草原龙胆盐胁迫差减文库的构建及分析 被引量：5

1

作者 王继刚 张坤 +1 位作者 徐启江 李玉花 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第7期1075-1080,共6页

为了研究草原龙胆抗盐性机理,初步获得其抗盐性相关基因,分别以400mmol·L-1的NaCl及清水处理的草原龙胆叶片mRNA为tester和driver方,利用抑制差减杂交技术构建了cDNA文库。经过测序和与Gene Ontology数据库序列比对,获得了658条单... 为了研究草原龙胆抗盐性机理,初步获得其抗盐性相关基因,分别以400mmol·L-1的NaCl及清水处理的草原龙胆叶片mRNA为tester和driver方,利用抑制差减杂交技术构建了cDNA文库。经过测序和与Gene Ontology数据库序列比对,获得了658条单一序列,其中61条序列分子功能未知,535条序列无同源性,62条序列有显著同源性。此62条序列注释按照功能分为21类。获得了活性氧清除系统基因DHAR、GST、TRX、CAT,转录因子SMT3,调控基因丝氨酸/苏氨酸激酶基因等。结果说明草原龙胆的盐抗性相关基因与数据库中的模式植物基因既有一定的共性,同时绝大部分的序列又无法用已知的基因进行解释。 展开更多

关键词 草原龙胆 抑制差减杂交 差异基因 盐胁迫

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人类乳腺癌异常甲基化基因分析 被引量：3

2

作者 靳文 李前忠 +1 位作者 苏文霞 武成艳 《内蒙古大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2016年第4期409-415,共7页

运用Illumina HumanMethylation27BeadChip数据,利用sam函数中Delta值与FDR值的关系,选取最佳Delta值,识别人类乳腺肿瘤组织和正常乳腺组织中显著差异甲基化基因.分析这些差异甲基化基因在人类各条染色体的分布,进一步通过这些差异甲基... 运用Illumina HumanMethylation27BeadChip数据,利用sam函数中Delta值与FDR值的关系,选取最佳Delta值,识别人类乳腺肿瘤组织和正常乳腺组织中显著差异甲基化基因.分析这些差异甲基化基因在人类各条染色体的分布,进一步通过这些差异甲基化基因对肿瘤样本和正常样本进行双向非监督聚类分析.接着,利用limma包计算乳腺肿瘤组织样本和正常乳腺组织样本中差异表达基因,对既发生差异甲基化又同时发生差异表达的基因,进行GO生物分子功能富集分析.结果发现低甲基化的基因皆与蛋白质及核苷酸结合功能相关,高甲基化基因则主要富集到与运输载体活性相关的分子功能上.这些研究结果,有助于我们从基因功能角度进一步理解乳腺癌发生的原因,对乳腺癌的预后和临床诊断起到帮助作用. 展开更多

关键词 乳腺癌 DNA甲基化 差异甲基化基因 差异表达基因 GO分析

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应用基因芯片技术筛选克山病差异表达基因 被引量：4

3

作者 王斌 何淑兰 +5 位作者 雷艳霞 谭武红 张峰 王盼 朱延河 郭雄 《西安交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期163-168,共6页

目的应用基因芯片技术筛选克山病(Keshan disease,KD)患者和正常对照者外周血差异表达基因并对其进行分析,探讨KD发病的分子机制。方法收集16例KD患者和16例病区健康对照外周血样品,提取总RNA,纯化后合成cRNA探针;采用Agilent全基因组... 目的应用基因芯片技术筛选克山病(Keshan disease,KD)患者和正常对照者外周血差异表达基因并对其进行分析,探讨KD发病的分子机制。方法收集16例KD患者和16例病区健康对照外周血样品,提取总RNA,纯化后合成cRNA探针;采用Agilent全基因组表达芯片检测基因表达的差异,以SAM4.0软件,结合IPA软件比较KD患者和正常对照个体外周血中的基因表达谱差异、功能及通路分析。结果与对照组相比,KD患者血样中差异表达基因上调的有59个,下调的有19个,基因功能主要涉及代谢、转录、离子通道与运输蛋白、蛋白质的合成与修饰、信号转导等;生物功能主要涉及细胞凋亡、细胞功能修复、分子转运、细胞增殖和分化、细胞间信号转导等。网络蛋白介导的内吞作用是差异最显著的通路。结论 KD患者外周血单核淋巴细胞多个差异表达基因显著不同于正常人,主要涉及细胞增殖、细胞凋亡、细胞功能修复等,这些基因可能在克山病发生发展中发挥重要的作用。 展开更多

关键词 克山病 基因芯片 差异表达基因 外周血

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同卵双生子2型糖尿病患病差异性的基因表达谱比较 被引量：1

4

作者 谭从娥 冯文哲 王米渠 《辽宁中医杂志》 CAS 2012年第12期2350-2352,共3页

目的:分析同卵双生子间的差异表达基因,初步探讨双生子2型糖尿病(Type 2 Diabetes Mellitus,T2DM)罹患差异性的可能分子生物学特征。方法:根据双生子卵性相似诊断法,评判双生子的指纹、中指毛、耳垂、毛发等26项指标的相似度,判断双生... 目的:分析同卵双生子间的差异表达基因,初步探讨双生子2型糖尿病(Type 2 Diabetes Mellitus,T2DM)罹患差异性的可能分子生物学特征。方法:根据双生子卵性相似诊断法,评判双生子的指纹、中指毛、耳垂、毛发等26项指标的相似度,判断双生子的卵性(同卵或异卵)。应用基因芯片技术,以双生子的同胞弟弟为健康对照,筛选同卵双生子(Monozygotic Twins,MZT)之间的差异基因表达谱,并通过FatiGO数据库进行基因功能比较。结果:这对双生子为MZT。与健康对照比较,得到双生子的差异表达基因,大双为968个,小双为478个,二者之间相同的显著表达基因有15个,基因功能比较结果见免疫反应功能类基因及细胞因子通路显著表达。结论:同卵双生子T2DM患病的差异性主要与个体的免疫功能差异有关。 展开更多

关键词 2型糖尿病 双生子 卵性 差异表达基因

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基于GEO数据库筛查小鼠缺血性卒中后心脏组织的差异基因

5

作者 王蕊 杨正飞 《海南医学院学报》 CAS 2021年第23期1808-1813,共6页

目的:分别比较缺血后24 h和72 h大脑中动脉闭塞模型(MCAO)小鼠与假手术(Sham)小鼠左心室的差异基因,分析缺血性卒中后不同时间点的差异基因及其调控的功能通路,以期分析缺血性卒中后诱发心功能障碍的机制并为其治疗提供依据。方法:在美... 目的:分别比较缺血后24 h和72 h大脑中动脉闭塞模型(MCAO)小鼠与假手术(Sham)小鼠左心室的差异基因,分析缺血性卒中后不同时间点的差异基因及其调控的功能通路,以期分析缺血性卒中后诱发心功能障碍的机制并为其治疗提供依据。方法:在美国国立生物技术信息中心(NCBI)的GEO数据库下载MCAO小鼠与Sham小鼠左心室的基因芯片数据;通过R语言软件编程处理,获得差异表达基因;利用DAVID 6.8在线分析工具对获得的差异基因进行GO功能富集和KEGG通路富集分析,并运用Omicshare在线分析工具对富集分析结果进行可视化。结果:缺血后24 h,得到187个差异表达基因,56条具有显著意义的GO富集通路和5条具有显著意义的KEGG富集通路;缺血后72 h,得到51个差异表达基因,14条具有显著意义的GO富集通路和3条具有显著意义的KEGG富集通路。其中,两个时间点均涉及Aplnr、Itgb6两个基因靶点与PI3K-Akt信号通路。结论:本研究通过分析基因表达谱数据,得到缺血性卒中后诱导心功能障碍的差异表达基因及相关通路;PI3K-Akt信号通路与心功能调节密切相关,调节PI3K-Akt信号通路可能是治疗缺血性卒中后并发心功能障碍的重要方向。 展开更多

关键词 GEO数据库 缺血性卒中 心功能障碍 差异基因 基因芯片

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基于RNA-seq技术的宫颈癌与癌旁组织差异表达基因分析

6

作者 张志珊 蒋燕成 +3 位作者 陈紫萱 陈婉花 李爱禄 李纯孝 《实用癌症杂志》 2017年第12期1915-1917,共3页

目的探讨宫颈癌的发病机制。方法应用RNA-seq技术分析3对宫颈癌及癌旁组织转录组,利用生物信息方法对差异基因进行基因本体(GO)分析和通路富集性分析。结果在宫颈癌组织中发现1755个差异表达基因,其中758个基因表达上调,997个基因表达... 目的探讨宫颈癌的发病机制。方法应用RNA-seq技术分析3对宫颈癌及癌旁组织转录组,利用生物信息方法对差异基因进行基因本体(GO)分析和通路富集性分析。结果在宫颈癌组织中发现1755个差异表达基因,其中758个基因表达上调,997个基因表达下调。功能富集分析表明,差异基因富集于细胞粘附、DNA损伤有关的信号通路上。且宫颈癌组织中发现RAB22A-BCAS1等融合基因。结论细胞粘附信号通路、RAB22A-BCAS1融合基因可能与宫颈癌的发生机制有关。 展开更多

关键词 宫颈癌 RNA-SEQ 转录组 差异表达基因 融合基因

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大肠癌围手术期气虚证与阴虚证患者基因差异表达图谱研究 被引量：2

7

作者 洪朝金 郭勇 《浙江中西医结合杂志》 2014年第11期947-950,954,F0002,共6页

目的研究大肠癌围手术期气虚证与阴虚证患者的特征性基因差异表达谱。方法大肠癌手术患者8例,以围手术期中医辨证,气虚证4例(气虚证组),阴虚证4例(阴虚证组),采集8例患者大肠癌组织及瘤周正常组织,采用含有45 033个己知基因的人全基因... 目的研究大肠癌围手术期气虚证与阴虚证患者的特征性基因差异表达谱。方法大肠癌手术患者8例,以围手术期中医辨证,气虚证4例(气虚证组),阴虚证4例(阴虚证组),采集8例患者大肠癌组织及瘤周正常组织,采用含有45 033个己知基因的人全基因组芯片技术检测大肠组织内差异基因表达情况,比较各组的差异表达基因,利用生物分子功能注释系统GO和pathway对相关基因进行生物信息学分析。结果大肠癌围手术期气虚证瘤体组和瘤周正常组差异表达基因共5044条,表达水平上调3400条,下调1644条;气虚证瘤体组与阴虚证瘤体组差异表达基因共1335条,表达水平上调547条,下调788条。经检索互联网生物学公共数据库GeneBank,获得每条基因的名称和其他基本信息。结论大肠癌围手术期气虚证组与瘤周正常组比较,存在的组织基因差异表达特征图谱,主要与细胞凋亡、细胞周期、血管平滑肌收缩、嘌呤嘧啶代谢、细胞信号传导、DNA复制等基因相关;气虚证组与阴虚证组瘤体比较,也存在组织基因差异表达特征图谱,主要是与炎症、免疫应答、矿物质吸收、细胞内吞、细胞黏附、遗传信息过程、肌动蛋白细胞骨架的调控、氮代谢、细胞信号传导等基因相关。 展开更多

关键词 大肠癌围手术期 气虚证 阴虚证 基因差异表达 基因芯片

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基于高通量测序的药用植物“凤丹”根皮的转录组分析 被引量：16

8

作者 谢冬梅 俞年军 +4 位作者 黄璐琦 彭代银 刘丛彬 朱月健 黄浩 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第15期2954-2961,共8页

牡丹皮为我国传统常用中药,安徽省铜陵地区栽培的"凤丹"根皮加工而成的药材牡丹皮被誉为道地药材,药用活性成分丰富多样,但目前尚不清楚"凤丹"药用部位次生代谢过程中活性物质合成的遗传学基础。研究采用Illumina H... 牡丹皮为我国传统常用中药,安徽省铜陵地区栽培的"凤丹"根皮加工而成的药材牡丹皮被誉为道地药材,药用活性成分丰富多样,但目前尚不清楚"凤丹"药用部位次生代谢过程中活性物质合成的遗传学基础。研究采用Illumina Hi Seq 4000高通量测序平台对五年生"凤丹"根皮转录组进行测序,对测序结果进行de novo拼接和功能注释,测序后获得72 997条unigene。进一步利用公共数据库进行同源比对,其中41 139条unigene被Nr数据库成功注释,34 952条unigene能被GO数据库成功注释,20 016条unigene被KEGG数据库成功舒注释,共涉及到5个大类、34个种类、352条代谢通路;在次生物质合成与代谢途径中,其中苯丙素类化合物、萜类化合物骨架合成、各种类型萜类化合物、生物碱类化合物以及黄酮类成分生物合成途径中的unigene分别有214,104,152,55,36个;不同产地样本间差异表达基因的富集性比较显示不同产地样本间存在明显差异;此外,在72 997条unigene中共检测到9 939个SSR序列,其中二核苷酸重复的SSR标记占20.75%。研究的结果不仅为挖掘"凤丹"次生代谢物生物合成关键基因提供了基础数据信息,也为药用牡丹的遗传多样性研究和分子标记开发奠定了分子基础。 展开更多

关键词 牡丹皮 转录组 次生代谢 差异基因 简单重复序列

原文传递

转录组学分析揭示高粱对麦二叉蚜抗性的响应机制 被引量：3

9

作者 王坚强 李慧明 +4 位作者 王林芳 王绘艳 王磊 闫素仙 杨慧勇 《山西农业大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2023年第1期28-36,共9页

[目的]麦二叉蚜是高粱生产过程中引起蚜害的主要优势种群之一,前期研究发现高粱抗蚜种质PI550607在苗期和成株期均抗麦二叉蚜,本研究通过转录组测序技术研究PI550607抗蚜相关基因的调控机制和代谢通路,为高粱蚜虫防控技术研究与抗蚜品... [目的]麦二叉蚜是高粱生产过程中引起蚜害的主要优势种群之一,前期研究发现高粱抗蚜种质PI550607在苗期和成株期均抗麦二叉蚜,本研究通过转录组测序技术研究PI550607抗蚜相关基因的调控机制和代谢通路,为高粱蚜虫防控技术研究与抗蚜品种选育提供理论指导。[方法]以抗蚜品种PI550607为试验材料,室内培养出苗后2周进行人工接蚜,进行对照组0、12 h以及接蚜后12 h采样,提取RNA,进行转录组测序,对测序数据进行生物信息学分析,筛选差异基因,根据差异基因进行基因功能及代谢通路分析。同时,采用qRT-PCR方法对测序结果进行验证。[结果]PI550607对麦二叉蚜表现出较好的抗性。在蚜虫取食12 h后受蚜虫取食诱导的差异表达基因200个,其中上调基因188个,下调基因12个。基因功能注释显示上调表达的基因主要为植物激素代谢途径、苯丙烷类生物合成、类黄酮生物合成、谷胱甘肽代谢相关的基因以及WRKY转录因子,细胞色素P450等基因。GO富集分析显示在188个上调表达基因中有178个基因获得注释,分布于35个注释条目中,其中与植物抗虫相关的过程主要有苯丙烷类生物合成过程、响应生物胁迫以及非生物胁迫的创伤反应过程、防卫反应过程、茉莉酸介导的信号途径、对茉莉酸的反应以及催化活性调节等过程。差异基因KEGG分析结果显示,蚜虫取食12 h的样品与相应对照间差异表达基因大量富集于苯丙烷类生物合成途径、植物激素信号传导途径以及谷胱甘肽代谢途径、类黄酮代谢合成途径、α-亚麻酸代谢途径、氨基酸生物合成以及植物昼夜节律调控等代谢途径中。参与茉莉酸信号通路与类黄酮代谢途径的基因上调表达较多,这两个代谢途径可能在PI550607抗蚜反应中发挥了重要的作用。选取了6个差异表达基因进行qRT-PCR验证,其基因表达数据与测序数据一致。[结论]高粱� 展开更多

关键词 高粱 抗麦二叉蚜 转录组 差异表达基因

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美味牛肝菌子实体三个生长发育阶段转录组分析 被引量：1

10

作者 郭磊 李为兰 +2 位作者 资璐熙 徐柠檬 韩龙 《昭通学院学报》 2023年第5期13-20,共8页

明确美味牛肝菌子实体不同生长发育阶段的基因表达情况,探讨其生长发育过程的品质变化机制。对美味牛肝菌幼嫩子实体、开伞前的成熟子实体及开伞后的成熟子实体及不同组织(菌盖和菌柄)进行转录组测序,对各数据库的基因进行功能注释,对... 明确美味牛肝菌子实体不同生长发育阶段的基因表达情况,探讨其生长发育过程的品质变化机制。对美味牛肝菌幼嫩子实体、开伞前的成熟子实体及开伞后的成熟子实体及不同组织(菌盖和菌柄)进行转录组测序,对各数据库的基因进行功能注释,对差异表达基因也进行了GO功能和KEGG富集分析。GO功能显示了美味牛肝菌开伞前的子实体菌柄和开伞后的成熟子实体菌柄间的差异表达基因主要富集在酮酸代谢、有机酸代谢、羧酸代谢及天冬氨酸家族氨基酸代谢与合成等,它们协同调控为子实体成熟过程中菌柄的生长发育提供稳定的内部环境。KEGG分析表明差异表达基因在2-氧代羧酸代谢、苯丙氨酸、酪氨酸、色氨酸、精氨酸、缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸等氨基酸的合成中被富集,为美味牛肝菌子实体的生长发育提供重要的营养与能量。通过转录组分析发现了美味牛肝菌子实体3个不同生长发育阶段的差异表达基因,为阐释美味牛肝菌子实体生长发育的分子机理奠定一定的理论基础。 展开更多

关键词 美味牛肝菌子实体 生长发育 转录组 差异表达基因

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鸡卵巢组织SSH cDNA文库构建及差异表达基因筛选与初步鉴定 被引量：3

11

作者 包艳波 徐日福 +3 位作者 王志贤 秦宁 杨雨江 姜建萍 《吉林农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期443-449,共7页

为分离与鸡产蛋性能密切相关的重要基因或调控因子,利用抑制性消减杂交技术,以高产蛋鸡品种海兰褐商品代蛋鸡和产蛋量相对较低的地方鸡品种大骨鸡20周龄时的卵巢组织为试验材料,构建消减cDNA文库。文库的插入片段集中在500 bp左右,挑取... 为分离与鸡产蛋性能密切相关的重要基因或调控因子,利用抑制性消减杂交技术,以高产蛋鸡品种海兰褐商品代蛋鸡和产蛋量相对较低的地方鸡品种大骨鸡20周龄时的卵巢组织为试验材料,构建消减cDNA文库。文库的插入片段集中在500 bp左右,挑取720个克隆进行PCR筛选,获得657个阳性克隆,经过点杂交筛选后选择了536个阳性克隆,从中随机挑取100个阳性克隆进行测序。经过同源性比对归并后得到52个差异表达基因,除3个未知基因外,其余涉及到细胞繁殖与代谢调控、卵泡生长发育、钙磷和蛋白质营养代谢调节等多个方面。并对4个可能影响鸡产蛋性能的差异表达基因进行了RT-PCR半定量检测鉴定。 展开更多

关键词 鸡 CDNA文库 卵巢组织 差异表达基因 抑制性消减杂交

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突变肠杆菌株NRS-1中5个草甘膦逆境应答基因的克隆与功能研究

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作者 费云燕 盖钧镒 赵团结 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第8期1690-1698,共9页

【目的】微生物对草甘膦的抗性受复杂的遗传体系调控,涉及靶基因和大量相关调控基因。对肠杆菌属细菌NRS-1突变菌株在高浓度草甘膦逆境下的5个重要差异表达基因进行功能研究,以期深入了解非靶标基因在抗草甘膦微生物的作用特点,为发掘... 【目的】微生物对草甘膦的抗性受复杂的遗传体系调控,涉及靶基因和大量相关调控基因。对肠杆菌属细菌NRS-1突变菌株在高浓度草甘膦逆境下的5个重要差异表达基因进行功能研究,以期深入了解非靶标基因在抗草甘膦微生物的作用特点,为发掘优异基因资源,服务抗草甘膦转基因生物育种提供参考。【方法】NRS-1的差异表达基因可能在蛋白质合成、代谢、细胞膜等水平发挥作用,保护细胞免受高浓度草甘膦逆境,因此分别选取易位酶延伸因子fus A、丁二酸脱氢酶sdh A、胸苷磷酸化酶deo A、鸟氨酸氨甲酰转移酶arg F、周质蛋白osm Y进行克隆,采用大肠杆菌原核表达、转化拟南芥实验研究其功能,并通过细菌双杂及KEGG pathway分析基因间互作特点。【结果】在明确5个基因结构特点基础上,通过大肠杆菌原核表达及转基因拟南芥鉴定,发现这5个基因及草甘膦的靶基因5-烯醇式丙酮莽草酸-3-磷酸合成酶基因aro A对提高2种生物的草甘膦耐性均有不同程度的作用,其中arg F、deo A的抗性较好,与aro A相当,表明在应对草甘膦逆境时,芳香族、含有胸腺嘧啶氨基酸及精氨酸的合成代谢通路可能起重要作用;利用基因互作与KEGG分析发现5个基因与靶基因aro A间形成复杂的调控网络,但无直接的蛋白互作。【结论】NRS-1的5个差异表达基因对草甘膦逆境具有抗性,arg F、deo A优于其他3个基因,其与靶基因aro A间表现复杂的基因互作关系。 展开更多

关键词 肠杆菌 抗草甘膦 差异表达基因 基因互作 调控网络

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