嗜群血蜱和长角血蜱ITS-2、COⅠ和COⅡ基因序列变异与亲缘关系分析 被引量：15

1

作者 古小彬 余增莹 +4 位作者 杨光友 孙家刚 魏洪 李开均 王淑贤 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期746-754,共9页

本研究旨在阐明长角血蜱与嗜群血蜱间的亲缘关系。采用聚合酶链式反应(PCR)技术从长角血蜱和嗜群血蜱基因组DNA中扩增得到核糖体第二内部转录间隔区基因(ITS-2)片段、线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)片段和线粒体细胞色素氧化酶亚... 本研究旨在阐明长角血蜱与嗜群血蜱间的亲缘关系。采用聚合酶链式反应(PCR)技术从长角血蜱和嗜群血蜱基因组DNA中扩增得到核糖体第二内部转录间隔区基因(ITS-2)片段、线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)片段和线粒体细胞色素氧化酶亚基II基因(COⅡ)片段,并进行测序,进而分析其基因变异与系统发育。结果表明,长角血蜱和嗜群血蜱的ITS-2、COⅠ和COⅡ基因片段的大小存在差异,长角血蜱3种基因分别为361、479和647bp,嗜群血蜱基因分别为354、474和661bp。长角血蜱与嗜群血蜱间ITS-2、COⅠ和COⅡ基因的相似性分别为84.2%、89.0%和88.4%。以3种基因构建的NJ进化树中,长角血蜱和嗜群血蜱均聚类。因此,认为长角血蜱和嗜群血蜱间ITS-2、COI和COII基因间变异较小,它们是血蜱属中亲缘关系较近的2个有效种,支持传统形态学的分类地位。 展开更多

关键词 长角血蜱 嗜群血蜱 ITS-2 coⅠ coⅱ 序列变异 亲缘关系

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西红花酸对阿霉素所致大鼠心肌线粒体损伤的影响 被引量：7

2

作者 李文娜 钱之玉 《中国临床药理学与治疗学》 CAS CSCD 2005年第7期764-767,共4页

目的:研究西红花酸对阿霉素所致大鼠心肌线粒体损伤的保护作用。方法:建立阿霉素致大鼠心脏毒性模型,观察西红花酸对心肌线粒体膜电位、线粒体DNA断裂程度、细胞色素C氧化酶活性及其亚基IImRNA表达的影响;测定心肌线粒体超氧阴离子含量... 目的:研究西红花酸对阿霉素所致大鼠心肌线粒体损伤的保护作用。方法:建立阿霉素致大鼠心脏毒性模型,观察西红花酸对心肌线粒体膜电位、线粒体DNA断裂程度、细胞色素C氧化酶活性及其亚基IImRNA表达的影响;测定心肌线粒体超氧阴离子含量及谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-PX)活性。结果:与模型组相比,西红花酸可明显升高线粒体膜电位,降低线粒体DNA断裂程度,提高细胞色素C氧化酶活性及其亚基IImRNA表达水平,显著降低心肌线粒体超氧阴离子含量,提高GSH-PX活性。结论:西红花酸能明显减轻阿霉素所致大鼠心肌线粒体损伤。 展开更多

关键词 西红花酸 阿霉素 线粒体 细胞色素c氧 化酶亚基ⅱ(coⅱ)

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抗霉素A抑制PC12细胞线粒体COⅡ基因表达 被引量：6

3

作者 邱小忠 欧阳钧 +5 位作者 余磊 张黎声 陆云涛 陈瑗 周玫 钟世镇 《神经解剖学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第2期167-170,共4页

采用不同浓度的抗霉素 A(一种能提高线粒体内活性氧水平的线粒体抑制剂 )处理 PC12细胞 ,利用血细胞计数、台盼蓝排除法以及 MTT法进行细胞活性检测。实验证明 ,当抗霉素 A的浓度达到 15 0 μmol/L时 ,PC12细胞开始出现损伤 ;进一步采用... 采用不同浓度的抗霉素 A(一种能提高线粒体内活性氧水平的线粒体抑制剂 )处理 PC12细胞 ,利用血细胞计数、台盼蓝排除法以及 MTT法进行细胞活性检测。实验证明 ,当抗霉素 A的浓度达到 15 0 μmol/L时 ,PC12细胞开始出现损伤 ;进一步采用 RNA斑点杂交和 RT-PCR技术分析发现抗霉素 A所致的细胞损伤和线粒体内细胞色素 C氧化酶亚基 (CO )基因表达下降有关。本研究证实线粒体介导的活性氧的产生能早期诱导线粒体细胞色素氧化酶的活性的改变 ,逐步引起 展开更多

关键词 抗霉素A PcI2细胞 线粒体 coⅱ 基因表达 细胞色素c氧化酶亚基ⅱ 活性氧 损伤

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DNA条形编码在蚜虫类昆虫中的应用 被引量：27

4

作者 王剑峰 乔格侠 《动物分类学报》 CSCD 北大核心 2007年第1期153-159,共7页

2003年提出的DNA条形编码技术给生物分类研究带来了空前的繁荣,众多学者对此进行了分析和讨论。蚜虫类昆虫具有多型、转主寄生等复杂的生物学特性,其形态特征多有特化或退化,因此,DNA条形编码在蚜虫类昆虫中的应用必将给蚜虫分类学研究... 2003年提出的DNA条形编码技术给生物分类研究带来了空前的繁荣,众多学者对此进行了分析和讨论。蚜虫类昆虫具有多型、转主寄生等复杂的生物学特性,其形态特征多有特化或退化,因此,DNA条形编码在蚜虫类昆虫中的应用必将给蚜虫分类学研究带来巨大的活力。文章总结了国际DNA条形编码技术的研究进展和现状,并展望了DNA条形编码在蚜虫类昆虫研究中应用的方向,该研究技术主要用于对蚜虫物种快速准确的鉴定、解决多型性问题、发现隐存分类单元,探讨蚜虫种间的系统发育关系、蚜虫与寄主植物的关系,解释蚜虫地理分布格局和推测近期分化物种的成因等。 展开更多

关键词 蚜虫类 细胞色素c氧化酶亚单位Ⅰ(coⅠ) DNA条形编码 DNA分类 应用

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DNA条形码技术在深圳鱼肉制品鉴定中的应用 被引量：27

5

作者 王敏 刘荭 +4 位作者 黄海 赵晓萌 石琼 何舜平 孙颖 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第20期247-251,共5页

以线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因为目标基因,应用DNA条形码技术鉴别深圳批发市场和超市零售鱼肉制品的种类来源,判别其产品标签是否正确。本研究调查的77份鱼肉制品均能扩增出特异性条带,28份样品与产品标签标示不符,"错贴... 以线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因为目标基因,应用DNA条形码技术鉴别深圳批发市场和超市零售鱼肉制品的种类来源,判别其产品标签是否正确。本研究调查的77份鱼肉制品均能扩增出特异性条带,28份样品与产品标签标示不符,"错贴"率高达36.36%,其中所有标示"龙俐鱼"的商品都是低价的"巴丁鱼"(Pangasianodon hypophthalmus)。DNA条形码技术可用于鱼肉制品的来源物种鉴定。 展开更多

关键词 DNA条形码 coⅠ基因 物种鉴定 鱼肉制品

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DNA条形码在鞘翅目昆虫分子系统学研究中的应用 被引量：26

6

作者 张媛 郭晓华 +1 位作者 刘广纯 张卓 《应用昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期410-416,共7页

近年来,DNA条形码(DNA Barcoding)技术已经成为生物分类学研究中备受关注的新型技术,并在鞘翅目昆虫系统发育研究中得到广泛应用。本文总结了鞘翅目昆虫DNA条形码研究所用COⅠ基因序列,概述了DNA条形码在鞘翅目昆虫的物种分类鉴定、发... 近年来,DNA条形码(DNA Barcoding)技术已经成为生物分类学研究中备受关注的新型技术,并在鞘翅目昆虫系统发育研究中得到广泛应用。本文总结了鞘翅目昆虫DNA条形码研究所用COⅠ基因序列,概述了DNA条形码在鞘翅目昆虫的物种分类鉴定、发现新种和隐存种、系统发育关系研究等方面的应用,并对DNA条形码研究技术新进展和标准序列筛选需要注意的问题进行了讨论。 展开更多

关键词 鞘翅目 DNA条形码 细胞色素c氧化酶亚单位Ⅰ(coⅠ或cox1) 分子系统学

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条石鲷线粒体COⅠ和Cytb序列的遗传变异分析 被引量：21

7

作者 孙鹏 尹飞 +1 位作者 彭士明 施兆鸿 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期327-333,共7页

通过PCR扩增与测序分别获得了长度为642 bp和1 138 bp的条石鲷线粒体COⅠ和Cytb基因片段。分析表明,COⅠ序列共定义了11个单倍型,存在21个多态性位点,发生转换4次,颠换5次。A、T、G、C碱基的平均含量分别为24.5%、30.6%、18.8%和26.1%。... 通过PCR扩增与测序分别获得了长度为642 bp和1 138 bp的条石鲷线粒体COⅠ和Cytb基因片段。分析表明,COⅠ序列共定义了11个单倍型,存在21个多态性位点,发生转换4次,颠换5次。A、T、G、C碱基的平均含量分别为24.5%、30.6%、18.8%和26.1%。Cytb序列共定义了11个单倍型,存在26个多态性位点,发生转换4次,颠换3次。A、T、G、C碱基的平均含量分别为24.9%、28.3%、14.8%和32.0%。基于COⅠ和Cytb两基因序列的单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)和平均碱基差异(K)分别为0.795、0.008 83、5.667和0.770、0.003 54、4.025。结果表明,条石鲷群体的COⅠ和Cytb基因片段显示出较高的遗传多样性水平。本研究结果可为条石鲷资源保护及系统进化研究提供基础资料。 展开更多

关键词 条石鲷 细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ 细胞色素B 遗传多样性

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环境DNA技术在淡水底栖大型无脊椎动物多样性监测中的应用 被引量：20

8

作者 李萌 尉婷婷 +3 位作者 史博洋 郝希阳 徐海根 孙红英 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期480-490,共11页

环境DNA(eDNA)是指生物有机体在环境中(例如土壤、沉积物或水体)遗留下的DNA片段。eDNA技术是指从环境中提取DNA片段进行测序以及数据分析来反映环境中的物种或群落信息。与传统方法相比, eDNA技术具有高灵敏度、省时省力、无损伤等优... 环境DNA(eDNA)是指生物有机体在环境中(例如土壤、沉积物或水体)遗留下的DNA片段。eDNA技术是指从环境中提取DNA片段进行测序以及数据分析来反映环境中的物种或群落信息。与传统方法相比, eDNA技术具有高灵敏度、省时省力、无损伤等优点。目前, eDNA技术已成为一种新的水生生物监测方法,主要应用于水生生物的多样性研究、濒危和稀有动物的物种状态及外来入侵动物扩散动态的监测等。本文从eDNA技术在水生生物多样性监测应用领域的发展历程、eDNA技术的操作流程以及其在监测淡水底栖大型无脊椎动物方面的应用进展、技术优势和局限性五个方面进行了综述。最后,本文对eDNA技术在淡水底栖大型无脊椎动物多样性监测应用的发展趋势和前景作出展望。 展开更多

关键词 宏条形码 第二代测序技术 外来入侵物种 淡水生态系统 细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(coⅠ)

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南海海区鲻鱼(Mugil cephalus)COⅠ基因序列的遗传多样性分析 被引量：15

9

作者 孙鹏 彭士明 +1 位作者 尹飞 施兆鸿 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期131-136,共6页

利用线粒体细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)序列研究了南海海区鲻鱼群体的遗传多样性水平和遗传结构。通过PCR扩增与序列测定获得了长度为621bp的基因片段。在35个样品中共发现47处碱基变异,A、T、G、C碱基的平均含量分别为31.6%、24.1%、2... 利用线粒体细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)序列研究了南海海区鲻鱼群体的遗传多样性水平和遗传结构。通过PCR扩增与序列测定获得了长度为621bp的基因片段。在35个样品中共发现47处碱基变异,A、T、G、C碱基的平均含量分别为31.6%、24.1%、25.0%和19.2%。35条COⅠ序列共定义了25个单倍型,存在47个多态性位点,产生49个突变。其中,简约信息位点有36个,占总位点数的5.8%,同义替换位点7个,占总变异位点的14.9%,没有发现插入或缺失现象。单倍型多样性(Hd)为0.9563,核苷酸多样性(Pi)为0.02795,平均碱基差异(K)为17.36。Tajima’sD中性检验结果为1.29916,但差异不显著(P>0.10)。采用邻接法(NJ)和非加权配对算术平均法(UPGMA)构建分子系统树,所有的25个单倍型被分成两个分支。结果表明,南海海区鲻鱼种群具有较高的遗传多样性水平。其结果可以为合理开发和利用鲻鱼野生资源,以及建立和保护鲻鱼种质资源提供必要的参考。 展开更多

关键词 鲻鱼 线粒体DNA 细胞色素c氧化酶亚基I(co I) 遗传多样性

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利用COⅠ和Cytb序列探讨东海区3种鲳属鱼类的种群遗传结构 被引量：14

10

作者 孙鹏 彭士明 +1 位作者 尹飞 施兆鸿 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2011年第4期398-404,共7页

通过对COⅠ和Cytb序列的分析,研究了银鲳(Pampus argenteus)、灰鲳(P.cinereus)和翎鲳(P.punctatissimus)3种东海区重要鲳属鱼类群体的种群遗传结构。在62个鲳属鱼类样本中分别检出COⅠ和Cytb单倍型21个和27个,发现变异位点125个和176... 通过对COⅠ和Cytb序列的分析,研究了银鲳(Pampus argenteus)、灰鲳(P.cinereus)和翎鲳(P.punctatissimus)3种东海区重要鲳属鱼类群体的种群遗传结构。在62个鲳属鱼类样本中分别检出COⅠ和Cytb单倍型21个和27个,发现变异位点125个和176个。东海区的3种鲳属鱼类种群中,翎鲳的单倍型多样性(h)与核苷酸多样性(Pi)水平均为最高(在COⅠ序列中分别为0.779和0.003 25,在Cytb序列中分别为0.847和0.003 33),而银鲳和灰鲳的h和Pi水平较低。FU’S FS中性检验和歧点分布分析结果显示,3种鲳属鱼类种群均经历了种群扩张现象。结果表明,3种鲳属鱼类均经历过种群瓶颈效应,处于瓶颈效应后的增长期,遗传多样性水平较低,应采取一些有效的保护措施,以避免其遗传多样性水平的进一步丧失。本研究结果可以为鲳属鱼类资源的合理开发利用和保护提供必要的参考。 展开更多

关键词 鲳属鱼类 细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(coⅠ) 细胞色素B 种群遗传结构

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基于COⅠ序列分析东海区四指马鲅(Eleutheronema tetradactylum)的种群遗传结构 被引量：12

11

作者 林少珍 王丹丽 +1 位作者 王亚军 严小军 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期1261-1265,共5页

采用COⅠ基因片段研究了东海区象山(XS)、乐清(YQ)和宁德(ND)三个四指马鲅群体的遗传多样性和种群遗传结构。在90个四指马鲅个体中,共检出单倍型13个,包括变异位点23个,其中简约信息位点14个。在三个种群中,YQ群体具有最高的单倍型多样... 采用COⅠ基因片段研究了东海区象山(XS)、乐清(YQ)和宁德(ND)三个四指马鲅群体的遗传多样性和种群遗传结构。在90个四指马鲅个体中,共检出单倍型13个,包括变异位点23个,其中简约信息位点14个。在三个种群中,YQ群体具有最高的单倍型多样性和核苷酸多样性水平,但整体上,三个群体的遗传变异水平均比较低。中性检验结果表明,三个群体内部在分子水平可能存在自然选择作用。NJ系统发生分析发现,YQ部分单倍型与XS和ND群体聚在一起,而与另一部分YQ群体遗传分化较大。AMOVA分析显示,遗传差异主要来自于群体内部(79.66%)。 展开更多

关键词 四指马鲅 细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(coⅠ) 种群结构 遗传多样性

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基于COⅠ序列的阿胶原材料及其混伪品的DNA条形码鉴定研究 被引量：12

12

作者 严华 陈俊 +3 位作者 石林春 程显隆 魏锋 马双成 《药物分析杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第10期1761-1766,共6页

目的:采用细胞色素C氧化酶亚基1(cytochrome C oxidase subunit 1,COⅠ)基因片段序列鉴定的方法鉴别中药阿胶的原料驴皮及其混伪品马皮、骡皮、牛皮。方法:优化DNA提取试剂盒的通用方法进行总DNA的提取,针对马科动物驴的基因序列变异位... 目的:采用细胞色素C氧化酶亚基1(cytochrome C oxidase subunit 1,COⅠ)基因片段序列鉴定的方法鉴别中药阿胶的原料驴皮及其混伪品马皮、骡皮、牛皮。方法:优化DNA提取试剂盒的通用方法进行总DNA的提取,针对马科动物驴的基因序列变异位点优化COⅠ通用引物及PCR扩增条件,PCR扩增产物双向测序,测得的序列与GenBank下载的基因序列Blast比对分析样品的基原;采用Mega 6.0软件计算序列的碱基组成、种内和种间K2P(Kimura-2-parameter)的遗传距离,采用邻接法(neighbor-joining method)构建系统树,进一步对驴皮及其混伪品进行基原鉴别。结果:22份来自马科和牛科动物的驴、马、牛的皮样品的基因序列与GenBank序列Blast比对结果一致性均大于99%。采用邻接法构建的系统树结果显示驴、马、牛的皮样品具有较好的单系性,均分别独立聚为1个分支,可以显著区分;牛科和马科动物样品的K2P种间平均遗传距离均远大于种内平均遗传距离。结论:利用优化后的COⅠ片段扩增引物及PCR反应程序可作为鉴别阿胶原料DNA条形码物种鉴定的有效方法,为阿胶原料的真伪鉴别提供了科学的鉴定方法。 展开更多

关键词 驴皮 混伪品 马皮 骡皮 牛皮 阿胶 细胞色素c氧化酶1(coⅠ) DNA条形码 序列测定 基原鉴定

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基于COⅠ基因的福建近海部分仔稚鱼DNA条形码分析 被引量：11

13

作者 徐春燕 沈长春 +4 位作者 蔡建堤 刘勇 马超 庄之栋 葛辉 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期1176-1183,共8页

为研究DNA条形码技术在遭遇瓶颈的仔稚鱼种类鉴定中的适用性,2015年7月17―20日采集福建近海仔稚鱼样品,并挑选80尾进行DNA条形码分析。获得仔稚鱼的CO I基因序列73条,鉴定仔稚鱼26种,隶属于7目22科25属,另有5个物种仅鉴定到属,2个物种... 为研究DNA条形码技术在遭遇瓶颈的仔稚鱼种类鉴定中的适用性,2015年7月17―20日采集福建近海仔稚鱼样品,并挑选80尾进行DNA条形码分析。获得仔稚鱼的CO I基因序列73条,鉴定仔稚鱼26种,隶属于7目22科25属,另有5个物种仅鉴定到属,2个物种仅鉴定到科。种内平均遗传距离为0.0023,属内种间遗传距离为0.1797,约为种内遗传距离的78倍,说明利用CO I基因可以进行有效的仔稚鱼物种鉴定。科内属间、目内科间的遗传距离分别为0.1937、0.2420,遗传距离随着分类阶元的提高而增大。在系统进化树的分析中,同一种类的不同个体都聚在一支,所有物种都分别聚为独立的一支,这些物种都能有效区分开来。以上结果表明,线粒体CO I基因作为DNA条形码可以实现仔稚鱼的物种鉴定,且较多能鉴定到种的水平。 展开更多

关键词 coI基因 福建近海 仔稚鱼 DNA条形码 鱼类鉴定

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冬虫夏草与5种人工发酵菌丝体的DNA分子鉴别方法 被引量：7

14

作者 张文娟 王晓 +2 位作者 张萍 魏锋 马双成 《药物分析杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第8期1354-1357,共4页

目的:建立冬虫夏草与人工发酵菌丝体的鉴别方法。方法:通过聚合酶链式反应(PCR),扩增基因组上的核糖体基因内转录间隔区(ITS),继而用限制性内切酶XhoⅠ对该聚合酶链式反应产物进行酶切,将酶切产物进行琼脂糖凝胶电泳及紫外成像;通过聚... 目的:建立冬虫夏草与人工发酵菌丝体的鉴别方法。方法:通过聚合酶链式反应(PCR),扩增基因组上的核糖体基因内转录间隔区(ITS),继而用限制性内切酶XhoⅠ对该聚合酶链式反应产物进行酶切,将酶切产物进行琼脂糖凝胶电泳及紫外成像;通过聚合酶链式反应扩增线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)的编码基因,将PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳及紫外成像。结果:冬虫夏草ITS的PCR产物能够被XhoⅠ酶切成2个片段。而5种人工发酵菌丝体中,有4种不能够被酶切;由于来源于冬虫夏草无性型中华被毛孢,百令胶囊可被酶切且切割条带大小与冬虫夏草组一致。冬虫夏草样品全部扩增得到COⅠ基因(COⅠ)片段,而5种人工发酵菌丝体均未扩增出该片段。结论:结合聚合酶链式反应限制性内切酶片段长度多态性法以及COⅠ聚合酶链式反应扩增,可以鉴别冬虫夏草与人工发酵菌丝体。 展开更多

关键词 冬虫夏草 DNA鉴别 聚合酶链式反应(PcR) 内转录间隔区(ITS) 细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(coⅠ)基因

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冬虫夏草人工繁育品与野生冬虫夏草DNA条形码比较研究 被引量：6

15

作者 过立农 刘杰 +5 位作者 袁航 昝珂 郑健 马双成 钱正明 李文佳 《药物分析杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期147-155,共9页

目的:从分子生物学的角度比较分析冬虫夏草人工繁育品和野生冬虫夏草的核糖体DNA内部转录间隔区(ITS)和细胞色素C氧化酶亚基1(COⅠ)条形码序列,并验证冬虫夏草人工繁育品与野生冬虫夏草虫和菌的来源是否符合《中华人民共和国药典》规定... 目的:从分子生物学的角度比较分析冬虫夏草人工繁育品和野生冬虫夏草的核糖体DNA内部转录间隔区(ITS)和细胞色素C氧化酶亚基1(COⅠ)条形码序列,并验证冬虫夏草人工繁育品与野生冬虫夏草虫和菌的来源是否符合《中华人民共和国药典》规定。方法:通过聚合酶链式反应(PCR)对冬虫夏草人工繁育品和野生冬虫夏草的ITS和COⅠ序列进行扩增,利用邻接法比较冬虫夏草人工繁育品与野生冬虫夏草的亲缘关系;通过与GenBank数据库进行Blast比对,确定冬虫夏草虫与菌的科属。结果:冬虫夏草人工繁育品与野生冬虫夏草ITS和COⅠ序列的电泳结果均显示为明亮单一条带,且条带大小介于500 bp和750 bp之间;COⅠ序列的系统树结果中冬虫夏草人工繁育品和野生冬虫夏草除野生冬虫夏草-18、野生冬虫夏草-20这2个样品均各自聚为一支,且支持率为99%,呈现良好的单系性,ITS序列的系统树结果中冬虫夏草人工繁育品和野生冬虫夏草混聚在一起,没有明确的分支;冬虫夏草人工繁育品的COⅠ序列经GenBank数据库比对结果均为小金蝠蛾(Hepialus xiaojinensis),为蝙蝠蛾科Hepialidae sp.昆虫,野生冬虫夏草的COⅠ序列经GenBank数据库比对结果均为蝙蝠蛾科Hepialidae sp.昆虫,其中野生冬虫夏草-8为人支蝠蛾(Thitarodes renzhiensis),野生冬虫夏草-12为贡嘎蝠蛾(Thitarodes gonggaensis),冬虫夏草人工繁育品及野生冬虫夏草的ITS序列与GenBank数据库比对后,相似度达99%以上,比对结果显示20批冬虫夏草人工繁育品和26批野生冬虫夏草的虫菌均为冬虫夏草菌(Ophiocordyceps sinensis)。Ophiocordyceps sinensis和Cordyceps sinensis为同物异名。结论:20批冬虫夏草人工繁育品的虫体及虫菌来源与26批野生冬虫夏草的虫体及虫菌来源均符合《中华人民共和国药典》2015年版中的描述:冬虫夏草为麦角菌科真菌冬虫夏草菌Cordyceps sinensis(Berk.)Sacc.寄生在蝙� 展开更多

关键词 野生冬虫夏草 冬虫夏草人工繁育品 内部转录间隔区(ITS) 细胞色素c氧化酶亚基1(co Ⅰ) 聚合酶链式反应(PcR) DNA条形码

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基于线粒体COⅠ基因序列的梭鲈野生群体遗传结构

16

作者 鲁翠云 孙志鹏 +4 位作者 曹顶臣 耿龙武 那荣滨 吴学工 郑先虎 《水产学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期82-92,共11页

为了解梭鲈种群的遗传结构,实验利用线粒体细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)基因部分序列分析了中国6个和中亚2个群体的遗传差异,并与欧洲群体的单倍型序列进行了比较。结果在640 bp的COⅠ基因序列中检测到5个变异位点,定义了7种单倍型,发现... 为了解梭鲈种群的遗传结构,实验利用线粒体细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)基因部分序列分析了中国6个和中亚2个群体的遗传差异,并与欧洲群体的单倍型序列进行了比较。结果在640 bp的COⅠ基因序列中检测到5个变异位点,定义了7种单倍型,发现Hap1为8个梭鲈群体的共享单倍型,且与欧洲群体的HapA相同,在中国群体所占比例(93.36%)高于中亚群体(72.58%)和欧洲群体(53.85%);Hap2和Hap3是中国群体的特异单倍型,而Hap4~Hap7为中亚群体的特异单倍型。单倍型序列的聚类图和网络图均显示Hap1/A为梭鲈群体的原始单倍型,中国和中亚群体的特异单倍型相对于原始单倍型仅有1~2个位点的变异,属于Hap1/A的亚型,与欧洲群体的特异单倍型具有较大的差异。每个群体检测到1~4种单倍型,斋桑湖(ZS)群体单倍型最多,而中国的腾格里湖(NX)、兴凯湖(XK)和鸭绿江(YJ)群体仅有1个单倍型(Hap1);塔什干(TS)群体的单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)最高(Hd=0.514±0.069;π=0.00079±0.00011),其次是ZS群体,而中国梭鲈群体的多样性参数较低。AMOVA分析结果显示,梭鲈群体间遗传变异占20.74%,群体间遗传分化程度较高(0.15≤F_(st)=0.20736<0.25),TS群体与ZS群体和中国群体间的遗传分化极大(F_(st)>0.25),中国群体中仅黑河(HH)群体与其他群体的遗传分化较大,而中国其他5个群体间无遗传分化。基于群体间遗传距离的系统进化树显示,来自中国的6个梭鲈群体与哈萨克斯坦的ZS群体聚为一支,而乌兹别克斯坦的TS群体独立为一支。研究结果为梭鲈群体的繁殖及放流管理提供了参考。 展开更多

关键词 梭鲈 线粒体coⅠ基因 野生群体 遗传结构

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基于COⅠ基因研究钱塘江三角鲂亲本、放流和自然捕捞群体的遗传多样性与遗传分化 被引量：5

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作者 王邢艳 徐东坡 +4 位作者 张婉平 童奇烈 方弟安 周彦锋 张敏莹 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期603-611,共9页

为研究三角鲂Megalobrama terminalis亲本、放流和自然捕捞群体的遗传多样性现状和群体间的遗传分化,运用PCR产物纯化测序的方法,测定了三角鲂2个亲本群体、3个放流群体和1个自然捕捞群体共计6个群体224尾样品的线粒体细胞色素C氧化酶... 为研究三角鲂Megalobrama terminalis亲本、放流和自然捕捞群体的遗传多样性现状和群体间的遗传分化,运用PCR产物纯化测序的方法,测定了三角鲂2个亲本群体、3个放流群体和1个自然捕捞群体共计6个群体224尾样品的线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ亚基(cytochrome C oxidase subunitⅠ,COⅠ)基因序列。结果表明:在661 bp序列中共检测到192个变异位点(占核苷酸总数的29.05%),A、T、C、G的平均含量分别为26.5%、28.0%、29.0%和16.5%,A+T含量(54.5%)高于G+C含量(45.5%);共检测到31个单倍型,其中,6个为至少2个群体共享的单倍型,hap9和hap2为第一、二优势单倍型,分别占样本总数的48.66%和22.32%,25个为仅1个群体享有的特有单倍型(占总样本数的13.4%),这与基于单倍型的网络结构图得出的hap9为最原始单倍型的结果一致;6个群体的单倍型多样性(H d)为0.710~0.848(平均值0.705),核苷酸多样性(P i)为0.00307~0.00840(平均值0.00578),其中,景山亲本群体遗传多样性最高,余杭放流群体遗传多样性最低;群体间遗传分化系数(F st)为-0.00934~0.19355(平均值0.09909),基因流(N m)>1;分子方差分析(AMOVA)显示,群体内遗传变异为90.09%,群体间遗传变异为9.91%,6个群体间的Nei s遗传距离为0.003~0.009。研究表明,钱塘江三角鲂群体遗传多样性较高,群体间基因交流较多,部分群体间存在中等遗传分化,自然捕捞与养殖群体间不存在显著的遗传分化。 展开更多

关键词 三角鲂 钱塘江 coⅠ基因 群体 遗传分化 遗传多样性

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基于COⅠ基因对东北林蛙、中国林蛙等蛙属24种的鉴定 被引量：4

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作者 王孟虎 孙一帆 +7 位作者 许亮 康廷国 张腾腾 左亚锋 朱丽婷 孟祥松 汤建 徐倩 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第16期150-158,共9页

目的:利用DNA条形码线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)技术对东北林蛙等24种进行鉴别,构建邻接(NJ)系统发育树,对24种进行系统聚类分析,为东北林蛙等蛙类的鉴别,分类及新种的发现提供一定的依据。方法:收集东北林蛙、中国林蛙、黑... 目的:利用DNA条形码线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)技术对东北林蛙等24种进行鉴别,构建邻接(NJ)系统发育树,对24种进行系统聚类分析,为东北林蛙等蛙类的鉴别,分类及新种的发现提供一定的依据。方法:收集东北林蛙、中国林蛙、黑龙江林蛙、徂崃林蛙、桓仁林蛙各10只,提取其DNA并进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,将扩增成功的序列测序,共测得50条COⅠ基因序列;从GenBank数据库中获得蛙科蛙属24种163条COⅠ基因序列及蛙科侧褶蛙属,臭蛙属,琴蛙属,水蛙属,湍蛙属各一条COⅠ基因序列;利用MEGA X进行序列比对,分析各物种COⅠ基因序列简约性信息位点,计算种内,种间遗传距离,构建NJ树进行系统聚类分析。结果:东北林蛙等24种COⅠ基因序列长度为554 bp,共有210个简约性信息位点,各物种种内遗传距离均<2%;除桑植蛙与明全蛙种间遗传距离为0.004外,其余各物种种间遗传距离范围为0.024~0.228;桑植蛙与明全蛙聚为一支,部分东北林蛙与Rana uenoi聚为一支,中国林蛙有2个独立的分支,其余各物种均独立聚为一支。结论:DNA条形码COⅠ技术能够对东北林蛙等21种进行鉴定及鉴别,支持桑植蛙与明全蛙,韩国林蛙与昆嵛林蛙为同物异名,其中一支中国林蛙可能是蛙科蛙属未下载的4个种之一或新种。这表明DNA条形码COⅠ技术不仅可以鉴定及鉴别东北林蛙等24种蛙类,也可以为蛙科蛙属的分类,新种或亚种的发现提供一定的科学依据。 展开更多

关键词 东北林蛙 中国林蛙 蛙科 蛙属 DNA条形码 线粒体细胞色素c氧化酶亚基I基因(coⅠ)

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基于COI基因的赣北地区小泡巨鼠的鉴定

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作者 陈飞 胡海军 +3 位作者 刘占斌 陶卉英 钱科 郑卫青 《中华卫生杀虫药械》 CAS 2023年第6期495-498,共4页

目的以线粒体细胞色素C氧化酶亚基(COI)基因为目的基因,利用DNA条形码技术对未知鼠样本进行鉴定.方法采用夹夜法对九江市武宁县宋溪镇某村的鼠密度进行调查,经形态学初步鉴定后,以捕获的1只无法明确鉴定的大型鼠样本为对象,提取基因组DN... 目的以线粒体细胞色素C氧化酶亚基(COI)基因为目的基因,利用DNA条形码技术对未知鼠样本进行鉴定.方法采用夹夜法对九江市武宁县宋溪镇某村的鼠密度进行调查,经形态学初步鉴定后,以捕获的1只无法明确鉴定的大型鼠样本为对象,提取基因组DNA并采用COI基因通用引物BatL5310和R6036R进行PCR扩增及测序,将测序结果在NCBI网站进行BLAST比对,采用MEGA7软件选择最大似然法构建系统发育树.结果共捕获小型兽类7只,密度为3.38%,经形态学鉴定有褐家鼠2只,黑线姬鼠2只,臭鼩鼱2只,形态学初步鉴定为青毛巨鼠或小泡巨鼠的未知鼠1只,提取的未知鼠样本DNA通过PCR成功扩增出COI基因目的条带,与NCBI基因库中小泡巨鼠(KP995219)序列同源性高达100%,系统发育树显示该鼠样本与小泡巨鼠(KP995219、KP995203)处于同一分支,遗传距离分别为0、0.0016,而青毛巨鼠(NC_036730)单独处于另一分支,遗传距离较远.结论赣北地区首次报道小泡巨鼠,采用COI基因的DNA条形码技术可快速、准确的进行鼠种鉴定,有助于弥补非常见鼠形态学鉴定困难的不足. 展开更多

关键词 小泡巨鼠 DNA条形码 细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ基因 系统发育

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基于线粒体COⅠ基因的中国沿海和泰国普吉岛里氏拟石磺群体遗传结构分析 被引量：3

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作者 周娜 沈和定 陈诚 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期33-40,共8页

通过对COI序列的分析，研究了中国沿海及泰国普吉岛8个里氏拟石磺群体的种群遗传结构，171个样本中共检测出单倍型101个，117个多态性位点，里氏拟石磺具有高的单倍型多样性（0．974±0．005）和核苷酸多样性（0．0322±0．001... 通过对COI序列的分析，研究了中国沿海及泰国普吉岛8个里氏拟石磺群体的种群遗传结构，171个样本中共检测出单倍型101个，117个多态性位点，里氏拟石磺具有高的单倍型多样性（0．974±0．005）和核苷酸多样性（0．0322±0．0013）。分子方差分析（AMOVA）表明，50．99％的变异存在于种群间，49．01％的变异发生在种群内。群体间遗传分化固定指数（Fst）、基因流（Nm）及遗传距离分析表明，里氏拟石磺已明显分化为显著的遗传结构。遗传距离模式（IBD）检测显示，里氏拟石磺群体的遗传距离与地理距离之间不存在明显的线性关系。历史动态检验推断，湛江（zJ）、苍南（CN）、东寨港（HN）、文昌（WC）及普吉岛（TH）种群可能经历过历史上的种群扩张事件。中国沿海群体扩张时间推测大约为0．781～0．725Ma BP，泰国普吉岛群体约为0．035Ma BP，两者可能伴随更新世冰期的气候变暖、冰川消融和海平面上升等现象发生。 展开更多

关键词 里氏拟石磺 细胞色素c氧化酶亚基I(co I) 遗传结构 中国 泰国

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