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人工神经网络预测取代芳烃类化合物对黑呆头鱼的毒性 被引量：6
1
作者 李钦玲 杨玉良 《计算机与应用化学》 CAS 2017年第5期395-400,共6页
运用Gsussian98程序的密度泛函(DFT-B3LYP)方法,在6-311G**水平上几何全优化下对92个取代芳烃类化合物的量子化学参数进行计算,将计算得到的12个量子化学参数和1个结构参数作为描述符引入QSAR研究,最终选取了4个参数用于建模,运用误差... 运用Gsussian98程序的密度泛函(DFT-B3LYP)方法,在6-311G**水平上几何全优化下对92个取代芳烃类化合物的量子化学参数进行计算,将计算得到的12个量子化学参数和1个结构参数作为描述符引入QSAR研究,最终选取了4个参数用于建模,运用误差反向传播网络(BP)和径向基函数网络(RBF)建立了取代芳烃化合物对黑呆头鱼毒性的预测模型,平均相关系数R分别为0.959和0.967,模型具有很好的预测能力。并应用模型对其中7个未知毒性的化合物进行了预测。将所得结果与多元线性回归结果进行对比,发现BP网络和RBF网络结果均优于多元回归预测模型,表明毒性与量化参数之间存在着非线性关系。 展开更多
关键词 取代芳烃类化合物 黑呆头鱼毒性 密度泛函理论 误差反向传播神经网络 径向基函数神经网络
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芳烃衍生物的结构与黑呆头鱼毒性的密度泛函理论研究 被引量：2
2
作者 李钦玲 杨玉良 张升书 《陕西师范大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期43-47,共5页
运用密度泛函理论(density functional theory,DFT)方法,在B3LYP/6-311G**基组水平下,全优化计算了92个芳烃衍生物的分子几何和电性结构参数;将计算得到的12个量子化学参数和1个结构参数作为描述符引入QSAR研究,采用多元逐步回归方法筛... 运用密度泛函理论(density functional theory,DFT)方法,在B3LYP/6-311G**基组水平下,全优化计算了92个芳烃衍生物的分子几何和电性结构参数;将计算得到的12个量子化学参数和1个结构参数作为描述符引入QSAR研究,采用多元逐步回归方法筛选了4个量化参数,建立了取代芳烃类化合物(包括脂烷基苯、硝基苯、卤代物、酚和芳胺等)对黑呆头鱼毒性的预测模型,相关系数R=0.959,模型通过了相关性检验,具有良好的稳定性和预测能力。应用该模型对其中7个未知毒性的化合物进行了预测;对该系列化合物结构与毒性作用的内在机制进行分析认为,分子极化率的大小和取代基的电子效应是影响毒性的主要因素。 展开更多
关键词 芳烃衍生物 黑呆头鱼 急性毒性 定量构效关系 密度泛函理论
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应用受体学说模型研究硝基苯类化合物的致毒机理 被引量：17
3
作者 王斌 赵劲松 +1 位作者 王晓栋 王连生 《环境化学》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期80-84,共5页
应用受体学说推出的定量结构活性相关 (QSAR)模型研究了硝基苯类化合物的致毒机理 ,结果表明 ,硝基苯类化合物的主要致毒机理是化合物亲电中心与受体分子亲核活性中心发生反应 .并引入硝基数目和位置指示变量I,分析表明 ,苯环上硝基的... 应用受体学说推出的定量结构活性相关 (QSAR)模型研究了硝基苯类化合物的致毒机理 ,结果表明 ,硝基苯类化合物的主要致毒机理是化合物亲电中心与受体分子亲核活性中心发生反应 .并引入硝基数目和位置指示变量I,分析表明 ,苯环上硝基的数目和位置的差别引起化合物的最低未占轨道能ELUMO的变化 ,即化合物亲电结合能的变化 。 展开更多
关键词 受体学说 硝基苯 致毒 定量结构-活性相关 QSAR模型 生物活性 黑头呆鱼
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DFT法研究取代酚对黑头呆鱼的急毒性 被引量：6
4
作者 刘天宝 彭艳芬 汪新 《计算机与应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期175-177,共3页
基于定量结构-活性相关(QSAR)研究酚类化合物的急毒性具有重要意义。运用DFT-B3LYP方法,在较高基组6-311G^(**)水平下,全优化计算25种取代酚。从中获得分子最高占用和最低空轨道能(E_(HOMO)和E_(LUMO))、前线轨道能级差(AE=EHOMOˉ尻_(L... 基于定量结构-活性相关(QSAR)研究酚类化合物的急毒性具有重要意义。运用DFT-B3LYP方法,在较高基组6-311G^(**)水平下,全优化计算25种取代酚。从中获得分子最高占用和最低空轨道能(E_(HOMO)和E_(LUMO))、前线轨道能级差(AE=EHOMOˉ尻_(LUMO))、分子次最高占用和次最低空轨道能(E_(NHOMO)和E_(NLUMO)、分子总能量(E_T)、氢原子所带的最高正电荷(q_H^+)、最负非氢原子的静电荷(g)、分子偶极矩(μ)和分子体积(V)等描述符。结合文献中标题化合物对黑头呆鱼急毒性值(-1g LC_(50)),由多元线性回归方法建成QSAR模型,采用内外双重验证的办法,深入分析和检验模型的稳健性。最佳模型的复相关系数(R^2),去一法(LOO)交替检验复相关系数(R^2_(CV)),外部预测样本复相关系数(R^2_(ext))分别为0.976,0.974和0.940,故所建QSAR模型的稳定性和预测能力良好。表明:取代酚对黑头呆鱼急毒性与分子体积、最负非氢原子的静电荷及分子总能量的相关性密切。 展开更多
关键词 取代酚 密度泛函理论 定量构效关系 黑头呆鱼
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构建基于GHS标准的黑头呆鱼(Pimephales promelas)急性毒性二元分类模型 被引量：1
5
作者 王雅琪 刘会会 杨先海 《生态毒理学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期170-174,共5页
鱼类急性毒性参数是进行化学品生态风险评估、分类标签等工作不可或缺的毒性指标。本文选取634个有机化学品对黑头呆鱼(Pimephales promelas)的急性毒性数据,并依据“全球化学品统一分类和标签制度”(GHS)中推荐的分类标准,将急性毒性... 鱼类急性毒性参数是进行化学品生态风险评估、分类标签等工作不可或缺的毒性指标。本文选取634个有机化学品对黑头呆鱼(Pimephales promelas)的急性毒性数据,并依据“全球化学品统一分类和标签制度”(GHS)中推荐的分类标准,将急性毒性值小于和大于100 mg·L-1的物质分别划分为有毒物质和无毒物质。以分类结果为建模指标,构建了基于欧几里德距离的K最近邻(kNN)二元分类模型。评估结果表明,模型训练集和验证集的预测准确度(Q)、敏感性(S n)和特异性(S p)参数均大于0.7,说明模型具有较好的预测能力。因而,在化学品分类标签工作中,可使用该模型预测缺失的鱼类急性毒性类别。 展开更多
关键词 黑头呆鱼 急性毒性 KNN 欧几里德距离 全球化学品统一分类和标签制度
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基于Nrf2/HO-1启动子筛选抗水生病毒药物的方法
6
作者 王靖雯 吴苗苗 +2 位作者 李莉娟 顾泽茂 袁军法 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期141-152,共12页
为建立基于Nrf2、HO-1启动子活性的抗病毒药物筛选方法,实验以胖头鱥上皮细胞系(FHM)为材料,构建Nrf2、HO-1启动子重组质粒,利用双荧光素酶报告系统检测不同浓度(0、3.1、6.3、12.5、25.0、50.0μg/mL)的白藜芦醇、水飞蓟宾、穿心莲内... 为建立基于Nrf2、HO-1启动子活性的抗病毒药物筛选方法,实验以胖头鱥上皮细胞系(FHM)为材料,构建Nrf2、HO-1启动子重组质粒,利用双荧光素酶报告系统检测不同浓度(0、3.1、6.3、12.5、25.0、50.0μg/mL)的白藜芦醇、水飞蓟宾、穿心莲内酯及姜黄素对启动子活性的影响,并利用鲤春病毒血症病毒(spring viremia of carp virus,SVCV)和蛙虹彩病毒(rana grylio iridovirus,RGV)验证阳性药物的抗病毒效果。结果显示,Nrf2、HO-1启动子序列中存在FOX家族、IRF家族等多种转录因子的结合位点,并分别存在1个和3个与甲基化相关的CpG岛。双荧光素酶报告实验显示,水飞蓟宾、穿心莲内酯及姜黄素可激活Nrf2、HO-1启动子。药物浓度梯度实验显示,6.3μg/mL的姜黄素和穿心莲内酯可显著上调Nrf2和HO-1的启动子活性。病毒感染后的细胞病变效应、病毒的复制及病毒滴度结果均表明姜黄素和穿心莲内酯可抑制SVCV和RGV的感染。综上,本实验建立的pGL3-Nrf2和pGL3-HO-1启动子报告质粒,可用于抗水生病毒药物的筛选,也为Nrf2、HO-1转录调控机制的研究提供了工具。 展开更多
关键词 水生病毒 胖头鱥上皮细胞(FHM) NRF2 HO-1 启动子 抗病毒药物筛选
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L-肉碱对H_2O_2诱导氧化应激FHM细胞的影响 被引量：6
7
作者 王秋举 鞠雪 +4 位作者 罗莎 陈玉柯 董晓庆 刘洪键 张东鸣 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期467-472,共6页
[目的]本文旨在研究L-肉碱对氧化应激状态下胖头鱥肌肉细胞系(fathead minnow muscle cell line,FHM)细胞活力、脂质过氧化及抗氧化功能的影响。[方法]以FHM细胞为研究对象,以H_2O_2为氧化应激因子,采用四甲基偶氮唑盐(MTT)法测定不同浓... [目的]本文旨在研究L-肉碱对氧化应激状态下胖头鱥肌肉细胞系(fathead minnow muscle cell line,FHM)细胞活力、脂质过氧化及抗氧化功能的影响。[方法]以FHM细胞为研究对象,以H_2O_2为氧化应激因子,采用四甲基偶氮唑盐(MTT)法测定不同浓度L-肉碱(0.001、0.01、0.1、0.5、1.0和5.0 mmol·L^(-1))预处理6 h分别对0.2和0.6 mmol·L^(-1)H_2O_2诱导的细胞氧化应激活力的影响,并采用生物化学方法检测L-肉碱预处理对氧化应激FHM细胞中脂质过氧化程度及抗氧化酶的变化。[结果]0.2和0.6 mmol·L^(-1)H_2O_2刺激FHM细胞1 h,细胞活力分别降低至72%和58%。与H_2O_2组相比,0.001~1.0 mmol·L^(-1)L-肉碱预处理使低氧化水平(0.6 mmol·L^(-1)H_2O_2)的FHM细胞活力显著升高;且0.001、0.5和1.0 mmol·L^(-1)L-肉碱均显著降低不同氧化水平细胞中MDA含量。与0.2 mmol·L^(-1)H_2O_2组相比,0.001、0.01、0.1和1.0 mmol·L^(-1)L-肉碱显著提高细胞T-GSH含量;0.001、0.01和1.0 mmol·L^(-1)L-肉碱显著提高细胞中T-SOD活性;0.5~5.0 mmol·L^(-1)L-肉碱组细胞中CAT活性显著增加;添加0.001~1.0 mmol·L^(-1)L-肉碱显著提高细胞GPx活性,但γ-GCS活性只有0.5 mmol·L^(-1)L-肉碱组显著升高。与0.6 mmol·L^(-1)H_2O_2组相比,0.001~1.0 mmol·L^(-1)L-肉碱显著提高细胞中T-GSH含量,0.01~5.0 mmol·L^(-1)L-肉碱显著提高细胞中CAT活性,0.001 mmol·L^(-1)L-肉碱显著提高细胞T-SOD活性,0.01 mmol·L^(-1)L-肉碱显著提升细胞γ-GCS活性;同时,L-肉碱的处理显著增强细胞GPx活性。[结论]高浓度(0.6 mmol·L^(-1))H_2O_2对FHM细胞的损害较大;0.001~1.0 mmol·L^(-1)L-肉碱可提高FHM细胞活力和抗氧化能力,并对细胞抵抗H_2O_2诱导的不同程度氧化应激有积极作用。 展开更多
关键词 L-肉碱 胖头鱥肌肉细胞系(FHM) H2O2 氧化应激
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有机化合物的陆地和水生环境毒性的计算机预测研究(英文) 被引量：3
8
作者 程飞雄 沈杰 +2 位作者 李卫华 Philip W.LEE 唐赟 《农药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期477-488,共12页
采用子结构模式识别结合 5 种机器学习方法( 包括支持向量机、C4. 5决策树、k-最近邻法、随机森林法、和朴素贝叶斯法) ,分别构建了有机化合物对水生和陆地环境毒性评价的两个重要生物靶标——呆鲦鱼( Fathead minnow) 和蜜蜂毒性的定... 采用子结构模式识别结合 5 种机器学习方法( 包括支持向量机、C4. 5决策树、k-最近邻法、随机森林法、和朴素贝叶斯法) ,分别构建了有机化合物对水生和陆地环境毒性评价的两个重要生物靶标——呆鲦鱼( Fathead minnow) 和蜜蜂毒性的定性分类和定量回归预测模型。所有模型均通过独立测试集验证。其中,利用支持向量机分类算法得到的分类模型对呆鲦鱼和蜜蜂毒性测试集的整体预测准确度分别达到 95. 9% 和 95. 0% 。采用支持向量机回归算法得到的回归模型,对呆鲦鱼和蜜蜂毒性测试集的预测相关系数的平方( R2) 分别达到 0. 878 和 0. 663。最后,通过信息熵分析的方法,确定了一批能够代表性地表征呆鲦鱼和蜜蜂毒性的子结构模式,包括 1,2-二酚、二烷基硫醚、二芳香醚和磷酸衍生物等。提出的方法为有毒化学品的生态风险评价提供了一种非常好的评价策略和可靠的工具。 展开更多
关键词 呆鲦鱼毒性 蜜蜂毒性 定量结构-活性相关性(QSAR) 子结构模式识别 信息熵 支持向量机
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