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苹果着色期实时定量PCR内参基因的筛选和验证 被引量:19
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作者 樊连梅 王超 +1 位作者 刘更森 原永兵 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期1903-1911,共9页
苹果果实着色期基因表达水平的变化对果实品质形成具有重要影响,选择适合的内参基因是提高实时荧光定量PCR分析准确性的首要条件。本试验以‘富士’苹果着色过程中不同取样时间的果皮为材料,通过q RT-PCR分析了常用候选持家基因β-actin... 苹果果实着色期基因表达水平的变化对果实品质形成具有重要影响,选择适合的内参基因是提高实时荧光定量PCR分析准确性的首要条件。本试验以‘富士’苹果着色过程中不同取样时间的果皮为材料,通过q RT-PCR分析了常用候选持家基因β-actin、EF-1α、GAPDH和18S r RNA的表达变化,借助ge Norm和Norm Finder程序筛选出在果实着色期q RT-PCR分析的理想内参基因。结果表明,EF-1α的表达水平高且最稳定,其次是18S r RNA,而β-actin和GAPDH的相对表达水平较低;同时,用筛选的内参基因EF-1α和18S r RNA分析苹果花青苷合成途径的二氢黄酮醇-4-还原酶基因的表达水平,其表达规律比较一致,均呈现正态分布。因此,EF-1α和18S r RNA是研究苹果着色期表达的理想的内参基因。 展开更多
关键词 '富士’苹果 内参基因 实时荧光定量PCR genorm程序 NormFinder程序
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实时荧光定量PCR研究蛋鸡组织基因表达的内参基因筛选 被引量:8
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作者 张蓉 施晓丽 +2 位作者 陈朝桂 文光林 赵忠海 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2017年第8期2226-2233,共8页
为筛选出蛋鸡不同组织中稳定表达的内参基因,试验以120日龄的海兰灰蛋鸡(Gallus domesticus)为试验动物,选取常见内参基因RPS2、β-actin、GAPDH和HMBS作为候选基因,利用实时荧光定量PCR技术Ct值分析法对4个候选内参基因的相对表达进行... 为筛选出蛋鸡不同组织中稳定表达的内参基因,试验以120日龄的海兰灰蛋鸡(Gallus domesticus)为试验动物,选取常见内参基因RPS2、β-actin、GAPDH和HMBS作为候选基因,利用实时荧光定量PCR技术Ct值分析法对4个候选内参基因的相对表达进行测定,利用独立评价软件geNorm和NormFinder对蛋鸡的4个候选内参基因在不同组织(心脏、肝脏、肺脏、肾脏、肠、胫骨、胰脏和子宫)中的表达稳定性进行评价。结果显示,Ct值分析和geNorm程序分析均得出相似的结果,即RPS2基因始终占主导地位,稳定性最强,β-actin基因次之;NormFinder软件分析显示,HMBS基因稳定性最好,最佳组合为HMBS和RPS2基因;当分析不同组织中表达恒定的内参基因时,发现不同组织最稳定的内参基因也不完全相同。由此说明,不同的组织器官和不同的分析方法得出的结论虽然不完全一致,但它们却有着一定的潜在共性,发展趋势有一定相似性,即RPS2和β-actin基因相对稳定性更强。 展开更多
关键词 蛋鸡 内参基因 稳定性评价 genorm软件 NormFinder软件
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发育期火龙果内参基因的筛选和验证 被引量:5
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作者 崇慧影 文晓鹏 《生物技术》 CAS 2019年第1期39-45,56,共8页
[目的]筛选火龙果果实发育期稳定表达的内参基因。[方法]以火龙果不同发育时期的果实为材料,利用qRT-PCR技术检测17个看家基因的表达水平,借助ge Norm和Norm Finder筛选出果实发育期理想的内参基因。[结果]Ge Norm评估YLS8和ACT并列排... [目的]筛选火龙果果实发育期稳定表达的内参基因。[方法]以火龙果不同发育时期的果实为材料,利用qRT-PCR技术检测17个看家基因的表达水平,借助ge Norm和Norm Finder筛选出果实发育期理想的内参基因。[结果]Ge Norm评估YLS8和ACT并列排名第一,表达稳定值均为0. 221,配对差异值V_(2/3)为0. 105; Norm Finder排名前两名为TBP2和YLS8,表达稳定值为0. 160和0. 191。使用内参基因YLS8和TBP2分析火龙果甜菜色素合成途径关键基因HpCytP450-like1的表达水平,与基因Hp Cyt P450-like1在火龙果果实发育期表达趋势一致。[结论]从17个候选基因中筛选出2个理想的的内参基因YLS8和TBP2,可作为火龙果果实发育期相关基因的表达调控研究。 展开更多
关键词 火龙果 内参基因 实时荧光定量PCR genorm程序 NormFinder程序
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LPS诱导的免疫应激对肉鸡组织内参基因稳定性的影响 被引量:4
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作者 冯焱 李建芳 +1 位作者 张芬鹊 穆广袤 《中国家禽》 北大核心 2015年第2期31-36,共6页
脂多糖(LPS)诱导的免疫应激下,选择适于校正肉鸡肝脏、心脏和回肠组织中目的基因表达量的内参基因。将30只1日龄的肉鸡随机分为对照组与处理组,21日龄时,处理组注射1 mg/kg的LPS,对照组注射等量灭菌生理盐水,2 h后,每组各取7只肉鸡的肝... 脂多糖(LPS)诱导的免疫应激下,选择适于校正肉鸡肝脏、心脏和回肠组织中目的基因表达量的内参基因。将30只1日龄的肉鸡随机分为对照组与处理组,21日龄时,处理组注射1 mg/kg的LPS,对照组注射等量灭菌生理盐水,2 h后,每组各取7只肉鸡的肝脏、心脏和回肠组织。通过实时荧光定量PCR技术(RT-q PCR)对各组织中β-肌动蛋白(ACTB)、β2-微球蛋白(B2M)、18 S核糖体RNA(18 S r RNA)、28 S核糖体RNA(28 S r RNA)和3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)共5个内参基因的表达定量,利用Ref Finder和Ge Norm软件分析内参基因的稳定性及配对差异。结果显示:LPS刺激下,5个内参基因的表达水平有不同程度的变化。18 S r RNA、ACTB和GAPDH适于肝脏中目的基因表达量的校正;B2M和GAPDH适于心脏中目的基因表达量的校正;18 S r RNA和ACTB适于回肠中目的基因表达量的校正。选择表达稳定性高的内参基因适于校正目的基因的表达量,RT-q PCR应根据不同的研究对象进行选择,建议选择2个或2个以上的内参基因。 展开更多
关键词 肉鸡 LPS 内参基因 RefFinder软件 genorm软件
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日粮精粗比对围产期奶牛乳腺内参基因表达的影响 被引量:4
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作者 秦彤 王皓宇 +3 位作者 郝海生 王栋 杜卫华 朱化彬 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2013年第4期75-78,共4页
选择合适的内参基因是利用实时荧光定量PCR准确分析基因相对表达量的先决条件。选择了奶牛乳腺研究中广泛使用的7个候选内参基因,包括GAPDH、ACTB、18S rRNA、RPS9、RPS15、UXT、MYC。奶牛以精粗比不同的2种日粮饲喂,并在产后16 d采集... 选择合适的内参基因是利用实时荧光定量PCR准确分析基因相对表达量的先决条件。选择了奶牛乳腺研究中广泛使用的7个候选内参基因,包括GAPDH、ACTB、18S rRNA、RPS9、RPS15、UXT、MYC。奶牛以精粗比不同的2种日粮饲喂,并在产后16 d采集乳腺组织。利用qRT-PCR技术探讨了候选内参基因在围产奶牛乳腺组织中的表达情况,并利用geNorm程序对数据进行分析。结果发现,UXT和RPS9表达稳定,不受日粮精粗比的影响,因此,可作为围产期奶牛乳腺组织基因表达分析中相对合适的内参基因。 展开更多
关键词 围产奶牛 乳腺 内参基因 实时荧光定量PCR genorm程序
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利用RT-qPCR技术筛选菊黄东方鲀的最适内参基因 被引量:3
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作者 蒋彩云 乔琨 +3 位作者 许旻 熊静 刘智禹 黄文树 《渔业研究》 2020年第2期105-116,共12页
定量PCR技术已经成为基因表达水平测定最常用的方法,选择合适的内参基因对基因表达水平的准确定量至关重要。本文检测了菊黄东方鲀β-actin、GAPDH、EF1-α和18S rRNA等4种内参基因在不同组织、生长环境和发育阶段中的表达,应用3种内参... 定量PCR技术已经成为基因表达水平测定最常用的方法,选择合适的内参基因对基因表达水平的准确定量至关重要。本文检测了菊黄东方鲀β-actin、GAPDH、EF1-α和18S rRNA等4种内参基因在不同组织、生长环境和发育阶段中的表达,应用3种内参基因筛选软件(geNorm、NormFinder和Bestkeeper)综合分析了这4种内参基因表达的稳定性。结果表明内参基因在成鱼养殖和野生菊黄东方鲀内的稳定性排名均为:EF1-α>β-actin>18S rRNA>GAPDH;在养殖菊黄东方鲀3月龄、6月龄和12月龄三个发育阶段中内参基因EF1-α最稳定,其他各组织在不同发育阶段内参基因的选择有所差异。研究结果为不同条件下菊黄东方鲀功能基因表达的定量分析提供重要参考。 展开更多
关键词 菊黄东方鲀 RT-QPCR 内参基因 genorm软件
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翘嘴鳜per1 mRNA表达量分析中采用的内参基因稳定性比较 被引量:4
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作者 吴萍 张方亮 +2 位作者 杨程涌 张建社 褚武英 《激光生物学报》 CAS 2017年第4期379-384,共6页
为筛选生物钟核心基因per1表达定量中的相对稳定性最好的内参基因,本研究取翘嘴鳜成鱼心脏、肝脏、肾脏、脑、红肌、白肌、肠、眼和脾等九个组织为研究对象,选取GAPDH、18S rRNA、β-actin、rps29、RPL13a、B2M和EF1a为内参基因,采用实... 为筛选生物钟核心基因per1表达定量中的相对稳定性最好的内参基因,本研究取翘嘴鳜成鱼心脏、肝脏、肾脏、脑、红肌、白肌、肠、眼和脾等九个组织为研究对象,选取GAPDH、18S rRNA、β-actin、rps29、RPL13a、B2M和EF1a为内参基因,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)对per1基因mRNA表达水平进行检测分析。研究结果表明18S rRNA和GAPDH的平均稳定值M最低,相对表达量最稳定。以18S rRNA和GAPDH为内参基因时分析发现per1基因表达量在肝脏中最高。本研究为在鱼类per1 mRNA表达检测过程中选用稳定的内参基因提供了实验和理论参考。 展开更多
关键词 翘嘴鳜 基因 QRT-PCR GeNomi软件 内参基因
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山羊不同组织实时荧光定量PCR内参基因的筛选 被引量:2
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作者 徐颂为 黄忍 +2 位作者 杨璐 向华 张焕容 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2021年第24期31-35,40,145,共7页
为了筛选出在山羊组织中能稳定表达的内参基因,试验采集1月龄简州大耳羊的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、肠、皮肤、肌肉、淋巴结和唇10个组织样品,选取甘油醛-3-磷酸脱氢酶(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)、组蛋白3... 为了筛选出在山羊组织中能稳定表达的内参基因,试验采集1月龄简州大耳羊的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、肠、皮肤、肌肉、淋巴结和唇10个组织样品,选取甘油醛-3-磷酸脱氢酶(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)、组蛋白3.3(H3-histone family 3A,H3F3A)、beta-肌动蛋白(actin-beta,ACTB)和肽基脯氨酰异构酶(peptidylprolyl isomerase,PPIA)4个基因做为候选内参基因,采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术检测上述10个组织样品的中4个候选内参基因的表达情况,利用geNorm软件分析4个候选基因的定量数据,筛选出在山羊组织中表达稳定的内参基因。结果表明:成功克隆GAPDH、H3F3A、ACTB和PPIA 4个内参基因,4个内参基因的RT-qPCR扩增曲线正常,无引物二聚体和非特异性条带产生,PCR产物单一,绘制的标准曲线上各点在同一条直线上。4个内参基因的稳定度排序为H3F3A>PPIA>ACTB>GAPDH,相对表达量依次为PPIA>H3F3A>ACTB>GAPDH。说明PPIA和H3F3A基因表达水平较高,稳定性较好,可作为后续研究山羊组织中功能基因表达量的最佳内参基因。 展开更多
关键词 山羊 内参基因 实时荧光定量PCR genorm软件 稳定性
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鸭组织实时荧光定量PCR内参基因表达稳定性的筛选研究
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作者 尹艳飞 彭锦芬 +2 位作者 卞桥 贺喜 曹蓉 《中国家禽》 北大核心 2022年第4期1-6,共6页
为研究不同内参基因在鸭组织中表达的稳定性,试验采用实时荧光定量PCR技术(qRT-PCR)检测了3磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)、β肌动蛋白(β-actin)、18S核糖体RNA(18S rRNA)和16 S核糖体RNA(16S rRNA)4个常见内参基因在21和42日龄樱桃谷鸭肝... 为研究不同内参基因在鸭组织中表达的稳定性,试验采用实时荧光定量PCR技术(qRT-PCR)检测了3磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)、β肌动蛋白(β-actin)、18S核糖体RNA(18S rRNA)和16 S核糖体RNA(16S rRNA)4个常见内参基因在21和42日龄樱桃谷鸭肝脏、回肠、胸腺、脾脏、腿肌、下丘脑、心脏、十二指肠、脂肪和胸腺组织中的表达情况,使用geNorm软件对各内参基因表达的稳定性进行分析。结果显示:4个内参基因在21日龄各组织的Ct值高低顺序依次为:18S rRNA>16S rRNA>GAPDH>β-actin,在42日龄各组织的Ct值高低顺序依次为:18S rRNA>β-actin>GAPDH>16S rRNA;4个内参基因在不同组织的稳定性有所不同,表明内参基因稳定性具有组织特异性。研究提示:对鸭的多组织进行基因表达水平定量时,16S rRNA和18S rRNA联合使用的效果最佳,而对单一组织进行基因表达水平定量时,则需选择该组织中稳定性最好的内参基因。 展开更多
关键词 内参基因 稳定性评价 genorm软件 实时荧光定量PCR
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产蛋前期和产蛋期籽鹅组织内参基因的稳定性 被引量:6
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作者 计红 王忠伟 +3 位作者 郭景茹 王建发 赫荣贺 杨焕民 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第11期2260-2266,共7页
【目的】分析比较使用广泛的7个候选内参基因在产蛋前期和产蛋期籽鹅组织中的表达情况,筛选籽鹅组织基因表达分析中最佳的内参基因及其数目。【方法】应用实时定量反转录PCR技术,分别检测28S rRNA、18S rRNA、GAPDH、ACTB、HPRT1、SDH和... 【目的】分析比较使用广泛的7个候选内参基因在产蛋前期和产蛋期籽鹅组织中的表达情况,筛选籽鹅组织基因表达分析中最佳的内参基因及其数目。【方法】应用实时定量反转录PCR技术,分别检测28S rRNA、18S rRNA、GAPDH、ACTB、HPRT1、SDH和TUB在产蛋前期与产蛋期健康籽鹅肝脏、肾脏、心脏、腿肌和卵巢组织中的表达情况,采用绝对定量方法确定基因拷贝数,然后分别使用geNorm和NormFinder程序进行数据分析。【结果】产蛋前期籽鹅各组织中7个内参基因表达稳定度的顺序分别为:GAPDH=HRPT1(0.195)>TUB(0.244)>28SrRNA(0.414)>18S rRNA(0.495)>ACTB(0.541)>SDH(0.610);产蛋期籽鹅各组织中7个内参基因表达稳定度的顺序分别为:GAPDH=28S rRNA(0.128)>TUB(0.181)>ACTB(0.192)>SDH(0.221)>HRPT1(0.316)>18S rRNA(0.362),且7个基因的配对差异分析分别为V2/3(产蛋前期)=0.084、V2/3(产蛋期)=0.069,内参基因的最适数目均为2个。【结论】产蛋前期和产蛋期籽鹅组织目的基因的表达分析中相对适合的内参基因分别为GAPDH和HRPT1、GAPDH和28S rRNA。 展开更多
关键词 籽鹅 内参基因 实时定量反转录PCR genorm程序 NormFinder程序
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