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2003年云南省AFP病例中非脊灰病毒的测序定型和ECHO7病毒的基因特征分析 被引量：2
1
作者 黄国斐 田炳均 +3 位作者 丁峥嵘 汤晶晶 张杰 赵智娴 《预防医学情报杂志》 CAS 2013年第5期386-390,共5页
目的分析云南省2003年急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例中非脊灰病毒(non-polio,NPV)的带毒状况和埃柯病毒7型(echovirus 7,E7)的基因特征。方法按Obster等介绍的方法,对2003年云南省脊灰实验室分离到的18株NPV进行基... 目的分析云南省2003年急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例中非脊灰病毒(non-polio,NPV)的带毒状况和埃柯病毒7型(echovirus 7,E7)的基因特征。方法按Obster等介绍的方法,对2003年云南省脊灰实验室分离到的18株NPV进行基因测序定型并对埃柯7病毒的基因特征进行分析。结果 2003年共采集到<15岁AFP病例粪便标本215份,在34株阳性标本(带毒率为15.8%)中,脊髓灰质炎病毒(poliovirus,PV)16株(阳性率4.7%),均为疫苗株,未发现脊灰野病毒;非脊灰病毒(NPV)18株(阳性率8.4%),其中1株为人类肠道病毒A组(human enterovirus A,HEV-A,1个血清型),14株为人类肠道病毒B组(HEV-B,9个血清型,其中3株为埃柯病毒7型,echovirus7,E7),3株为人类肠道病毒C组(HEV-C,2个血清型),未分离到HEV-D组病毒。结论 2003年云南省AFP病例中非脊灰病毒携带率(8.4%)与往年持平,3株E7病毒存在基因多样性特点(即存在不同的基因型)。 展开更多
关键词 急性弛缓性麻痹 非脊灰病毒 埃柯病毒7型 基因特征分析
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埃可病毒7型云南分离株VP1编码序列基因特征分析 被引量：1
2
作者 何丽芳 李徽 +3 位作者 丁峥嵘 张杰 赵智娴 田炳均 《中国病毒病杂志》 CAS 2016年第4期261-264,共4页
目的对从云南省病毒性脑炎监测平台中分离到的3株埃可病毒7型(echovirus 7,E7)VP1编码序列进行扩增和测序,并与E7病毒原型株(Wallace)及以前云南省急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例、健康人群和环境污水中分离的E7病毒... 目的对从云南省病毒性脑炎监测平台中分离到的3株埃可病毒7型(echovirus 7,E7)VP1编码序列进行扩增和测序,并与E7病毒原型株(Wallace)及以前云南省急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例、健康人群和环境污水中分离的E7病毒一起进行VP1编码序列基因特征分析。方法用RT-PCR方法扩增3株病毒VP1编码序列并进行序列测定。用MEGA 5.0软件构建3株病毒、E7病毒原型株及云南省以前分离的E7病毒的VP1编码序列进化树,进行基因特征和分子流行病学分析。结果 E7病毒原型株(Wallace)为基因型A,云南分离株为基因型B,基因型B又可分为两个亚型,即亚型1(subtype 1)和亚型2(subtype 2),每个亚型又可分为两个不同的进化分支(lineage)。3株病毒性脑炎分离株属于亚型1的进化分支2(lineage 2)。结论 E7是一个重要的病毒,在基因进化树中云南省脑炎监测平台分离的E7自成一簇,单独构成一个进化分支,加强E7病毒的研究具有重要意义。 展开更多
关键词 埃可病毒7型 病毒性脑炎 VP1编码序列 基因特征分析
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2016年云南省埃可病毒7型分离株K1641/YN/CHN/2016全基因组序列分析
3
作者 张名 许丹菡 +4 位作者 冯昌增 郭伟 王晓辉 何陆涛 马绍辉 《中国病毒病杂志》 CAS 2022年第1期42-46,共5页
目的 对2016年云南省埃可病毒7型(echovirus 7,E-7)的分离株K1641/YN/CHN/2016(简称K1641)进行全基因组序列测定并分析其分子变异和遗传进化特性。方法 利用KMB17细胞分离病毒,提取病毒RNA,进行RT-PCR,并测序拼接获得全基因组序列。利用... 目的 对2016年云南省埃可病毒7型(echovirus 7,E-7)的分离株K1641/YN/CHN/2016(简称K1641)进行全基因组序列测定并分析其分子变异和遗传进化特性。方法 利用KMB17细胞分离病毒,提取病毒RNA,进行RT-PCR,并测序拼接获得全基因组序列。利用Mega 5、Geneious Basic 5.4.1和SimPlot 3.5.1等软件分析全基因组序列。结果 获得的K1641株全基因组序列长度为7 428 bp,编码含2 193个氨基酸的多聚蛋白。K1641全基因组核苷酸和氨基酸同源性与中国分离株40/Longyou/ZJ最为同源,分别为95.9%和98.9%;而与其他中国E-7流行株VP1的核苷酸和氨基酸同源性分别为95.1%~99.7%和82.5%~99.3%;与原型株VP1的核苷酸和氨基酸同源性为78.4%和93.1%。K1641与其他E-7毒株的各区段核苷酸一致性和氨基酸同源性分别为73.5%~97.3%和85.3%~100.0%,K1641与40/Longyou/ZJ的各区段核苷酸一致性和氨基酸同源性均超过90.0%,并且,氨基酸的同源性要高于核苷酸一致性。基于E-7全长VP1序列的种系进化分析,可分为8个簇,本次分离株K1641与2013中国分离株40/Longyou/ZJ关系较近,属于进化树上的一个分支。进行相似性分析,在位置350~600,与E-6/RO-24-9-79(LS451294)显示出99%的高相似性;其他位置与中国分离株40/Longyou/ZJ有较高(>92%)的相似性。结论 K1641分离株为E-7,与E-6/RO-24-9-79株可能存在重组事件发生,对E-7遗传特性研究具有参考意义。 展开更多
关键词 埃可病毒7型 全基因组 序列分型 种系发生
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