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家蝇基因组文库的构建 被引量:5
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作者 夏平安 刘维全 +2 位作者 江禹 李晓艳 殷震 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第5期421-423,共3页
从孵化 36 h的蝇蛆中提取基因组 DNA,用限制性内切酶 Bcl 随机酶切 ,回收 10~ 2 3kb的酶切 DNA片段 ,通过匹配粘性末端与磷酸化的 EMBL3Bam H 酶切载体臂连接 ,在体外经包装系统包装成活的重组噬菌体 ,成功地构建了家蝇基因组文库。... 从孵化 36 h的蝇蛆中提取基因组 DNA,用限制性内切酶 Bcl 随机酶切 ,回收 10~ 2 3kb的酶切 DNA片段 ,通过匹配粘性末端与磷酸化的 EMBL3Bam H 酶切载体臂连接 ,在体外经包装系统包装成活的重组噬菌体 ,成功地构建了家蝇基因组文库。重组噬菌体转染 KW2 51 宿主菌 ,测定文库效价为 5× 10 4 pfu/m 展开更多
关键词 家蝇 基因组文库 重组噬菌体 基因转化 体外包装 昆虫抗菌肽 生物反应器 抗生素
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文库构建与基因簇靶向筛选驱动的微生物天然产物高效发现 被引量:1
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作者 虞旭昶 吴辉 李雷 《合成生物学》 CSCD 北大核心 2024年第3期492-506,共15页
微生物天然产物作为小分子药物的主要来源,已被广泛应用于医药与农业等领域。随着全球抗生素耐药性与其他公共健康问题的加剧,新结构、新靶点微生物天然产物发现迫在眉睫。大规模(宏)基因组测序揭示微生物蕴含了巨大的生物合成潜力,相... 微生物天然产物作为小分子药物的主要来源,已被广泛应用于医药与农业等领域。随着全球抗生素耐药性与其他公共健康问题的加剧,新结构、新靶点微生物天然产物发现迫在眉睫。大规模(宏)基因组测序揭示微生物蕴含了巨大的生物合成潜力,相继催生了多种不同类型的天然产物挖掘策略。然而,目前仍然缺乏将天然产物合成基因簇与编码产物快速关联的高效方案。近年来,(宏)基因组文库构建在获取批量天然产物合成基因簇方面展现出明显优势,结合高效的基因簇靶向筛选方法,显著加速了新结构天然产物系统发现。本文综述了三类基于(宏)基因组文库构建与靶向筛选驱动天然产物创新发现的策略,主要从克隆载体类型、文库构建方式、基因簇靶向筛选方法等角度进行了阐述,并对Cosmid/Fosmid文库、BAC/PAC文库、FAC/YAC文库等不同文库类型的优缺点及应用范围进行了对比,最后对这些策略的发展前景进行了展望。未来,基于文库构建与基因簇靶向筛选策略将极大驱动不同生境微生物来源的活性天然产物挖掘,预期大量新靶点、新结构天然产物将不断涌现。 展开更多
关键词 微生物天然产物 (宏)基因组挖掘 基因簇 文库构建 基因簇靶向筛选
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副鸡嗜血杆菌基因文库的构建与筛选 被引量:3
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作者 王雪敏 梁玉荣 +3 位作者 吕学泽 张培君 龚玉梅 王宏俊 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期368-372,共5页
为了筛选副鸡嗜血杆菌的体内表达基因,提取了副鸡嗜血杆菌的全基因组,构建了副鸡嗜血杆菌基因组的pET系统表达文库。运用PCR及核酸内切酶(SalⅠ+NdeⅠ)鉴定基因文库,并以病原菌吸附后的康复血清作为探针,采用菌落原位杂交的方法对基因... 为了筛选副鸡嗜血杆菌的体内表达基因,提取了副鸡嗜血杆菌的全基因组,构建了副鸡嗜血杆菌基因组的pET系统表达文库。运用PCR及核酸内切酶(SalⅠ+NdeⅠ)鉴定基因文库,并以病原菌吸附后的康复血清作为探针,采用菌落原位杂交的方法对基因文库进行筛选。结果显示,重组质粒中有0.5~2kb的片段插入,99%的基因包含在基因文库中;重复筛选后得到的阳性克隆再经过PCR与SalⅠ+NdeⅠ酶切鉴定后定向测序,并对测序结果在NCBI上进行分析后发现筛选获得的基因中,有1个表达为转运谷氨酰还原酶、1个表达为转录终止因子,1个表达为荚膜合成域2,还有2个表达为保守假想蛋白。结果表明,本研究应用体内诱导抗原技术(IVIAT)筛选到了一些副鸡嗜血杆菌体内诱导表达基因,并对基因的功能做了初步探讨,在找寻副鸡嗜血杆菌在体内生存以及致病关键基因的道路上前进了一步,为传染性鼻炎的预防和治疗积累了有价值的资料。 展开更多
关键词 副鸡嗜血杆菌 基因文库构建 基因文库筛选 菌落原位杂交
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绵羊肺炎支原体基因组DNA表达文库的构建与鉴定 被引量:2
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作者 陈诚 乔军 +5 位作者 孟庆玲 刘田莉 胡政香 马玉 才学鹏 陈创夫 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期646-651,共6页
为了筛选绵羊肺炎支原体(Mycoplasma ovipneumoniae,MO)免疫原性相关基因,提取MO基因组DNA,利用限制性内切酶Sau3AⅠ对基因组DNA进行酶切,回收500-3 000bp的基因组DNA片段,用T4DNA连接酶将其与经BamHⅠ酶切并去磷酸化处理的pET28a/b/... 为了筛选绵羊肺炎支原体(Mycoplasma ovipneumoniae,MO)免疫原性相关基因,提取MO基因组DNA,利用限制性内切酶Sau3AⅠ对基因组DNA进行酶切,回收500-3 000bp的基因组DNA片段,用T4DNA连接酶将其与经BamHⅠ酶切并去磷酸化处理的pET28a/b/c载体连接,然后转化至DH5α感受态细胞,通过菌液PCR对插入到载体中的片段大小及插入率进行鉴定。从转化的平板上提取质粒,转化至大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞中,构建MO基因组表达文库。随机挑选单菌落,用pET28a/b/c通用引物进行PCR鉴定,结果显示插入片段大小为300-2 000bp,插入率为90%,表明成功构建了MO基因组表达文库,该文库的构建为进一步筛选MO相关的免疫性基因及潜在候选疫苗靶点奠定前期基础。 展开更多
关键词 MO 基因组表达文库 构建 鉴定
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Raji细胞基因组文库的构建与筛选 被引量:1
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作者 高建明 李小玲 李桂源 《中南大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期185-191,共7页
目的:构建Raji细胞基因组文库,用EBV DNA探针对文库进行筛选。方法:Raji细胞基因组DNA经BamHI酶切消化后,低熔点琼脂糖回收9~23kb的酶切DNA片段,通过匹配黏性末端与磷酸化的Lambda DASH ⅡBam HI酶切载体臂连接,在体外经包装系... 目的:构建Raji细胞基因组文库,用EBV DNA探针对文库进行筛选。方法:Raji细胞基因组DNA经BamHI酶切消化后,低熔点琼脂糖回收9~23kb的酶切DNA片段,通过匹配黏性末端与磷酸化的Lambda DASH ⅡBam HI酶切载体臂连接,在体外经包装系统包装成活的重组噬菌体,测定原始文库与扩增文库的滴度,用同位素标记的EBVDNA探针对Raji细胞基因组文库进行筛选。结果:Raji细胞原始文库与扩增文库的滴度分别为1.8×10^5和2.8×10^8pfu/mL。文库经筛选获得4个阳性克隆,随机挑取1个阳性克隆稀释后铺平板作进一步杂交鉴定,发现所有噬茵斑均有杂交信号,证明该克隆确为阳性克隆。抽提该阳性克隆DNA,进行Bam HI酶切鉴定,证实插入片段的长度为8.5kb。经测序、BLAST序列比对,结果显示插入片段一侧为EBV BamHI W片段,另一侧与人类15号染色体RPl1-665A22克隆高度同源。结论:Raji细胞基因组文库的成功构建,为进一步克隆包含EBV整合位点的细胞基因组序列、探讨EBV整合参与肿瘤发生发展的分子机制奠定了基础。 展开更多
关键词 RAJI细胞 基因组文库 构建 筛选
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大理石芋螺Fosmid文库的构建及鉴定
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作者 李新佳 陈婉姨 +1 位作者 罗素兰 长孙东亭 《中国海洋药物》 CAS CSCD 2021年第2期55-61,共7页
目的芋螺毒素(芋螺肽)具有特异结合各种离子通道和受体的特殊功能,拥有巨大的新药开发潜力。但因海洋生态环境的破坏和无序采集,芋螺的种类和数量在不断减少,在国际上已被列为濒危保护动物。所以,对芋螺遗传资源和基因信息的长期保存具... 目的芋螺毒素(芋螺肽)具有特异结合各种离子通道和受体的特殊功能,拥有巨大的新药开发潜力。但因海洋生态环境的破坏和无序采集,芋螺的种类和数量在不断减少,在国际上已被列为濒危保护动物。所以,对芋螺遗传资源和基因信息的长期保存具有非常重要的科学和实际意义。方法研究针对中国南海产大理石芋螺(Conus marmoreus),利用磁珠法提取其高质量的基因组DNA,经过末端修复和胶回收、连接、包装、侵染等步骤,构建大理石芋螺基因组Fosmid文库。结果经鉴定该文库包括242 500个克隆;克隆片段长度平均约为40 kb;文库覆盖了大理石芋螺基因组的4.61倍。经过传代培养,第0代和第100代的Fosmid克隆的质粒酶切图谱无明显差异。该基因组Fosmid文库对基因组的覆盖率高,稳定性好。本文还利用该文库克隆出了1个新的α-芋螺毒素前体基因。结论大理石芋螺Fosmid文库的构建有利于该种芋螺的基因组资源长期保存而不会因物种濒危被丢失,将为大理石芋螺毒素基因的进一步发掘、基因序列结构和功能的研究等奠定重要基础。 展开更多
关键词 大理石芋螺 FOSMID 基因组文库构建 鉴定
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猪传染性胸膜肺炎放线杆菌基因组表达文库的构建及对小鼠的免疫保护作用研究
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作者 刘慧芳 周媛媛 +8 位作者 刘思国 宫强 王勇 刘建东 王春来 常月红 迟磊 赵昆 云孟克 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期153-156,共4页
本研究应用限制性内切酶MboⅠ消化胸膜肺炎放线杆菌血清7型的基因组DNA,回收500bp~3000bp的片段,插入到真核表达载体pCDNA3.1(+)的BamHⅠ酶切位点构建重组质粒,电转化大肠杆菌TG1,获得胸膜肺炎放线杆菌的基因组表达文库(大约含有106个... 本研究应用限制性内切酶MboⅠ消化胸膜肺炎放线杆菌血清7型的基因组DNA,回收500bp~3000bp的片段,插入到真核表达载体pCDNA3.1(+)的BamHⅠ酶切位点构建重组质粒,电转化大肠杆菌TG1,获得胸膜肺炎放线杆菌的基因组表达文库(大约含有106个克隆)。将该文库随机分为10个亚文库(10个Clone pool),分别提取每个亚文库的重组质粒免疫小鼠(n=130只),免疫剂量为100μg,免疫3次后以1型胸膜肺炎放线杆菌进行攻毒,通过相对保护率、肺组织荷菌数、病理组织学3个指标测定其对小鼠的免疫保护作用。试验结果表明,Clone pool3、Clone pool2、Clone pool6和Clone pool7的免疫效果明显优于其他免疫组,尤其是Clone pool3的免疫保护效果最佳。本研究成功构建了7型胸膜肺炎放线杆菌的基因组表达文库,从而为筛选和获得新的保护性抗原基因奠定基础。 展开更多
关键词 胸膜肺炎放线杆菌 基因组表达文库 构建 保护作用
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血清Ⅱ型鸭疫里默氏杆菌基因组文库的构建
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作者 林树乾 何元龙 +1 位作者 赵增成 李峰 《中国动物传染病学报》 CAS 2010年第6期38-42,共5页
为研究血清Ⅱ型鸭疫里默氏杆菌的抗原基因,筛选毒力较强的血清Ⅱ型鸭疫里默氏杆菌菌株,提取其基因组,分别用Sau3A I酶切法和shotgun法对基因组进行处理后,选取1.5~3 kb的DNA片段,与PUC118载体连接后电转化JM109大肠杆菌感受态细胞,构... 为研究血清Ⅱ型鸭疫里默氏杆菌的抗原基因,筛选毒力较强的血清Ⅱ型鸭疫里默氏杆菌菌株,提取其基因组,分别用Sau3A I酶切法和shotgun法对基因组进行处理后,选取1.5~3 kb的DNA片段,与PUC118载体连接后电转化JM109大肠杆菌感受态细胞,构建血清Ⅱ型鸭疫里默氏杆菌基因组文库。两种方法得到的库容量分别为40 000和50 000左右,随机挑选阳性克隆鉴定表明有外源DNA片段的插入,说明建库成功。该文库的成功构建为Ⅱ型鸭疫里默氏杆菌新的抗原基因的筛选奠定了基础。 展开更多
关键词 鸭疫里默氏杆菌 基因文库 构建
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新疆中麻黄基因组DNA文库的构建 被引量:2
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作者 马永红 党荣理 +3 位作者 叶志远 吴霞 刘砥威 刘庆华 《医学动物防制》 2005年第4期300-303,共4页
目的:构建新疆中麻黄(EphedraIntermedia)的基因组DNA文库。方法用Sau3AI对所提新疆中麻黄基因组DNA进行酶切,回收15-23Kb之间的酶切产物片段,然后与LambdavectorBamHIArms进行连接、包装形成文库,计算文库重组噬菌体滴度、包装效率。结... 目的:构建新疆中麻黄(EphedraIntermedia)的基因组DNA文库。方法用Sau3AI对所提新疆中麻黄基因组DNA进行酶切,回收15-23Kb之间的酶切产物片段,然后与LambdavectorBamHIArms进行连接、包装形成文库,计算文库重组噬菌体滴度、包装效率。结果,所建文库的重组噬菌体滴度为1×106pfu/ml、包装效率为2×106重组子/μg载体DNA。结论成功构建了基因组DNA文库,为进一步研究奠定了基础。 展开更多
关键词 新疆 中麻黄 基因组 DNA文库 中药材
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生物元件的挖掘、改造与标准化 被引量:4
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作者 王钱福 严兴 +3 位作者 魏维 张磊 钱昌丽 周志华 《生命科学》 CSCD 北大核心 2011年第9期860-868,共9页
生物元件是合成生物学中的三大基本要素之一,是合成生物学的基石。现阶段,生物元件的挖掘、鉴定和改造仍然是合成生物学领域的重要研究方向之一。合成生物学与基因工程和代谢工程最显著的差别在于能够将大量的生物元件进行快速、随意的... 生物元件是合成生物学中的三大基本要素之一,是合成生物学的基石。现阶段,生物元件的挖掘、鉴定和改造仍然是合成生物学领域的重要研究方向之一。合成生物学与基因工程和代谢工程最显著的差别在于能够将大量的生物元件进行快速、随意的组装,而实现这一目标的前提是将生物元件标准化。目前,已经有大量基因组被解析,通过这些基因组数据库的注释与功能验证,并借助于各种生物信息学软件预测启动子、终止子、操纵子、转录因子和转录因子结合位点、核糖体结合位点以及蛋白质编码区等部件,为合成生物学提供丰富的生物元件信息资源。随着元基因组技术的兴起,大量未培养微生物中的基因和基因簇信息被解析,使得我们可以从占自然界中实际存在微生物总数99%的未知微生物中挖掘更多的生物元件。另外,生物元件可以从自然界分离出来,也可以对天然生物元件进行修饰、重组和改造后得到新的元件。酵母是异源蛋白表达的通用宿主和生物基产品生产的细胞工厂,但其本身可用的启动子非常有限,近年来各国学者在酵母启动子改造和文库构建方面做了很多工作,该文也将概述酵母启动子改造和在合成生物生物学研究领域中的应用方面的研究进展。 展开更多
关键词 合成生物学 生物元件 基因组 元基因组 启动子 文库构建
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Cost-reduction strategies in massive genomics experiments 被引量:2
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作者 Haichao Li Kun Wu +3 位作者 Chenchen Ruan Jiao Pan Yujin Wang Hongan Long 《Marine Life Science & Technology》 2019年第1期15-21,共7页
Many modern biology studies require deep, whole-genome sequencing of hundreds to thousands of samples. Although persamplecosts have dramatically decreased, the total budget for such massive genome sequencing constitut... Many modern biology studies require deep, whole-genome sequencing of hundreds to thousands of samples. Although persamplecosts have dramatically decreased, the total budget for such massive genome sequencing constitutes a significantbarrier for poorly funded labs. The costly lab tools required for genomics experiments further hinder such studies. Here, weshare two strategies for extensively reducing the costs of massive genomics experiments, including miniaturization of theNEBNext Ultra II FS DNA Library Prep Kit for Illumina (reducing the per-sample total costs to ~ 1/6 of that charged byservice providers) and in-lab 3D model-designing of genomics tools. These strategies not only dramatically release fundingpressure for labs, but also provide students with additional training in hands-on genomics and 3D-model-designing skills,demonstrating the high potential for their application in genomics experiments and science education. 展开更多
关键词 3D model designing and printing genome sequencing Lab-made tools library construction MINIATURIZATION
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基因组细菌人工染色体文库(BAC)的构建及应用 被引量:15
12
作者 李海权 刁现民 《生物技术通报》 CAS CSCD 2005年第1期6-11,共6页
细菌人工染色体 (BAC)是一种承载DNA大片段的克隆载体系统 ,用于人、动物和植物基因组文库构建。BAC具有插入片断大、嵌合率低、遗传稳定性好、易于操作等优点。BAC文库的构建是基因组较大的真核生物基因组学研究的重要基础 ,可用于真... 细菌人工染色体 (BAC)是一种承载DNA大片段的克隆载体系统 ,用于人、动物和植物基因组文库构建。BAC具有插入片断大、嵌合率低、遗传稳定性好、易于操作等优点。BAC文库的构建是基因组较大的真核生物基因组学研究的重要基础 ,可用于真核生物重要基因及全基因组物理作图、重要性状基因的图位克隆、基因结构及功能分析。本文主要综述了细菌人工染色体的构建与其鉴定 ,及其在物理图谱构建、图位克隆、转基因技术等研究上的应用。 展开更多
关键词 细菌人工染色体 图位克隆 真核生物 植物基因组 BAC文库 文库构建 基因结构 全基因组 基因组学研究 栽体
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