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基于Cyclin D1基因敲减探讨健骨颗粒促进成骨细胞增殖的机理 被引量:7
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作者 杨娟 贾晓康 +6 位作者 张楚天 黄云梅 黄美雅 张志恒 孙攀 吴银生 林燕萍 《中国骨质疏松杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期1067-1072,1077,共7页
目的验证CyclinD1及其下游信号蛋白对成骨细胞增殖的调控作用,探讨健骨颗粒促进成骨细胞增殖的作用机制。方法培养成骨样细胞株UMR-106,运用CRISPR/Cas9技术敲减CyclinD1基因后,将细胞分为基因敲减+生理盐水组(组1)、基因敲减+健骨颗粒... 目的验证CyclinD1及其下游信号蛋白对成骨细胞增殖的调控作用,探讨健骨颗粒促进成骨细胞增殖的作用机制。方法培养成骨样细胞株UMR-106,运用CRISPR/Cas9技术敲减CyclinD1基因后,将细胞分为基因敲减+生理盐水组(组1)、基因敲减+健骨颗粒组(组2)、病毒空载体细胞(组3,阴性对照)。未行基因敲减的细胞分为正常细胞+生理盐水组(组4)和正常细胞+健骨颗粒组(组5)。分别用生理盐水血清或健骨颗粒含药血清干预各组细胞24、48、72h,通过CCK8法检测细胞增殖情况,利用RealtimePCR检测CyclinD1、CyclinE、CDK2、CDK4、Rb及E2F-1基因的表达水平。结果经Western-bolt检测表明基因敲减的成骨细胞CyclinD1蛋白表达明显下降。CCK8法检测结果显示,与组4相比,组5增殖速度变快(P<0.05),组3增殖速度无差异(P>0.05),组1和组2增殖速度均减慢(P<0.05);与组5相比,组2增殖速度减慢(P<0.01);与组1相比,组2增殖速度无统计学意义(P>0.05)。RealtimePCR检测结果显示,与组4相比,组5CyclinD1、CDK2、CDK4、CyclinE、Rb及E2F-1mRNA的表达明显增高(P<0.05或P<0.01),组3表达无统计学意义(P>0.05),组1和组2表达明显降低(P<0.05或P<0.01);与组5相比,组2增殖速度减慢(P<0.01);与组1相比,组2无统计学意义(P>0.05)。结论CyclinD1及其下游信号蛋白是调控成骨细胞增殖的关键因素;健骨颗粒可以通过调节CyclinD1及其下游信号蛋白促进成骨细胞增殖。 展开更多
关键词 健骨颗粒 成骨细胞 CYCLIND1 基因敲减 细胞增殖
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USP26负性调控RLR信号通路对肠道病毒71型复制的影响
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作者 许超 盛成兰 +2 位作者 蒋邦栋 张春秋 史伟峰 《临床检验杂志》 CAS 2023年第7期496-500,共5页
目的研究泛素特异性蛋白酶26(ubiquitin-specific protease 26,USP26)通过调控RLR信号通路影响肠道病毒71型(EV71)感染的机制和功能,深入了解EV71感染及其逃逸免疫防御关系,为临床治疗EV71感染提供依据。方法利用RT-PCR和Western blot... 目的研究泛素特异性蛋白酶26(ubiquitin-specific protease 26,USP26)通过调控RLR信号通路影响肠道病毒71型(EV71)感染的机制和功能,深入了解EV71感染及其逃逸免疫防御关系,为临床治疗EV71感染提供依据。方法利用RT-PCR和Western blot分别检测EV71感染横纹肌肉瘤细胞(RD)0、2、4、8、12、24 h后的USP26 mRNA、VP1 mRNA及其蛋白质的表达水平;在RD细胞中设置转染USP26-siRNA(实验组)和转染阴性对照siRNA(对照组),再用EV71感染RD细胞,收集感染8、12和24 h时的mRNA样本,RT-PCR检测VP1 mRNA的表达情况;收集感染8 h时的蛋白质样本,Western blot检测细胞中MDA5、p-IRF3、IRF3蛋白的表达水平并计算p-IRF3/IRF3的相对比值;利用空斑试验检测病毒滴度水平。结果Western blot和RT-PCR结果表明,EV71感染过程中USP26的表达上调(P<0.05);RD细胞转染后实验组EV71中VP1 mRNA的表达水平明显低于同一时间的对照组(P<0.05),感染8 h实验组中MDA5蛋白和p-IRF3蛋白的表达水平均显著高于对照组(P<0.05);两组IRF3总蛋白的表达水平差异无统计学意义;空斑试验中实验组EV71的病毒滴度显著低于对照组(P<0.05)。结论USP26可通过负性调控RLR信号通路参与抗病毒免疫反应,敲减USP26可抑制EV71在细胞中的复制。 展开更多
关键词 肠道病毒71型 RLR信号通路 泛素特异性蛋白酶26 基因敲减 抗病毒免疫
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沉默干扰素诱导跨膜蛋白3可抑制肝癌细胞HepG2增殖和侵袭 被引量:3
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作者 吴荣寿 邬林泉 +3 位作者 李科浩 李恩亮 冯潜 张惊玲 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期244-249,共6页
目的研究干扰素诱导跨膜蛋白3(IFITM3)在原发性肝癌中的异常表达,探讨沉默IFITM3表达对肝癌细胞系Hep G2生物学特征的影响。方法通过Western blot和免疫组织化学染色法检测60例肝癌组织及对应癌旁组织中IFITM3的表达情况及相关性;构建IF... 目的研究干扰素诱导跨膜蛋白3(IFITM3)在原发性肝癌中的异常表达,探讨沉默IFITM3表达对肝癌细胞系Hep G2生物学特征的影响。方法通过Western blot和免疫组织化学染色法检测60例肝癌组织及对应癌旁组织中IFITM3的表达情况及相关性;构建IFITM3小干扰RNA片段(IFITM3 si-RNA),采用脂质体介导转染肝癌细胞(Hep G2细胞系),同时设置无义序列组和空白对照组,实时荧光定量PCR检测转染后IFITM3 m RNA的表达;CCK8(cell counting kit 8)检测转染后细胞增殖能力;Western blot检测IFITM3在蛋白水平的表达;Transwell实验和划痕实验检测细胞侵袭和迁移能力的变化。结果和癌旁组织相比,IFITM3在肝癌组织中的明显高表达。与无义序列组和空白对照组比较,IFITM3 si-RNA转染组细胞IFITM3表达和细胞增值率降低,穿膜细胞数也明显减少,差异均有统计学意义(P<0.05)。划痕实验也表明迁移能力降低。结论 IFITM3在原发性肝癌中高表达;IFITM3在肝癌细胞增殖和侵袭过程中发挥重要作用,有望成为原发性肝癌基因治疗的侯选靶点。 展开更多
关键词 肝癌 沉默 细胞增殖 干扰素诱导跨膜蛋白3 侵袭
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布洛芬对MyD88基因沉默中性白细胞中NF-kB蛋白表达的影响 被引量:3
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作者 任飞 王婷婷 王春雷 《贵阳医学院学报》 CAS 2016年第3期310-313,329,共5页
目的:研究布洛芬对脂多糖(LPS)介导的My D88基因沉默中性白细胞中一氧化氮(NO)产生能力和TLR4-NF-k B通路中核转录因子kB(NF-kB)蛋白表达的影响。方法:用密度梯度法分离正常健康者外周血中性白细胞并用免疫磁珠纯化,用Nucleofection转... 目的:研究布洛芬对脂多糖(LPS)介导的My D88基因沉默中性白细胞中一氧化氮(NO)产生能力和TLR4-NF-k B通路中核转录因子kB(NF-kB)蛋白表达的影响。方法:用密度梯度法分离正常健康者外周血中性白细胞并用免疫磁珠纯化,用Nucleofection转染系统将MyD88 siRNA基因转染入纯化后的中性白细胞;用0、5、10、50及100μmol/L布洛芬联合1 mg/L LPS分别刺激正常中性白细胞和已转染的My D88基因沉默的中性白细胞,用流式细胞仪检测已沉默MyD88基因的中性白细胞中NO水平,用Western Blot检测MyD88和NF-k B蛋白表达水平。结果:不同浓度的布洛芬均可以明显抑制正常中性白细胞和MyD88基因沉默中性白细胞产生NO,并呈剂量依赖,50μmol/L布洛芬浓度时抑制率最高;正常人中性白细胞MyD88和NF-κB的表达水平也随布洛芬浓度升高而降低,50μmol/L布洛芬时对MyD88和NF-κB的抑制率最高;选择50μmol/L布洛芬处理正常中性白细胞和MyD88基因沉默的中性白细胞,可明显抑制正常和My D88基因沉默中性白细胞中MyD88-和NF-κB蛋白的表达,与仅加LPS组比较,差异有统计学意义(P<0.01);正常细胞和MyD88基因沉默细胞之间产生NO水平和My D88-、NF-κB蛋白的表达水平比较P>0.05。结论:布洛芬可抑制LPS介导的MyD88基因沉默中性白细胞中NO产生,其机制可能与下调MyD88和NF-κB蛋白水平有关。 展开更多
关键词 布洛芬 核因子-ΚB MYD88 基因沉默 中性白细胞
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Stathmin表达抑制的鼻咽癌细胞系建立 被引量:1
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作者 范才文 田晶 +5 位作者 王建红 肖胜军 赵宁 刘美莲 雷迅 向秋 《中国现代医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第9期43-47,共5页
目的建立stathmin表达抑制的鼻咽癌细胞系,为stathmin在鼻咽癌中的生物学功能研究提供实验基础。方法合成stathmin特异性干扰DNA片段,将合成的干扰DNA片段克隆到siRNA质粒表达载体pGenesil-1.1,载体导入JM109菌株进行扩增,酶切和测序对... 目的建立stathmin表达抑制的鼻咽癌细胞系,为stathmin在鼻咽癌中的生物学功能研究提供实验基础。方法合成stathmin特异性干扰DNA片段,将合成的干扰DNA片段克隆到siRNA质粒表达载体pGenesil-1.1,载体导入JM109菌株进行扩增,酶切和测序对重组表达载体进行鉴定。应用脂质体将质粒表达载体转入鼻咽癌5-8F细胞,采用G418进行筛选;RT-PCR和Westernblot检测stathmin表达。结果酶切和测序分析证实,插入siRNA质粒表达载体中的stathmin干扰DNA片段的序列和方向正确。表达分析表明,构建的stathmin特异性siRNA质粒表达载体能有效沉默stathmin在鼻咽癌5-8F细胞中的表达。结论 stathmin表达抑制的鼻咽癌细胞系建立成功。 展开更多
关键词 STATHMIN 鼻咽癌 RNA干扰 基因沉默
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N-甲基-D-天冬氨酸受体2B亚基/RNAi慢病毒载体的构建及鉴定 被引量:1
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作者 李芸 王红 +3 位作者 牛新环 张立功 王公明 张孟元 《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2012年第1期7-10,共4页
目的前扣带皮层(anterior cingulate cortex,ACC)神经元N-甲基-D-天冬氨酸受体2B亚基(N-methyl-D-aspar-tate,NR2B)对晚期癌痛患者的恶性情绪体验形成具有重要作用。构建靶向NR2B基因的RNA干扰(RNA interference,RNAi)慢病毒表达载体,... 目的前扣带皮层(anterior cingulate cortex,ACC)神经元N-甲基-D-天冬氨酸受体2B亚基(N-methyl-D-aspar-tate,NR2B)对晚期癌痛患者的恶性情绪体验形成具有重要作用。构建靶向NR2B基因的RNA干扰(RNA interference,RNAi)慢病毒表达载体,可为下调ACC神经元NR2B靶基因的表达提供有力工具。方法构建靶向目的基因NR2B的RNAi重组慢病毒表达载体并酶切鉴定,再以NR2B/RNAi慢病毒表达载体和NR2B的基因表达质粒共转染293T工具细胞,以Westernblot方法检测其对目的基因NR2B的敲减效率。结果酶切鉴定NR2B/RNAi慢病毒表达载体Ⅰ、Ⅱ及Ⅲ构建成功。West-ern blot结果显示,NR2B/RNAi慢病毒表达载体Ⅰ、Ⅱ及Ⅲ均对NR2B靶基因有敲减效果,但以NR2B/RNAi慢病毒表达载体Ⅲ效率最高。结论成功构建可高效沉默NR2B靶基因的NR2B/RNAi慢病毒表达载体,为下调ACC神经元NR2B的基因表达治疗晚期癌痛患者的恶性情绪体验提供了有力工具。 展开更多
关键词 N-甲基-D-天冬氨酸受体2B亚基基因 RNAI 慢病毒载体 基因敲除
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鼻咽癌CD44抑制表达细胞株的建立 被引量:1
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作者 王建红 范才文 +4 位作者 何晓松 田晶 肖胜军 罗琴 向秋 《生物技术》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期39-43,共5页
目的:构建CD44新剪接变异体siRNA质粒表达载体,建立CD44新变异体抑制表达的鼻咽癌细胞株。方法:合成CD44新变异体特异性干扰DNA片段,干扰DNA片段亚克隆于带绿色荧光蛋白的pGenesil-1.3质粒表达载体中,双酶切和测序鉴定重组表达质粒载体... 目的:构建CD44新剪接变异体siRNA质粒表达载体,建立CD44新变异体抑制表达的鼻咽癌细胞株。方法:合成CD44新变异体特异性干扰DNA片段,干扰DNA片段亚克隆于带绿色荧光蛋白的pGenesil-1.3质粒表达载体中,双酶切和测序鉴定重组表达质粒载体;采用脂质体将重组表达质粒载体转染入鼻咽癌5-8F细胞系,进行G418筛选;Western blot分析CD44表达。结果:重组CD44干扰DNA片段质粒表达载体的碱基序列和插入方向正确;细胞转染效率达70%;G418筛选获得GFP表达的单克隆鼻咽癌5-8F细胞株;Western blot分析表明CD44表达受抑制。结论:建立了CD44新变异体抑制表达的鼻咽癌细胞株,为CD44新变异体在鼻咽癌中的生物学功能提供了基础。 展开更多
关键词 CD 鼻咽癌 基因沉默 RNA干扰
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Ⅱ型肺泡上皮细胞Brg1基因条件敲低小鼠的基因型鉴定 被引量:1
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作者 司道祝 彭单伊 +9 位作者 张荣 夏耘秋 牛超 苟好 刘姜 王莉佳 田代印 刘恩梅 邹琳 符州 《中国细胞生物学学报》 CAS CSCD 2017年第3期280-287,共8页
该文旨在鉴定特异敲低Ⅱ型肺泡上皮细胞中Brg1(Brahma-related gene 1)基因小鼠的基因型,为进一步研究Brg1在肺相关疾病中的作用奠定基础。将两对转基因小鼠Brg1fl/fl和SP-C-rt TA/(tet O)7-Cre进行繁殖交配,将得到纯合子、杂合子及野生... 该文旨在鉴定特异敲低Ⅱ型肺泡上皮细胞中Brg1(Brahma-related gene 1)基因小鼠的基因型,为进一步研究Brg1在肺相关疾病中的作用奠定基础。将两对转基因小鼠Brg1fl/fl和SP-C-rt TA/(tet O)7-Cre进行繁殖交配,将得到纯合子、杂合子及野生型3种基因型。出生后1周龄剪尾提取基因组DNA,PCR法判定基因型。用多西环素诱导法诱导(tet O)7-Cre重组酶活性,靶向剪切Ⅱ型肺泡上皮细胞上Brg1基因,磁珠分选法提取小鼠原代Ⅱ型肺泡上皮细胞,通过观察细胞生长特征、检测pro SP-C表达鉴定原代Ⅱ型肺泡上皮细胞,RT-PCR法、Western blot检测Brg1表达水平。结果显示,成功繁殖了Brg1纯合子小鼠,通过磁珠分选法成功分离了原代Ⅱ型肺泡上皮细胞,用多西环素诱导法成功敲低了Ⅱ型肺泡上皮细胞Brg1基因。该结果为相关研究提供动物模型奠定了基础。 展开更多
关键词 Brg1 Ⅱ型肺泡上皮细胞 基因敲低 基因型
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EB病毒核抗原3C提高Gemin3基因的表达 被引量:1
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作者 郭毅 孔繁明 赵楠 《中国医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期497-500,共4页
目的探讨EB病毒核抗原(EBNA)3C对Gemin3基因表达的影响。方法共转染EBNA3C和Gemin3基因至HEK293细胞。依靠慢病毒载体介导发卡RNA干涉敲减EBNA3C基因的表达,并经嘌呤霉素筛选获得稳定的EBNA3C低表达细胞系,采用Western blot检测EBNA3C对... 目的探讨EB病毒核抗原(EBNA)3C对Gemin3基因表达的影响。方法共转染EBNA3C和Gemin3基因至HEK293细胞。依靠慢病毒载体介导发卡RNA干涉敲减EBNA3C基因的表达,并经嘌呤霉素筛选获得稳定的EBNA3C低表达细胞系,采用Western blot检测EBNA3C对Gemin3蛋白表达的影响。结果 Gemin3基因的表达随着EBNA3C表达量的增加而增加,呈剂量依赖性,在EBNA3C基因敲减细胞中Gemin3的表达减少。结论 EBNA3C可提高Gemin3基因表达水平。 展开更多
关键词 EB病毒核抗原3C Gemin3 基因表达调控 基因敲减
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Gemin3抑制p53介导的细胞凋亡(英文)
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作者 王倩 张晓光 +1 位作者 郭毅 尚红 《中国现代医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第18期1-11,共11页
目的探讨Gemin3基因表达在细胞增殖中的作用及其途径。方法采用免疫共沉淀、谷胱苷肽-S转移酶共沉淀实验确定Gemin3与p53两种蛋白在体内、体外相互结合及相互作用的结构域。荧光素酶报告基因检测转染Gemin3基因对p53基因的影响,依靠慢... 目的探讨Gemin3基因表达在细胞增殖中的作用及其途径。方法采用免疫共沉淀、谷胱苷肽-S转移酶共沉淀实验确定Gemin3与p53两种蛋白在体内、体外相互结合及相互作用的结构域。荧光素酶报告基因检测转染Gemin3基因对p53基因的影响,依靠慢病毒载体介导发卡RNA干涉敲减Gemin3基因的表达并经嘌呤霉素筛选获得稳定的Gemin3低表达细胞系,实时PCR检测Gemin3敲减对p53及其下游基因在转录水平的影响,流式细胞检测Gemin3敲减对细胞增殖的影响。结果 Gemin3的C端与p53的中部DNA结合部位相互结合,Gemin3在转录水平抑制p53基因的表达,敲减Gemin3基因的表达导致细胞凋亡的增加。结论 Gemin3与p53相互结合并通过抑制p53的表达促进细胞的增殖。 展开更多
关键词 Gemin3 P53 凋亡 基因敲减
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DNA甲基转移酶1基因沉默对HT-29细胞凋亡的影响
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作者 王居峰 刘莺 +1 位作者 刘文静 何素英 《郑州大学学报(医学版)》 CAS 北大核心 2010年第5期770-773,共4页
目的:观察DNA甲基转移酶1(DNMT1)基因沉默对结肠癌HT-29细胞凋亡的影响。方法:HT-29细胞分为3组:未处理组、对照siRNA组及DNMT1siRNA组,后2细胞转染对照siRNA和DNMT1siRNA,24h后,通过RT-PCR和Westernblot观察3组细胞DNMT1、Caspase-3/9... 目的:观察DNA甲基转移酶1(DNMT1)基因沉默对结肠癌HT-29细胞凋亡的影响。方法:HT-29细胞分为3组:未处理组、对照siRNA组及DNMT1siRNA组,后2细胞转染对照siRNA和DNMT1siRNA,24h后,通过RT-PCR和Westernblot观察3组细胞DNMT1、Caspase-3/9、bcl-2及BaxmRNA和蛋白表达的变化,通过流式细胞术分析HT-29细胞凋亡,并测定Caspase-3/9的活性。结果:DNMT1siRNA组中DNMT1mRNA和蛋白的相对表达量为(0.273±0.016)和(1.127±0.019),低于未处理组[分别为(1.729±0.023)和(2.741±0.031)]和对照siRNA组[分别为(1.751±0.018)和(2.673±0.027)](F分别为5822.683和3656.560,P均<0.001)。DNMT1siRNA组细胞凋亡率为(22.65%±1.67%),高于未处理组(7.92%±1.29%)和对照siRNA组(8.13%±1.21%)(F=108.460,P<0.001)。DNMT1siRNA组细胞的Caspase-3/9活性[分别为(2671.83±57.63)和(2187.71±68.35)]高于未处理组[(196.47±16.73)和(511.35±34.90)]和对照siRNA组[(215.29±14.38)和(534.78±41.70)](F分别为4790.975和1089.891,P均<0.001)。与未处理组和对照组相比DNMT1siRNA组Bcl-2mR-NA和蛋白的表达降低,但Caspase-3/9和BaxmRNA和蛋白的表达升高(P<0.05)。结论:DNMT1的下调能诱导HT-29细胞凋亡,其可能的作用机制与caspase-3/9、bcl-2和bax表达的变化密切相关。 展开更多
关键词 DNA甲基转移酶1 结肠癌 HT-29细胞 细胞凋亡 基因沉默
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慢病毒介导SRB-1受体基因沉默对人脑小胶质细胞吞噬Aβ蛋白能力的影响
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作者 张郃 张阳鑫 +2 位作者 刘文娜 郑翰轩 王威 《现代生物医学进展》 CAS 2016年第32期6201-6205,共5页
目的:利用慢病毒载体筛选人脑小胶质细胞(HM1900)清道夫受体SRB1基因敲减稳定细胞系,检测该细胞系对AD致病蛋白Aβ的吞噬水平变化。方法:采用反转录PCR确认人脑小胶质细胞(HM1900)SRB1(Gene ID:949)基因表达情况,利用软件设计三组不同... 目的:利用慢病毒载体筛选人脑小胶质细胞(HM1900)清道夫受体SRB1基因敲减稳定细胞系,检测该细胞系对AD致病蛋白Aβ的吞噬水平变化。方法:采用反转录PCR确认人脑小胶质细胞(HM1900)SRB1(Gene ID:949)基因表达情况,利用软件设计三组不同序列的针对人SRB1基因的慢病毒sh RNA干扰载体,包装为慢病毒感染HM1900细胞,实时荧光定量PCR检测各慢病毒干扰载体的靶基因干扰效率。选用干扰效果最佳的RNA干扰慢病毒筛选并获得SRB1基因敲减细胞系,稳定传代后用realtime-PCR检测SRB1受体表达下调情况。通过蛋白内吞实验测定基因敲减后该细胞系对病理蛋白Aβ的吞噬能力,与正常小胶质细胞进行比较。结果:利用筛选出的干扰载体完成对HM1900细胞系的SRB1基因敲减,荧光定量PCR检测显示SRB1基因在靶细胞HM1900中表达抑制率达83.7%。蛋白内吞实验显示该基因敲减细胞系对病理蛋白Aβ的吞噬能力下降到对照组的57%(P<0.05)。结论:通过慢病毒载体成功建立SRB1基因稳定敲减的人脑小胶质细胞系,SRB1受体参与了小胶质细胞对病理蛋白Aβ的吞噬及清除过程。 展开更多
关键词 人脑小胶质细胞 SRB1受体 基因敲减 慢病毒 吞噬
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猪成纤维细胞敲减卵泡抑素基因后的生物信息学分析
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作者 张冬杰 孙亚蒙 +3 位作者 汪亮 李忠秋 杨国伟 刘娣 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2021年第3期801-809,共9页
在哺乳动物中,卵泡抑素(follistatin,FST)不仅参与生殖调控,还与肌肉生长、脂肪沉积等显著相关。为了探究该基因在成纤维细胞中的生物学功能,本研究利用二代测序技术对敲减FST基因的猪成纤维细胞进行转录组测序,筛选差异表达基因,并利... 在哺乳动物中,卵泡抑素(follistatin,FST)不仅参与生殖调控,还与肌肉生长、脂肪沉积等显著相关。为了探究该基因在成纤维细胞中的生物学功能,本研究利用二代测序技术对敲减FST基因的猪成纤维细胞进行转录组测序,筛选差异表达基因,并利用在线生物学软件对差异基因进行GO功能注释及生物学通路富集分析。结果发现,敲减FST基因后共有370个基因显著上调,287个基因显著下调。与细胞增殖、凋亡相关的HOXA6、PARP14、ZBP1、NDUFB9、RAB13、FAM83D、THBS1和BTF3基因以及与疾病相关的ZNF354C、RNF213、IFIT1、CCL5和VPS13C基因均发生了显著变化。这些差异基因共得到51个GO功能注释,生物过程分类下的生物调节、细胞过程、代谢过程、单一生物过程和细胞组分分类下的细胞器、细胞区域、细胞及分子功能分类下的黏合条目下聚集的差异基因数量最多,均>200个。共发现12条显著富集的通路,包括3条与细胞增殖相关的通路(p53信号通路、细胞周期和真核生物中核糖体的生物发生),4条与疾病相关的通路(阿尔茨海默氏病、沙门氏菌感染、亨廷顿病和非小细胞肺癌),2条与肌肉收缩相关的通路(血管平滑肌收缩和心肌收缩)以及泛素介导的蛋白水解作用、肌动蛋白细胞骨架的调节和缝隙连接通路。以上研究结果表明,在成纤维细胞中敲减FST基因后,与细胞增殖分化和部分疾病相关的基因和生物学通路被显著富集,暗示FST基因在成纤维细胞的创伤修复过程中发挥重要的作用。 展开更多
关键词 成纤维细胞 卵泡抑素基因 基因敲减 二代测序
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基于内源Ⅲ-B型CRISPR-Cas系统构建超嗜热火球菌Pyrococcus yayanosii A1的基因敲降系统
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作者 陈柔珂 吕永新 +2 位作者 张欢欢 宋庆浩 徐俊 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第7期1920-1932,共13页
【目的】亚氏火球菌(Pyrococcus yayanosii)A1菌株的最适生长温度为98℃,最适生长压力为5.2×10^(4) Pa,是研究此类严格厌氧、超嗜热和兼性嗜压古菌的环境适应性机制的良好材料。本研究基于P.yayanosii A1基因组中Ⅲ-B型CRISPR-Cas... 【目的】亚氏火球菌(Pyrococcus yayanosii)A1菌株的最适生长温度为98℃,最适生长压力为5.2×10^(4) Pa,是研究此类严格厌氧、超嗜热和兼性嗜压古菌的环境适应性机制的良好材料。本研究基于P.yayanosii A1基因组中Ⅲ-B型CRISPR-Cas系统,旨在建立可应用于此类古菌的基因表达敲降系统(gene knock-down system)。【方法】人工构建的mini-CRISPR簇,由内源性CRISPR簇Group 1的重复序列(repeats)和待敲降的淀粉酶基因(PYCH_13690)中的原间隔序列(protospacer)组成。将该mini-CRISPR簇插入到具有辛伐他汀抗性的穿梭载体pLMOShhp中,使之转录与目的基因mRNA匹配的crRNA,引导Cmr复合物对其进行切割。【结果】使用高静水压(HHP)诱导型启动子Phhp诱导mini-CRISPR簇表达时,淀粉酶基因的mRNA数量在5.2×10^(4) Pa静水压时下调到原来的67.05%,在1.0×10^(2) Pa静水压时下调为原来的49.69%;而使用组成型启动子Phmtb诱导mini-CRISPR簇表达时,淀粉酶基因的mRNA数量在5.2×10^(4) Pa静水压时下调为原来的58.48%,在1.0×10^(2) Pa静水压时下调为原来的23.97%。使用鲁戈氏碘液显色法对这两类基因表达敲降突变菌株的培养物中残留的淀粉含量进行分析,结果显示突变菌株的淀粉降解能力明显降低。【结论】在P.yayanosii A1中建立了基于内源Ⅲ-B型CRISPR-Cas系统的基因敲降系统,可以用于抑制此类超嗜热嗜压古菌体内基因的表达。 展开更多
关键词 超嗜热古菌 嗜压微生物 PYROCOCCUS yayanosii CRISPR-Cas 基因敲降
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Development of a high-content screening method to evaluate the cellular population-based biological activity of new siRNA delivering reagent
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作者 李雅婷 郑宜 +4 位作者 潘德林 徐波 武芸 杨振军 张礼和 《Journal of Chinese Pharmaceutical Sciences》 CAS CSCD 2013年第6期467-474,共8页
Normally, cellular responses to modified siRNAs or new siRNA delivery systems have been studied in group cell behavior by PCR, western blotting and fluorescence microscopy. In this study, we present a novel high-conte... Normally, cellular responses to modified siRNAs or new siRNA delivery systems have been studied in group cell behavior by PCR, western blotting and fluorescence microscopy. In this study, we present a novel high-content screening (HCS) strategy to evaluate a novel delivery system (named CLD) of siRNA therapeutics, with which both the content of intracellular siRNAs and changes in protein expressing levels have been quantified in group cells and cellular population. We also observed that with the better cell uptake, CLD provided siRNA therapeutics (siBraf) better antitumor capability. This novel strategy was proved to be with efficiency, accuracy and high competency to adherent cell lines, thus making siRNA research more simplified. 展开更多
关键词 High-content screening siRNA delivery system gene knock-down Cellular population ERK signaling pathway
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长链非编码RNA KCNQ1重叠转录物1在肝细胞癌迁移及增殖和侵袭中的作用与机制研究 被引量:2
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作者 梅洪亮 黄致远 +4 位作者 胡逸林 江艳 陈敏 卢绮萍 刘志苏 《中华消化外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第10期1083-1090,共8页
目的探讨长链非编码RNA KCNQ1重叠转录物1(LncRNA KCNQ1OT1)在肝细胞癌迁移、增殖和侵袭中的作用及机制。方法采用实验研究方法。收集StarBase数据库中LncRNA KCNQ1OT1在肝细胞癌组织和正常肝脏组织中的表达数据,通过实验方法(实时荧光... 目的探讨长链非编码RNA KCNQ1重叠转录物1(LncRNA KCNQ1OT1)在肝细胞癌迁移、增殖和侵袭中的作用及机制。方法采用实验研究方法。收集StarBase数据库中LncRNA KCNQ1OT1在肝细胞癌组织和正常肝脏组织中的表达数据,通过实验方法(实时荧光定量PCR、细胞转染、划痕实验、CCCK8实验、Transwell实验、Western blot法)检测肝癌细胞中LncRNA KCNQ1OT1表达、迁移、增殖、侵袭及其与磷脂酰肌醇3⁃激酶(PI3K)、p⁃AKT信号通路的关系。观察指标:(1)肝细胞癌组织与正常肝脏组织中LncRNA KCNQ1OT1表达情况。(2)敲低LncRNA KCNQ1OT1基因,HepG2、SMCC⁃7721和MHCC⁃97H细胞迁移情况。(3)敲低LncRNA KCNQ1OT1基因,HepG2、SMCC⁃7721和MHCC⁃97H细胞增殖、侵袭情况。(4)敲低LncRNA KCNQ1OT1基因对PI3K、p⁃AKT信号通路影响情况。正态分布的计量资料以x􀭰±s表示,组间比较采用t检验。采用Kaplan⁃Meier法计算生存率并绘制生存曲线。结果(1)肝细胞癌组织与正常肝脏组织中LncRNA KCNQ1OT1表达情况:收集StarBase数据库374例肝细胞癌组织和50例正常肝脏组织中LncRNA KCNQ1OT1的相对表达量分别为3.320±0.017和1.470±0.025,两者比较,差异有统计意义(t=5.24,P<0.05)。分析基因表达谱交互分析数据库结果显示:肝细胞癌组织LncRNA KCNQ1OT1高表达与低表达患者30个月无病生存率为41%和55%,两者比较,差异有统计学意义(χ2=6.209,P<0.05)。实验研究结果显示:LncRNA KCNQ1OT1在HepG2、SMCC⁃7721、MHCC⁃97H细胞中的相对表达量分别为1.470±0.042、3.300±0.032、4.040±0.031,在LO2细胞中的相对表达量为1.000±0.022,HepG2、SMCC⁃7721、MHCC⁃97H细胞与LO2细胞比较,差异均有统计学意义(t=17.66,95.40,114.20,P<0.05)。(2)敲低LncRNA KCNQ1OT1基因HepG2、SMCC⁃7721、MHCC⁃97H细胞迁移情况。①转染实验结果显示:敲低LncRNA KCNQ1OT1基因的HepG2、SMCC⁃7721、MHCC⁃97H细胞和其相应阴性对照细胞LncRNA KCNQ1OT1相对表达� 展开更多
关键词 肝细胞 长链非编码RNA KCNQ1OT1基因 基因敲除 PI3K/AKT信号通路
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靶向SynDIG1的shRNA慢病毒载体的构建及功能鉴定
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作者 李亚琳 史秀超 权美平 《动物医学进展》 北大核心 2021年第1期69-74,共6页
为了构建靶向突触分化诱导基因1(SynDIG1)的shRNA慢病毒表达载体,设计出SynDIG1的siRNA的靶点序列,并合成含干扰序列的双链DNA发卡结构shRNA,合成的Oligo经过退火分别与双酶切处理后的pLKO.1-GFP载体连接。将构建的重组质粒pLKO.1-GFP-S... 为了构建靶向突触分化诱导基因1(SynDIG1)的shRNA慢病毒表达载体,设计出SynDIG1的siRNA的靶点序列,并合成含干扰序列的双链DNA发卡结构shRNA,合成的Oligo经过退火分别与双酶切处理后的pLKO.1-GFP载体连接。将构建的重组质粒pLKO.1-GFP-SynDIG1 shRNA转化到DH5α感受态细菌中,过夜培养后挑选阳性克隆子,扩增后提取DNA进行质粒测序,得到两个序列正确的重组质粒。用这些重组质粒转染HEK293T细胞以及大鼠海马神经元细胞,蛋白免疫印迹及细胞免疫荧光检测SynDIG1 shRNA对外源性和内源性SynDIG1表达的敲减作用。进一步用重组质粒转染HEK293T细胞产生慢病毒颗粒,用病毒颗粒感染DIV2和DIV14的神经细胞,免疫印迹检测SynDIG1的表达。结果表明这两个重组质粒均能够有效地抑制外源性和内源性SynDIG1的表达,对HEK293T中瞬时表达的SynDIG1敲减率达到75%,其慢病毒颗粒感染对早期神经细胞中内源性SynDIG1的表达抑制也很明显。用pLKO.1-GFP成功构建了能够有效抑制外源性和内源性SynDIG1表达的重组质粒,为探讨RNA干扰技术抑制神经细胞SynDIG1基因表达的相关研究奠定基础,为研究SynDIG1基因在神经传导和突触发育及其可塑性调节中的作用提供了有力工具。 展开更多
关键词 SynDIG1 慢病毒 SHRNA 基因敲减技术
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RNA interference and its current application in mammals 被引量:20
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作者 沈维干 《Chinese Medical Journal》 SCIE CAS CSCD 2004年第7期1084-1091,共8页
Objective The aim of this review was to assess RNA interference (RNAi) and its possibility as a potential and powerful tool to develop highly specific double-stranded RNA ( dsRNA) or small interfering RNA (siRNA) base... Objective The aim of this review was to assess RNA interference (RNAi) and its possibility as a potential and powerful tool to develop highly specific double-stranded RNA ( dsRNA) or small interfering RNA (siRNA) based gene-silencing therapeutics. Data sources The data used in this review were obtained from the current RNAi-related research reports. Study selection dsRNA-mediated RNAi has recently emerged as a powerful reverse genetic tool to silence, gene expression in multiple organisms. The discovery that synthetic duplexes of 21 nucleotides siRNAs trigger gene-specific silencing in mammalian cells has further expanded the utility of RNAi in to the mammalian system. Data extraction The currently published papers reporting the discovery and mechanism of RNAi phenomena and application of RNAi on gene function in mammalian cells were included. Data synthesis Since the recent development of RNAi technology in the mammalian system, investigators have used RNAi to elucidate gene function, and to develop gene-based therapeutics by delivery exogenous siRNA or siRNA expressing vector. The general and sequence-specific inhibitory effects of RNAi that will be selective, long-term, and systemic to modulate gene targets mentioned in similar reports have caused much concern about its effectiveness in mammals and its eventual use as a therapeutic mordality. Conclusions It is certain that the ability of RNAi in mammals to silence specific genes, either when transfected directly as siRNAs or when generated from DNA vectors, will undoubtedly accelerate the study of gene function and might also be used as a potentially useful method to develop highly gene-specific therapeutic methods. It is also expected that RNAi might one day be used to treat human diseases. 展开更多
关键词 RNA interference post-transcriptional gene silencing double-stranded RNA small interfering RNA MAMMALIAN gene knock down THERAPEUTICS
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基于label-free定量蛋白质组学方法筛选沉默CHAF1B基因后心肌细胞差异表达蛋白及调控网络分析
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作者 康彦红 顾爱琴 +1 位作者 张莹 黄帅 《首都医科大学学报》 CAS 北大核心 2024年第2期312-321,共10页
目的分析沉默染色质装配因子1亚基B(chromatin assembly factor 1 subunit B,CHAF1B)基因后心肌细胞中差异表达蛋白,预测CHAF1B基因调控网络,为寻找促进心肌细胞修复的潜在治疗靶点提供参考。方法采用转染和蛋白质印迹法筛选沉默CHAF1B... 目的分析沉默染色质装配因子1亚基B(chromatin assembly factor 1 subunit B,CHAF1B)基因后心肌细胞中差异表达蛋白,预测CHAF1B基因调控网络,为寻找促进心肌细胞修复的潜在治疗靶点提供参考。方法采用转染和蛋白质印迹法筛选沉默CHAF1B基因的有效小干扰RNA(small interfering RNA,siRNA)。应用有效siRNA沉默人源心肌AC16细胞CHAF1B基因后,采用细胞活力检测方法检测细胞活力;提取总蛋白质进行定量、还原、烷基化和胰蛋白酶裂解成肽段,利用高效液相串联质谱法鉴定肽段;搜索UniProt蛋白库筛选差异表达的蛋白质进行基因本体(Gene Ontology,GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集和蛋白质互作网络(protein-protein interaction networks,PPI)分析。结果siRNA有效沉默CHAF1B基因后,心肌细胞存活明显受到抑制;label-free定量蛋白质组学方法鉴定结果显示,共有69个差异表达蛋白质,其中50个表达显著上调(差异倍数≥2,P<0.05),19个表达显著下调(差异倍数≤0.5,P<0.05)。GO分析显示,差异表达蛋白质主要参与大分子复合亚基体、细胞组分生物合成和组装等生物学过程,分布在细胞质和囊泡等区域,发挥蛋白质结合等分子功能。KEGG通路富集和PPI分析显示,差异表达蛋白质参与的信号通路包括蛋白酶体、氨酰tRNA生物合成、胞吞、嘧啶代谢和氨基酸生物合成等10条信号途径;表达显著上调的蛋白质如蛋白酶体亚单位A2和B7、26 S蛋白酶体调节亚单位6B和10B参与蛋白酶体途径,丝氨酸、甘氨酸、谷氨酰胺和赖氨酸tRNA合成酶介导氨酰tRNA生物合成;表达显著下调的蛋白质包括骨架相关蛋白2/3复合体亚单位3和热休克70蛋白1样参与胞吞作用,核糖核苷-二磷酸还原酶大亚基介导嘧啶代谢等通路。实时荧光定量聚合酶链式反应结果证实,转染CHAF1B siRNA后心肌细胞中合成骨架相关蛋白2/ 展开更多
关键词 label-free定量蛋白质谱 染色质装配因子1亚基B 基因敲低
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TCDD诱发斑马鱼胚胎shh基因表达降低及其对下颌发育的影响 被引量:1
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作者 杨景峰 董武 +1 位作者 曹颖霞 王思珍 《Zoological Research》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期506-512,共7页
2,3,7,8-四氯-二苯基-对-二恶英(2,3,7,8-tetrachlorodibenzo-p-dioxin,TCDD)为毒性 很强的环境污染物质。用O-1.0μg/L的TCDD处理受精后24 h(24 hpf)的斑马鱼胚至观察时为止,进行了形 态学观察、基因阻断、原位杂交、TUNEL染色以及... 2,3,7,8-四氯-二苯基-对-二恶英(2,3,7,8-tetrachlorodibenzo-p-dioxin,TCDD)为毒性 很强的环境污染物质。用O-1.0μg/L的TCDD处理受精后24 h(24 hpf)的斑马鱼胚至观察时为止,进行了形 态学观察、基因阻断、原位杂交、TUNEL染色以及免疫学染色等实验。结果表明,TCDD处理后会引起斑马鱼 下颌短小,Shh基因在下颌部表达降低;而在芳烃基受体AhR功能阻断的胚胎中,TCDD并没有引起斑马鱼下 颌短小,同时也没有观察到Shh基因表达缺失;免疫学染色表明TCDD和Shh阻断物质Cyclopamine均可引起 斑马鱼下颌区域增殖细胞的减少。TCDD引起的下颌短小可能是首先引起以AhR为媒介的Shh表达缺失,进而 造成下颌部增殖细胞减少。 展开更多
关键词 Shh基因 芳烃基受体 二恶英 基因阻断 下颌 斑马鱼
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