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基于生物信息学筛选早发性乳腺癌差异表达基因
1
作者 牟志公 谢明均 《中华乳腺病杂志（电子版）》 CAS CSCD 2022年第1期6-13,共8页
目的:筛选并分析与早发性乳腺癌发生、发展相关的靶基因。方法:(1)在美国国立生物技术信息中心的公共基因芯片数据库(GEO)中检索早发性乳腺癌样本及非早发性乳腺癌样本相关基因芯片数据。对上述数据使用GEO2R、R4.1.2及Venn软件筛选出... 目的:筛选并分析与早发性乳腺癌发生、发展相关的靶基因。方法:(1)在美国国立生物技术信息中心的公共基因芯片数据库(GEO)中检索早发性乳腺癌样本及非早发性乳腺癌样本相关基因芯片数据。对上述数据使用GEO2R、R4.1.2及Venn软件筛选出相关差异表达基因(DEGs),并运用在线分析工具(Web Gestalt)对DEGs,进行相关功能和信号通路富集分析。(2)同时,通过String在线数据库构建DEGs编码的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并利用Cytohubba插件对该网络中的基因进行评分,筛选出枢纽基因。将枢纽基因导入Kaplan-Meier生存分析工具(Kaplan-Meier Plotter),评估枢纽基因在早发性乳腺癌的预后价值。(3)将肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中的肿瘤组织以年龄为标准进行分组,分析枢纽基因在各年龄组中的表达,并与正常组织中的表达进行比较,对得到的枢纽基因进行验证。DEGs表达量的多组间比较使用Kruskal-Wallis H检验,使用Bonferroni法进行两两比较。结果:(1)筛选出编号为GSE89116、GSE109169、GSE36295的基因芯片数据集,共得到80个差异表达基因,其中上调差异表达基因17个,下调差异表达基因63个。富集分析显示:DEGs主要富集在脂质代谢和氧化还原过程以及PPAR信号通路、AMPK信号通路上。(2)在PPI中发现主要的关键基因为PPARG、ADIPOQ、LIPE、PCK1、PDK4、ACACB、PLIN1、CAV1、CD36、ANGPTL4。ACACB、ADIPOQ、CAV1、LIPE、PLIN1、PPARG基因的低表达与乳腺癌患者的不良OS相关(HR=0.69、0.84、0.76、0.88、0.78、0.82;95%CI:0.59~0.80、0.76~0.93、0.67~0.83、0.79~0.97、0.70~0.86、0.73~0.90;P均<0.050)。(3)ACACB、ADIPOQ、LIPE、PLIN1、CAV1及PPARG这6个与预后相关的基因在正常组织中的表达量均远高于各年龄组肿瘤组织中的表达量(χ^(2)=104.03、179.57、161.85、189.87、118.56、103.62,P均<0.001),早发性乳腺癌组(21~40岁)的LIPE、PLIN1表达量低于41~60岁、61~80岁年龄组,� 展开更多
关键词 乳腺肿瘤 生物信息学 差异表达基因
原文传递
生物信息学分析患有乳腺癌的乳腺球样本中与自我更新相关的关键基因
2
作者 臧卫东 《上海医药》 CAS 2018年第1期76-80,共5页
目的:通过生物信息学分析乳腺癌中具有自更新能力的乳腺球样本,挖掘与自更新能力有关的关键基因,为乳腺癌治疗提供基础和理论依据。方法:首先通过比较原位乳腺癌样本(breast cancer,BC)与乳腺癌的乳腺球样本(mammosphere samples,MS)的m... 目的:通过生物信息学分析乳腺癌中具有自更新能力的乳腺球样本,挖掘与自更新能力有关的关键基因,为乳腺癌治疗提供基础和理论依据。方法:首先通过比较原位乳腺癌样本(breast cancer,BC)与乳腺癌的乳腺球样本(mammosphere samples,MS)的m RNA芯片表达数据,获得差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。随后构建DEGs的蛋白与蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,并从中筛选出一个高度关联的子网络,最后对子网络进行功能富集分析。结果:MS和BC两组样本间共有1 083个DEGs。从这些DEGs构建得到的PPI网络中,获得了一个包含49个DEGs的高度关联的子网络,其中tspo、igf1、fn1和cdk1为子网络的核心基因。结论:这些核心基因可能是乳腺癌细胞中与自更新相关的基因。 展开更多
关键词 乳腺癌 乳腺球 自我更新 差异表达基因 蛋白与蛋白相互作用网络
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