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基于高通量微弱荧光快速检测的高分辨熔解曲线分析仪 被引量：3
1
作者 彭年才 张镇西 +2 位作者 李政 赵玉龙 蒋庄德 《光学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第2期195-199,共5页
高分辨熔解(HRM)曲线分析技术是近年发展起来的一种用于基因突变检测和单核苷酸多态性(SNP)分析的新方法,它通过实时监测PCR产物升温过程中双链DNA饱和染料的荧光强度变化来分析核酸序列的微小差异。根据HRM分析仪对荧光检测的时间和灵... 高分辨熔解(HRM)曲线分析技术是近年发展起来的一种用于基因突变检测和单核苷酸多态性(SNP)分析的新方法,它通过实时监测PCR产物升温过程中双链DNA饱和染料的荧光强度变化来分析核酸序列的微小差异。根据HRM分析仪对荧光检测的时间和灵敏度需求,提出基于光开关阵列的多路高速荧光激发和检测模块实现高通量的微弱荧光快速检测;并根据HRM荧光数据特点,对原始荧光曲线进行滤波、基线探测、归一化和对温度微分等处理,从熔解曲线两端的线形区域自动提取基线作为归一化的标准,可以在不损失曲线形态特征信息的情况下获得更为精确的熔解温度,从而实现不同基因型熔解曲线的快速、准确识别。 展开更多
关键词 生物光学 荧光快速检测 高分辨熔解曲线 光开关阵列
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基于高分辨率熔解曲线分析技术鉴别杭白菊和黄山贡菊的初步研究 被引量：1
2
作者 陈绍宁 顾小川 +1 位作者 姜鹏辉 李晴妍 《浙江理工大学学报（自然科学版）》 2018年第3期346-351,共6页
杭白菊和贡菊同为药茶两用的药材,种植较多,种质相近。然而两者保健功效、药用成分各有不同,饮用或入药时需加以区分,传统鉴别方法主观性强,往往难以精确区分。文章提出一种中药材分子鉴定方法,采用高分辨率熔解曲线(High resolution me... 杭白菊和贡菊同为药茶两用的药材,种植较多,种质相近。然而两者保健功效、药用成分各有不同,饮用或入药时需加以区分,传统鉴别方法主观性强,往往难以精确区分。文章提出一种中药材分子鉴定方法,采用高分辨率熔解曲线(High resolution melting,HRM),并结合DNA条形码ITS2序列对杭白菊和黄山贡菊进行快速鉴别。以杭白菊及黄山贡菊干燥药材为样品,ITS2序列作为DNA条形码,获得ITS2序列的高分辨率熔解曲线;建立检测鉴定杭白菊与黄山贡菊的HRM-荧光定量PCR方法和杭白菊和黄山贡菊高分辨率熔解曲线模型;在HRMPCR条件下,建立杭白菊和黄山贡菊的标准化高分辨率熔解曲线图、高分辨率熔解曲线衍生差异图,并应用该方法检测市售杭白菊和黄山贡菊共10份样品。结果表明:利用高分辨率熔解曲线技术能够有效地区分开杭白菊和黄山贡菊,为进一步应用高分辨率熔解曲线分析技术鉴定中药材提供理论基础和技术依据。 展开更多
关键词 高分辨率熔解曲线 杭白菊 贡菊 DNA条形码 ITS2序列
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龟甲的特异性PCR及高分辨率熔解曲线技术鉴别方法研究 被引量：9
3
作者 张雪艳 袁媛 +2 位作者 胡启跳 蒋超 方成武 《中国现代中药》 CAS 2019年第9期1215-1220,共6页
目的:建立高效、稳定的龟甲Testudinis Carapax et Plastrum DNA鉴别方法。方法:利用龟甲的特异性聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)鉴别方法和高分辨率熔解曲线(HRM)鉴别方法,根据龟甲及其混伪品COI序列差异,寻找特异性... 目的:建立高效、稳定的龟甲Testudinis Carapax et Plastrum DNA鉴别方法。方法:利用龟甲的特异性聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)鉴别方法和高分辨率熔解曲线(HRM)鉴别方法,根据龟甲及其混伪品COI序列差异,寻找特异性单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点设计鉴别引物,并对PCR反应条件进行优化;并使用通用引物扩增COI区域,产物直接进行HRM分析。结果:当退火温度为60 ℃,循环次数为35,使用设计的龟甲特异性鉴别引物GJ-360.F/R进行PCR扩增,经扩增均获得约360 bp特异性鉴别条带,混伪品皆无条带;使用通用引物RonM-tl和Vl-tl进行PCR扩增,产物使用HRM分析,龟甲药材在模板DNA质量浓度为3.5~87.9 ng ·μL^-1 、引物浓度为0.2 μmol · L ^-1 、镁离子浓度为2.0 mmol · L ^-1 的条件下,龟甲药材标准熔解曲线为双峰,其 T m均值分别为(83.15±0.76)、(87.53±0.69 )℃。结论:特异性PCR和HRM均可作为一种快速准确鉴别龟甲正伪品的鉴定方法。 展开更多
关键词 龟甲 特异性聚合酶链式反应 分子鉴定 高分辨率熔解曲线
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SLC30A8基因rs13266634 C/T单核苷酸多态性与2型糖尿病易感性的相关性研究 被引量：8
4
作者 刘阳 王占友 +1 位作者 池志宏 王涛 《中国医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期494-497,共4页
目的 探讨SLC30A8基因rs13266634 C/T单核苷酸多态性（SNP）与锦州地区2型糖尿病（T2DM）易感性之间的相关性。方法 基于病例-对照分析,采用聚合酶链反应（PCR）-高分辨率溶解曲线（HRM）方法对锦州地区136例2型糖尿病患者（T2DM组）和... 目的 探讨SLC30A8基因rs13266634 C/T单核苷酸多态性（SNP）与锦州地区2型糖尿病（T2DM）易感性之间的相关性。方法 基于病例-对照分析,采用聚合酶链反应（PCR）-高分辨率溶解曲线（HRM）方法对锦州地区136例2型糖尿病患者（T2DM组）和145例健康对照（NC组）SLC30A8基因rs13266634位点的单核苷酸多态性进行检测。结果 CC基因型频率T2DM组（38.23%）高于NC组（22.07%）;C等位基因频率T2DM组（61.76%）高于NC组（51.03%）,差异均具有统计学意义（P〈0.05）;等位基因C增加了2型糖尿病1.550倍患病风险（OR=1.550,95%CI：1.108-2.169,P〈0.05）。结论 SLC30A8基因rs13266634 C/T单核苷酸多态性与锦州地区T2DM的发病相关,C是风险等位基因。 展开更多
关键词 SLC30A8基因 单核苷酸多态性 高分辨率溶解曲线 2型糖尿病
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大肠杆菌O157:H7实时荧光定量PCR快速检测试剂盒的组建及活菌检测 被引量：6
5
作者 魏婉晴 孔梁宇 +4 位作者 胡瑞瑞 陆兆新 周立邦 孟凡强 别小妹 《现代食品科技》 CAS 北大核心 2022年第1期94-103,共10页
该研究组建了基于高分辨熔解曲线分析的大肠杆菌O157:H7实时荧光定量PCR快速检测试剂盒,对试剂盒的灵敏度、特异性、抗干扰能力和检测人工污染样品的情况进行了评估,并在组建试剂盒的基础上,利用叠氮溴化丙锭(PMAxx)对活/死细胞的选择性... 该研究组建了基于高分辨熔解曲线分析的大肠杆菌O157:H7实时荧光定量PCR快速检测试剂盒,对试剂盒的灵敏度、特异性、抗干扰能力和检测人工污染样品的情况进行了评估,并在组建试剂盒的基础上,利用叠氮溴化丙锭(PMAxx)对活/死细胞的选择性,构建了大肠杆菌O157:H7活菌定量检测技术。结果显示,试剂盒特异性强,仅大肠杆菌O157:H7血清型有阳性扩增;最低检测限为84CFU/m L;在四种常见食源性致病菌干扰下能准确检测出大肠杆菌O157:H7;在人工污染食品样品的实际检测中,可检测到初始污染量为7.97×10^(0)CFU/m L的样品;通过单因素变化试验对PMAxx处理的各项参数进行优化,确立了曝光时间11 min、暗孵育时间20min、PMAxx浓度30μmol/L的最优反应体系,并与本研究组建的实时荧光定量PCR试剂盒相结合,建立了在3.4×10^(7)-3.4×10^(2)CFU/m L浓度范围内Ct值与菌液浓度线性关系良好的大肠杆菌O157:H7活菌定量检测方法,为食源性致病菌快速定量检测提供技术支持。 展开更多
关键词 大肠杆菌O157:H7 实时荧光定量PCR 高分辨熔解曲线 快速检测试剂盒 叠氮溴化丙锭 活菌检测
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应用高分辨率熔解曲线和焦磷酸测序技术快速筛查唐氏综合征MTHFR基因677C〉T位点的多态性 被引量：4
6
作者 孙婧婧 沈云琳 +2 位作者 颜崇兵 陈一欢 龚小慧 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期528-533,共6页
目的建立应用高分辨率熔解曲线（high resolution melting curve method，HRM）和焦磷酸测序技术快速筛查亚甲基四氢叶酸还原酶基因677C〉T位点多态性的方法。方法收集唐氏综合征患者样本155例、健康儿童样本182名，应用3种HRM技术（常... 目的建立应用高分辨率熔解曲线（high resolution melting curve method，HRM）和焦磷酸测序技术快速筛查亚甲基四氢叶酸还原酶基因677C〉T位点多态性的方法。方法收集唐氏综合征患者样本155例、健康儿童样本182名，应用3种HRM技术（常规法、内标法和异源双链法）进行677C〉T位点多态性检测，并比较3种方法的优劣。采用焦磷酸测序技术快速测定样本中677C〉T位点等位基因频率，并与HRM检测的结果进行比较。结果常规的HRM可区分纯合子与杂合子，但分辨基因型CC和TT的效果不佳。内标法和异源双链法能够有效分辨3种基因型。对焦磷酸测序结果的分析提示，其检测混合样本中等位基因频率的准确度随样本数增加而提高。当样本数超过30时，结果与实际值的差异小于4％。统计结果还提示，唐氏综合征患者组基因型TT的频率明显高于对照组（25．2％vs．14．3％，P〈0．05），而等位基因T的频率仅略高于对照（44．9％VS．40．1％，P〉0．05）。结论内标法HRM分析可作为检测等位基因型的首选方法，而焦磷酸测序则可快速测定群体中的等位基因频率。 展开更多
关键词 高分辨率熔解曲线 焦磷酸测序 多态性 快速筛查 唐氏综合征
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应用高分辨熔解曲线分析技术检测β-地中海贫血基因突变 被引量：4
7
作者 王晶晶 许朝旭 彭红波 《国际检验医学杂志》 CAS 2015年第5期650-651,654,共3页
目的探讨高分辨熔解曲线(HRM)分析技术检测β-地中海贫血基因突变的可行性。方法应用HRM法检测广东省常见的5种β-地中海贫血突变(-28、CD17、CD41-42、CD71-72及IVS-2-654),对60例可疑β-地中海贫血患者样本进行HRM分析,通过DNA测序对... 目的探讨高分辨熔解曲线(HRM)分析技术检测β-地中海贫血基因突变的可行性。方法应用HRM法检测广东省常见的5种β-地中海贫血突变(-28、CD17、CD41-42、CD71-72及IVS-2-654),对60例可疑β-地中海贫血患者样本进行HRM分析,通过DNA测序对HRM结果进行验证。结果 60例可疑β-地中海贫血患者中,共检出杂合突变型基因12例,包括2例-28、2例CD17、4例CD41-42、2例CD71-72及2例IVS-2-654基因突变类型;检出纯合突变型基因2例,包括1例-28及1例CD41-42(均为羊水标本)。HRM法检测结果与测序结果一致。结论 HRM法能准确检测广东省5种常见的β-地中海贫血突变,具有简便、快速、灵敏度高等优点,有望成为临床筛查β-地中海贫血突变的新方法。 展开更多
关键词 Β-地中海贫血 基因突变 高分辨溶解曲线
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基于高分辨率溶解曲线分析鉴别食品中的3种李斯特氏菌 被引量：4
8
作者 岳苑 周梦诗 +5 位作者 徐娟 李睿 何利华 赵飞 张建中 龚杰 《现代食品科技》 EI CAS 北大核心 2020年第6期285-290,171,共7页
本研究利用高分辨率熔解曲线的方法,以iap基因为靶标新设计一对引物同时鉴别单增李斯特氏菌、伊氏李斯特氏菌和英诺克李斯特氏菌,其余14种常见食源性病原微生物扩增为阴性结果,单增李斯特氏菌和伊氏李斯特氏菌的检出限为10个拷贝,英诺... 本研究利用高分辨率熔解曲线的方法,以iap基因为靶标新设计一对引物同时鉴别单增李斯特氏菌、伊氏李斯特氏菌和英诺克李斯特氏菌,其余14种常见食源性病原微生物扩增为阴性结果,单增李斯特氏菌和伊氏李斯特氏菌的检出限为10个拷贝,英诺克李斯特氏菌的检测限为50个拷贝。本研究对78份样品进行HRM-realtimePCR法、GB4789.30-2016和SN/T1870-2016(荧光PCR法)的检测,并对3种方法的检测结果进行统计学分析。结果显示:HRM法和国标方法、HRM法和荧光PCR法的检测结果之间存在统计学差异,国标方法和荧光PCR法检测结果之间无统计学差异。本研究建立的基于HRM-real time PCR法检测3种李斯特氏菌的方法快速高效、特异性好、成本低,适用于食品中李斯特氏菌的日常检测和监管。 展开更多
关键词 高分辨率熔解曲线 单核细胞增生李斯特氏菌 伊氏李斯特氏菌 英诺克李斯特氏菌 食品
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应用高分辨率熔解曲线快速诊断一例瓜氨酸血症1型患儿的ASS1基因纯合突变 被引量：4
9
作者 孙婧婧 沈云琳 +1 位作者 颜崇兵 龚小慧 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2018年第3期429-433,共5页
目的应用高分辨率熔解曲线（high resolution melting curve analysis，HRM）和DNA测序的方法对1例瓜氨酸血症1型患儿及其父母进行快速的基因诊断。方法抽取患儿、患儿父母及i00名正常体检者的外周血，采用HRM分析技术针对ASS1基因的16... 目的应用高分辨率熔解曲线（high resolution melting curve analysis，HRM）和DNA测序的方法对1例瓜氨酸血症1型患儿及其父母进行快速的基因诊断。方法抽取患儿、患儿父母及i00名正常体检者的外周血，采用HRM分析技术针对ASS1基因的16个外显子进行全外显子扫描，并对曲线异常的区域进行DNA测序。随后采用逆转录-PCR对ASSl基因的mRNA进行分析。最后，采用PolyPhen-2和SIFTBlink软件分别对ASS1基因中的突变位点进行同源性和生物学功能分析。结果血液生化检测结果显示患儿外周血中血氨达到286μmol／L，超过正常参考值的5倍以上，串联质谱结果显示患儿外周血中瓜氨酸浓度高达487．69／2mol／L，CIT／ARG达148．66，均远高于正常范围。HRM的结果发现在ASS1基因第6外显子和第8外显子的区域（包含部分相邻内含子）中患儿及其父母的HRM曲线与正常对照不一致。DNA测序结果证实，在患儿第6外显子中发生了c．380G〉A的纯合突变，该突变会导致ASS1蛋白P．R127Q的改变。而在第8内含子中则发生了IVS8＋60G〉A的纯合变异。患儿的父母中这两个位点均为杂合变异。100名正常对照样本中均未检出变异。逆转录-PCR结果表明ASS1基因第8内含子中IVS8＋60G〉A的变异不会导致RNA剪接的异常。结构分析结果表明P．R127Q位点在45种脊椎动物中保守性非常高，它是ASSl蛋白中与瓜氨酸结合的位点，对于ASS1蛋白功能的行使非常重要。结论在中国大陆人群中发现了ASS1基因第6外显子的c．380G＋A及第8内含子的IVS8＋60G〉A复合纯合突变，其中c．380G〉A纯合突变可能是引起患儿尿素循环障碍的致病突变。 展开更多
关键词 瓜氨酸血症1型 高分辨率熔解曲线 快速基因诊断
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基于高分辨率熔解曲线的银杏SNP分型方法构建 被引量：4
10
作者 吴雅琼 辛月 +3 位作者 王建文 祁铭 荣浩 徐立安 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第15期5066-5073,共8页
本研究旨在探究利用高分辨率熔解曲线(HRM)进行银杏SNP分型的最优体系。试验结果表明:使用Forget-Me-NotTMqPCR Master Mix Eva Green染料(10μL反应体系),引物浓度为0.1μmol/L,DNA浓度2.5 ng/μL情况下,银杏SNP分型能取得较好的区分... 本研究旨在探究利用高分辨率熔解曲线(HRM)进行银杏SNP分型的最优体系。试验结果表明:使用Forget-Me-NotTMqPCR Master Mix Eva Green染料(10μL反应体系),引物浓度为0.1μmol/L,DNA浓度2.5 ng/μL情况下,银杏SNP分型能取得较好的区分效果。结果显示本体系有高通量、方便快捷和经济实用等优势。本研究建立的银杏SNP基因分型体系适合一次试验对单位点、多个体情况下的SNP鉴定和快速分型。利用优化的HRM体系,从银杏转录组数据中筛选获得了22个阳性SNP位点,并在3个银杏地区(90个个体中)进行了分型验证。该方法将在林木遗传图谱构建、品种鉴别、遗传多样性研究等方面有广泛应用前景。 展开更多
关键词 银杏(Ginkgo biloba L.) 高分辨率熔解曲线 单核苷酸多态性 基因分型
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高分辨率熔解曲线检测结核分枝杆菌对氧氟沙星耐药性研究
11
作者 杨彩虹 张萍 +3 位作者 买买提艾力·艾合木提 黄巧玲 王震 曹旭东 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2024年第3期102-109,共8页
评价高分辨率熔解曲线法在结核分枝杆菌氧氟沙星耐药性检测的有效性。采用传统比例法、DNA测序法、高分辨率熔解曲线法对84株结核分枝杆菌临床分离株进行氧氟沙星耐药性检测,分别以药敏结果和DNA测序结果为参照,应用卡方检验分析各检测... 评价高分辨率熔解曲线法在结核分枝杆菌氧氟沙星耐药性检测的有效性。采用传统比例法、DNA测序法、高分辨率熔解曲线法对84株结核分枝杆菌临床分离株进行氧氟沙星耐药性检测,分别以药敏结果和DNA测序结果为参照,应用卡方检验分析各检测结果之间的差异性,Kappa检验分析检测结果一致性。药敏结果显示,12株菌对氧氟沙星耐药,72株敏感。DNA测序结果显示,10株菌存在gyrA基因耐药相关突变,74株菌不存在gyrA基因耐药相关突变。高分辨率熔解曲线检测结果显示,有14株耐药株,70株敏感株。以比例法药敏结果为参照,DNA测序检测菌株耐药性的敏感性为83.3%、特异性为100%、符合率为97.6%,检测结果具有高度一致性;高分辨率熔解曲线法检测菌株耐药性的敏感性为75%、特异性为93.1%、符合率为90.5%,检测结果具有中度一致性。以DNA测序结果为参照,高分辨率熔解曲线法检测gyrA基因耐药突变的敏感性为80%,特异性为91.9%,符合率为90.4%,检测结果具有中度一致性。本研究结果表明高分辨率熔解曲线法对结核分枝杆菌氧氟沙星耐药性检测的效能良好,可用于氧氟沙星耐药结核分枝杆菌的快速辅助筛查,为早期治疗方案制定提供重要依据。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 耐药性 高分辨率熔解曲线 氧氟沙星
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基于荧光定量PCR技术的ADH1B基因多态性分型教学实验设计
12
作者 赵焕英 张天乐 +3 位作者 张玉雪 张赛 董衡蓓 马延敏 《实验技术与管理》 CAS 北大核心 2024年第10期213-219,共7页
该实验设计旨在指导学生使用不同的PCR衍生技术进行基因分型检测。实验设计了高分辨率熔解曲线分析(PCR-HRM)、等位基因特异性PCR(AS-PCR)和TaqMan探针三种PCR方法,检测了ADH1B rs1229984位点的基因多态性。三种PCR检测结果与Sanger测... 该实验设计旨在指导学生使用不同的PCR衍生技术进行基因分型检测。实验设计了高分辨率熔解曲线分析(PCR-HRM)、等位基因特异性PCR(AS-PCR)和TaqMan探针三种PCR方法,检测了ADH1B rs1229984位点的基因多态性。三种PCR检测结果与Sanger测序结果一致。通过该实验,学生能够学习基因多态性的分子机制和相关检测技术,提高动手实操能力,还能学习利用软件和算法设计复杂PCR引物和探针方法及其在临床诊断中的应用。 展开更多
关键词 高分辨熔解曲线 等位基因特异性PCR TAQMAN探针 基因多态性 乙醇脱氢酶1B
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基于高分辨率熔解曲线分析技术鉴别丹参及其混伪品
13
作者 赵景莹 张玉娟 +9 位作者 柳展基 赵方洲 汤慧丽 王宪昌 朱彦威 田北京 韩金龙 邬爽 高春华 单成钢 《山东农业科学》 北大核心 2024年第9期116-123,共8页
本研究旨在建立一种基于高分辨率熔解曲线(high resolution melting,HRM)技术高效鉴别丹参及其混伪品的方法。研究采用硅胶吸附柱法纯化基因组DNA,并针对鼠尾草rDNA ITS2区序列设计特异性引物,通过依次对引物浓度、DNA模板浓度、退火温... 本研究旨在建立一种基于高分辨率熔解曲线(high resolution melting,HRM)技术高效鉴别丹参及其混伪品的方法。研究采用硅胶吸附柱法纯化基因组DNA,并针对鼠尾草rDNA ITS2区序列设计特异性引物,通过依次对引物浓度、DNA模板浓度、退火温度和循环次数进行系统优化,建立了ITS2熔解曲线模型,并采用HRM技术对不同来源丹参及其混伪品(甘西鼠尾草、云南丹参和鼠尾草)进行鉴别。结果表明,在最适引物浓度为2.5~10.0μmol/L,DNA模板浓度为26.95~53.90 ng/μL,退火温度为58℃,循环数为35~45时可获得稳定、均一、特异的PCR扩增曲线。该方法通过对比熔解温度(Tm)即可实现对丹参与甘西鼠尾草、云南丹参及鼠尾草的真伪鉴别,在丹参及其伪品的快速检测方面具有独特的优势。 展开更多
关键词 高分辨率熔解曲线 分子鉴定 丹参 伪品
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急性髓系白血病NPM1基因突变检测方法的研究 被引量：4
14
作者 李志鹏 张绚 +3 位作者 赵晓明 李庆阁 陈亚玫 鹿全意 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2011年第4期999-1004,共6页
本研究旨在建立检测急性髓系细胞白血病(AML)患者NPM1基因突变的方法。针对NPM1基因突变集中区域设计引物/探针,建立高分辨熔解曲线方法(HRM)和等位基因特异PCR方法(AS-PCR),通过89份AML标本进行了临床评估,并采用毛细管电泳法(CE)和测... 本研究旨在建立检测急性髓系细胞白血病(AML)患者NPM1基因突变的方法。针对NPM1基因突变集中区域设计引物/探针,建立高分辨熔解曲线方法(HRM)和等位基因特异PCR方法(AS-PCR),通过89份AML标本进行了临床评估,并采用毛细管电泳法(CE)和测序法作为对照进行了验证。结果表明,通过上述4种方法共检出阳性标本17例(19.1%),其中A型突变15例,B型和Nm型突变各1例。上述方法中HRM法检测全面,灵敏度为5%,而AS-PCR法有一定的漏检,但灵敏度高达0.01%。结论:考虑到操作的难易程度,同时也结合临床样品的检测情况,HRM在临床上可法用于NPM1突变筛查,而AS-PCR法可用于后续的微小残留病定量检测。 展开更多
关键词 急性髓性细胞白血病 NPM1基因 毛细管电泳 高分辨熔解曲线法 等位基因特异PCR
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龟甲配方颗粒的高分辨熔解曲线技术鉴别研究
15
作者 谭斯尹 宋叶 +3 位作者 刘闪闪 范耀耀 罗宇琴 李国卫 《广东药科大学学报》 CAS 2024年第3期70-75,共6页
目的建立一种龟甲配方颗粒高分辨熔解曲线(HRM)技术鉴别方法。方法根据乌龟Chinemys reevesii及其混伪品的细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome oxidase subunitⅠ,COI)基因序列上的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)... 目的建立一种龟甲配方颗粒高分辨熔解曲线(HRM)技术鉴别方法。方法根据乌龟Chinemys reevesii及其混伪品的细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome oxidase subunitⅠ,COI)基因序列上的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)位点设计鉴别引物,扩增产物直接进行HRM分析,并优化反应体系,根据最佳条件进行适用性验证。结果在模板DNA质量浓度为0.62~374.88 ng/μL、引物浓度为0.1~0.4μmol/L、退火温度为62℃、循环数为45个的条件下,龟甲饮片和配方颗粒的熔解曲线为单峰,其Tm均值分别为(82.39±0.09)、(82.38±0.05)℃,而混伪品和醋龟甲配方颗粒未有扩增。结论该研究建立的高分辨熔解曲线鉴别方法可快速鉴别龟甲原料和配方颗粒的真伪,以及区分其生品和炮制品配方颗粒,为龟甲配方颗粒的质量标准研究提供了理论依据。 展开更多
关键词 龟甲 配方颗粒 高分辨熔解曲线(HRM) 分子鉴定
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基于高分辨率熔解曲线的GSTM1基因分型方法的建立与评价
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作者 白妞妞 李星星 +8 位作者 何霞 陈维红 童荣生 高伟祺 袁梦莹 李志敏 张娇 王菲 张敏 《中国医院药学杂志》 CAS 北大核心 2024年第8期900-904,共5页
目的:采用高分辨率熔解曲线(High Resolution Melting,HRM)法检测GSTM1基因多态性,并评价其准确性,以期为临床抗肿瘤药物与抗结核药物的临床个体化应用提供参考。方法:2019年3月—2019年10月就诊于四川省人民医院等3家医疗机构的94例患... 目的:采用高分辨率熔解曲线(High Resolution Melting,HRM)法检测GSTM1基因多态性,并评价其准确性,以期为临床抗肿瘤药物与抗结核药物的临床个体化应用提供参考。方法:2019年3月—2019年10月就诊于四川省人民医院等3家医疗机构的94例患者的外周静脉血样本,纳入标准为:年龄为16—88周岁;签署知情同意书;留存血液样本的体检患者。采用离心柱法提取其全血基因组DNA,对提取后的DNA进行浓度及纯度检测,并采用HRM法对产物进行分析;同时使用Stata17软件采取随机种子从GSTM1 null和GSTM1 non-null共2种基因型样本中随机选取33例样本使用焦磷酸测序法进行准确性验证。结果:94例样本DNA浓度范围为10~60 ng·μL^(–1),纯度OD260/280位于1.6~2.0之间。所有样本扩增反应均正常,其中37例患者(39.36%)检测到GSTM1 non-null基因型,57例患者(60.64%)检测到GSTM1 null基因型。随机选取的33例样本使用焦磷酸测序进行验证,17例患者(51.52%)检测到GSTM1 non-null基因型,16例患者(48.48%)GSTM1 null基因型。与焦磷酸测序法结果进行比对,HRM法的结果与之完全相符。结论:该研究建立了HRM方法检测GSTM1的实验体系和方法,用于检测GSTM1基因位点的2种不同基因型,准确性高,为临床肿瘤和结核等患者用药方案的优化提供了一种快速、准确的药物基因检测方法,对于抗肿瘤药物与抗结核药物的临床应用具有重要的指导意义。 展开更多
关键词 高分辨率熔解曲线 GSTM1 药物基因 基因分型
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大黄鱼FST基因SNP筛选及与生长性状相关性分析 被引量：3
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作者 张玉 韩明星 +3 位作者 曹明月 赵亚运 李娟 薛良义 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期883-891,共9页
为探索FST基因单核苷酸多态性(SNP)与大黄鱼生长性状的相关性,本研究采用直接测序和高分辨率熔解曲线(HRM)法分别进行SNP位点筛查和验证分型。结果共筛查到19个SNP位点,其中2个在外显子1,8个在外显子2,7个在外显子3,外显子4和外显子5各1... 为探索FST基因单核苷酸多态性(SNP)与大黄鱼生长性状的相关性,本研究采用直接测序和高分辨率熔解曲线(HRM)法分别进行SNP位点筛查和验证分型。结果共筛查到19个SNP位点,其中2个在外显子1,8个在外显子2,7个在外显子3,外显子4和外显子5各1个,近端启动子区域未筛查到突变。位于外显子4的g.2169A>C位点,AA基因型占96.8%,CC基因型占3.2%,多态信息含量为0.0600;位于外显子5的g.2998A>G位点,AA基因型占63.2%,AG基因型占30%,GG基因型占6.8%,多态信息含量为0.2828,这2个位点均处于哈代-温伯格平衡状态。相关性分析表明,在g.2169A>C位点,CC型个体各个生长性状(体重、体长、全长、体高)均大于AA型个体,但差异不显著(P>0.05);g.2998A>G位点,AG型个体各性状均值最大,GG型个体最小,但只在全长性状上基因型AG与GG存在显著性差异(P<0.05),表明FST基因编码区的突变对大黄鱼的生长性状有一定的影响。本试验结果为大黄鱼育种中体型的选择提供了一定的理论依据。 展开更多
关键词 大黄鱼 卵泡抑素 高分辨率熔解曲线 单核苷酸多态性 生长性状
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摩拉、尼里/拉菲种公牛促性腺激素释放激素受体(GnRHR)基因序列多态性检测及基因型分析 被引量：3
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作者 龙开旭 王英群 +10 位作者 刘德玉 邓祝新 李美珍 刘瑞鑫 方奕雄 李铭 王国利 郭亚芬 江明生 潘堂峰 李芳芳 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2016年第9期46-49,288,289,共6页
为了分析摩拉、尼里/拉菲种公牛促性腺激素释放激素受体(GnRHR)基因的遗传多态性,试验对28头摩拉种公牛、40头尼里/拉菲种公牛采用PCR扩增、测序、高分辨率熔解曲线检测的方法对GnRHR基因进行遗传多态性检测。结果表明:摩拉、尼里/拉菲... 为了分析摩拉、尼里/拉菲种公牛促性腺激素释放激素受体(GnRHR)基因的遗传多态性,试验对28头摩拉种公牛、40头尼里/拉菲种公牛采用PCR扩增、测序、高分辨率熔解曲线检测的方法对GnRHR基因进行遗传多态性检测。结果表明:摩拉、尼里/拉菲种公牛GnRHR基因存在相同的SNP位点,分别是A13 342G、T13 355G、A13 406T、T17 221C。其中前三个SNP位点位于第一内含子,最后一个SNP位点位于第三外显子,该突变位点使氨基酸编码由酪氨酸变为组氨酸。对于基因分型,摩拉、尼里/拉菲种公牛却出现不同结果,摩拉种公牛13 342位点有2种基因型AA、AG,频率分别为0.607 1,0.329 2;13 355位点有2种基因型TT、TG,频率分别为0.714 3,0.285 7;13 406位点有2种基因型AA、AT,频率分别为0.750 0,0.250 0;17 221位点有2种基因型TT、TC,频率分别为0.750 0,0.250 0。尼里/拉菲种公牛13 342位点有3种基因型AA、AG、GG,频率分别为0.300 0,0.375 0,0.325 0;13 355位点有3种基因型TT、TG、GG,频率分别为0.575 0,0.325 0,0.100 0;13 406位点产生3种基因型AA、AT、TT,频率分别为0.575 0,0.325 0,0.100 0;17 221位点有3种基因型TT、TC、CC,频率分别为0.600 0,0.325 0,0.075 0。尼里/拉菲种公牛检测群体4个SNP位点均处于HardyWeinberg平衡状态(P>0.05)。 展开更多
关键词 摩拉 尼里/拉菲 种公牛 促性腺激素释放激素受体(GnRHR)基因 高分辨率熔解曲线 多态性位点(SNP位点)
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TLR9和VDR基因多态性与结核病易感性的相关性分析 被引量：3
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作者 张娟 孙娇 +5 位作者 王悦 孙秀华 李莹 邢黎莉 彭娇 孙炳奇 《中国当代医药》 2015年第33期117-120,124,共5页
目的探讨TLR9（rs352139）和VDR基因（rs731236和rs2228570）单核苷酸多态性（SNP）与结核病易感性之间的相关性。方法选取2013年1月-2015年6月期间我院确诊为初治活动性肺结核患者300例（结核组）和300例健康体检者（健康对照组）,采... 目的探讨TLR9（rs352139）和VDR基因（rs731236和rs2228570）单核苷酸多态性（SNP）与结核病易感性之间的相关性。方法选取2013年1月-2015年6月期间我院确诊为初治活动性肺结核患者300例（结核组）和300例健康体检者（健康对照组）,采用聚合酶链反应结合高分辨率熔解曲线对rs352139、rs731236和rs2228570位点的SNP进行检测。结果 TLR9（rs352139）的AA和GG基因型比AG基因型人群患结核病的风险增加,OR值分别为1.061（0.76-1.49）和1.472（0.95-2.27）;Taq（rs731236）的TT和CC基因型对比TC基因型人群患结核病的风险增加,OR值分别为1.049（0.68-1.61）和1.204（0.36-3.99）;Fok（rs2228570）的CC和TT基因型对比TC基因型人群患结核病的风险增加,OR值分别为1.164（0.83-1.64）和1.048（0.69-1.61）,但两组间比较差异均无统计学意义（P〉0.05）。结论在中国沈阳地区,TLR9（rs352139）和VDR基因（rs731236和rs2228570）SNP可能与结核病易感性关联不大。 展开更多
关键词 结核病 高分辨率熔解曲线 单核苷酸多态性
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HRM法检测结直肠癌患者循环DNA中KRAS和EGFR基因突变 被引量：3
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作者 曾俊萍 尹苹 徐克前 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第7期535-537,共3页
目的探讨高分辨率熔解曲线(HRM)法检测结直肠癌患者循环DNA中KRAS和EGFR基因突变的可行性。方法用HRM法检测70例结直肠癌患者KRAS基因2号和3号外显子以及EGFR基因19和21号外显子的突变情况,用直接测序法验证结果的准确性。结果 70例结... 目的探讨高分辨率熔解曲线(HRM)法检测结直肠癌患者循环DNA中KRAS和EGFR基因突变的可行性。方法用HRM法检测70例结直肠癌患者KRAS基因2号和3号外显子以及EGFR基因19和21号外显子的突变情况,用直接测序法验证结果的准确性。结果 70例结直肠癌患者血液标本经HRM法、直接测序法分别检测到18例(25.7%)和17例(24.3%)KRAS基因2号外显子突变;均检测到3例EGFR基因19号外显子突变(4.3%);两法均未检测到3号外显子和21号外显子突变。HRM检测与直接测序法结果符合率为99.6%(279/280)。结论 HRM法检测结直肠癌患者血样本KRAS和EGFR基因突变,具有准确度高、操作简单、检测成本低等优点,适合在临床推广应用。 展开更多
关键词 高分辨率熔解曲线 KRAS EGFR 结直肠癌
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