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DNA条形编码在蚜虫类昆虫中的应用 被引量:27
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作者 王剑峰 乔格侠 《动物分类学报》 CSCD 北大核心 2007年第1期153-159,共7页
2003年提出的DNA条形编码技术给生物分类研究带来了空前的繁荣,众多学者对此进行了分析和讨论。蚜虫类昆虫具有多型、转主寄生等复杂的生物学特性,其形态特征多有特化或退化,因此,DNA条形编码在蚜虫类昆虫中的应用必将给蚜虫分类学研究... 2003年提出的DNA条形编码技术给生物分类研究带来了空前的繁荣,众多学者对此进行了分析和讨论。蚜虫类昆虫具有多型、转主寄生等复杂的生物学特性,其形态特征多有特化或退化,因此,DNA条形编码在蚜虫类昆虫中的应用必将给蚜虫分类学研究带来巨大的活力。文章总结了国际DNA条形编码技术的研究进展和现状,并展望了DNA条形编码在蚜虫类昆虫研究中应用的方向,该研究技术主要用于对蚜虫物种快速准确的鉴定、解决多型性问题、发现隐存分类单元,探讨蚜虫种间的系统发育关系、蚜虫与寄主植物的关系,解释蚜虫地理分布格局和推测近期分化物种的成因等。 展开更多
关键词 蚜虫类 细胞色素c氧化酶亚单位(co) DNA条形编码 DNA分类 应用
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条石鲷线粒体COⅠ和Cytb序列的遗传变异分析 被引量:21
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作者 孙鹏 尹飞 +1 位作者 彭士明 施兆鸿 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期327-333,共7页
通过PCR扩增与测序分别获得了长度为642 bp和1 138 bp的条石鲷线粒体COⅠ和Cytb基因片段。分析表明,COⅠ序列共定义了11个单倍型,存在21个多态性位点,发生转换4次,颠换5次。A、T、G、C碱基的平均含量分别为24.5%、30.6%、18.8%和26.1%。... 通过PCR扩增与测序分别获得了长度为642 bp和1 138 bp的条石鲷线粒体COⅠ和Cytb基因片段。分析表明,COⅠ序列共定义了11个单倍型,存在21个多态性位点,发生转换4次,颠换5次。A、T、G、C碱基的平均含量分别为24.5%、30.6%、18.8%和26.1%。Cytb序列共定义了11个单倍型,存在26个多态性位点,发生转换4次,颠换3次。A、T、G、C碱基的平均含量分别为24.9%、28.3%、14.8%和32.0%。基于COⅠ和Cytb两基因序列的单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)和平均碱基差异(K)分别为0.795、0.008 83、5.667和0.770、0.003 54、4.025。结果表明,条石鲷群体的COⅠ和Cytb基因片段显示出较高的遗传多样性水平。本研究结果可为条石鲷资源保护及系统进化研究提供基础资料。 展开更多
关键词 条石鲷 细胞色素c氧化酶亚基 细胞色素B 遗传多样性
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环境DNA技术在淡水底栖大型无脊椎动物多样性监测中的应用 被引量:20
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作者 李萌 尉婷婷 +3 位作者 史博洋 郝希阳 徐海根 孙红英 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期480-490,共11页
环境DNA(eDNA)是指生物有机体在环境中(例如土壤、沉积物或水体)遗留下的DNA片段。eDNA技术是指从环境中提取DNA片段进行测序以及数据分析来反映环境中的物种或群落信息。与传统方法相比, eDNA技术具有高灵敏度、省时省力、无损伤等优... 环境DNA(eDNA)是指生物有机体在环境中(例如土壤、沉积物或水体)遗留下的DNA片段。eDNA技术是指从环境中提取DNA片段进行测序以及数据分析来反映环境中的物种或群落信息。与传统方法相比, eDNA技术具有高灵敏度、省时省力、无损伤等优点。目前, eDNA技术已成为一种新的水生生物监测方法,主要应用于水生生物的多样性研究、濒危和稀有动物的物种状态及外来入侵动物扩散动态的监测等。本文从eDNA技术在水生生物多样性监测应用领域的发展历程、eDNA技术的操作流程以及其在监测淡水底栖大型无脊椎动物方面的应用进展、技术优势和局限性五个方面进行了综述。最后,本文对eDNA技术在淡水底栖大型无脊椎动物多样性监测应用的发展趋势和前景作出展望。 展开更多
关键词 宏条形码 第二代测序技术 外来入侵物种 淡水生态系统 细胞色素c氧化酶亚基(co)
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嗜群血蜱和长角血蜱ITS-2、COⅠ和COⅡ基因序列变异与亲缘关系分析 被引量:15
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作者 古小彬 余增莹 +4 位作者 杨光友 孙家刚 魏洪 李开均 王淑贤 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期746-754,共9页
本研究旨在阐明长角血蜱与嗜群血蜱间的亲缘关系。采用聚合酶链式反应(PCR)技术从长角血蜱和嗜群血蜱基因组DNA中扩增得到核糖体第二内部转录间隔区基因(ITS-2)片段、线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)片段和线粒体细胞色素氧化酶亚... 本研究旨在阐明长角血蜱与嗜群血蜱间的亲缘关系。采用聚合酶链式反应(PCR)技术从长角血蜱和嗜群血蜱基因组DNA中扩增得到核糖体第二内部转录间隔区基因(ITS-2)片段、线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)片段和线粒体细胞色素氧化酶亚基II基因(COⅡ)片段,并进行测序,进而分析其基因变异与系统发育。结果表明,长角血蜱和嗜群血蜱的ITS-2、COⅠ和COⅡ基因片段的大小存在差异,长角血蜱3种基因分别为361、479和647bp,嗜群血蜱基因分别为354、474和661bp。长角血蜱与嗜群血蜱间ITS-2、COⅠ和COⅡ基因的相似性分别为84.2%、89.0%和88.4%。以3种基因构建的NJ进化树中,长角血蜱和嗜群血蜱均聚类。因此,认为长角血蜱和嗜群血蜱间ITS-2、COI和COII基因间变异较小,它们是血蜱属中亲缘关系较近的2个有效种,支持传统形态学的分类地位。 展开更多
关键词 长角血蜱 嗜群血蜱 ITS-2 co co 序列变异 亲缘关系
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利用COⅠ和Cytb序列探讨东海区3种鲳属鱼类的种群遗传结构 被引量:14
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作者 孙鹏 彭士明 +1 位作者 尹飞 施兆鸿 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2011年第4期398-404,共7页
通过对COⅠ和Cytb序列的分析,研究了银鲳(Pampus argenteus)、灰鲳(P.cinereus)和翎鲳(P.punctatissimus)3种东海区重要鲳属鱼类群体的种群遗传结构。在62个鲳属鱼类样本中分别检出COⅠ和Cytb单倍型21个和27个,发现变异位点125个和176... 通过对COⅠ和Cytb序列的分析,研究了银鲳(Pampus argenteus)、灰鲳(P.cinereus)和翎鲳(P.punctatissimus)3种东海区重要鲳属鱼类群体的种群遗传结构。在62个鲳属鱼类样本中分别检出COⅠ和Cytb单倍型21个和27个,发现变异位点125个和176个。东海区的3种鲳属鱼类种群中,翎鲳的单倍型多样性(h)与核苷酸多样性(Pi)水平均为最高(在COⅠ序列中分别为0.779和0.003 25,在Cytb序列中分别为0.847和0.003 33),而银鲳和灰鲳的h和Pi水平较低。FU’S FS中性检验和歧点分布分析结果显示,3种鲳属鱼类种群均经历了种群扩张现象。结果表明,3种鲳属鱼类均经历过种群瓶颈效应,处于瓶颈效应后的增长期,遗传多样性水平较低,应采取一些有效的保护措施,以避免其遗传多样性水平的进一步丧失。本研究结果可以为鲳属鱼类资源的合理开发利用和保护提供必要的参考。 展开更多
关键词 鲳属鱼类 细胞色素c氧化酶亚基(co) 细胞色素B 种群遗传结构
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福建省常见尸食性蝇类的COⅠ及16S rDNA序列鉴定 被引量:3
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作者 卓荦 毛佳雄 +4 位作者 陈建山 宋鹏 林澍 夏胜海 陈煌 《法医学杂志》 CAS CSCD 2020年第6期749-754,共6页
目的利用线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunitⅠ,COⅠ)以及16S核糖体脱氧核糖核酸(ribosomal deoxyribonucleic acid,rDNA)基因片段序列对福建省常见尸食性蝇类种属进行分子鉴定,探讨两种遗传标记的鉴别效力。方... 目的利用线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunitⅠ,COⅠ)以及16S核糖体脱氧核糖核酸(ribosomal deoxyribonucleic acid,rDNA)基因片段序列对福建省常见尸食性蝇类种属进行分子鉴定,探讨两种遗传标记的鉴别效力。方法收集福建9个地区案件现场捕获的常见尸食性蝇类样本22只,经形态学鉴定后提取DNA,扩增COⅠ及16S rDNA基因片段,测序后上传GeneBank数据库,使用BLAST、MEGA 10.0软件进行序列比对、同源性分析以及种内和种间遗传距离分析,并采用非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)分别构建福建省常见尸食性蝇类COⅠ及16S rDNA基因片段序列的系统发育树。结果经形态学鉴定,共收集到3科5属6种常见尸食性蝇类。基因序列分析结果显示,16S rDNA基因片段序列的种间遗传距离均数为1.8%~8.9%,种内遗传距离均数为0.0%~2.4%;COⅠ基因片段序列的种间遗传距离均数为7.2%~13.6%,种内遗传距离均数为0.0%~6.3%。结论COⅠ和16S rDNA基因片段序列均能够对不同蝇种的种属进行鉴别,16S rDNA对于福建省常见丽蝇科尸食性蝇类的种属鉴别价值更高。 展开更多
关键词 法医病理学 法医遗传学 法医昆虫学 尸食性蝇类 聚类分析 细胞色素c氧化酶亚基 16S核糖体脱氧核糖核酸 福建
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洛阳地区9种嗜尸性丽蝇28S rRNA和COⅠ基因序列分析 被引量:2
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作者 赵琳琳 翟仙敦 +3 位作者 郑哲 吕宙 李永林 莫耀南 《法医学杂志》 CAS CSCD 2019年第2期181-186,共6页
目的评价9种嗜尸性丽蝇的细胞核28S核糖体核糖核酸(ribosomalribonucleic acid,rRNA)和线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunitⅠ,COⅠ)基因序列在常见嗜尸性丽蝇种属鉴定中应用的可行性,为推断死亡时间提供技术支... 目的评价9种嗜尸性丽蝇的细胞核28S核糖体核糖核酸(ribosomalribonucleic acid,rRNA)和线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunitⅠ,COⅠ)基因序列在常见嗜尸性丽蝇种属鉴定中应用的可行性,为推断死亡时间提供技术支持。方法收集洛阳地区常见嗜尸性丽蝇标本23只,经形态学鉴定后,提取腿部DNA,扩增并测序细胞核28S rRNA和线粒体COⅠ基因片段,通过BLAST搜索进行序列比对,并分析所得序列的碱基组成,建立种内及种间进化分歧率,用邻接法构建系统发育树。结果形态学鉴定23只嗜尸性丽蝇归属于5属9种。获得28S rRNA中715bp和COⅠ基因中637bp的序列,在线BLAST比对结果显示相似度达99%以上,系统发育树显示9种蝇类可以较好聚类,与形态学鉴定结果一致。28S rRNA基因序列的种内差异为0,种间差异为0.001~0.033;COⅠ基因序列的种内差异为0~0.008,种间差异为0.006~0.101。结论联合28S rRNA和COⅠ靶基因序列片段可以有效区分本研究中的9种嗜尸性丽蝇,但对于近缘种的判定需要更多遗传标记的开发和联合应用。 展开更多
关键词 法医病理学 法医遗传学 法医昆虫学 嗜尸性蝇类 丽蝇科 28S核糖体核糖核酸 细胞色素c氧化酶亚基 死亡时间 洛阳
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DNA条形码技术在深圳鱼肉制品鉴定中的应用 被引量:27
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作者 王敏 刘荭 +4 位作者 黄海 赵晓萌 石琼 何舜平 孙颖 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第20期247-251,共5页
以线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因为目标基因,应用DNA条形码技术鉴别深圳批发市场和超市零售鱼肉制品的种类来源,判别其产品标签是否正确。本研究调查的77份鱼肉制品均能扩增出特异性条带,28份样品与产品标签标示不符,"错贴... 以线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因为目标基因,应用DNA条形码技术鉴别深圳批发市场和超市零售鱼肉制品的种类来源,判别其产品标签是否正确。本研究调查的77份鱼肉制品均能扩增出特异性条带,28份样品与产品标签标示不符,"错贴"率高达36.36%,其中所有标示"龙俐鱼"的商品都是低价的"巴丁鱼"(Pangasianodon hypophthalmus)。DNA条形码技术可用于鱼肉制品的来源物种鉴定。 展开更多
关键词 DNA条形码 co基因 物种鉴定 鱼肉制品
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西红花酸对阿霉素所致大鼠心肌线粒体损伤的影响 被引量:7
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作者 李文娜 钱之玉 《中国临床药理学与治疗学》 CAS CSCD 2005年第7期764-767,共4页
目的:研究西红花酸对阿霉素所致大鼠心肌线粒体损伤的保护作用。方法:建立阿霉素致大鼠心脏毒性模型,观察西红花酸对心肌线粒体膜电位、线粒体DNA断裂程度、细胞色素C氧化酶活性及其亚基IImRNA表达的影响;测定心肌线粒体超氧阴离子含量... 目的:研究西红花酸对阿霉素所致大鼠心肌线粒体损伤的保护作用。方法:建立阿霉素致大鼠心脏毒性模型,观察西红花酸对心肌线粒体膜电位、线粒体DNA断裂程度、细胞色素C氧化酶活性及其亚基IImRNA表达的影响;测定心肌线粒体超氧阴离子含量及谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-PX)活性。结果:与模型组相比,西红花酸可明显升高线粒体膜电位,降低线粒体DNA断裂程度,提高细胞色素C氧化酶活性及其亚基IImRNA表达水平,显著降低心肌线粒体超氧阴离子含量,提高GSH-PX活性。结论:西红花酸能明显减轻阿霉素所致大鼠心肌线粒体损伤。 展开更多
关键词 西红花酸 阿霉素 线粒体 细胞色素c 化酶亚基Ⅱ(coⅡ)
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抗霉素A抑制PC12细胞线粒体COⅡ基因表达 被引量:6
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作者 邱小忠 欧阳钧 +5 位作者 余磊 张黎声 陆云涛 陈瑗 周玫 钟世镇 《神经解剖学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第2期167-170,共4页
采用不同浓度的抗霉素 A(一种能提高线粒体内活性氧水平的线粒体抑制剂 )处理 PC12细胞 ,利用血细胞计数、台盼蓝排除法以及 MTT法进行细胞活性检测。实验证明 ,当抗霉素 A的浓度达到 15 0 μmol/L时 ,PC12细胞开始出现损伤 ;进一步采用... 采用不同浓度的抗霉素 A(一种能提高线粒体内活性氧水平的线粒体抑制剂 )处理 PC12细胞 ,利用血细胞计数、台盼蓝排除法以及 MTT法进行细胞活性检测。实验证明 ,当抗霉素 A的浓度达到 15 0 μmol/L时 ,PC12细胞开始出现损伤 ;进一步采用 RNA斑点杂交和 RT-PCR技术分析发现抗霉素 A所致的细胞损伤和线粒体内细胞色素 C氧化酶亚基 (CO )基因表达下降有关。本研究证实线粒体介导的活性氧的产生能早期诱导线粒体细胞色素氧化酶的活性的改变 ,逐步引起 展开更多
关键词 抗霉素A PcI2细胞 线粒体 co 基因表达 细胞色素c氧化酶亚基Ⅱ 活性氧 损伤
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基于线粒体COⅠ基因序列的梭鲈野生群体遗传结构
11
作者 鲁翠云 孙志鹏 +4 位作者 曹顶臣 耿龙武 那荣滨 吴学工 郑先虎 《水产学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期82-92,共11页
为了解梭鲈种群的遗传结构,实验利用线粒体细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)基因部分序列分析了中国6个和中亚2个群体的遗传差异,并与欧洲群体的单倍型序列进行了比较。结果在640 bp的COⅠ基因序列中检测到5个变异位点,定义了7种单倍型,发现... 为了解梭鲈种群的遗传结构,实验利用线粒体细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)基因部分序列分析了中国6个和中亚2个群体的遗传差异,并与欧洲群体的单倍型序列进行了比较。结果在640 bp的COⅠ基因序列中检测到5个变异位点,定义了7种单倍型,发现Hap1为8个梭鲈群体的共享单倍型,且与欧洲群体的HapA相同,在中国群体所占比例(93.36%)高于中亚群体(72.58%)和欧洲群体(53.85%);Hap2和Hap3是中国群体的特异单倍型,而Hap4~Hap7为中亚群体的特异单倍型。单倍型序列的聚类图和网络图均显示Hap1/A为梭鲈群体的原始单倍型,中国和中亚群体的特异单倍型相对于原始单倍型仅有1~2个位点的变异,属于Hap1/A的亚型,与欧洲群体的特异单倍型具有较大的差异。每个群体检测到1~4种单倍型,斋桑湖(ZS)群体单倍型最多,而中国的腾格里湖(NX)、兴凯湖(XK)和鸭绿江(YJ)群体仅有1个单倍型(Hap1);塔什干(TS)群体的单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)最高(Hd=0.514±0.069;π=0.00079±0.00011),其次是ZS群体,而中国梭鲈群体的多样性参数较低。AMOVA分析结果显示,梭鲈群体间遗传变异占20.74%,群体间遗传分化程度较高(0.15≤F_(st)=0.20736<0.25),TS群体与ZS群体和中国群体间的遗传分化极大(F_(st)>0.25),中国群体中仅黑河(HH)群体与其他群体的遗传分化较大,而中国其他5个群体间无遗传分化。基于群体间遗传距离的系统进化树显示,来自中国的6个梭鲈群体与哈萨克斯坦的ZS群体聚为一支,而乌兹别克斯坦的TS群体独立为一支。研究结果为梭鲈群体的繁殖及放流管理提供了参考。 展开更多
关键词 梭鲈 线粒体co基因 野生群体 遗传结构
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基于COⅠ基因研究钱塘江三角鲂亲本、放流和自然捕捞群体的遗传多样性与遗传分化 被引量:5
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作者 王邢艳 徐东坡 +4 位作者 张婉平 童奇烈 方弟安 周彦锋 张敏莹 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期603-611,共9页
为研究三角鲂Megalobrama terminalis亲本、放流和自然捕捞群体的遗传多样性现状和群体间的遗传分化,运用PCR产物纯化测序的方法,测定了三角鲂2个亲本群体、3个放流群体和1个自然捕捞群体共计6个群体224尾样品的线粒体细胞色素C氧化酶... 为研究三角鲂Megalobrama terminalis亲本、放流和自然捕捞群体的遗传多样性现状和群体间的遗传分化,运用PCR产物纯化测序的方法,测定了三角鲂2个亲本群体、3个放流群体和1个自然捕捞群体共计6个群体224尾样品的线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ亚基(cytochrome C oxidase subunitⅠ,COⅠ)基因序列。结果表明:在661 bp序列中共检测到192个变异位点(占核苷酸总数的29.05%),A、T、C、G的平均含量分别为26.5%、28.0%、29.0%和16.5%,A+T含量(54.5%)高于G+C含量(45.5%);共检测到31个单倍型,其中,6个为至少2个群体共享的单倍型,hap9和hap2为第一、二优势单倍型,分别占样本总数的48.66%和22.32%,25个为仅1个群体享有的特有单倍型(占总样本数的13.4%),这与基于单倍型的网络结构图得出的hap9为最原始单倍型的结果一致;6个群体的单倍型多样性(H d)为0.710~0.848(平均值0.705),核苷酸多样性(P i)为0.00307~0.00840(平均值0.00578),其中,景山亲本群体遗传多样性最高,余杭放流群体遗传多样性最低;群体间遗传分化系数(F st)为-0.00934~0.19355(平均值0.09909),基因流(N m)>1;分子方差分析(AMOVA)显示,群体内遗传变异为90.09%,群体间遗传变异为9.91%,6个群体间的Nei s遗传距离为0.003~0.009。研究表明,钱塘江三角鲂群体遗传多样性较高,群体间基因交流较多,部分群体间存在中等遗传分化,自然捕捞与养殖群体间不存在显著的遗传分化。 展开更多
关键词 三角鲂 钱塘江 co基因 群体 遗传分化 遗传多样性
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基于COⅠ基因对东北林蛙、中国林蛙等蛙属24种的鉴定 被引量:4
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作者 王孟虎 孙一帆 +7 位作者 许亮 康廷国 张腾腾 左亚锋 朱丽婷 孟祥松 汤建 徐倩 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第16期150-158,共9页
目的:利用DNA条形码线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)技术对东北林蛙等24种进行鉴别,构建邻接(NJ)系统发育树,对24种进行系统聚类分析,为东北林蛙等蛙类的鉴别,分类及新种的发现提供一定的依据。方法:收集东北林蛙、中国林蛙、黑... 目的:利用DNA条形码线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)技术对东北林蛙等24种进行鉴别,构建邻接(NJ)系统发育树,对24种进行系统聚类分析,为东北林蛙等蛙类的鉴别,分类及新种的发现提供一定的依据。方法:收集东北林蛙、中国林蛙、黑龙江林蛙、徂崃林蛙、桓仁林蛙各10只,提取其DNA并进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,将扩增成功的序列测序,共测得50条COⅠ基因序列;从GenBank数据库中获得蛙科蛙属24种163条COⅠ基因序列及蛙科侧褶蛙属,臭蛙属,琴蛙属,水蛙属,湍蛙属各一条COⅠ基因序列;利用MEGA X进行序列比对,分析各物种COⅠ基因序列简约性信息位点,计算种内,种间遗传距离,构建NJ树进行系统聚类分析。结果:东北林蛙等24种COⅠ基因序列长度为554 bp,共有210个简约性信息位点,各物种种内遗传距离均<2%;除桑植蛙与明全蛙种间遗传距离为0.004外,其余各物种种间遗传距离范围为0.024~0.228;桑植蛙与明全蛙聚为一支,部分东北林蛙与Rana uenoi聚为一支,中国林蛙有2个独立的分支,其余各物种均独立聚为一支。结论:DNA条形码COⅠ技术能够对东北林蛙等21种进行鉴定及鉴别,支持桑植蛙与明全蛙,韩国林蛙与昆嵛林蛙为同物异名,其中一支中国林蛙可能是蛙科蛙属未下载的4个种之一或新种。这表明DNA条形码COⅠ技术不仅可以鉴定及鉴别东北林蛙等24种蛙类,也可以为蛙科蛙属的分类,新种或亚种的发现提供一定的科学依据。 展开更多
关键词 东北林蛙 中国林蛙 蛙科 蛙属 DNA条形码 线粒体细胞色素c氧化酶亚基I基因(co)
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Analysis of Diversity of CO I Gene and System Generation of Nine Species of Chitons 被引量:2
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作者 CHEN Daohai SUN Shichun 《Wuhan University Journal of Natural Sciences》 CAS 2013年第2期171-177,共7页
Cytochrome c oxidase subunit 1 (CO I ) genes from 9 chiton species in China's coast area were sequenced. A phylogeny tree about these gene sequences were reconstructed together with other 4 CO I gene sequences of c... Cytochrome c oxidase subunit 1 (CO I ) genes from 9 chiton species in China's coast area were sequenced. A phylogeny tree about these gene sequences were reconstructed together with other 4 CO I gene sequences of chitons from Genbank. The affin- ity genetic relationship and the taxonomic status of molecular evolution for these 13 chiton species were analyzed. The results show that Liolophura japonica and Onithochiton hirasei belong to Chitonidae, .4canthochiton rubrolineatus and Acanthochiton dis- similis belong to Acanthochitonidae, and Placiphorella japonica and Mopalia retifera belong to the same family Mopliidae. How- ever, Lepidozona coreanica, Ischnochiton comptus, and lschno- chiton hakodadensis are not supposed to be referred to Ischnochi- tonidae according to the genetic distance analysis (L. coreanica, 1. comptus, and 1. hakodadensis are usually classed as Ischnochi- tonidae according to their morphological character). Furthermore, 1. hakodadensis could not been classed as lschnochiton, and it is more likely to be treated as a close relative of Lepidozona. 展开更多
关键词 polyplacophoran chitons) PHYLOGENESIS mitochon- Jdrial cytochrome c oxidase subunit I co I taxonomy J
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云南省临沧市小管福寿螺COⅠ基因多态性分析 被引量:2
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作者 张苍林 彭佳 +2 位作者 冉甄 字金荣 杨亚明 《中国血吸虫病防治杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期179-183,共5页
目的通过对云南省临沧市小管福寿螺(Pomacea canaliculata)COⅠ基因的遗传标记分析,了解当地小管福寿螺基因多态性,为云南省后续开展广州管圆线虫病监测提供科学依据。方法对采自云南省临沧市孟定镇38份小管福寿螺样本进行COⅠ基因扩增... 目的通过对云南省临沧市小管福寿螺(Pomacea canaliculata)COⅠ基因的遗传标记分析,了解当地小管福寿螺基因多态性,为云南省后续开展广州管圆线虫病监测提供科学依据。方法对采自云南省临沧市孟定镇38份小管福寿螺样本进行COⅠ基因扩增,并将PCR产物测序。运用MEGA 6.06软件Kimura-2参数模型,对来自于Gen Bank的福寿螺单倍型与本研究获得单倍型一起进行系统进化树构建和个体间遗传距离计算,分析其遗传多样性。结果共获得31条序列,分属3种单倍型(Haplotype1~Haplotype3),其中Haplotype1的频率较高,占整个样本的83.9%(26/31)。3种单倍型与小管福寿螺的遗传距离最小,为0~0.052;而与Pila conica的遗传距离最大,为0.021~0.239。进一步进化分析表明,3种单倍型均为小管福寿螺,与来自日本熊本(Gen Bank登录号:AB 433769)、中国香港(Gen Bank登录号:KT 313034)和美国夏威夷(Gen Bank登录号:EU 523129)的小管福寿螺序列聚成一大支,具有较近的亲缘关系;而与P.insularum(Gen Bank登录号:EF 514942)、P.camena(Gen Bank登录号:EF 515059)等序列的亲缘关系较远。结论云南省临沧市存在小管福寿螺,本研究获得的3种单倍型之间存在较大的遗传分化。 展开更多
关键词 小管福寿螺 co基因 序列分析 遗传多样性 临沧市
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DNA条形码在鞘翅目昆虫分子系统学研究中的应用 被引量:26
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作者 张媛 郭晓华 +1 位作者 刘广纯 张卓 《应用昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期410-416,共7页
近年来,DNA条形码(DNA Barcoding)技术已经成为生物分类学研究中备受关注的新型技术,并在鞘翅目昆虫系统发育研究中得到广泛应用。本文总结了鞘翅目昆虫DNA条形码研究所用COⅠ基因序列,概述了DNA条形码在鞘翅目昆虫的物种分类鉴定、发... 近年来,DNA条形码(DNA Barcoding)技术已经成为生物分类学研究中备受关注的新型技术,并在鞘翅目昆虫系统发育研究中得到广泛应用。本文总结了鞘翅目昆虫DNA条形码研究所用COⅠ基因序列,概述了DNA条形码在鞘翅目昆虫的物种分类鉴定、发现新种和隐存种、系统发育关系研究等方面的应用,并对DNA条形码研究技术新进展和标准序列筛选需要注意的问题进行了讨论。 展开更多
关键词 鞘翅目 DNA条形码 细胞色素c氧化酶亚单位(cocox1) 分子系统学
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基于COⅠ序列的阿胶原材料及其混伪品的DNA条形码鉴定研究 被引量:12
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作者 严华 陈俊 +3 位作者 石林春 程显隆 魏锋 马双成 《药物分析杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第10期1761-1766,共6页
目的:采用细胞色素C氧化酶亚基1(cytochrome C oxidase subunit 1,COⅠ)基因片段序列鉴定的方法鉴别中药阿胶的原料驴皮及其混伪品马皮、骡皮、牛皮。方法:优化DNA提取试剂盒的通用方法进行总DNA的提取,针对马科动物驴的基因序列变异位... 目的:采用细胞色素C氧化酶亚基1(cytochrome C oxidase subunit 1,COⅠ)基因片段序列鉴定的方法鉴别中药阿胶的原料驴皮及其混伪品马皮、骡皮、牛皮。方法:优化DNA提取试剂盒的通用方法进行总DNA的提取,针对马科动物驴的基因序列变异位点优化COⅠ通用引物及PCR扩增条件,PCR扩增产物双向测序,测得的序列与GenBank下载的基因序列Blast比对分析样品的基原;采用Mega 6.0软件计算序列的碱基组成、种内和种间K2P(Kimura-2-parameter)的遗传距离,采用邻接法(neighbor-joining method)构建系统树,进一步对驴皮及其混伪品进行基原鉴别。结果:22份来自马科和牛科动物的驴、马、牛的皮样品的基因序列与GenBank序列Blast比对结果一致性均大于99%。采用邻接法构建的系统树结果显示驴、马、牛的皮样品具有较好的单系性,均分别独立聚为1个分支,可以显著区分;牛科和马科动物样品的K2P种间平均遗传距离均远大于种内平均遗传距离。结论:利用优化后的COⅠ片段扩增引物及PCR反应程序可作为鉴别阿胶原料DNA条形码物种鉴定的有效方法,为阿胶原料的真伪鉴别提供了科学的鉴定方法。 展开更多
关键词 驴皮 混伪品 马皮 骡皮 牛皮 阿胶 细胞色素c氧化酶1(co) DNA条形码 序列测定 基原鉴定
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基于线粒体COⅠ基因序列的三疣梭子蟹东海区群体遗传多样性分析 被引量:10
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作者 王景 张凤英 +7 位作者 蒋科技 马春艳 宋炜 林楠 姜亚洲 李圣法 程家骅 马凌波 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2015年第2期114-121,共8页
通过对分布在东海区远海区(济州岛海域)和近海区(长江口以南和以北海域)的三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)自然群体线粒体COⅠ基因部分序列的测定,比较并分析了其群体遗传多样性和遗传结构。在24个采集点共286个样本的线粒体COⅠ... 通过对分布在东海区远海区(济州岛海域)和近海区(长江口以南和以北海域)的三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)自然群体线粒体COⅠ基因部分序列的测定,比较并分析了其群体遗传多样性和遗传结构。在24个采集点共286个样本的线粒体COⅠ序列中共检测到45种单倍型,单倍型多样性为0.864;核苷酸多样性为0.002 84,平均核苷酸变异数是1.686,其中有23个单倍型为单个采集点所独享,Hap3出现频率最高,在23个采样点的83个样本中均有发现,是所有三疣梭子蟹样本的共享中心单倍型。群体遗传多样性分析显示,远海区群体的遗传多样性水平最高,其次为长江口以北群体,长江口以南群体最低。由群体间遗传距离、系统进化树和单倍型网络关系图发现,东海区海域三疣梭子蟹种群间存在基因交流,亲缘关系的远近不以地理位置的远近为依据;AMOVA分子方差分析结果显示,三疣梭子蟹的遗传变异主要来自群体内,而群体间无显著遗传分化,不存在明显的地理趋势。 展开更多
关键词 三疣梭子蟹 遗传多样性 co基因 东海区
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冬虫夏草人工繁育品与野生冬虫夏草DNA条形码比较研究 被引量:6
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作者 过立农 刘杰 +5 位作者 袁航 昝珂 郑健 马双成 钱正明 李文佳 《药物分析杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期147-155,共9页
目的:从分子生物学的角度比较分析冬虫夏草人工繁育品和野生冬虫夏草的核糖体DNA内部转录间隔区(ITS)和细胞色素C氧化酶亚基1(COⅠ)条形码序列,并验证冬虫夏草人工繁育品与野生冬虫夏草虫和菌的来源是否符合《中华人民共和国药典》规定... 目的:从分子生物学的角度比较分析冬虫夏草人工繁育品和野生冬虫夏草的核糖体DNA内部转录间隔区(ITS)和细胞色素C氧化酶亚基1(COⅠ)条形码序列,并验证冬虫夏草人工繁育品与野生冬虫夏草虫和菌的来源是否符合《中华人民共和国药典》规定。方法:通过聚合酶链式反应(PCR)对冬虫夏草人工繁育品和野生冬虫夏草的ITS和COⅠ序列进行扩增,利用邻接法比较冬虫夏草人工繁育品与野生冬虫夏草的亲缘关系;通过与GenBank数据库进行Blast比对,确定冬虫夏草虫与菌的科属。结果:冬虫夏草人工繁育品与野生冬虫夏草ITS和COⅠ序列的电泳结果均显示为明亮单一条带,且条带大小介于500 bp和750 bp之间;COⅠ序列的系统树结果中冬虫夏草人工繁育品和野生冬虫夏草除野生冬虫夏草-18、野生冬虫夏草-20这2个样品均各自聚为一支,且支持率为99%,呈现良好的单系性,ITS序列的系统树结果中冬虫夏草人工繁育品和野生冬虫夏草混聚在一起,没有明确的分支;冬虫夏草人工繁育品的COⅠ序列经GenBank数据库比对结果均为小金蝠蛾(Hepialus xiaojinensis),为蝙蝠蛾科Hepialidae sp.昆虫,野生冬虫夏草的COⅠ序列经GenBank数据库比对结果均为蝙蝠蛾科Hepialidae sp.昆虫,其中野生冬虫夏草-8为人支蝠蛾(Thitarodes renzhiensis),野生冬虫夏草-12为贡嘎蝠蛾(Thitarodes gonggaensis),冬虫夏草人工繁育品及野生冬虫夏草的ITS序列与GenBank数据库比对后,相似度达99%以上,比对结果显示20批冬虫夏草人工繁育品和26批野生冬虫夏草的虫菌均为冬虫夏草菌(Ophiocordyceps sinensis)。Ophiocordyceps sinensis和Cordyceps sinensis为同物异名。结论:20批冬虫夏草人工繁育品的虫体及虫菌来源与26批野生冬虫夏草的虫体及虫菌来源均符合《中华人民共和国药典》2015年版中的描述:冬虫夏草为麦角菌科真菌冬虫夏草菌Cordyceps sinensis(Berk.)Sacc.寄生在蝙� 展开更多
关键词 野生冬虫夏草 冬虫夏草人工繁育品 内部转录间隔区(ITS) 细胞色素c氧化酶亚基1(co ) 聚合酶链式反应(PcR) DNA条形码
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巨魾细胞色素氧化酶基因多态性及系统进化研究 被引量:3
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作者 杜民 牛宝珍 +2 位作者 王婷婷 艾加林 刘艳红 《上海海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期337-343,共7页
采用PCR技术克隆得到12尾巨魾(Bagarius yarrelli)的细胞色素氧化酶Ⅰ(COⅠ)、细胞色素氧化酶Ⅱ(COⅡ)和细胞色素氧化酶Ⅲ(COⅢ)的基因序列。结果显示:巨魾COⅠ基因序列全长1 551 bp,12个个体共出现9个单倍型,13个突变位点;COⅡ基因序... 采用PCR技术克隆得到12尾巨魾(Bagarius yarrelli)的细胞色素氧化酶Ⅰ(COⅠ)、细胞色素氧化酶Ⅱ(COⅡ)和细胞色素氧化酶Ⅲ(COⅢ)的基因序列。结果显示:巨魾COⅠ基因序列全长1 551 bp,12个个体共出现9个单倍型,13个突变位点;COⅡ基因序列全长691 bp,12个个体共出现5个单倍型,5个突变位点;COⅢ基因序列全长784 bp,12个个体出现7个单倍型,8个突变位点。通过最小进化法Minimum Evolution(ME)构建系统发育树分析显示,巨魾与14种鮡科鱼在序列上有一定的同源性,并且COⅠ、COⅡ和COⅢ都与中华纹胸鮡(Glyptothorax sinense)、福建纹胸鮡(Glyptothorax fukiensis)、三线纹胸鮡(Glyptothorax trilineatus)和长丝黑鮡(Gagata dolichonema)在同一个分支,表明巨魾与纹胸鮡属和黑鮡属有较近的亲缘关系。 展开更多
关键词 巨魾 co co co 序列分析 系统发育
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