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鹅源新城疫病毒ZJ1株全基因组的序列测定 被引量：25
1
作者 黄勇 万洪全 +2 位作者 刘红旗 吴艳涛 刘秀梵 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第4期348-354,共7页
依据GenBank上公布的新城疫病毒(NDV)的基因序列,自行设计了9对引物,运用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)获取覆盖NDV鹅源毒株ZJ1株全基因组的部分重叠片段。病毒RNA的5′及3′端的序列由cDNA末端快速扩增技术(RACE)获取。整个病毒基因组... 依据GenBank上公布的新城疫病毒(NDV)的基因序列,自行设计了9对引物,运用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)获取覆盖NDV鹅源毒株ZJ1株全基因组的部分重叠片段。病毒RNA的5′及3′端的序列由cDNA末端快速扩增技术(RACE)获取。整个病毒基因组序列由15192个碱基组成,比GenBank上公布的其它4个NDV毒株BeaudetteC、B1、Lasota及Clone-30的全基因组序列长6个核苷酸。这6个核苷酸位于核衣壳蛋白(NP)基因内,相对于NDV毒株Lasota株全基因序列的1647nt～1648nt位。其它10个NDV毒株中的9个毒株也被验证具有此特征,且它们分属于3个不同的基因型。 展开更多
关键词 新城疫病毒 基因组 鹅源 序列测定
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两株基因Ⅲ型强毒新城疫的全基因组测序及其与Ⅰ系苗的亲缘性分析 被引量：15
2
作者 仇旭升 孙庆 +4 位作者 姚春峰 董丽 吴艳涛 胡顺林 刘秀梵 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期302-308,共7页
【目的】研究基因III型新城疫(Newcastle disease,ND)强毒分离株JS/7/05/Ch和JS/9/05/Go与中等毒力疫苗株Mukteswar的亲缘性关系,分析三株新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)的全基因差异。【方法】采用RT-PCR方法获得两株NDV分... 【目的】研究基因III型新城疫(Newcastle disease,ND)强毒分离株JS/7/05/Ch和JS/9/05/Go与中等毒力疫苗株Mukteswar的亲缘性关系,分析三株新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)的全基因差异。【方法】采用RT-PCR方法获得两株NDV分离株的全基因组核苷酸序列,与GenBank中公布的Mukteswar序列比对分析。【结果】强毒分离株与中等毒力疫苗株Mukteswar全基因组核苷酸同源性均为99.7%;病毒6个阅读框核苷酸序列与Mukteswar同源性为99.6%～99.9%;预测的8种病毒编码蛋白同源性在98.8%～99.8%。然而,测定MDT,ICPI和IVPI发现JS/7/05/Ch和JS/9/05/Go毒力明显强于Mukteswar,其中JS/7/05/Ch株的IVPI达到了2.18。【结论】综合3株NDV的遗传分析结果和已有的流行病学资料可以推断分离株JS/7/05/Ch和JS/9/05/Go是由疫苗株Mukteswar自然进化而来的返强毒株。因此,必须停止使用中等毒力疫苗以免造成更大的危害。 展开更多
关键词 基因Ⅲ型 新城疫病毒 Mukteswar 全基因组 毒力返强
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2019年云南省昆明市2株柯萨奇病毒A4毒株全基因序列分析 被引量：5
3
作者 丛山日 许丹菡 +5 位作者 张名 冯昌增 黄小琴 孙浩 杨昭庆 马绍辉 《中国病毒病杂志》 CAS 2020年第6期439-444,共6页
目的对2019年云南昆明地区手足口病患者的粪便进行病毒分离并对毒株进行全基因组序列测定和遗传特性分析。方法利用人类横纹肌肉瘤细胞(human rhabdomyosarcoma,RD)进行病毒分离,提取病毒的RNA序列进行逆转录聚合酶链反应(reverse trans... 目的对2019年云南昆明地区手足口病患者的粪便进行病毒分离并对毒株进行全基因组序列测定和遗传特性分析。方法利用人类横纹肌肉瘤细胞(human rhabdomyosarcoma,RD)进行病毒分离,提取病毒的RNA序列进行逆转录聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)并测序,利用MEGA 6.06、Simplot 3.5.1和Geneious 9.1.4等软件对毒株的全基因组序列进行分析。结果 KR3/YN/CHN/2019(简称KR3)和KR110/YN/CHN/2019(简称KR110)分离株经测序比对为柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A,CV-A4),全基因序列长度分别为7 434个核苷酸和7 436个核苷酸,编码2 201个氨基酸;全基因核苷酸一致性及氨基酸同源性分别为92.4%和98.4%。2株CV-A4云南分离株与大多数中国流行株在同一分支,均属于C2亚型。结论 KR3和KR110分离株为CV-A4,与中国CV-A4流行株一致,同属于C2亚型。 展开更多
关键词 柯萨奇病毒A组4型(CV-A4) 手足口病 全基因组 肠道病毒 进化分析 遗传特性
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一株柯萨奇病毒A组9型病毒的全基因组分析 被引量：1
4
作者 丛山日 刘红波 +5 位作者 许丹菡 郭伟 黄小琴 孙浩 杨昭庆 马绍辉 《中国病毒病杂志》 CAS 2020年第5期355-358,共4页
目的对2010年云南省昆明市1例手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)并发脑炎患儿的粪便中分离到的1株柯萨奇病毒A组9型(coxsackievirus A9,CV-A9)毒株的全基因组序列和遗传特性进行分析。方法利用人类横纹肌肉瘤(human rhabdomyo... 目的对2010年云南省昆明市1例手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)并发脑炎患儿的粪便中分离到的1株柯萨奇病毒A组9型(coxsackievirus A9,CV-A9)毒株的全基因组序列和遗传特性进行分析。方法利用人类横纹肌肉瘤(human rhabdomyosarcoma,RD)细胞对该粪便标本进行病毒分离,提取病毒RNA,采用反转录聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RTPCR)分段扩增病毒的全基因组序列,利用MEGA 6.06、Geneious 9.0.2和SimPlot 3.5.1等软件对该毒株的全基因序列进行分析。结果获得1株CV-A9分离株(A744/YN/CHN/2010,简称A744),其全基因组序列长为7319bp。该毒株与CV-A9重组株(A108/YN/CHN/2009)核苷酸一致性和氨基酸同源性最高,分别为97.4%和99.0%,可能发生重组事件。结论A744分离株为CV-A9,与中国其他CV-A9分离株同属D2基因亚型。 展开更多
关键词 柯萨奇病毒A组9型 全基因组 进化分析 遗传特性
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山东地区2株基因Ⅶ型新城疫病毒的全基因组测序及其序列分析 被引量：1
5
作者 张会娟 张秀美 +7 位作者 胡北侠 杨少华 许传田 颜世敢 张琳 李建亮 袁朋 崔言顺 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第7期985-990,共6页
测定了基因Ⅶ型新城疫(Newcastle disease,ND)强毒分离株Chicken/China/SD04/2011和Chicken/China/SDWF07/2011的全基因序列,将其与GenBank中已发表的29株基因Ⅶ型新城疫毒株的全基因序列进行比对,同源性在91%～97%之间。2株基因Ⅶ型分... 测定了基因Ⅶ型新城疫(Newcastle disease,ND)强毒分离株Chicken/China/SD04/2011和Chicken/China/SDWF07/2011的全基因序列,将其与GenBank中已发表的29株基因Ⅶ型新城疫毒株的全基因序列进行比对,同源性在91%～97%之间。2株基因Ⅶ型分离株与中国标准强毒F48E8、国外标准强毒Herts/33及疫苗株chicken/N.Ireland/Ulster/67、B1、Clone30、LaSota、Mukteswar核苷酸序列同源性在83%～87%之间;其F蛋白前体F0裂解位点附近的氨基酸序列均为112 RRQKRF117,符合NDV强毒株的特征;与单抗1E5反应阴性,结合对各蛋白的抗原位点的分析初步推测2株病毒的抗原性可能发生了变化。 展开更多
关键词 新城疫病毒 全基因组 比对 进化树
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