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滇重楼种子的全长转录组测序与休眠基因的挖掘
1
作者 徐萍 米琪 +6 位作者 罗文秀 陆尤 于梦雯 张萱 石欣彤 陈佳 郑国伟 《时珍国医国药》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期715-720,共6页
目的丰富重楼的基因组信息数据库,以及为重楼的开发利用提供依据。方法以不同发芽阶段的滇重楼种子为材料,利用PacBio Sequel平台进行基因组测序。结果通过对不同发芽阶段滇重楼种子的混合样进行三代全长转录组测序,共获得聚合酶读数496... 目的丰富重楼的基因组信息数据库,以及为重楼的开发利用提供依据。方法以不同发芽阶段的滇重楼种子为材料,利用PacBio Sequel平台进行基因组测序。结果通过对不同发芽阶段滇重楼种子的混合样进行三代全长转录组测序,共获得聚合酶读数496536个;Isoform聚类去冗余后得到18984条,其中有17196个得到注释。NR注释发现其与油棕有23.83%的基因配比率;GO注释发现滇重楼种子的基因主要富集在细胞组分中的代谢过程;通过KEGG注释了解到滇重楼种子参与代谢的基因占主导地位;KOG注释发现滇重楼种子蛋白功能主要集中在一般功能预测。TF转录因子注释显示转录因子最多的为bZIP家族(70个),其中可能与滇重楼种子休眠相关基因15个,除此之外,KEGG共注释到8个WRKY基因和9个IAA基因,可作为后续阐明滇重楼种子休眠机制及深入利用滇重楼基因资源的科学依据。结论通过三代全长转录组测序分析获得滇重楼种子全长转录本序列和结构信息,有助于滇重楼种子休眠机制的揭秘,为今后滇重楼研究奠定一定的基础,也为进一步中药材的开发利用提供相关的分子生物学基础。 展开更多
关键词 滇重楼种子 全长转录组 功能注释 基因挖掘
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青篱柴转录组的高通量测序及分析 被引量：5
2
作者 黄建敏 李菲 +3 位作者 刘云静 张子楠 唐汉青 汤晓辛 《西南大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期25-34,共10页
青篱柴具有很好的观赏价值和药用价值,但其基因组信息相对缺乏,导致其分子生物学和基因功能的研究受到限制.为了获得和挖掘青篱柴的基因数据和功能,首次利用新一代高通量测序技术平台Illumina HiSeqTM2000对青篱柴转录组进行测序,经de n... 青篱柴具有很好的观赏价值和药用价值,但其基因组信息相对缺乏,导致其分子生物学和基因功能的研究受到限制.为了获得和挖掘青篱柴的基因数据和功能,首次利用新一代高通量测序技术平台Illumina HiSeqTM2000对青篱柴转录组进行测序,经de novo组装后共得到66 755条单基因簇(Unigene).进一步利用7大公共数据库进行Blast同源比对,注释了50 339条Unigene.研究发现,558个基因参与了青篱柴次生代谢产物的生物合成,其中在甜菜红碱、芥子油苷、类黄酮、单菌霉素和苯丙素生物合成途径中的Unigene分别有2个、18个、44个、70个和231个,这些基因很可能参与了青篱柴药用活性物质的生物合成.SSR位点搜索发现,在18 972条Unigene中含有22 542个SSR位点.研究结果将为青篱柴功能基因的克隆、基因的表达、分子标记开发和遗传多样性研究奠定基础.同时,转录因子分析结果也为青篱柴的喀斯特环境适应性机制提供了初步线索. 展开更多
关键词 青篱柴 转录组 功能注释 SSR
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基于转录组学的绿豆改善肥胖小鼠肝脂肪变性的潜在机制 被引量：3
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作者 侯殿志 唐健 +3 位作者 郑博妍 贾秋菊 周素梅 沈群 《食品科学技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期45-52,107,共9页
基于绿豆对高脂饲养肥胖小鼠肝脂肪变性的有效缓解作用,通过转录组学技术分析了其改善肝脂肪变性的潜在机制。结果表明,绿豆显著改善了肥胖小鼠的肝脏基因表达图谱。与模型组相比,全绿豆和去皮绿豆干预后的小鼠肝脏分别有306和461个表... 基于绿豆对高脂饲养肥胖小鼠肝脂肪变性的有效缓解作用,通过转录组学技术分析了其改善肝脂肪变性的潜在机制。结果表明,绿豆显著改善了肥胖小鼠的肝脏基因表达图谱。与模型组相比,全绿豆和去皮绿豆干预后的小鼠肝脏分别有306和461个表达量差异基因显著上调,596和1132个表达量差异基因显著下调。经KEGG功能注释分析显示,绿豆干预后引起的表达量差异基因显著注释到脂质代谢相关的通路上。KEGG通路富集分析结果表明,绿豆干预发生了以NOD样受体信号通路和Toll样受体信号通路激活为特征的功能转变,其中NOD样受体信号通路是最为显著富集的信号通路,涉及12个显著下调的表达量差异基因以反馈绿豆对小鼠肝脂肪变性的调控作用。绿豆干预后,小鼠血清中炎症因子TNF-α和IL-6水平的显著降低以及肝脏中TNF-αmRNA表达水平的显著下降也很好地支持了转录组学测序的结果。本研究旨在为阐释绿豆缓解肥胖小鼠肝脂肪变性的作用机制奠定数据基础,从而为绿豆基功能食品的开发和应用提供理论支撑。 展开更多
关键词 绿豆 转录组 表达量差异基因 功能注释 信号通路
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牦牛皱胃全长转录组测序分析 被引量：2
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作者 谢书琼 马士龙 +2 位作者 唐娇 刘益丽 江明锋 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2022年第5期1610-1620,共11页
【目的】获得牦牛(Bos grunniens)皱胃全长转录组数据库,深入挖掘牦牛皱胃功能基因。【方法】采用PacBio Sequel高通量测序系统,使用单分子实时(single molecular real time,SMRT)测序技术对成年牦牛皱胃全长转录组进行测序,对原始数据... 【目的】获得牦牛(Bos grunniens)皱胃全长转录组数据库,深入挖掘牦牛皱胃功能基因。【方法】采用PacBio Sequel高通量测序系统,使用单分子实时(single molecular real time,SMRT)测序技术对成年牦牛皱胃全长转录组进行测序,对原始数据进行质控和去冗余分析,再比对参考基因组获取过滤后的非重复序列(Unigenes),使用多种生物信息软件对牦牛皱胃全长转录本数据进行功能注释、转录因子注释、编码区预测、简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)分析及可变剪接分析。【结果】通过测序共获得14467420条子序列,平均子序列长度为3344.23 bp,质控得到循环一致性序列(CCS)有296840条,全长非嵌合(FLNC)序列有277402条,过滤和去冗余后对比参考基因组最终获得8556条Unigenes。通过与NR、Swiss-Prot、KEGG、KOG、eggNOG、GO和Pfam数据库比对,对Unigenes进行注释,其中NR数据库注释了8544条Unigenes;Swiss-Prot数据库注释了8475条Unigenes;KEGG数据库注释了1721条Unigenes;KOG数据库注释了6572条Unigenes;eggNOG数据库注释了8491条Unigenes;GO数据库注释了7725条Unigenes;Pfam数据库注释了8162条Unigenes。此外,经鉴定或预测,还获得了943个转录因子、8544个编码区片段、3596个SSR位点和1825个可变剪接事件。【结论】本研究获得了较为可靠的牦牛皱胃全长转录组数据,可为进一步研究牦牛皱胃生物学特性、相关代谢途径、信号通路及其分子机制提供数据支持。 展开更多
关键词 牦牛 皱胃 全长转录组 第3代测序 功能注释
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晚期结直肠癌脾气亏虚证患者差异表达基因的临床研究 被引量：3
5
作者 谢新梅 何文婷 +5 位作者 曾凡业 罗玲娟 张立平 雷君 节阳华 张洪亮 《河南中医》 2015年第6期1287-1291,共5页
目的:从分子生物学水平探讨晚期结直肠癌脾气亏虚证的中医证候本质,为证候的客观化研究提供思路。方法:选取2012年12月—2013年11月本院肿瘤二科住院及门诊收治的经病理明确诊断的III期、IV期结直肠癌患者,其中晚期结直肠癌脾气亏虚证患... 目的:从分子生物学水平探讨晚期结直肠癌脾气亏虚证的中医证候本质,为证候的客观化研究提供思路。方法:选取2012年12月—2013年11月本院肿瘤二科住院及门诊收治的经病理明确诊断的III期、IV期结直肠癌患者,其中晚期结直肠癌脾气亏虚证患者5例为试验组,非脾气亏虚证患者6例为对照组。两组患者均采集外周血,提取RNA,采用Agilent表达谱芯片筛选湿热内蕴证的差异表达基因,并进行基因功能注释及富集度分析。结果:试验组与对照组比较共筛选出126条差异表达基因,其中上调的71条,下调的55条;基因功能富集度分析提示:在上调的差异基因功能中,明显的趋势是脾气亏虚证大部分症状与细胞质基因及免疫应答相关基因的过度表达相关,脘腹胀痛,神疲乏力可能与线粒体基因的上调相关;黏附基因表达下调可能是导致是脾气亏虚证患者免疫功能紊乱原因。结论:应用表达谱芯片筛选差异表达基因,可以从分子生物学水平对晚期结直肠癌脾气亏虚证的证候实质的探索提供新思路;脾气亏虚证与细胞质基因及免疫应答相关基因的过度表达相关,与免疫功能紊乱相关。 展开更多
关键词 晚期结直肠癌 脾气亏虚证 表达谱芯片 基因功能注释 基因功能富集度
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印记式数字签名在票据中的应用
6
作者 赵葆华 陈勤 《电脑学习》 1999年第4期10-11,共2页
随着商品经济的快速发展．各类票据诈骗现象时有发生,如何有效地防范此类诈骗已引起人们的普遍关注。为了解决这一问题,本文给出一种印记式数字签名方法及其应用的实例。该方法能有效地鉴别票据的真伪。
关键词 数字签名 制标函数 识别 票据
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复合辅酶治疗慢性乙型病毒性肝炎68例
7
作者 李国军 宋建新 +3 位作者 王卫华 汪之沫 李洪涛 覃慧敏 《医药导报》 CAS 2004年第12期918-920,共3页
目的 :探讨复合辅酶注射液治疗慢性乙型病毒性肝炎 (乙肝 )的疗效。方法 :慢性乙肝患者 13 4例分成治疗组 68例 ,对照组 66例。治疗组采用复合辅酶注射液 2支加入 10 %葡萄糖注射液 2 5 0mL ,静脉滴注 ,qd。对照组不加用复合辅酶。两组... 目的 :探讨复合辅酶注射液治疗慢性乙型病毒性肝炎 (乙肝 )的疗效。方法 :慢性乙肝患者 13 4例分成治疗组 68例 ,对照组 66例。治疗组采用复合辅酶注射液 2支加入 10 %葡萄糖注射液 2 5 0mL ,静脉滴注 ,qd。对照组不加用复合辅酶。两组均给予保肝和综合支持疗法 ,疗程 6周。结果 :治疗 4周 ,治疗组丙氨酸氨基转移酶 (ALT)、天冬氨酸氨基转移酶 (AST)较对照组明显下降 ;治疗 6周 ,治疗组血清总胆红素 (STB)、血清直接胆红素 (SDB)较对照组明显下降 ;治疗组总有效率 85 .3 % ,对照组总有效率 5 7.6% (P <0 .0 5 )。结论 :复合辅酶注射液能促进黄疸消退 ,对慢性乙肝肝功能ALT、AST。 展开更多
关键词 复合辅酶注射液 肝炎 乙型病毒性 慢性 肝功能
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