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哮喘患者气道上皮细胞关键基因的生物信息学分析 被引量：2
1
作者 周冬梅 孔灵菲 《中国医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期251-255,共5页
目的通过比较支气管哮喘患者气道上皮细胞与正常气道上皮细胞的基因芯片数据,鉴定哮喘气道上皮细胞中的关键基因。方法对哮喘气道上皮细胞基因芯片数据GSE43696进行GEO2R分析,筛选出差异表达基因。然后使用DAVID数据库对差异表达基因进... 目的通过比较支气管哮喘患者气道上皮细胞与正常气道上皮细胞的基因芯片数据,鉴定哮喘气道上皮细胞中的关键基因。方法对哮喘气道上皮细胞基因芯片数据GSE43696进行GEO2R分析,筛选出差异表达基因。然后使用DAVID数据库对差异表达基因进行功能及通路富集化分析。利用STRING对差异表达基因进行蛋白相互作用网络图(PPI)分析,并选出关键基因及显著模块。结果共获得355个差异表达基因,130个上调基因,225个下调基因,主要涉及细胞运动、生长因子结合离子转运和通道活性。共筛出9个关键基因,包括BDNF,ERBB2,IL6,VEGFA,KIT,ADCY4,PRKAR2B,CCR6和NMU。结论筛选的关键基因均在支气管哮喘中起重要作用,为支气管哮喘的诊治提供潜在的治疗目标。 展开更多
关键词 支气管哮喘 气道上皮细胞 差异表达基因 基因本体分析 蛋白相互作用网络图
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环状RNA在慢性HBV感染者不同时期的差异表达及生物信息学分析 被引量：4
2
作者 曹琳 邢同京 +2 位作者 徐洪涛 叶茂聪 张倩 《中华临床感染病杂志》 2017年第6期421-427,共7页
目的 探讨环状RNA（circRNA）分子在慢性HBV感染者不同时期的差异表达及其作用.方法 收集泰州市人民医院感染病科2014年10月至2015年10月就诊的慢性HBV感染者7例,其中慢性乙型肝炎（CHB）患者4例,慢性HBV携带者3例,3名对照来自健康体检... 目的 探讨环状RNA（circRNA）分子在慢性HBV感染者不同时期的差异表达及其作用.方法 收集泰州市人民医院感染病科2014年10月至2015年10月就诊的慢性HBV感染者7例,其中慢性乙型肝炎（CHB）患者4例,慢性HBV携带者3例,3名对照来自健康体检者.采集所有研究对象外周血单个核细胞（PBMC）,应用新一代circRNA表达谱芯片检测PBMC中circRNA分子的表达,并通过荧光定量PCR进行验证.采用微小RNA（miRNA）靶预测软件分析circRNA和miRNA的相互作用位点.应用基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）对其靶向miRNA及调控靶基因进行分析.采用SPSS 17.0软件对数据进行分析.结果 与健康对照者比较,CHB患者表达差异的circRNA分子有137个,其中上调89个,下调48个;慢性HBV携带者表达差异的circRNA分子有444个,其中上调130个,上调5倍以上的有34个,下调314个.CHB患者与慢性HBV携带者相比,差异表达的circRNA分子有1041个,其中上调663个,下调378个,下调超过5倍以上的有54个.差异表达的circRNA上具有miRNA应答元件,可与miRNA种子区域的碱基互补配对.靶基因预测分析显示,hsa_circ_0038646相关miRNA调控的靶基因有533个,hsa_circ_0087354分子相关miRNA调控的靶基因有249个.GO分析显示,hsa_circ_0038646分子相关miRNA调控靶基因的功能主要富集于激活素结合等,hsa_circ_0087354分子相关miRNA调控的靶标富集于犰狳重复区域结合等.KEGG分析显示,hsa_circ_0038646分子相关miRNA主要参与T细胞受体结合途径、雌激素受体信号通路等,hsa_circ_0087354分子相关miRNA主要参与粘附连接、MAPK信号途径等.结论 HBV感染不同时期患者circRNA的表达存在差异,差异表达的circRNA可能通过影响相关miRNA分子的多个靶基因及其信号途径参与慢性HBV感染者的免疫调控. 展开更多
关键词 肝炎 乙型 慢性 环状RNA 外周血单个核细胞 基因本体分析 京都基因与基因组百科全书分析
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骨肉瘤组织差异表达基因筛选及其与患者预后的关系 被引量：2
3
作者 张晋煜 《山东医药》 CAS 北大核心 2017年第32期10-12,共3页
目的采用生物信息学的方法筛选骨肉瘤组织差异表达基因,并探讨其与患者预后的关系。方法收集骨肉瘤组织及其配对癌旁正常组织标本各4例份,采用转录组测序技术筛选两种组织中的差异表达基因,并进行基因本体(GO)功能显著性富集分析。在癌... 目的采用生物信息学的方法筛选骨肉瘤组织差异表达基因,并探讨其与患者预后的关系。方法收集骨肉瘤组织及其配对癌旁正常组织标本各4例份,采用转录组测序技术筛选两种组织中的差异表达基因,并进行基因本体(GO)功能显著性富集分析。在癌症和肿瘤基因图谱骨肉瘤数据库中选择258例份骨肉瘤组织标本,采用Kaplan-Meier曲线分析富集于生物学过程的差异表达基因对患者生存时间的影响。结果骨肉瘤及其癌旁正常组织存在差异表达基因875个,其中表达上调的基因346个、表达下调的基因529个。GO功能显著性富集分析共识别出14个有意义的类型;在6个生物学过程类型中,差异表达基因主要富集于外源性代谢过程、细胞黏附、细胞外基质组成、类固醇代谢过程等;在8个细胞成分类型中,差异表达基因主要富集于细胞外体、细胞外空间、胶原三聚体、核小体等。258例份骨肉瘤组织中,还原酶1(NQO1)基因高表达233例份、低表达25例份,NQO1基因高表达、低表达患者生存时间分别为(2 763±15)、(1 568±13)d,二者比较P<0.01;醛脱氢酶3族A1(ALDH3A1)基因高表达233例份、低表达25例份,ALDH3A1基因高表达、低表达患者生存时间分别为(2 725±11)、(1 421±14)d,二者比较P<0.01;其余基因表达情况对患者的生存时间均无明显影响(P均>0.05)。结论采用生物信息学的方法筛选出骨肉瘤组织差异表达基因875个,主要富集于生物学过程和细胞成分类型;其中NQO1、ALDH3A1基因低表达提示患者预后不良。 展开更多
关键词 骨肉瘤 基因本体功能显著性富集分析 基因筛选 转录组测序 生物信息学 生存时间
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