研究。方法选取我国南北方8个省市地区经表型鉴定的须癣毛癣菌菌株47株,通过再培养形态观察、生理试验;PCR扩增核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区(ITS)和核糖体大亚基(LSU)D1-D2区... 目的对我国代表地区的须癣毛癣菌菌株进行分子再鉴定和分型研究。方法选取我国南北方8个省市地区经表型鉴定的须癣毛癣菌菌株47株,通过再培养形态观察、生理试验;PCR扩增核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区(ITS)和核糖体大亚基(LSU)D1-D2区,测序后利用数据库进行序列比对,对须癣毛癣菌复合体进行再鉴定;PCR扩增rDNA非转录间隔区(NTS)的三个串联重复亚单位S0、S1和S2区,进行种内分型,并比较不同部位来源菌株型别的差异性。结果我国南北方8个省市地区47株须癣毛癣菌中3株鉴定为断发毛癣菌,6株鉴定为无性型苯海姆节皮菌,其余均鉴定为万博节皮菌中的亲人型趾间毛癣菌;三对不同引物扩增38株趾间型毛癣菌和2株苯海姆节皮菌NTS区,共产生28种特征性带型。带型和菌株来源及发生部位无相关性。结论我国分离自人类须癣毛癣菌复合体的主要组成菌种为趾间毛癣菌;ITS区结合LSU D1-D2区测序有助于鉴定须癣毛癣菌复合体至种水平;NTS区的三个串联重复亚单位所产生的特征性指纹图提供了一种快速、稳定的分子生物学种内分型方法,可应用于趾间毛癣菌感染的流行病学研究。 展开更多
关键词 须癣毛癣菌复合体 rDNA内转录间隔区 核糖体大亚基D1-D2区 rDNA非转录间隔区
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我国五大湖三角帆蚌群体ITS-1序列变异分析 被引量：11
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作者 王建军 李家乐 +1 位作者 汪桂玲 白志毅 《湖泊科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期208-214,共7页
对我国五大淡水湖:鄱阳湖、洞庭湖、太湖、巢湖、洪泽湖,鄱阳湖内包括进贤、余干、珠湖、都昌、湖口、永修,合计10个群体三角帆蚌78个个体核糖体DNA基因转录间隔子ITS-1进行PCR扩增、序列测定,获得78条长度为430 bp的同源序列.同源基因... 对我国五大淡水湖:鄱阳湖、洞庭湖、太湖、巢湖、洪泽湖,鄱阳湖内包括进贤、余干、珠湖、都昌、湖口、永修,合计10个群体三角帆蚌78个个体核糖体DNA基因转录间隔子ITS-1进行PCR扩增、序列测定,获得78条长度为430 bp的同源序列.同源基因序列分析显示,五大淡水湖10个群体三角帆蚌78条ITS-1序列片段,G+C的含量都明显高于A+T的含量.鄱阳湖三角帆蚌的核苷酸多态性指数最高,而巢湖的核苷酸多样性指数最低.基于ITS-1序列片段的遗传距离表明,鄱阳湖内六个点群体间遗传距离很小,在0.0071到0.0092之间.五大湖间三角帆蚌群体遗传距离较远,在0.0752到0.1381之间,ITS-1序列片段构建系统树显示,鄱阳湖6个群体聚在了一起为单独一支,并与巢湖群体亲缘关系相近.洞庭湖群体和洪泽湖群体亲缘关系相近,单独为一支.太湖群体从鄱阳湖、巢湖群体分离开来,单独为一支. 展开更多
关键词 三角帆蚌 转录间隔区 ITS-1 遗传多样性 亲缘关系
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