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侵染甜椒的番茄黄化曲叶病毒的分子鉴定和全序列分析 被引量：2
1
作者 杜开通 王少杰 +5 位作者 雍容婧 左琳彧 邓丛良 范在丰 周涛 周琦 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期425-428,共4页
番茄黄化曲叶病毒（Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV）在世界范围内可危害多种作物,造成植株矮化、叶片皱缩变形、局部黄化等症状。该病毒自1964年首次报道以来已蔓延至世界多地。在我国2006年上海首次报道该病毒,随后江苏、山东... 番茄黄化曲叶病毒（Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV）在世界范围内可危害多种作物,造成植株矮化、叶片皱缩变形、局部黄化等症状。该病毒自1964年首次报道以来已蔓延至世界多地。在我国2006年上海首次报道该病毒,随后江苏、山东、安徽、北京、河北、天津等地相继报道,危害严重。 展开更多
关键词 黄化曲叶病毒 全序列分析 分子鉴定 番茄 甜椒 侵染 世界范围 virus
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新甲型H1N1流感病毒小鼠致死模型的建立 被引量：2
2
作者 朱云 刘丽琦 +8 位作者 周剑芳 朱闻斐 秦堃 于在江 王大燕 赵翔 李希妍 蓝雨 舒跃龙 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期103-107,共5页
建立新甲型H1N1流感病毒小鼠致死模型,为研究致病性、宿主适应性以及疫苗保护性提供动物模型,并寻找病毒在适应宿主过程中影响毒力和适应性的关键位点。将新甲型H1N1流感病毒A/四川/SWL1/2009 H1N1在小鼠中连续传15代,各代次毒株均在MDC... 建立新甲型H1N1流感病毒小鼠致死模型,为研究致病性、宿主适应性以及疫苗保护性提供动物模型,并寻找病毒在适应宿主过程中影响毒力和适应性的关键位点。将新甲型H1N1流感病毒A/四川/SWL1/2009 H1N1在小鼠中连续传15代,各代次毒株均在MDCK细胞上增殖后进行测序,根据序列分析结果选择6个传代毒株感染小鼠,连续监测14 d体重和死亡情况;并对第14代和15代病毒在噬斑实验纯化后克隆和测序分析。原代病毒不致死BABL/C小鼠,经动物体内连续传代适应宿主动物后,其毒力增强,具体表现为所选的6个传代毒株中第7、11、15代毒株可以100%致死试验小鼠;分析这6个传代毒株的全基因组表明这些毒株的部分氨基酸位点发生突变。新甲型H1N1流感病毒经小鼠体内连续传代后,建立了小鼠致死模型,病毒毒力增强可能与某些氨基酸位点的改变有关。 展开更多
关键词 新甲型H1N1流感病毒 致死模型 全基因组分析
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广西PRRSV分离株GXNN1396全基因序列分析 被引量：1
3
作者 黄加滨 韦莹 +5 位作者 洪绍锋 林思远 何荣祥 陈樱 黄伟坚 韦祖樟 《动物医学进展》 北大核心 2016年第1期1-6,共6页
前期我们实验室分离鉴定了一株nsP2蛋白缺失49个氨基酸（aa）的猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）GXNN1396株。为了进一步对该毒株全基因组序列特性进行分析,将GXNN1396株病毒在Marc-145细胞上传至第3代,收集细胞上清,抽提该病毒RNA。用R... 前期我们实验室分离鉴定了一株nsP2蛋白缺失49个氨基酸（aa）的猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）GXNN1396株。为了进一步对该毒株全基因组序列特性进行分析,将GXNN1396株病毒在Marc-145细胞上传至第3代,收集细胞上清,抽提该病毒RNA。用RT-PCR检测方法对GXNN1396基因组进行分段扩增、克隆、序列比较和遗传进化分析。结果表明,GXNN1 396全长15 263核苷酸（nt）,不包括5′帽子结构和3′Poly A尾。其中,5′非翻译区（5′UTR）长为189nt,3′UTR长151nt,ORF1a、ORF1b、ORF2、ORF3、ORF4、ORF5、ORF6、ORF7分别为7 422、4 382、771、765、537、603、525nt和372nt。与国内外的PRRSV毒株核苷酸序列的同源性进行了比较显示,GXNN1396与欧洲经典毒株LV和VR2332株的同源性分别为61%和88.8%,与TJ、JXwn06、JXA1在全基因上的同源性高达97.2%~97.3%,说明GXNN1396株是一株典型的美洲型PRRSV毒株。遗传进化分析表明美洲型PRRSV主要分为3个亚群,GXNN1396与高致病性PRRSV毒株属于同一分支。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 全基因序列分析 同源性分析 遗传进化分析
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狂犬病两株不同毒力克隆株病毒的神经毒力和全长基因序列比较
4
作者 石磊泰 李玉华 俞永新 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第11期986-990,共5页
目的对2株毒力不同的狂犬病病毒克隆株(CTN181-3和CTN181-12)进行神经毒力和全长基因序列的比较。方法分别对2株病毒用10、14和21日龄小鼠脑内接种,测定小鼠的致死力(LD_(50));同时用空斑法测定2株病毒的病毒滴度(PFU),以lgPFU/lgLD_(50... 目的对2株毒力不同的狂犬病病毒克隆株(CTN181-3和CTN181-12)进行神经毒力和全长基因序列的比较。方法分别对2株病毒用10、14和21日龄小鼠脑内接种,测定小鼠的致死力(LD_(50));同时用空斑法测定2株病毒的病毒滴度(PFU),以lgPFU/lgLD_(50)比较2株病毒的毒力差异;分别对2株病毒进行全基因序列测定并分析,找出毒力差异关键基因位点。结果 2株病毒对10、14和21日龄小鼠的lgPFU/lgLD_(50),CTN181-3株为0.07、3.40和6.60,CTN181-12株为<-0.9、<-0.6和1.04。全基因序列分析表明,二者共有8个核苷酸和6个位点的氨基酸存在差异。结论 CTN181-3株的神经毒力明显低于CTN181-12株,两者间6个氨基酸的差异是其毒力差异的分子基础。 展开更多
关键词 狂犬病减毒株 克隆株 毒力 全基因序列分析
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侵染半夏的黄瓜花叶病毒RNA3全序列分析及侵染性克隆构建
5
作者 陈集双 尹雪鸿 《辽宁师范大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2008年第3期339-342,共4页
对从我国甘肃省天南星科植物半夏上获得的黄瓜花叶病毒分离物(CMV-PGs)的RNA3进行全长克隆和序列分析及侵染性克隆构建.结果表明:CMV-PGsRNA3序列全长2179nt,与CMV-Fny株系RNA3的同源性为83.1%.选取已报道CMV株系的38个RNA3全长序列,根... 对从我国甘肃省天南星科植物半夏上获得的黄瓜花叶病毒分离物(CMV-PGs)的RNA3进行全长克隆和序列分析及侵染性克隆构建.结果表明:CMV-PGsRNA3序列全长2179nt,与CMV-Fny株系RNA3的同源性为83.1%.选取已报道CMV株系的38个RNA3全长序列,根据CP核苷酸序列进行同源性比较,系统进化树分析表明:CMV-PGs属于亚组ⅠB,但是相对独立.进一步构建CMV-PGsRNA3的侵染性克隆,通过体外转录获得具有侵染活性的RNA转录本,将CMV-PGsRNA3的侵染性转录本与CMV-FnyRNA1和RNA2的侵染性转录本混合接种烟草,成功获得假重组体F1F2P3. 展开更多
关键词 半夏 黄瓜花叶病毒 CMV-PGs分离物 全序列分析 侵染性克隆
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近全长序列分析HIV-1独特型CRF01_AE/B'重组病毒基因 被引量：3
6
作者 杨洋 周磊明 +4 位作者 薛以乐 潘启超 康来仪 戚中田 钟平 《诊断学理论与实践》 2008年第5期511-516,共6页
目的:对上海市发现的1例独特类型的CRF01_AE/B'重组病毒株进行近全长序列分析,以了解其DNA序列的特征。方法:应用巢式逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法,分段扩增HIV-1近全长基因组相应片段,进行克隆、测序,并分析其遗传进化树和序列... 目的:对上海市发现的1例独特类型的CRF01_AE/B'重组病毒株进行近全长序列分析,以了解其DNA序列的特征。方法:应用巢式逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法,分段扩增HIV-1近全长基因组相应片段,进行克隆、测序,并分析其遗传进化树和序列断点位置。结果:近全长序列分析提示,该患者所感染的病毒由CRFO1_AE和HIV-1B'亚型嵌合组成,两者各占约50%。其多聚酶蛋白基因(Pol)和外膜糖蛋白基因(Env)区均有HIV-1B'亚型片段和CRFO1_AE片段嵌合组成。2种亚型病毒DNA片段嵌合点的位置与过去报道的重组病毒株(CRF15_AE/B、CRF33_AE/B和CRF34_AE/B)均不同。结论:在我国常见流行的HIV-1 CRF01_AE重组病毒与B'亚型已在HIV-1感染人群中发生重组,其可能是在我国散发流行的独特型重组病毒株。 展开更多
关键词 人免疫缺陷病毒I型 基因亚型 重组 近全长序列分析
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地方蛋鸡群中A亚群禽白血病病毒的分离与全基因组序列分析 被引量：10
7
作者 钱琨 朱钰峰 +2 位作者 沈海玉 金文杰 秦爱建 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第10期1005-1010,共6页
利用DF1细胞培养、ELISA和多聚酶链式反应(PCR)从地方蛋鸡群中分离并鉴定了1株A亚群禽白血病病毒(ALV-A),命名为AH10。依据GenBank中已发表的序列分段扩增获得AH10株的全基因序列。序列对比分析发现,AH10株基因全长7 458 bp,其中gp85与... 利用DF1细胞培养、ELISA和多聚酶链式反应(PCR)从地方蛋鸡群中分离并鉴定了1株A亚群禽白血病病毒(ALV-A),命名为AH10。依据GenBank中已发表的序列分段扩增获得AH10株的全基因序列。序列对比分析发现,AH10株基因全长7 458 bp,其中gp85与国内另一蛋鸡A亚群SDAU09C3株同源性最高,氨基酸同源性达到96.5%。此外,AH10株在非编码区5′-LTR区域存在蛋鸡群A亚群禽白血病所共有的19个碱基的插入突变。研究结果进一步完善了我国地方蛋鸡群中禽白血病的流行病学信息。 展开更多
关键词 禽白血病病毒 A亚群 分离鉴定 全基因序列分析
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进口白羽肉种鸡J亚群禽白血病病毒的全基因组序列分析 被引量：6
8
作者 马美哥 于蒙蒙 +11 位作者 许传田 黄庆华 孟照洁 王素艳 邢立晓 常方方 刘长军 祁小乐 王永强 孙延鸣 王笑梅 高玉龙 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期750-754,共5页
为研究引起我国部分地区进口白羽肉种鸡发生禽白血病疫情的病毒来源及其变异趋势,本研究对从进口白羽肉种鸡分离的8株J亚群禽白血病病毒(ALV-J)的全基因组序列进行测序分析。8株ALV-Jgp85氨基酸遗传演化分析显示,其与ALV-J肉鸡分离株(包... 为研究引起我国部分地区进口白羽肉种鸡发生禽白血病疫情的病毒来源及其变异趋势,本研究对从进口白羽肉种鸡分离的8株J亚群禽白血病病毒(ALV-J)的全基因组序列进行测序分析。8株ALV-Jgp85氨基酸遗传演化分析显示,其与ALV-J肉鸡分离株(包括ALV-J原型病毒株HPRS-103、美国肉鸡ALV-J分离株、国内肉鸡分离株)及蛋鸡分离株氨基酸序列同源性均低于92.5%,而与国内2014年父母代白羽肉种鸡ALV-J分离株GD14J2同源性较高,为93.5%~95.1%,处于同一分支。8株ALV-J的3'非编码区(3'UTR)在rTM区缺失203bp,DR-1区缺失7bp,E元件位置缺失125bp,仅保留了22个碱基,这一缺失特征与GD14J2一致。8株ALV-J的3'LTRU3区序列与ALV-J肉鸡分离株及蛋鸡分离株的相应基因序列同源性均低于91.5%,而与GD14J2病毒株的同源性较高,为94.3%~96.3%。序列分析发现U3区存在连续11bp缺失和164位碱基突变(C/T),该突变形成2个新的转录调控元件AIBREP1、AIBREP2。综合gp85、3'UTR和U3区序列特征,推测引起本次进口白羽肉种鸡禽白血病的ALV-J与国内2014年父母代白羽肉种鸡ALV-J分离株GD14J2为同一来源。但本次分离到的ALV-J病毒株也有新的变异趋势,这些变异是否与ALV-J致病性相关,还需进一步研究。本研究为ALV-J有效防控和净化提供数据支持。 展开更多
关键词 进口肉种鸡 禽白血病 J亚群禽白血病病毒 全基因组序列分析
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云南省一株CRF01_AE/B/C独特重组毒株近全长基因序列分析 被引量：5
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作者 刘家法 张米 +4 位作者 杨壁珲 邓雪媚 孙艾丝 雷素云 李健健 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期601-607,共7页
目的分析云南省新发现的1个HIV-1独特型重组毒株的基因结构和重组特点。方法在云南省2016年HIV基因型耐药检测样本中,发现1例患者体内HIV-1毒株pol区存在重组片段,运用RT-PCR的方法分两段扩增病毒近全长基因组并测定序列。使用RIP、jpHM... 目的分析云南省新发现的1个HIV-1独特型重组毒株的基因结构和重组特点。方法在云南省2016年HIV基因型耐药检测样本中,发现1例患者体内HIV-1毒株pol区存在重组片段,运用RT-PCR的方法分两段扩增病毒近全长基因组并测定序列。使用RIP、jpHMM和SimPlot3.5软件进行重组分析,同时采用MEGA6.06软件共同构建Neighbor-joining系统进化树对该毒株的同源关系进行分析。结果共获得长度为8 590 bp的HIV-1近全长基因序列,断点分析表明该序列由CRF01_AE、B和C亚型片段组成,其中CRF01_AE作为骨架,插入B和C亚型片段,对应HIV-1 HXB2的位置分别是791~1 171为CRF01_AE,1 172~2 652为C,2 653~2 977为B,2 978~9 380为CRF01_AE。结论云南省近年来发现了部分由CRF01_AE、B和C亚型交叉重组形成的新型毒株,而本研究发现的这个毒株重组模式复杂,提示我们应密切监测流行趋势变化,这对于了解当前HIV-1流行情况和变化趋势具有重要意义。 展开更多
关键词 人类免疫缺陷病毒1型 独特型重组 近全长基因序列分析
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北京市一例HIV-1独特型重组毒株近全长基因组特征分析
10
作者 高占 陈立 +1 位作者 刘正敏 孙婧 《国际病毒学杂志》 2022年第6期467-472,共6页
目的分析北京市献血人群筛查中发现的1例HIV-1独特型重组毒株的基因结构和重组特点。方法基于2018年北京市血液筛查时发现的1例HIV核酸阳性抗体阴性的样本,提取病毒RNA并逆转录为cDNA,用近末端稀释法分两段扩增病毒近全长基因组并测定... 目的分析北京市献血人群筛查中发现的1例HIV-1独特型重组毒株的基因结构和重组特点。方法基于2018年北京市血液筛查时发现的1例HIV核酸阳性抗体阴性的样本,提取病毒RNA并逆转录为cDNA,用近末端稀释法分两段扩增病毒近全长基因组并测定序列。运用RIP、jpHMM和SimPlot3.5软件进行重组分析,同时采用MEGA7软件构建Neighbor-joining系统进化树对该毒株的同源关系进行分析。结果共获得长度为8792 bp的HIV-1近全长基因序列,分析表明该序列由CRF01_AE和CRF07_BC重组片段组成。与Los Alamos HIV Database(www.hiv.lanl.gov/content/index)中收录的全长序列相比该毒株具有3个独特的重组断点,分4个重组片段,分别是ICRF01_AE(790~6035,HXB2),IICRF07_BC(6036~8586,HXB2),IIICRF01_AE(8587~8828,HXB2)和IVCRF07_BC(8829~9411,HXB2)。其中ICRF01_AE区域属于CRF01_AE的C4簇;IICRF07_BC区域属于CRF07_BC的CRF07BC_N簇。结论1例参与献血的HIV核酸阳性而抗体阴性的感染者携带的毒株具有新型独特的重组模式,提示需要加强监测献血人群中HIV毒株的流行情况,为保障安全用血提供科学数据。 展开更多
关键词 人类免疫缺陷病毒1型 近全长基因序列分析 重组毒株 献血人群
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