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家畜全基因组关联分析中的贝叶斯方法
被引量:
1
1
作者
梅步俊
王志华
《黑龙江畜牧兽医》
CAS
北大核心
2016年第11期38-44,293,共8页
为了研究贝叶斯统计在家畜全基因组关联分析(GWAS)中的应用,试验采用了贝叶斯多元回归(BMR)方法,主要讨论其理论基础、处理SNPs间局部高相关性和后验Ⅰ型错误率(PER)在控制GWAS中假阳性(FP)问题中的应用,并基于模拟数据来比较该方法的...
为了研究贝叶斯统计在家畜全基因组关联分析(GWAS)中的应用,试验采用了贝叶斯多元回归(BMR)方法,主要讨论其理论基础、处理SNPs间局部高相关性和后验Ⅰ型错误率(PER)在控制GWAS中假阳性(FP)问题中的应用,并基于模拟数据来比较该方法的性质。结果表明:1)即使预测变量间存在由连锁不平衡(LD)导致的潜在相关性,BMR也可以成功地应用在全基因组预测问题中;2)在真阳性检测和低假阳性方面,本方法仍然具有较为优良的性质。说明贝叶斯多元回归方法可以得到优良的推断结果,但是QTL加性效应估计值可能出现与模拟数据"真"值正负号相反的情况。
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关键词
贝叶斯多元回归
全基因组关联分析
多重比较
动物育种
计算生物学
原文传递
题名
家畜全基因组关联分析中的贝叶斯方法
被引量:
1
1
作者
梅步俊
王志华
机构
河套学院农学系
爱荷华州立大学动物科学系
河套学院土木工程系
出处
《黑龙江畜牧兽医》
CAS
北大核心
2016年第11期38-44,293,共8页
基金
国家自然科学基金项目(31460594)
国家留学基金委项目(201308155140)
河套学院教学研究项目(HTXYJZ14005)
文摘
为了研究贝叶斯统计在家畜全基因组关联分析(GWAS)中的应用,试验采用了贝叶斯多元回归(BMR)方法,主要讨论其理论基础、处理SNPs间局部高相关性和后验Ⅰ型错误率(PER)在控制GWAS中假阳性(FP)问题中的应用,并基于模拟数据来比较该方法的性质。结果表明:1)即使预测变量间存在由连锁不平衡(LD)导致的潜在相关性,BMR也可以成功地应用在全基因组预测问题中;2)在真阳性检测和低假阳性方面,本方法仍然具有较为优良的性质。说明贝叶斯多元回归方法可以得到优良的推断结果,但是QTL加性效应估计值可能出现与模拟数据"真"值正负号相反的情况。
关键词
贝叶斯多元回归
全基因组关联分析
多重比较
动物育种
计算生物学
Keywords
Bayesian
multiple
-
regression
genome
-
wide
association
analyses
(
gwas
)
multiple
comparison
animal
breeding
computational
biology
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
家畜全基因组关联分析中的贝叶斯方法
梅步俊
王志华
《黑龙江畜牧兽医》
CAS
北大核心
2016
1
原文传递
已选择
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引用分析
参考文献
引证文献
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