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Clinical outcomes of EGFR-TKI treatment and genetic heterogeneity in lung adenocarcinoma patients with EGFR mutations on exons 19 and 21 被引量:20
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作者 Jiang-Yong Yu Si-Fan Yu +5 位作者 Shu-Hang Wang Hua Bai Jun Zhao Tong-Tong An Jian-Chun Duan Jie Wang 《Chinese Journal of Cancer》 SCIE CAS CSCD 2016年第4期171-180,共10页
Background:Epidermal growth factor receptor(EGFR) mutations,including a known exon 19 deletion(19 del) and exon 21 L858 R point mutation(L858R mutation),are strong predictors of the response to EGFR tyrosine kinase in... Background:Epidermal growth factor receptor(EGFR) mutations,including a known exon 19 deletion(19 del) and exon 21 L858 R point mutation(L858R mutation),are strong predictors of the response to EGFR tyrosine kinase inhibitor(EGFR-TKI) treatment in lung adenocarcinoma.However,whether patients carrying EGFR 19 del and L858 R mutations exhibit different responsiveness to EGFR-TKls and what are the potential mechanism for this difference remain controversial.This study aimed to investigate the clinical outcomes of EGFR-TKI treatment in patients with EGFR 19 del and L858 R mutations and explore the genetic heterogeneity of tumors with the two mutation subtypes.Methods:Of 1127 patients with advanced lung adenocarcinoma harboring EGFR 19 del or L858 R mutations,532 received EGFR-TKI treatment and were included in this study.EGFR 19 del and L858 R mutations were detected by using denaturing high-performance liquid chromatography(DHPLC).T790 M mutation,which is a common resistant mutation on exon 20 of EGFR,was detected by amplification refractory mutation system(ARMS).Next-generation sequencing(NGS) was used to explore the genetic heterogeneity of tumors with EGFR 19 del and L858 R mutations.Results:Of the 532 patients,319(60.0%) had EGFR 19 del,and 213(40.0%) had L858 R mutations.The patients with EGFR 19 del presented a significantly higher overall response rate(ORR) for EGFR-TKI treatment(55.2%vs.43.7%,P = 0.017) and had a longer progression-free survival(PFS) after first-line EGFR-TKI treatment(14.4 vs.11.4 months,P = 0.034) compared with those with L858 R mutations.However,no statistically significant difference in overall survival(OS) was observed between the two groups of patients.T790 M mutation status was analyzed in 88 patients before EGFR-TKI treatment and 134 after EGFR-TKI treatment,and there was no significant difference in the co-existence of T790 M mutation with EGFR 19 del and L858 R mutations before EGFR-TKI treatment(5.6%vs.8.8%,P = 0.554)or after treatment(24.4%vs.35.4%,P = 0.176).In addition,24 patie 展开更多
关键词 EGFR exon 19 DELETION EGFR exon 21 L858R point mutation Lung ADENOCARCINOMA TREATMENT efficacy
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Genome Editing Enables Next-Generation Hybrid Seed Production Technology 被引量:21
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作者 Xiantao Qi Congsheng Zhang +4 位作者 Jinjie Zhu Changlin Liu Changling Huang Xinhai Li Chuanxiao Xie 《Molecular Plant》 SCIE CAS CSCD 2020年第9期1262-1269,共8页
The next-generation hybrid seed technology enables the successful production of sortable hybrid seeds from genic male sterile(GMS)lines and maintainers;however,it requires multiple laborious and complicated steps.Here... The next-generation hybrid seed technology enables the successful production of sortable hybrid seeds from genic male sterile(GMS)lines and maintainers;however,it requires multiple laborious and complicated steps.Here,we designed a simple next-generation hybrid seed production strategy that takes advantage of the CRISPR/Cas9 technology to create a Manipulated GMS Maintainer(MGM)system via a single transformation.Under this schema,the maize male fertility gene ZmMS26 was nullified by removal of its fifth exon using the CRISPR/Cas9 system on a vector,and a second vector carrying a functional ZmMS26 cDNA was co-transformed to restore fertility.The second vector also contains a male gametophyte inactivation gene(ZmAA1)encoding maizeα-amylase driven by the pollen-specific promoter PG47 and an endosperm fluorescent marker(DsRED)driven by the barley endosperm aleurone-specific promoter Ltp2.The derived single-copy hemizygous MGM lines bore a mutated MS26 gene,leading to complete male sterility but normal vegetative growth and grain yield.The MGM system could prevent genetic transmission of the MGM elements via male gametophytes,providing an efficient method for sorting maintainer seeds labeled by DsRED.This strategy can be extended to any GMS gene and to hybrid crops other than maize. 展开更多
关键词 CRISPR/Cas9 genic male sterility manipulated maintainer ZmMS26 exon deletion
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牙鲆GH基因外显子多态性与生长性状关系的初步研究 被引量:16
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作者 倪静 尤锋 +2 位作者 张培军 徐冬冬 徐永立 《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期307-312,共6页
以一个牙鲆养殖群体中的100个个体为实验材料,根据其生长激素(GH)基因的五个外显子序列设计引物,进行PCR扩增,通过SSCP分析技术对其进行检测,结果表明该群体生长激素基因的第四个外显子存在多态性。共检测到两种基因型,其中AA型... 以一个牙鲆养殖群体中的100个个体为实验材料,根据其生长激素(GH)基因的五个外显子序列设计引物,进行PCR扩增,通过SSCP分析技术对其进行检测,结果表明该群体生长激素基因的第四个外显子存在多态性。共检测到两种基因型,其中AA型个体占88%,AB型个体占12%;DNA测序结果表明,AB型在第1763位发生碱基突变,c→t,与AA型同源性达到99%,同时发现不同基因型的个体在体重和头长上表现出显著的差异(P〈0.05)。上述结果表明利用PCR-SSCP技术可以检测到牙鲆生长激素基因外显子部分存在序列遗传多态性,且该多态性与其生长的某些性状具有一定的连锁关系,为将来进行标记辅助选育奠定了基础。 展开更多
关键词 牙鲆 生长激素基因 外显子 PCR-SSCP 体重 遗传多态性 头长 连锁
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外显子周期三行为特征的研究 被引量:16
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作者 田元新 陈超 +3 位作者 邹小勇 邱建丁 蔡沛祥 莫金垣 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第13期1215-1219,i003,共6页
基因中蛋白质的编码区具有周期三行为这一规律已成为目前基因预测的理论基础,采用功率谱对外显子的周期三行为特征进行了研究,结果表明:大多数外显子独立存在于基因中时并不具有周期三行为,而当基因被剪切后外显子连在一起编码蛋白质的... 基因中蛋白质的编码区具有周期三行为这一规律已成为目前基因预测的理论基础,采用功率谱对外显子的周期三行为特征进行了研究,结果表明:大多数外显子独立存在于基因中时并不具有周期三行为,而当基因被剪切后外显子连在一起编码蛋白质的时候才具有周期三行为.并且这种行为特征与外显子的长度、碱基在密码子三个位置上的分布以及氨基酸密码子的使用偏好均有密切关系,同时符合蛋白质翻译次序的外显子也具有对密码子使用的偏好性,这一研究结果对于提高基因预测的准确率以及内含子功能的研究具有重要意义. 展开更多
关键词 外显子 周期三行为特征 基因预测 内含子 功率谱 蛋白质 编码区
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Cloning and sequence analysis of human genomic DNA of augmenter of liver regeneration 被引量:13
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作者 Cheng J Zhong YW +3 位作者 Liu Y Dong J Yang JZ Chen JM 《World Journal of Gastroenterology》 SCIE CAS CSCD 2000年第2期275-277,共3页
INTRODUCTIONThe liver is one of the organs,which have potentialregenerative capability in mammalian animal.The study of the canine model indicated that theliver could regenerate to original size after 70%hepatectomy i... INTRODUCTIONThe liver is one of the organs,which have potentialregenerative capability in mammalian animal.The study of the canine model indicated that theliver could regenerate to original size after 70%hepatectomy in only two weeks.So it is a hotresearch topic for the cellular and molecularmechanism of liver regeneration. 展开更多
关键词 augmenter liver REGENERATION CLONING GENOMIC DNA INTRON exon
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苯丙氨酸羟化酶(PAH)基因外显子7及其两侧内含子的突变研究 被引量:12
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作者 宋昉 金煜炜 +3 位作者 王红 张玉敏 杨艳玲 张霆 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期53-56,共4页
为探讨中国苯丙酮尿症(PKU)人群中苯丙氨酸羟化酶(PAH)基因外显子7的突变特征,对147例PKU患儿的294个PAH基因外显子7以及两侧部分内含子序列,应用PCR 单链构象多态性(SSCP)分析及基因序列分析的方法进行了筛查和确定。共发现13种突变基... 为探讨中国苯丙酮尿症(PKU)人群中苯丙氨酸羟化酶(PAH)基因外显子7的突变特征,对147例PKU患儿的294个PAH基因外显子7以及两侧部分内含子序列,应用PCR 单链构象多态性(SSCP)分析及基因序列分析的方法进行了筛查和确定。共发现13种突变基因:G239D、R241C、R241fs、R243Q、G247S、G247V、R252Q、L255S、R261Q、M276K、E280G、P281L、Ivs7+2T>A,其中7种突变基因在中国PKU人群首次发现;G239D、R241fs、G247S、E280G、L255S、R261Q、P281L,前4种在国际上尚未见到报道,并已提交到国际PAH突变数据库(www.pahdb.mcgill.ca)。突变基因的总频率为30.61%(90/294)。突变涉及了错义、缺失、移码和剪接位点4种突变类型。结果明确了PAH基因外显子7的突变种类和分布等特征,表明外显子7是中国人PAH基因突变的热点区域。 展开更多
关键词 苯丙氨酸羟化酶 外显子 基因突变 单链构象多态性 序列分析
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德国小蠊全基因组中微卫星分布规律 被引量:14
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作者 王晨 杜联明 +5 位作者 李鹏 杨茗羽 李午佼 沈咏梅 张修月 岳碧松 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第10期1037-1045,共9页
【目的】分析德国小蠊Blattella germanica全基因组中微卫星的数量和分布规律,并对外显子中含有微卫星的基因进行功能注释。【方法】使用微卫星搜索软件查找德国小蠊基因组中微卫星的数量、重复次数以及所有微卫星的位置信息,编写Pytho... 【目的】分析德国小蠊Blattella germanica全基因组中微卫星的数量和分布规律,并对外显子中含有微卫星的基因进行功能注释。【方法】使用微卫星搜索软件查找德国小蠊基因组中微卫星的数量、重复次数以及所有微卫星的位置信息,编写Python脚本对微卫星进行定位,并通过Blast2Go和KASS程序对外显子中含有微卫星的基因进行功能注释。【结果】共找到1~6碱基重复类型的微卫星序列604 386个,总长度15 301 255 bp,约占全基因组序列(约2.04 Gb)的0.75%,分布频率为1/3.37 kb,微卫星序列的长度主要在12~60个碱基长度范围内。不同类型的微卫星中,三碱基(226 876)重复类型微卫星数量最多,占微卫星总数的37.54%;四碱基(150 355)重复类型次之,占微卫星总数的24.88%;其余依次是单碱基(141 167)、二碱基(60 877)、五碱基(21 570)和六碱基(3 541)重复类型,分别占微卫星总数的23.36%,10.07%,3.57%和0.59%。出现最多的重复拷贝类别有:ATT,AAT,A,T,AAAT,ATTT和AT,共411 789个微卫星,占微卫星总数的68.13%,这7种类别的微卫星数量均大于30 000个。共有2 372个微卫星在外显子上,它们分别位于1 481个基因上。GO功能注释结果表明,其中434条归类于细胞组分(cellular component),402条归类于分子功能(molecular function),660条归类于生物学过程(biological process)。KEGG通路分析结果表明,与新陈代谢相关的基因最多(380个),其次是与机体系统相关的(276个),与遗传信息进程相关的基因最少(92个)。【结论】本研究为进一步系统深入分析德国小蠊微卫星功能及微卫星分子标记筛选打下了基础。 展开更多
关键词 德国小蠊 微卫星 生物信息学 功能注释 基因组 外显子
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人RHD基因外显子多态性研究 被引量:12
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作者 周华友 兰炯采 +4 位作者 王晓珠 王毅 樊红 孟庆宝 龚宏伟 《第一军医大学学报》 CSCD 北大核心 2004年第5期513-516,共4页
目的研究人RHD基因外显子多态性,探讨中国人RhD阴性个体遗传学机制。方法用PCR-SSP法检测40例RhD(+)、120例RhD(-) 和2例弱D型样本的10个外显子。结果40例RhD阳性和2例弱D型样本均检出RHD 基因的10个外显子,120例RhD阴性样本中28例样本... 目的研究人RHD基因外显子多态性,探讨中国人RhD阴性个体遗传学机制。方法用PCR-SSP法检测40例RhD(+)、120例RhD(-) 和2例弱D型样本的10个外显子。结果40例RhD阳性和2例弱D型样本均检出RHD 基因的10个外显子,120例RhD阴性样本中28例样本的10个外显子全存在(占23.33%),19例样本10个外显子部分存在(占15.83%),大部分为中间缺失型,73例样本10个外显子全缺失(占60.83/%)。从120例RhD阴性样本中检出的19例Del型样本均能检出RHD 基因的10个外显子。结论RhD表型阴性个体的RHD基因外显子结构具有多态性,主要表现为RHD基因全缺失、RHD基因部分缺失、RHD基因不缺失3种。 展开更多
关键词 人RHD基因 外显子 多态性 聚合酶链反应 序列特异性引物
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中国汉族和维吾尔族RHD基因结构的比较研究 被引量:11
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作者 周华友 白旭华 +3 位作者 张印则 王从容 曹琼 兰炯采 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期151-155,共5页
目的对比研究中国汉族和新疆维吾尔族随机非血缘关系RhD阴性个体RHD基因结构。方法采用序列特异性引物-聚合酶链反应方法检测RHD基因的上、下游和杂交的Rhesus盒,以及RHD基因的10个外显子。结果RhD阴性个体RHD基因型检测结果显示,新疆... 目的对比研究中国汉族和新疆维吾尔族随机非血缘关系RhD阴性个体RHD基因结构。方法采用序列特异性引物-聚合酶链反应方法检测RHD基因的上、下游和杂交的Rhesus盒,以及RHD基因的10个外显子。结果RhD阴性个体RHD基因型检测结果显示,新疆维吾尔族人与同组汉族人RHD-/RHD-基因型组差异有统计学意义(94.44%vs61.40%,P<0.01),两者与RHD+/RHD-基因型组(该组代表RHD单基因组)比较差异有统计学意义(2.78%vs34.21%,P<0.01),但与RHD+/RHD+型组比较差异无统计学意义(2.78%vs4.39%,P>0·05)。78名汉族RhD阴性个体RHD单基因结构研究显示,53名(67.95%)为RHD(1-10)型(其中非表达的14名),15名(19.23%)为RHD-CE(2-9)-D2基因型,5人(6·41%)为RHD-CE(2-7)-D2基因型,2人(2.56%)与RHD-CE(3-6)-D型相似,1人(1.28%)为RHD-CE(5-6)-D型,2人为RHD-CE(6)-D或点突变。2名新疆维吾尔族RhD阴性个体RHD单基因型中1人为RHD(1-10)型,1人为RHD-CE(2-9)-D2。结论汉族RhD-/RHD+单基因型最常见非表达的等位基因依次为RHD-CE(2-9)-D2、RHD(1-10)、RHD-CE(2-7)-D2。新疆维吾尔族携带汉族常见而在白人罕见的非表达的RHD等位基因RHD-CE(2-9)-D2,显示维吾尔族和汉族两大民族基因的融合特征。 展开更多
关键词 RHD基因 Rhesus盒 外显子 等位基因 基因分型 汉族 维吾尔族
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系统性红斑狼疮患者血清中Tim-1蛋白水平及其基因多态性 被引量:11
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作者 陈杰 胡娜 +1 位作者 苏斌涛 崔天盆 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期114-116,120,共4页
目的:检测T细胞免疫球蛋白黏蛋白域蛋白-1(Tim-1)在系统性红斑狼疮患者和健康对照组血清中的浓度,比较不同基因型间Tim-1蛋白的浓度,及其基因第4外显子插入/缺失多态性,分析其与系统性红斑狼疮的关系。方法:采用ELISA方法测定Tim-1蛋白... 目的:检测T细胞免疫球蛋白黏蛋白域蛋白-1(Tim-1)在系统性红斑狼疮患者和健康对照组血清中的浓度,比较不同基因型间Tim-1蛋白的浓度,及其基因第4外显子插入/缺失多态性,分析其与系统性红斑狼疮的关系。方法:采用ELISA方法测定Tim-1蛋白在血清中的浓度;PCR反应检测TIM-1的第4外显子插入与缺失多态性,计算基因型与等位基因的频率。结果:系统性红斑狼疮患者和健康对照组血清中Tim-1蛋白的浓度分别是:(263.083±276.953)和(58.527±92.424)pg/ml,两组之间的差异有统计学意义;SLE患者TIM-1的第4外显子缺失/缺失纯合子与缺失/插入杂合子的Tim-1蛋白的浓度分别为(307.360±284.079)和(191.750±256.708)pg/ml,两组之间无显著性差异。健康对照组TIM-1的第4外显子缺失/缺失纯合子与缺失/插入杂合子的Tim-1蛋白的浓度分别为(70.295±109.917)和(40.468±41.739)pg/ml,两组之间无显著性差异。对照组的TIM-1的第4外显子缺失/缺失纯合子,缺失/插入杂合子,插入/插入纯合子基因型频率分别是0.617,0.321,0.062;系统性红斑狼疮患者相应的基因型频率是0.652,0.326,0.022。两组之间无显著性差异。结论:Tim-1蛋白在系统性红斑狼疮患者血清中的浓度升高,与系统性红斑狼疮的正相关。但是第4外显子插入与缺失多态性与系统性红斑狼疮无相关性,该突变不改变Tim-1蛋白在血清中的水平。 展开更多
关键词 人T细胞免疫球蛋白粘蛋白分子-1 系统性红斑狼疮 基因多态性 外显子
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多样性指标用于基因中剪切位点的识别 被引量:5
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作者 张利绒 罗辽复 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第1期77-82,共6页
根据基因剪切位点处的碱基保守性特征 ,和附近位点的碱基组成和关联特征 ,应用多样性指标和二次判别分析 ,对几类模式生物的基因结构进行统一的分析和预测 ,能够较好地识别外显子和内含子及其边界 .计算结果表明 ,对于 4类物种 ,线虫 (C... 根据基因剪切位点处的碱基保守性特征 ,和附近位点的碱基组成和关联特征 ,应用多样性指标和二次判别分析 ,对几类模式生物的基因结构进行统一的分析和预测 ,能够较好地识别外显子和内含子及其边界 .计算结果表明 ,对于 4类物种 ,线虫 (C .elegans) ,拟南芥 (A .thaliana ) ,果蝇 (D .melanogaster)和人类 (human) ,核苷酸水平的识别精度为 92 5 %~ 97 1 % ,外显子水平的识别敏感性为 83 7%~ 94 5 % ,特异性为 87 8%~97 1 % . 展开更多
关键词 剪切位点 多样性增量 二次判别法 外显子 内含子 基因
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内皮型NO合酶基因多态性与冠心病、吸烟的关系 被引量:6
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作者 齐霁 代春华 +3 位作者 黄涛 马跃 袁大军 曾定尹 《中国临床康复》 CSCD 2003年第9期1476-1477,共2页
目的探讨内皮型一氧化氮合酶(endothelialnitricoxidesynthase,eNOS)基因多态性与冠心病、吸烟的关系。方法依据eNOS基因外显子7G894T位点设计引物,通过巢式聚合酶链反应(PCR)扩增目的片段,限制性内切酶消化目的片段,琼脂糖凝胶电泳,紫... 目的探讨内皮型一氧化氮合酶(endothelialnitricoxidesynthase,eNOS)基因多态性与冠心病、吸烟的关系。方法依据eNOS基因外显子7G894T位点设计引物,通过巢式聚合酶链反应(PCR)扩增目的片段,限制性内切酶消化目的片段,琼脂糖凝胶电泳,紫外透射分析仪检测,计数117例CAD患者和有吸烟的CAD患者及100例健康者基因型及突变基因频率,通过χ2检验有无统计学意义。结果eNO基因外显子7的894位点有3种基因型:GG、GT、TT。CAD组117例中31例发生G894T突变,纯合子TT3例,杂合子GT28例。对照组100例中15例发生G894T突变,均为杂合子。CAD组基因突变频数明显高于对照组,两组GT+TT型χ2检验结果:χ2=4.265P<0.05,等位基因频数χ2=5.321,P<0.05。吸烟比例在CAD组明显高于对照组χ2=17.921,P<0.01。另外,基因突变频数在CAD吸烟组明显高于CAD非吸烟组χ2=4.966,P<0.05。结论eNOS基因894位点G→T突变与吸烟和CAD发病密切相关。 展开更多
关键词 冠心病 吸烟 内皮型一氧化氮合酶 基因多态性 基因突变
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罕见抗-JK3引起新生儿溶血病及家系Kidd血型基因研究 被引量:10
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作者 许志远 林裕翔 +3 位作者 刘亚庆 刘素芳 刘凯 王颖 《北京医学》 CAS 2017年第8期876-879,共4页
目的研究Kidd系统稀有血型Jk(a-b-)产生抗-JK3引起的新生儿溶血病,Jk(a-b-)表型的分子机理及其家系Kidd血型的基因遗传。方法对患儿血样做新生儿溶血病三项检测:直接抗人球蛋白试验、血清游离抗体和红细胞放散试验;患儿母血样做抗体鉴定... 目的研究Kidd系统稀有血型Jk(a-b-)产生抗-JK3引起的新生儿溶血病,Jk(a-b-)表型的分子机理及其家系Kidd血型的基因遗传。方法对患儿血样做新生儿溶血病三项检测:直接抗人球蛋白试验、血清游离抗体和红细胞放散试验;患儿母血样做抗体鉴定及Kidd血型鉴定;患儿父血样做Kidd血型鉴定;采用PCR-SSP方法对患儿及其父母做Kidd血型的基因检测,并对Jk4-11外显子及其侧翼区域扩增后测序,分析其序列信息。结果患儿为B型RhD阳性、Kidd表型为Jk(a-b+)、基因型为JKB/JKB(IVS5-1);患儿母为O型RhD阳性,Kidd表型为Jk(a-b-)、基因型为Jkb(IVS5-1)/JKb(IVS5-1);患儿父为B型RhD阳性,Kidd表型为Jk(a-b+)、基因型为Jkb/Jkb;患儿母血浆中存在抗-Jk3,患儿为抗-Jk3引起的新生儿溶血病。结论患儿母在Jk^b等位基因第5内含子3’端保守区剪切结合位点处发生了G到A的突变,导致mRNA转录本中从第6外显子开始缺失,致其Kidd表型为J k(a-b-),其因妊娠免疫产生了抗-JK3并导致患儿发生新生儿溶血病。 展开更多
关键词 Jk(a—b-) 抗-Jk3 新生儿溶血病 内含子 IVS5-1G〉A 外显子
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拟南芥和线虫基因序列及剪切位点的理论预测 被引量:6
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作者 陈翠霞 李前忠 林昊 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第2期125-131,共7页
将拟南芥(A.thaliana)和线虫(C.elegans)基因组按外显子、内含子及基因间序列区分为3类。分别选取64、40、20 种三联体的概率作为信号参数构建离散源,根据离散增量预测序列所属类型。结果表明:拟南芥各条染色体标准集总预测成功率达到82... 将拟南芥(A.thaliana)和线虫(C.elegans)基因组按外显子、内含子及基因间序列区分为3类。分别选取64、40、20 种三联体的概率作为信号参数构建离散源,根据离散增量预测序列所属类型。结果表明:拟南芥各条染色体标准集总预测成功率达到82.19%,检验集为87.95%;线虫各条染色体标准集总预测成功率达到79.67%,检验集达到81.93%。另外,将两种基因序列中的外显子分别划分成3类, 用外显子剪切位点、翻译起始和结束位点附近的三联体的3个位点作为3条子链,以各条子链的12个参数构建离散源,用离散增量对3种序列类型进行预测,预测成功率都达80%以上。 展开更多
关键词 外显子 内含子 拟南芥 线虫 基因序列 剪切位点 人类
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DNA序列编码及相似度计算 被引量:9
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作者 张宝华 王海水 许禄 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2006年第12期2277-2280,共4页
将DNA的一级序列如β-球蛋白基因的第一个外显子(Exon)转化为分子“结构图”,然后由所得“结构图”提取图的不变量,如分子连接性指数.以图的不变量作为自变量,再由相似度计算公式或距离公式进行相似度计算,其相似度的大小显示不同物种... 将DNA的一级序列如β-球蛋白基因的第一个外显子(Exon)转化为分子“结构图”,然后由所得“结构图”提取图的不变量,如分子连接性指数.以图的不变量作为自变量,再由相似度计算公式或距离公式进行相似度计算,其相似度的大小显示不同物种间亲缘关系的远近程度.运用这种方法对人、猴及鼠等8个物种的β-球蛋白基因的第一个外显子的相似度进行计算,所得结果与生物学中的进化树符合得较好. 展开更多
关键词 DNA序列 外显子 分子连接性指数 相似度比较 进化树
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西农萨能羊乳腺脂肪酸合酶基因exon 9-15的克隆与序列分析 被引量:5
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作者 王海滨 罗军 +3 位作者 武会娟 韩雪峰 单翠燕 张宁 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期828-833,共6页
【目的】山羊FAS基因exon 9-15编码的乙酰/丙二酸单酰基转移酶(acetyl-CoA and malonyl-CoA transacylases,AT/MT)区域对山羊乳短、中链脂肪酸的合成起重要调控作用。本研究针对西农萨能羊乳腺FAS基因exon 9-15进行克隆和序列分析。【... 【目的】山羊FAS基因exon 9-15编码的乙酰/丙二酸单酰基转移酶(acetyl-CoA and malonyl-CoA transacylases,AT/MT)区域对山羊乳短、中链脂肪酸的合成起重要调控作用。本研究针对西农萨能羊乳腺FAS基因exon 9-15进行克隆和序列分析。【方法】以处于泌乳期28d的西农萨能羊乳腺组织mRNA反转录的cDNA为模板,通过RT-PCR方法首次扩增出西农萨能羊乳腺FAS基因exon 9-15的cDNA序列全长及exon 8的3′端和exon 16的5′端部分cDNA序列(GenBank收录号为DQ915966),并对其进行了同源性分析和功能预测。【结果】克隆片段全长1449bp,其中包括exon 9-15共1388bp、exon 8的3′端9bp和exon 16的5′端52bp,编码483个氨基酸,包含编码的AT/MT区域951bp(454~1404nt);西农萨能羊乳腺FAS基因exon 9-15与牛(NM_001012669),人(NM_004104),大鼠(NM_017332)和鸡(NM_205155)核苷酸序列相似度分别为95%、85.7%、82.7%、73.2%,氨基酸相似度分别为92.9%、77.7%、82.3%、64.7%;exon 10较其它物种缺失1个氨基酸。【结论】克隆获得西农萨能羊FAS基因片段全长1449bp,外显子9-15大小分别为463、185、190、95、135、204和116bp;核苷酸及氨基酸序列与牛相应序列的同源性均高于其它物种;AT/MT区域的活性位点在各物种间均为高度保守的丝氨酸,但西农萨能羊exon 10较其它物种缺失1个氨基酸,这可能对AT/MT区域的空间构象及其生理功能产生重要影响。本研究为西农萨能羊FAS基因cDNA全长克隆以及基因功能研究奠定了重要基础。 展开更多
关键词 山羊 乳腺组织 脂肪酸合酶基因 exon 9-15
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基于隐马尔可夫模型的DNA序列识别 被引量:7
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作者 罗泽举 李艳会 +1 位作者 宋丽红 朱思铭 《华南理工大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第8期123-126,共4页
利用隐马尔可夫模型训练中不同结构的DNA序列的L值分布范围不同的特点,对传统多类投票模型进行改进,提出一种优于传统算法的快速训练算法,该算法只需训练出一类隐马尔可夫模型参数.对DNA内含子和外显子序列进行识别,平均识别率达到了90.... 利用隐马尔可夫模型训练中不同结构的DNA序列的L值分布范围不同的特点,对传统多类投票模型进行改进,提出一种优于传统算法的快速训练算法,该算法只需训练出一类隐马尔可夫模型参数.对DNA内含子和外显子序列进行识别,平均识别率达到了90.8%.与支持向量机相比,隐马尔可夫模型在解决多分类问题方面具有优势,不但计算时间少,而且识别率高. 展开更多
关键词 隐马尔可夫模型 DNA序列 内含子 外显子 识别 快速训练算法
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EGFR19与21号外显子突变的晚期非小细胞肺癌一线TKI治疗疗效差异的研究进展 被引量:8
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作者 冯佳 许斌 宋启斌 《肿瘤学杂志》 CAS 2016年第3期167-171,共5页
表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)19号外显子缺失和21号外显子的L858R点突变是非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)中最常见的EGFR突变类型,并且预示经EGFR酪氨酸激酶抑制剂(tyrosine kinase inhib... 表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)19号外显子缺失和21号外显子的L858R点突变是非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)中最常见的EGFR突变类型,并且预示经EGFR酪氨酸激酶抑制剂(tyrosine kinase inhibitor,TKI)治疗给患者带来更优的生存获益。临床研究表明,这两种突变类型患者在EGFR-TKI治疗中的获益有差异。文章主要就EGFR 19与21号外显子突变的晚期NSCLC一线TKI治疗疗效差异的研究进展作一综述。 展开更多
关键词 表皮生长因子受体 基因突变 非小细胞肺癌 酪氨酸激酶抑制剂 疗效 外显子
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茶树CsH1基因结构及其内含子信息分析 被引量:7
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作者 房婉萍 张玥 +4 位作者 阮光兴 陈暄 王玉花 庄静 黎星辉 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期37-40,共4页
利用cDNA-AFLP方法对低温胁迫下茶树基因表达差异进行了分析,获得1个低温特异表达的cDNA片段。为了获取该片段所代表基因的结构信息,在成功克隆其基因全长cDNA序列(GenBank登录号:EU716314)的基础上,设计引物,从茶树品种‘龙井43’的叶... 利用cDNA-AFLP方法对低温胁迫下茶树基因表达差异进行了分析,获得1个低温特异表达的cDNA片段。为了获取该片段所代表基因的结构信息,在成功克隆其基因全长cDNA序列(GenBank登录号:EU716314)的基础上,设计引物,从茶树品种‘龙井43’的叶片中克隆获得了该基因全长DNA序列,命名为茶树CsH1基因(JF836005)。基因结构分析表明:CsH1基因包含2个外显子和1个内含子,外显子和内含子的剪接符合GT-AG原则,其中2个外显子的碱基序列长度分别为236 bp和608 bp,内含子为388 bp。经序列分析发现该内含子具有启动子及激素调控元件,可能对CsH1基因的特异性表达有调控作用。茶树CsH1基因的结构及其内含子信息为茶树低温特异基因的表达和抗寒途径分子调控提供了序列信息。 展开更多
关键词 茶树 CsH1基因 外显子 内含子 信息分析
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Regulation of alternative splicing of tau exon 10 被引量:6
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作者 Wei Qian Fei Liu 《Neuroscience Bulletin》 SCIE CAS CSCD 2014年第2期367-377,共11页
The neuronal microtubule-associated protein tau is abnormally hyperphosphorylated and aggregated into neurofibrillary tangles in the brains of individuals with Alzheimer's disease and related neurodegenerative disord... The neuronal microtubule-associated protein tau is abnormally hyperphosphorylated and aggregated into neurofibrillary tangles in the brains of individuals with Alzheimer's disease and related neurodegenerative disorders. The adult human brain expresses six isoforms of tau generated by alternative splicing of exons 2, 3, and 10 of its pre-mRNA. Exon 10 encodes the second microtubule-binding repeat of tau. Its alternative splicing produces tau isoforms with either three or four microtubule-binding repeats, termed 3R-tau and 4R- tau. In the normal adult human brain, the level of 3R-tau is approximately equal to that of 4R-tau. Several silent and intronic mutations of the tau gene associated with FTDP-17T (frontotemporal dementia with Parkinsonism linked to chromosome 17 and specifically characterized by tau pathology) only disrupt exon 10 splicing, but do not influence the primary sequence of the tau protein. Thus, abnormal exon 10 splicing is sufficient to cause neurodegeneration and dementia. Here, we review the regulation of tau exon 10 splicing by cis-elements and trans-factors and summarize all the mutations associated with FTDP-17T and related tauopathies. The findings suggest that correction of exon 10 splicing may be a potential target for tau exon 10 splicing-related tauopathies. 展开更多
关键词 alternative splicing TAU tau exon 10 TAUOPATHIES
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