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三类整合酶基因(intⅠ)的简并引物PCR方法建立及应用 被引量:18
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作者 李心晖 石磊 +4 位作者 杨维青 曹以诚 张宏梅 尹晓琳 郑美萍 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期156-160,共5页
目的 建立一种筛选第一、二和三类整合酶基因 (intⅠ )的简并引物PCR方法 ,并对临床菌株进行整合子筛选和分类。方法 用梯度PCR方法确定PCR反应的最适退火温度 ,并对 1 6株临床标本进行PCR扩增 ,通过对阳性PCR扩增产物的限制性内切酶... 目的 建立一种筛选第一、二和三类整合酶基因 (intⅠ )的简并引物PCR方法 ,并对临床菌株进行整合子筛选和分类。方法 用梯度PCR方法确定PCR反应的最适退火温度 ,并对 1 6株临床标本进行PCR扩增 ,通过对阳性PCR扩增产物的限制性内切酶分析进行整合子分类。结果 根据梯度PCR结果确定最适退火温度为 4 6℃。应用简并引物PCR法检测 1 6株临床分离株 ,其中 8株阳性 ,经酶切分类后确定其中 4株只含有第一类整合酶基因 ,有 3株含有第二类整合酶基因 ,1株同时含有第一类和第二类整合酶基因。结论 建立了一种同时筛选第一、二和三类整合子的方法 ,实际检测显示其可行性 ,为全面细致研究整合子介导的细菌耐药提供了一种快速、简便的方法。 展开更多
关键词 简并引物PCR 酶基因 方法建立 限制性内切酶分析 PCR扩增产物 PCR方法 PCR法检测 退火温度 PCR反应 梯度PCR 临床分离株 整合子 临床菌株 临床标本 细菌耐药 筛选 阳性
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简并引物的程序化设计与荔枝HMGR基因片段的克隆 被引量:16
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作者 夏瑞 陆旺金 +1 位作者 李建国 杜娟 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期903-906,共4页
主要介绍了利用NCBI、DDBJ、Blockmaker、CodeHop和Oligo6.0等数据库和生物软件进行简并引物设计的方法。利用设计的6对简并引物进行RT-PCR,从荔枝(LitchichinensisSonn.)果实中克隆到2个长度分别为510bp和582bp的cDNA片段。通过Blastx... 主要介绍了利用NCBI、DDBJ、Blockmaker、CodeHop和Oligo6.0等数据库和生物软件进行简并引物设计的方法。利用设计的6对简并引物进行RT-PCR,从荔枝(LitchichinensisSonn.)果实中克隆到2个长度分别为510bp和582bp的cDNA片段。通过Blastx检索Genbank进行同源性比对后,发现2片段都与其它植物的HMGR基因具有较高的氨基酸序列同源性。研究表明,该程序化设计的简并引物可信性强,阳性率高,能迅速得到满意结果。 展开更多
关键词 荔枝 间并引物 程序化设计 HMGR基因 克隆
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小桐子甘油-3-磷酸酰基转移酶(JcGPAT)cDNA的克隆与序列分析 被引量:12
3
作者 张楠 徐荣华 +1 位作者 刘小烛 刘爱忠 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期181-188,共8页
甘油-3-磷酸酰基转移酶是植物生物合成储存油脂过程中的关键酶,对油料作物种子含油量具有重要的限制作用。本研究以植物甘油-3-磷酸酰基转移酶同源基因的保守区域序列为基础,设计简并引物,结合RACE技术,从能源植物小桐子种子中克隆获得J... 甘油-3-磷酸酰基转移酶是植物生物合成储存油脂过程中的关键酶,对油料作物种子含油量具有重要的限制作用。本研究以植物甘油-3-磷酸酰基转移酶同源基因的保守区域序列为基础,设计简并引物,结合RACE技术,从能源植物小桐子种子中克隆获得JcGPAT基因的cDNA全长序列(GenBank登录号HQ395225)。JcGPAT cDNA核苷酸序列长度为1672bp,开放阅读框为1125bp,编码375个氨基酸。该基因具有明显的GPAT基因结构域,其编码的氨基酸序列与油桐、蓖麻等植物具有很高的同源性。RT-PCR表达分析表明,该基因在小桐子发育的种子、叶、根尖等多个组织表达。 展开更多
关键词 小桐子 GPAT 简并引物 基因克隆 表达分析
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利用生物信息学资源设计简并引物 被引量:8
4
作者 王少峡 陈丽媛 +1 位作者 张竞秋 王振英 《天津师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2006年第2期26-29,共4页
根据已知序列设计简并引物以分离基因家族内的其他新成员,是发现新基因的一条捷径.介绍了利用生物信息学资源设计简并引物的各个步骤:利用在线服务滚动式搜索家族所有成员序列;对家族成员序列进行多序列对比;确定合适的保守区域;利用专... 根据已知序列设计简并引物以分离基因家族内的其他新成员,是发现新基因的一条捷径.介绍了利用生物信息学资源设计简并引物的各个步骤:利用在线服务滚动式搜索家族所有成员序列;对家族成员序列进行多序列对比;确定合适的保守区域;利用专业软件设计引物;并对引物进行修饰等. 展开更多
关键词 生物信息学 简并引物 基因家族
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应用特异引物和简并引物检测百合斑驳病毒 被引量:8
5
作者 丁元明 王继华 +1 位作者 刘忠善 陆琳 《植物检疫》 北大核心 2004年第3期134-137,共4页
应用特异引物和简并引物对百合斑驳病毒 (LMoV)进行RT PCR检测。结果表明 ,特异引物和简并引物均能从LMoV感病百合组织中扩增出与预期大小一致的目标片段 ,而健康组织无此扩增产物 ,简并引物还能从感染TBV的郁金香病叶中扩增出目标片段... 应用特异引物和简并引物对百合斑驳病毒 (LMoV)进行RT PCR检测。结果表明 ,特异引物和简并引物均能从LMoV感病百合组织中扩增出与预期大小一致的目标片段 ,而健康组织无此扩增产物 ,简并引物还能从感染TBV的郁金香病叶中扩增出目标片段。将感染LMoV组织总RNA以 1 0倍梯度稀释成不同浓度检测 ,特异引物检测的灵敏度为 1 0 -4 ,简并引物的灵敏度为 1 0 -3 。对特异引物的PCR产物进行克隆和测序 ,序列分析表明与LMoV不同分离物的序列同源性为 90 %~ 99% ,说明采用本研究确定的方法检测百合斑驳病毒结果准确可靠。 展开更多
关键词 百合斑驳病毒 RT-PCR 特异引物 简并引物 马铃薯Y病毒属
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冷诱导下毛百合甘油-3-磷酸酰基转移酶活性变化及其基因保守区的克隆 被引量:8
6
作者 陈丽静 葛菱 +5 位作者 李浩戈 郭志富 张丽 党晓璇 陶承光 李天来 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2011年第5期34-39,共6页
探讨了野生毛百合甘油-3-磷酸酰基转移酶活性在冷胁迫下的变化,用简并引物扩增了甘油-3-磷酸酰基转移酶基因保守区序列的结果表明,该保守区段长744 bp,推测编码247个氨基酸。在GPAT氨基酸序列中存在1个高度保守的区域(WIAPSGGRDRP),在N... 探讨了野生毛百合甘油-3-磷酸酰基转移酶活性在冷胁迫下的变化,用简并引物扩增了甘油-3-磷酸酰基转移酶基因保守区序列的结果表明,该保守区段长744 bp,推测编码247个氨基酸。在GPAT氨基酸序列中存在1个高度保守的区域(WIAPSGGRDRP),在NCBI上经过BLASTp比对分析,发现这段保守区序列为LPLAT基因超级家族酶类的催化活性区,此家族多为催化酰基辅酶A(acylCoAs)或者酰基载体蛋白(acylACPs)中的酰基与受体蛋白结合的酰基转移酶类。此序列Genbank登录号为HQ654523。 展开更多
关键词 毛百合 冷诱导 甘油-3-磷酸酰基转移酶(GPAT) 简并引物 保守区 同源性
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盐胁迫下朝鲜碱茅的甜菜碱醛脱氢酶活性变化及其基因保守区的克隆 被引量:8
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作者 杨铮 钟鸣 +2 位作者 郭志富 李丽 陈罡 《植物生理学通讯》 CSCD 北大核心 2007年第3期430-434,共5页
文章探讨了朝鲜碱茅甜菜碱醛脱氢酶活性在盐胁迫下的变化,用简并引物扩增了甜菜碱醛脱氢酶基因保守区序列的结果表明,该保守区段长438 bp,推测编码145个氨基酸,包括醛脱氢酶高度保守序列V[T/S]LELGGKSP和其后29位与酶功能有关的Cys。此... 文章探讨了朝鲜碱茅甜菜碱醛脱氢酶活性在盐胁迫下的变化,用简并引物扩增了甜菜碱醛脱氢酶基因保守区序列的结果表明,该保守区段长438 bp,推测编码145个氨基酸,包括醛脱氢酶高度保守序列V[T/S]LELGGKSP和其后29位与酶功能有关的Cys。此序列Genbank登录号为EF095710。 展开更多
关键词 朝鲜碱茅 盐胁迫 甜菜碱醛脱氢酶(BADH) 简并引物 保守区 同源性
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简并PCR技术在疾病检测中的应用
8
作者 刘敏 程淮 +2 位作者 蔡欢嫦 张贺伟 任静强 《生物技术进展》 2024年第4期545-554,共10页
普通PCR引物对目的基因扩增的单一特异性,限制了其在临床疾病检测中的通用性范围,而多重PCR需要避免若干引物对之间二级结构的干扰,应用同样受到一定的限制。简并PCR技术中简并性引物是基于基因保守区域的分析并结合简并碱基而设计,可... 普通PCR引物对目的基因扩增的单一特异性,限制了其在临床疾病检测中的通用性范围,而多重PCR需要避免若干引物对之间二级结构的干扰,应用同样受到一定的限制。简并PCR技术中简并性引物是基于基因保守区域的分析并结合简并碱基而设计,可以检测出高度相似的靶基因,具有高效性、灵敏性、特异性和低成本的特点,目前已被广泛应用于多个领域。综述了简并PCR技术在临床、食品安全、动植物疫病、寄生虫、水产养殖等领域疾病检测中的应用,并对其优缺点进行了讨论,以期为简并PCR的进一步发展以及在其他领域的应用提供参考和指导。 展开更多
关键词 PCR技术 简并PCR 简并性引物 疾病检测
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海南地区番木瓜畸形花叶病毒的发现与鉴定 被引量:5
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作者 杨勇 庹德财 +3 位作者 沈文涛 言普 黎小瑛 周鹏 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2013年第12期2442-2445,共4页
利用马铃薯Y病毒属的简并引物对3个海南感病番木瓜植株的叶片进行RT-PCR检测,并将其克隆到T载体上进行测序和BLAST分析.结果表明:均获得了大小约1 700 bp的特异性条带,与预期大小基本一致;所得序列与GenBank中收录的番木瓜畸形花叶病毒... 利用马铃薯Y病毒属的简并引物对3个海南感病番木瓜植株的叶片进行RT-PCR检测,并将其克隆到T载体上进行测序和BLAST分析.结果表明:均获得了大小约1 700 bp的特异性条带,与预期大小基本一致;所得序列与GenBank中收录的番木瓜畸形花叶病毒(Papaya leaf distortionmosaicvirus,PLDMV)基因序列相似性达到88%~96%,序列包含部分NIb蛋白基因、外壳蛋白(CP)基因和3’端非编码区.这是首次报道在中国海南地区发现番木瓜感染了PLDMV.但是仅基于PLDMV外壳蛋白基因的系统进化分析结果还不足以证明在海南发现的PLDMV与其他地区的某一PLDMV株系为同一进化簇. 展开更多
关键词 番木瓜 简并引物 PLDMV 系统进化树
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日本结缕草(Zoysia japonica)磷脂酶D基因部分保守序列的克隆及其对机械损伤的响应 被引量:4
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作者 李亚超 王玉玲 +3 位作者 朱晨 钟天秀 谢琦 曾会明 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第24期130-133,141,共5页
以日本结缕草Zenith为材料,通过同源克隆的方法克隆出其磷脂酶D(PLD)基因部分保守序列,序列长399 bp,并通过实时荧光定量PCR检测PLD基因在机械损伤胁迫下随时间变化的表达模式。结果表明,磷脂酶D在胁迫2 h内大量表达,随后逐渐降低,在9 ... 以日本结缕草Zenith为材料,通过同源克隆的方法克隆出其磷脂酶D(PLD)基因部分保守序列,序列长399 bp,并通过实时荧光定量PCR检测PLD基因在机械损伤胁迫下随时间变化的表达模式。结果表明,磷脂酶D在胁迫2 h内大量表达,随后逐渐降低,在9 h已接近于对照水平,说明PLD基因在损伤初期大量参与了应对机械损伤胁迫的防御与修复过程,在损伤后期其作用减弱或被代替;电导率的测定结果表明,细胞膜结构在胁迫初期遭到极大程度的破坏,胁迫9 h后膜损伤程度开始减轻。结合PLD基因和电导率的表达模式,推测PLD基因在6 h内会激活一系列感受信号及下游信号分子,9 h后其相应防御机制发挥作用来减轻胁迫造成的损害。 展开更多
关键词 日本结缕草 磷脂酶D(PLD)基因 简并引物 克隆 机械损伤 定量表达
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应用简并引物RT-PCR扩增锌指结构域筛选新基因 被引量:1
11
作者 杜占文 张俊武 《中国医学科学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第3期281-284,共4页
目的 应用简并引物RT-PCR扩增并克隆TF-ⅢA型锌指蛋白基因表达序列标签(EST),以最终获得新的锌指蛋白基因。方法分别用TPA和Hemin诱导人红白血病(HEL)细胞,提取总RNA。根据TF-ⅢA型锌指蛋白保守序列设计简并引物,并以之进行RT-PC... 目的 应用简并引物RT-PCR扩增并克隆TF-ⅢA型锌指蛋白基因表达序列标签(EST),以最终获得新的锌指蛋白基因。方法分别用TPA和Hemin诱导人红白血病(HEL)细胞,提取总RNA。根据TF-ⅢA型锌指蛋白保守序列设计简并引物,并以之进行RT-PCR扩增,然后将其克隆到pGEM-T easy载体中测序,应用DNAsis软件分析序列并通过GenBank blast进行序列比较。结果克隆并测序了30个扩增片段,22个是锌指蛋白基因的EST,其中17个是新的锌指蛋白基因EST。结论应用简并引物RT-PCR克隆一些具有保守氨基酸顺序结构域的蛋白基因EST是可行的,并具有简便、高效等优点。此外,还可有目的地克隆一些具有重要功能结构域的蛋白质基因。 展开更多
关键词 锌指蛋白 简并引物 RT-PCR 基因克隆 造血细胞分化
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基于宏基因组学方法挖掘新型α-L-鼠李糖苷酶资源 被引量:4
12
作者 梁跃斌 李彬春 李艳琴 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期66-72,共7页
α-L-鼠李糖苷酶是特异性切割末端含α-L-鼠李糖的天然化合物的一类糖苷水解酶,该酶在食品、医药、化学等行业都有广泛的应用。本研究旨在利用保守氨基酸基序结合PCR驱动的宏基因组学方法,从提取的健康人体粪便宏基因组DNA中获得新型细... α-L-鼠李糖苷酶是特异性切割末端含α-L-鼠李糖的天然化合物的一类糖苷水解酶,该酶在食品、医药、化学等行业都有广泛的应用。本研究旨在利用保守氨基酸基序结合PCR驱动的宏基因组学方法,从提取的健康人体粪便宏基因组DNA中获得新型细菌源α-L-鼠李糖苷酶基因。通过对CAZy数据库GH78家族中193条细菌源α-L-鼠李糖苷酶氨基酸序列进行多重序列比对,首次将α-L-鼠李糖苷酶家族分为3个亚家族,并确定了其中两个亚家族的两对保守氨基酸基序。基于保守基序氨基酸序列设计简并引物,PCR扩增保守基序间基因片段,对PCR产物克隆测序,结果获得12条α-L-鼠李糖苷酶基因片段,对其编码的氨基酸序列在Gen Bank数据库进行Blast序列比对,其中两条基因片段的氨基酸序列一致性仅为52%,一条为73%,其余9条在94%以上。根据Gen Bank数据库中序列一致性94%以上片段对应全长基因序列设计上下游引物,以人体粪便宏基因组DNA为模板,扩增获得3条α-L-鼠李糖苷酶全长基因,并将其克隆于载体p ET-28a,在E.coli BL21(DE3)内进行异源表达,目的蛋白多以包涵体形式存在于沉淀中,少量以可溶性形式存在于上清中。人体肠道细菌宏基因组为新型α-L-鼠李糖苷酶基因发现提供了潜在的基因资源库,基于保守氨基酸基序驱动的宏基因组学方法,从人体肠道以及环境宏基因组中直接获取新酶基因是可行的。 展开更多
关键词 α-L-鼠李糖苷酶 肠道细菌 宏基因组 保守氨基酸基序 简并引物
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同时检测豇豆花叶病毒属与蚕豆病毒属病毒的通用RT-PCR检测方法 被引量:3
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作者 叶志红 廖富荣 +5 位作者 郭木金 方志鹏 陈青 陈红运 林石明 林毅 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第8期1527-1537,共11页
【目的】建立一个可同时检测豇豆花叶病毒属(Comovirus)和蚕豆病毒属(Fabavirus)病毒的通用RT-PCR检测方法。【方法】通过基因组序列的多重比对分析,在其保守区域设计简并引物,用于这2个病毒属病毒的通用RT-PCR检测,并进行灵敏性、特异... 【目的】建立一个可同时检测豇豆花叶病毒属(Comovirus)和蚕豆病毒属(Fabavirus)病毒的通用RT-PCR检测方法。【方法】通过基因组序列的多重比对分析,在其保守区域设计简并引物,用于这2个病毒属病毒的通用RT-PCR检测,并进行灵敏性、特异性试验。为便于PCR产物直接测序,在简并引物中引入通用测序引物(RV-M和M13-47),并通过序列分析对病毒种类鉴定。利用该方法对来自福建柘荣的太子参病毒进行检测验证。【结果】设计一对简并引物,建立了一个用于扩增豇豆花叶病毒属和蚕豆病毒属病毒部分依赖于RNA的RNA聚合酶(Rd Rp)基因的通用RT-PCR方法。该方法成功用于检测安第斯马铃薯斑驳病毒(Ap Mo V)、蚕豆染色病毒(BBSV)、蚕豆真花叶病毒(BBTMV)、菜豆荚斑驳病毒(BPMV)、豇豆花叶病毒(CPMV)、豇豆重花叶病毒(CPSMV)、南瓜花叶病毒(Sq MV)、红三叶草斑驳病毒(RCMV)和萝卜花叶病毒(Ra MV)9种豇豆花叶病毒属病毒;蚕豆萎蔫病毒1号(BBWV1)、蚕豆萎蔫病毒2号(BBWV2)2种蚕豆病毒属病毒共计17个分离物,而不能与同亚科的线虫传多面体病毒属病毒及健康寄主植物反应,显示出良好的广谱性和特异性。在简并引物的5′端分别加入一段非互补的通用测序引物序列(RV-M和M13-47),不仅可以利用该通用测序引物进行PCR产物直接测序,而且检测灵敏度可以提高10—100倍。序列及系统发育分析表明,所扩增的序列可以把豇豆花叶病毒属和蚕豆病毒属病毒区分到种的水平。利用该方法测定了BBSV的部分Rd Rp基因序列,显示出与RCMV具有最近的亲缘关系。利用该方法在太子参中检出BBWV2。【结论】建立的通用RT-PCR方法可用于豇豆花叶病毒属和蚕豆病毒属病毒的广谱性检测,结合序列可进行病毒种类的快速鉴定,并且可能用于新病毒种类的检测鉴定。 展开更多
关键词 豇豆花叶病毒属 蚕豆病毒属 简并引物 RT-PCR 检测鉴定
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简并引物法克隆保加利亚乳杆菌β-N-乙酰氨基己糖苷酶基因 被引量:3
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作者 崔文明 刘鹭 +3 位作者 张书文 逄晓阳 李红娟 吕加平 《食品科学技术学报》 CAS 2013年第1期33-37,共5页
β-N-乙酰氨基己糖苷酶(β-Hexcase)在细菌、植物和动物中广泛存在,具有典型的外切酶活性并可以催化切除β-N-乙酰氨基己糖的非还原性氨基己糖残基,在细菌细胞分裂中具有重要作用.选取与保加利亚乳杆菌LJJ亲缘关系近的菌种的β-N-乙酰... β-N-乙酰氨基己糖苷酶(β-Hexcase)在细菌、植物和动物中广泛存在,具有典型的外切酶活性并可以催化切除β-N-乙酰氨基己糖的非还原性氨基己糖残基,在细菌细胞分裂中具有重要作用.选取与保加利亚乳杆菌LJJ亲缘关系近的菌种的β-N-乙酰氨基己糖苷酶蛋白序列,利用ICO-DEHOP和CODEHOP在线简并引物设计软件设计β-Hexcase简并引物,选取Hex1-f和Hex1-r引物对,以LJJ基因组DNA为模板经PCR扩增得到614 bp产物.PCR产物连接pGEM-T质粒载体后克隆至大肠杆菌DH5α中,筛选阳性克隆提取质粒进行测序.测序结果显示产物长度为614 bp,该DNA序列经blastx比对发现与其他已知β-Hexcase基因具有相似性,表明所克隆的序列即为LJJβ-Hexcase的基因片段.β-N-乙酰氨基己糖苷酶基因的获得为进一步研究β-N-乙酰氨基己糖苷酶与保加利亚乳杆菌自溶的关系奠定了基础. 展开更多
关键词 保加利亚乳杆 N-乙酰氨基己糖苷酶 简并引物
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斑茅cDNA中抗病基因同源序列的分离和表达特性分析(英文) 被引量:3
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作者 阙友雄 许莉萍 +3 位作者 林剑伟 徐景升 张木清 陈如凯 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第11期2022-2028,共7页
植物抗病基因具有一些特定的保守结构域。本研究根据已知植物同源抗病基因(RGAs)保守序列设计简并引物,从甘蔗近缘植物斑茅的cDNA中扩增出6条抗病基因同源序列,它们在NCBI上登录号分别为EU685835、EU685836、EU685837、EU685838、EU685... 植物抗病基因具有一些特定的保守结构域。本研究根据已知植物同源抗病基因(RGAs)保守序列设计简并引物,从甘蔗近缘植物斑茅的cDNA中扩增出6条抗病基因同源序列,它们在NCBI上登录号分别为EU685835、EU685836、EU685837、EU685838、EU685839和EU685840。序列分析表明,这些RGAs均含有典型的NBS-LRR类抗病基因保守结构域P-loop、kinase-2a、kinase-3a和疏水结构域(hydrophobicdomain,HD)。氨基酸序列的同源性比对表明,6条RGAs序列同11条参试的抗病基因之间的同源性为8.3%~93.0%,而6条RGAs之间的氨基酸序列同源为30.5%~45.6%。另外,本实验所克隆的6条斑茅抗病基因同源序列中,kinase-2(LLVLDDVW/D)最后一个氨基酸皆为色氨酸,推测所克隆的NBS-LRR类抗病基因都属于non-TIR-NBS-LRR类。定量PCR分析表明,6条斑茅抗病基因同源序列在根、茎和叶片中组成型表达,同时这些抗病基因同源序列的表达会受外源信号分子水杨酸和过氧化氢的上调作用,可能在斑茅的抗病性中具有一定的作用。 展开更多
关键词 斑茅 抗病基因同源序列 简并引物 定量PCR
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不同基因型草鱼呼肠孤病毒通用RT-PCR检测方法的建立及应用 被引量:2
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作者 范玉顶 马杰 +3 位作者 周勇 江南 刘文枝 曾令兵 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2018年第6期9-16,共8页
根据Gen Bank登录的草鱼呼肠孤病毒(grass carp reovirus,GCRV)不同基因型毒株编码VP2蛋白的S2节段保守序列,设计1对简并引物,通过优化反应条件及灵敏度和特异性评价,建立了一种能同时检测三种基因型GCRV的通用RT-PCR检测方法。结果显示... 根据Gen Bank登录的草鱼呼肠孤病毒(grass carp reovirus,GCRV)不同基因型毒株编码VP2蛋白的S2节段保守序列,设计1对简并引物,通过优化反应条件及灵敏度和特异性评价,建立了一种能同时检测三种基因型GCRV的通用RT-PCR检测方法。结果显示:该方法在三种基因型GCRV中均扩增出大小约590 bp的特异性条带;灵敏度试验结果显示,该方法对于I、Ⅱ、Ⅲ型GCRV的检测限分别为380、250和380拷贝/μL。该方法可特异性地检测目前已知的三种基因型GCRV,而在大鲵虹彩病毒(GSIV)、锦鲤疱疹病毒(KHV)、鲤疱疹病毒Ⅱ型(Cy HV-2)、鲤春病毒血症病毒(SVCV)和传染性脾肾坏死病毒(ISKNV)中无扩增产物。利用该方法检测49份草鱼出血病疑似样品,结果显示均为GCRV阳性,其中I型阳性率为8. 2%,Ⅱ型阳性率为85. 7%,Ⅲ型阳性率为2%,I、Ⅱ型混合感染阳性率为4. 1%,其他类型的混合感染未检测到。结果表明,本研究建立的针对I、Ⅱ和Ⅲ型GCRV的RT-PCR检测方法具有通用性好、省时高效的突出特点,同时还兼具较高的灵敏度和特异性。 展开更多
关键词 不同基因型草鱼呼肠孤病毒 简并引物 RT-PCR VP2蛋白 快速检测
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甘薯WRKY基因家族序列的分离与鉴定 被引量:2
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作者 王连军 雷剑 +1 位作者 苏文瑾 杨新笋 《湖北农业科学》 北大核心 2013年第17期4241-4244,共4页
根据WRKY基因家族序列的保守区域设计简并引物,从甘薯(Ipomoea batatas L.)品种徐薯18中扩增出WRKY基因家族,经克隆、测序后得到15条WRKY基因家族序列,其编码的氨基酸序列包含有WRKY基因家族所具有保守的WRKYGQ和TTYEGKH(T/N/S/G/A/D)(H... 根据WRKY基因家族序列的保守区域设计简并引物,从甘薯(Ipomoea batatas L.)品种徐薯18中扩增出WRKY基因家族,经克隆、测序后得到15条WRKY基因家族序列,其编码的氨基酸序列包含有WRKY基因家族所具有保守的WRKYGQ和TTYEGKH(T/N/S/G/A/D)(H/Q)区。对甘薯WRKY基因家族氨基酸序列与部分植物WRKY基因家族氨基酸序列进行聚类分析,发现其聚为5类,相似性较高,推测各类中相似性较高的序列分别属于同一个基因家族。 展开更多
关键词 甘薯(Ipomoea BATATAS L.) WRKY基因家族 简并引物 分离 鉴定
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小麦白粉病广抗基因筛选新方法初步研究 被引量:2
18
作者 张胜利 李东方 刘宏伟 《作物杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期50-52,共3页
小麦白粉病是严重影响小麦生产的病害,培育抗病品种是防治小麦白粉病的最经济、有效的方法。为了探索白粉病广抗基因快速有效筛选及利用的新方法,根据MLO蛋白的跨膜保守结构域设计兼并引物,以24个抗性不同的小麦材料的基因组DNA为模板通... 小麦白粉病是严重影响小麦生产的病害,培育抗病品种是防治小麦白粉病的最经济、有效的方法。为了探索白粉病广抗基因快速有效筛选及利用的新方法,根据MLO蛋白的跨膜保守结构域设计兼并引物,以24个抗性不同的小麦材料的基因组DNA为模板通过PCR扩增进行研究。结果表明:本研究设计的兼并引物扩增效率可以达到95.8%(23/24),除5号材料外其余的小麦材料都能扩增出多条DNA片段。本研究所设计的兼并引物扩增效率高,但由于扩增条带不唯一,需要进一步优化扩增条件减少非特异扩增,为下游转化、克隆及进一步筛选广抗基因奠定良好基础。 展开更多
关键词 小麦 白粉病 广抗基因 兼并引物
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多序列比对在克隆表达一株未知芽孢杆菌角蛋白酶基因中的应用 被引量:2
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作者 蒋少龙 郭依依 蔡俊 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2019年第24期74-81,87,共9页
为克隆表达一株未知芽孢杆菌的角蛋白酶基因,本文对芽孢杆菌属来源的13个角蛋白酶基因进行了分类比对,并设计简并引物,成功筛选出一株未知芽孢杆菌的角蛋白酶基因,在大肠杆菌中克隆表达,最后通过SDS-PAGE(sodium dodecyl sulfate-polyac... 为克隆表达一株未知芽孢杆菌的角蛋白酶基因,本文对芽孢杆菌属来源的13个角蛋白酶基因进行了分类比对,并设计简并引物,成功筛选出一株未知芽孢杆菌的角蛋白酶基因,在大肠杆菌中克隆表达,最后通过SDS-PAGE(sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis)分析和酶活测定验证表达成功,同时还确立重组大肠杆菌BL21(pET-28a-Ker)的最佳诱导温度为20℃,经过0.5 mmol/L IPTG(isopropylthio-galactoside)诱导16 h后,粗酶液中的角蛋白酶酶活达到389.7 U/mL。本文证明了通过多序列比对而设计的角蛋白酶简并引物的有效性,且该方法能够简化角蛋白酶的研究和开发。 展开更多
关键词 多序列比对 角蛋白酶 芽孢杆菌 简并引物
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Cloning of Na^+/H^+ antiport gene from Dunaliella salina
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作者 KONG Fanjing CHEN Susu 《Acta Geologica Sinica(English Edition)》 SCIE CAS CSCD 2014年第S1期78-79,共2页
1 Introduction Dunaliella Salina,which taxi Dunaliella,Volvocales,Chlorophyceae Chlorophyta,is unicell algae with double flagllum at top,and cup shaped chloroplast without cell wall.Dunaliella Salina is the most salt ... 1 Introduction Dunaliella Salina,which taxi Dunaliella,Volvocales,Chlorophyceae Chlorophyta,is unicell algae with double flagllum at top,and cup shaped chloroplast without cell wall.Dunaliella Salina is the most salt tolerance eucaryotes.It can grow at the range of salt concentration 展开更多
关键词 Dunaliella.Salina Na+/H+ antiport gene gene cloning degenerate primers RT-PCR.
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