根据低密度脂蛋白(low density lipoprotein,LDL)颗粒的不均一性,可以利用密度梯度超速离心法和梯度凝胶电泳法将其分成若干亚组分。近年来,对于LDL亚组分分离方法的研究取得了显著进展。除对上述两种基本实验方法进行改进外,有实验室采...根据低密度脂蛋白(low density lipoprotein,LDL)颗粒的不均一性,可以利用密度梯度超速离心法和梯度凝胶电泳法将其分成若干亚组分。近年来,对于LDL亚组分分离方法的研究取得了显著进展。除对上述两种基本实验方法进行改进外,有实验室采用Western印迹法对LDL颗粒进行分离。LDL亚组分分离方法的进步,使对LDL亚组分的认识更加深入:LDL亚组分的高度不均一性、氧化易感性及电负性等不同特性与动脉粥样硬化(atherosclerosis,AS)关系密切。LDL亚组分的研究为认识动脉粥样硬化及其相关疾病提供了重要的理论依据。展开更多
【目的】比较新一代高通量测序与传统的变性梯度凝胶电泳(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis,DGGE)指纹图谱技术,评价两种技术研究土壤微生物群落结构的优缺点。【方法】针对新西兰典型草地和森林土壤,以16S rRNA基因为标靶,通...【目的】比较新一代高通量测序与传统的变性梯度凝胶电泳(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis,DGGE)指纹图谱技术,评价两种技术研究土壤微生物群落结构的优缺点。【方法】针对新西兰典型草地和森林土壤,以16S rRNA基因为标靶,通过高通量测序和DGGE技术分析土壤微生物群落的组成、丰度和多样性,比较两种方法在土壤微生物研究中的适用性。【结果】在不同的微生物分类水平,高通量测序草地土壤检测到22门,54纲,60目,131科,350属;而DGGE仅检测到6门,9纲,8目,10科,10属,表明DGGE显著低估了土壤微生物的群落组成。森林土壤也得到了类似规律,高通量测序的检测灵敏度是DGGE的3.8、6.7、6.4、19.2及39.4倍。进一步分析土壤中主要微生物类群的相对丰度,发现分类水平越低,高通量测序与DGGE的结果差异越大,尤其在科和属的水平上差异最大。以高通量测序结果为标准,DGGE明显高估了土壤中大多数微生物类群的相对丰度,最高可达2000倍。两种方法都表明草地土壤的多样性指数高于森林土壤,但DGGE多样性指数的绝对值远低于高通量测序结果。【结论】高通量测序能够较为全面和准确的反映土壤微生物群落结构,而DGGE仅能够反映有限的优势微生物类群,在很大程度上极可能低估土壤微生物的物种组成并高估其丰度。展开更多
采用变性梯度凝胶电泳（DGGE）技术对内蒙古河套灌区三种不同盐碱程度土壤（盐土,强度盐化土,轻度盐化土）不同深度（0~20cm和20~30cm）土壤细菌16S r DNA V3~V6可变区扩增片段进行分析,并对土壤理化性质进行了测定.结果表明：细菌群落...采用变性梯度凝胶电泳（DGGE）技术对内蒙古河套灌区三种不同盐碱程度土壤（盐土,强度盐化土,轻度盐化土）不同深度（0~20cm和20~30cm）土壤细菌16S r DNA V3~V6可变区扩增片段进行分析,并对土壤理化性质进行了测定.结果表明：细菌群落多样性随土壤盐碱化程度的加深而减少（轻度盐化土〉强度盐化土〉盐土）,随土壤深度的增加而降低（细菌群落多样性0~20cm土层大于20~30cm土层）.细菌Shannon-Wiener指数在轻度盐化土中最大为3.36,在强度盐化土和盐土分别为3.05和2.49.不同盐碱程度土壤以细菌相似系数聚类,分为0~20cm层与20~30cm层两大族群,土壤细菌群落Shannon-Wiener指数在0~20cm层中（盐土为3.04,强度盐化土为3.29,轻度盐化土为3.36）均大于在20~30cm层（盐土为2.49,强度盐化土为3.05,轻度盐化土为3.14）.相关性分析和典范对应分析表明,土壤w（EC）、p H值、w（SOC）、w（TP）是土壤细菌群落结构多样性的显著影响因素,不同盐碱程度土壤中细菌群落的Shannon-Wiener指数与土壤w（EC）（r=-0.542,P〈0.05）、p H（r=-0.526,P〈0.05）呈显著负相关,与土壤w（SOC）（r=0.700,P〈0.01）和w（TP）（r=0.805,P〈0.01）呈极显著正相关.w（EC）和p H对盐碱土壤细菌群落结构的影响力最大.回收DGGE图谱中20个优势条带进行测序分析,结果显示,变形菌纲（α-变形菌纲、β-变形菌纲、γ-变形菌纲和δ-变形菌纲）是盐碱土壤的主要类群.展开更多
文摘根据低密度脂蛋白(low density lipoprotein,LDL)颗粒的不均一性,可以利用密度梯度超速离心法和梯度凝胶电泳法将其分成若干亚组分。近年来,对于LDL亚组分分离方法的研究取得了显著进展。除对上述两种基本实验方法进行改进外,有实验室采用Western印迹法对LDL颗粒进行分离。LDL亚组分分离方法的进步,使对LDL亚组分的认识更加深入:LDL亚组分的高度不均一性、氧化易感性及电负性等不同特性与动脉粥样硬化(atherosclerosis,AS)关系密切。LDL亚组分的研究为认识动脉粥样硬化及其相关疾病提供了重要的理论依据。
文摘【目的】比较新一代高通量测序与传统的变性梯度凝胶电泳(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis,DGGE)指纹图谱技术,评价两种技术研究土壤微生物群落结构的优缺点。【方法】针对新西兰典型草地和森林土壤,以16S rRNA基因为标靶,通过高通量测序和DGGE技术分析土壤微生物群落的组成、丰度和多样性,比较两种方法在土壤微生物研究中的适用性。【结果】在不同的微生物分类水平,高通量测序草地土壤检测到22门,54纲,60目,131科,350属;而DGGE仅检测到6门,9纲,8目,10科,10属,表明DGGE显著低估了土壤微生物的群落组成。森林土壤也得到了类似规律,高通量测序的检测灵敏度是DGGE的3.8、6.7、6.4、19.2及39.4倍。进一步分析土壤中主要微生物类群的相对丰度,发现分类水平越低,高通量测序与DGGE的结果差异越大,尤其在科和属的水平上差异最大。以高通量测序结果为标准,DGGE明显高估了土壤中大多数微生物类群的相对丰度,最高可达2000倍。两种方法都表明草地土壤的多样性指数高于森林土壤,但DGGE多样性指数的绝对值远低于高通量测序结果。【结论】高通量测序能够较为全面和准确的反映土壤微生物群落结构,而DGGE仅能够反映有限的优势微生物类群,在很大程度上极可能低估土壤微生物的物种组成并高估其丰度。
文摘采用变性梯度凝胶电泳（DGGE）技术对内蒙古河套灌区三种不同盐碱程度土壤（盐土,强度盐化土,轻度盐化土）不同深度（0~20cm和20~30cm）土壤细菌16S r DNA V3~V6可变区扩增片段进行分析,并对土壤理化性质进行了测定.结果表明：细菌群落多样性随土壤盐碱化程度的加深而减少（轻度盐化土〉强度盐化土〉盐土）,随土壤深度的增加而降低（细菌群落多样性0~20cm土层大于20~30cm土层）.细菌Shannon-Wiener指数在轻度盐化土中最大为3.36,在强度盐化土和盐土分别为3.05和2.49.不同盐碱程度土壤以细菌相似系数聚类,分为0~20cm层与20~30cm层两大族群,土壤细菌群落Shannon-Wiener指数在0~20cm层中（盐土为3.04,强度盐化土为3.29,轻度盐化土为3.36）均大于在20~30cm层（盐土为2.49,强度盐化土为3.05,轻度盐化土为3.14）.相关性分析和典范对应分析表明,土壤w（EC）、p H值、w（SOC）、w（TP）是土壤细菌群落结构多样性的显著影响因素,不同盐碱程度土壤中细菌群落的Shannon-Wiener指数与土壤w（EC）（r=-0.542,P〈0.05）、p H（r=-0.526,P〈0.05）呈显著负相关,与土壤w（SOC）（r=0.700,P〈0.01）和w（TP）（r=0.805,P〈0.01）呈极显著正相关.w（EC）和p H对盐碱土壤细菌群落结构的影响力最大.回收DGGE图谱中20个优势条带进行测序分析,结果显示,变形菌纲（α-变形菌纲、β-变形菌纲、γ-变形菌纲和δ-变形菌纲）是盐碱土壤的主要类群.
