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罗田甜柿Ty1-copia类逆转座子RNaseH-LTR序列的分离和特性分析 被引量:12
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作者 杜晓云 张青林 罗正荣 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期501-508,共8页
逆转座子序列信息的获得,对了解其在基因组中的行为及系统学研究有重要价值。本试验从罗田甜柿(Diospyros kaki Thunb.‘Luotian-tianshi’)基因组中分离出31个RNaseH-LTR(long terminal repeat,长末端重复)序列,并利用逆转座子间扩增... 逆转座子序列信息的获得,对了解其在基因组中的行为及系统学研究有重要价值。本试验从罗田甜柿(Diospyros kaki Thunb.‘Luotian-tianshi’)基因组中分离出31个RNaseH-LTR(long terminal repeat,长末端重复)序列,并利用逆转座子间扩增多态性(inter-retrotransposon amplified polymorphism,IRAP)技术对部分序列相应的逆转座子家族在柿属植物中的转座活性及分布情况进行初步探讨。序列分析结果表明,至少有10个Ty1-copia类逆转座子家族得到扩增;其家族间普遍表现高度异质,碱基替换、插入或缺失突变,以及翻译成氨基酸后发生不同程度的终止密码子突变、氨基酸取代和移框突变等,是产生高异质性的原因;此外,其家族内部某些序列间的相似性极高,可能是寄主基因组与逆转座子间互惠关系的体现。应用部分逆转座子引物的IRAP分析结果表明,相应的逆转座子家族在柿属植物中普遍存在,其分布广泛,拷贝数高,转座活性强,具有进一步开发为多种逆转座子分子标记的潜力。 展开更多
关键词 Ty1-copia逆转座子 抑制PCR 长末端重复 逆转座子间扩增多态性
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Genome constitution for Musa beccarii (Musaceae) varieties 被引量:1
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作者 Markku HKKINEN Chee How TEO Yasmin Rofina OTHMAN 《植物分类学报》 CSCD 北大核心 2007年第1期69-74,共6页
Musa beccarii N.W.Simmonds var. beccarii and Musa beccarii N.W.Simmonds var. hottana H?kkinen were described earlier in Acta Phytotaxonomica et Geobotanica based on their morphological characteristics. In order to dis... Musa beccarii N.W.Simmonds var. beccarii and Musa beccarii N.W.Simmonds var. hottana H?kkinen were described earlier in Acta Phytotaxonomica et Geobotanica based on their morphological characteristics. In order to distinguish the genomes between the two M. beccarii varieties and M. coccinea Andrews, we have now studied them with the Inter- Retrotransposon Amplified Polymorphism (IRAP) marker analyses. The high levels of IRAP polymorphism detected in this study showed that M. beccarii var. beccarii and M. beccarii var. hottana are two distinct varieties. Additional IRAP bands found in M. beccarii var. beccarii indicated that M. beccarii var. hottana might be evolutionarily more ancient than M. beccarii var. beccarii because LTR retrotransposons are not transpositionally removed. 展开更多
关键词 genome constitution inter-retrotransposon amplified polymorphism Musa beccarii var. beccarii Musa beccarii var. hottana Musa coccinea phylogenetic analysis.
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我国猴头栽培菌株的反转录转座子间扩增多态性
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作者 王俊 图力古尔 高兴喜 《东北林业大学学报》 CSCD 北大核心 2012年第7期68-70,共3页
IRAP作为一种新的DNA分子标记技术,具有简便、稳定、中等产率和容易得到选择性条带序列的特点。利用基于反转录转座子的分子标记技术,即反转录转座子间扩增多态性(IRAP)技术分析我国34份栽培猴头菌菌株种间遗传差异,为猴头菌道地性研究... IRAP作为一种新的DNA分子标记技术,具有简便、稳定、中等产率和容易得到选择性条带序列的特点。利用基于反转录转座子的分子标记技术,即反转录转座子间扩增多态性(IRAP)技术分析我国34份栽培猴头菌菌株种间遗传差异,为猴头菌道地性研究、种质资源鉴定、亲缘关系研究、品种选育和引种栽培提供了分子生物学依据。结果表明,34个猴头菌菌株间均有遗传上的差异,但遗传相关性极高,同时表明我国猴头菌栽培菌株间的遗传背景较单一。 展开更多
关键词 猴头茵 栽培菌株 反转录转座子间扩增多态性
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萝卜IRAP技术体系建立与品种指纹图谱构建 被引量:4
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作者 李芳 徐良 +2 位作者 魏美甜 龚义勤 柳李旺 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2015年第1期143-148,共6页
为建立萝卜逆转座子间扩增多态性(IRAP)技术体系,基于萝卜Ty1-copia类逆转座子逆转录酶的保守序列设计引物,对IRAP-PCR反应主要因素进行分析。建立的萝卜IRAP标记技术体系(20μl)为:20 ng基因组DNA模板,1×PCR buffer,0.25 mmol/L d... 为建立萝卜逆转座子间扩增多态性(IRAP)技术体系,基于萝卜Ty1-copia类逆转座子逆转录酶的保守序列设计引物,对IRAP-PCR反应主要因素进行分析。建立的萝卜IRAP标记技术体系(20μl)为:20 ng基因组DNA模板,1×PCR buffer,0.25 mmol/L d NTPs,2.0 mmol/L Mg2+,0.4μmol/L引物,1 U Taq DNA聚合酶。将所建立的IRAP标记技术体系应用于14个萝卜品种指纹图谱分析,结果显示,筛选出的2个特异引物Rs Ty1F5和Rs Ty1F10在14份萝卜材料中共扩增得到了16个多态性条带,可以将14份萝卜材料完全区分开,每份种质都有独特的指纹图谱,表明IRAP技术可以有效地应用于萝卜种质鉴定和指纹图谱的构建。 展开更多
关键词 萝卜 逆转座子 IRAP 指纹图谱
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Genetic diversity of Tricholoma matsutake in Yunnan Province 被引量:8
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作者 SHA Tao ZHANG HanBo +4 位作者 DING HuaSun LI ZongJu CHENG LiZhong ZHAO ZhiWei ZHANG YaPing 《Chinese Science Bulletin》 SCIE EI CAS 2007年第9期1212-1216,共5页
To investigate the genetic diversity of Tricholoma matsutake,we studied ITS and IGS1 sequences and PCR polymorphism of a retrotransposon in 56 fruit bodies collected from 13 counties of 9 regions in Yunnan Province. W... To investigate the genetic diversity of Tricholoma matsutake,we studied ITS and IGS1 sequences and PCR polymorphism of a retrotransposon in 56 fruit bodies collected from 13 counties of 9 regions in Yunnan Province. We found one and three haplotypes based on ITS and IGS1 sequences,respectively. Moreover,there was no significant difference in PCR polymorphism of the retrotransposon among different populations. Compared with Jilin Province(China) and Japanese populations,although Yun-nan was highly homogenous to Japanese populations,low genetic diversity of T. matsutake in Yunnan did not support the view that this species originated from Yunnan. 展开更多
关键词 云南 松口蘑 松茸 遗传多样性 ITS序列 IGS1序列
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