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鸮形目4种鸟类线粒体调控区全序列的测定与比较研究(英文) 被引量：2
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作者 肖冰 马飞 +1 位作者 孙毅 李庆伟 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第11期965-974,共10页
利用Long-PCR和PrimerWalking的方法对鸮形目的短耳鸮、长耳鸮、纵纹腹小鸮、灰林鸮4种鸟类的线粒体调控区进行了全序列测定。结果表明:短耳鸮的调控区长度为3290bp;长耳鸮为2848bp;纵纹腹小鸮为2444bp;灰林鸮为1771bp。短耳鸮的调控区... 利用Long-PCR和PrimerWalking的方法对鸮形目的短耳鸮、长耳鸮、纵纹腹小鸮、灰林鸮4种鸟类的线粒体调控区进行了全序列测定。结果表明:短耳鸮的调控区长度为3290bp;长耳鸮为2848bp;纵纹腹小鸮为2444bp;灰林鸮为1771bp。短耳鸮的调控区长度是4种鸮中最大的,并且是目前已知最大的鸟类线粒体调控区。这4种鸮类调控区的基本结构和其他鸟类相似,按照碱基变化速率的不同可以分为3个区:碱基变化速率较快的外围区域Ⅰ、Ⅲ和保守的中间区域Ⅱ。这4种鸟类调控区的3′端均存在大量的串联重复序列,短耳鸮为126bp单元重复7次和78bp单元重复14次;长耳鸮为127bp单元重复8次和78bp单元重复6次;纵纹腹小鸮有3个重复单元,分别为89bp单元重复3次、77bp单元重复4次和71bp单元重复6次;灰林鸮仅有1个单元的串联重复为78bp重复5次。调控区中串联重复序列可能是由链的滑动错配产生,另外这些重复序列都能形成热力学稳定的多重茎环二级结构,而且在重复序列中还发现一些保守基序,这说明重复序列可能具有一定的生理功能,影响调控区的调控功能从而影响线粒体基因组的复制和转录。 展开更多
关键词 鸮形目 线粒体基因组 调控区 重复序列
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基于线粒体Cyt b基因和CR序列的养殖貉(Nyctereutes procyonoides)种群遗传多样性和结构分析
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作者 魏宏达 李波 +4 位作者 魏来 刘志平 姜春明 史迎秋 徐艳春 《野生动物学报》 北大核心 2021年第2期403-410,共8页
貉(Nyctereutes procyonoides)是一种重要的经济动物。经过50年的人工驯养繁育,国内养殖种群不断扩大,但对其遗传多样性和结构了解很少,难以开展有效的遗传管理。本研究分析了东北、华北地区养殖貉种群(N=160)的线粒体细胞色素b(Cyt b)... 貉(Nyctereutes procyonoides)是一种重要的经济动物。经过50年的人工驯养繁育,国内养殖种群不断扩大,但对其遗传多样性和结构了解很少,难以开展有效的遗传管理。本研究分析了东北、华北地区养殖貉种群(N=160)的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因和控制区(CR)序列,并与已经发表的同源序列进行比较。结果定义了5个Cyt b基因和6个CR序列单倍型,其中与俄罗斯产乌苏里亚种共享单倍型分别是3个和4个。种群遗传多样性分析表明,养殖貉种群单倍型多样性处于临界点(Hd=0.50)、核苷酸多样性处于较高水平(Pi>0.5%),但二者均明显低于俄罗斯野生乌苏里貉种群。这种遗传多样性模式可能主要是由奠基者效应(founder effect)导致的。此外,红褐色型貉遗传多样性水平显著低于野生型和白色型貉。系统发育分析表明国内养殖貉种群分为3个世系,主要是乌苏里亚种、与同亚种的俄罗斯野生种群亲缘关系密切。研究还发现有1个单倍型(CH5-DH5)与越南产指名亚种共享同一个单倍型世系。这说明建群引种中可能偶然引入了华南地区分布的指名亚种。综上分析,我国养殖貉种群已经出现遗传多样性下降的迹象,需要监控种群遗传多样性的变化,引入具有新基因型的野生貉种,制定科学的交配模式,避免近交衰退。 展开更多
关键词 貉 遗传多样性 遗传结构 Cyt b基因 控制区(cr)
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