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高分辨率熔解曲线分析技术及其应用进展 被引量:10
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作者 李潇 卢瑶 《中国医学装备》 2010年第8期57-60,共4页
高分辨率熔解曲线(high-resolution melting,HRM)是一种基于单核苷酸熔解温度不同而形成不同形态熔解曲线的基因分析新技术,具有极高的敏感性,可以检测出单个碱基的差异,并且成本低、通量高、速度快、结果准确、不受检测位点的局限,实... 高分辨率熔解曲线(high-resolution melting,HRM)是一种基于单核苷酸熔解温度不同而形成不同形态熔解曲线的基因分析新技术,具有极高的敏感性,可以检测出单个碱基的差异,并且成本低、通量高、速度快、结果准确、不受检测位点的局限,实现了真正的闭管操作。在突变扫描、单核苷酸多态性分析、甲基化研究、基因分型、序列匹配等方面HRM分析技术发挥着重要作用。 展开更多
关键词 高分辨率熔解曲线 基因 突变
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龟甲的特异性PCR及高分辨率熔解曲线技术鉴别方法研究 被引量:8
2
作者 张雪艳 袁媛 +2 位作者 胡启跳 蒋超 方成武 《中国现代中药》 CAS 2019年第9期1215-1220,共6页
目的:建立高效、稳定的龟甲Testudinis Carapax et Plastrum DNA鉴别方法。方法:利用龟甲的特异性聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)鉴别方法和高分辨率熔解曲线(HRM)鉴别方法,根据龟甲及其混伪品COI序列差异,寻找特异性... 目的:建立高效、稳定的龟甲Testudinis Carapax et Plastrum DNA鉴别方法。方法:利用龟甲的特异性聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)鉴别方法和高分辨率熔解曲线(HRM)鉴别方法,根据龟甲及其混伪品COI序列差异,寻找特异性单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点设计鉴别引物,并对PCR反应条件进行优化;并使用通用引物扩增COI区域,产物直接进行HRM分析。结果:当退火温度为60 ℃,循环次数为35,使用设计的龟甲特异性鉴别引物GJ-360.F/R进行PCR扩增,经扩增均获得约360 bp特异性鉴别条带,混伪品皆无条带;使用通用引物RonM-tl和Vl-tl进行PCR扩增,产物使用HRM分析,龟甲药材在模板DNA质量浓度为3.5~87.9 ng ·μL^-1 、引物浓度为0.2 μmol · L ^-1 、镁离子浓度为2.0 mmol · L ^-1 的条件下,龟甲药材标准熔解曲线为双峰,其 T m均值分别为(83.15±0.76)、(87.53±0.69 )℃。结论:特异性PCR和HRM均可作为一种快速准确鉴别龟甲正伪品的鉴定方法。 展开更多
关键词 龟甲 特异性聚合酶链式反应 分子鉴定 高分辨率熔解曲线
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SLC30A8基因rs13266634 C/T单核苷酸多态性与2型糖尿病易感性的相关性研究 被引量:8
3
作者 刘阳 王占友 +1 位作者 池志宏 王涛 《中国医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期494-497,共4页
目的 探讨SLC30A8基因rs13266634 C/T单核苷酸多态性(SNP)与锦州地区2型糖尿病(T2DM)易感性之间的相关性。方法 基于病例-对照分析,采用聚合酶链反应(PCR)-高分辨率溶解曲线(HRM)方法对锦州地区136例2型糖尿病患者(T2DM组)和... 目的 探讨SLC30A8基因rs13266634 C/T单核苷酸多态性(SNP)与锦州地区2型糖尿病(T2DM)易感性之间的相关性。方法 基于病例-对照分析,采用聚合酶链反应(PCR)-高分辨率溶解曲线(HRM)方法对锦州地区136例2型糖尿病患者(T2DM组)和145例健康对照(NC组)SLC30A8基因rs13266634位点的单核苷酸多态性进行检测。结果 CC基因型频率T2DM组(38.23%)高于NC组(22.07%);C等位基因频率T2DM组(61.76%)高于NC组(51.03%),差异均具有统计学意义(P〈0.05);等位基因C增加了2型糖尿病1.550倍患病风险(OR=1.550,95%CI:1.108-2.169,P〈0.05)。结论 SLC30A8基因rs13266634 C/T单核苷酸多态性与锦州地区T2DM的发病相关,C是风险等位基因。 展开更多
关键词 SLC30A8基因 单核苷酸多态性 高分辨率溶解曲线 2型糖尿病
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龟甲配方颗粒的高分辨熔解曲线技术鉴别研究
4
作者 谭斯尹 宋叶 +3 位作者 刘闪闪 范耀耀 罗宇琴 李国卫 《广东药科大学学报》 CAS 2024年第3期70-75,共6页
目的建立一种龟甲配方颗粒高分辨熔解曲线(HRM)技术鉴别方法。方法根据乌龟Chinemys reevesii及其混伪品的细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome oxidase subunitⅠ,COI)基因序列上的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)... 目的建立一种龟甲配方颗粒高分辨熔解曲线(HRM)技术鉴别方法。方法根据乌龟Chinemys reevesii及其混伪品的细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome oxidase subunitⅠ,COI)基因序列上的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)位点设计鉴别引物,扩增产物直接进行HRM分析,并优化反应体系,根据最佳条件进行适用性验证。结果在模板DNA质量浓度为0.62~374.88 ng/μL、引物浓度为0.1~0.4μmol/L、退火温度为62℃、循环数为45个的条件下,龟甲饮片和配方颗粒的熔解曲线为单峰,其Tm均值分别为(82.39±0.09)、(82.38±0.05)℃,而混伪品和醋龟甲配方颗粒未有扩增。结论该研究建立的高分辨熔解曲线鉴别方法可快速鉴别龟甲原料和配方颗粒的真伪,以及区分其生品和炮制品配方颗粒,为龟甲配方颗粒的质量标准研究提供了理论依据。 展开更多
关键词 龟甲 配方颗粒 高分辨熔解曲线(HRM) 分子鉴定
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一个成骨不全家系COL1A1基因的突变筛查 被引量:6
5
作者 白雪 李克秋 +5 位作者 任秀智 何晓波 王毅 官士珍 景亚青 李光 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期344-347,共4页
目的筛查1个成骨不全(osteogenesisimperfecta,OI)家系中COL1A1基因的突变,并分析基因型与临床表型的关系。方法收集先证者及家系成员临床资料,采集先证者、随诊家属及50名正常对照的外周血标本,应用PCR-高分辨率熔解曲线(highre... 目的筛查1个成骨不全(osteogenesisimperfecta,OI)家系中COL1A1基因的突变,并分析基因型与临床表型的关系。方法收集先证者及家系成员临床资料,采集先证者、随诊家属及50名正常对照的外周血标本,应用PCR-高分辨率熔解曲线(highresolutionmelting,HRM)分析筛查COL1A1基因突变,基因测序确定突变位点。结果PCR-HRM分析显示,先证者COL1A1基因第33~34外显子结果异常,Tm值为87.7℃,比正常对照的Tm值(87.9℃±0.06℃)低0.2℃,先证者与正常对照标准熔解曲线及差异熔解曲线均有明显差异。测序结果提示,先证者COL1A1基因第33~34外显子C.232ldelC,移码突变,导致此后第334位氨基酸提前出现终止密码子(UAA),即p.Pr0774 LeufsX334杂合突变。先证者之父、祖父基因测序均具有相同的突变位点。50名正常对照无此突变。该突变位点在人类胶原突变数据库中未见报道。家系图谱显示为常染色体显性遗传,先证者及家系患者临床诊断均为I型OI。结论成骨不全COL1A1基因c.2321delC为新的突变位点。移码突变导致提前形成终止密码子,使I型胶原合成量减少,临床表型较轻。 展开更多
关键词 成骨不全 COL1A1基因 基因突变 基因诊断 高分辨率熔解曲线
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高分辨率熔解曲线检测结核分枝杆菌对氧氟沙星耐药性研究
6
作者 杨彩虹 张萍 +3 位作者 买买提艾力·艾合木提 黄巧玲 王震 曹旭东 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2024年第3期102-109,共8页
评价高分辨率熔解曲线法在结核分枝杆菌氧氟沙星耐药性检测的有效性。采用传统比例法、DNA测序法、高分辨率熔解曲线法对84株结核分枝杆菌临床分离株进行氧氟沙星耐药性检测,分别以药敏结果和DNA测序结果为参照,应用卡方检验分析各检测... 评价高分辨率熔解曲线法在结核分枝杆菌氧氟沙星耐药性检测的有效性。采用传统比例法、DNA测序法、高分辨率熔解曲线法对84株结核分枝杆菌临床分离株进行氧氟沙星耐药性检测,分别以药敏结果和DNA测序结果为参照,应用卡方检验分析各检测结果之间的差异性,Kappa检验分析检测结果一致性。药敏结果显示,12株菌对氧氟沙星耐药,72株敏感。DNA测序结果显示,10株菌存在gyrA基因耐药相关突变,74株菌不存在gyrA基因耐药相关突变。高分辨率熔解曲线检测结果显示,有14株耐药株,70株敏感株。以比例法药敏结果为参照,DNA测序检测菌株耐药性的敏感性为83.3%、特异性为100%、符合率为97.6%,检测结果具有高度一致性;高分辨率熔解曲线法检测菌株耐药性的敏感性为75%、特异性为93.1%、符合率为90.5%,检测结果具有中度一致性。以DNA测序结果为参照,高分辨率熔解曲线法检测gyrA基因耐药突变的敏感性为80%,特异性为91.9%,符合率为90.4%,检测结果具有中度一致性。本研究结果表明高分辨率熔解曲线法对结核分枝杆菌氧氟沙星耐药性检测的效能良好,可用于氧氟沙星耐药结核分枝杆菌的快速辅助筛查,为早期治疗方案制定提供重要依据。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 耐药性 高分辨率熔解曲线 氧氟沙星
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应用高分辨率熔解曲线快速诊断一例瓜氨酸血症1型患儿的ASS1基因纯合突变 被引量:4
7
作者 孙婧婧 沈云琳 +1 位作者 颜崇兵 龚小慧 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2018年第3期429-433,共5页
目的应用高分辨率熔解曲线(high resolution melting curve analysis,HRM)和DNA测序的方法对1例瓜氨酸血症1型患儿及其父母进行快速的基因诊断。方法抽取患儿、患儿父母及i00名正常体检者的外周血,采用HRM分析技术针对ASS1基因的16... 目的应用高分辨率熔解曲线(high resolution melting curve analysis,HRM)和DNA测序的方法对1例瓜氨酸血症1型患儿及其父母进行快速的基因诊断。方法抽取患儿、患儿父母及i00名正常体检者的外周血,采用HRM分析技术针对ASS1基因的16个外显子进行全外显子扫描,并对曲线异常的区域进行DNA测序。随后采用逆转录-PCR对ASSl基因的mRNA进行分析。最后,采用PolyPhen-2和SIFTBlink软件分别对ASS1基因中的突变位点进行同源性和生物学功能分析。结果血液生化检测结果显示患儿外周血中血氨达到286μmol/L,超过正常参考值的5倍以上,串联质谱结果显示患儿外周血中瓜氨酸浓度高达487.69/2mol/L,CIT/ARG达148.66,均远高于正常范围。HRM的结果发现在ASS1基因第6外显子和第8外显子的区域(包含部分相邻内含子)中患儿及其父母的HRM曲线与正常对照不一致。DNA测序结果证实,在患儿第6外显子中发生了c.380G〉A的纯合突变,该突变会导致ASS1蛋白P.R127Q的改变。而在第8内含子中则发生了IVS8+60G〉A的纯合变异。患儿的父母中这两个位点均为杂合变异。100名正常对照样本中均未检出变异。逆转录-PCR结果表明ASS1基因第8内含子中IVS8+60G〉A的变异不会导致RNA剪接的异常。结构分析结果表明P.R127Q位点在45种脊椎动物中保守性非常高,它是ASSl蛋白中与瓜氨酸结合的位点,对于ASS1蛋白功能的行使非常重要。结论在中国大陆人群中发现了ASS1基因第6外显子的c.380G+A及第8内含子的IVS8+60G〉A复合纯合突变,其中c.380G〉A纯合突变可能是引起患儿尿素循环障碍的致病突变。 展开更多
关键词 瓜氨酸血症1型 高分辨率熔解曲线 快速基因诊断
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多重连接探针扩增-高分辨熔解法鉴别鸡血藤及其常见混伪品
8
作者 王咏懿 莫静 +3 位作者 王文斌 程华春 李小芳 汪波 《医药导报》 CAS 北大核心 2023年第3期334-339,共6页
目的采用分子生物学技术鉴别鸡血藤及其常见3种混伪品。方法根据4个物种核基因组内转录间隔区2(ITS2)序列差异设计特异性探针,结合运用多重连接探针扩增(MLPA)技术与高分辨熔解(HRM)曲线技术,根据特异性探针熔解温度(T m)差异鉴别鸡血... 目的采用分子生物学技术鉴别鸡血藤及其常见3种混伪品。方法根据4个物种核基因组内转录间隔区2(ITS2)序列差异设计特异性探针,结合运用多重连接探针扩增(MLPA)技术与高分辨熔解(HRM)曲线技术,根据特异性探针熔解温度(T m)差异鉴别鸡血藤及其常见混伪品大血藤、白花油麻藤、香花鸡血藤。结果4个物种特异性探针T m值分别为:鸡血藤(87.0±0.2)℃、大血藤(82.8±0.2)℃、白花油麻藤(85.4±0.2)℃、香花鸡血藤(80.1±0.2)℃。探针特异性考察中,交叉反应与空白组均未产生熔解峰,表明探针具有良好特异性。构建的方法可用于1.0 ng模板DNA的检测,并可有效检出鸡血藤中掺混5%大血藤、白花油麻藤或香花鸡血藤。结论基于MLPA-HRM技术建立的鸡血藤及其混伪品鉴别方法灵敏度高,特异性强,稳定性好,可有效解决市场上鸡血藤药材植物来源复杂、混伪品难以鉴别的问题。 展开更多
关键词 鸡血藤 混伪品 多重连接探针扩增技术 高分辨熔解曲线 鉴别
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应用高分辨熔解曲线分析技术检测β-地中海贫血基因突变 被引量:4
9
作者 王晶晶 许朝旭 彭红波 《国际检验医学杂志》 CAS 2015年第5期650-651,654,共3页
目的探讨高分辨熔解曲线(HRM)分析技术检测β-地中海贫血基因突变的可行性。方法应用HRM法检测广东省常见的5种β-地中海贫血突变(-28、CD17、CD41-42、CD71-72及IVS-2-654),对60例可疑β-地中海贫血患者样本进行HRM分析,通过DNA测序对... 目的探讨高分辨熔解曲线(HRM)分析技术检测β-地中海贫血基因突变的可行性。方法应用HRM法检测广东省常见的5种β-地中海贫血突变(-28、CD17、CD41-42、CD71-72及IVS-2-654),对60例可疑β-地中海贫血患者样本进行HRM分析,通过DNA测序对HRM结果进行验证。结果 60例可疑β-地中海贫血患者中,共检出杂合突变型基因12例,包括2例-28、2例CD17、4例CD41-42、2例CD71-72及2例IVS-2-654基因突变类型;检出纯合突变型基因2例,包括1例-28及1例CD41-42(均为羊水标本)。HRM法检测结果与测序结果一致。结论 HRM法能准确检测广东省5种常见的β-地中海贫血突变,具有简便、快速、灵敏度高等优点,有望成为临床筛查β-地中海贫血突变的新方法。 展开更多
关键词 Β-地中海贫血 基因突变 高分辨溶解曲线
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基于高分辨率溶解曲线分析鉴别食品中的3种李斯特氏菌 被引量:4
10
作者 岳苑 周梦诗 +5 位作者 徐娟 李睿 何利华 赵飞 张建中 龚杰 《现代食品科技》 EI CAS 北大核心 2020年第6期285-290,171,共7页
本研究利用高分辨率熔解曲线的方法,以iap基因为靶标新设计一对引物同时鉴别单增李斯特氏菌、伊氏李斯特氏菌和英诺克李斯特氏菌,其余14种常见食源性病原微生物扩增为阴性结果,单增李斯特氏菌和伊氏李斯特氏菌的检出限为10个拷贝,英诺... 本研究利用高分辨率熔解曲线的方法,以iap基因为靶标新设计一对引物同时鉴别单增李斯特氏菌、伊氏李斯特氏菌和英诺克李斯特氏菌,其余14种常见食源性病原微生物扩增为阴性结果,单增李斯特氏菌和伊氏李斯特氏菌的检出限为10个拷贝,英诺克李斯特氏菌的检测限为50个拷贝。本研究对78份样品进行HRM-realtimePCR法、GB4789.30-2016和SN/T1870-2016(荧光PCR法)的检测,并对3种方法的检测结果进行统计学分析。结果显示:HRM法和国标方法、HRM法和荧光PCR法的检测结果之间存在统计学差异,国标方法和荧光PCR法检测结果之间无统计学差异。本研究建立的基于HRM-real time PCR法检测3种李斯特氏菌的方法快速高效、特异性好、成本低,适用于食品中李斯特氏菌的日常检测和监管。 展开更多
关键词 高分辨率熔解曲线 单核细胞增生李斯特氏菌 伊氏李斯特氏菌 英诺克李斯特氏菌 食品
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小活络丸中小麦粉掺伪实时荧光PCR检测方法的建立 被引量:2
11
作者 任秀 王菲菲 +4 位作者 李静 白继超 张聿梅 马双成 崔生辉 《中国药事》 CAS 2022年第1期66-77,共12页
目的:通过实时荧光PCR-高分辨熔解曲线(HRM)联合分析技术,建立小活络丸(大蜜丸)中小麦粉掺伪快速、准确鉴别方法。方法:通过优化前处理方法,提取小活络丸样品的基因组;通过文献检索和生物信息学分析,得到小麦粉特异性引物;使用实时荧光P... 目的:通过实时荧光PCR-高分辨熔解曲线(HRM)联合分析技术,建立小活络丸(大蜜丸)中小麦粉掺伪快速、准确鉴别方法。方法:通过优化前处理方法,提取小活络丸样品的基因组;通过文献检索和生物信息学分析,得到小麦粉特异性引物;使用实时荧光PCR-HRM技术,对10批次小麦(粉)、16种其他禾本科植物及7种常见高淀粉食物样品进行特异性扩增,采用克隆测序对结果进行再确认;考察实时荧光PCR-HRM方法的检出限、精密度和重复性,同时对市售的小活络丸样品进行检测。结果:试验筛选获得了适用于本研究的特异性引物,建立了实时荧光PCR-HRM小活络丸掺伪小麦的检测方法;小活络丸样品掺伪小麦粉的检出限为0.01 g·g^(-1),试验精密度C_(t)值为26.63(RSD=2.15%),T_(m)值为89.53℃(RSD=0.05%);重复性Ct值为26.65(RSD=3.20%),T_(m)值为89.53℃(RSD=0.12%)。试验对市售的4个厂家9批次共计81份样品进行分析,确定了3批次来源于A厂家的小活络丸样品存在小麦粉掺伪的问题,将PCR扩增产物克隆测序,其结果为小麦(Triticum Aestivum L.)。结论:本研究建立了实时荧光PCR-HRM检测方法,可以快速判定小活络丸中小麦粉掺伪样品。 展开更多
关键词 小活络丸 小麦粉 实时荧光PCR 高分辨率熔解曲线 禾本科植物
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炎症相关因子基因多态性与弥漫大B细胞淋巴瘤的易感性研究 被引量:2
12
作者 田彩平 廖世奇 +2 位作者 袁红霞 姚伯程 王芳 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期444-448,共5页
目的:探讨甘肃汉族人群中炎症相关因子基因多态性与弥漫大B淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)发病率的相关性。方法:运用高分辨率溶解曲线(high-resolution melting,HRM)方法检测炎症因子基因多态性。结果:IL-1RA的rs425196... 目的:探讨甘肃汉族人群中炎症相关因子基因多态性与弥漫大B淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)发病率的相关性。方法:运用高分辨率溶解曲线(high-resolution melting,HRM)方法检测炎症因子基因多态性。结果:IL-1RA的rs4251961位点CC纯合子基因型携带者与患DLBCL风险有关(以TT为参照,CC基因型的OR为0.83,95%CI=0.697-0.997,P<0.05),但与T等位基因相比,C等位基因与DLBCL风险升高显著相关(OR=8.83,95%CI=1.909-40.813,P<0.01)。结论:IL-1RA的rs4251961位点的次等位基因C与DLBCL的易患性显著相关。 展开更多
关键词 DLBCL HRM 基因多态性 炎症因子
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Jr(a-)稀有血型ABCG2^(*) 376T等位基因高分辨熔解曲线检测方法的建立及分布频率研究 被引量:1
13
作者 王贞 贾双双 +5 位作者 廖志坚 莫春妍 魏玲 张润青 罗广平 姬艳丽 《中国输血杂志》 CAS 2022年第7期690-693,共4页
目的 建立针对Jr(a-)稀有血型ABCG2^(*)376T等位基因的高通量分子检测方法,并将其应用于中国人群该等位基因的分布频率研究。方法 设计针对ABCG2基因376位点的特异性引物,利用前期已获得的携带ABCG2^(*)376T等位基因的纯合子和杂合子标... 目的 建立针对Jr(a-)稀有血型ABCG2^(*)376T等位基因的高通量分子检测方法,并将其应用于中国人群该等位基因的分布频率研究。方法 设计针对ABCG2基因376位点的特异性引物,利用前期已获得的携带ABCG2^(*)376T等位基因的纯合子和杂合子标本作为阳性对照,不携带该突变的野生型标本作为阴性对照,建立该等位基因的高分辨熔解曲线(HRM)检测方法。应用建立的方法对广州地区献血人群的DNA标本进行筛查,对筛查出携带ABCG2^(*)376T等位基因的标本进行测序确证,以验证HRM方法的准确性。结果 成功建立可检测ABCG2^(*)376T等位基因,并可同时对纯合子及杂合子进行准确分型的HRM方法,在1 560例广州地区献血者中筛查出携带杂合型等位基因个体15例,尚未筛查出携带纯合型等位基因的个体。结论 HRM方法可用于准确筛查ABCG2^(*)376T等位基因并进行分型,该等位基因在中国人群的分布频率约为0.48%(15/3120)。 展开更多
关键词 Jr(a-)血型 ABCG2^(*)376T等位基因 高分辨熔解曲线 分布频率
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高分辨率熔解曲线法检测饮用水中两种假单胞菌 被引量:2
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作者 岳苑 周梦诗 +5 位作者 徐娟 李睿 何利华 赵飞 张建中 龚杰 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期484-488,共5页
目的用高分辨率溶解曲线法分离鉴定包装饮用水和天然矿泉水中的铜绿假单胞菌和恶臭假单胞菌。方法本研究以假单胞菌16S rDNA为靶基因,采用高分辨率熔解曲线的方法,利用一对引物同时鉴别铜绿假单胞菌和恶臭假单胞菌。结果Tm值在83℃~84... 目的用高分辨率溶解曲线法分离鉴定包装饮用水和天然矿泉水中的铜绿假单胞菌和恶臭假单胞菌。方法本研究以假单胞菌16S rDNA为靶基因,采用高分辨率熔解曲线的方法,利用一对引物同时鉴别铜绿假单胞菌和恶臭假单胞菌。结果Tm值在83℃~84℃出现熔解峰为恶臭假单胞菌,Tm值在84℃~85℃出现熔解峰为铜绿假单胞菌。通过对梯度含量的假单胞菌标准菌株DNA和多种真菌细菌的DNA进行高分辨率熔解曲线检测,显示该方法对其他12种非目标菌无交叉反应,检测限分别为41个拷贝数和48个拷贝数。结论HRM-Real time PCR检测体系可通过一对引物对上述2种假单胞菌进行有效的鉴别与区分,且具有良好的特异性和灵敏度。该方法可用于包装饮用水和天然矿泉水的日常检测中,为假单胞菌的快速检测提供了新方法。 展开更多
关键词 高分辨率熔解曲线 铜绿假单胞菌 恶臭假单胞菌 包装饮用水 天然矿泉水
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RT-PCR结合高分辨率熔解曲线对两种致病菌的快速检测 被引量:2
15
作者 姚艳玲 《食品研究与开发》 CAS 北大核心 2020年第4期205-210,共6页
为建立食品中金黄色葡萄球菌、单核增生李斯特氏菌的双重快速检测方法。用缓冲蛋白胨水(buffered peptone water,BPW)对两种目标菌进行增菌培养,采用直接提取法提取样本DNA,比较实时聚合酶链式反应体系(real-time polymerase chain reac... 为建立食品中金黄色葡萄球菌、单核增生李斯特氏菌的双重快速检测方法。用缓冲蛋白胨水(buffered peptone water,BPW)对两种目标菌进行增菌培养,采用直接提取法提取样本DNA,比较实时聚合酶链式反应体系(real-time polymerase chain reaction,RT-PCR)中的退火温度,调整高分辨率熔解曲线(high-resolution melting curve,HRM)分析条件,建立同时检测金黄色葡萄球菌、单核增生李斯特氏菌的方法。结果表明,PCR扩增最佳退火温度为58℃,两种目标菌的Tm值分别为金黄色葡萄球菌77.05℃,单核增生李斯特氏菌79.39℃;试验灵敏度分别可以达到102、103 CFU/g。 展开更多
关键词 实时聚合酶链式反应(RT-PCR) 高分辨率熔解曲线 金黄色葡萄球菌 单核增生李斯特氏菌 双重反应
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基于DNA条形码ITS2的高分辨率熔解曲线鉴定市售核桃乳真伪 被引量:2
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作者 姜广泽 陈成统 +3 位作者 赵海莹 黄丽红 丁艳菲 朱诚 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期870-880,共11页
市场上核桃乳掺杂使假现象层出,急需建立一种快捷、准确、高效的真伪鉴定方法。本研究选取核桃基因组间隔区ITS2、叶绿体基因组编码区rbcL以及非编码区psbA-trnH作为候选DNA条形码基因。综合扩增、测序、比对成功率以及生物信息学结果,... 市场上核桃乳掺杂使假现象层出,急需建立一种快捷、准确、高效的真伪鉴定方法。本研究选取核桃基因组间隔区ITS2、叶绿体基因组编码区rbcL以及非编码区psbA-trnH作为候选DNA条形码基因。综合扩增、测序、比对成功率以及生物信息学结果,筛选得到ITS2是区分核桃、花生等不同坚果的最适DNA条形码。利用高分辨率熔解曲线(HRM)技术对市售核桃乳、山核桃乳进行目的种源(核桃、山核桃)及常见掺假物种(花生、大豆)成分鉴定。并通过构建核桃、花生不同比例混合标准品,检测核桃乳、山核桃乳掺假浓度。结果表明,通过测序比对和HRM分析,在9种不同品牌的核桃乳中,有1款核桃乳成分比对为花生,1款山核桃乳比对结果为核桃,这两款属于标签不符、以次充好的造假产品。研究表明基于ITS2序列的HRM技术,无需测序,一管式闭合分析,能实现对核桃乳、山核桃乳快速、准确的真伪鉴定,为植物蛋白饮料食品标签标识的符合性检验提供了一定的科学依据。 展开更多
关键词 DNA条形码 ITS2 高分辨率熔解曲线 核桃乳 真伪鉴定
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基于SSR-HRM技术的向日葵DNA指纹图谱构建 被引量:1
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作者 刘苡含 牟青山 +3 位作者 陈珊宇 阮关海 胡晋 关亚静 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2022年第4期678-686,共9页
以浙江省各地种植的32份向日葵种质为材料,利用17对简单重复序列标记引物结合高分辨率熔解曲线技术对32份材料进行遗传多样性分析与DNA指纹图谱构建。聚类分析结果表明,该32份材料遗传多样性相对较低,大部分材料的亲缘关系与其地理来源... 以浙江省各地种植的32份向日葵种质为材料,利用17对简单重复序列标记引物结合高分辨率熔解曲线技术对32份材料进行遗传多样性分析与DNA指纹图谱构建。聚类分析结果表明,该32份材料遗传多样性相对较低,大部分材料的亲缘关系与其地理来源、所属类型基本一致。本研究创新了向日葵种质资源的鉴定方法,为进一步利用高分辨率熔解曲线技术鉴定向日葵种质资源奠定了基础。 展开更多
关键词 向日葵 SSR分子标记 高分辨率熔解曲线 指纹图谱 遗传多样性
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基于高分辨率熔解曲线技术的CYP2C19、IL-1β基因多态性检测 被引量:2
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作者 洪军波 刘东升 +6 位作者 舒徐 祝荫 汪安江 谢川 谢勇 张焜和 吕农华 《胃肠病学》 2015年第12期722-727,共6页
背景:细胞色素P450同工酶2C19(CYP2C19)和白细胞介素-1β(IL-1β)基因多态性是幽门螺杆菌(Hp)感染根除率的重要影响因素,明确其基因多态性对根除治疗方案的制定具有指导意义。目的:采用高分辨率熔解曲线(HRM)技术鉴别CYP2C19、IL-1β基... 背景:细胞色素P450同工酶2C19(CYP2C19)和白细胞介素-1β(IL-1β)基因多态性是幽门螺杆菌(Hp)感染根除率的重要影响因素,明确其基因多态性对根除治疗方案的制定具有指导意义。目的:采用高分辨率熔解曲线(HRM)技术鉴别CYP2C19、IL-1β基因单核苷酸多态性(SNPs)位点基因型。方法:采集200名健康体检者外周血,提取基因组DNA,以HRM技术确定CYP2C19*2、*3和IL-1β-31/-511引物的最佳Mg2+浓度,并检测相应SNPs位点基因型,检测结果以基因测序进行验证。结果:CYP2C19*2、*3和IL-1β-31/-511引物的最佳Mg2+浓度分别为3.0、3.0、2.5、2.5 mmol/L。HRM技术能精确鉴别CYP2C19*2、*3和IL-1β-31/-511基因型,与基因测序结果有良好的一致性(κ=0.985和0.968)。结论:HRM技术能精确鉴别CYP2C19、IL-1β基因多态性,可用于指导Hp根除治疗方案的药物选择。 展开更多
关键词 高分辨率熔解曲线 细胞色素P450 CYP2C19 白细胞介素1Β 多态性 单核苷酸 幽门螺杆菌
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MTHFR基因rs1801133位点多态性与银川市体检人群高血压的相关性分析 被引量:1
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作者 田进海 何亚琴 +4 位作者 于晶晶 马荣 周瑜 王嘉 王立斌 《宁夏医科大学学报》 2018年第8期875-880,共6页
目的探讨高分辨率熔解曲线(hight-resolution melting,HRM)技术在亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)基因分型的应用及rs1801133位点多态性与银川市体检人群高血压的关联性。方法选择2017年1-10月间宁夏医科大学总医院体检人群中高血压患者74... 目的探讨高分辨率熔解曲线(hight-resolution melting,HRM)技术在亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)基因分型的应用及rs1801133位点多态性与银川市体检人群高血压的关联性。方法选择2017年1-10月间宁夏医科大学总医院体检人群中高血压患者743例和血压正常者718例为研究对象,收集临床资料,检测血浆同型半胱氨酸(Hcy)、血脂、空腹血糖(FBG)、尿酸等临床生物化学指标。采用HRM技术对样本进行基因分型。结果采用HRM技术成功分型rs1801133位点样本1461例,CC型367例(25.1%)、CT型743例(50.9%)和TT型351例(24.0%),测序验证准确率达100%。银川市人群MTHFR基因rs1801133位点基因型频率和等位基因频率与天津、山东、江苏及湖北人群差异均有统计学意义(P均<0.01)。rs1801133位点CC、CT和TT基因型间血压和Hcy水平差异有统计学意义(P<0.01)。高血压组rs1801133的CC、CT、TT三种基因型频率和C、T等位基因频率与正常组比较差异有统计学意义(P<0.01)。高血压组体质量指数(BMI)、FBG、尿酸、Hcy、甘油三酯(TG)及总胆固醇(TC)均高于正常组(P均<0.01)。Logistic回归分析显示,在校正了年龄、BMI、尿酸及Hcy后rs1801133不同基因型与高血压具有相关性(P<0.01)。结论 HRM法是一种检测准确性高、速度快、低成本的方法,适用于MTHFR基因检测。rs1801133基因多态性与高血压发病显著相关,且直接影响血浆Hcy水平。 展开更多
关键词 亚甲基四氢叶酸还原酶 高血压 高分辨率溶解曲线 同型半胱氨酸 基因分型
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EVaGreen实时荧光PCR法检测人类双埃可病毒 被引量:1
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作者 曾华书 周海涛 +3 位作者 候红斌 陈润莉 张勇 赖植发 《中国卫生检验杂志》 北大核心 2013年第6期1462-1464,共3页
目的:构建实时荧光PCR法以测定人类双埃可病毒RNA。方法:通过相关资料自行设计合成人类双埃可病毒引物,将病毒RNA进行反转录之后,进行基于EVaGreen染料的实时荧光定量(Real-time)PCR扩增,通过高分辨率溶解曲线、核酸电泳及产物测序验证... 目的:构建实时荧光PCR法以测定人类双埃可病毒RNA。方法:通过相关资料自行设计合成人类双埃可病毒引物,将病毒RNA进行反转录之后,进行基于EVaGreen染料的实时荧光定量(Real-time)PCR扩增,通过高分辨率溶解曲线、核酸电泳及产物测序验证PCR结果。结果:对该病毒保守区约260BP片段扩增成功,测序证实为人双埃可病毒序列,建立了该病毒EVaGreen实时荧光PCR检测方法。结论:为人类双埃可病毒的检测提供了一种快速简便的方法。 展开更多
关键词 实时荧光聚合酶链反应 人双埃可病毒 高分辨率熔解曲线
原文传递
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